PV225 Laboratoř systémové biologie
Fakulta informatikypodzim 2024
- Rozsah
- 1/2/0. 3 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: z.
Vyučováno kontaktně - Vyučující
- doc. Mgr. Pavel Dvořák, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející) - Garance
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Předpoklady
- Předmět nemá žádné specifické prerekvizity. Předpokládán je zájem studentů o mezioborové disciplíny kombinující informatiku a biologii.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 10 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 4/10, pouze zareg.: 0/10, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/10 - Mateřské obory/plány
- Analýza a zpracování obrazu (program FI, N-VIZ)
- Bioinformatika a systémová biologie (program FI, N-UIZD)
- Computer Games Development (program FI, N-VIZ_A)
- Computer Graphics and Visualisation (program FI, N-VIZ_A)
- Computer Networks and Communications (program FI, N-PSKB_A)
- Cybersecurity Management (program FI, N-RSSS_A)
- Diskrétní algoritmy a modely (program FI, N-TEI)
- Formální analýza počítačových systémů (program FI, N-TEI)
- Grafický design (program FI, N-VIZ)
- Graphic Design (program FI, N-VIZ_A)
- Hardware Systems (program FI, N-PSKB_A)
- Hardwarové systémy (program FI, N-PSKB)
- Image Processing and Analysis (program FI, N-VIZ_A)
- Informační bezpečnost (program FI, N-PSKB)
- Information Security (program FI, N-PSKB_A)
- Kvantové a jiné neklasické výpočetní modely (program FI, N-TEI)
- Počítačová grafika a vizualizace (program FI, N-VIZ)
- Počítačové sítě a komunikace (program FI, N-PSKB)
- Principy programovacích jazyků (program FI, N-TEI)
- Řízení kyberbezpečnosti (program FI, N-RSSS)
- Řízení vývoje služeb (program FI, N-RSSS)
- Řízení vývoje softwarových systémů (program FI, N-RSSS)
- Services Development Management (program FI, N-RSSS_A)
- Software Systems Development Management (program FI, N-RSSS_A)
- Softwarové systémy (program FI, N-PSKB)
- Strojové učení a umělá inteligence (program FI, N-UIZD)
- Učitel informatiky a správce sítě (program FI, N-UCI)
- Učitelství informatiky pro střední školy (program FI, N-UCI) (2)
- Vývoj počítačových her (program FI, N-VIZ)
- Zpracování a analýza rozsáhlých dat (program FI, N-UIZD)
- Zpracování přirozeného jazyka (program FI, N-UIZD)
- Cíle předmětu
- Po absolvování kurzu studenti získají následující dovednosti:
základní znalosti fyziologie rostlin a metabolismu bakterií; přehled experimentálních měřících technik; praktické schopnosti měření a zpracování naměřených dat. - Výstupy z učení
- Po absolvování kurzu studenti získají následující dovednosti:
- interpretovat základní aspekty fyziologie rostlin a metabolismu bakterií;
- řešit problém identifikace parametrů modelu z experimentálních dat;
- vybrat a použít vhodný nástroj pro identifikaci parametrů;
- zpracovat sadu experimentálních dat pro použití ve vhodném nástroji. - Osnova
- I Metabolomika
- I.1 Metabolomika (Úvod; Metabolity; Fingerprinting a footprinting metabolitů; Profilování metabolitů; Cílená analýza metabolitů)
- I.2 Role metabolomiky v systémové biologii (Mikrobiální metabolomika; Rostlinná metabolomika; Humánní metabolomika)
- I.3 Příprava vzorku pro metabolomické studie (Odběry vzorku; Zastavení metabolismu)
- I.4 Metody používané v metabolomice (Nukleární magnetická rezonance (NMR); Hmotnostní spektrometrie (MS); Kapalinová chromatografie (LC); Plynová chromatografie (GC); Kapilární elektroforéza (CE))
- I.5 Analýza dat
- II Fotobiologie
- II.1 Fotochemické procesy fotosyntézy (Vymezení fotochemických procesů; Struktura a funkce thylakoidní membrány chloroplastu; Fotosystém I, fotosystém II, světlosběrné komplexy; Lineární a cyklický transport elektronů; Doprovodné fotoochrannéprocesy)
- II.2 Role fotosyntézy v systémové biologii (Fyzikální základy fotosyntézy; Biochemické základy fotosyntézy - modely; Fotosyntéza na různých hierarchických úrovních - upscaling)
- II.3 Teoretické základy fluorometrie (Zdroje fluorescenční emise z molekul chlorofylu; Principy měření fluorescence chlorofylu)
- II.4 Metody indukované fluorescence chlorofylu ve studiu fotosyntézy ( Fluorescenční indukční jev (OJIP); Kautského křivka fluorescence chlorofylu; Kvantové výtěžky, analýza zhášecích mechanismů; Absorpční a emisní křivky
- II.5 Sběr a analýza fluorometrických dat
- Literatura
- Metabolomics : a powerful tool in systems biology. Edited by Jens Nielsen - Michael C. Jewett. Berlin: Springer, 2007, xv, 284. ISBN 9783540747185. info
- Metabolome analyses : strategies for systems biology. Edited by Seetharaman Vaidyanathan - George G. Harrigan - Royston Goodacre. New York: Springer, 2005, xix, 390. ISBN 0387252398. info
- Metabolomics : the frontier of systems biology. Edited by Masaru Tomita - Takaaki Nishioka. Tokyo: Springer, 2005, viii, 256. ISBN 4431251219. info
- Výukové metody
- Fotobiologie fotosyntézy: přednáška a praktická cvičení využívající moderní fluorometrické postupy Metabolomika : přednáška a praktické cvičení zaměřené na využití kapilární elektroforézy pro studium metabolomu u bakterie Paracoccus denitrificans
- Metody hodnocení
- 2 studentské projekty, závěrečné zprávy o provedených experimentech. V případě online výuky, kdy je nemožné navštěvovat laboratoře, je ukončení redukováno na 1 studentský projekt z teoretické části sylabu.
- Navazující předměty
- Informace učitele
- http://www.fi.muni.cz/~xsafran1/PV225/
Fotobiologie fotosyntézy a Metabolomika: Detaily výuky budou studentům sděleny interní mailovou poštou MU, a to nejpozději 3 dny před zahájením výuky. - Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
- Statistika zápisu (nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/fi/podzim2024/PV225