FI:IV108 Bioinformatika II - Informace o předmětu
IV108 Bioinformatika II
Fakulta informatikypodzim 2017
- Rozsah
- 1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
- Vyučující
- doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
- Garance
- doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Rozvrh
- Út 10:00–11:50 B116
- Předpoklady
- U studentů nebiologických oborů je nutné předem absolvovat IV107 Bioinformatika I nebo získat souhlas učitele. Předpokládají se elementární znalosti programování.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- Aplikovaná informatika (program FI, B-AP)
- Aplikovaná informatika (program FI, N-AP)
- Bezpečnost informačních technologií (angl.) (program FI, N-IN)
- Bezpečnost informačních technologií (program FI, N-IN)
- Bioinformatika (program FI, B-AP)
- Bioinformatika (program FI, N-AP)
- Informační systémy (program FI, N-IN)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-BI)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-EB)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-FY)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-GE)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-GK)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-CH)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-IO)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-MA)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-SO)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-TV)
- Informatika (angl.) (program FI, D-IN4)
- Informatika (program FI, B-IN)
- Informatika (program FI, D-IN)
- Informatika (program FI, D-IN4)
- Informatika (program FI, M-IN)
- Informatika (program FI, N-IN)
- Matematická informatika (program FI, B-IN)
- Paralelní a distribuované systémy (program FI, B-IN)
- Paralelní a distribuované systémy (program FI, N-IN)
- Počítačová grafika a zpracování obrazu (program FI, B-IN)
- Počítačová grafika (program FI, N-IN)
- Počítačové sítě a komunikace (program FI, B-IN)
- Počítačové sítě a komunikace (program FI, N-IN)
- Počítačové systémy a technologie (angl.) (program FI, D-IN4)
- Počítačové systémy a technologie (program FI, D-IN4)
- Počítačové systémy a zpracování dat (program FI, B-IN)
- Počítačové systémy (program FI, N-IN)
- Programovatelné technické struktury (angl.) (program FI, N-IN)
- Programovatelné technické struktury (program FI, B-IN)
- Programovatelné technické struktury (program FI, N-IN)
- Služby - výzkum, řízení a inovace (angl.) (program FI, N-AP)
- Služby - výzkum, řízení a inovace (program FI, N-AP)
- Sociální informatika (program FI, B-AP)
- Teoretická informatika (program FI, N-IN)
- Učitelství výpočetní techniky pro střední školy (program FI, M-SS)
- Učitelství výpočetní techniky pro střední školy (program FI, M-TV)
- Učitelství výpočetní techniky pro střední školy (program FI, N-SS) (2)
- Umělá inteligence a zpracování přirozeného jazyka (program FI, B-IN)
- Umělá inteligence a zpracování přirozeného jazyka (program FI, N-IN)
- Zpracování obrazu (program FI, N-AP)
- Cíle předmětu
- Na konci kurzu budou studenti:
podrobně seznámeni s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice, jejich výhodách a slabých místech a nejnovějších alternativách a postupech
dokáží pracovat s prostorovými modely molekul
studenti dokáží kriticky hodnotit a navrhovat vlastní postupy při řešení problémů v bioinformatice.
budou znát principy metod sekvenování DNA a práci s výslednými daty - Osnova
- 1. Algoritmy pro manipulaci s biologickými sekvencemi - Zarovnáni dvou sekvencí - Zarovnáni mnoha sekvencí - Hledání výrazů a příbuzných sekvencí - Fylogenetická příbuznost - Predikce genů - Analýza genomu - Sekundární struktura RNA - Sekundární struktura proteinů
- 2. Algoritmy pro předpovídání a analýzu strukturních dat - Hledání sekundárních struktur - Hledáni kontaktů - Pravidla skládání proteinů - Popis topologie proteinů - Identifikace domén - Předpovídání terciární struktury proteinů - Kvantitativní srovnávání struktur
- 3. Biologický jazyk - segmentace sekvencí - statistická analýza biologického jazyka - pravidla a omezení ve struktuře biologického jazyka
- 4. Nové metody sekvenování DNA a další zpracování sekvencí
- 5. Předpovídání štěpných produktů proteinů a hmotnostní spektra
- 6. Analýza expresních profilů a charakterizace promotorů
- Literatura
- Výukové metody
- přednášky a cvičení
- Metody hodnocení
- Řešení bonusových úloh v semestru, závěrečná písemná zkouška.
- Navazující předměty
- Informace učitele
- http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
- Další komentáře
- Předmět je vyučován každoročně.
- Statistika zápisu (podzim 2017, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/fi/podzim2017/IV108