LF:DSAN01 Analýza dat pro Neurovědy - Informace o předmětu

DSAN01 Analýza dat pro Neurovědy

Rozsah

2/0/0. 5 kr. Ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Eva Koriťáková, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Simona Littnerová, Ph.D. (cvičící)
RNDr. Tereza Nečasová (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
Institut biostatistiky a analýz – Jiná pracoviště pro vzdělávací a vědecko-výzkumnou činnost – Lékařská fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Institut biostatistiky a analýz – Jiná pracoviště pro vzdělávací a vědecko-výzkumnou činnost – Lékařská fakulta

Předpoklady

Bazální znalosti principů biostatistiky a analýzy dat. Výhodou je předchozí absolvování více teoreticky zaměřeného kurzu Analýza klinických dat.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 30 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 14/30, pouze zareg.: 0/30

Mateřské obory/plány

• Anatomie, histologie a embryologie (angl.) (program LF, D-AN4) (2)
• Anatomie, histologie a embryologie (program LF, D-AN4) (2)
• Anesteziologie, intenzivní medicína a algeziologie (angl.) (program LF, D-AL4) (2)
• Anesteziologie, intenzivní medicína a algeziologie (program LF, D-AL4) (2)
• Anesteziologie, intenzivní medicína a algeziologie (program LF, D-ANIM) (2)
• Anesthesiology, Intensive Medicine and Pain Management (program LF, D-ANIM-A) (2)
• Bioethics (program LF, D-BIET-A) (2)
• Bioetika (angl.) (program LF, D-BET) (2)
• Bioetika (program LF, D-BET) (2)
• Bioetika (program LF, D-BIET) (2)
• Biochemie a molekulární biologie (program LF, D-BIOM) (2)
• Biochemistry and Molecular Biology (program LF, D-BIOM_A) (2)
• Cardiology (program LF, D-VNIT_A) (2)
• Cell and Tissue Morphology (program LF, D-BIOM_A) (2)
• Dentistry (program LF, D-STOM_A) (2)
• Dermatovenerologie (angl.) (program LF, D-DE4) (2)
• Dermatovenerologie (program LF, D-DE4) (2)
• Dermatovenerologie (program LF, D-VNIT) (2)
• Dermatovenerology (program LF, D-VNIT_A) (2)
• Experimental and applied pharmacology (program LF, D-FARM_A) (2)
• Experimentální a aplikovaná farmakologie (program LF, D-FARM) (2)
• Experimentální onkologie a nádorová biologie (program LF, D-ONHE) (2)
• Experimental Oncology and Tumor Biology (program LF, D-ONHE_A) (2)
• Farmaceutická medicína (program LF, D-FARM) (2)
• Fyziologie a patologická fyziologie (angl.) (program LF, D-FP4) (2)
• Fyziologie a patologická fyziologie (program LF, D-FP4) (2)
• Fyziologie (program LF, D-PATFYZ) (2)
• Gynekologie a porodnictví (angl.) (program LF, D-GY4) (2)
• Gynekologie a porodnictví (program LF, D-GY4) (2)
• Gynekologie a porodnictví (program LF, D-CHIR) (2)
• Hematologie (angl.) (program LF, D-HEM) (2)
• Hematologie (program LF, D-HEM) (2)
• Hematologie (program LF, D-ONHE) (2)
• Hematology (program LF, D-ONHE_A) (2)
• Hygiena, preventivní lékařství a epidemiologie (angl.) (program LF, D-HY4) (2)
• Hygiena, preventivní lékařství a epidemiologie (program LF, D-HYG) (2)
• Hygiena, preventivní lékařství a epidemiologie (program LF, D-HY4) (2)
• Hygiene, Preventive Medicine and Epidemiology (program LF, D-HYG_A) (2)
• Chirurgie (angl.) (program LF, D-CI4) (2)
• Chirurgie (program LF, D-CI4) (2)
• Chirurgie (program LF, D-CHIR) (2)
• Internal Diseases (program LF, D-VNIT_A) (2)
• Kardiologie (program LF, D-VL4) (2)
• Kardiologie (program LF, D-VNIT) (2)
• Lékařská biofyzika (angl.) (program LF, D-BF4) (2)
• Lékařská biofyzika (program LF, D-BF4) (2)
• Lékařská biologie (angl.) (program LF, D-LB4) (2)
• Lékařská biologie (program LF, D-LB4) (2)
• Lékařská farmakologie (angl.) (program LF, D-FA4) (2)
• Lékařská farmakologie (program LF, D-FA4) (2)
• Lékařská fyzika (program LF, D-ZOBR) (2)
• Lékařská chemie a biochemie (angl.) (program LF, D-LC4) (2)
• Lékařská chemie a biochemie (program LF, D-LC4) (2)
• Lékařská chemie a biochemie (program LF, D-PATFYZ) (2)
• Lékařská mikrobiologie a imunologie (angl.) (program LF, D-MI4) (2)
• Lékařská mikrobiologie a imunologie (program LF, D-MIKRO) (2)
• Lékařská mikrobiologie a imunologie (program LF, D-MI4) (2)
• Medical Chemistry and Biochemistry (program LF, D-PATFYZ_A) (2)
• Medical Microbiology and Immunology (program LF, D-MIKRO_A) (2)
• Medical Physics (program LF, D-ZOBR_A) (2)
• Molecular Medicine (program LF, D-BIOM_A) (2)
• Molekulární medicína (program LF, D-BIOM) (2)
• Morfologie buněk a tkání (program LF, D-BIOM) (2)
• Neurologie (angl.) (program LF, D-NR4) (2)
• Neurologie (program LF, D-NEUR) (2)
• Neurologie (program LF, D-NR4) (2)
• Neurology (program LF, D-NEUR_A) (2)
• Neurosciences (program LF, D-NEUR_A) (2)
• Neurovědy (angl.) (program LF, D-NE4) (2)
• Neurovědy (program LF, D-NEUR) (2)
• Neurovědy (program LF, D-NE4) (2)
• Obstetrics and Gynaecology (program LF, D-CHIR_A) (2)
• Oftalmologie (angl.) (program LF, D-OL4) (2)
• Oftalmologie (program LF, D-CHIR) (2)
• Oftalmologie (program LF, D-OL4) (2)
• Onkologie (angl.) (program LF, D-ON4) (2)
• Onkologie (program LF, D-ON4) (2)
• Ophtalmology (program LF, D-CHIR_A) (2)
• Otorinolaryngologie (angl.) (program LF, D-OR4) (2)
• Otorinolaryngologie (program LF, D-OR4) (2)
• Otorinolaryngologie (program LF, D-STOM) (2)
• Otorinolaryngology (program LF, D-STOM_A) (2)
• Paediatrics (program LF, D-PED_A) (2)
• Pathological Physiology (program LF, D-PATFYZ_A) (2)
• Pathology and Forensic Medicine (program LF, D-MIKRO_A) (2)
• Patologická fyziologie (program LF, D-PATFYZ) (2)
• Patologie a soudní lékařství (program LF, D-MIKRO) (2)
• Patologie (program LF, D-PA4) (2)
• Pediatrie (angl.) (program LF, D-PE4) (2)
• Pediatrie (kombinovaný) (program LF, D-PED)
• Pediatrie (program LF, D-PED)
• Pediatrie (program LF, D-PE4) (2)
• Pharmaceutical medicine (program LF, D-FARM_A) (2)
• Physiology (program LF, D-PATFYZ_A) (2)
• Psychiatrie (angl.) (program LF, D-PC4) (2)
• Psychiatrie (program LF, D-NEUR) (2)
• Psychiatrie (program LF, D-PC4) (2)
• Psychiatry (program LF, D-NEUR_A) (2)
• Radiologie - zobrazovací metody (angl.) (program LF, D-RA4) (2)
• Radiologie - zobrazovací metody (program LF, D-RA4) (2)
• Radiologie - zobrazovací metody (program LF, D-ZOBR) (2)
• Radiology - Imaging Methods (program LF, D-ZOBR_A) (2)
• Sociální lékařství (angl.) (program LF, D-SL4) (2)
• Sociální lékařství (program LF, D-SL4) (2)
• Solidní nádory (program LF, D-ONHE) (2)
• Solid Tumors (program LF, D-ONHE_A) (2)
• Stomatologie (program LF, D-STOM) (2)
• Stomatologie - zubní lékařství (angl.) (program LF, D-ST4) (2)
• Stomatologie - Zubní lékařství (program LF, D-ST4) (2)
• Surgery (program LF, D-CHIR_A) (2)
• Vnitřní nemoci (angl.) (program LF, D-VN4) (2)
• Vnitřní nemoci (program LF, D-VNIT) (2)
• Vnitřní nemoci (program LF, D-VN4) (2)

Cíle předmětu

V průběhu kurzu budou účastníci seznámeni s principy základních metod analýzy medicínských dat s ohledem na specifika datových souborů a výpočtů z oblasti neurovědního výzkumu. Důraz bude kladen především na správnou aplikaci těchto metod v praxi a na interpretaci dosažených výsledků. Probíraná teorie bude vždy následována praktickými příklady v systému SPSS, případně v jiných nástrojích, které jsou na Masarykově univerzitě volně dostupné.

Osnova

• 1. Jak medicínská data správně popsat a vizualizovat: Typy medicínských dat a jejich vizualizace. Předzpracování dat. Popisná sumarizace dat – průměr, medián, kvantily, rozptyl, směrodatná odchylka.
• 2. Jak medicínská data správně testovat: Vybraná modelování rozdělení - normální rozdělení, Studentovo t rozdělení, Chí-kvadrát rozdělení atd. Transformace dat – normalizace, standardizace, kategorizace. Intervaly spolehlivosti. Formulování hypotéz nad medicínskými daty – nulová a alternativní hypotéza. Hladina významnosti a síla testu, power analýza. p-hodnota.
• 3. Jak a kdy použít parametrické a neparametrické testy I.: Vhodná volba typu testu v různých situacích. Jednovýběrové testy – z-test, jednovýběrový t-test, párový t-test. Dvouvýběrový t-test. Neparametrické testy – Wilcoxonův test, Mannův-Whitneyův test atd. F-test.
• 4. Jak a kdy použít parametrické a neparametrické testy II.: Analýza rozptylu (ANOVA) a její předpoklady. Problém násobného testování hypotéz a použití korekčních procedur – Bonferonniho korekce, FDR. Správná aplikace těchto korekcí. Kruskalův-Wallisův test.
• 5. Jak analyzovat kategoriální a binární data I.: Analýza kontingenčních tabulek – Pearsonův chí-kvadrát test, Fisherův test, McNemarův test. Relativní riziko (relative risk) a poměr šancí (odds ratio). Binomické a Poissonovo rozdělení.
• 6. Jak analyzovat kategoriální a binární data II.: Hodnocení diagnostických testů – senzitivita, specificita, pozitivní a negativní prediktivní hodnota, věrohodnostní poměr. Příklady správného a nesprávného hodnocení diagnostické síly testu. Hledání diagnostického cut-off pomocí ROC křivek.
• 7. Jak hodnotit vztah spojitých proměnných a základy regresního modelování: Základy korelační analýzy – Pearsonův a Spearmanův korelační koeficient. Základy regresní analýzy – lineární regrese, odstranění vlivu kovariát.
• 8. Jak analyzovat přežití pacientů: Analýza přežití. Coxova regrese.

Literatura

• Zar, J.H. (1998) Biostatistical analysis. London: Prentice Hall, 4th ed.
• HAVRÁNEK, Tomáš. Statistika pro biologické a lékařské vědy. 1. vyd. Praha: Academia, 1993, 476 s. ISBN 8020000801. info
• Benedík, J., Dušek, L. (1993) Sbírka příkladů z biostatistiky. Brno: Konvoj.

Výukové metody

Výuka je interaktivní, přímo založená na řešení konkrétních problémů a příkladů. Řešené příklady i teoretické podklady budou účastníkům k dispozici předem. Účastníci kurzu budou během prvního dne instruováni, aby si připravili k řešení své vlastní problémy s analýzou dat (PhD práce, SVOČ, výzkumné práce). Tyto vstupy budou postupně každý výukový blok rozebírány a případně i přímo řešeny.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen kolokviem sestávajícím se z analýzy praktických příkladů na počítači.

Informace učitele

Kurz Analýza dat pro Neurovědy bude probíhat ve čtyřech šestihodinových blocích ve dnech 14., 15., 17. a 18. 2. 2022 vždy od 8:00 do 11:00 a od 13:00 do 16:00. Kurz bude probíhat distanční formou prostřednictvím MS Teams. Výuka bude nahrávána. Účast na online lekcích nebude nutná, studenti si mohou učivo dostudovat ze záznamu.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Poznámka k četnosti výuky: 4 dny po 6 hod.

• Statistika zápisu (nejnovější)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/predmet/med/jaro2022/DSAN01