LF:DSAK051 Analýza klinických dat - Informace o předmětu

DSAK051 Analýza klinických dat

Rozsah

2/0. 5 kr. Ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Eva Budinská, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
Institut biostatistiky a analýz – Jiná pracoviště pro vzdělávací a vědecko-výzkumnou činnost – Lékařská fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Institut biostatistiky a analýz – Jiná pracoviště pro vzdělávací a vědecko-výzkumnou činnost – Lékařská fakulta

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Anatomie, histologie a embryologie (angl.) (program LF, D-AN4) (2)
• Anatomie, histologie a embryologie (program LF, D-AN4) (2)
• Anesteziologie, intenzivní medicína a algeziologie (angl.) (program LF, D-AL4) (2)
• Anesteziologie, intenzivní medicína a algeziologie (program LF, D-AL4) (2)
• Anesteziologie, intenzivní medicína a algeziologie (program LF, D-ANIM) (2)
• Anesthesiology, Intensive Medicine and Pain Management (program LF, D-ANIM-A) (2)
• Bioethics (program LF, D-BIET-A) (2)
• Bioetika (angl.) (program LF, D-BET) (2)
• Bioetika (program LF, D-BET) (2)
• Bioetika (program LF, D-BIET) (2)
• Biochemie a molekulární biologie (program LF, D-BIOM) (2)
• Biochemistry and Molecular Biology (program LF, D-BIOM_A) (2)
• Cardiology (program LF, D-VNIT_A) (2)
• Cell and Tissue Morphology (program LF, D-BIOM_A) (2)
• Dentistry (program LF, D-STOM_A) (2)
• Dermatovenerologie (angl.) (program LF, D-DE4) (2)
• Dermatovenerologie (program LF, D-DE4) (2)
• Dermatovenerologie (program LF, D-VNIT) (2)
• Dermatovenerology (program LF, D-VNIT_A) (2)
• Experimental and applied pharmacology (program LF, D-FARM_A) (2)
• Experimentální a aplikovaná farmakologie (program LF, D-FARM) (2)
• Experimentální onkologie a nádorová biologie (program LF, D-ONHE) (2)
• Experimental Oncology and Tumor Biology (program LF, D-ONHE_A) (2)
• Farmaceutická medicína (program LF, D-FARM) (2)
• Fyziologie a patologická fyziologie (angl.) (program LF, D-FP4) (2)
• Fyziologie a patologická fyziologie (program LF, D-FP4) (2)
• Fyziologie (program LF, D-PATFYZ) (2)
• Gynekologie a porodnictví (angl.) (program LF, D-GY4) (2)
• Gynekologie a porodnictví (program LF, D-GY4) (2)
• Gynekologie a porodnictví (program LF, D-CHIR) (2)
• Hematologie (angl.) (program LF, D-HEM) (2)
• Hematologie (program LF, D-HEM) (2)
• Hematologie (program LF, D-ONHE) (2)
• Hematology (program LF, D-ONHE_A) (2)
• Hygiena, preventivní lékařství a epidemiologie (angl.) (program LF, D-HY4) (2)
• Hygiena, preventivní lékařství a epidemiologie (program LF, D-HYG) (2)
• Hygiena, preventivní lékařství a epidemiologie (program LF, D-HY4) (2)
• Hygiene, Preventive Medicine and Epidemiology (program LF, D-HYG_A) (2)
• Chirurgie (angl.) (program LF, D-CI4) (2)
• Chirurgie (program LF, D-CI4) (2)
• Chirurgie (program LF, D-CHIR) (2)
• Internal Diseases (program LF, D-VNIT_A) (2)
• Kardiologie (program LF, D-VL4) (2)
• Kardiologie (program LF, D-VNIT) (2)
• Lékařská biofyzika (angl.) (program LF, D-BF4) (2)
• Lékařská biofyzika (program LF, D-BF4) (2)
• Lékařská biologie (angl.) (program LF, D-LB4) (2)
• Lékařská biologie (program LF, D-LB4) (2)
• Lékařská farmakologie (angl.) (program LF, D-FA4) (2)
• Lékařská farmakologie (program LF, D-FA4) (2)
• Lékařská fyzika (program LF, D-ZOBR) (2)
• Lékařská chemie a biochemie (angl.) (program LF, D-LC4) (2)
• Lékařská chemie a biochemie (program LF, D-LC4) (2)
• Lékařská chemie a biochemie (program LF, D-PATFYZ) (2)
• Lékařská mikrobiologie a imunologie (angl.) (program LF, D-MI4) (2)
• Lékařská mikrobiologie a imunologie (program LF, D-MIKRO) (2)
• Lékařská mikrobiologie a imunologie (program LF, D-MI4) (2)
• Medical Chemistry and Biochemistry (program LF, D-PATFYZ_A) (2)
• Medical Microbiology and Immunology (program LF, D-MIKRO_A) (2)
• Medical Physics (program LF, D-ZOBR_A) (2)
• Molecular Medicine (program LF, D-BIOM_A) (2)
• Molekulární medicína (program LF, D-BIOM) (2)
• Morfologie buněk a tkání (program LF, D-BIOM) (2)
• Neurologie (angl.) (program LF, D-NR4) (2)
• Neurologie (program LF, D-NEUR) (2)
• Neurologie (program LF, D-NR4) (2)
• Neurology (program LF, D-NEUR_A) (2)
• Neurosciences (program LF, D-NEUR_A) (2)
• Neurovědy (angl.) (program LF, D-NE4) (2)
• Neurovědy (program LF, D-NEUR) (2)
• Neurovědy (program LF, D-NE4) (2)
• Obstetrics and Gynaecology (program LF, D-CHIR_A) (2)
• Oftalmologie (angl.) (program LF, D-OL4) (2)
• Oftalmologie (program LF, D-CHIR) (2)
• Oftalmologie (program LF, D-OL4) (2)
• Onkologie (angl.) (program LF, D-ON4) (2)
• Onkologie (program LF, D-ON4) (2)
• Ophtalmology (program LF, D-CHIR_A) (2)
• Otorinolaryngologie (angl.) (program LF, D-OR4) (2)
• Otorinolaryngologie (program LF, D-OR4) (2)
• Otorinolaryngologie (program LF, D-STOM) (2)
• Otorinolaryngology (program LF, D-STOM_A) (2)
• Paediatrics (program LF, D-PED_A) (2)
• Pathological Physiology (program LF, D-PATFYZ_A) (2)
• Pathology and Forensic Medicine (program LF, D-MIKRO_A) (2)
• Patologická fyziologie (program LF, D-PATFYZ) (2)
• Patologie a soudní lékařství (program LF, D-MIKRO) (2)
• Patologie (program LF, D-PA4) (2)
• Pediatrie (angl.) (program LF, D-PE4) (2)
• Pediatrie (kombinovaný) (program LF, D-PED)
• Pediatrie (program LF, D-PED)
• Pediatrie (program LF, D-PE4) (2)
• Pharmaceutical medicine (program LF, D-FARM_A) (2)
• Physiology (program LF, D-PATFYZ_A) (2)
• Psychiatrie (angl.) (program LF, D-PC4) (2)
• Psychiatrie (program LF, D-NEUR) (2)
• Psychiatrie (program LF, D-PC4) (2)
• Psychiatry (program LF, D-NEUR_A) (2)
• Radiologie - zobrazovací metody (angl.) (program LF, D-RA4) (2)
• Radiologie - zobrazovací metody (program LF, D-RA4) (2)
• Radiologie - zobrazovací metody (program LF, D-ZOBR) (2)
• Radiology - Imaging Methods (program LF, D-ZOBR_A) (2)
• Sociální lékařství (angl.) (program LF, D-SL4) (2)
• Sociální lékařství (program LF, D-SL4) (2)
• Solidní nádory (program LF, D-ONHE) (2)
• Solid Tumors (program LF, D-ONHE_A) (2)
• Soudní lékařství (program LF, D-VL) (2)
• Stomatologie (program LF, D-STOM) (2)
• Stomatologie - zubní lékařství (angl.) (program LF, D-ST4) (2)
• Stomatologie - Zubní lékařství (program LF, D-ST4) (2)
• Surgery (program LF, D-CHIR_A) (2)
• Vnitřní nemoci (angl.) (program LF, D-VN4) (2)
• Vnitřní nemoci (program LF, D-VNIT) (2)
• Vnitřní nemoci (program LF, D-VN4) (2)

Cíle předmětu

Předmět je úvodem do aplikované analýzy dat pro studenty biologických a případně klinických vědních oborů. Látka je probírána od teoretických základů (principy provádění statistických odhadů, existence stochastických rozloľení, základy statistických testů), přes jednoduché aplikace (jednovýběrové a dvouvýběrové testy, korelační analýza) aľ po základy stochastického modelování a experimentálního designu (plánování experimentů, základy regresní analýzy, analýza rozptylu). Teorie je vľdy probírána v přímé spojitosti s praktickými příklady. Kurz vede k osvojení základních principů biostatistické analýzy dat a připravuje uchazeče k jejímu samostatnému vyuľití ve vlastní vědecké práci.

Osnova

• 1. Úvod do statistiky, testování hypotéz. Stochastická rozloľení, distribuční funkce, frekvenční tabulky, kvantily. Tabulky modelových rozloľení. Výběry z biologických populací, zpracování dat. Úvod do plánování výběrů.
• 2. Spojitá, ordinální a nominální data v biologii. Odhady výběrových parametrů. Procenta a indexy jako odvozená biologická data.
• 3. Rozloľení spojitých proměnných - testování hypotéz, grafické metody. Rozloľení binárních proměnných - testování hypotéz, grafické metody.
• 4. Jednovýběrové testy. Testování hypotéz o parametrech výběrových populací: výběrový průměr, medián, směrodatná odchylka, rozptyl. Výběrové a experimentální plány pro testování parametrů výběrových populací.
• 5. Aplikace binomického a Poissonova rozloľení v biologii, modelování pomocí binomického rozloľení. Jednovýběrové testy o binomickém parametru p a Poissonově konstantě l.
• 6. Srovnávání parametrů dvou výběrových populací. Experimentální plány - zcela znáhodněný a párový. Parametrické a neparametrické metody. Formální prezentace srovnání dvou výběrových populací v literatuře. Grafické metody.
• 7. Analýza binárních a ordinálních dat. Test dobré shody: genetika, molekulární biologie, ekologie. Analýza R x C kontingenčních tabulek, diskriminace kategoriálních dat. Binomický test a test homogenity binomických četností.
• 8. Korelační analýza. Parametrická a pořadová korelace. Míry podobnosti v ekologii (kovariance, korelační koeficienty, koeficienty podobnosti). Korelační a kovarianční matice. Parciální korelace.
• 9. Analýza rozptylu (ANOVA): modely jednoduchého třídění pro experimentální a ekologická data. Neparametrické metody analýzy rozptylu.
• 10. ANOVA dvojného třídění, testování interakcí jednoho nebo více pokusných zásahů, formální prezentace výsledků analýzy rozptylu. Stručný přehled experimentálních plánů: jednoduché a dvojné třídění, faktoriální plány a plány zcela znáhodněných bloků. Laboratorní a terénní pokusy. Hierarchická analýza rozptylu v genetice a ekologii.
• 11. Úvod do regresní analýzy. Regresní analýza přímky. Analýza rozptylu v regresní analýze přímky. Lineární regrese. polynomy vyąąího řádu. Analýza rozptylu u těchto regresních analýz. Polynomiální regrese v návaznosti na ANOVA testy. Analýza reziduí regresních modelů. Úvod do vícerozměrné lineární regrese.
• 12. Stručný přehled vícerozměrných metod v biologii a ekologii. Aplikace statistiky v ekotoxikologii, modelování vlastností makromolekul. Význam analýzy dat při hodnocení rizik.Přehled literatury a časopisů zabývajících se biostatistickými metodami. Stručný přehled softwarových produktů vhodných pro zpracování biologických dat.

Literatura

• Zar, J.H. (1994) Biostatistical methods. Prentice Hall, London. 2nd ed.
• G. W. Snedecor, W. G. Cochran (1971). Statistical methods. Iowa State University Press.
• J. Benedík, L. Duąek (1993) Sbírka příkladů z biostatistiky. Nakladatelství KONVOJ, Brno.
• HAVRÁNEK, Tomáš. Statistika pro biologické a lékařské vědy. 1. vyd. Praha: Academia, 1993, 476 s. ISBN 8020000801. info

Metody hodnocení

Předmět je uzavřen písemným kolokviem testující uchopení principů, správnou aplikaci a základní výpočetní dovednosti studentů. Zkouška pokrývá celý rozsah kurzu od popisné statistiky, předpokladů statistického testovní až po aplikaci konkrétních testů na konkrétních reálných příkladech.

Informace učitele

Výuka analýzy klinických dat proběhne v tomto semestru v učebně A11/132 od 1.6 do 5.6., vždy od 15 do 19 hodin.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Poznámka k periodicitě výuky: 2 kurzy ročně.
Výuka probíhá blokově.
Poznámka k četnosti výuky: Výuka analýzy klinických dat proběhne v tomto semestru v učebně A11/132 od 1.6 do 5.6., vždy od 15 do 19 hodin.

• Statistika zápisu (jaro 2021, nejnovější)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/predmet/med/jaro2021/DSAK051