B5000 Aplikace PC v molekulární biologii a genetice

Přírodovědecká fakulta
podzim 2001
Rozsah
0/3/0. 4 kr. Doporučované ukončení: kz. Jiná možná ukončení: z.
Vyučující
RNDr. Ing. Karel Chroust, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)
doc. RNDr. Vladislava Růžičková, CSc. (cvičící)
Garance
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Předpoklady
Předpokladem je absolvování základní přednášky z molekulární biologie (např. B4020, B4030, B3120 nebo B7940).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování diplomové práce z molekulární biologie, především seznámení posluchačů s informačními službami pro molekulární biologii (molekulárně biologické databáze a nástroje pro jejich využití).
Osnova
  • Práce v prostředí MS Windows2000. Textové editory - MS Word. Tabulkové procesory - MS Excel. Vytváření grafů, výpočty, statistické funkce, databázové funkce, makra. Statistické programy - výpočty příkladů z obecné genetiky a genetiky kvantitativních znaků. Informační služby v počítačových sítích - využití v molekulární biologii a genetice. Prohledávání citačních databází (Current Contents, Medline). Analýza sekvencí a vyhledávání sekvencí nukleových kyselin a proteinů v databázích (BLAST, Fasta). Porovnávání sekvencí (Blast, ClustalW). Hledání genů a funkčních oblastí (GeneMark, Glimmer). Funkční genomika. Výzkum genomu (lidský genom, myší genom, Saccharomyces, Drosophila, Arabidopsis). Specializované programy pro molekulární biologii. Analýza elektroforetických gelů (GelCompar).
Literatura
  • Viz webová stránka předmětu.
  • Bioinformatics : methods and protocols. Edited by Stephen Misener - Stephen A. Krawetz. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2000, xi, 500 s. ISBN 0-86903-732-0. info
  • ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
  • Bioinformatics : a practical guide to the analysis of genes and proteins. Edited by Andreas D. Baxevanis - Francis B.F. Ouellette. New York: Wiley-Interscience, 1998, xiv, 370 s. ISBN 0-471-19196-5. info
Metody hodnocení
Výuka probíhá každý týden v počítačové učebně COMPB. Pro ukončení je požadováno zpracování samostatné zápočtové práce dle zadaného tématu.
Navazující předměty
Informace učitele
http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/
mailto:pantucek@sci.muni.cz
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 1999, podzim 2000.

B5000 Aplikace PC v molekulární biologii a genetice

Přírodovědecká fakulta
podzim 2000
Rozsah
0/3/0. 4 kr. Ukončení: kz.
Vyučující
RNDr. Ing. Karel Chroust, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (cvičící)
doc. RNDr. Vladislava Růžičková, CSc. (cvičící)
Garance
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Popis osobního počítače - hardware, obsluha. Operační systémy. Popis příkazů MS-DOS 6.2, pomocné programy - Norton Commander. Práce v prostředí MS Windows98. Textové editory - MS Word 97. Tabulkové procesory - MS Excel 97. Vytváření grafů, výpočty, statistické funkce, databázové funkce, makra. Statistické programy - výpočty příkladů z obecné genetiky a genetiky kvantitativních znaků. Internet - Telnet (základní příkazy v Unixu), World-Wide-Web, získávání souborů (FTP), zájmové konference v síti. Informační služby v počítačových sítích - využití v molekulární biologii a genetice. Prohledávání citačních databází (Current Contents, Medline). Vyhledávání sekvencí nukleových kyselin a proteinů v databázích (BLAST, Fasta). Porovnávání sekvencí. Hledání genů a funkčních oblastí. Funkční genomika. Výzkum genomu (lidský genom, myší genom, Saccharomyces, Drosophila, Arabidopsis). Specializované programy pro molekulární biologii. Analýza sekvencí (DNASIS). Analýza elektroforetických gelů (GelCompar).
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 1999, podzim 2001.

B5000 Aplikace PC v molekulární biologii a genetice

Přírodovědecká fakulta
podzim 1999
Rozsah
0/3/0. 3 kr. Ukončení: kz.
Vyučující
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Ing. Karel Chroust, Ph.D. (cvičící)
doc. RNDr. Vladislava Růžičková, CSc. (cvičící)
Garance
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.
Mateřské obory/plány
Osnova
  • Popis osobního počítače - hardware, obsluha. Operační systémy. Popis příkazů MS-DOS 6.2, pomocné programy - Norton Commander. Práce v prostředí MS Windows98. Textové editory - MS Word 97. Tabulkové procesory - MS Excel 97. Vytváření grafů, výpočty, statistické funkce, databázové funkce, makra. Statistické programy - výpočty příkladů z obecné genetiky a genetiky kvantitativních znaků. Internet - Telnet (základní příkazy v Unixu), World-Wide-Web, získávání souborů (FTP), zájmové konference v síti. Informační služby v počítačových sítích - využití v molekulární biologii a genetice. Prohledávání citačních databází (Current Contents, Medline). Vyhledávání sekvencí nukleových kyselin a proteinů v databázích (BLAST, Fasta). Porovnávání sekvencí. Hledání genů a funkčních oblastí. Funkční genomika. Výzkum genomu (lidský genom, myší genom, Saccharomyces, Drosophila, Arabidopsis). Specializované programy pro molekulární biologii. Analýza sekvencí (DNASIS). Analýza elektroforetických gelů (GelCompar).
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2000, podzim 2001.