LF:DSAK051 Analýza klinických dat - Informace o předmětu

DSAK051 Analýza klinických dat

Rozsah

2/0. Výuka analýzy klinických dat v podzimním semestru 2019 proběhne v učebně A11/132 ve dnech 20.-24. 1. 2020 v 15-19 hodin. 5 kr. Ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
Institut biostatistiky a analýz – Jiná pracoviště pro vzdělávací a vědecko-výzkumnou činnost – Lékařská fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Institut biostatistiky a analýz – Jiná pracoviště pro vzdělávací a vědecko-výzkumnou činnost – Lékařská fakulta

Předpoklady

Nejsou - základní kurz.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Anatomie, histologie a embryologie (angl.) (program LF, D-AN4) (2)
• Anatomie, histologie a embryologie (program LF, D-AN4) (2)
• Anesteziologie, intenzivní medicína a algeziologie (angl.) (program LF, D-AL4) (2)
• Anesteziologie, intenzivní medicína a algeziologie (program LF, D-AL4) (2)
• Anesteziologie, intenzivní medicína a algeziologie (program LF, D-ANIM) (2)
• Anesthesiology, Intensive Medicine and Pain Management (program LF, D-ANIM-A) (2)
• Bioethics (program LF, D-BIET-A) (2)
• Bioetika (angl.) (program LF, D-BET) (2)
• Bioetika (program LF, D-BET) (2)
• Bioetika (program LF, D-BIET) (2)
• Biochemie a molekulární biologie (program LF, D-BIOM) (2)
• Biochemistry and Molecular Biology (program LF, D-BIOM_A) (2)
• Cardiology (program LF, D-VNIT_A) (2)
• Cell and Tissue Morphology (program LF, D-BIOM_A) (2)
• Dentistry (program LF, D-STOM_A) (2)
• Dermatovenerologie (angl.) (program LF, D-DE4) (2)
• Dermatovenerologie (program LF, D-DE4) (2)
• Dermatovenerologie (program LF, D-VNIT) (2)
• Dermatovenerology (program LF, D-VNIT_A) (2)
• Experimental and applied pharmacology (program LF, D-FARM_A) (2)
• Experimentální a aplikovaná farmakologie (program LF, D-FARM) (2)
• Experimentální onkologie a nádorová biologie (program LF, D-ONHE) (2)
• Experimental Oncology and Tumor Biology (program LF, D-ONHE_A) (2)
• Farmaceutická medicína (program LF, D-FARM) (2)
• Fyziologie a patologická fyziologie (angl.) (program LF, D-FP4) (2)
• Fyziologie a patologická fyziologie (program LF, D-FP4) (2)
• Fyziologie (program LF, D-PATFYZ) (2)
• Gynekologie a porodnictví (angl.) (program LF, D-GY4) (2)
• Gynekologie a porodnictví (program LF, D-GY4) (2)
• Gynekologie a porodnictví (program LF, D-CHIR) (2)
• Hematologie (angl.) (program LF, D-HEM) (2)
• Hematologie (program LF, D-HEM) (2)
• Hematologie (program LF, D-ONHE) (2)
• Hematology (program LF, D-ONHE_A) (2)
• Hygiena, preventivní lékařství a epidemiologie (angl.) (program LF, D-HY4) (2)
• Hygiena, preventivní lékařství a epidemiologie (program LF, D-HYG) (2)
• Hygiena, preventivní lékařství a epidemiologie (program LF, D-HY4) (2)
• Hygiene, Preventive Medicine and Epidemiology (program LF, D-HYG_A) (2)
• Chirurgie (angl.) (program LF, D-CI4) (2)
• Chirurgie (program LF, D-CI4) (2)
• Chirurgie (program LF, D-CHIR) (2)
• Internal Diseases (program LF, D-VNIT_A) (2)
• Kardiologie (program LF, D-VL4) (2)
• Kardiologie (program LF, D-VNIT) (2)
• Lékařská biofyzika (angl.) (program LF, D-BF4) (2)
• Lékařská biofyzika (program LF, D-BF4) (2)
• Lékařská biologie (angl.) (program LF, D-LB4) (2)
• Lékařská biologie (program LF, D-LB4) (2)
• Lékařská farmakologie (angl.) (program LF, D-FA4) (2)
• Lékařská farmakologie (program LF, D-FA4) (2)
• Lékařská fyzika (program LF, D-ZOBR) (2)
• Lékařská chemie a biochemie (angl.) (program LF, D-LC4) (2)
• Lékařská chemie a biochemie (program LF, D-LC4) (2)
• Lékařská chemie a biochemie (program LF, D-PATFYZ) (2)
• Lékařská mikrobiologie a imunologie (angl.) (program LF, D-MI4) (2)
• Lékařská mikrobiologie a imunologie (program LF, D-MIKRO) (2)
• Lékařská mikrobiologie a imunologie (program LF, D-MI4) (2)
• Medical Chemistry and Biochemistry (program LF, D-PATFYZ_A) (2)
• Medical Microbiology and Immunology (program LF, D-MIKRO_A) (2)
• Medical Physics (program LF, D-ZOBR_A) (2)
• Molecular Medicine (program LF, D-BIOM_A) (2)
• Molekulární medicína (program LF, D-BIOM) (2)
• Morfologie buněk a tkání (program LF, D-BIOM) (2)
• Neurologie (angl.) (program LF, D-NR4) (2)
• Neurologie (program LF, D-NEUR) (2)
• Neurologie (program LF, D-NR4) (2)
• Neurology (program LF, D-NEUR_A) (2)
• Neurosciences (program LF, D-NEUR_A) (2)
• Neurovědy (angl.) (program LF, D-NE4) (2)
• Neurovědy (program LF, D-NEUR) (2)
• Neurovědy (program LF, D-NE4) (2)
• Obstetrics and Gynaecology (program LF, D-CHIR_A) (2)
• Oftalmologie (angl.) (program LF, D-OL4) (2)
• Oftalmologie (program LF, D-CHIR) (2)
• Oftalmologie (program LF, D-OL4) (2)
• Onkologie (angl.) (program LF, D-ON4) (2)
• Onkologie (program LF, D-ON4) (2)
• Ophtalmology (program LF, D-CHIR_A) (2)
• Otorinolaryngologie (angl.) (program LF, D-OR4) (2)
• Otorinolaryngologie (program LF, D-OR4) (2)
• Otorinolaryngologie (program LF, D-STOM) (2)
• Otorinolaryngology (program LF, D-STOM_A) (2)
• Paediatrics (program LF, D-PED_A) (2)
• Pathological Physiology (program LF, D-PATFYZ_A) (2)
• Pathology and Forensic Medicine (program LF, D-MIKRO_A) (2)
• Patologická fyziologie (program LF, D-PATFYZ) (2)
• Patologie a soudní lékařství (program LF, D-MIKRO) (2)
• Patologie (program LF, D-PA4) (2)
• Pediatrie (angl.) (program LF, D-PE4) (2)
• Pediatrie (kombinovaný) (program LF, D-PED)
• Pediatrie (program LF, D-PED)
• Pediatrie (program LF, D-PE4) (2)
• Pharmaceutical medicine (program LF, D-FARM_A) (2)
• Physiology (program LF, D-PATFYZ_A) (2)
• Psychiatrie (angl.) (program LF, D-PC4) (2)
• Psychiatrie (program LF, D-NEUR) (2)
• Psychiatrie (program LF, D-PC4) (2)
• Psychiatry (program LF, D-NEUR_A) (2)
• Radiologie - zobrazovací metody (angl.) (program LF, D-RA4) (2)
• Radiologie - zobrazovací metody (program LF, D-RA4) (2)
• Radiologie - zobrazovací metody (program LF, D-ZOBR) (2)
• Radiology - Imaging Methods (program LF, D-ZOBR_A) (2)
• Sociální lékařství (angl.) (program LF, D-SL4) (2)
• Sociální lékařství (program LF, D-SL4) (2)
• Solidní nádory (program LF, D-ONHE) (2)
• Solid Tumors (program LF, D-ONHE_A) (2)
• Soudní lékařství (program LF, D-VL) (2)
• Stomatologie (program LF, D-STOM) (2)
• Stomatologie - zubní lékařství (angl.) (program LF, D-ST4) (2)
• Stomatologie - Zubní lékařství (program LF, D-ST4) (2)
• Surgery (program LF, D-CHIR_A) (2)
• Vnitřní nemoci (angl.) (program LF, D-VN4) (2)
• Vnitřní nemoci (program LF, D-VNIT) (2)
• Vnitřní nemoci (program LF, D-VN4) (2)

Cíle předmětu

Pedmt je koncipován jako intenzivní kurz pro posluchae postgraduálního studia, lékae, pípadn specialisty jiných obor. Cílem výuky je seznámit posluchae se základními principy analýzy dat, zdokonalit jeho dovednost pi bžném zviditelování informace, v testování statistických hypotéz a v nkolika specializovaných pednáškách podat základ vícerozmrných analýz, analýzy pežití a prediktivního modelování u klinických dat. Poslucha by v prbhu kurzu ml získat pedevším schopnost rozumt principm statistického testování, vícerozmrných analýz a prediktivních model a mla by mu být zpístupnna etba mezinárodní literatury aplikující tyto techniky. Souástí výuky je demonstrace aplikací v software STATISTICA for Windows.

Výstupy z učení

V závěru kurzu jsou studenti schopni:
Definovat strukturu datového souboru pro statistickou analýzu;
Vizualizovat vstupní data pro analýzu a tyto vizualizace interpretovat;
Identifikovat vhodné metody popisné analýzy dat;
Fomulovat hypotézy statistické analýzy dat;
Vybrat korektní statistické testy pro potvrzení/vyvrácení položených hypotéz;
Interpretovat výsledky statistického hodnocení dat (jak vlastní, tak v odborné literatuře);
Posoudit vhodnost aplikace různých statistických metod na různé typy dat

Osnova

• 1. Úvod do statistiky, testování hypotéz. Stochastická rozloľení, distribuční funkce, frekvenční tabulky, kvantily. Tabulky modelových rozloľení. Výběry z biologických populací, zpracování dat. Úvod do plánování výběrů.
• 2. Spojitá, ordinální a nominální data v biologii. Odhady výběrových parametrů. Procenta a indexy jako odvozená biologická data.
• 3. Rozloľení spojitých proměnných - testování hypotéz, grafické metody. Rozloľení binárních proměnných - testování hypotéz, grafické metody.
• 4. Jednovýběrové testy. Testování hypotéz o parametrech výběrových populací: výběrový průměr, medián, směrodatná odchylka, rozptyl. Výběrové a experimentální plány pro testování parametrů výběrových populací.
• 5. Aplikace binomického a Poissonova rozloľení v biologii, modelování pomocí binomického rozloľení. Jednovýběrové testy o binomickém parametru p a Poissonově konstantě l.
• 6. Srovnávání parametrů dvou výběrových populací. Experimentální plány - zcela znáhodněný a párový. Parametrické a neparametrické metody. Formální prezentace srovnání dvou výběrových populací v literatuře. Grafické metody.
• 7. Analýza binárních a ordinálních dat. Test dobré shody: genetika, molekulární biologie, ekologie. Analýza R x C kontingenčních tabulek, diskriminace kategoriálních dat. Binomický test a test homogenity binomických četností.
• 8. Korelační analýza. Parametrická a pořadová korelace. Míry podobnosti v ekologii (kovariance, korelační koeficienty, koeficienty podobnosti). Korelační a kovarianční matice. Parciální korelace.
• 9. Analýza rozptylu (ANOVA): modely jednoduchého třídění pro experimentální a ekologická data. Neparametrické metody analýzy rozptylu.
• 10. ANOVA dvojného třídění, testování interakcí jednoho nebo více pokusných zásahů, formální prezentace výsledků analýzy rozptylu. Stručný přehled experimentálních plánů: jednoduché a dvojné třídění, faktoriální plány a plány zcela znáhodněných bloků. Laboratorní a terénní pokusy. Hierarchická analýza rozptylu v genetice a ekologii.
• 11. Úvod do regresní analýzy. Regresní analýza přímky. Analýza rozptylu v regresní analýze přímky. Lineární regrese. polynomy vyąąího řádu. Analýza rozptylu u těchto regresních analýz. Polynomiální regrese v návaznosti na ANOVA testy. Analýza reziduí regresních modelů. Úvod do vícerozměrné lineární regrese.
• 12. Stručný přehled vícerozměrných metod v biologii a ekologii. Aplikace statistiky v ekotoxikologii, modelování vlastností makromolekul. Význam analýzy dat při hodnocení rizik.Přehled literatury a časopisů zabývajících se biostatistickými metodami. Stručný přehled softwarových produktů vhodných pro zpracování biologických dat.

Literatura

• G. W. Snedecor, W. G. Cochran (1971). Statistical methods. Iowa State University Press.
• Zar, J.H. (1994) Biostatistical methods. Prentice Hall, London. 2nd ed.
• J. Benedík, L. Duąek (1993) Sbírka příkladů z biostatistiky. Nakladatelství KONVOJ, Brno.
• HAVRÁNEK, Tomáš. Statistika pro biologické a lékařské vědy. 1. vyd. Praha: Academia, 1993, 476 s. ISBN 8020000801. info

Výukové metody

Teoretické přednášky doplněné komentovanými příklady, studenti jsou podporováni v kladení otázek týkajících se probírané látky.

Metody hodnocení

Předmět je uzavřen písemným kolokviem testující uchopení principů, správnou aplikaci a základní výpočetní dovednosti studentů. Zkouška pokrývá celý rozsah kurzu od popisné statistiky, předpokladů statistického testovní až po aplikaci konkrétních testů na konkrétních reálných příkladech.

Informace učitele

Výuka analýzy klinických dat v podzimním semestru 2019 proběhne v učebně A11/132 ve dnech 20.-24. 1. 2020 v 15-19 hodin.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Poznámka k periodicitě výuky: 2 kurzy ročně.
Výuka probíhá blokově.
Poznámka k četnosti výuky: Výuka analýzy klinických dat v podzimním semestru 2019 proběhne v učebně A11/132 ve dnech 20.-24. 1. 2020 v 15-19 hodin.

• Statistika zápisu (podzim 2019, nejnovější)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/predmet/med/podzim2019/DSAK051