B7201 Praktikum základů genomiky

Přírodovědecká fakulta
podzim 2001
Rozsah
0/3/0. 1 týden. 3 kr. Doporučované ukončení: kz. Jiná možná ukončení: z.
Vyučující
prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Jana Klánová, Ph.D. (cvičící)
RNDr. Hana Konečná (cvičící)
Mgr. Hana Bubeníčková (pomocník)
Garance
prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Předpoklady
Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Budou zvládnuty základy práce s informačními databázemi vzniklými jako produkty projektů sekvenování modelových organismů a jejich využití pro experimentální studium biologické funkce genů a genomů. Bude přiřazena biologická funkce konkrétnímu členu komplexní rodiny genů (u Arabidopsis thaliana) s vysokým stupněm vzájemných homologií, kde nejsou aplikovatelné běžnější přístupy reverzní genomiky.
Osnova
  • Úvod do funkční genomiky rostlin. Techniky práce s Arabidopsis thaliana a izolace genomové DNA. Syntéza a purifikace oligonukleotidů. Práce s genomovými databázemi. Identifikace inzerčních mutací ve vybraných zástupcích genové rodiny. Fragmentační analýza DNA. Zpracování výsledků fragmentační analýzy. Ukončení, odevzdání písemného protokolu.
Metody hodnocení
blokové praktikum, ukončeno (klasifikovaným) zápočtem
Navazující předměty
Informace učitele
Kurz je jedním ze dvou komplementárních blokových praktických cvičení (Základy genomiky - podzimní semestr, Základy proteomiky - jarní semestr). Studenti se v průběhu kurzu teoreticky i prakticky seznámí se základními metodami genomiky a proteomiky, které se stávají stěžejními biologickými disciplinami v nadcházející post-genomové etapě rozvoje biologie. Protože praktická výuka těchto metod vyžaduje speciální přístrojové vybavení, není dnes na vysokých školách ještě zdaleka standardní záležitostí. LMFR diponuje potřebným technickým zázemím i personálem pro výuku. Výuka bude organizována tak, aby studenti mohli s jednotlivými přístroji pracovat maximálně ve dvojicích, a aby co nejrychleji viděli průběžné výsledky své práce. Každý den bude začínat krátkou teoretickou přípravou, posléze bude pokračovat v laboratoři. Výstupem studentů bude písemný laboratorní protokol, na základě kterého jim bude udělen zápočet.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2000.

B7201 Praktikum základů genomiky

Přírodovědecká fakulta
podzim 2000
Rozsah
0/3/0. 1 týden. 3 kr. Doporučované ukončení: kz. Jiná možná ukončení: z.
Vyučující
prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (cvičící)
Garance
prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Předpoklady
Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Budou zvládnuty základy práce s informačními databázemi vzniklými jako produkty projektů sekvenování modelových organismů a jejich využití pro experimentální studium biologické funkce genů a genomů. Bude přiřazena biologická funkce konkrétnímu členu komplexní rodiny genů (u Arabidopsis thaliana) s vysokým stupněm vzájemných homologií, kde nejsou aplikovatelné běžnější přístupy reverzní genomiky.
Osnova
  • Úvod do funkční genomiky rostlin. Techniky práce s Arabidopsis thaliana a izolace genomové DNA. Syntéza a purifikace oligonukleotidů. Práce s genomovými databázemi. Identifikace inzerčních mutací ve vybraných zástupcích genové rodiny. Fragmentační analýza DNA. Zpracování výsledků fragmentační analýzy. Ukončení, odevzdání písemného protokolu.
Metody hodnocení
blokové praktikum, ukončeno (klasifikovaným) zápočtem
Navazující předměty
Informace učitele
Kurz je jedním ze dvou komplementárních blokových praktických cvičení (Základy genomiky - podzimní semestr, Základy proteomiky - jarní semestr). Studenti se v průběhu kurzu teoreticky i prakticky seznámí se základními metodami genomiky a proteomiky, které se stávají stěžejními biologickými disciplinami v nadcházející post-genomové etapě rozvoje biologie. Protože praktická výuka těchto metod vyžaduje speciální přístrojové vybavení, není dnes na vysokých školách ještě zdaleka standardní záležitostí. LMFR diponuje potřebným technickým zázemím i personálem pro výuku. Výuka bude organizována tak, aby studenti mohli s jednotlivými přístroji pracovat maximálně ve dvojicích, a aby co nejrychleji viděli průběžné výsledky své práce. Každý den bude začínat krátkou teoretickou přípravou, posléze bude pokračovat v laboratoři. Výstupem studentů bude písemný laboratorní protokol, na základě kterého jim bude udělen zápočet.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2001.