Informace o předmětu

Bi5980 Statistické hodnocení biodiverzity

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

RNDr. Danka Haruštiaková, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D. (přednášející)

Garance

RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: RNDr. Danka Haruštiaková, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: RECETOX – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Čt 9:00–10:50 F01B1/709

Předpoklady

Vzhledem k unikátnosti většiny metod v této oblasti není nezbytné vzdělávání v biostatistických metodách, předpokladem je pouze základní znalost principů statistických testů a provádění odhadů a znalost matematiky v rozsahu střední školy. Naopak nutným předpokladem je znalost populační biologie a ekologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem kurzu je představit specifickou oblast analýzy dat - zpracování analýzy dat biologických společenstev pomocí metod hodnocení biodiverzity. Prezentované metody sahají od jednoduchých bioidiverzitních indexů, přes modelová rozdělení společenstev až po jejich vícerozměrnou analýzu.

Výstupy z učení

V závěru pokročilého kurzu analýzy biodiverzity je student schopen:
- připravit datový soubor pro analýzu biodiverzitních dat;
- vizualizovat různými způsoby strukturu biologických společenstev a jejich biodiverzitu;
- popsat biodiverzitu indexy diverzity včetně jejich variability;
- aplikovat species-abundance modely včetně jejich na niku orientované varianty;
- rozhodnout o použití korektní metody vícerozměrné analýzy biologických společenstev;
- interpretovat různé způsoby hodnocení biodiverzity jak z jejich výpočetního, tak ekologického hlediska.
- orientovat se v nabídce software pro analýzu biodiverzity.

Osnova

• 1. Biodiverzita jako pojem. Biodiverzita v datech. Vizualizace dat biodiverzity.
• 2. Indexy diverzity a vyrovnanosti, rarefaction.
• 3. Modely druhové početnosti. Matematické a na niku orientované modely.
• 4. Transformace druhových dat. Výpočet asociačních koeficientů. Úvod do vícerozměrných metod. Přímá a nepřímá gradientová analýza.
• 5. Hodnocení biodiverzity pomocí metod shlukové analýzy. Hierarchická a nehierarchická shluková analýza.
• 6. Hodnocení biodiverzity pomocí ordinačních metod. Analýza hlavních komponent (PCA), korespondenční analýza (CA), detrendovaná korespondenční analýza (DCA).
• 7. Hodnocení biodiverzity pomocí nemetrického mnohorozměrného škálování (NMDS).
• 8. Hodnocení vztahů biologických společenstev a vlastností prostředí pomocí kanonických ordinačních metod. Kanonická korespondenční analýza (CCA).
• 9. Analýza podobnosti (ANOSIM).

Literatura

• LEGENDRE, Pierre a Louis LEGENDRE. Numerical ecology. 2nd engl. ed. Amsterdam: Elsevier, 1998, xv, 853 s. ISBN 0-444-89249-4. info
• J. H. Zar (1984). Biostatistical analysis. Prentice Hall. New Jersey.
• KREBS, Charles J. Ecological Methodology. New York: Harper Collins Publishers, 1989, 654 s. ISBN 0060437847. info
• Magurran A.E. (1988) Ecological Diversity and Its Measurement. Cambridge University Press, UK.
• Jongman, Ter Braak and Van Tongeren (1995). Data analysis in community and landscape ekology, Cambridge University Press, Cambridge

Výukové metody

Teoretické přednášky doplněné komentovanými příklady, studenti jsou podporováni v kladení otázek týkajících se probírané látky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen písemnou zkouškou zaměřenou zejména na principy analýzy biodiverzitních dat, předpoklady výpočtů a jejich aplikaci.

Informace učitele

http://www.iba.muni.cz/vyuka/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Bi5980 Statistické hodnocení biodiverzity

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

RNDr. Danka Haruštiaková, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D. (přednášející)

Garance

RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: RNDr. Danka Haruštiaková, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: RECETOX – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Čt 9:00–10:50 F01B1/709

Předpoklady

Vzhledem k unikátnosti většiny metod v této oblasti není nezbytné vzdělávání v biostatistických metodách, předpokladem je pouze základní znalost principů statistických testů a provádění odhadů a znalost matematiky v rozsahu střední školy. Naopak nutným předpokladem je znalost populační biologie a ekologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem kurzu je představit specifickou oblast analýzy dat - zpracování analýzy dat biologických společenstev pomocí metod hodnocení biodiverzity. Prezentované metody sahají od jednoduchých bioidiverzitních indexů, přes modelová rozdělení společenstev až po jejich vícerozměrnou analýzu.

Výstupy z učení

V závěru pokročilého kurzu analýzy biodiverzity je student schopen:
- připravit datový soubor pro analýzu biodiverzitních dat;
- vizualizovat různými způsoby strukturu biologických společenstev a jejich biodiverzitu;
- popsat biodiverzitu indexy diverzity včetně jejich variability;
- aplikovat species-abundance modely včetně jejich na niku orientované varianty;
- rozhodnout o použití korektní metody vícerozměrné analýzy biologických společenstev;
- interpretovat různé způsoby hodnocení biodiverzity jak z jejich výpočetního, tak ekologického hlediska.
- orientovat se v nabídce software pro analýzu biodiverzity.

Osnova

• 1. Biodiverzita jako pojem. Biodiverzita v datech. Vizualizace dat biodiverzity.
• 2. Indexy diverzity a vyrovnanosti, rarefaction.
• 3. Modely druhové početnosti. Matematické a na niku orientované modely.
• 4. Transformace druhových dat. Výpočet asociačních koeficientů. Úvod do vícerozměrných metod. Přímá a nepřímá gradientová analýza.
• 5. Hodnocení biodiverzity pomocí metod shlukové analýzy. Hierarchická a nehierarchická shluková analýza.
• 6. Hodnocení biodiverzity pomocí ordinačních metod. Analýza hlavních komponent (PCA), korespondenční analýza (CA), detrendovaná korespondenční analýza (DCA).
• 7. Hodnocení biodiverzity pomocí nemetrického mnohorozměrného škálování (NMDS).
• 8. Hodnocení vztahů biologických společenstev a vlastností prostředí pomocí kanonických ordinačních metod. Kanonická korespondenční analýza (CCA).
• 9. Analýza podobnosti (ANOSIM).

Literatura

• LEGENDRE, Pierre a Louis LEGENDRE. Numerical ecology. 2nd engl. ed. Amsterdam: Elsevier, 1998, xv, 853 s. ISBN 0-444-89249-4. info
• J. H. Zar (1984). Biostatistical analysis. Prentice Hall. New Jersey.
• KREBS, Charles J. Ecological Methodology. New York: Harper Collins Publishers, 1989, 654 s. ISBN 0060437847. info
• Magurran A.E. (1988) Ecological Diversity and Its Measurement. Cambridge University Press, UK.
• Jongman, Ter Braak and Van Tongeren (1995). Data analysis in community and landscape ekology, Cambridge University Press, Cambridge

Výukové metody

Teoretické přednášky doplněné komentovanými příklady, studenti jsou podporováni v kladení otázek týkajících se probírané látky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen písemnou zkouškou zaměřenou zejména na principy analýzy biodiverzitních dat, předpoklady výpočtů a jejich aplikaci.
V podzimním semestru 2020 bude zkouška probíhat formou Odpovědníku v IS-u.

Informace učitele

http://www.iba.muni.cz/vyuka/
V podzimním semestru 2020 proběhne výuka on-line přes MS Teams v čase určeném rozvrhem.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Bi5980 Statistické hodnocení biodiverzity

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Danka Haruštiaková, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Simona Littnerová, Ph.D. (cvičící)

Garance

RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: RECETOX – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Čt 9:00–10:50 F01B1/709

Předpoklady

Vzhledem k unikátnosti většiny metod v této oblasti není nezbytné vzdělávání v biostatistických metodách, předpokladem je pouze základní znalost principů statistických testů a provádění odhadů a znalost matematiky v rozsahu střední školy. Naopak nutným předpokladem je znalost populační biologie a ekologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem kurzu je představit specifickou oblast analýzy dat - zpracování analýzy dat biologických společenstev pomocí metod hodnocení biodiverzity. Prezentované metody sahají od jednoduchých bioidiverzitních indexů, přes modelová rozdělení společenstev až po jejich vícerozměrnou analýzu.

Výstupy z učení

V závěru pokročilého kurzu analýzy biodiverzity je student schopen:
- připravit datový soubor pro analýzu biodiverzitních dat;
- vizualizovat různými způsoby strukturu biologických společenstev a jejich biodiverzitu;
- popsat biodiverzitu indexy diverzity včetně jejich variability;
- aplikovat species-abundance modely včetně jejich na niku orientované varianty;
- rozhodnout o použití korektní metody vícerozměrné analýzy biologických společenstev;
- interpretovat různé způsoby hodnocení biodiverzity jak z jejich výpočetního, tak ekologického hlediska.
- orientovat se v nabídce software pro analýzu biodiverzity.

Osnova

• 1. Biodiverzita jako pojem. Biodiverzita v datech. Biodiverzita v grafech.
• 2. Indexy diverzity. Druhová bohatost, heterogenita rozložení abundancí v rámci biologických společenstev.
• 3. Ekvitabilita a její hodnocení. Intervaly spolehlivosti pro různé indexy diverzity, aproximace možných maximálních a minimálních hodnot. Rarefaction jako využitelná technika. Numerická realizace výpočtu rarefaction křivek, variabilita ve výpočtu této metody.
• 4. Analýza kumulativních "species-abundance" křivek, hodnocení tzv. Q statistiky. Srovnání se standardními technikami hodnocení biodiversity.
• 5. Species - abundance modely, typy, algoritmy výpočtu, možnosti grafické prezentace. Příklady. Na niku orientované modely.
• 6. Parametrické a neparametrické metody při hodnocení biodiversity, parametrické hodnocení biodiversity ve vícerozměrných analýzách.
• 7. Možnosti frakcionace biologických společenstev a následná analýza biodiversity získaných podjednotek.
• 8. Sofware pro analýzu dat biodiverzity.
• 9. Případové studie.

Literatura

• LEGENDRE, Pierre a Louis LEGENDRE. Numerical ecology. 2nd engl. ed. Amsterdam: Elsevier, 1998, xv, 853 s. ISBN 0-444-89249-4. info
• J. H. Zar (1984). Biostatistical analysis. Prentice Hall. New Jersey.
• KREBS, Charles J. Ecological Methodology. New York: Harper Collins Publishers, 1989, 654 s. ISBN 0060437847. info
• Magurran A.E. (1988) Ecological Diversity and Its Measurement. Cambridge University Press, UK.
• Jongman, Ter Braak and Van Tongeren (1995). Data analysis in community and landscape ekology, Cambridge University Press, Cambridge

Výukové metody

Teoretické přednášky doplněné komentovanými příklady, studenti jsou podporováni v kladení otázek týkajících se probírané látky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen písemnou zkouškou zaměřenou zejména na principy analýzy biodiverzitních dat, předpoklady výpočtů a jejich aplikaci.

Informace učitele

http://www.iba.muni.cz/vyuka/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Bi5980 Statistické hodnocení biodiverzity

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Simona Littnerová, Ph.D. (cvičící)
RNDr. Danka Haruštiaková, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: RECETOX – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 17. 9. až Pá 14. 12. Čt 9:00–10:50 F01B1/709

Předpoklady

Vzhledem k unikátnosti většiny metod v této oblasti není nezbytné vzdělávání v biostatistických metodách, předpokladem je pouze základní znalost principů statistických testů a provádění odhadů a znalost matematiky v rozsahu střední školy. Naopak nutným předpokladem je znalost populační biologie a ekologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

V závěru pokročilého kurzu analýzy biodiverzity je student schopen: Připravit datový soubor pro analýzu biodiverzitních dat; Vizualizovat různými způsoby strukturu biologických společenstev a jejich biodiverzitu; Popsat biodiverzitu indexy diverzity včetně jejich variability; Aplikovat species-abundance modely včetně jejich na niku orientované varianty; Rozhodnout o použití korektní metody vícerozměrné analýzy biologických společenstev; Interpretovat různé způsoby hodnocení biodiverzity jak z jejich výpočetního, tak ekologického hlediska. Orientovat se v nabídce software pro analýzu biodiverzity.

Osnova

• 1. Biodiverzita jako pojem. Duální koncept hodnocení biodiverzity. Funkční, genetická, strukturní a taxonomická biodiverzita. Biodiverzita v datech. Biodiverzita v grafech. Publikační možnosti analýzy dat týkajících se diverzity na různých úrovních organizace biologických systémů. 2. Indexy diverzity. Druhová bohatost, heterogenita rozložení abundancí v rámci biologických společenstev. 3. Ekvitabilita a její hodnocení. Intervaly spolehlivosti pro různé indexy diverzity, aproximace možných maximálních a minimálních hodnot. Rarefaction jako využitelná technika. Numerická realizace výpočtu rarefaction křivek, variabilita ve výpočtu této metody. 4. Analýza kumulativních "species-abundance" křivek, hodnocení tzv. Q statistiky. Srovnání se standardními technikami hodnocení biodiversity. 5. Species - abundance stochastické modely, typy, algoritmy výpočtu, možnosti grafické prezentace. Příklady. "Niche-oriented species - abundance modelling" 6. Využití počítačové simulace při hodnocení biodiversity. Boostraping a Jackknifing jako techniky odhadu variability různých ukazatelů biodiversity. 7. Aplikovatelnost parametrických a neparametrických technik při hodnocení biodiversity, parametrické hodnocení biodiversity ve vícerozměrných analýzách. 8. Možnosti frakcionace biologických společenstev a následná analýza biodiversity získaných podjednotek. 9. Pokročilé metody analýzy dat biodiverzity Markovovy řetězy jako technika využitelná pro analýzu dat týkajících se biodiversity. Koncept „nestedness“ a jeho využití při analýze dat společenstev Analýza niky, jejího obsazení a kompetice taxonů ADE4, ENFA a další vícerozměrné SW a metody specializované na analýzu dat biodiverzity 10. Případové studie.

Literatura

• LEGENDRE, Pierre a Louis LEGENDRE. Numerical ecology. 2nd engl. ed. Amsterdam: Elsevier, 1998, xv, 853 s. ISBN 0-444-89249-4. info
• J. H. Zar (1984). Biostatistical analysis. Prentice Hall. New Jersey.
• KREBS, Charles J. Ecological Methodology. New York: Harper Collins Publishers, 1989, 654 s. ISBN 0060437847. info
• Magurran A.E. (1988) Ecological Diversity and Its Measurement. Cambridge University Press, UK.
• Jongman, Ter Braak and Van Tongeren (1995). Data analysis in community and landscape ekology, Cambridge University Press, Cambridge

Výukové metody

Teoretické přednášky doplněné komentovanými příklady, studenti jsou podporováni v kladení otázek týkajících se probírané látky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen písemnou zkouškou zaměřenou zejména na principy analýzy biodiverzitních dat, předpoklady výpočtů a jejich aplikaci.

Informace učitele

http://www.cba.muni.cz/vyuka/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Bi5980 Statistické hodnocení biodiverzity

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Simona Littnerová, Ph.D. (cvičící)
RNDr. Danka Haruštiaková, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: RECETOX – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 18. 9. až Pá 15. 12. Čt 9:00–10:50 F01B1/709

Předpoklady

Vzhledem k unikátnosti většiny metod v této oblasti není nezbytné vzdělávání v biostatistických metodách, předpokladem je pouze základní znalost principů statistických testů a provádění odhadů a znalost matematiky v rozsahu střední školy. Naopak nutným předpokladem je znalost populační biologie a ekologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

V závěru pokročilého kurzu analýzy biodiverzity je student schopen: Připravit datový soubor pro analýzu biodiverzitních dat; Vizualizovat různými způsoby strukturu biologických společenstev a jejich biodiverzitu; Popsat biodiverzitu indexy diverzity včetně jejich variability; Aplikovat species-abundance modely včetně jejich na niku orientované varianty; Rozhodnout o použití korektní metody vícerozměrné analýzy biologických společenstev; Interpretovat různé způsoby hodnocení biodiverzity jak z jejich výpočetního, tak ekologického hlediska. Orientovat se v nabídce software pro analýzu biodiverzity.

Osnova

• 1. Biodiverzita jako pojem. Duální koncept hodnocení biodiverzity. Funkční, genetická, strukturní a taxonomická biodiverzita. Biodiverzita v datech. Biodiverzita v grafech. Publikační možnosti analýzy dat týkajících se diverzity na různých úrovních organizace biologických systémů. 2. Indexy diverzity. Druhová bohatost, heterogenita rozložení abundancí v rámci biologických společenstev. 3. Ekvitabilita a její hodnocení. Intervaly spolehlivosti pro různé indexy diverzity, aproximace možných maximálních a minimálních hodnot. Rarefaction jako využitelná technika. Numerická realizace výpočtu rarefaction křivek, variabilita ve výpočtu této metody. 4. Analýza kumulativních "species-abundance" křivek, hodnocení tzv. Q statistiky. Srovnání se standardními technikami hodnocení biodiversity. 5. Species - abundance stochastické modely, typy, algoritmy výpočtu, možnosti grafické prezentace. Příklady. "Niche-oriented species - abundance modelling" 6. Využití počítačové simulace při hodnocení biodiversity. Boostraping a Jackknifing jako techniky odhadu variability různých ukazatelů biodiversity. 7. Aplikovatelnost parametrických a neparametrických technik při hodnocení biodiversity, parametrické hodnocení biodiversity ve vícerozměrných analýzách. 8. Možnosti frakcionace biologických společenstev a následná analýza biodiversity získaných podjednotek. 9. Pokročilé metody analýzy dat biodiverzity Markovovy řetězy jako technika využitelná pro analýzu dat týkajících se biodiversity. Koncept „nestedness“ a jeho využití při analýze dat společenstev Analýza niky, jejího obsazení a kompetice taxonů ADE4, ENFA a další vícerozměrné SW a metody specializované na analýzu dat biodiverzity 10. Případové studie.

Literatura

• LEGENDRE, Pierre a Louis LEGENDRE. Numerical ecology. 2nd engl. ed. Amsterdam: Elsevier, 1998, xv, 853 s. ISBN 0-444-89249-4. info
• J. H. Zar (1984). Biostatistical analysis. Prentice Hall. New Jersey.
• KREBS, Charles J. Ecological Methodology. New York: Harper Collins Publishers, 1989, 654 s. ISBN 0060437847. info
• Magurran A.E. (1988) Ecological Diversity and Its Measurement. Cambridge University Press, UK.
• Jongman, Ter Braak and Van Tongeren (1995). Data analysis in community and landscape ekology, Cambridge University Press, Cambridge

Výukové metody

Teoretické přednášky doplněné komentovanými příklady, studenti jsou podporováni v kladení otázek týkajících se probírané látky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen písemnou zkouškou zaměřenou zejména na principy analýzy biodiverzitních dat, předpoklady výpočtů a jejich aplikaci.

Informace učitele

http://www.cba.muni.cz/vyuka/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Bi5980 Statistické hodnocení biodiverzity

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Simona Littnerová, Ph.D. (cvičící)
RNDr. Danka Haruštiaková, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: RECETOX – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 19. 9. až Ne 18. 12. Čt 9:00–10:50 F01B1/709

Předpoklady

Vzhledem k unikátnosti většiny metod v této oblasti není nezbytné vzdělávání v biostatistických metodách, předpokladem je pouze základní znalost principů statistických testů a provádění odhadů a znalost matematiky v rozsahu střední školy. Naopak nutným předpokladem je znalost populační biologie a ekologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

V závěru pokročilého kurzu analýzy biodiverzity je student schopen: Připravit datový soubor pro analýzu biodiverzitních dat; Vizualizovat různými způsoby strukturu biologických společenstev a jejich biodiverzitu; Popsat biodiverzitu indexy diverzity včetně jejich variability; Aplikovat species-abundance modely včetně jejich na niku orientované varianty; Rozhodnout o použití korektní metody vícerozměrné analýzy biologických společenstev; Interpretovat různé způsoby hodnocení biodiverzity jak z jejich výpočetního, tak ekologického hlediska. Orientovat se v nabídce software pro analýzu biodiverzity.

Osnova

• 1. Biodiverzita jako pojem. Duální koncept hodnocení biodiverzity. Funkční, genetická, strukturní a taxonomická biodiverzita. Biodiverzita v datech. Biodiverzita v grafech. Publikační možnosti analýzy dat týkajících se diverzity na různých úrovních organizace biologických systémů. 2. Indexy diverzity. Druhová bohatost, heterogenita rozložení abundancí v rámci biologických společenstev. 3. Ekvitabilita a její hodnocení. Intervaly spolehlivosti pro různé indexy diverzity, aproximace možných maximálních a minimálních hodnot. Rarefaction jako využitelná technika. Numerická realizace výpočtu rarefaction křivek, variabilita ve výpočtu této metody. 4. Analýza kumulativních "species-abundance" křivek, hodnocení tzv. Q statistiky. Srovnání se standardními technikami hodnocení biodiversity. 5. Species - abundance stochastické modely, typy, algoritmy výpočtu, možnosti grafické prezentace. Příklady. "Niche-oriented species - abundance modelling" 6. Využití počítačové simulace při hodnocení biodiversity. Boostraping a Jackknifing jako techniky odhadu variability různých ukazatelů biodiversity. 7. Aplikovatelnost parametrických a neparametrických technik při hodnocení biodiversity, parametrické hodnocení biodiversity ve vícerozměrných analýzách. 8. Možnosti frakcionace biologických společenstev a následná analýza biodiversity získaných podjednotek. 9. Pokročilé metody analýzy dat biodiverzity Markovovy řetězy jako technika využitelná pro analýzu dat týkajících se biodiversity. Koncept „nestedness“ a jeho využití při analýze dat společenstev Analýza niky, jejího obsazení a kompetice taxonů ADE4, ENFA a další vícerozměrné SW a metody specializované na analýzu dat biodiverzity 10. Případové studie.

Literatura

• LEGENDRE, Pierre a Louis LEGENDRE. Numerical ecology. 2nd engl. ed. Amsterdam: Elsevier, 1998, xv, 853 s. ISBN 0-444-89249-4. info
• J. H. Zar (1984). Biostatistical analysis. Prentice Hall. New Jersey.
• KREBS, Charles J. Ecological Methodology. New York: Harper Collins Publishers, 1989, 654 s. ISBN 0060437847. info
• Magurran A.E. (1988) Ecological Diversity and Its Measurement. Cambridge University Press, UK.
• Jongman, Ter Braak and Van Tongeren (1995). Data analysis in community and landscape ekology, Cambridge University Press, Cambridge

Výukové metody

Teoretické přednášky doplněné komentovanými příklady, studenti jsou podporováni v kladení otázek týkajících se probírané látky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen písemnou zkouškou zaměřenou zejména na principy analýzy biodiverzitních dat, předpoklady výpočtů a jejich aplikaci.

Informace učitele

http://www.cba.muni.cz/vyuka/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Bi5980 Statistické hodnocení biodiverzity

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Simona Littnerová, Ph.D. (cvičící)
RNDr. Danka Haruštiaková, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: RECETOX – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Čt 9:00–10:50 D29/347-RCX2

Předpoklady

Vzhledem k unikátnosti většiny metod v této oblasti není nezbytné vzdělávání v biostatistických metodách, předpokladem je pouze základní znalost principů statistických testů a provádění odhadů a znalost matematiky v rozsahu střední školy. Naopak nutným předpokladem je znalost populační biologie a ekologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

V závěru pokročilého kurzu analýzy biodiverzity je student schopen: Připravit datový soubor pro analýzu biodiverzitních dat; Vizualizovat různými způsoby strukturu biologických společenstev a jejich biodiverzitu; Popsat biodiverzitu indexy diverzity včetně jejich variability; Aplikovat species-abundance modely včetně jejich na niku orientované varianty; Rozhodnout o použití korektní metody vícerozměrné analýzy biologických společenstev; Interpretovat různé způsoby hodnocení biodiverzity jak z jejich výpočetního, tak ekologického hlediska. Orientovat se v nabídce software pro analýzu biodiverzity.

Osnova

• 1. Biodiverzita jako pojem. Duální koncept hodnocení biodiverzity. Funkční, genetická, strukturní a taxonomická biodiverzita. Biodiverzita v datech. Biodiverzita v grafech. Publikační možnosti analýzy dat týkajících se diverzity na různých úrovních organizace biologických systémů. 2. Indexy diverzity. Druhová bohatost, heterogenita rozložení abundancí v rámci biologických společenstev. 3. Ekvitabilita a její hodnocení. Intervaly spolehlivosti pro různé indexy diverzity, aproximace možných maximálních a minimálních hodnot. Rarefaction jako využitelná technika. Numerická realizace výpočtu rarefaction křivek, variabilita ve výpočtu této metody. 4. Analýza kumulativních "species-abundance" křivek, hodnocení tzv. Q statistiky. Srovnání se standardními technikami hodnocení biodiversity. 5. Species - abundance stochastické modely, typy, algoritmy výpočtu, možnosti grafické prezentace. Příklady. "Niche-oriented species - abundance modelling" 6. Využití počítačové simulace při hodnocení biodiversity. Boostraping a Jackknifing jako techniky odhadu variability různých ukazatelů biodiversity. 7. Aplikovatelnost parametrických a neparametrických technik při hodnocení biodiversity, parametrické hodnocení biodiversity ve vícerozměrných analýzách. 8. Možnosti frakcionace biologických společenstev a následná analýza biodiversity získaných podjednotek. 9. Pokročilé metody analýzy dat biodiverzity Markovovy řetězy jako technika využitelná pro analýzu dat týkajících se biodiversity. Koncept „nestedness“ a jeho využití při analýze dat společenstev Analýza niky, jejího obsazení a kompetice taxonů ADE4, ENFA a další vícerozměrné SW a metody specializované na analýzu dat biodiverzity 10. Případové studie.

Literatura

• LEGENDRE, Pierre a Louis LEGENDRE. Numerical ecology. 2nd engl. ed. Amsterdam: Elsevier, 1998, xv, 853 s. ISBN 0-444-89249-4. info
• J. H. Zar (1984). Biostatistical analysis. Prentice Hall. New Jersey.
• KREBS, Charles J. Ecological Methodology. New York: Harper Collins Publishers, 1989, 654 s. ISBN 0060437847. info
• Magurran A.E. (1988) Ecological Diversity and Its Measurement. Cambridge University Press, UK.
• Jongman, Ter Braak and Van Tongeren (1995). Data analysis in community and landscape ekology, Cambridge University Press, Cambridge

Výukové metody

Teoretické přednášky doplněné komentovanými příklady, studenti jsou podporováni v kladení otázek týkajících se probírané látky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen písemnou zkouškou zaměřenou zejména na principy analýzy biodiverzitních dat, předpoklady výpočtů a jejich aplikaci.

Informace učitele

http://www.cba.muni.cz/vyuka/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Bi5980 Statistické hodnocení biodiverzity

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Simona Littnerová, Ph.D. (cvičící)
RNDr. Danka Haruštiaková, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: RECETOX – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Čt 10:00–11:50 F01B1/709

Předpoklady

Vzhledem k unikátnosti většiny metod v této oblasti není nezbytné vzdělávání v biostatistických metodách, předpokladem je pouze základní znalost principů statistických testů a provádění odhadů a znalost matematiky v rozsahu střední školy. Naopak nutným předpokladem je znalost populační biologie a ekologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

V závěru pokročilého kurzu analýzy biodiverzity je student schopen: Připravit datový soubor pro analýzu biodiverzitních dat; Vizualizovat různými způsoby strukturu biologických společenstev a jejich biodiverzitu; Popsat biodiverzitu indexy diverzity včetně jejich variability; Aplikovat species-abundance modely včetně jejich na niku orientované varianty; Rozhodnout o použití korektní metody vícerozměrné analýzy biologických společenstev; Interpretovat různé způsoby hodnocení biodiverzity jak z jejich výpočetního, tak ekologického hlediska. Orientovat se v nabídce software pro analýzu biodiverzity.

Osnova

• 1. Biodiverzita jako pojem. Duální koncept hodnocení biodiverzity. Funkční, genetická, strukturní a taxonomická biodiverzita. Biodiverzita v datech. Biodiverzita v grafech. Publikační možnosti analýzy dat týkajících se diverzity na různých úrovních organizace biologických systémů. 2. Indexy diverzity. Druhová bohatost, heterogenita rozložení abundancí v rámci biologických společenstev. 3. Ekvitabilita a její hodnocení. Intervaly spolehlivosti pro různé indexy diverzity, aproximace možných maximálních a minimálních hodnot. Rarefaction jako využitelná technika. Numerická realizace výpočtu rarefaction křivek, variabilita ve výpočtu této metody. 4. Analýza kumulativních "species-abundance" křivek, hodnocení tzv. Q statistiky. Srovnání se standardními technikami hodnocení biodiversity. 5. Species - abundance stochastické modely, typy, algoritmy výpočtu, možnosti grafické prezentace. Příklady. "Niche-oriented species - abundance modelling" 6. Využití počítačové simulace při hodnocení biodiversity. Boostraping a Jackknifing jako techniky odhadu variability různých ukazatelů biodiversity. 7. Aplikovatelnost parametrických a neparametrických technik při hodnocení biodiversity, parametrické hodnocení biodiversity ve vícerozměrných analýzách. 8. Možnosti frakcionace biologických společenstev a následná analýza biodiversity získaných podjednotek. 9. Pokročilé metody analýzy dat biodiverzity Markovovy řetězy jako technika využitelná pro analýzu dat týkajících se biodiversity. Koncept „nestedness“ a jeho využití při analýze dat společenstev Analýza niky, jejího obsazení a kompetice taxonů ADE4, ENFA a další vícerozměrné SW a metody specializované na analýzu dat biodiverzity 10. Případové studie.

Literatura

• LEGENDRE, Pierre a Louis LEGENDRE. Numerical ecology. 2nd engl. ed. Amsterdam: Elsevier, 1998, xv, 853 s. ISBN 0-444-89249-4. info
• J. H. Zar (1984). Biostatistical analysis. Prentice Hall. New Jersey.
• KREBS, Charles J. Ecological Methodology. New York: Harper Collins Publishers, 1989, 654 s. ISBN 0060437847. info
• Magurran A.E. (1988) Ecological Diversity and Its Measurement. Cambridge University Press, UK.
• Jongman, Ter Braak and Van Tongeren (1995). Data analysis in community and landscape ekology, Cambridge University Press, Cambridge

Výukové metody

Teoretické přednášky doplněné komentovanými příklady, studenti jsou podporováni v kladení otázek týkajících se probírané látky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen písemnou zkouškou zaměřenou zejména na principy analýzy biodiverzitních dat, předpoklady výpočtů a jejich aplikaci.

Informace učitele

http://www.cba.muni.cz/vyuka/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Bi5980 Statistické hodnocení biodiverzity

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Simona Littnerová, Ph.D. (cvičící)
RNDr. Danka Haruštiaková, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: RECETOX – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

St 8:00–9:50 F01B1/709

Předpoklady

Vzhledem k unikátnosti většiny metod v této oblasti není nezbytné vzdělávání v biostatistických metodách, předpokladem je pouze základní znalost principů statistických testů a provádění odhadů a znalost matematiky v rozsahu střední školy. Naopak nutným předpokladem je znalost populační biologie a ekologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

V závěru pokročilého kurzu analýzy biodiverzity je student schopen: Připravit datový soubor pro analýzu biodiverzitních dat; Vizualizovat různými způsoby strukturu biologických společenstev a jejich biodiverzitu; Popsat biodiverzitu indexy diverzity včetně jejich variability; Aplikovat species-abundance modely včetně jejich na niku orientované varianty; Rozhodnout o použití korektní metody vícerozměrné analýzy biologických společenstev; Interpretovat různé způsoby hodnocení biodiverzity jak z jejich výpočetního, tak ekologického hlediska. Orientovat se v nabídce software pro analýzu biodiverzity.

Osnova

• 1. Biodiverzita jako pojem. Duální koncept hodnocení biodiverzity. Funkční, genetická, strukturní a taxonomická biodiverzita. Biodiverzita v datech. Biodiverzita v grafech. Publikační možnosti analýzy dat týkajících se diverzity na různých úrovních organizace biologických systémů. 2. Indexy diverzity. Druhová bohatost, heterogenita rozložení abundancí v rámci biologických společenstev. 3. Ekvitabilita a její hodnocení. Intervaly spolehlivosti pro různé indexy diverzity, aproximace možných maximálních a minimálních hodnot. Rarefaction jako využitelná technika. Numerická realizace výpočtu rarefaction křivek, variabilita ve výpočtu této metody. 4. Analýza kumulativních "species-abundance" křivek, hodnocení tzv. Q statistiky. Srovnání se standardními technikami hodnocení biodiversity. 5. Species - abundance stochastické modely, typy, algoritmy výpočtu, možnosti grafické prezentace. Příklady. "Niche-oriented species - abundance modelling" 6. Využití počítačové simulace při hodnocení biodiversity. Boostraping a Jackknifing jako techniky odhadu variability různých ukazatelů biodiversity. 7. Aplikovatelnost parametrických a neparametrických technik při hodnocení biodiversity, parametrické hodnocení biodiversity ve vícerozměrných analýzách. 8. Možnosti frakcionace biologických společenstev a následná analýza biodiversity získaných podjednotek. 9. Pokročilé metody analýzy dat biodiverzity Markovovy řetězy jako technika využitelná pro analýzu dat týkajících se biodiversity. Koncept „nestedness“ a jeho využití při analýze dat společenstev Analýza niky, jejího obsazení a kompetice taxonů ADE4, ENFA a další vícerozměrné SW a metody specializované na analýzu dat biodiverzity 10. Případové studie.

Literatura

• LEGENDRE, Pierre a Louis LEGENDRE. Numerical ecology. 2nd engl. ed. Amsterdam: Elsevier, 1998, xv, 853 s. ISBN 0-444-89249-4. info
• J. H. Zar (1984). Biostatistical analysis. Prentice Hall. New Jersey.
• KREBS, Charles J. Ecological Methodology. New York: Harper Collins Publishers, 1989, 654 s. ISBN 0060437847. info
• Magurran A.E. (1988) Ecological Diversity and Its Measurement. Cambridge University Press, UK.
• Jongman, Ter Braak and Van Tongeren (1995). Data analysis in community and landscape ekology, Cambridge University Press, Cambridge

Výukové metody

Teoretické přednášky doplněné komentovanými příklady, studenti jsou podporováni v kladení otázek týkajících se probírané látky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen písemnou zkouškou zaměřenou zejména na principy analýzy biodiverzitních dat, předpoklady výpočtů a jejich aplikaci.

Informace učitele

http://www.cba.muni.cz/vyuka/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Bi5980 Statistické hodnocení biodiverzity

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Simona Littnerová, Ph.D. (cvičící)
RNDr. Danka Haruštiaková, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: RECETOX – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

St 15:00–16:50 F01B1/709

Předpoklady

Vzhledem k unikátnosti většiny metod v této oblasti není nezbytné vzdělávání v biostatistických metodách, předpokladem je pouze základní znalost principů statistických testů a provádění odhadů a znalost matematiky v rozsahu střední školy. Naopak nutným předpokladem je znalost populační biologie a ekologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

V závěru pokročilého kurzu analýzy biodiverzity je student schopen: Připravit datový soubor pro analýzu biodiverzitních dat; Vizualizovat různými způsoby strukturu biologických společenstev a jejich biodiverzitu; Popsat biodiverzitu indexy diverzity včetně jejich variability; Aplikovat species-abundance modely včetně jejich na niku orientované varianty; Rozhodnout o použití korektní metody vícerozměrné analýzy biologických společenstev; Interpretovat různé způsoby hodnocení biodiverzity jak z jejich výpočetního, tak ekologického hlediska. Orientovat se v nabídce software pro analýzu biodiverzity.

Osnova

• 1. Biodiverzita jako pojem. Duální koncept hodnocení biodiverzity. Funkční, genetická, strukturní a taxonomická biodiverzita. Biodiverzita v datech. Biodiverzita v grafech. Publikační možnosti analýzy dat týkajících se diverzity na různých úrovních organizace biologických systémů. 2. Indexy diverzity. Druhová bohatost, heterogenita rozložení abundancí v rámci biologických společenstev. 3. Ekvitabilita a její hodnocení. Intervaly spolehlivosti pro různé indexy diverzity, aproximace možných maximálních a minimálních hodnot. Rarefaction jako využitelná technika. Numerická realizace výpočtu rarefaction křivek, variabilita ve výpočtu této metody. 4. Analýza kumulativních "species-abundance" křivek, hodnocení tzv. Q statistiky. Srovnání se standardními technikami hodnocení biodiversity. 5. Species - abundance stochastické modely, typy, algoritmy výpočtu, možnosti grafické prezentace. Příklady. "Niche-oriented species - abundance modelling" 6. Využití počítačové simulace při hodnocení biodiversity. Boostraping a Jackknifing jako techniky odhadu variability různých ukazatelů biodiversity. 7. Aplikovatelnost parametrických a neparametrických technik při hodnocení biodiversity, parametrické hodnocení biodiversity ve vícerozměrných analýzách. 8. Možnosti frakcionace biologických společenstev a následná analýza biodiversity získaných podjednotek. 9. Pokročilé metody analýzy dat biodiverzity Markovovy řetězy jako technika využitelná pro analýzu dat týkajících se biodiversity. Koncept „nestedness“ a jeho využití při analýze dat společenstev Analýza niky, jejího obsazení a kompetice taxonů ADE4, ENFA a další vícerozměrné SW a metody specializované na analýzu dat biodiverzity 10. Případové studie.

Literatura

• LEGENDRE, Pierre a Louis LEGENDRE. Numerical ecology. 2nd engl. ed. Amsterdam: Elsevier, 1998, xv, 853 s. ISBN 0-444-89249-4. info
• J. H. Zar (1984). Biostatistical analysis. Prentice Hall. New Jersey.
• KREBS, Charles J. Ecological Methodology. New York: Harper Collins Publishers, 1989, 654 s. ISBN 0060437847. info
• Magurran A.E. (1988) Ecological Diversity and Its Measurement. Cambridge University Press, UK.
• Jongman, Ter Braak and Van Tongeren (1995). Data analysis in community and landscape ekology, Cambridge University Press, Cambridge

Výukové metody

Teoretické přednášky doplněné komentovanými příklady, studenti jsou podporováni v kladení otázek týkajících se probírané látky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen písemnou zkouškou zaměřenou zejména na principy analýzy biodiverzitních dat, předpoklady výpočtů a jejich aplikaci.

Informace učitele

http://www.cba.muni.cz/vyuka/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Bi5980 Statistické hodnocení biodiverzity

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Danka Haruštiaková, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Simona Littnerová, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.

Rozvrh

St 12:00–13:50 F01B1/709

Předpoklady

Vzhledem k unikátnosti většiny metod v této oblasti není nezbytné vzdělávání v biostatistických metodách, předpokladem je pouze základní znalost principů statistických testů a provádění odhadů a znalost matematiky v rozsahu střední školy. Naopak nutným předpokladem je znalost populační biologie a ekologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

V závěru pokročilého kurzu analýzy biodiverzity je student schopen: Připravit datový soubor pro analýzu biodiverzitních dat; Vizualizovat různými způsoby strukturu biologických společenstev a jejich biodiverzitu; Popsat biodiverzitu indexy diverzity včetně jejich variability; Aplikovat species-abundance modely včetně jejich na niku orientované varianty; Rozhodnout o použití korektní metody vícerozměrné analýzy biologických společenstev; Interpretovat různé způsoby hodnocení biodiverzity jak z jejich výpočetního, tak ekologického hlediska. Orientovat se v nabídce software pro analýzu biodiverzity.

Osnova

• 1. Biodiverzita jako pojem. Duální koncept hodnocení biodiverzity. Funkční, genetická, strukturní a taxonomická biodiverzita. Biodiverzita v datech. Biodiverzita v grafech. Publikační možnosti analýzy dat týkajících se diverzity na různých úrovních organizace biologických systémů. 2. Indexy diverzity. Druhová bohatost, heterogenita rozložení abundancí v rámci biologických společenstev. 3. Ekvitabilita a její hodnocení. Intervaly spolehlivosti pro různé indexy diverzity, aproximace možných maximálních a minimálních hodnot. Rarefaction jako využitelná technika. Numerická realizace výpočtu rarefaction křivek, variabilita ve výpočtu této metody. 4. Analýza kumulativních "species-abundance" křivek, hodnocení tzv. Q statistiky. Srovnání se standardními technikami hodnocení biodiversity. 5. Species - abundance stochastické modely, typy, algoritmy výpočtu, možnosti grafické prezentace. Příklady. "Niche-oriented species - abundance modelling" 6. Využití počítačové simulace při hodnocení biodiversity. Boostraping a Jackknifing jako techniky odhadu variability různých ukazatelů biodiversity. 7. Aplikovatelnost parametrických a neparametrických technik při hodnocení biodiversity, parametrické hodnocení biodiversity ve vícerozměrných analýzách. 8. Možnosti frakcionace biologických společenstev a následná analýza biodiversity získaných podjednotek. 9. Pokročilé metody analýzy dat biodiverzity Markovovy řetězy jako technika využitelná pro analýzu dat týkajících se biodiversity. Koncept „nestedness“ a jeho využití při analýze dat společenstev Analýza niky, jejího obsazení a kompetice taxonů ADE4, ENFA a další vícerozměrné SW a metody specializované na analýzu dat biodiverzity 10. Případové studie.

Literatura

• LEGENDRE, Pierre a Louis LEGENDRE. Numerical ecology. 2nd engl. ed. Amsterdam: Elsevier, 1998, xv, 853 s. ISBN 0-444-89249-4. info
• J. H. Zar (1984). Biostatistical analysis. Prentice Hall. New Jersey.
• KREBS, Charles J. Ecological Methodology. New York: Harper Collins Publishers, 1989, 654 s. ISBN 0060437847. info
• Magurran A.E. (1988) Ecological Diversity and Its Measurement. Cambridge University Press, UK.
• Jongman, Ter Braak and Van Tongeren (1995). Data analysis in community and landscape ekology, Cambridge University Press, Cambridge

Výukové metody

Teoretické přednášky doplněné komentovanými příklady, studenti jsou podporováni v kladení otázek týkajících se probírané látky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen písemnou zkouškou zaměřenou zejména na principy analýzy biodiverzitních dat, předpoklady výpočtů a jejich aplikaci.

Informace učitele

http://www.cba.muni.cz/vyuka/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Bi5980 Statistické hodnocení biodiverzity

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Danka Haruštiaková, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.

Rozvrh

Út 16:00–17:50 F01B1/709

Předpoklady

Vzhledem k unikátnosti většiny metod v této oblasti není nezbytné vzdělávání v biostatistických metodách, předpokladem je pouze základní znalost principů statistických testů a provádění odhadů a znalost matematiky v rozsahu střední školy. Naopak nutným předpokladem je znalost populační biologie a ekologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-BI)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Ekotoxikologie)
• Obecná biologie (program PřF, N-BI, směr Ekotoxikologie)

Cíle předmětu

V závěru pokročilého kurzu analýzy biodiverzity je student schopen: Připravit datový soubor pro analýzu biodiverzitních dat; Vizualizovat různými způsoby strukturu biologických společenstev a jejich biodiverzitu; Popsat biodiverzitu indexy diverzity včetně jejich variability; Aplikovat species-abundance modely včetně jejich na niku orientované varianty; Rozhodnout o použití korektní metody vícerozměrné analýzy biologických společenstev; Interpretovat různé způsoby hodnocení biodiverzity jak z jejich výpočetního, tak ekologického hlediska. Orientovat se v nabídce software pro analýzu biodiverzity.

Osnova

• 1. Biodiverzita jako pojem. Duální koncept hodnocení biodiverzity. Funkční, genetická, strukturní a taxonomická biodiverzita. Biodiverzita v datech. Biodiverzita v grafech. Publikační možnosti analýzy dat týkajících se diverzity na různých úrovních organizace biologických systémů. 2. Indexy diverzity. Druhová bohatost, heterogenita rozložení abundancí v rámci biologických společenstev. 3. Ekvitabilita a její hodnocení. Intervaly spolehlivosti pro různé indexy diverzity, aproximace možných maximálních a minimálních hodnot. Rarefaction jako využitelná technika. Numerická realizace výpočtu rarefaction křivek, variabilita ve výpočtu této metody. 4. Analýza kumulativních "species-abundance" křivek, hodnocení tzv. Q statistiky. Srovnání se standardními technikami hodnocení biodiversity. 5. Species - abundance stochastické modely, typy, algoritmy výpočtu, možnosti grafické prezentace. Příklady. "Niche-oriented species - abundance modelling" 6. Využití počítačové simulace při hodnocení biodiversity. Boostraping a Jackknifing jako techniky odhadu variability různých ukazatelů biodiversity. 7. Aplikovatelnost parametrických a neparametrických technik při hodnocení biodiversity, parametrické hodnocení biodiversity ve vícerozměrných analýzách. 8. Možnosti frakcionace biologických společenstev a následná analýza biodiversity získaných podjednotek. 9. Pokročilé metody analýzy dat biodiverzity Markovovy řetězy jako technika využitelná pro analýzu dat týkajících se biodiversity. Koncept „nestedness“ a jeho využití při analýze dat společenstev Analýza niky, jejího obsazení a kompetice taxonů ADE4, ENFA a další vícerozměrné SW a metody specializované na analýzu dat biodiverzity 10. Případové studie.

Literatura

• LEGENDRE, Pierre a Louis LEGENDRE. Numerical ecology. 2nd engl. ed. Amsterdam: Elsevier, 1998, xv, 853 s. ISBN 0-444-89249-4. info
• J. H. Zar (1984). Biostatistical analysis. Prentice Hall. New Jersey.
• KREBS, Charles J. Ecological Methodology. New York: Harper Collins Publishers, 1989, 654 s. ISBN 0060437847. info
• Magurran A.E. (1988) Ecological Diversity and Its Measurement. Cambridge University Press, UK.
• Jongman, Ter Braak and Van Tongeren (1995). Data analysis in community and landscape ekology, Cambridge University Press, Cambridge

Výukové metody

Teoretické přednášky doplněné komentovanými příklady, studenti jsou podporováni v kladení otázek týkajících se probírané látky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen písemnou zkouškou zaměřenou zejména na principy analýzy biodiverzitních dat, předpoklady výpočtů a jejich aplikaci.

Informace učitele

http://www.cba.muni.cz/vyuka/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Bi5980 Statistické hodnocení biodiverzity

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Danka Haruštiaková, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.

Rozvrh

Út 16:00–19:50 BR3

Předpoklady

Vzhledem k unikátnosti většiny metod v této oblasti není nezbytné vzdělávání v biostatistických metodách, předpokladem je pouze základní znalost principů statistických testů a provádění odhadů a znalost matematiky v rozsahu střední školy. Naopak nutným předpokladem je znalost populační biologie a ekologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-BI)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Ekotoxikologie)
• Obecná biologie (program PřF, N-BI, směr Ekotoxikologie)

Cíle předmětu

V závěru pokročilého kurzu analýzy biodiverzity je student schopen: Připravit datový soubor pro analýzu biodiverzitních dat; Vizualizovat různými způsoby strukturu biologických společenstev a jejich biodiverzitu; Popsat biodiverzitu indexy diverzity včetně jejich variability; Aplikovat species-abundance modely včetně jejich na niku orientované varianty; Rozhodnout o použití korektní metody vícerozměrné analýzy biologických společenstev; Interpretovat různé způsoby hodnocení biodiverzity jak z jejich výpočetního, tak ekologického hlediska. Orientovat se v nabídce software pro analýzu biodiverzity.

Osnova

• 1. Biodiverzita jako pojem. Duální koncept hodnocení biodiverzity. Funkční, genetická, strukturní a taxonomická biodiverzita. Biodiverzita v datech. Biodiverzita v grafech. Publikační možnosti analýzy dat týkajících se diverzity na různých úrovních organizace biologických systémů. 2. Indexy diverzity. Druhová bohatost, heterogenita rozložení abundancí v rámci biologických společenstev. 3. Ekvitabilita a její hodnocení. Intervaly spolehlivosti pro různé indexy diverzity, aproximace možných maximálních a minimálních hodnot. Rarefaction jako využitelná technika. Numerická realizace výpočtu rarefaction křivek, variabilita ve výpočtu této metody. 4. Analýza kumulativních "species-abundance" křivek, hodnocení tzv. Q statistiky. Srovnání se standardními technikami hodnocení biodiversity. 5. Species - abundance stochastické modely, typy, algoritmy výpočtu, možnosti grafické prezentace. Příklady. "Niche-oriented species - abundance modelling" 6. Využití počítačové simulace při hodnocení biodiversity. Boostraping a Jackknifing jako techniky odhadu variability různých ukazatelů biodiversity. 7. Aplikovatelnost parametrických a neparametrických technik při hodnocení biodiversity, parametrické hodnocení biodiversity ve vícerozměrných analýzách. 8. Možnosti frakcionace biologických společenstev a následná analýza biodiversity získaných podjednotek. 9. Pokročilé metody analýzy dat biodiverzity Markovovy řetězy jako technika využitelná pro analýzu dat týkajících se biodiversity. Koncept „nestedness“ a jeho využití při analýze dat společenstev Analýza niky, jejího obsazení a kompetice taxonů ADE4, ENFA a další vícerozměrné SW a metody specializované na analýzu dat biodiverzity 10. Případové studie.

Literatura

• LEGENDRE, Pierre a Louis LEGENDRE. Numerical ecology. 2nd engl. ed. Amsterdam: Elsevier, 1998, xv, 853 s. ISBN 0-444-89249-4. info
• J. H. Zar (1984). Biostatistical analysis. Prentice Hall. New Jersey.
• KREBS, Charles J. Ecological Methodology. New York: Harper Collins Publishers, 1989, 654 s. ISBN 0060437847. info
• Magurran A.E. (1988) Ecological Diversity and Its Measurement. Cambridge University Press, UK.
• Jongman, Ter Braak and Van Tongeren (1995). Data analysis in community and landscape ekology, Cambridge University Press, Cambridge

Výukové metody

Teoretické přednášky doplněné komentovanými příklady, studenti jsou podporováni v kladení otázek týkajících se probírané látky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen písemnou zkouškou zaměřenou zejména na principy analýzy biodiverzitních dat, předpoklady výpočtů a jejich aplikaci.

Informace učitele

http://www.cba.muni.cz/vyuka/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Bi5980 Statistické hodnocení biodiverzity

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Danka Haruštiaková, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.

Rozvrh

Út 14:00–17:50 G2,02003

Předpoklady

Vzhledem k unikátnosti většiny metod v této oblasti není nezbytné vzdělávání v biostatistických metodách, předpokladem je pouze základní znalost principů statistických testů a provádění odhadů a znalost matematiky v rozsahu střední školy. Naopak nutným předpokladem je znalost populační biologie a ekologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-BI)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Ekotoxikologie)
• Obecná biologie (program PřF, N-BI, směr Ekotoxikologie)

Cíle předmětu

Pokročilý předmět vyčerpávající výuku nejrůznějších metod hodnocení biodiverzity od jednoduchých indexů až po stochastické modely popisující vztahy druh - abundance ("species-abundance models"). Výuka klade důraz především na vysvětlení interpretace jednotlivých metrik a vymezení jejich aplikovatelnosti a limitů. Veškeré metody jsou vysvětlovány ve vztahu k praktickým postupům při vzorkování biologických populací.

Osnova

• 1. Biodiverzita jako pojem. Duální koncept hodnocení biodiverzity. Funkční, genetická, strukturní a taxonomická biodiverzita. Biodiverzita v datech. Biodiverzita v grafech. Publikační možnosti analýzy dat týkajících se diverzity na různých úrovních organizace biologických systémů. 2. Indexy diverzity. Druhová bohatost, heterogenita rozložení abundancí v rámci biologických společenstev. 3. Ekvitabilita a její hodnocení. Intervaly spolehlivosti pro různé indexy diverzity, aproximace možných maximálních a minimálních hodnot. Rarefaction jako využitelná technika. Numerická realizace výpočtu rarefaction křivek, variabilita ve výpočtu této metody. 4. Analýza kumulativních "species-abundance" křivek, hodnocení tzv. Q statistiky. Srovnání se standardními technikami hodnocení biodiversity. 5. Species - abundance stochastické modely, typy, algoritmy výpočtu, možnosti grafické prezentace. Příklady. "Niche-oriented species - abundance modelling" 6. Využití počítačové simulace při hodnocení biodiversity. Boostraping a Jackknifing jako techniky odhadu variability různých ukazatelů biodiversity. 7. Aplikovatelnost parametrických a neparametrických technik při hodnocení biodiversity, parametrické hodnocení biodiversity ve vícerozměrných analýzách. 8. Možnosti frakcionace biologických společenstev a následná analýza biodiversity získaných podjednotek. 9. Pokročilé metody analýzy dat biodiverzity Markovovy řetězy jako technika využitelná pro analýzu dat týkajících se biodiversity. Koncept „nestedness“ a jeho využití při analýze dat společenstev Analýza niky, jejího obsazení a kompetice taxonů ADE4, ENFA a další vícerozměrné SW a metody specializované na analýzu dat biodiverzity 10. Případové studie.

Literatura

• LEGENDRE, Pierre a Louis LEGENDRE. Numerical ecology. 2nd engl. ed. Amsterdam: Elsevier, 1998, xv, 853 s. ISBN 0-444-89249-4. info
• J. H. Zar (1984). Biostatistical analysis. Prentice Hall. New Jersey.
• KREBS, Charles J. Ecological Methodology. New York: Harper Collins Publishers, 1989, 654 s. ISBN 0060437847. info
• Magurran A.E. (1988) Ecological Diversity and Its Measurement. Cambridge University Press, UK.
• Jongman, Ter Braak and Van Tongeren (1995). Data analysis in community and landscape ekology, Cambridge University Press, Cambridge

Metody hodnocení

Předmět je ukončen písemnou zkouškou zaměřenou zejména na principy analýzy biodiverzitních dat, předpoklady výpočtů a jejich aplikaci.

Informace učitele

http://www.cba.muni.cz/vyuka/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Bi5980 Statistické hodnocení biodiverzity

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Danka Haruštiaková, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Eva Gelnarová (pomocník)
RNDr. Jan Mužík, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.

Rozvrh

St 9:00–13:50 F01B1/709

Předpoklady

Vzhledem k unikátnosti většiny metod v této oblasti není nezbytné vzdělávání v biostatistických metodách, předpokladem je pouze základní znalost principů statistických testů a provádění odhadů a znalost matematiky v rozsahu střední školy. Naopak nutným předpokladem je znalost populační biologie a ekologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-BI)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Ekotoxikologie)
• Obecná biologie (program PřF, N-BI, směr Ekotoxikologie)

Cíle předmětu

Pokročilý předmět vyčerpávající výuku nejrůznějších metod hodnocení biodiverzity od jednoduchých indexů až po stochastické modely popisující vztahy druh - abundance ("species-abundance models"). Výuka klade důraz především na vysvětlení interpretace jednotlivých metrik a vymezení jejich aplikovatelnosti a limitů. Veškeré metody jsou vysvětlovány ve vztahu k praktickým postupům při vzorkování biologických populací.

Osnova

• 1. Biodiverzita jako pojem. Duální koncept hodnocení biodiverzity. Funkční, genetická, strukturní a taxonomická biodiverzita. Biodiverzita v datech. Biodiverzita v grafech. Publikační možnosti analýzy dat týkajících se diverzity na různých úrovních organizace biologických systémů.
• 2. Indexy Diverzity. Druhová bohatost, heterogenita rozložení abundancí v rámci biologických společenstev.
• 3. Ekvitabilita a její hodnocení. Intervaly spolehlivosti pro různé indexy diverzity, aproximace možných maximálních a minimálních hodnot. Rarefaction jako využitelná technika. Numerická realizace výpočtu rarefaction křivek, variabilita ve výpočtu této metody.
• 4. Analýza kumulativních "species-abundance" křivek, hodnocení tzv. Q statistiky. Srovnání se standardními technikami hodnocení biodiversity.
• 5. Species - abundance stochastické modely, typy, algoritmy výpočtu, možnosti grafické prezentace. Příklady. "Niche-oriented species - abundance modelling"
• 6. Využití počítačové simulace při hodnocení biodiversity. Boostraping a Jackknifing jako techniky odhadu variability různých ukazatelů biodiversity.
• 7. Aplikovatelnost parametrických a neparametrických technik při hodnocení biodiversity, parametrické hodnocení biodiversity ve vícerozměrných analýzách.
• 8. Možnosti frakcionace biologických společenstev a následná analýza biodiversity získaných podjednotek.
• 9. Markovovy řetězy jako technika využitelná pro analýzu dat týkajících se biodiversity.
• 10. Případové studie.

Literatura

• LEGENDRE, Pierre a Louis LEGENDRE. Numerical ecology. 2nd engl. ed. Amsterdam: Elsevier, 1998, xv, 853 s. ISBN 0-444-89249-4. info
• J. H. Zar (1984). Biostatistical analysis. Prentice Hall. New Jersey.
• KREBS, Charles J. Ecological Methodology. New York: Harper Collins Publishers, 1989, 654 s. ISBN 0060437847. info
• Magurran A.E. (1988) Ecological Diversity and Its Measurement. Cambridge University Press, UK.
• Jongman, Ter Braak and Van Tongeren (1995). Data analysis in community and landscape ekology, Cambridge University Press, Cambridge

Informace učitele

http://www.cba.muni.cz/vyuka/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Bi5980 Statistické hodnocení biodiverzity

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Danka Haruštiaková, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Eva Gelnarová (pomocník)
RNDr. Jan Mužík, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.

Rozvrh

St 9:00–10:50 CBA,609

Předpoklady

Vzhledem k unikátnosti většiny metod v této oblasti není nezbytné vzdělávání v biostatistických metodách, předpokladem je pouze základní znalost principů statistických testů a provádění odhadů a znalost matematiky v rozsahu střední školy. Naopak nutným předpokladem je znalost populační biologie a ekologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-BI)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Ekotoxikologie)
• Obecná biologie (program PřF, N-BI, směr Ekotoxikologie)

Cíle předmětu

Pokročilý předmět vyčerpávající výuku nejrůznějších metod hodnocení biodiverzity od jednoduchých indexů až po stochastické modely popisující vztahy druh - abundance ("species-abundance models"). Výuka klade důraz především na vysvětlení interpretace jednotlivých metrik a vymezení jejich aplikovatelnosti a limitů. Veškeré metody jsou vysvětlovány ve vztahu k praktickým postupům při vzorkování biologických populací.

Osnova

• 1. Biodiverzita jako pojem. Duální koncept hodnocení biodiverzity. Funkční, genetická, strukturní a taxonomická biodiverzita. Biodiverzita v datech. Biodiverzita v grafech. Publikační možnosti analýzy dat týkajících se diverzity na různých úrovních organizace biologických systémů.
• 2. Indexy Diverzity. Druhová bohatost, heterogenita rozložení abundancí v rámci biologických společenstev.
• 3. Ekvitabilita a její hodnocení. Intervaly spolehlivosti pro různé indexy diverzity, aproximace možných maximálních a minimálních hodnot. Rarefaction jako využitelná technika. Numerická realizace výpočtu rarefaction křivek, variabilita ve výpočtu této metody.
• 4. Analýza kumulativních "species-abundance" křivek, hodnocení tzv. Q statistiky. Srovnání se standardními technikami hodnocení biodiversity.
• 5. Species - abundance stochastické modely, typy, algoritmy výpočtu, možnosti grafické prezentace. Příklady. "Niche-oriented species - abundance modelling"
• 6. Využití počítačové simulace při hodnocení biodiversity. Boostraping a Jackknifing jako techniky odhadu variability různých ukazatelů biodiversity.
• 7. Aplikovatelnost parametrických a neparametrických technik při hodnocení biodiversity, parametrické hodnocení biodiversity ve vícerozměrných analýzách.
• 8. Možnosti frakcionace biologických společenstev a následná analýza biodiversity získaných podjednotek.
• 9. Markovovy řetězy jako technika využitelná pro analýzu dat týkajících se biodiversity.
• 10. Případové studie.

Literatura

• LEGENDRE, Pierre a Louis LEGENDRE. Numerical ecology. 2nd engl. ed. Amsterdam: Elsevier, 1998, xv, 853 s. ISBN 0-444-89249-4. info
• J. H. Zar (1984). Biostatistical analysis. Prentice Hall. New Jersey.
• KREBS, Charles J. Ecological Methodology. New York: Harper Collins Publishers, 1989, 654 s. ISBN 0060437847. info
• Magurran A.E. (1988) Ecological Diversity and Its Measurement. Cambridge University Press, UK.
• Jongman, Ter Braak and Van Tongeren (1995). Data analysis in community and landscape ekology, Cambridge University Press, Cambridge

Informace učitele

http://www.cba.muni.cz/vyuka/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Bi5980 Statistické hodnocení biodiverzity

Rozsah

2/0/0. 2 kr. Ukončení: k.

Vyučující

RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Danka Haruštiaková, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Eva Gelnarová (pomocník)
RNDr. Jan Mužík, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.

Předpoklady

Vzhledem k unikátnosti většiny metod v této oblasti není nezbytné vzdělávání v biostatistických metodách, předpokladem je pouze základní znalost principů statistických testů a provádění odhadů a znalost matematiky v rozsahu střední školy. Naopak nutným předpokladem je znalost populační biologie a ekologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Ekotoxikologie (program PřF, M-BI)
• Ekotoxikologie (program PřF, N-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-BI)

Cíle předmětu

Pokročilý předmět vyčerpávající výuku nejrůznějších metod hodnocení biodiverzity od jednoduchých indexů až po stochastické modely popisující vztahy druh - abundance ("species-abundance models"). Výuka klade důraz především na vysvětlení interpretace jednotlivých metrik a vymezení jejich aplikovatelnosti a limitů. Veškeré metody jsou vysvětlovány ve vztahu k praktickým postupům při vzorkování biologických populací.

Osnova

• 1. Biodiverzita jako pojem. Duální koncept hodnocení biodiverzity. Funkční, genetická, strukturní a taxonomická biodiverzita. Biodiverzita v datech. Biodiverzita v grafech. Publikační možnosti analýzy dat týkajících se diverzity na různých úrovních organizace biologických systémů.
• 2. Indexy Diverzity. Druhová bohatost, heterogenita rozložení abundancí v rámci biologických společenstev.
• 3. Ekvitabilita a její hodnocení. Intervaly spolehlivosti pro různé indexy diverzity, aproximace možných maximálních a minimálních hodnot. Rarefaction jako využitelná technika. Numerická realizace výpočtu rarefaction křivek, variabilita ve výpočtu této metody.
• 4. Analýza kumulativních "species-abundance" křivek, hodnocení tzv. Q statistiky. Srovnání se standardními technikami hodnocení biodiversity.
• 5. Species - abundance stochastické modely, typy, algoritmy výpočtu, možnosti grafické prezentace. Příklady. "Niche-oriented species - abundance modelling"
• 6. Využití počítačové simulace při hodnocení biodiversity. Boostraping a Jackknifing jako techniky odhadu variability různých ukazatelů biodiversity.
• 7. Aplikovatelnost parametrických a neparametrických technik při hodnocení biodiversity, parametrické hodnocení biodiversity ve vícerozměrných analýzách.
• 8. Možnosti frakcionace biologických společenstev a následná analýza biodiversity získaných podjednotek.
• 9. Markovovy řetězy jako technika využitelná pro analýzu dat týkajících se biodiversity.
• 10. Případové studie.

Literatura

• LEGENDRE, Pierre a Louis LEGENDRE. Numerical ecology. 2nd engl. ed. Amsterdam: Elsevier, 1998, xv, 853 s. ISBN 0-444-89249-4. info
• J. H. Zar (1984). Biostatistical analysis. Prentice Hall. New Jersey.
• KREBS, Charles J. Ecological Methodology. New York: Harper Collins Publishers, 1989, 654 s. ISBN 0060437847. info
• Magurran A.E. (1988) Ecological Diversity and Its Measurement. Cambridge University Press, UK.
• Jongman, Ter Braak and Van Tongeren (1995). Data analysis in community and landscape ekology, Cambridge University Press, Cambridge

Informace učitele

http://www.cba.muni.cz/vyuka/

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi5980 Statistické hodnocení biodiverzity

Rozsah

2/0/0. 2 kr. Ukončení: k.

Vyučující

RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Danka Haruštiaková, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Jan Mužík, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.

Rozvrh

Pá 12:00–13:50 kamenice

Předpoklady

Vzhledem k unikátnosti většiny metod v této oblasti není nezbytné vzdělávání v biostatistických metodách, předpokladem je pouze základní znalost principů statistických testů a provádění odhadů a znalost matematiky v rozsahu střední školy. Naopak nutným předpokladem je znalost populační biologie a ekologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Ekotoxikologie (program PřF, M-BI)
• Ekotoxikologie (program PřF, N-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-BI)

Cíle předmětu

Pokročilý předmět vyčerpávající výuku nejrůznějších metod hodnocení biodiverzity od jednoduchých indexů až po stochastické modely popisující vztahy druh - abundance ("species-abundance models"). Výuka klade důraz především na vysvětlení interpretace jednotlivých metrik a vymezení jejich aplikovatelnosti a limitů. Veškeré metody jsou vysvětlovány ve vztahu k praktickým postupům při vzorkování biologických populací.

Osnova

• 1. Biodiverzita jako pojem. Duální koncept hodnocení biodiverzity. Funkční, genetická, strukturní a taxonomická biodiverzita. Biodiverzita v datech. Biodiverzita v grafech. Publikační možnosti analýzy dat týkajících se diverzity na různých úrovních organizace biologických systémů.
• 2. Indexy Diverzity. Druhová bohatost, heterogenita rozložení abundancí v rámci biologických společenstev.
• 3. Ekvitabilita a její hodnocení. Intervaly spolehlivosti pro různé indexy diverzity, aproximace možných maximálních a minimálních hodnot. Rarefaction jako využitelná technika. Numerická realizace výpočtu rarefaction křivek, variabilita ve výpočtu této metody.
• 4. Analýza kumulativních "species-abundance" křivek, hodnocení tzv. Q statistiky. Srovnání se standardními technikami hodnocení biodiversity.
• 5. Species - abundance stochastické modely, typy, algoritmy výpočtu, možnosti grafické prezentace. Příklady. "Niche-oriented species - abundance modelling"
• 6. Využití počítačové simulace při hodnocení biodiversity. Boostraping a Jackknifing jako techniky odhadu variability různých ukazatelů biodiversity.
• 7. Aplikovatelnost parametrických a neparametrických technik při hodnocení biodiversity, parametrické hodnocení biodiversity ve vícerozměrných analýzách.
• 8. Možnosti frakcionace biologických společenstev a následná analýza biodiversity získaných podjednotek.
• 9. Markovovy řetězy jako technika využitelná pro analýzu dat týkajících se biodiversity.
• 10. Případové studie.

Literatura

• LEGENDRE, Pierre a Louis LEGENDRE. Numerical ecology. 2nd engl. ed. Amsterdam: Elsevier, 1998, xv, 853 s. ISBN 0-444-89249-4. info
• J. H. Zar (1984). Biostatistical analysis. Prentice Hall. New Jersey.
• KREBS, Charles J. Ecological Methodology. New York: Harper Collins Publishers, 1989, 654 s. ISBN 0060437847. info
• Magurran A.E. (1988) Ecological Diversity and Its Measurement. Cambridge University Press, UK.
• Jongman, Ter Braak and Van Tongeren (1995). Data analysis in community and landscape ekology, Cambridge University Press, Cambridge

Informace učitele

http://www.cba.muni.cz/vyuka/

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Bi5980 Statistické hodnocení biodiverzity

Rozsah

2/0/0. 2 kr. Ukončení: k.

Vyučující

RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Jan Mužík, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.

Předpoklady

Vzhledem k unikátnosti většiny metod v této oblasti není nezbytné vzdělávání v biostatistických metodách, předpokladem je pouze základní znalost principů statistických testů a provádění odhadů a znalost matematiky v rozsahu střední školy. Naopak nutným předpokladem je znalost populační biologie a ekologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Ekotoxikologie (program PřF, M-BI)
• Ekotoxikologie (program PřF, N-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-BI)

Cíle předmětu

Pokročilý předmět vyčerpávající výuku nejrůznějších metod hodnocení biodiverzity od jednoduchých indexů až po stochastické modely popisující vztahy druh - abundance ("species-abundance models"). Výuka klade důraz především na vysvětlení interpretace jednotlivých metrik a vymezení jejich aplikovatelnosti a limitů. Veškeré metody jsou vysvětlovány ve vztahu k praktickým postupům při vzorkování biologických populací.

Osnova

• 1. Biodiverzita jako pojem. Duální koncept hodnocení biodiverzity. Funkční, genetická, strukturní a taxonomická biodiverzita. Biodiverzita v datech. Biodiverzita v grafech. Publikační možnosti analýzy dat týkajících se diverzity na různých úrovních organizace biologických systémů.
• 2. Indexy Diverzity. Druhová bohatost, heterogenita rozložení abundancí v rámci biologických společenstev.
• 3. Ekvitabilita a její hodnocení. Intervaly spolehlivosti pro různé indexy diverzity, aproximace možných maximálních a minimálních hodnot. Rarefaction jako využitelná technika. Numerická realizace výpočtu rarefaction křivek, variabilita ve výpočtu této metody.
• 4. Analýza kumulativních "species-abundance" křivek, hodnocení tzv. Q statistiky. Srovnání se standardními technikami hodnocení biodiversity.
• 5. Species - abundance stochastické modely, typy, algoritmy výpočtu, možnosti grafické prezentace. Příklady. "Niche-oriented species - abundance modelling"
• 6. Využití počítačové simulace při hodnocení biodiversity. Boostraping a Jackknifing jako techniky odhadu variability různých ukazatelů biodiversity.
• 7. Aplikovatelnost parametrických a neparametrických technik při hodnocení biodiversity, parametrické hodnocení biodiversity ve vícerozměrných analýzách.
• 8. Možnosti frakcionace biologických společenstev a následná analýza biodiversity získaných podjednotek.
• 9. Markovovy řetězy jako technika využitelná pro analýzu dat týkajících se biodiversity.
• 10. Případové studie.

Literatura

• LEGENDRE, Pierre a Louis LEGENDRE. Numerical ecology. 2nd engl. ed. Amsterdam: Elsevier, 1998, xv, 853 s. ISBN 0-444-89249-4. info
• J. H. Zar (1984). Biostatistical analysis. Prentice Hall. New Jersey.
• KREBS, Charles J. Ecological Methodology. New York: Harper Collins Publishers, 1989, 654 s. ISBN 0060437847. info
• Magurran A.E. (1988) Ecological Diversity and Its Measurement. Cambridge University Press, UK.
• Jongman, Ter Braak and Van Tongeren (1995). Data analysis in community and landscape ekology, Cambridge University Press, Cambridge

Informace učitele

http://www.cba.muni.cz/vyuka/

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi5980 Statistické hodnocení biodiverzity

Rozsah

2/0/0. 2 kr. Ukončení: k.

Vyučující

RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Jan Mužík, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.

Předpoklady

Vzhledem k unikátnosti většiny metod v této oblasti není nezbytné vzdělávání v biostatistických metodách, předpokladem je pouze základní znalost principů statistických testů a provádění odhadů a znalost matematiky v rozsahu střední školy. Naopak nutným předpokladem je znalost populační biologie a ekologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Ekotoxikologie (program PřF, M-BI)

Cíle předmětu

Pokročilý předmět vyčerpávající výuku nejrůznějších metod hodnocení biodiverzity od jednoduchých indexů až po stochastické modely popisující vztahy druh - abundance ("species-abundance models"). Výuka klade důraz především na vysvětlení interpretace jednotlivých metrik a vymezení jejich aplikovatelnosti a limitů. Veškeré metody jsou vysvětlovány ve vztahu k praktickým postupům při vzorkování biologických populací.

Osnova

• 1. Biodiverzita jako pojem. Duální koncept hodnocení biodiverzity. Funkční, genetická, strukturní a taxonomická biodiverzita. Biodiverzita v datech. Biodiverzita v grafech. Publikační možnosti analýzy dat týkajících se diverzity na různých úrovních organizace biologických systémů.
• 2. Indexy Diverzity. Druhová bohatost, heterogenita rozložení abundancí v rámci biologických společenstev.
• 3. Ekvitabilita a její hodnocení. Intervaly spolehlivosti pro různé indexy diverzity, aproximace možných maximálních a minimálních hodnot. Rarefaction jako využitelná technika. Numerická realizace výpočtu rarefaction křivek, variabilita ve výpočtu této metody.
• 4. Analýza kumulativních "species-abundance" křivek, hodnocení tzv. Q statistiky. Srovnání se standardními technikami hodnocení biodiversity.
• 5. Species - abundance stochastické modely, typy, algoritmy výpočtu, možnosti grafické prezentace. Příklady. "Niche-oriented species - abundance modelling"
• 6. Využití počítačové simulace při hodnocení biodiversity. Boostraping a Jackknifing jako techniky odhadu variability různých ukazatelů biodiversity.
• 7. Aplikovatelnost parametrických a neparametrických technik při hodnocení biodiversity, parametrické hodnocení biodiversity ve vícerozměrných analýzách.
• 8. Možnosti frakcionace biologických společenstev a následná analýza biodiversity získaných podjednotek.
• 9. Markovovy řetězy jako technika využitelná pro analýzu dat týkajících se biodiversity.
• 10. Případové studie.

Literatura

• LEGENDRE, Pierre a Louis LEGENDRE. Numerical ecology. 2nd engl. ed. Amsterdam: Elsevier, 1998, xv, 853 s. ISBN 0-444-89249-4. info
• J. H. Zar (1984). Biostatistical analysis. Prentice Hall. New Jersey.
• KREBS, Charles J. Ecological Methodology. New York: Harper Collins Publishers, 1989, 654 s. ISBN 0060437847. info
• Magurran A.E. (1988) Ecological Diversity and Its Measurement. Cambridge University Press, UK.
• Jongman, Ter Braak and Van Tongeren (1995). Data analysis in community and landscape ekology, Cambridge University Press, Cambridge

Informace učitele

http://www.cba.muni.cz/vyuka/

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi5980 Statistické hodnocení biodiverzity

Údaje z období podzim 2011 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Danka Haruštiaková, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.

Předpoklady

Vzhledem k unikátnosti většiny metod v této oblasti není nezbytné vzdělávání v biostatistických metodách, předpokladem je pouze základní znalost principů statistických testů a provádění odhadů a znalost matematiky v rozsahu střední školy. Naopak nutným předpokladem je znalost populační biologie a ekologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-BI)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Ekotoxikologie)
• Obecná biologie (program PřF, N-BI, směr Ekotoxikologie)

Cíle předmětu

V závěru pokročilého kurzu analýzy biodiverzity je student schopen: Připravit datový soubor pro analýzu biodiverzitních dat; Vizualizovat různými způsoby strukturu biologických společenstev a jejich biodiverzitu; Popsat biodiverzitu indexy diverzity včetně jejich variability; Aplikovat species-abundance modely včetně jejich na niku orientované varianty; Rozhodnout o použití korektní metody vícerozměrné analýzy biologických společenstev; Interpretovat různé způsoby hodnocení biodiverzity jak z jejich výpočetního, tak ekologického hlediska. Orientovat se v nabídce software pro analýzu biodiverzity.

Osnova

• 1. Biodiverzita jako pojem. Duální koncept hodnocení biodiverzity. Funkční, genetická, strukturní a taxonomická biodiverzita. Biodiverzita v datech. Biodiverzita v grafech. Publikační možnosti analýzy dat týkajících se diverzity na různých úrovních organizace biologických systémů. 2. Indexy diverzity. Druhová bohatost, heterogenita rozložení abundancí v rámci biologických společenstev. 3. Ekvitabilita a její hodnocení. Intervaly spolehlivosti pro různé indexy diverzity, aproximace možných maximálních a minimálních hodnot. Rarefaction jako využitelná technika. Numerická realizace výpočtu rarefaction křivek, variabilita ve výpočtu této metody. 4. Analýza kumulativních "species-abundance" křivek, hodnocení tzv. Q statistiky. Srovnání se standardními technikami hodnocení biodiversity. 5. Species - abundance stochastické modely, typy, algoritmy výpočtu, možnosti grafické prezentace. Příklady. "Niche-oriented species - abundance modelling" 6. Využití počítačové simulace při hodnocení biodiversity. Boostraping a Jackknifing jako techniky odhadu variability různých ukazatelů biodiversity. 7. Aplikovatelnost parametrických a neparametrických technik při hodnocení biodiversity, parametrické hodnocení biodiversity ve vícerozměrných analýzách. 8. Možnosti frakcionace biologických společenstev a následná analýza biodiversity získaných podjednotek. 9. Pokročilé metody analýzy dat biodiverzity Markovovy řetězy jako technika využitelná pro analýzu dat týkajících se biodiversity. Koncept „nestedness“ a jeho využití při analýze dat společenstev Analýza niky, jejího obsazení a kompetice taxonů ADE4, ENFA a další vícerozměrné SW a metody specializované na analýzu dat biodiverzity 10. Případové studie.

Literatura

• LEGENDRE, Pierre a Louis LEGENDRE. Numerical ecology. 2nd engl. ed. Amsterdam: Elsevier, 1998, xv, 853 s. ISBN 0-444-89249-4. info
• J. H. Zar (1984). Biostatistical analysis. Prentice Hall. New Jersey.
• KREBS, Charles J. Ecological Methodology. New York: Harper Collins Publishers, 1989, 654 s. ISBN 0060437847. info
• Magurran A.E. (1988) Ecological Diversity and Its Measurement. Cambridge University Press, UK.
• Jongman, Ter Braak and Van Tongeren (1995). Data analysis in community and landscape ekology, Cambridge University Press, Cambridge

Výukové metody

Teoretické přednášky doplněné komentovanými příklady, studenti jsou podporováni v kladení otázek týkajících se probírané látky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen písemnou zkouškou zaměřenou zejména na principy analýzy biodiverzitních dat, předpoklady výpočtů a jejich aplikaci.

Informace učitele

http://www.cba.muni.cz/vyuka/

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi5980 Statistické hodnocení biodiverzity

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Danka Haruštiaková, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.

Předpoklady

Vzhledem k unikátnosti většiny metod v této oblasti není nezbytné vzdělávání v biostatistických metodách, předpokladem je pouze základní znalost principů statistických testů a provádění odhadů a znalost matematiky v rozsahu střední školy. Naopak nutným předpokladem je znalost populační biologie a ekologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-BI)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Ekotoxikologie)
• Obecná biologie (program PřF, N-BI, směr Ekotoxikologie)

Cíle předmětu

V závěru pokročilého kurzu analýzy biodiverzity je student schopen: Připravit datový soubor pro analýzu biodiverzitních dat; Vizualizovat různými způsoby strukturu biologických společenstev a jejich biodiverzitu; Popsat biodiverzitu indexy diverzity včetně jejich variability; Aplikovat species-abundance modely včetně jejich na niku orientované varianty; Rozhodnout o použití korektní metody vícerozměrné analýzy biologických společenstev; Interpretovat různé způsoby hodnocení biodiverzity jak z jejich výpočetního, tak ekologického hlediska. Orientovat se v nabídce software pro analýzu biodiverzity.

Osnova

• 1. Biodiverzita jako pojem. Duální koncept hodnocení biodiverzity. Funkční, genetická, strukturní a taxonomická biodiverzita. Biodiverzita v datech. Biodiverzita v grafech. Publikační možnosti analýzy dat týkajících se diverzity na různých úrovních organizace biologických systémů. 2. Indexy diverzity. Druhová bohatost, heterogenita rozložení abundancí v rámci biologických společenstev. 3. Ekvitabilita a její hodnocení. Intervaly spolehlivosti pro různé indexy diverzity, aproximace možných maximálních a minimálních hodnot. Rarefaction jako využitelná technika. Numerická realizace výpočtu rarefaction křivek, variabilita ve výpočtu této metody. 4. Analýza kumulativních "species-abundance" křivek, hodnocení tzv. Q statistiky. Srovnání se standardními technikami hodnocení biodiversity. 5. Species - abundance stochastické modely, typy, algoritmy výpočtu, možnosti grafické prezentace. Příklady. "Niche-oriented species - abundance modelling" 6. Využití počítačové simulace při hodnocení biodiversity. Boostraping a Jackknifing jako techniky odhadu variability různých ukazatelů biodiversity. 7. Aplikovatelnost parametrických a neparametrických technik při hodnocení biodiversity, parametrické hodnocení biodiversity ve vícerozměrných analýzách. 8. Možnosti frakcionace biologických společenstev a následná analýza biodiversity získaných podjednotek. 9. Pokročilé metody analýzy dat biodiverzity Markovovy řetězy jako technika využitelná pro analýzu dat týkajících se biodiversity. Koncept „nestedness“ a jeho využití při analýze dat společenstev Analýza niky, jejího obsazení a kompetice taxonů ADE4, ENFA a další vícerozměrné SW a metody specializované na analýzu dat biodiverzity 10. Případové studie.

Literatura

• LEGENDRE, Pierre a Louis LEGENDRE. Numerical ecology. 2nd engl. ed. Amsterdam: Elsevier, 1998, xv, 853 s. ISBN 0-444-89249-4. info
• J. H. Zar (1984). Biostatistical analysis. Prentice Hall. New Jersey.
• KREBS, Charles J. Ecological Methodology. New York: Harper Collins Publishers, 1989, 654 s. ISBN 0060437847. info
• Magurran A.E. (1988) Ecological Diversity and Its Measurement. Cambridge University Press, UK.
• Jongman, Ter Braak and Van Tongeren (1995). Data analysis in community and landscape ekology, Cambridge University Press, Cambridge

Výukové metody

Teoretické přednášky doplněné komentovanými příklady, studenti jsou podporováni v kladení otázek týkajících se probírané látky.

Metody hodnocení

Předmět je ukončen písemnou zkouškou zaměřenou zejména na principy analýzy biodiverzitních dat, předpoklady výpočtů a jejich aplikaci.

Informace učitele

http://www.cba.muni.cz/vyuka/

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi5980 Statistické hodnocení biodiverzity

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Danka Haruštiaková, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Eva Gelnarová (pomocník)
RNDr. Jan Mužík, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.

Předpoklady

Vzhledem k unikátnosti většiny metod v této oblasti není nezbytné vzdělávání v biostatistických metodách, předpokladem je pouze základní znalost principů statistických testů a provádění odhadů a znalost matematiky v rozsahu střední školy. Naopak nutným předpokladem je znalost populační biologie a ekologie.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-BI)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Ekotoxikologie)
• Obecná biologie (program PřF, N-BI, směr Ekotoxikologie)

Cíle předmětu

Pokročilý předmět vyčerpávající výuku nejrůznějších metod hodnocení biodiverzity od jednoduchých indexů až po stochastické modely popisující vztahy druh - abundance ("species-abundance models"). Výuka klade důraz především na vysvětlení interpretace jednotlivých metrik a vymezení jejich aplikovatelnosti a limitů. Veškeré metody jsou vysvětlovány ve vztahu k praktickým postupům při vzorkování biologických populací.

Osnova

• 1. Biodiverzita jako pojem. Duální koncept hodnocení biodiverzity. Funkční, genetická, strukturní a taxonomická biodiverzita. Biodiverzita v datech. Biodiverzita v grafech. Publikační možnosti analýzy dat týkajících se diverzity na různých úrovních organizace biologických systémů.
• 2. Indexy Diverzity. Druhová bohatost, heterogenita rozložení abundancí v rámci biologických společenstev.
• 3. Ekvitabilita a její hodnocení. Intervaly spolehlivosti pro různé indexy diverzity, aproximace možných maximálních a minimálních hodnot. Rarefaction jako využitelná technika. Numerická realizace výpočtu rarefaction křivek, variabilita ve výpočtu této metody.
• 4. Analýza kumulativních "species-abundance" křivek, hodnocení tzv. Q statistiky. Srovnání se standardními technikami hodnocení biodiversity.
• 5. Species - abundance stochastické modely, typy, algoritmy výpočtu, možnosti grafické prezentace. Příklady. "Niche-oriented species - abundance modelling"
• 6. Využití počítačové simulace při hodnocení biodiversity. Boostraping a Jackknifing jako techniky odhadu variability různých ukazatelů biodiversity.
• 7. Aplikovatelnost parametrických a neparametrických technik při hodnocení biodiversity, parametrické hodnocení biodiversity ve vícerozměrných analýzách.
• 8. Možnosti frakcionace biologických společenstev a následná analýza biodiversity získaných podjednotek.
• 9. Markovovy řetězy jako technika využitelná pro analýzu dat týkajících se biodiversity.
• 10. Případové studie.

Literatura

• LEGENDRE, Pierre a Louis LEGENDRE. Numerical ecology. 2nd engl. ed. Amsterdam: Elsevier, 1998, xv, 853 s. ISBN 0-444-89249-4. info
• J. H. Zar (1984). Biostatistical analysis. Prentice Hall. New Jersey.
• KREBS, Charles J. Ecological Methodology. New York: Harper Collins Publishers, 1989, 654 s. ISBN 0060437847. info
• Magurran A.E. (1988) Ecological Diversity and Its Measurement. Cambridge University Press, UK.
• Jongman, Ter Braak and Van Tongeren (1995). Data analysis in community and landscape ekology, Cambridge University Press, Cambridge

Informace učitele

http://www.cba.muni.cz/vyuka/

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

• Statistika zápisu (nejnovější)