LF:DSAN01 Analýza dat pro Neurovědy - Informace o předmětu
DSAN01 Analýza dat pro Neurovědy
Lékařská fakultajaro 2020
- Rozsah
- 2/0/0. 5 kr. Ukončení: k.
- Vyučující
- prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Eva Koriťáková, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Simona Littnerová, Ph.D. (cvičící)
RNDr. Tereza Nečasová (cvičící) - Garance
- prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
Institut biostatistiky a analýz – Jiná pracoviště pro vzdělávací a vědecko-výzkumnou činnost – Lékařská fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Institut biostatistiky a analýz – Jiná pracoviště pro vzdělávací a vědecko-výzkumnou činnost – Lékařská fakulta - Předpoklady
- Bazální znalosti principů biostatistiky a analýzy dat. Výhodou je předchozí absolvování více teoreticky zaměřeného kurzu Analýza klinických dat.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.
Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 2/20, pouze zareg.: 0/20 - Mateřské obory/plány
- Anatomie, histologie a embryologie (angl.) (program LF, D-AN4) (2)
- Anatomie, histologie a embryologie (program LF, D-AN4) (2)
- Anesteziologie, intenzivní medicína a algeziologie (angl.) (program LF, D-AL4) (2)
- Anesteziologie, intenzivní medicína a algeziologie (program LF, D-AL4) (2)
- Anesteziologie, intenzivní medicína a algeziologie (program LF, D-ANIM) (2)
- Anesthesiology, Intensive Medicine and Pain Management (program LF, D-ANIM-A) (2)
- Bioethics (program LF, D-BIET-A) (2)
- Bioetika (angl.) (program LF, D-BET) (2)
- Bioetika (program LF, D-BET) (2)
- Bioetika (program LF, D-BIET) (2)
- Biochemie a molekulární biologie (program LF, D-BIOM) (2)
- Biochemistry and Molecular Biology (program LF, D-BIOM_A) (2)
- Cardiology (program LF, D-VNIT_A) (2)
- Cell and Tissue Morphology (program LF, D-BIOM_A) (2)
- Dentistry (program LF, D-STOM_A) (2)
- Dermatovenerologie (angl.) (program LF, D-DE4) (2)
- Dermatovenerologie (program LF, D-DE4) (2)
- Dermatovenerologie (program LF, D-VNIT) (2)
- Dermatovenerology (program LF, D-VNIT_A) (2)
- Experimental and applied pharmacology (program LF, D-FARM_A) (2)
- Experimentální a aplikovaná farmakologie (program LF, D-FARM) (2)
- Experimentální onkologie a nádorová biologie (program LF, D-ONHE) (2)
- Experimental Oncology and Tumor Biology (program LF, D-ONHE_A) (2)
- Farmaceutická medicína (program LF, D-FARM) (2)
- Fyziologie a patologická fyziologie (angl.) (program LF, D-FP4) (2)
- Fyziologie a patologická fyziologie (program LF, D-FP4) (2)
- Fyziologie (program LF, D-PATFYZ) (2)
- Gynekologie a porodnictví (angl.) (program LF, D-GY4) (2)
- Gynekologie a porodnictví (program LF, D-GY4) (2)
- Gynekologie a porodnictví (program LF, D-CHIR) (2)
- Hematologie (angl.) (program LF, D-HEM) (2)
- Hematologie (program LF, D-HEM) (2)
- Hematologie (program LF, D-ONHE) (2)
- Hematology (program LF, D-ONHE_A) (2)
- Hygiena, preventivní lékařství a epidemiologie (angl.) (program LF, D-HY4) (2)
- Hygiena, preventivní lékařství a epidemiologie (program LF, D-HYG) (2)
- Hygiena, preventivní lékařství a epidemiologie (program LF, D-HY4) (2)
- Hygiene, Preventive Medicine and Epidemiology (program LF, D-HYG_A) (2)
- Chirurgie (angl.) (program LF, D-CI4) (2)
- Chirurgie (program LF, D-CI4) (2)
- Chirurgie (program LF, D-CHIR) (2)
- Internal Diseases (program LF, D-VNIT_A) (2)
- Kardiologie (program LF, D-VL4) (2)
- Kardiologie (program LF, D-VNIT) (2)
- Lékařská biofyzika (angl.) (program LF, D-BF4) (2)
- Lékařská biofyzika (program LF, D-BF4) (2)
- Lékařská biologie (angl.) (program LF, D-LB4) (2)
- Lékařská biologie (program LF, D-LB4) (2)
- Lékařská farmakologie (angl.) (program LF, D-FA4) (2)
- Lékařská farmakologie (program LF, D-FA4) (2)
- Lékařská fyzika (program LF, D-ZOBR) (2)
- Lékařská chemie a biochemie (angl.) (program LF, D-LC4) (2)
- Lékařská chemie a biochemie (program LF, D-LC4) (2)
- Lékařská chemie a biochemie (program LF, D-PATFYZ) (2)
- Lékařská mikrobiologie a imunologie (angl.) (program LF, D-MI4) (2)
- Lékařská mikrobiologie a imunologie (program LF, D-MIKRO) (2)
- Lékařská mikrobiologie a imunologie (program LF, D-MI4) (2)
- Medical Chemistry and Biochemistry (program LF, D-PATFYZ_A) (2)
- Medical Microbiology and Immunology (program LF, D-MIKRO_A) (2)
- Medical Physics (program LF, D-ZOBR_A) (2)
- Molecular Medicine (program LF, D-BIOM_A) (2)
- Molekulární medicína (program LF, D-BIOM) (2)
- Morfologie buněk a tkání (program LF, D-BIOM) (2)
- Neurologie (angl.) (program LF, D-NR4) (2)
- Neurologie (program LF, D-NEUR) (2)
- Neurologie (program LF, D-NR4) (2)
- Neurology (program LF, D-NEUR_A) (2)
- Neurosciences (program LF, D-NEUR_A) (2)
- Neurovědy (angl.) (program LF, D-NE4) (2)
- Neurovědy (program LF, D-NEUR) (2)
- Neurovědy (program LF, D-NE4) (2)
- Obstetrics and Gynaecology (program LF, D-CHIR_A) (2)
- Oftalmologie (angl.) (program LF, D-OL4) (2)
- Oftalmologie (program LF, D-CHIR) (2)
- Oftalmologie (program LF, D-OL4) (2)
- Onkologie (angl.) (program LF, D-ON4) (2)
- Onkologie (program LF, D-ON4) (2)
- Ophtalmology (program LF, D-CHIR_A) (2)
- Otorinolaryngologie (angl.) (program LF, D-OR4) (2)
- Otorinolaryngologie (program LF, D-OR4) (2)
- Otorinolaryngologie (program LF, D-STOM) (2)
- Otorinolaryngology (program LF, D-STOM_A) (2)
- Paediatrics (program LF, D-PED_A) (2)
- Pathological Physiology (program LF, D-PATFYZ_A) (2)
- Pathology and Forensic Medicine (program LF, D-MIKRO_A) (2)
- Patologická fyziologie (program LF, D-PATFYZ) (2)
- Patologie a soudní lékařství (program LF, D-MIKRO) (2)
- Patologie (program LF, D-PA4) (2)
- Pediatrie (angl.) (program LF, D-PE4) (2)
- Pediatrie (kombinovaný) (program LF, D-PED)
- Pediatrie (program LF, D-PED)
- Pediatrie (program LF, D-PE4) (2)
- Pharmaceutical medicine (program LF, D-FARM_A) (2)
- Physiology (program LF, D-PATFYZ_A) (2)
- Psychiatrie (angl.) (program LF, D-PC4) (2)
- Psychiatrie (program LF, D-NEUR) (2)
- Psychiatrie (program LF, D-PC4) (2)
- Psychiatry (program LF, D-NEUR_A) (2)
- Radiologie - zobrazovací metody (angl.) (program LF, D-RA4) (2)
- Radiologie - zobrazovací metody (program LF, D-RA4) (2)
- Radiologie - zobrazovací metody (program LF, D-ZOBR) (2)
- Radiology - Imaging Methods (program LF, D-ZOBR_A) (2)
- Sociální lékařství (angl.) (program LF, D-SL4) (2)
- Sociální lékařství (program LF, D-SL4) (2)
- Solidní nádory (program LF, D-ONHE) (2)
- Solid Tumors (program LF, D-ONHE_A) (2)
- Stomatologie (program LF, D-STOM) (2)
- Stomatologie - zubní lékařství (angl.) (program LF, D-ST4) (2)
- Stomatologie - Zubní lékařství (program LF, D-ST4) (2)
- Surgery (program LF, D-CHIR_A) (2)
- Vnitřní nemoci (angl.) (program LF, D-VN4) (2)
- Vnitřní nemoci (program LF, D-VNIT) (2)
- Vnitřní nemoci (program LF, D-VN4) (2)
- Cíle předmětu
- V průběhu kurzu budou účastníci seznámeni s principy základních metod analýzy medicínských dat s ohledem na specifika datových souborů a výpočtů z oblasti neurovědního výzkumu. Důraz bude kladen především na správnou aplikaci těchto metod v praxi a na interpretaci dosažených výsledků. Probíraná teorie bude vždy následována praktickými příklady v systému SPSS, případně v jiných nástrojích, které jsou na Masarykově univerzitě volně dostupné.
- Osnova
- 1. Jak medicínská data správně popsat a vizualizovat: Typy medicínských dat a jejich vizualizace. Předzpracování dat. Popisná sumarizace dat – průměr, medián, kvantily, rozptyl, směrodatná odchylka.
- 2. Jak medicínská data správně testovat: Vybraná modelování rozdělení - normální rozdělení, Studentovo t rozdělení, Chí-kvadrát rozdělení atd. Transformace dat – normalizace, standardizace, kategorizace. Intervaly spolehlivosti. Formulování hypotéz nad medicínskými daty – nulová a alternativní hypotéza. Hladina významnosti a síla testu, power analýza. p-hodnota.
- 3. Jak a kdy použít parametrické a neparametrické testy I.: Vhodná volba typu testu v různých situacích. Jednovýběrové testy – z-test, jednovýběrový t-test, párový t-test. Dvouvýběrový t-test. Neparametrické testy – Wilcoxonův test, Mannův-Whitneyův test atd. F-test.
- 4. Jak a kdy použít parametrické a neparametrické testy II.: Analýza rozptylu (ANOVA) a její předpoklady. Problém násobného testování hypotéz a použití korekčních procedur – Bonferonniho korekce, FDR. Správná aplikace těchto korekcí. Kruskalův-Wallisův test.
- 5. Jak analyzovat kategoriální a binární data I.: Analýza kontingenčních tabulek – Pearsonův chí-kvadrát test, Fisherův test, McNemarův test. Relativní riziko (relative risk) a poměr šancí (odds ratio). Binomické a Poissonovo rozdělení.
- 6. Jak analyzovat kategoriální a binární data II.: Hodnocení diagnostických testů – senzitivita, specificita, pozitivní a negativní prediktivní hodnota, věrohodnostní poměr. Příklady správného a nesprávného hodnocení diagnostické síly testu. Hledání diagnostického cut-off pomocí ROC křivek.
- 7. Jak hodnotit vztah spojitých proměnných a základy regresního modelování: Základy korelační analýzy – Pearsonův a Spearmanův korelační koeficient. Základy regresní analýzy – lineární regrese, odstranění vlivu kovariát.
- 8. Jak analyzovat přežití pacientů: Analýza přežití. Coxova regrese.
- Literatura
- Zar, J.H. (1998) Biostatistical analysis. London: Prentice Hall, 4th ed.
- HAVRÁNEK, Tomáš. Statistika pro biologické a lékařské vědy. 1. vyd. Praha: Academia, 1993, 476 s. ISBN 8020000801. info
- Benedík, J., Dušek, L. (1993) Sbírka příkladů z biostatistiky. Brno: Konvoj.
- Výukové metody
- Výuka je interaktivní, přímo založená na řešení konkrétních problémů a příkladů. Řešené příklady i teoretické podklady budou účastníkům k dispozici předem. Účastníci kurzu budou během prvního dne instruováni, aby si připravili k řešení své vlastní problémy s analýzou dat (PhD práce, SVOČ, výzkumné práce). Tyto vstupy budou postupně každý výukový blok rozebírány a případně i přímo řešeny.
- Metody hodnocení
- Předmět je ukončen kolokviem sestávajícím se z analýzy praktických příkladů na počítači.
- Informace učitele
- Kurz Analýza dat pro Neurovědy bude probíhat v osmi blocích ve čtvrtek od 15:00 do 18:00 od 20. 2. 2020 do 9. 4. 2020 v počítačové učebně IBA LF MU na Kamenici 126/3. Studijní materiály budou před každým blokem vystaveny v is.muni a v průběhu výuky budou k dispozici i v tištěné podobě.
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Poznámka k četnosti výuky: 8 dnů po 3 hod.
- Statistika zápisu (jaro 2020, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/med/jaro2020/DSAN01