FI:PA055 Vizualizace komplexních dat - Informace o předmětu

PA055 Vizualizace komplexních dat

Rozsah

1/1. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.

Vyučující

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Út 16:00–17:50 B311

Předpoklady

Základní znalosti programování a zájem o R a Processing (skriptovací a programovací jazyky)

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Aplikovaná informatika (program FI, B-AP)
• Aplikovaná informatika (program FI, N-AP)
• Bezpečnost informačních technologií (angl.) (program FI, N-IN)
• Bezpečnost informačních technologií (program FI, N-IN)
• Bioinformatika (program FI, B-AP)
• Bioinformatika (program FI, N-AP)
• Ekonomické informační systémy (program ESF, B-SI)
• Informační systémy (program FI, N-IN)
• Informatika a druhý obor (program FI, B-BI)
• Informatika a druhý obor (program FI, B-EB)
• Informatika a druhý obor (program FI, B-FY)
• Informatika a druhý obor (program FI, B-GE)
• Informatika a druhý obor (program FI, B-GK)
• Informatika a druhý obor (program FI, B-CH)
• Informatika a druhý obor (program FI, B-IO)
• Informatika a druhý obor (program FI, B-MA)
• Informatika a druhý obor (program FI, B-TV)
• Informatika (angl.) (program FI, D-IN4)
• Informatika (program FI, B-IN)
• Informatika (program FI, D-IN4)
• Informatika (program FI, N-IN)
• Matematická informatika (program FI, B-IN)
• Matematika s informatikou (program PřF, N-MA)
• Paralelní a distribuované systémy (program FI, B-IN)
• Paralelní a distribuované systémy (program FI, N-IN)
• Počítačová grafika a zpracování obrazu (program FI, B-IN)
• Počítačová grafika (program FI, N-IN)
• Počítačové sítě a komunikace (program FI, B-IN)
• Počítačové sítě a komunikace (program FI, N-IN)
• Počítačové systémy a technologie (angl.) (program FI, D-IN4)
• Počítačové systémy a technologie (program FI, D-IN4)
• Počítačové systémy a zpracování dat (program FI, B-IN)
• Počítačové systémy (program FI, N-IN)
• Programovatelné technické struktury (angl.) (program FI, N-IN)
• Programovatelné technické struktury (program FI, B-IN)
• Programovatelné technické struktury (program FI, N-IN)
• Služby - výzkum, řízení a inovace (angl.) (program FI, N-AP)
• Služby - výzkum, řízení a inovace (program FI, N-AP)
• Sociální informatika (program FI, B-AP)
• Teoretická informatika (program FI, N-IN)
• Učitelství výpočetní techniky pro střední školy (program FI, N-SS) (2)
• Umělá inteligence a zpracování přirozeného jazyka (program FI, B-IN)
• Umělá inteligence a zpracování přirozeného jazyka (program FI, N-IN)
• Zpracování obrazu (program FI, N-AP)

Cíle předmětu

Studenti se seznámí s komplexními typy dat v bioinformatice i jiných disciplínách, způsoby jejich vizualizace na praktických příkladech v jazyce R a Processing nebo z vědecké literatury.
Na konci kurzu dokáží:
vysvětlit základní principy a cíle vizualizace
připravit data pro vizualizaci
zhodnotit existující vizualizaci z hlediska vhodnosti zvolených prostředků
vytvořit vlastní statickou nebo interaktivní vizualizaci zvolených dat

Osnova

• 1.Úvod do vizualizace dat
• 2.Výpočtové prostředí R a jeho vizualizační nástroje
• 3.Výpočtové prostředí Processing a jeho vizualizační nástroje
• 4.Potřeba vizualizace a druhy dat v bioinformatice a systémové biologii
• 5.Předzpracování dat (odhad a redukce dimenzí, PCA, shlukování, metriky pro výpočet podobnosti, vícerozměrné škálování)
• 6.Přehled vizualizačních technik (souřadnicové grafy, histogramy, stromy a jiné grafy, mapy, hybridní vizualizace)
• 7.Příklady vizualizace v bioinformatice, systémové biologii (genomy a proteomy, měření exprese, ontologie, signální a metabolické dráhy) a jiných disciplínách

Literatura

• Handbook of data visualization. Edited by Chun-houh Chen - Wolfgang Härdle - Antony Unwin. Berlin: Springer, 2008, xiii, 936. ISBN 9783540330370. info
• SARKAR, Deepayan. Lattice : multivariate data visualization with R. New York: Springer, 2008, xvii, 265. ISBN 9780387759685. info
• FRY, Ben. Visualizing data. Beijing: O'Reilly, 2008, xiii, 366. ISBN 9780596514556. info

Výukové metody

přednášky, cvičení, krátké studentské prezentace

Metody hodnocení

hodnocené úkoly, skupinový projekt a písemná zkouška

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

• Statistika zápisu (podzim 2015, nejnovější)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/predmet/fi/podzim2015/PA055