FI:PV269 Pokročilé metody bioinformatik - Informace o předmětu

PV269 Pokročilé metody bioinformatiky

Rozsah

2/0/1. 3 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Monika Čechová, Ph.D. (cvičící)
doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (náhr. zkoušející)

Garance

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Út 10:00–11:50 B311

Předpoklady

Je předpokládána základní znalost molekulární biologie a problémů, kterými se zabývá bioinformatika. Je nutné předchozí absolvování předmětů IV108. Absolvování IV107, PA052 a PB050 je doporučeno.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Analýza a zpracování obrazu (program FI, N-VIZ)
• Bioinformatika a systémová biologie (program FI, N-UIZD)
• Computer Games Development (program FI, N-VIZ_A)
• Computer Graphics and Visualisation (program FI, N-VIZ_A)
• Computer Networks and Communications (program FI, N-PSKB_A)
• Cybersecurity Management (program FI, N-RSSS_A)
• Formální analýza počítačových systémů (program FI, N-TEI)
• Grafický design (program FI, N-VIZ)
• Graphic Design (program FI, N-VIZ_A)
• Hardware Systems (program FI, N-PSKB_A)
• Hardwarové systémy (program FI, N-PSKB)
• Image Processing and Analysis (program FI, N-VIZ_A)
• Informační bezpečnost (program FI, N-PSKB)
• Informatika (program FI, B-INF) (2)
• Informatika ve vzdělávání (program FI, B-IVV) (2)
• Information Security (program FI, N-PSKB_A)
• Kvantové a jiné neklasické výpočetní modely (program FI, N-TEI)
• Počítačová grafika a vizualizace (program FI, N-VIZ)
• Počítačové sítě a komunikace (program FI, N-PSKB)
• Principy programovacích jazyků (program FI, N-TEI)
• Programování a vývoj aplikací (program FI, B-PVA)
• Řízení kyberbezpečnosti (program FI, N-RSSS)
• Řízení vývoje služeb (program FI, N-RSSS)
• Řízení vývoje softwarových systémů (program FI, N-RSSS)
• Services Development Management (program FI, N-RSSS_A)
• Software Systems Development Management (program FI, N-RSSS_A)
• Software Systems (program FI, N-PSKB_A)
• Softwarové systémy (program FI, N-PSKB)
• Strojové učení a umělá inteligence (program FI, N-UIZD)
• Učitel informatiky a správce sítě (program FI, N-UCI)
• Učitelství informatiky pro střední školy (program FI, N-UCI) (2)
• Vývoj počítačových her (program FI, N-VIZ)
• Zpracování a analýza rozsáhlých dat (program FI, N-UIZD)
• Zpracování přirozeného jazyka (program FI, N-UIZD)

Cíle předmětu

Získat praktické dovednosti v bioinformatice nad rámec výky na bakalářském stupni a rozšiřující teoretické znalosti z IV108.

Výstupy z učení

Student bude schopen: zvolit pro daný problém vhodnou výpočetní metodu; získat a připravit si potřebná data; provést výpočet pomocí vlastních nebo obecně dostupných programů

Osnova

• Genomové sekvence
• - Pokročilé techniky práce s NGS daty
• - Vyhledávání sekvenčních motivů a anotace genomů
• - Pokročilá práce s genomovými prohlížeči
• Proteiny
• - Skryté Markovovy modely (HMM)
• - Analýza proteinových struktur

Literatura

• Next-generation DNA sequencing informatics. Edited by Stuart M. Brown. Second edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2015, xiv, 402. ISBN 9781621821236. info
• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info

Výukové metody

kombinace přednášek, cvičení a domácích úloh

Metody hodnocení

Vybrané hodnocené cvičení; písemná zkouška (zk) nebo projekt (k)

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

• Statistika zápisu (jaro 2021, nejnovější)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/predmet/fi/jaro2021/PV269