Informace o předmětu

Bi6725 Moderní metody buněčné biologie

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: kz.

Vyučující

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc. (cvičící)
prof. RNDr. Jiřina Hofmanová, CSc. (cvičící)
Mgr. Jiřina Medalová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Karel Souček, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Jan Vondráček, Ph.D. (cvičící)
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (cvičící)
prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 18. 9. až Pá 15. 12. St 15:00–16:50 D36/215

Předpoklady

Bi3030 Fyziologie živočichů
Předmět navazuje a tvoří logický celek s cvičením Fyziologie živočichů a Speciální metody fyziologie živočichů.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Jiné omezení: Na předmět se vztahuje povinnost registrace, bez registrace může být znemožněn zápis předmětu!

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen: provádět rutinně klasické i moderní techniky používané v základním i aplikovaném výzkumu (viz sylabus); využít metody a přístupy odrážející nejnovější trendy ve výzkumu molekul, specifických buněk a buněčných populací; použít získané manuální laboratorní dovednosti a dále je rozvíjet; vybrat si ze spektra technik tu nejvhodnější metodu podle znalostí získaných v rámci předmětu; pracovat v moderně vybavených pracovištích na základě zkušeností z práce v laboratořích Biofyzikálního ústavu AV ČR, v.v.i.; získat praktické znalosti využitelné při vypracovávání diplomových a dizertačních prací

Osnova

• 1. Cytokinetické parametry buněk (prof. Hofmanová, BFU AV ČR, v.v.i.) Teorie: Kultivace a využití buněčných kultur, typy plastů pro buněčné kultury, bezpečnost práce v laboratoři, obsluha flow boxu, pasážování buněk, cytokinetické parametry (proliferace, diferenciace, apoptóza) a metody jejich jejich detekce. Experimenty: Stanovení počtu a viability buněk pomocí přístroje CASY, stanovení stupně diferenciace metodou ALP, detekce apoptotických buněk pomocí DAPI. 2. Hmotnostní spektrometrie a separační techniky (doc. Cigánek, VuVeL) Teorie: Separační techniky, kapalinová chromatografie, HPLC, hmotnostní spektrometrie, kombinace se separačními technikami, vhodné analyty, princip ionizace vzorku, typy analyzátorů. Praktická ukázka v laboratoři: GC/MS a jeho využití pro biologické aplikace, LC/MS-MS a její využití pro metabolomiku a využití LC/HybridMS v lipidomice. 3. Izolace RNA (doc. Vondráček, BFU AV ČR, v.v.i.) Teorie: Důvody izolace RNA, RNázy a ochrana před jejich působením, izolace RNA organickou extrakcí, afinitní purifikace RNA, izolace mRNA pomocí kitu, stanovení koncentrace a čistoty a stability izolované RNA. Experiment: Buňky hepatocelulárního karcinomu HepG2 ovlivněné a neovlivněné 10 nM TCDD po 24 hod, izolace celkové RNA pomocí kolonového kitu. 4. Průtoková cytometrie (Dr. Souček, BFU AV ČR, v.v.i.) Teorie: Principy průtokové cytometrie a detekce fluorescenčního signálu, využití pro různé částice, příprava materiálu pro průtokovou cytometrii, sortrování buněk, vícebarevné analýzy, analýza buněčného cyklu, fluorescenční proteiny. Praktická ukázka v laboratoři: Separace a následný sorting živých a mrtvých buněk na základě propustnosti barviva propidium jodid. 5. Transfekce (Dr. Medalová, FIŽ, MU) Teorie: Principy transfekce, používané vektory, stabilní vs. transientní transfekce, nejčastěji používané metody transfekce, jejich výhody a nevýhody, specifické metody transfekce, možnosti využití transfekčních technik. Principy konfokální mikroskopie a výhody jejího použití ve srovnání s běžnou fluorescenční mikroskopií. Experiment: Transfekce buněk HEK293 plazmidem nesoucím eGFP protein pomocí nejčastěji používaných metod (kationické polymery, lipofekce, fugene, elektroporace, nukleofekce) a hodnocení účinnosti transfekce pomocí fluorescenčního mikroskopu a průtokovou cytometrií. Praktická ukázka snímání obrazu na konfokálním mikroskopu včetně optimalizace získaných výsledků. 6. Nukleární magnetická rezonance (NMR) (doc. Žídek, CEITEC) Teorie: Princip NMR - interakce jádra s nenulovým spinem v magnetickém poli, magnetická pole v molekule a jejich interakce s ostatními jádry a elektrony, využití těchto interakcí a vztahů pro NMR, kvantifikace výsledků pomocí známých vzdáleností protonů, vzorky vhodné pro NMR, využití NMR pro analýzu struktury molekul. Praktická ukázka v laboratoři: konstrukce NMR spektrometru, nastavení základních experimentů, zpracování dat a ukázka spekter. 7. qRT-PCR (Dr. Medalová, FIŽ, MU) Teorie: Zpětný přepis mRNA do cDNA, namnožení cDNA pomocí real time cykleru, metody kvantifikace produktu pomocí fluorescence snímané po každém proběhlém cyklu, typy qRT-PCR a jejich výhody, ověření specifity reakce pomocí tavné křivky, způsoby vyhodnocení výsledků, počítání koncentrací roztoků a ředění buněčných suspenzí, principy krájení řezů na kryostatu, výhody této metody vůči parafinovým vzorkům. Experiment: Přepis celkové RNA získané izolací v lekci 3 do cDNA. Získaná cDNA je použita pro kvantifikaci exprese proteinových transportérů rodiny ABC (ABC A1, ABC B1, ABC C1, ABC G2) a house-keeping genu HPRT pomocí LightCycleru a inkorporace fluorescenční značky SYBR green. Krájení kryořezů na kryostatu. 8. Genové inženýrství rostlin (doc. Hejátko, CEITEC) Teorie: Struktura genů, regulace transkripce, metody kvantitativní i kvalitativní analýzy genové exprese, DNA a proteinové chipy, next generation transkripční profilování, příprava translační a transkripční fúze analyzovaného genu s reportérem, identifikace mutantů se změnou expresního profilu využití internetových databází.

Literatura

• Cell culture and upstream processing. Edited by M. Butler. 1st ed. New York: Taylor & Francis, 2007, xiv, 187. ISBN 9780415399692. info
• Mammalian cell culture : essential techniques. Edited by A. Doyle - J. B. Griffiths. Chichester: John Wiley & Sons, 1997, xv, 173. ISBN 0471970573. info
• Cancer cell culture : methods and protocols. Edited by Simon P. Langdon. Totowa, N.J.: Humana Press, 2004, xii, 360. ISBN 1588290794. info
• Animal cell culture :a practical approach. Edited by R. Ian Freshney. 2nd ed. Oxford: Oxford University Press, 1992, xix, 329 s. ISBN 0-19-963213-8. info
• Cell biological appplications of confocal microscopy. Edited by Brian Matsumoto. 2nd ed. Amsterdam: Academic Press, 2002, xii, 507. ISBN 0125804458. info
• Molecular cloning, A laboratory manual, Vol. 1-3, Eds. J. Sambrook and D. W. Russell, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York 2001
• Short protocols in molecular biology, Vol. 1 and 2, 5th edition, John Wiley and Sons, Inc., 2002
• Current protocols in cytometry, Vol. 1 and 2, Ed. J. P. Robinson, John Wiley and Sons, Inc., 1997
• Methods in Cell Biology, Vol. 75, Cytometry, 4th edition, New developments, Eds. Z. Darzynkiewicz, M. Roederer, H. J. Tanke, Elsevier Academic Press, 2004
• CROWTHER, John R. The ELISA guidebook. Totowa, N.J.: Humana Press, 2001, xi, 421. ISBN 0896037282. info

Výukové metody

Krátké teoretické přednášky a praktické procvičování speciálních úkolů; demonstrace měření pokročilých složitých metod a přístrojů; domácí úkoly; diskuse vhodině.

Metody hodnocení

Pro absolvování kurzu musí studenti dodat zadané protokoly s vyhodnocenými výsledky a zodpovězenými otázkami. Kurz je zakončen závěrečným písemným testem z probraných metod. Sestává obvykle z 20 otázek, z nichž alespoň 60% musí být správně zodpovězeno.

Navazující předměty

• Bi5611c Speciální metody fyziologie živočichů

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi6725 Moderní metody buněčné biologie

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: kz.

Vyučující

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc. (cvičící)
prof. RNDr. Jiřina Hofmanová, CSc. (cvičící)
Mgr. Jiřina Medalová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Karel Souček, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Jan Vondráček, Ph.D. (cvičící)
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (cvičící)
prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 19. 9. až Ne 18. 12. St 15:00–16:50 D36/215

Předpoklady

Bi3030 Fyziologie živočichů
Předmět navazuje a tvoří logický celek s cvičením Fyziologie živočichů a Speciální metody fyziologie živočichů.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Jiné omezení: Na předmět se vztahuje povinnost registrace, bez registrace může být znemožněn zápis předmětu!

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen: provádět rutinně klasické i moderní techniky používané v základním i aplikovaném výzkumu (viz sylabus); využít metody a přístupy odrážející nejnovější trendy ve výzkumu molekul, specifických buněk a buněčných populací; použít získané manuální laboratorní dovednosti a dále je rozvíjet; vybrat si ze spektra technik tu nejvhodnější metodu podle znalostí získaných v rámci předmětu; pracovat v moderně vybavených pracovištích na základě zkušeností z práce v laboratořích Biofyzikálního ústavu AV ČR, v.v.i.; získat praktické znalosti využitelné při vypracovávání diplomových a dizertačních prací

Osnova

• 1. Cytokinetické parametry buněk (prof. Hofmanová, BFU AV ČR, v.v.i.) Teorie: Kultivace a využití buněčných kultur, typy plastů pro buněčné kultury, bezpečnost práce v laboratoři, obsluha flow boxu, pasážování buněk, cytokinetické parametry (proliferace, diferenciace, apoptóza) a metody jejich jejich detekce. Experimenty: Stanovení počtu a viability buněk pomocí přístroje CASY, stanovení stupně diferenciace metodou ALP, detekce apoptotických buněk pomocí DAPI. 2. Hmotnostní spektrometrie a separační techniky (doc. Cigánek, VuVeL) Teorie: Separační techniky, kapalinová chromatografie, HPLC, hmotnostní spektrometrie, kombinace se separačními technikami, vhodné analyty, princip ionizace vzorku, typy analyzátorů. Praktická ukázka v laboratoři: GC/MS a jeho využití pro biologické aplikace, LC/MS-MS a její využití pro metabolomiku a využití LC/HybridMS v lipidomice. 3. Izolace RNA (doc. Vondráček, BFU AV ČR, v.v.i.) Teorie: Důvody izolace RNA, RNázy a ochrana před jejich působením, izolace RNA organickou extrakcí, afinitní purifikace RNA, izolace mRNA pomocí kitu, stanovení koncentrace a čistoty a stability izolované RNA. Experiment: Buňky hepatocelulárního karcinomu HepG2 ovlivněné a neovlivněné 10 nM TCDD po 24 hod, izolace celkové RNA pomocí kolonového kitu. 4. Průtoková cytometrie (Dr. Souček, BFU AV ČR, v.v.i.) Teorie: Principy průtokové cytometrie a detekce fluorescenčního signálu, využití pro různé částice, příprava materiálu pro průtokovou cytometrii, sortrování buněk, vícebarevné analýzy, analýza buněčného cyklu, fluorescenční proteiny. Praktická ukázka v laboratoři: Separace a následný sorting živých a mrtvých buněk na základě propustnosti barviva propidium jodid. 5. Transfekce (Dr. Medalová, FIŽ, MU) Teorie: Principy transfekce, používané vektory, stabilní vs. transientní transfekce, nejčastěji používané metody transfekce, jejich výhody a nevýhody, specifické metody transfekce, možnosti využití transfekčních technik. Principy konfokální mikroskopie a výhody jejího použití ve srovnání s běžnou fluorescenční mikroskopií. Experiment: Transfekce buněk HEK293 plazmidem nesoucím eGFP protein pomocí nejčastěji používaných metod (kationické polymery, lipofekce, fugene, elektroporace, nukleofekce) a hodnocení účinnosti transfekce pomocí fluorescenčního mikroskopu a průtokovou cytometrií. Praktická ukázka snímání obrazu na konfokálním mikroskopu včetně optimalizace získaných výsledků. 6. Nukleární magnetická rezonance (NMR) (doc. Žídek, CEITEC) Teorie: Princip NMR - interakce jádra s nenulovým spinem v magnetickém poli, magnetická pole v molekule a jejich interakce s ostatními jádry a elektrony, využití těchto interakcí a vztahů pro NMR, kvantifikace výsledků pomocí známých vzdáleností protonů, vzorky vhodné pro NMR, využití NMR pro analýzu struktury molekul. Praktická ukázka v laboratoři: konstrukce NMR spektrometru, nastavení základních experimentů, zpracování dat a ukázka spekter. 7. qRT-PCR (Dr. Medalová, FIŽ, MU) Teorie: Zpětný přepis mRNA do cDNA, namnožení cDNA pomocí real time cykleru, metody kvantifikace produktu pomocí fluorescence snímané po každém proběhlém cyklu, typy qRT-PCR a jejich výhody, ověření specifity reakce pomocí tavné křivky, způsoby vyhodnocení výsledků, počítání koncentrací roztoků a ředění buněčných suspenzí, principy krájení řezů na kryostatu, výhody této metody vůči parafinovým vzorkům. Experiment: Přepis celkové RNA získané izolací v lekci 3 do cDNA. Získaná cDNA je použita pro kvantifikaci exprese proteinových transportérů rodiny ABC (ABC A1, ABC B1, ABC C1, ABC G2) a house-keeping genu HPRT pomocí LightCycleru a inkorporace fluorescenční značky SYBR green. Krájení kryořezů na kryostatu. 8. Genové inženýrství rostlin (doc. Hejátko, CEITEC) Teorie: Struktura genů, regulace transkripce, metody kvantitativní i kvalitativní analýzy genové exprese, DNA a proteinové chipy, next generation transkripční profilování, příprava translační a transkripční fúze analyzovaného genu s reportérem, identifikace mutantů se změnou expresního profilu využití internetových databází.

Literatura

• Cell culture and upstream processing. Edited by M. Butler. 1st ed. New York: Taylor & Francis, 2007, xiv, 187. ISBN 9780415399692. info
• Mammalian cell culture : essential techniques. Edited by A. Doyle - J. B. Griffiths. Chichester: John Wiley & Sons, 1997, xv, 173. ISBN 0471970573. info
• Cancer cell culture : methods and protocols. Edited by Simon P. Langdon. Totowa, N.J.: Humana Press, 2004, xii, 360. ISBN 1588290794. info
• Animal cell culture :a practical approach. Edited by R. Ian Freshney. 2nd ed. Oxford: Oxford University Press, 1992, xix, 329 s. ISBN 0-19-963213-8. info
• Cell biological appplications of confocal microscopy. Edited by Brian Matsumoto. 2nd ed. Amsterdam: Academic Press, 2002, xii, 507. ISBN 0125804458. info
• Molecular cloning, A laboratory manual, Vol. 1-3, Eds. J. Sambrook and D. W. Russell, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York 2001
• Short protocols in molecular biology, Vol. 1 and 2, 5th edition, John Wiley and Sons, Inc., 2002
• Current protocols in cytometry, Vol. 1 and 2, Ed. J. P. Robinson, John Wiley and Sons, Inc., 1997
• Methods in Cell Biology, Vol. 75, Cytometry, 4th edition, New developments, Eds. Z. Darzynkiewicz, M. Roederer, H. J. Tanke, Elsevier Academic Press, 2004
• CROWTHER, John R. The ELISA guidebook. Totowa, N.J.: Humana Press, 2001, xi, 421. ISBN 0896037282. info

Výukové metody

Krátké teoretické přednášky a praktické procvičování speciálních úkolů; demonstrace měření pokročilých složitých metod a přístrojů; domácí úkoly; diskuse vhodině.

Metody hodnocení

Pro absolvování kurzu musí studenti dodat zadané protokoly s vyhodnocenými výsledky a zodpovězenými otázkami. Kurz je zakončen závěrečným písemným testem z probraných metod. Sestává obvykle z 20 otázek, z nichž alespoň 60% musí být správně zodpovězeno.

Navazující předměty

• Bi5611c Speciální metody fyziologie živočichů

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi6725 Moderní metody buněčné biologie

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: kz.

Vyučující

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc. (cvičící)
prof. RNDr. Jiřina Hofmanová, CSc. (cvičící)
Mgr. Jiřina Medalová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Karel Souček, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Jan Vondráček, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 13:00–14:50 D36/215

Předpoklady

Bi3030 Fyziologie živočichů
Předmět navazuje a tvoří logický celek s cvičením Fyziologie živočichů a Speciální metody fyziologie živočichů.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Jiné omezení: Na předmět se vztahuje povinnost registrace, bez registrace může být znemožněn zápis předmětu!

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen: provádět rutinně klasické i moderní techniky používané v základním i aplikovaném výzkumu (viz sylabus); využít metody a přístupy odrážející nejnovější trendy ve výzkumu molekul, specifických buněk a buněčných populací; použít získané manuální laboratorní dovednosti a dále je rozvíjet; vybrat si ze spektra technik tu nejvhodnější metodu podle znalostí získaných v rámci předmětu; pracovat v moderně vybavených pracovištích na základě zkušeností z práce v laboratořích Biofyzikálního ústavu AV ČR, v.v.i.; získat praktické znalosti využitelné při vypracovávání diplomových a dizertačních prací

Osnova

• 1. Cytokinetické parametry buněk (prof. Hofmanová, BFU AV ČR, v.v.i.) Teorie: Kultivace a využití buněčných kultur, typy plastů pro buněčné kultury, bezpečnost práce v laboratoři, obsluha flow boxu, pasážování buněk, cytokinetické parametry (proliferace, diferenciace, apoptóza) a metody jejich jejich detekce. Experimenty: Stanovení počtu a viability buněk pomocí přístroje CASY, stanovení stupně diferenciace metodou ALP, detekce apoptotických buněk pomocí DAPI. 2. Hmotnostní spektrometrie a separační techniky (doc. Cigánek, VuVeL) Teorie: Separační techniky, kapalinová chromatografie, HPLC, hmotnostní spektrometrie, kombinace se separačními technikami, vhodné analyty, princip ionizace vzorku, typy analyzátorů. Praktická ukázka v laboratoři: GC/MS a jeho využití pro biologické aplikace, LC/MS-MS a její využití pro metabolomiku a využití LC/HybridMS v lipidomice. 3. Izolace RNA (doc. Vondráček, BFU AV ČR, v.v.i.) Teorie: Důvody izolace RNA, RNázy a ochrana před jejich působením, izolace RNA organickou extrakcí, afinitní purifikace RNA, izolace mRNA pomocí kitu, stanovení koncentrace a čistoty a stability izolované RNA. Experiment: Buňky hepatocelulárního karcinomu HepG2 ovlivněné a neovlivněné 10 nM TCDD po 24 hod, izolace celkové RNA pomocí kolonového kitu. 4. Průtoková cytometrie (Dr. Souček, BFU AV ČR, v.v.i.) Teorie: Principy průtokové cytometrie a detekce fluorescenčního signálu, využití pro různé částice, příprava materiálu pro průtokovou cytometrii, sortrování buněk, vícebarevné analýzy, analýza buněčného cyklu, fluorescenční proteiny. Praktická ukázka v laboratoři: Separace a následný sorting živých a mrtvých buněk na základě propustnosti barviva propidium jodid. 5. Transfekce (Dr. Medalová, FIŽ, MU) Teorie: Principy transfekce, používané vektory, stabilní vs. transientní transfekce, nejčastěji používané metody transfekce, jejich výhody a nevýhody, specifické metody transfekce, možnosti využití transfekčních technik. Principy konfokální mikroskopie a výhody jejího použití ve srovnání s běžnou fluorescenční mikroskopií. Experiment: Transfekce buněk HEK293 plazmidem nesoucím eGFP protein pomocí nejčastěji používaných metod (kationické polymery, lipofekce, fugene, elektroporace, nukleofekce) a hodnocení účinnosti transfekce pomocí fluorescenčního mikroskopu a průtokovou cytometrií. Praktická ukázka snímání obrazu na konfokálním mikroskopu včetně optimalizace získaných výsledků. 6. Nukleární magnetická rezonance (NMR) (doc. Žídek, CEITEC) Teorie: Princip NMR - interakce jádra s nenulovým spinem v magnetickém poli, magnetická pole v molekule a jejich interakce s ostatními jádry a elektrony, využití těchto interakcí a vztahů pro NMR, kvantifikace výsledků pomocí známých vzdáleností protonů, vzorky vhodné pro NMR, využití NMR pro analýzu struktury molekul. Praktická ukázka v laboratoři: konstrukce NMR spektrometru, nastavení základních experimentů, zpracování dat a ukázka spekter. 7. qRT-PCR (Dr. Medalová, FIŽ, MU) Teorie: Zpětný přepis mRNA do cDNA, namnožení cDNA pomocí real time cykleru, metody kvantifikace produktu pomocí fluorescence snímané po každém proběhlém cyklu, typy qRT-PCR a jejich výhody, ověření specifity reakce pomocí tavné křivky, způsoby vyhodnocení výsledků, počítání koncentrací roztoků a ředění buněčných suspenzí, principy krájení řezů na kryostatu, výhody této metody vůči parafinovým vzorkům. Experiment: Přepis celkové RNA získané izolací v lekci 3 do cDNA. Získaná cDNA je použita pro kvantifikaci exprese proteinových transportérů rodiny ABC (ABC A1, ABC B1, ABC C1, ABC G2) a house-keeping genu HPRT pomocí LightCycleru a inkorporace fluorescenční značky SYBR green. Krájení kryořezů na kryostatu. 8. Genové inženýrství rostlin (doc. Hejátko, CEITEC) Teorie: Struktura genů, regulace transkripce, metody kvantitativní i kvalitativní analýzy genové exprese, DNA a proteinové chipy, next generation transkripční profilování, příprava translační a transkripční fúze analyzovaného genu s reportérem, identifikace mutantů se změnou expresního profilu využití internetových databází.

Literatura

• Cell culture and upstream processing. Edited by M. Butler. 1st ed. New York: Taylor & Francis, 2007, xiv, 187. ISBN 9780415399692. info
• Mammalian cell culture : essential techniques. Edited by A. Doyle - J. B. Griffiths. Chichester: John Wiley & Sons, 1997, xv, 173. ISBN 0471970573. info
• Cancer cell culture : methods and protocols. Edited by Simon P. Langdon. Totowa, N.J.: Humana Press, 2004, xii, 360. ISBN 1588290794. info
• Animal cell culture :a practical approach. Edited by R. Ian Freshney. 2nd ed. Oxford: Oxford University Press, 1992, xix, 329 s. ISBN 0-19-963213-8. info
• Cell biological appplications of confocal microscopy. Edited by Brian Matsumoto. 2nd ed. Amsterdam: Academic Press, 2002, xii, 507. ISBN 0125804458. info
• Molecular cloning, A laboratory manual, Vol. 1-3, Eds. J. Sambrook and D. W. Russell, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York 2001
• Short protocols in molecular biology, Vol. 1 and 2, 5th edition, John Wiley and Sons, Inc., 2002
• Current protocols in cytometry, Vol. 1 and 2, Ed. J. P. Robinson, John Wiley and Sons, Inc., 1997
• Methods in Cell Biology, Vol. 75, Cytometry, 4th edition, New developments, Eds. Z. Darzynkiewicz, M. Roederer, H. J. Tanke, Elsevier Academic Press, 2004
• CROWTHER, John R. The ELISA guidebook. Totowa, N.J.: Humana Press, 2001, xi, 421. ISBN 0896037282. info

Výukové metody

Krátké teoretické přednášky a praktické procvičování speciálních úkolů; demonstrace měření pokročilých složitých metod a přístrojů; domácí úkoly; diskuse vhodině.

Metody hodnocení

Pro absolvování kurzu musí studenti dodat zadané protokoly s vyhodnocenými výsledky a zodpovězenými otázkami. Kurz je zakončen závěrečným písemným testem z probraných metod. Sestává obvykle z 20 otázek, z nichž alespoň 60% musí být správně zodpovězeno.

Navazující předměty

• Bi5611c Speciální metody fyziologie živočichů

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi6725 Moderní metody buněčné biologie

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: kz.

Vyučující

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc. (cvičící)
prof. RNDr. Jiřina Hofmanová, CSc. (cvičící)
Mgr. Jiřina Medalová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Karel Souček, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Jan Vondráček, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

St 13:00–14:50 C05/114

Předpoklady

Bi3030 Fyziologie živočichů
Předmět navazuje a tvoří logický celek s cvičením Fyziologie živočichů a Speciální metody fyziologie živočichů.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Jiné omezení: Na předmět se vztahuje povinnost registrace, bez registrace může být znemožněn zápis předmětu!

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen: provádět rutinně klasické i moderní techniky používané v základním i aplikovaném výzkumu (viz sylabus); využít metody a přístupy odrážející nejnovější trendy ve výzkumu molekul, specifických buněk a buněčných populací; použít získané manuální laboratorní dovednosti a dále je rozvíjet; vybrat si ze spektra technik tu nejvhodnější metodu podle znalostí získaných v rámci předmětu; pracovat v moderně vybavených pracovištích na základě zkušeností z práce v laboratořích Biofyzikálního ústavu AV ČR, v.v.i.; získat praktické znalosti využitelné při vypracovávání diplomových a dizertačních prací

Osnova

• 1. Buněčné kultury
• Stanovení počtu a viability buněk: ukázka vybavení laboratoře, obsluha flow boxu, typy plastů pro buněčné kultury, bezpečnost práce, pasážování buněk, počítání částic na Coulter Counter, určení životnosti buněk barvením eosinem.
• Detekce apoptotických buněk: stanovení apoptotického indexu - barvení pomocí DAPI (fluorescenční detekce buněk s kondenzovaným a fragmentovaným chromatinem). Měření mitochondriálního membránového potenciálu apoptotických buněk pomocí barvení TMRE (tetrametyl rhodamin etylester) a detekce průtokovou cytometrií.
• Stanovení stupně diferenciace leukemických buněk: detekce povrchových molekul CD11b a CD14 u buněk myeloidní linii HL-60 průtokovou cytometrií pomocí přímé imunocytochemie s protilátkami značenými fluorescenčními barvivy. Stanovení míry oxidativního vzplanutí jako ukazatele diferenciace u buněk HL-60 za použití různých aktivátorů fagocytózy (zymosan, forbol myristat acetat, Ca2+ ionofor) na destičkovém luminometru.
• Stanovení diferenciace buněk nádoru kolonu (linie HT-29): stanovení alkalické fosfatázy kolorimetricky (alkalická fosfatáza štěpí bezbarvý substrát 4-p-nitrofenyl fosfát za vzniku žlutého zbarvení).
• 2. Fluorescenční a konfokální mikroskopie:
• Princip funkce fluorescenčního mikroskopu (výhody a limitace), rozdíly mezi konvenční a konfokální mikroskopií. Pozorování trojrozměrně fixovaných interfázních jader, ve kterých je fluorescenčně značený gen a jinou fluorescenční značkou obarven celý chromozom, na kterém se daný gen nachází.
• 3. Biochemické metody:
• Příprava buněčného lyzátu pro Western blotting a izolaci RNA:
• Metodika přípravy buněčného lyzátu pro detekci proteinů a pro izolaci RNA, stanovení koncentrace proteinů pomocí kitu Bio-Rad DC protein. Elektroforéza a transfer proteinů na membránu: separace stanoveného množství proteinů připravených v rámci předchozího cvičení pomocí SDS-PAGE, přenos na PVDF membránu pomocí semidry electroblotting.
• Imunodetekce:
• Imunodetekce beta-aktinu pomocí primární neznačené protilátky (anti-beta-aktin) a sekundární protilátky značené křenovou peroxidázou ve vzorcích zpracovaných a separovaných v rámci předchozích cvičení, vizualizace bude provedena pomocí kitu ECL Plus.
• Izolace celkové RNA, stanovení koncentrace a kvality:
• Izolace RNA z připraveného buněčného lyzátu pomocí komerčního kitu, stanovení koncentrace RNA a její čistota na přístroji Nanodrop ND-1000 Spectrophotometer.
• ELISA (Enzyme Linked Immunosorbent Assay) metoda:
• Stanovení tumor nekrotizujícího faktoru alfa pomocí komerčního kitu od firmy R&D system Duoset v médiu získaného z diferencovaných myeloidních buněk THP-1 po aplikaci endotoxinu v různých koncentracích po dobu 24 hodin.

Literatura

• Cell culture and upstream processing. Edited by M. Butler. 1st ed. New York: Taylor & Francis, 2007, xiv, 187. ISBN 9780415399692. info
• Mammalian cell culture : essential techniques. Edited by A. Doyle - J. B. Griffiths. Chichester: John Wiley & Sons, 1997, xv, 173. ISBN 0471970573. info
• Cancer cell culture : methods and protocols. Edited by Simon P. Langdon. Totowa, N.J.: Humana Press, 2004, xii, 360. ISBN 1588290794. info
• Animal cell culture :a practical approach. Edited by R. Ian Freshney. 2nd ed. Oxford: Oxford University Press, 1992, xix, 329 s. ISBN 0-19-963213-8. info
• Cell biological appplications of confocal microscopy. Edited by Brian Matsumoto. 2nd ed. Amsterdam: Academic Press, 2002, xii, 507. ISBN 0125804458. info
• Molecular cloning, A laboratory manual, Vol. 1-3, Eds. J. Sambrook and D. W. Russell, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York 2001
• Short protocols in molecular biology, Vol. 1 and 2, 5th edition, John Wiley and Sons, Inc., 2002
• Current protocols in cytometry, Vol. 1 and 2, Ed. J. P. Robinson, John Wiley and Sons, Inc., 1997
• Methods in Cell Biology, Vol. 75, Cytometry, 4th edition, New developments, Eds. Z. Darzynkiewicz, M. Roederer, H. J. Tanke, Elsevier Academic Press, 2004
• CROWTHER, John R. The ELISA guidebook. Totowa, N.J.: Humana Press, 2001, xi, 421. ISBN 0896037282. info

Výukové metody

Krátké teoretické přednášky a praktické procvičování speciálních úkolů; demonstrace měření u pokročilých složitých metod a přístrojů (vysokorychlostní sorter a vysokorozlišovací konfokální mikroskopie, HPLC); domácí úkoly; diskuse v hodině.

Metody hodnocení

Pro absolvování kurzu musí studenti dodat zadané protokoly s vyhodnocenými výsledky a zodpovězenými otázkami. Kurz je zakončen závěrečným písemným testem z probraných metod. Sestává obvykle z 10 otázek, z nichž alespoň 50% musí být správně zodpovězeno.

Navazující předměty

• Bi5611c Speciální metody fyziologie živočichů

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi6725 Moderní metody buněčné biologie

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: kz.

Vyučující

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc. (cvičící)
prof. RNDr. Jiřina Hofmanová, CSc. (cvičící)
Mgr. Jiřina Medalová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Karel Souček, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Jan Vondráček, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Pá 8:00–9:50 BFU

Předpoklady

Bi3030 Fyziologie živočichů
Předmět navazuje a tvoří logický celek s cvičením Fyziologie živočichů a Speciální metody fyziologie živočichů.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Jiné omezení: Na předmět se vztahuje povinnost registrace, bez registrace může být znemožněn zápis předmětu!

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen: provádět rutinně klasické i moderní techniky používané v základním i aplikovaném výzkumu (viz sylabus); využít metody a přístupy odrážející nejnovější trendy ve výzkumu molekul, specifických buněk a buněčných populací; použít získané manuální laboratorní dovednosti a dále je rozvíjet; vybrat si ze spektra technik tu nejvhodnější metodu podle znalostí získaných v rámci předmětu; pracovat v moderně vybavených pracovištích na základě zkušeností z práce v laboratořích Biofyzikálního ústavu AV ČR, v.v.i.; získat praktické znalosti využitelné při vypracovávání diplomových a dizertačních prací

Osnova

• 1. Buněčné kultury
• Stanovení počtu a viability buněk: ukázka vybavení laboratoře, obsluha flow boxu, typy plastů pro buněčné kultury, bezpečnost práce, pasážování buněk, počítání částic na Coulter Counter, určení životnosti buněk barvením eosinem.
• Detekce apoptotických buněk: stanovení apoptotického indexu - barvení pomocí DAPI (fluorescenční detekce buněk s kondenzovaným a fragmentovaným chromatinem). Měření mitochondriálního membránového potenciálu apoptotických buněk pomocí barvení TMRE (tetrametyl rhodamin etylester) a detekce průtokovou cytometrií.
• Stanovení stupně diferenciace leukemických buněk: detekce povrchových molekul CD11b a CD14 u buněk myeloidní linii HL-60 průtokovou cytometrií pomocí přímé imunocytochemie s protilátkami značenými fluorescenčními barvivy. Stanovení míry oxidativního vzplanutí jako ukazatele diferenciace u buněk HL-60 za použití různých aktivátorů fagocytózy (zymosan, forbol myristat acetat, Ca2+ ionofor) na destičkovém luminometru.
• Stanovení diferenciace buněk nádoru kolonu (linie HT-29): stanovení alkalické fosfatázy kolorimetricky (alkalická fosfatáza štěpí bezbarvý substrát 4-p-nitrofenyl fosfát za vzniku žlutého zbarvení).
• 2. Fluorescenční a konfokální mikroskopie:
• Princip funkce fluorescenčního mikroskopu (výhody a limitace), rozdíly mezi konvenční a konfokální mikroskopií. Pozorování trojrozměrně fixovaných interfázních jader, ve kterých je fluorescenčně značený gen a jinou fluorescenční značkou obarven celý chromozom, na kterém se daný gen nachází.
• 3. Biochemické metody:
• Příprava buněčného lyzátu pro Western blotting a izolaci RNA:
• Metodika přípravy buněčného lyzátu pro detekci proteinů a pro izolaci RNA, stanovení koncentrace proteinů pomocí kitu Bio-Rad DC protein. Elektroforéza a transfer proteinů na membránu: separace stanoveného množství proteinů připravených v rámci předchozího cvičení pomocí SDS-PAGE, přenos na PVDF membránu pomocí semidry electroblotting.
• Imunodetekce:
• Imunodetekce beta-aktinu pomocí primární neznačené protilátky (anti-beta-aktin) a sekundární protilátky značené křenovou peroxidázou ve vzorcích zpracovaných a separovaných v rámci předchozích cvičení, vizualizace bude provedena pomocí kitu ECL Plus.
• Izolace celkové RNA, stanovení koncentrace a kvality:
• Izolace RNA z připraveného buněčného lyzátu pomocí komerčního kitu, stanovení koncentrace RNA a její čistota na přístroji Nanodrop ND-1000 Spectrophotometer.
• ELISA (Enzyme Linked Immunosorbent Assay) metoda:
• Stanovení tumor nekrotizujícího faktoru alfa pomocí komerčního kitu od firmy R&D system Duoset v médiu získaného z diferencovaných myeloidních buněk THP-1 po aplikaci endotoxinu v různých koncentracích po dobu 24 hodin.

Literatura

• Cell culture and upstream processing. Edited by M. Butler. 1st ed. New York: Taylor & Francis, 2007, xiv, 187. ISBN 9780415399692. info
• Mammalian cell culture : essential techniques. Edited by A. Doyle - J. B. Griffiths. Chichester: John Wiley & Sons, 1997, xv, 173. ISBN 0471970573. info
• Cancer cell culture : methods and protocols. Edited by Simon P. Langdon. Totowa, N.J.: Humana Press, 2004, xii, 360. ISBN 1588290794. info
• Animal cell culture :a practical approach. Edited by R. Ian Freshney. 2nd ed. Oxford: Oxford University Press, 1992, xix, 329 s. ISBN 0-19-963213-8. info
• Cell biological appplications of confocal microscopy. Edited by Brian Matsumoto. 2nd ed. Amsterdam: Academic Press, 2002, xii, 507. ISBN 0125804458. info
• Molecular cloning, A laboratory manual, Vol. 1-3, Eds. J. Sambrook and D. W. Russell, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York 2001
• Short protocols in molecular biology, Vol. 1 and 2, 5th edition, John Wiley and Sons, Inc., 2002
• Current protocols in cytometry, Vol. 1 and 2, Ed. J. P. Robinson, John Wiley and Sons, Inc., 1997
• Methods in Cell Biology, Vol. 75, Cytometry, 4th edition, New developments, Eds. Z. Darzynkiewicz, M. Roederer, H. J. Tanke, Elsevier Academic Press, 2004
• CROWTHER, John R. The ELISA guidebook. Totowa, N.J.: Humana Press, 2001, xi, 421. ISBN 0896037282. info

Výukové metody

Krátké teoretické přednášky a praktické procvičování speciálních úkolů; demonstrace měření u pokročilých složitých metod a přístrojů (vysokorychlostní sorter a vysokorozlišovací konfokální mikroskopie, HPLC); domácí úkoly; diskuse v hodině.

Metody hodnocení

Pro absolvování kurzu musí studenti dodat zadané protokoly s vyhodnocenými výsledky a zodpovězenými otázkami. Kurz je zakončen závěrečným písemným testem z probraných metod. Sestává obvykle z 10 otázek, z nichž alespoň 50% musí být správně zodpovězeno.

Navazující předměty

• Bi5611c Speciální metody fyziologie živočichů

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi6725 Moderní metody buněčné biologie

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: kz.

Vyučující

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc. (cvičící)
prof. RNDr. Jiřina Hofmanová, CSc. (cvičící)
Mgr. Jiřina Medalová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Karel Souček, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Jan Vondráček, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Pá 9:00–10:50 BFU

Předpoklady

Bi3030 Fyziologie živočichů
Předmět navazuje a tvoří logický celek s cvičením Fyziologie živočichů a Speciální metody fyziologie živočichů.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Jiné omezení: Na předmět se vztahuje povinnost registrace, bez registrace může být znemožněn zápis předmětu!

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen: provádět rutinně klasické i moderní techniky používané v základním i apolikovaném výzkumu (viz sylabus); využít metody a přístupy odrážející nejnovější trendy ve výzkumu molekul, specifických buněk a buněčných populací; použít získané manuální laboratorní dovednosti a dále je rozvíjet; vybrat si ze spektra technik tu nejvhodnější metodu podle znalostí získaných v rámci předmětu; pracovat v moderně vybavených pracovištích na základě zkušeností z práce v laboratořích Biofyzikálního ústavu AV ČR, v.v.i.; získat praktické znalosti využitelné při vypracovávání diplomových a dizertačních prací

Osnova

• 1. Buněčné kultury
• Stanovení počtu a viability buněk: ukázka vybavení laboratoře, obsluha flow boxu, typy plastů pro buněčné kultury, bezpečnost práce, pasážování buněk, počítání částic na Coulter Counter, určení životnosti buněk barvením eosinem.
• Detekce apoptotických buněk: stanovení apoptotického indexu - barvení pomocí DAPI (fluorescenční detekce buněk s kondenzovaným a fragmentovaným chromatinem). Měření mitochondriálního membránového potenciálu apoptotických buněk pomocí barvení TMRE (tetrametyl rhodamin etylester) a detekce průtokovou cytometrií.
• Stanovení stupně diferenciace leukemických buněk: detekce povrchových molekul CD11b a CD14 u buněk myeloidní linii HL-60 průtokovou cytometrií pomocí přímé imunocytochemie s protilátkami značenými fluorescenčními barvivy. Stanovení míry oxidativního vzplanutí jako ukazatele diferenciace u buněk HL-60 za použití různých aktivátorů fagocytózy (zymosan, forbol myristat acetat, Ca2+ ionofor) na destičkovém luminometru.
• Stanovení diferenciace buněk nádoru kolonu (linie HT-29): stanovení alkalické fosfatázy kolorimetricky (alkalická fosfatáza štěpí bezbarvý substrát 4-p-nitrofenyl fosfát za vzniku žlutého zbarvení).
• 2. Fluorescenční a konfokální mikroskopie:
• Princip funkce fluorescenčního mikroskopu (výhody a limitace), rozdíly mezi konvenční a konfokální mikroskopií. Pozorování trojrozměrně fixovaných interfázních jader, ve kterých je fluorescenčně značený gen a jinou fluorescenční značkou obarven celý chromozom, na kterém se daný gen nachází.
• 3. Biochemické metody:
• Příprava buněčného lyzátu pro Western blotting a izolaci RNA:
• Metodika přípravy buněčného lyzátu pro detekci proteinů a pro izolaci RNA, stanovení koncentrace proteinů pomocí kitu Bio-Rad DC protein. Elektroforéza a transfer proteinů na membránu: separace stanoveného množství proteinů připravených v rámci předchozího cvičení pomocí SDS-PAGE, přenos na PVDF membránu pomocí semidry electroblotting.
• Imunodetekce:
• Imunodetekce beta-aktinu pomocí primární neznačené protilátky (anti-beta-aktin) a sekundární protilátky značené křenovou peroxidázou ve vzorcích zpracovaných a separovaných v rámci předchozích cvičení, vizualizace bude provedena pomocí kitu ECL Plus.
• Izolace celkové RNA, stanovení koncentrace a kvality:
• Izolace RNA z připraveného buněčného lyzátu pomocí komerčního kitu, stanovení koncentrace RNA a její čistota na přístroji Nanodrop ND-1000 Spectrophotometer.
• ELISA (Enzyme Linked Immunosorbent Assay) metoda:
• Stanovení tumor nekrotizujícího faktoru alfa pomocí komerčního kitu od firmy R&D system Duoset v médiu získaného z diferencovaných myeloidních buněk THP-1 po aplikaci endotoxinu v různých koncentracích po dobu 24 hodin.

Literatura

• Cell culture and upstream processing. Edited by M. Butler. 1st ed. New York: Taylor & Francis, 2007, xiv, 187. ISBN 9780415399692. info
• Mammalian cell culture : essential techniques. Edited by A. Doyle - J. B. Griffiths. Chichester: John Wiley & Sons, 1997, xv, 173. ISBN 0471970573. info
• Cancer cell culture : methods and protocols. Edited by Simon P. Langdon. Totowa, N.J.: Humana Press, 2004, xii, 360. ISBN 1588290794. info
• Animal cell culture :a practical approach. Edited by R. Ian Freshney. 2nd ed. Oxford: Oxford University Press, 1992, xix, 329 s. ISBN 0-19-963213-8. info
• Cell biological appplications of confocal microscopy. Edited by Brian Matsumoto. 2nd ed. Amsterdam: Academic Press, 2002, xii, 507. ISBN 0125804458. info
• Molecular cloning, A laboratory manual, Vol. 1-3, Eds. J. Sambrook and D. W. Russell, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York 2001
• Short protocols in molecular biology, Vol. 1 and 2, 5th edition, John Wiley and Sons, Inc., 2002
• Current protocols in cytometry, Vol. 1 and 2, Ed. J. P. Robinson, John Wiley and Sons, Inc., 1997
• Methods in Cell Biology, Vol. 75, Cytometry, 4th edition, New developments, Eds. Z. Darzynkiewicz, M. Roederer, H. J. Tanke, Elsevier Academic Press, 2004
• CROWTHER, John R. The ELISA guidebook. Totowa, N.J.: Humana Press, 2001, xi, 421. ISBN 0896037282. info

Výukové metody

Krátké teoretické přednášky a praktické procvičování speciálních úkolů; demonstrace měření u pokročilých složitých metod a přístrojů (vysokorychlostní sorter a vysokorozlišovací konfokální mikroskopie, HPLC); domácí úkoly; diskuse v hodině.

Metody hodnocení

Dodání vyhodnocených výsledků a protokolů se zodpovězenými otázkami, závěrečný písemný test.

Navazující předměty

• Bi5611c Speciální metody fyziologie živočichů

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi6725 Moderní metody buněčné biologie

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: kz.

Vyučující

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc. (cvičící)
prof. RNDr. Jiřina Hofmanová, CSc. (cvičící)
RNDr. Miroslav Machala, CSc. (cvičící)
Mgr. Jiřina Medalová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Karel Souček, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Jan Vondráček, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Eva Bártová, Ph.D., DSc. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.

Rozvrh

Pá 8:00–9:50 BFU

Předpoklady

Předmět navazuje a tvoří logický celek s cvičením Fyziologie živočichů a Speciální metody fyziologie živočichů.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Mateřské obory/plány

předmět má 13 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen: provádět rutinně klasické i moderní techniky používané v základním i apolikovaném výzkumu (viz sylabus); využít metody a přístupy odrážející nejnovější trendy ve výzkumu molekul, specifických buněk a buněčných populací; použít získané manuální laboratorní dovednosti a dále je rozvíjet; vybrat si ze spektra technik tu nejvhodnější metodu podle znalostí získaných v rámci předmětu; pracovat v moderně vybavených pracovištích na základě zkušeností z práce v laboratořích Biofyzikálního ústavu AV ČR, v.v.i.; získat praktické znalosti využitelné při vypracovávání diplomových a dizertačních prací

Osnova

• 1. Buněčné kultury
• Stanovení počtu a viability buněk: ukázka vybavení laboratoře, obsluha flow boxu, typy plastů pro buněčné kultury, bezpečnost práce, pasážování buněk, počítání částic na Coulter Counter, určení životnosti buněk barvením eosinem.
• Detekce apoptotických buněk: stanovení apoptotického indexu - barvení pomocí DAPI (fluorescenční detekce buněk s kondenzovaným a fragmentovaným chromatinem). Měření mitochondriálního membránového potenciálu apoptotických buněk pomocí barvení TMRE (tetrametyl rhodamin etylester) a detekce průtokovou cytometrií.
• Stanovení stupně diferenciace leukemických buněk: detekce povrchových molekul CD11b a CD14 u buněk myeloidní linii HL-60 průtokovou cytometrií pomocí přímé imunocytochemie s protilátkami značenými fluorescenčními barvivy. Stanovení míry oxidativního vzplanutí jako ukazatele diferenciace u buněk HL-60 za použití různých aktivátorů fagocytózy (zymosan, forbol myristat acetat, Ca2+ ionofor) na destičkovém luminometru.
• Stanovení diferenciace buněk nádoru kolonu (linie HT-29): stanovení alkalické fosfatázy kolorimetricky (alkalická fosfatáza štěpí bezbarvý substrát 4-p-nitrofenyl fosfát za vzniku žlutého zbarvení).
• 2. Fluorescenční a konfokální mikroskopie:
• Princip funkce fluorescenčního mikroskopu (výhody a limitace), rozdíly mezi konvenční a konfokální mikroskopií. Pozorování trojrozměrně fixovaných interfázních jader, ve kterých je fluorescenčně značený gen a jinou fluorescenční značkou obarven celý chromozom, na kterém se daný gen nachází.
• 3. Biochemické metody:
• Příprava buněčného lyzátu pro Western blotting a izolaci RNA:
• Metodika přípravy buněčného lyzátu pro detekci proteinů a pro izolaci RNA, stanovení koncentrace proteinů pomocí kitu Bio-Rad DC protein. Elektroforéza a transfer proteinů na membránu: separace stanoveného množství proteinů připravených v rámci předchozího cvičení pomocí SDS-PAGE, přenos na PVDF membránu pomocí semidry electroblotting.
• Imunodetekce:
• Imunodetekce beta-aktinu pomocí primární neznačené protilátky (anti-beta-aktin) a sekundární protilátky značené křenovou peroxidázou ve vzorcích zpracovaných a separovaných v rámci předchozích cvičení, vizualizace bude provedena pomocí kitu ECL Plus.
• Izolace celkové RNA, stanovení koncentrace a kvality:
• Izolace RNA z připraveného buněčného lyzátu pomocí komerčního kitu, stanovení koncentrace RNA a její čistota na přístroji Nanodrop ND-1000 Spectrophotometer.
• ELISA (Enzyme Linked Immunosorbent Assay) metoda:
• Stanovení tumor nekrotizujícího faktoru alfa pomocí komerčního kitu od firmy R&D system Duoset v médiu získaného z diferencovaných myeloidních buněk THP-1 po aplikaci endotoxinu v různých koncentracích po dobu 24 hodin.

Literatura

• Cell culture and upstream processing. Edited by M. Butler. 1st ed. New York: Taylor & Francis, 2007, xiv, 187. ISBN 9780415399692. info
• Mammalian cell culture : essential techniques. Edited by A. Doyle - J. B. Griffiths. Chichester: John Wiley & Sons, 1997, xv, 173. ISBN 0471970573. info
• Cancer cell culture : methods and protocols. Edited by Simon P. Langdon. Totowa, N.J.: Humana Press, 2004, xii, 360. ISBN 1588290794. info
• Animal cell culture :a practical approach. Edited by R. Ian Freshney. 2nd ed. Oxford: Oxford University Press, 1992, xix, 329 s. ISBN 0-19-963213-8. info
• Cell biological appplications of confocal microscopy. Edited by Brian Matsumoto. 2nd ed. Amsterdam: Academic Press, 2002, xii, 507. ISBN 0125804458. info
• Molecular cloning, A laboratory manual, Vol. 1-3, Eds. J. Sambrook and D. W. Russell, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York 2001
• Short protocols in molecular biology, Vol. 1 and 2, 5th edition, John Wiley and Sons, Inc., 2002
• Current protocols in cytometry, Vol. 1 and 2, Ed. J. P. Robinson, John Wiley and Sons, Inc., 1997
• Methods in Cell Biology, Vol. 75, Cytometry, 4th edition, New developments, Eds. Z. Darzynkiewicz, M. Roederer, H. J. Tanke, Elsevier Academic Press, 2004
• CROWTHER, John R. The ELISA guidebook. Totowa, N.J.: Humana Press, 2001, xi, 421. ISBN 0896037282. info

Výukové metody

Krátké teoretické přednášky a praktické procvičování speciálních úkolů; demonstrace měření u pokročilých složitých metod a přístrojů (vysokorychlostní sorter a vysokorozlišovací konfokální mikroskopie, HPLC); domácí úkoly; diskuse v hodině.

Metody hodnocení

Dodání vyhodnocených výsledků a protokolů se zodpovězenými otázkami, závěrečný písemný test.

Navazující předměty

• Bi5611c Speciální metody fyziologie živočichů

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi6725 Moderní metody buněčné biologie

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: kz.

Vyučující

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc. (cvičící)
prof. RNDr. Jiřina Hofmanová, CSc. (cvičící)
RNDr. Miroslav Machala, CSc. (cvičící)
Mgr. Jiřina Medalová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Karel Souček, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Jan Vondráček, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.

Rozvrh

Pá 8:00–9:50 BFU

Předpoklady

Předmět navazuje a tvoří logický celek s cvičením Fyziologie živočichů a Speciální metody fyziologie živočichů.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Mateřské obory/plány

předmět má 8 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen: provádět rutinně klasické i moderní techniky používané v základním i apolikovaném výzkumu (viz sylabus); využít metody a přístupy odrážející nejnovější trendy ve výzkumu molekul, specifických buněk a buněčných populací; použít získané manuální laboratorní dovednosti a dále je rozvíjet; vybrat si ze spektra technik tu nejvhodnější metodu podle znalostí získaných v rámci předmětu; pracovat v moderně vybavených pracovištích na základě zkušeností z práce v laboratořích Biofyzikálního ústavu AV ČR, v.v.i.; získat praktické znalosti využitelné při vypracovávání diplomových a dizertačních prací

Osnova

• 1. Buněčné kultury
• Stanovení počtu a viability buněk: ukázka vybavení laboratoře, obsluha flow boxu, typy plastů pro buněčné kultury, bezpečnost práce, pasážování buněk, počítání částic na Coulter Counter, určení životnosti buněk barvením eosinem.
• Detekce apoptotických buněk: stanovení apoptotického indexu - barvení pomocí DAPI (fluorescenční detekce buněk s kondenzovaným a fragmentovaným chromatinem). Měření mitochondriálního membránového potenciálu apoptotických buněk pomocí barvení TMRE (tetrametyl rhodamin etylester) a detekce průtokovou cytometrií.
• Stanovení stupně diferenciace leukemických buněk: detekce povrchových molekul CD11b a CD14 u buněk myeloidní linii HL-60 průtokovou cytometrií pomocí přímé imunocytochemie s protilátkami značenými fluorescenčními barvivy. Stanovení míry oxidativního vzplanutí jako ukazatele diferenciace u buněk HL-60 za použití různých aktivátorů fagocytózy (zymosan, forbol myristat acetat, Ca2+ ionofor) na destičkovém luminometru.
• Stanovení diferenciace buněk nádoru kolonu (linie HT-29): stanovení alkalické fosfatázy kolorimetricky (alkalická fosfatáza štěpí bezbarvý substrát 4-p-nitrofenyl fosfát za vzniku žlutého zbarvení).
• 2. Fluorescenční a konfokální mikroskopie:
• Princip funkce fluorescenčního mikroskopu (výhody a limitace), rozdíly mezi konvenční a konfokální mikroskopií. Pozorování trojrozměrně fixovaných interfázních jader, ve kterých je fluorescenčně značený gen a jinou fluorescenční značkou obarven celý chromozom, na kterém se daný gen nachází.
• 3. Biochemické metody:
• Příprava buněčného lyzátu pro Western blotting a izolaci RNA:
• Metodika přípravy buněčného lyzátu pro detekci proteinů a pro izolaci RNA, stanovení koncentrace proteinů pomocí kitu Bio-Rad DC protein. Elektroforéza a transfer proteinů na membránu: separace stanoveného množství proteinů připravených v rámci předchozího cvičení pomocí SDS-PAGE, přenos na PVDF membránu pomocí semidry electroblotting.
• Imunodetekce:
• Imunodetekce beta-aktinu pomocí primární neznačené protilátky (anti-beta-aktin) a sekundární protilátky značené křenovou peroxidázou ve vzorcích zpracovaných a separovaných v rámci předchozích cvičení, vizualizace bude provedena pomocí kitu ECL Plus.
• Izolace celkové RNA, stanovení koncentrace a kvality:
• Izolace RNA z připraveného buněčného lyzátu pomocí komerčního kitu, stanovení koncentrace RNA a její čistota na přístroji Nanodrop ND-1000 Spectrophotometer.
• ELISA (Enzyme Linked Immunosorbent Assay) metoda:
• Stanovení tumor nekrotizujícího faktoru alfa pomocí komerčního kitu od firmy R&D system Duoset v médiu získaného z diferencovaných myeloidních buněk THP-1 po aplikaci endotoxinu v různých koncentracích po dobu 24 hodin.

Literatura

• Cell culture and upstream processing. Edited by M. Butler. 1st ed. New York: Taylor & Francis, 2007, xiv, 187. ISBN 9780415399692. info
• Mammalian cell culture : essential techniques. Edited by A. Doyle - J. B. Griffiths. Chichester: John Wiley & Sons, 1997, xv, 173. ISBN 0471970573. info
• Cancer cell culture : methods and protocols. Edited by Simon P. Langdon. Totowa, N.J.: Humana Press, 2004, xii, 360. ISBN 1588290794. info
• Animal cell culture :a practical approach. Edited by R. Ian Freshney. 2nd ed. Oxford: Oxford University Press, 1992, xix, 329 s. ISBN 0-19-963213-8. info
• Cell biological appplications of confocal microscopy. Edited by Brian Matsumoto. 2nd ed. Amsterdam: Academic Press, 2002, xii, 507. ISBN 0125804458. info
• Molecular cloning, A laboratory manual, Vol. 1-3, Eds. J. Sambrook and D. W. Russell, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York 2001
• Short protocols in molecular biology, Vol. 1 and 2, 5th edition, John Wiley and Sons, Inc., 2002
• Current protocols in cytometry, Vol. 1 and 2, Ed. J. P. Robinson, John Wiley and Sons, Inc., 1997
• Methods in Cell Biology, Vol. 75, Cytometry, 4th edition, New developments, Eds. Z. Darzynkiewicz, M. Roederer, H. J. Tanke, Elsevier Academic Press, 2004
• CROWTHER, John R. The ELISA guidebook. Totowa, N.J.: Humana Press, 2001, xi, 421. ISBN 0896037282. info

Výukové metody

Krátké teoretické přednášky a praktické procvičování speciálních úkolů; demonstrace měření u pokročilých složitých metod a přístrojů (vysokorychlostní sorter a vysokorozlišovací konfokální mikroskopie, HPLC); domácí úkoly; diskuse v hodině.

Metody hodnocení

Dodání vyhodnocených výsledků a protokolů se zodpovězenými otázkami, závěrečný písemný test.

Navazující předměty

• Bi5611c Speciální metody fyziologie živočichů

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi6725 Moderní metody buněčné biologie

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: kz.

Vyučující

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc. (cvičící)
prof. RNDr. Jiřina Hofmanová, CSc. (cvičící)
RNDr. Miroslav Machala, CSc. (cvičící)
Mgr. Jiřina Medalová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Karel Souček, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Jan Vondráček, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.

Předpoklady

Předmět navazuje a tvoří logický celek s cvičením Fyziologie živočichů a Speciální metody fyziologie živočichů.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Mateřské obory/plány

• Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Ekotoxiologie)
• Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Fyziologie živočichů)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Ekotoxikologie)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Fyziologie živočichů)

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen: provádět rutinně klasické i moderní techniky používané v základním i apolikovaném výzkumu (viz sylabus); využít metody a přístupy odrážející nejnovější trendy ve výzkumu molekul, specifických buněk a buněčných populací; použít získané manuální laboratorní dovednosti a dále je rozvíjet; vybrat si ze spektra technik tu nejvhodnější metodu podle znalostí získaných v rámci předmětu; pracovat v moderně vybavených pracovištích na základě zkušeností z práce v laboratořích Biofyzikálního ústavu AV ČR, v.v.i.; získat praktické znalosti využitelné při vypracovávání diplomových a dizertačních prací

Osnova

• 1. Buněčné kultury
• Stanovení počtu a viability buněk: ukázka vybavení laboratoře, obsluha flow boxu, typy plastů pro buněčné kultury, bezpečnost práce, pasážování buněk, počítání částic na Coulter Counter, určení životnosti buněk barvením eosinem.
• Detekce apoptotických buněk: stanovení apoptotického indexu - barvení pomocí DAPI (fluorescenční detekce buněk s kondenzovaným a fragmentovaným chromatinem). Měření mitochondriálního membránového potenciálu apoptotických buněk pomocí barvení TMRE (tetrametyl rhodamin etylester) a detekce průtokovou cytometrií.
• Stanovení stupně diferenciace leukemických buněk: detekce povrchových molekul CD11b a CD14 u buněk myeloidní linii HL-60 průtokovou cytometrií pomocí přímé imunocytochemie s protilátkami značenými fluorescenčními barvivy. Stanovení míry oxidativního vzplanutí jako ukazatele diferenciace u buněk HL-60 za použití různých aktivátorů fagocytózy (zymosan, forbol myristat acetat, Ca2+ ionofor) na destičkovém luminometru.
• Stanovení diferenciace buněk nádoru kolonu (linie HT-29): stanovení alkalické fosfatázy kolorimetricky (alkalická fosfatáza štěpí bezbarvý substrát 4-p-nitrofenyl fosfát za vzniku žlutého zbarvení).
• 2. Fluorescenční a konfokální mikroskopie:
• Princip funkce fluorescenčního mikroskopu (výhody a limitace), rozdíly mezi konvenční a konfokální mikroskopií. Pozorování trojrozměrně fixovaných interfázních jader, ve kterých je fluorescenčně značený gen a jinou fluorescenční značkou obarven celý chromozom, na kterém se daný gen nachází.
• 3. Biochemické metody:
• Příprava buněčného lyzátu pro Western blotting a izolaci RNA:
• Metodika přípravy buněčného lyzátu pro detekci proteinů a pro izolaci RNA, stanovení koncentrace proteinů pomocí kitu Bio-Rad DC protein. Elektroforéza a transfer proteinů na membránu: separace stanoveného množství proteinů připravených v rámci předchozího cvičení pomocí SDS-PAGE, přenos na PVDF membránu pomocí semidry electroblotting.
• Imunodetekce:
• Imunodetekce beta-aktinu pomocí primární neznačené protilátky (anti-beta-aktin) a sekundární protilátky značené křenovou peroxidázou ve vzorcích zpracovaných a separovaných v rámci předchozích cvičení, vizualizace bude provedena pomocí kitu ECL Plus.
• Izolace celkové RNA, stanovení koncentrace a kvality:
• Izolace RNA z připraveného buněčného lyzátu pomocí komerčního kitu, stanovení koncentrace RNA a její čistota na přístroji Nanodrop ND-1000 Spectrophotometer.
• ELISA (Enzyme Linked Immunosorbent Assay) metoda:
• Stanovení tumor nekrotizujícího faktoru alfa pomocí komerčního kitu od firmy R&D system Duoset v médiu získaného z diferencovaných myeloidních buněk THP-1 po aplikaci endotoxinu v různých koncentracích po dobu 24 hodin.

Literatura

• Cell culture and upstream processing. Edited by M. Butler. 1st ed. New York: Taylor & Francis, 2007, xiv, 187. ISBN 9780415399692. info
• Mammalian cell culture : essential techniques. Edited by A. Doyle - J. B. Griffiths. Chichester: John Wiley & Sons, 1997, xv, 173. ISBN 0471970573. info
• Cancer cell culture : methods and protocols. Edited by Simon P. Langdon. Totowa, N.J.: Humana Press, 2004, xii, 360. ISBN 1588290794. info
• Animal cell culture :a practical approach. Edited by R. Ian Freshney. 2nd ed. Oxford: Oxford University Press, 1992, xix, 329 s. ISBN 0-19-963213-8. info
• Cell biological appplications of confocal microscopy. Edited by Brian Matsumoto. 2nd ed. Amsterdam: Academic Press, 2002, xii, 507. ISBN 0125804458. info
• Molecular cloning, A laboratory manual, Vol. 1-3, Eds. J. Sambrook and D. W. Russell, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York 2001
• Short protocols in molecular biology, Vol. 1 and 2, 5th edition, John Wiley and Sons, Inc., 2002
• Current protocols in cytometry, Vol. 1 and 2, Ed. J. P. Robinson, John Wiley and Sons, Inc., 1997
• Methods in Cell Biology, Vol. 75, Cytometry, 4th edition, New developments, Eds. Z. Darzynkiewicz, M. Roederer, H. J. Tanke, Elsevier Academic Press, 2004
• CROWTHER, John R. The ELISA guidebook. Totowa, N.J.: Humana Press, 2001, xi, 421. ISBN 0896037282. info

Výukové metody

Krátké teoretické přednášky a praktické procvičování speciálních úkolů; demonstrace měření u pokročilých složitých metod a přístrojů (vysokorychlostní sorter a vysokorozlišovací konfokální mikroskopie, HPLC); domácí úkoly; diskuse v hodině.

Metody hodnocení

Dodání vyhodnocených výsledků a protokolů se zodpovězenými otázkami, závěrečný písemný test.

Navazující předměty

• Bi5611c Speciální metody fyziologie živočichů

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi6725 Moderní metody buněčné biologie

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: kz.

Vyučující

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc. (cvičící)
prof. RNDr. Jiřina Hofmanová, CSc. (cvičící)
RNDr. Miroslav Machala, CSc. (cvičící)
Mgr. Jiřina Medalová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Karel Souček, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Jan Vondráček, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.

Předpoklady

Předmět navazuje a tvoří logický celek s cvičením Fyziologie živočichů a Speciální metody fyziologie živočichů.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Mateřské obory/plány

• Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Ekotoxiologie)
• Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Fyziologie živočichů)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Ekotoxikologie)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Fyziologie živočichů)

Cíle předmětu

Inovovaný teoreticko-praktický kurz navazuje na příbuzné předměty a rozvíjí stupeň metodologických a praktických znalostí studentů primárně bakalářského studia. V magisterském a doktorském programu mohou sloužit zavedené a optimalizované metodiky k realizaci závěrečných prací. Studenti se formou praktické výuky a s využitím metodologického zázemí Biofyzikálního ústavu AV ČR v Brně seznamují s aktuálními trendy v oboru a vybranými moderními metodikami používanými v základním vědeckém výzkumu na úrovni molekul, specifických buněk a buněčných populací. Hlavními cíli kurzu jsou:
- seznámení studentů s vybranými moderními metodickými přístupy používanými v základním i aplikovaném výzkumu (viz Sylabus)
- výrazné rozšíření praktických laboratorních dovedností studentů
- získání praktických znalostí využitelných při vypracovávání diplomových a dizertačních prací

Osnova

• 1. Buněčné kultury
• Stanovení počtu a viability buněk: ukázka vybavení laboratoře, obsluha flow boxu, typy plastů pro buněčné kultury, bezpečnost práce, pasážování buněk, počítání částic na Coulter Counter, určení životnosti buněk barvením eosinem.
• Detekce apoptotických buněk: stanovení apoptotického indexu - barvení pomocí DAPI (fluorescenční detekce buněk s kondenzovaným a fragmentovaným chromatinem). Měření mitochondriálního membránového potenciálu apoptotických buněk pomocí barvení TMRE (tetrametyl rhodamin etylester) a detekce průtokovou cytometrií.
• Stanovení stupně diferenciace leukemických buněk: detekce povrchových molekul CD11b a CD14 u buněk myeloidní linii HL-60 průtokovou cytometrií pomocí přímé imunocytochemie s protilátkami značenými fluorescenčními barvivy. Stanovení míry oxidativního vzplanutí jako ukazatele diferenciace u buněk HL-60 za použití různých aktivátorů fagocytózy (zymosan, forbol myristat acetat, Ca2+ ionofor) na destičkovém luminometru.
• Stanovení diferenciace buněk nádoru kolonu (linie HT-29): stanovení alkalické fosfatázy kolorimetricky (alkalická fosfatáza štěpí bezbarvý substrát 4-p-nitrofenyl fosfát za vzniku žlutého zbarvení).
• 2. Fluorescenční a konfokální mikroskopie:
• Princip funkce fluorescenčního mikroskopu (výhody a limitace), rozdíly mezi konvenční a konfokální mikroskopií. Pozorování trojrozměrně fixovaných interfázních jader, ve kterých je fluorescenčně značený gen a jinou fluorescenční značkou obarven celý chromozom, na kterém se daný gen nachází.
• 3. Biochemické metody:
• Příprava buněčného lyzátu pro Western blotting a izolaci RNA:
• Metodika přípravy buněčného lyzátu pro detekci proteinů a pro izolaci RNA, stanovení koncentrace proteinů pomocí kitu Bio-Rad DC protein. Elektroforéza a transfer proteinů na membránu: separace stanoveného množství proteinů připravených v rámci předchozího cvičení pomocí SDS-PAGE, přenos na PVDF membránu pomocí semidry electroblotting.
• Imunodetekce:
• Imunodetekce beta-aktinu pomocí primární neznačené protilátky (anti-beta-aktin) a sekundární protilátky značené křenovou peroxidázou ve vzorcích zpracovaných a separovaných v rámci předchozích cvičení, vizualizace bude provedena pomocí kitu ECL Plus.
• Izolace celkové RNA, stanovení koncentrace a kvality:
• Izolace RNA z připraveného buněčného lyzátu pomocí komerčního kitu, stanovení koncentrace RNA a její čistota na přístroji Nanodrop ND-1000 Spectrophotometer.
• ELISA (Enzyme Linked Immunosorbent Assay) metoda:
• Stanovení tumor nekrotizujícího faktoru alfa pomocí komerčního kitu od firmy R&D system Duoset v médiu získaného z diferencovaných myeloidních buněk THP-1 po aplikaci endotoxinu v různých koncentracích po dobu 24 hodin.

Literatura

• Cell culture and upstream processing. Edited by M. Butler. 1st ed. New York: Taylor & Francis, 2007, xiv, 187. ISBN 9780415399692. info
• Mammalian cell culture : essential techniques. Edited by A. Doyle - J. B. Griffiths. Chichester: John Wiley & Sons, 1997, xv, 173. ISBN 0471970573. info
• Cancer cell culture : methods and protocols. Edited by Simon P. Langdon. Totowa, N.J.: Humana Press, 2004, xii, 360. ISBN 1588290794. info
• Animal cell culture :a practical approach. Edited by R. Ian Freshney. 2nd ed. Oxford: Oxford University Press, 1992, xix, 329 s. ISBN 0-19-963213-8. info
• Cell biological appplications of confocal microscopy. Edited by Brian Matsumoto. 2nd ed. Amsterdam: Academic Press, 2002, xii, 507. ISBN 0125804458. info
• Molecular cloning, A laboratory manual, Vol. 1-3, Eds. J. Sambrook and D. W. Russell, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York 2001
• Short protocols in molecular biology, Vol. 1 and 2, 5th edition, John Wiley and Sons, Inc., 2002
• Current protocols in cytometry, Vol. 1 and 2, Ed. J. P. Robinson, John Wiley and Sons, Inc., 1997
• Methods in Cell Biology, Vol. 75, Cytometry, 4th edition, New developments, Eds. Z. Darzynkiewicz, M. Roederer, H. J. Tanke, Elsevier Academic Press, 2004
• CROWTHER, John R. The ELISA guidebook. Totowa, N.J.: Humana Press, 2001, xi, 421. ISBN 0896037282. info

Metody hodnocení

Krátké teoretické přednášky a praktické procvičování speciálních úkolů; domácí úkoly; diskuse v hodině.
Požadavky pro ukončení: vyhodnocené výsledky a protokoly se zodpovězenými otázkami, závěrečný písemný test.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi6725 Moderní metody buněčné biologie

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: kz.

Vyučující

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc. (cvičící)
prof. RNDr. Jiřina Hofmanová, CSc. (cvičící)
RNDr. Miroslav Machala, CSc. (cvičící)
Mgr. Jiřina Medalová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Karel Souček, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Jan Vondráček, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Mateřské obory/plány

• Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Ekotoxiologie)
• Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Fyziologie živočichů)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Ekotoxikologie)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Fyziologie živočichů)

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi6725 Moderní metody buněčné biologie

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: kz.

Vyučující

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc. (cvičící)
prof. RNDr. Jiřina Hofmanová, CSc. (cvičící)
RNDr. Miroslav Machala, CSc. (cvičící)
Mgr. Jiřina Medalová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Karel Souček, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Jan Vondráček, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Mateřské obory/plány

• Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Ekotoxiologie)
• Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Fyziologie živočichů)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Ekotoxikologie)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Fyziologie živočichů)

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi6725 Moderní metody buněčné biologie

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Jiřina Hofmanová, CSc. (cvičící)
prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc. (cvičící)
doc. RNDr. Martin Vácha, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.

Předpoklady

Nutné základní znalosti z biochemie, buněčné a molekulární biologie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Mateřské obory/plány

• Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Ekotoxiologie)
• Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Fyziologie živočichů)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Ekotoxikologie)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Fyziologie živočichů)

Cíle předmětu

Teoreticko-praktický předmět seznamující studenty s celou řadou metodických přístupů využitelných v ekotoxikologii. Je podán teoretický výklad a praktické ukázky (případně konkrétní procvičení) metod in vivo (práce s laboratorními a volně odchycenými zvířaty) a in vitro (práce s využitím tkáňových kultur). Studenti se seznámí s vědeckou metodologií, s principy a využitím složitých moderních přístrojů (např. flowcytometrií nebo konfokální laserovou mikroskopií atd.), škálou metodik využívajích molekulárně biologické přístupy a dále s plynovou a kapalinovou chromatografií, fluorimetrií, spektrofotometrií a luminometrií.

Osnova

• 1. Metody in vivo Využití laboratorních zvířat - zásady chovu a práce Základní hematologické metody Využití ionizujícího záření Testy toxicity 2. Metody in vitro Buněčné kultury - laboratoř a vybavení, zásady práce 3. Měření biochemických markerů Aktivity enzymů Oxidativní stres 4. Vybrané molekulárně biologické metody Flowcytometrie Mikroskopické metody 5. Metody studia účinků škodlivých látek a farmak Testy cytotoxicity Analýza cytokinetiky 6. Pracovní hypotézy a jejich ověřování 7. Využití metod v experimentální ekotoxikologii a prediktivní onkologii

Literatura

• Current Protocols in Cytometry, Ed. J. P. Robinson et al., Wiley&Sons Inc., New York 1997
• Arachidonate related lipid mediators, Methods in Enzymology, Eds. R. C. Murphy, F. A. Fitzpatrick, Vol. 187, Academic Press, New York, 1990
• Techniques in cell cycle analysis (Eds. J. W. Gray, Z. Darzynkiewicz), Humana Press, Clifton, New Jersey, 1987
• Cell and tissue culture :Laboratory procedures. Insertion instructions. Edited by A. Doyle - J. B. Griffiths - D. G. Newell. Chichester: John Wiley & Sons, 1993, Volné lis. ISBN 0-471-92852-6. info

Navazující předměty

• C7530 Fyziologie buněčných systémů
• C8630 Genotoxicita a karcinogeneze

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi6725 Moderní metody buněčné biologie

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Jiřina Hofmanová, CSc. (cvičící)
prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.

Rozvrh

Út 13:00–16:50 Kontaktujte učitele

Předpoklady

Nutné základní znalosti z biochemie, buněčné a molekulární biologie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Mateřské obory/plány

• Ekotoxikologie (program PřF, B-BI)

Cíle předmětu

Teoreticko-praktický předmět seznamující studenty s celou řadou metodických přístupů využitelných v ekotoxikologii. Je podán teoretický výklad a praktické ukázky (případně konkrétní procvičení) metod in vivo (práce s laboratorními a volně odchycenými zvířaty) a in vitro (práce s využitím tkáňových kultur). Studenti se seznámí s vědeckou metodologií, s principy a využitím složitých moderních přístrojů (např. flowcytometrií nebo konfokální laserovou mikroskopií atd.), škálou metodik využívajích molekulárně biologické přístupy a dále s plynovou a kapalinovou chromatografií, fluorimetrií, spektrofotometrií a luminometrií.

Osnova

• 1. Metody in vivo Využití laboratorních zvířat - zásady chovu a práce Základní hematologické metody Využití ionizujícího záření Testy toxicity 2. Metody in vitro Buněčné kultury - laboratoř a vybavení, zásady práce 3. Měření biochemických markerů Aktivity enzymů Oxidativní stres 4. Vybrané molekulárně biologické metody Flowcytometrie Mikroskopické metody 5. Metody studia účinků škodlivých látek a farmak Testy cytotoxicity Analýza cytokinetiky 6. Pracovní hypotézy a jejich ověřování 7. Využití metod v experimentální ekotoxikologii a prediktivní onkologii

Literatura

• Current Protocols in Cytometry, Ed. J. P. Robinson et al., Wiley&Sons Inc., New York 1997
• Arachidonate related lipid mediators, Methods in Enzymology, Eds. R. C. Murphy, F. A. Fitzpatrick, Vol. 187, Academic Press, New York, 1990
• Techniques in cell cycle analysis (Eds. J. W. Gray, Z. Darzynkiewicz), Humana Press, Clifton, New Jersey, 1987
• Cell and tissue culture :Laboratory procedures. Insertion instructions. Edited by A. Doyle - J. B. Griffiths - D. G. Newell. Chichester: John Wiley & Sons, 1993, Volné lis. ISBN 0-471-92852-6. info

Navazující předměty

• C7530 Fyziologie buněčných systémů
• C8630 Genotoxicita a karcinogeneze

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.

Bi6725 Moderní metody buněčné biologie

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Jiřina Hofmanová, CSc. (cvičící)
prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.

Předpoklady

Nutné základní znalosti z biochemie, buněčné a molekulární biologie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Mateřské obory/plány

• Ekotoxikologie (program PřF, B-BI)

Cíle předmětu

Teoreticko-praktický předmět seznamující studenty s celou řadou metodických přístupů využitelných v ekotoxikologii. Je podán teoretický výklad a praktické ukázky (případně konkrétní procvičení) metod in vivo (práce s laboratorními a volně odchycenými zvířaty) a in vitro (práce s využitím tkáňových kultur). Studenti se seznámí s vědeckou metodologií, s principy a využitím složitých moderních přístrojů (např. flowcytometrií nebo konfokální laserovou mikroskopií atd.), škálou metodik využívajích molekulárně biologické přístupy a dále s plynovou a kapalinovou chromatografií, fluorimetrií, spektrofotometrií a luminometrií.

Osnova

• 1. Metody in vivo Využití laboratorních zvířat - zásady chovu a práce Základní hematologické metody Využití ionizujícího záření Testy toxicity 2. Metody in vitro Buněčné kultury - laboratoř a vybavení, zásady práce 3. Měření biochemických markerů Aktivity enzymů Oxidativní stres 4. Vybrané molekulárně biologické metody Flowcytometrie Mikroskopické metody 5. Metody studia účinků škodlivých látek a farmak Testy cytotoxicity Analýza cytokinetiky 6. Pracovní hypotézy a jejich ověřování 7. Využití metod v experimentální ekotoxikologii a prediktivní onkologii

Literatura

• Current Protocols in Cytometry, Ed. J. P. Robinson et al., Wiley&Sons Inc., New York 1997
• Arachidonate related lipid mediators, Methods in Enzymology, Eds. R. C. Murphy, F. A. Fitzpatrick, Vol. 187, Academic Press, New York, 1990
• Techniques in cell cycle analysis (Eds. J. W. Gray, Z. Darzynkiewicz), Humana Press, Clifton, New Jersey, 1987
• Cell and tissue culture :Laboratory procedures. Insertion instructions. Edited by A. Doyle - J. B. Griffiths - D. G. Newell. Chichester: John Wiley & Sons, 1993, Volné lis. ISBN 0-471-92852-6. info

Navazující předměty

• C7530 Fyziologie buněčných systémů
• C8630 Genotoxicita a karcinogeneze

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi6725 Moderní metody buněčné biologie

Rozsah

0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Jiřina Hofmanová, CSc. (cvičící)
prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc. (cvičící)
RNDr. Miroslav Machala, CSc. (cvičící)
prof. RNDr. Jakub Hofman, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.

Předpoklady

Nutné základní znalosti z biochemie, buněčné a molekulární biologie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Mateřské obory/plány

• Ekotoxikologie (program PřF, B-BI)

Cíle předmětu

Teoreticko-praktický předmět seznamující studenty s celou řadou metodických přístupů využitelných v ekotoxikologii. Je podán teoretický výklad a praktické ukázky (případně konkrétní procvičení) metod in vivo (práce s laboratorními a volně odchycenými zvířaty) a in vitro (práce s využitím tkáňových kultur). Studenti se seznámí s vědeckou metodologií, s principy a využitím složitých moderních přístrojů (např. flowcytometrií nebo konfokální laserovou mikroskopií atd.), škálou metodik využívajích molekulárně biologické přístupy a dále s plynovou a kapalinovou chromatografií, fluorimetrií, spektrofotometrií a luminometrií.

Osnova

• 1. Metody in vivo Využití laboratorních zvířat - zásady chovu a práce Základní hematologické metody Využití ionizujícího záření Testy toxicity 2. Metody in vitro Buněčné kultury - laboratoř a vybavení, zásady práce 3. Měření biochemických markerů Aktivity enzymů Oxidativní stres 4. Vybrané molekulárně biologické metody Flowcytometrie Mikroskopické metody 5. Metody studia účinků škodlivých látek a farmak Testy cytotoxicity Analýza cytokinetiky 6. Pracovní hypotézy a jejich ověřování 7. Využití metod v experimentální ekotoxikologii a prediktivní onkologii

Literatura

• Current Protocols in Cytometry, Ed. J. P. Robinson et al., Wiley&Sons Inc., New York 1997
• Arachidonate related lipid mediators, Methods in Enzymology, Eds. R. C. Murphy, F. A. Fitzpatrick, Vol. 187, Academic Press, New York, 1990
• Techniques in cell cycle analysis (Eds. J. W. Gray, Z. Darzynkiewicz), Humana Press, Clifton, New Jersey, 1987
• Cell and tissue culture :Laboratory procedures. Insertion instructions. Edited by A. Doyle - J. B. Griffiths - D. G. Newell. Chichester: John Wiley & Sons, 1993, Volné lis. ISBN 0-471-92852-6. info

Navazující předměty

• C7530 Fyziologie buněčných systémů
• C8630 Genotoxicita a karcinogeneze

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi6725 Moderní metody buněčné biologie

Předmět se v období jaro 2008 nevypisuje.

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Jiřina Hofmanová, CSc. (cvičící)
prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.

Předpoklady

Nutné základní znalosti z biochemie, buněčné a molekulární biologie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Mateřské obory/plány

• Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Ekotoxiologie)
• Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Fyziologie živočichů)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Ekotoxikologie)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Fyziologie živočichů)

Cíle předmětu

Teoreticko-praktický předmět seznamující studenty s celou řadou metodických přístupů využitelných v experimentální fyziologii, imunologii, biomedicíně a ekotoxikologii. Je podán teoretický výklad a praktické ukázky (případně konkrétní procvičení) metod in vivo (práce s laboratorními a volně odchycenými zvířaty) a in vitro (práce s využitím tkáňových kultur). Studenti se seznámí s vědeckou metodologií, s principy a využitím složitých moderních přístrojů (např. flowcytometrií nebo konfokální laserovou mikroskopií atd.), škálou metodik využívajích molekulárně biologické přístupy a dále s plynovou a kapalinovou chromatografií, fluorimetrií, spektrofotometrií a luminometrií.

Osnova

• 1. Metody in vivo Využití laboratorních zvířat - zásady chovu a práce Základní hematologické metody Využití ionizujícího záření Testy toxicity 2. Metody in vitro Buněčné kultury - laboratoř a vybavení, zásady práce 3. Měření biochemických markerů Aktivity enzymů Oxidativní stres 4. Vybrané molekulárně biologické metody Flowcytometrie Mikroskopické metody 5. Metody studia účinků škodlivých látek a farmak Testy cytotoxicity Analýza cytokinetiky 6. Pracovní hypotézy a jejich ověřování 7. Využití metod v experimentální fyziologii, imunologii, onkologii a ekotoxikologii.

Literatura

• Arachidonate related lipid mediators, Methods in Enzymology, Eds. R. C. Murphy, F. A. Fitzpatrick, Vol. 187, Academic Press, New York, 1990
• Current Protocols in Cytometry, Ed. J. P. Robinson et al., Wiley&Sons Inc., New York 1997
• Techniques in cell cycle analysis (Eds. J. W. Gray, Z. Darzynkiewicz), Humana Press, Clifton, New Jersey, 1987
• Cell and tissue culture :Laboratory procedures. Insertion instructions. Edited by A. Doyle - J. B. Griffiths - D. G. Newell. Chichester: John Wiley & Sons, 1993, Volné lis. ISBN 0-471-92852-6. info

Navazující předměty

• C7530 Fyziologie buněčných systémů
• C8630 Genotoxicita a karcinogeneze

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi6725 Moderní metody buněčné biologie

Předmět se v období jaro 2007 nevypisuje.

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Jiřina Hofmanová, CSc. (cvičící)
prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.

Předpoklady

Nutné základní znalosti z biochemie, buněčné a molekulární biologie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Mateřské obory/plány

• Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Ekotoxiologie)
• Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Fyziologie živočichů)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Ekotoxikologie)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Fyziologie živočichů)

Cíle předmětu

Teoreticko-praktický předmět seznamující studenty s celou řadou metodických přístupů využitelných v experimentální fyziologii, imunologii, biomedicíně a ekotoxikologii. Je podán teoretický výklad a praktické ukázky (případně konkrétní procvičení) metod in vivo (práce s laboratorními a volně odchycenými zvířaty) a in vitro (práce s využitím tkáňových kultur). Studenti se seznámí s vědeckou metodologií, s principy a využitím složitých moderních přístrojů (např. flowcytometrií nebo konfokální laserovou mikroskopií atd.), škálou metodik využívajích molekulárně biologické přístupy a dále s plynovou a kapalinovou chromatografií, fluorimetrií, spektrofotometrií a luminometrií.

Osnova

• 1. Metody in vivo Využití laboratorních zvířat - zásady chovu a práce Základní hematologické metody Využití ionizujícího záření Testy toxicity 2. Metody in vitro Buněčné kultury - laboratoř a vybavení, zásady práce 3. Měření biochemických markerů Aktivity enzymů Oxidativní stres 4. Vybrané molekulárně biologické metody Flowcytometrie Mikroskopické metody 5. Metody studia účinků škodlivých látek a farmak Testy cytotoxicity Analýza cytokinetiky 6. Pracovní hypotézy a jejich ověřování 7. Využití metod v experimentální fyziologii, imunologii, onkologii a ekotoxikologii.

Literatura

• Arachidonate related lipid mediators, Methods in Enzymology, Eds. R. C. Murphy, F. A. Fitzpatrick, Vol. 187, Academic Press, New York, 1990
• Current Protocols in Cytometry, Ed. J. P. Robinson et al., Wiley&Sons Inc., New York 1997
• Techniques in cell cycle analysis (Eds. J. W. Gray, Z. Darzynkiewicz), Humana Press, Clifton, New Jersey, 1987
• Cell and tissue culture :Laboratory procedures. Insertion instructions. Edited by A. Doyle - J. B. Griffiths - D. G. Newell. Chichester: John Wiley & Sons, 1993, Volné lis. ISBN 0-471-92852-6. info

Navazující předměty

• C7530 Fyziologie buněčných systémů
• C8630 Genotoxicita a karcinogeneze

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi6725 Moderní metody buněčné biologie

Údaje z období podzim 2011 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: kz.

Vyučující

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc. (cvičící)
prof. RNDr. Jiřina Hofmanová, CSc. (cvičící)
Mgr. Jiřina Medalová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Karel Souček, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Jan Vondráček, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.

Předpoklady

Předmět navazuje a tvoří logický celek s cvičením Fyziologie živočichů a Speciální metody fyziologie živočichů.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen: provádět rutinně klasické i moderní techniky používané v základním i apolikovaném výzkumu (viz sylabus); využít metody a přístupy odrážející nejnovější trendy ve výzkumu molekul, specifických buněk a buněčných populací; použít získané manuální laboratorní dovednosti a dále je rozvíjet; vybrat si ze spektra technik tu nejvhodnější metodu podle znalostí získaných v rámci předmětu; pracovat v moderně vybavených pracovištích na základě zkušeností z práce v laboratořích Biofyzikálního ústavu AV ČR, v.v.i.; získat praktické znalosti využitelné při vypracovávání diplomových a dizertačních prací

Osnova

• 1. Buněčné kultury
• Stanovení počtu a viability buněk: ukázka vybavení laboratoře, obsluha flow boxu, typy plastů pro buněčné kultury, bezpečnost práce, pasážování buněk, počítání částic na Coulter Counter, určení životnosti buněk barvením eosinem.
• Detekce apoptotických buněk: stanovení apoptotického indexu - barvení pomocí DAPI (fluorescenční detekce buněk s kondenzovaným a fragmentovaným chromatinem). Měření mitochondriálního membránového potenciálu apoptotických buněk pomocí barvení TMRE (tetrametyl rhodamin etylester) a detekce průtokovou cytometrií.
• Stanovení stupně diferenciace leukemických buněk: detekce povrchových molekul CD11b a CD14 u buněk myeloidní linii HL-60 průtokovou cytometrií pomocí přímé imunocytochemie s protilátkami značenými fluorescenčními barvivy. Stanovení míry oxidativního vzplanutí jako ukazatele diferenciace u buněk HL-60 za použití různých aktivátorů fagocytózy (zymosan, forbol myristat acetat, Ca2+ ionofor) na destičkovém luminometru.
• Stanovení diferenciace buněk nádoru kolonu (linie HT-29): stanovení alkalické fosfatázy kolorimetricky (alkalická fosfatáza štěpí bezbarvý substrát 4-p-nitrofenyl fosfát za vzniku žlutého zbarvení).
• 2. Fluorescenční a konfokální mikroskopie:
• Princip funkce fluorescenčního mikroskopu (výhody a limitace), rozdíly mezi konvenční a konfokální mikroskopií. Pozorování trojrozměrně fixovaných interfázních jader, ve kterých je fluorescenčně značený gen a jinou fluorescenční značkou obarven celý chromozom, na kterém se daný gen nachází.
• 3. Biochemické metody:
• Příprava buněčného lyzátu pro Western blotting a izolaci RNA:
• Metodika přípravy buněčného lyzátu pro detekci proteinů a pro izolaci RNA, stanovení koncentrace proteinů pomocí kitu Bio-Rad DC protein. Elektroforéza a transfer proteinů na membránu: separace stanoveného množství proteinů připravených v rámci předchozího cvičení pomocí SDS-PAGE, přenos na PVDF membránu pomocí semidry electroblotting.
• Imunodetekce:
• Imunodetekce beta-aktinu pomocí primární neznačené protilátky (anti-beta-aktin) a sekundární protilátky značené křenovou peroxidázou ve vzorcích zpracovaných a separovaných v rámci předchozích cvičení, vizualizace bude provedena pomocí kitu ECL Plus.
• Izolace celkové RNA, stanovení koncentrace a kvality:
• Izolace RNA z připraveného buněčného lyzátu pomocí komerčního kitu, stanovení koncentrace RNA a její čistota na přístroji Nanodrop ND-1000 Spectrophotometer.
• ELISA (Enzyme Linked Immunosorbent Assay) metoda:
• Stanovení tumor nekrotizujícího faktoru alfa pomocí komerčního kitu od firmy R&D system Duoset v médiu získaného z diferencovaných myeloidních buněk THP-1 po aplikaci endotoxinu v různých koncentracích po dobu 24 hodin.

Literatura

• Cell culture and upstream processing. Edited by M. Butler. 1st ed. New York: Taylor & Francis, 2007, xiv, 187. ISBN 9780415399692. info
• Mammalian cell culture : essential techniques. Edited by A. Doyle - J. B. Griffiths. Chichester: John Wiley & Sons, 1997, xv, 173. ISBN 0471970573. info
• Cancer cell culture : methods and protocols. Edited by Simon P. Langdon. Totowa, N.J.: Humana Press, 2004, xii, 360. ISBN 1588290794. info
• Animal cell culture :a practical approach. Edited by R. Ian Freshney. 2nd ed. Oxford: Oxford University Press, 1992, xix, 329 s. ISBN 0-19-963213-8. info
• Cell biological appplications of confocal microscopy. Edited by Brian Matsumoto. 2nd ed. Amsterdam: Academic Press, 2002, xii, 507. ISBN 0125804458. info
• Molecular cloning, A laboratory manual, Vol. 1-3, Eds. J. Sambrook and D. W. Russell, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York 2001
• Short protocols in molecular biology, Vol. 1 and 2, 5th edition, John Wiley and Sons, Inc., 2002
• Current protocols in cytometry, Vol. 1 and 2, Ed. J. P. Robinson, John Wiley and Sons, Inc., 1997
• Methods in Cell Biology, Vol. 75, Cytometry, 4th edition, New developments, Eds. Z. Darzynkiewicz, M. Roederer, H. J. Tanke, Elsevier Academic Press, 2004
• CROWTHER, John R. The ELISA guidebook. Totowa, N.J.: Humana Press, 2001, xi, 421. ISBN 0896037282. info

Výukové metody

Krátké teoretické přednášky a praktické procvičování speciálních úkolů; demonstrace měření u pokročilých složitých metod a přístrojů (vysokorychlostní sorter a vysokorozlišovací konfokální mikroskopie, HPLC); domácí úkoly; diskuse v hodině.

Metody hodnocení

Dodání vyhodnocených výsledků a protokolů se zodpovězenými otázkami, závěrečný písemný test.

Navazující předměty

• Bi5611c Speciální metody fyziologie živočichů

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi6725 Moderní metody buněčné biologie

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: kz.

Vyučující

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc. (cvičící)
prof. RNDr. Jiřina Hofmanová, CSc. (cvičící)
RNDr. Miroslav Machala, CSc. (cvičící)
Mgr. Jiřina Medalová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Karel Souček, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Jan Vondráček, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.

Předpoklady

Předmět navazuje a tvoří logický celek s cvičením Fyziologie živočichů a Speciální metody fyziologie živočichů.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Mateřské obory/plány

předmět má 8 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen: provádět rutinně klasické i moderní techniky používané v základním i apolikovaném výzkumu (viz sylabus); využít metody a přístupy odrážející nejnovější trendy ve výzkumu molekul, specifických buněk a buněčných populací; použít získané manuální laboratorní dovednosti a dále je rozvíjet; vybrat si ze spektra technik tu nejvhodnější metodu podle znalostí získaných v rámci předmětu; pracovat v moderně vybavených pracovištích na základě zkušeností z práce v laboratořích Biofyzikálního ústavu AV ČR, v.v.i.; získat praktické znalosti využitelné při vypracovávání diplomových a dizertačních prací

Osnova

• 1. Buněčné kultury
• Stanovení počtu a viability buněk: ukázka vybavení laboratoře, obsluha flow boxu, typy plastů pro buněčné kultury, bezpečnost práce, pasážování buněk, počítání částic na Coulter Counter, určení životnosti buněk barvením eosinem.
• Detekce apoptotických buněk: stanovení apoptotického indexu - barvení pomocí DAPI (fluorescenční detekce buněk s kondenzovaným a fragmentovaným chromatinem). Měření mitochondriálního membránového potenciálu apoptotických buněk pomocí barvení TMRE (tetrametyl rhodamin etylester) a detekce průtokovou cytometrií.
• Stanovení stupně diferenciace leukemických buněk: detekce povrchových molekul CD11b a CD14 u buněk myeloidní linii HL-60 průtokovou cytometrií pomocí přímé imunocytochemie s protilátkami značenými fluorescenčními barvivy. Stanovení míry oxidativního vzplanutí jako ukazatele diferenciace u buněk HL-60 za použití různých aktivátorů fagocytózy (zymosan, forbol myristat acetat, Ca2+ ionofor) na destičkovém luminometru.
• Stanovení diferenciace buněk nádoru kolonu (linie HT-29): stanovení alkalické fosfatázy kolorimetricky (alkalická fosfatáza štěpí bezbarvý substrát 4-p-nitrofenyl fosfát za vzniku žlutého zbarvení).
• 2. Fluorescenční a konfokální mikroskopie:
• Princip funkce fluorescenčního mikroskopu (výhody a limitace), rozdíly mezi konvenční a konfokální mikroskopií. Pozorování trojrozměrně fixovaných interfázních jader, ve kterých je fluorescenčně značený gen a jinou fluorescenční značkou obarven celý chromozom, na kterém se daný gen nachází.
• 3. Biochemické metody:
• Příprava buněčného lyzátu pro Western blotting a izolaci RNA:
• Metodika přípravy buněčného lyzátu pro detekci proteinů a pro izolaci RNA, stanovení koncentrace proteinů pomocí kitu Bio-Rad DC protein. Elektroforéza a transfer proteinů na membránu: separace stanoveného množství proteinů připravených v rámci předchozího cvičení pomocí SDS-PAGE, přenos na PVDF membránu pomocí semidry electroblotting.
• Imunodetekce:
• Imunodetekce beta-aktinu pomocí primární neznačené protilátky (anti-beta-aktin) a sekundární protilátky značené křenovou peroxidázou ve vzorcích zpracovaných a separovaných v rámci předchozích cvičení, vizualizace bude provedena pomocí kitu ECL Plus.
• Izolace celkové RNA, stanovení koncentrace a kvality:
• Izolace RNA z připraveného buněčného lyzátu pomocí komerčního kitu, stanovení koncentrace RNA a její čistota na přístroji Nanodrop ND-1000 Spectrophotometer.
• ELISA (Enzyme Linked Immunosorbent Assay) metoda:
• Stanovení tumor nekrotizujícího faktoru alfa pomocí komerčního kitu od firmy R&D system Duoset v médiu získaného z diferencovaných myeloidních buněk THP-1 po aplikaci endotoxinu v různých koncentracích po dobu 24 hodin.

Literatura

• Cell culture and upstream processing. Edited by M. Butler. 1st ed. New York: Taylor & Francis, 2007, xiv, 187. ISBN 9780415399692. info
• Mammalian cell culture : essential techniques. Edited by A. Doyle - J. B. Griffiths. Chichester: John Wiley & Sons, 1997, xv, 173. ISBN 0471970573. info
• Cancer cell culture : methods and protocols. Edited by Simon P. Langdon. Totowa, N.J.: Humana Press, 2004, xii, 360. ISBN 1588290794. info
• Animal cell culture :a practical approach. Edited by R. Ian Freshney. 2nd ed. Oxford: Oxford University Press, 1992, xix, 329 s. ISBN 0-19-963213-8. info
• Cell biological appplications of confocal microscopy. Edited by Brian Matsumoto. 2nd ed. Amsterdam: Academic Press, 2002, xii, 507. ISBN 0125804458. info
• Molecular cloning, A laboratory manual, Vol. 1-3, Eds. J. Sambrook and D. W. Russell, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York 2001
• Short protocols in molecular biology, Vol. 1 and 2, 5th edition, John Wiley and Sons, Inc., 2002
• Current protocols in cytometry, Vol. 1 and 2, Ed. J. P. Robinson, John Wiley and Sons, Inc., 1997
• Methods in Cell Biology, Vol. 75, Cytometry, 4th edition, New developments, Eds. Z. Darzynkiewicz, M. Roederer, H. J. Tanke, Elsevier Academic Press, 2004
• CROWTHER, John R. The ELISA guidebook. Totowa, N.J.: Humana Press, 2001, xi, 421. ISBN 0896037282. info

Výukové metody

Krátké teoretické přednášky a praktické procvičování speciálních úkolů; demonstrace měření u pokročilých složitých metod a přístrojů (vysokorychlostní sorter a vysokorozlišovací konfokální mikroskopie, HPLC); domácí úkoly; diskuse v hodině.

Metody hodnocení

Dodání vyhodnocených výsledků a protokolů se zodpovězenými otázkami, závěrečný písemný test.

Navazující předměty

• Bi5611c Speciální metody fyziologie živočichů

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi6725 Moderní metody buněčné biologie

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: kz.

Vyučující

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc. (cvičící)
prof. RNDr. Jiřina Hofmanová, CSc. (cvičící)
RNDr. Miroslav Machala, CSc. (cvičící)
Mgr. Jiřina Medalová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Karel Souček, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Jan Vondráček, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Mateřské obory/plány

• Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Ekotoxiologie)
• Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Fyziologie živočichů)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Ekotoxikologie)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Fyziologie živočichů)

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi6725 Moderní metody buněčné biologie

Předmět se v období jaro 2008 - akreditace nevypisuje.

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Jiřina Hofmanová, CSc. (cvičící)
prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc. (cvičící)

Garance

prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc.

Předpoklady

Nutné základní znalosti z biochemie, buněčné a molekulární biologie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Mateřské obory/plány

• Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Ekotoxiologie)
• Obecná biologie (program PřF, B-BI, směr Fyziologie živočichů)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Ekotoxikologie)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Fyziologie živočichů)

Cíle předmětu

Teoreticko-praktický předmět seznamující studenty s celou řadou metodických přístupů využitelných v experimentální fyziologii, imunologii, biomedicíně a ekotoxikologii. Je podán teoretický výklad a praktické ukázky (případně konkrétní procvičení) metod in vivo (práce s laboratorními a volně odchycenými zvířaty) a in vitro (práce s využitím tkáňových kultur). Studenti se seznámí s vědeckou metodologií, s principy a využitím složitých moderních přístrojů (např. flowcytometrií nebo konfokální laserovou mikroskopií atd.), škálou metodik využívajích molekulárně biologické přístupy a dále s plynovou a kapalinovou chromatografií, fluorimetrií, spektrofotometrií a luminometrií.

Osnova

• 1. Metody in vivo Využití laboratorních zvířat - zásady chovu a práce Základní hematologické metody Využití ionizujícího záření Testy toxicity 2. Metody in vitro Buněčné kultury - laboratoř a vybavení, zásady práce 3. Měření biochemických markerů Aktivity enzymů Oxidativní stres 4. Vybrané molekulárně biologické metody Flowcytometrie Mikroskopické metody 5. Metody studia účinků škodlivých látek a farmak Testy cytotoxicity Analýza cytokinetiky 6. Pracovní hypotézy a jejich ověřování 7. Využití metod v experimentální fyziologii, imunologii, onkologii a ekotoxikologii.

Literatura

• Arachidonate related lipid mediators, Methods in Enzymology, Eds. R. C. Murphy, F. A. Fitzpatrick, Vol. 187, Academic Press, New York, 1990
• Current Protocols in Cytometry, Ed. J. P. Robinson et al., Wiley&Sons Inc., New York 1997
• Techniques in cell cycle analysis (Eds. J. W. Gray, Z. Darzynkiewicz), Humana Press, Clifton, New Jersey, 1987
• Cell and tissue culture :Laboratory procedures. Insertion instructions. Edited by A. Doyle - J. B. Griffiths - D. G. Newell. Chichester: John Wiley & Sons, 1993, Volné lis. ISBN 0-471-92852-6. info

Navazující předměty

• C7530 Fyziologie buněčných systémů
• C8630 Genotoxicita a karcinogeneze

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

• Statistika zápisu (nejnovější)