Informace o předmětu

Bi7050 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
prof. RNDr. Šárka Pospíšilová, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

každý sudý pátek 8:00–9:50 C02/211

Předpoklady

Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 30 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit základní principy hmotnostní spektrometrie popsat instrumentaci běžně používanou v proteomice porozumět základům interpretace MS a MS/MS dat vysvětlit principy identifikace proteinů a jejich posttranslacnich modifikací pomocí hmotnostní spektrometrie vysvětlit metody kvantifikace pomocí MS popsat současné možnosti hmotnostní spektrometrie v proteomice navrhnout použití vhodné MS techniky pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů

Osnova

• 1. Hmotnostní spektrometrie
• Princip metody, vymezení možností metody, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy).
• 2. Příprava a separace vzorku (RNDr. Hana Konečná)
• Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu).
• 3. Základní metody identifikace proteinů
• Peptide mapping, MS/MS ion search, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sequencing), výhody a limitace jednotlivých metod, základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), podobnost proteinů.
• 4. Kvantifikace
• Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, specifické značky typu iTRAQ).
• 5. Určování modifikací proteinů
• Přehled druhů modifikací (post-translační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Fosfoproteiny příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace. Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza glykanů
• 6. Proteinové čipy (RNDr. Šárka Pospíšilová, PhD)
• Druhy proteinových čipů, jejich příprava, detekce a kvantifikace proteinů vazaných na čipech.
• 7. Proteomické aplikace
• Hmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, protein profiling), praktické příklady řešené v naší Centrální laboratoři.

Literatura

• Proteome research : mass spectrometry. Edited by Peter James. Berlin: Springer-Verlag, 2001, xxi, 274 s. ISBN 3-540-67255-9-. info

Výukové metody

přednáška, diskuze

Metody hodnocení

kolokvium nebo ústní zkouška

Informace učitele

lecture is given biweekly (in 2-hour units)
study materials are available in IS

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi7050 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
prof. RNDr. Šárka Pospíšilová, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.

Rozvrh

Pá 8:00–9:50 C02/211

Předpoklady

Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 30 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit základní principy hmotnostní spektrometrie popsat instrumentaci běžně používanou v proteomice porozumět základům interpretace MS a MS/MS dat vysvětlit principy identifikace proteinů a jejich posttranslacnich modifikací pomocí hmotnostní spektrometrie vysvětlit metody kvantifikace pomocí MS popsat současné možnosti hmotnostní spektrometrie v proteomice navrhnout použití vhodné MS techniky pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů

Osnova

• 1. Hmotnostní spektrometrie
• Princip metody, vymezení možností metody, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy).
• 2. Příprava a separace vzorku (RNDr. Hana Konečná)
• Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu).
• 3. Základní metody identifikace proteinů
• Peptide mapping, MS/MS ion search, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sequencing), výhody a limitace jednotlivých metod, základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), podobnost proteinů.
• 4. Kvantifikace
• Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, specifické značky typu iTRAQ).
• 5. Určování modifikací proteinů
• Přehled druhů modifikací (post-translační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Fosfoproteiny příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace. Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza glykanů
• 6. Proteinové čipy (RNDr. Šárka Pospíšilová, PhD)
• Druhy proteinových čipů, jejich příprava, detekce a kvantifikace proteinů vazaných na čipech.
• 7. Proteomické aplikace
• Hmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, protein profiling), praktické příklady řešené v naší Centrální laboratoři.

Literatura

• Proteome research : mass spectrometry. Edited by Peter James. Berlin: Springer-Verlag, 2001, xxi, 274 s. ISBN 3-540-67255-9-. info

Výukové metody

přednáška, diskuze

Metody hodnocení

kolokvium nebo ústní zkouška

Informace učitele

lecture is given biweekly (in 2-hour units)
study materials are available in IS

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi7050 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
prof. RNDr. Šárka Pospíšilová, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.

Rozvrh

Pá 8:00–9:50 C02/211

Předpoklady

Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 26 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit základní principy hmotnostní spektrometrie popsat instrumentaci běžně používanou v proteomice porozumět základům interpretace MS a MS/MS dat vysvětlit principy identifikace proteinů a jejich posttranslacnich modifikací pomocí hmotnostní spektrometrie vysvětlit metody kvantifikace pomocí MS popsat současné možnosti hmotnostní spektrometrie v proteomice navrhnout použití vhodné MS techniky pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů

Osnova

• 1. Hmotnostní spektrometrie
• Princip metody, vymezení možností metody, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy).
• 2. Příprava a separace vzorku (RNDr. Hana Konečná)
• Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu).
• 3. Základní metody identifikace proteinů
• Peptide mapping, MS/MS ion search, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sequencing), výhody a limitace jednotlivých metod, základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), podobnost proteinů.
• 4. Kvantifikace
• Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, specifické značky typu iTRAQ).
• 5. Určování modifikací proteinů
• Přehled druhů modifikací (post-translační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Fosfoproteiny příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace. Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza glykanů
• 6. Proteinové čipy (RNDr. Šárka Pospíšilová, PhD)
• Druhy proteinových čipů, jejich příprava, detekce a kvantifikace proteinů vazaných na čipech.
• 7. Proteomické aplikace
• Hmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, protein profiling), praktické příklady řešené v naší Centrální laboratoři.

Literatura

• Proteome research : mass spectrometry. Edited by Peter James. Berlin: Springer-Verlag, 2001, xxi, 274 s. ISBN 3-540-67255-9-. info

Výukové metody

přednáška, diskuze

Metody hodnocení

kolokvium nebo ústní zkouška

Informace učitele

lecture is given biweekly (in 2-hour units)
study materials are available in IS

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi7050 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
prof. RNDr. Šárka Pospíšilová, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.

Rozvrh

Pá 8:00–9:50 C02/211

Předpoklady

Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 26 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit základní principy hmotnostní spektrometrie popsat instrumentaci běžně používanou v proteomice porozumět základům interpretace MS a MS/MS dat vysvětlit principy identifikace proteinů a jejich posttranslacnich modifikací pomocí hmotnostní spektrometrie vysvětlit metody kvantifikace pomocí MS popsat současné možnosti hmotnostní spektrometrie v proteomice navrhnout použití vhodné MS techniky pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů

Osnova

• 1. Hmotnostní spektrometrie
• Princip metody, vymezení možností metody, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy).
• 2. Příprava a separace vzorku (RNDr. Hana Konečná)
• Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu).
• 3. Základní metody identifikace proteinů
• Peptide mapping, MS/MS ion search, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sequencing), výhody a limitace jednotlivých metod, základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), podobnost proteinů.
• 4. Kvantifikace
• Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, specifické značky typu iTRAQ).
• 5. Určování modifikací proteinů
• Přehled druhů modifikací (post-translační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Fosfoproteiny příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace. Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza glykanů
• 6. Proteinové čipy (RNDr. Šárka Pospíšilová, PhD)
• Druhy proteinových čipů, jejich příprava, detekce a kvantifikace proteinů vazaných na čipech.
• 7. Proteomické aplikace
• Hmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, protein profiling), praktické příklady řešené v naší Centrální laboratoři.

Literatura

• Proteome research : mass spectrometry. Edited by Peter James. Berlin: Springer-Verlag, 2001, xxi, 274 s. ISBN 3-540-67255-9-. info

Výukové metody

přednáška, diskuze

Metody hodnocení

kolokvium nebo ústní zkouška

Informace učitele

lecture is given in 4-hour units
study materials are available in IS

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi7050 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
prof. RNDr. Šárka Pospíšilová, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.

Rozvrh

Pá 10:00–11:50 Kontaktujte učitele

Předpoklady

Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 26 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Přednáška podává studentům, především biologických oborů, stručný úvod do metod využívajících hmotnostní spektrometrii k identifikaci proteinů a jejich modifikací včetně vybraných alternativních technik a praktických příkladů. Cílem přednášky je pochopení principů a možností hmotnostní spektrometrie v analýze proteinů. Studenti by po absolvování přednášky měly získat přehled o použití hmotnostní spektrometrie v molekulárně biologickém a medicínském výzkumu a dalších aplikacích.

Osnova

• 1. Hmotnostní spektrometrie
• Princip metody, vymezení možností metody, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy).
• 2. Příprava a separace vzorku (RNDr. Hana Konečná)
• Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu).
• 3. Základní metody identifikace proteinů
• Peptide mapping, MS/MS ion search, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sequencing), výhody a limitace jednotlivých metod, základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), podobnost proteinů.
• 4. Kvantifikace
• Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, specifické značky typu iTRAQ).
• 5. Určování modifikací proteinů
• Přehled druhů modifikací (post-translační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Fosfoproteiny příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace. Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza glykanů
• 6. Proteinové čipy (RNDr. Šárka Pospíšilová, PhD)
• Druhy proteinových čipů, jejich příprava, detekce a kvantifikace proteinů vazaných na čipech.
• 7. Proteomické aplikace
• Hmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, protein profiling), praktické příklady řešené v naší Centrální laboratoři.

Literatura

• Proteome research : mass spectrometry. Edited by Peter James. Berlin: Springer-Verlag, 2001, xxi, 274 s. ISBN 3-540-67255-9-. info

Metody hodnocení

přednáška, kolokvium

Informace učitele

lecture is given in 4-hour units
study materials are available in IS

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Bi7050 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
prof. RNDr. Šárka Pospíšilová, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.

Předpoklady

Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 26 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Přednáška podává studentům, především biologických oborů, stručný úvod do metod využívajících hmotnostní spektrometrii k identifikaci proteinů a jejich modifikací včetně vybraných alternativních technik a praktických příkladů.

Osnova

• 1. Hmotnostní spektrometrie Princip metody, vymezení možností metody, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy). 2. Příprava vzorku (RNDr. Hana Konečná) Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu). 3. Základní metody identifikace proteinů Peptide mapping, MS/MS ion search, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sequencing), výhody a limitace jednotlivých metod, základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), podobnost proteinů. 4. Kvantifikace Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, specifické značky typu iTRAQ). 5. Určování modifikací proteinů Přehled druhů modifikací (post-translační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Fosfoproteiny příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace. Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza sacharidových residuí. 6. Proteinové čipy (RNDr. Šárka Pospíšilová, PhD) Druhy proteinových čipů, jejich příprava, detekce a kvantifikace proteinů vazaných na čipech. 7. Proteomické aplikace Hmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, protein profiling), praktické příklady řešené na půdě PřF.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi7050 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
prof. RNDr. Šárka Pospíšilová, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.

Předpoklady

Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 26 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Přednáška podává studentům, především biologických oborů, stručný úvod do metod využívajících hmotnostní spektrometrii k identifikaci proteinů a jejich modifikací včetně vybraných alternativních technik a praktických příkladů.

Osnova

• 1. Hmotnostní spektrometrie Princip metody, vymezení možností metody, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy). 2. Příprava vzorku (RNDr. Hana Konečná) Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu). 3. Základní metody identifikace proteinů Peptide mapping, MS/MS ion search, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sequencing), výhody a limitace jednotlivých metod, základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), podobnost proteinů. 4. Kvantifikace Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, specifické značky typu iTRAQ). 5. Určování modifikací proteinů Přehled druhů modifikací (post-translační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Fosfoproteiny příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace. Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza sacharidových residuí. 6. Proteinové čipy (RNDr. Šárka Pospíšilová, PhD) Druhy proteinových čipů, jejich příprava, detekce a kvantifikace proteinů vazaných na čipech. 7. Proteomické aplikace Hmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, protein profiling), praktické příklady řešené na půdě PřF.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi7050 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
prof. RNDr. Šárka Pospíšilová, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.

Předpoklady

Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 26 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Přednáška podává studentům, především biologických oborů, stručný úvod do metod využívajících hmotnostní spektrometrii k identifikaci proteinů a jejich modifikací včetně vybraných alternativních technik a praktických příkladů.

Osnova

• 1. Hmotnostní spektrometrie Princip metody, vymezení možností metody, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy). 2. Příprava vzorku (RNDr. Hana Konečná) Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu). 3. Základní metody identifikace proteinů Peptide mapping, MS/MS ion search, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sequencing), výhody a limitace jednotlivých metod, základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), podobnost proteinů. 4. Kvantifikace Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, specifické značky typu iTRAQ). 5. Určování modifikací proteinů Přehled druhů modifikací (post-translační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Fosfoproteiny příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace. Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza sacharidových residuí. 6. Proteinové čipy (RNDr. Šárka Pospíšilová, PhD) Druhy proteinových čipů, jejich příprava, detekce a kvantifikace proteinů vazaných na čipech. 7. Proteomické aplikace Hmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, protein profiling), praktické příklady řešené na půdě PřF.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi7050 Fyziologie buněčných systémů

Předmět se v období podzim 2002 nevypisuje.

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Jiřina Hofmanová, CSc. (přednášející), doc. RNDr. Martin Vácha, Ph.D. (zástupce)
prof. RNDr. Alois Kozubík, CSc. (přednášející), doc. RNDr. Martin Vácha, Ph.D. (zástupce)

Garance

prof. RNDr. Jiřina Hofmanová, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 18 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/18, pouze zareg.: 0/18, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/18

Mateřské obory/plány

• Ekotoxikologie (program PřF, M-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-BI)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI, směr Fyziologie živočichů)
• Obecná biologie (program PřF, N-BI, směr Fyziologie živočichů)

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi7050 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií

Údaje z období podzim 2011 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
prof. RNDr. Šárka Pospíšilová, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.

Předpoklady

Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 26 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit základní principy hmotnostní spektrometrie popsat instrumentaci běžně používanou v proteomice porozumět základům interpretace MS a MS/MS dat vysvětlit principy identifikace proteinů a jejich posttranslacnich modifikací pomocí hmotnostní spektrometrie vysvětlit metody kvantifikace pomocí MS popsat současné možnosti hmotnostní spektrometrie v proteomice navrhnout použití vhodné MS techniky pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů

Osnova

• 1. Hmotnostní spektrometrie
• Princip metody, vymezení možností metody, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy).
• 2. Příprava a separace vzorku (RNDr. Hana Konečná)
• Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu).
• 3. Základní metody identifikace proteinů
• Peptide mapping, MS/MS ion search, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sequencing), výhody a limitace jednotlivých metod, základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), podobnost proteinů.
• 4. Kvantifikace
• Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, specifické značky typu iTRAQ).
• 5. Určování modifikací proteinů
• Přehled druhů modifikací (post-translační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Fosfoproteiny příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace. Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza glykanů
• 6. Proteinové čipy (RNDr. Šárka Pospíšilová, PhD)
• Druhy proteinových čipů, jejich příprava, detekce a kvantifikace proteinů vazaných na čipech.
• 7. Proteomické aplikace
• Hmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, protein profiling), praktické příklady řešené v naší Centrální laboratoři.

Literatura

• Proteome research : mass spectrometry. Edited by Peter James. Berlin: Springer-Verlag, 2001, xxi, 274 s. ISBN 3-540-67255-9-. info

Výukové metody

přednáška, diskuze

Metody hodnocení

kolokvium nebo ústní zkouška

Informace učitele

lecture is given biweekly (in 2-hour units)
study materials are available in IS

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi7050 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
prof. RNDr. Šárka Pospíšilová, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.

Předpoklady

Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 26 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit základní principy hmotnostní spektrometrie popsat instrumentaci běžně používanou v proteomice porozumět základům interpretace MS a MS/MS dat vysvětlit principy identifikace proteinů a jejich posttranslacnich modifikací pomocí hmotnostní spektrometrie vysvětlit metody kvantifikace pomocí MS popsat současné možnosti hmotnostní spektrometrie v proteomice navrhnout použití vhodné MS techniky pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů

Osnova

• 1. Hmotnostní spektrometrie
• Princip metody, vymezení možností metody, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy).
• 2. Příprava a separace vzorku (RNDr. Hana Konečná)
• Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu).
• 3. Základní metody identifikace proteinů
• Peptide mapping, MS/MS ion search, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sequencing), výhody a limitace jednotlivých metod, základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), podobnost proteinů.
• 4. Kvantifikace
• Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, specifické značky typu iTRAQ).
• 5. Určování modifikací proteinů
• Přehled druhů modifikací (post-translační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Fosfoproteiny příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace. Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza glykanů
• 6. Proteinové čipy (RNDr. Šárka Pospíšilová, PhD)
• Druhy proteinových čipů, jejich příprava, detekce a kvantifikace proteinů vazaných na čipech.
• 7. Proteomické aplikace
• Hmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, protein profiling), praktické příklady řešené v naší Centrální laboratoři.

Literatura

• Proteome research : mass spectrometry. Edited by Peter James. Berlin: Springer-Verlag, 2001, xxi, 274 s. ISBN 3-540-67255-9-. info

Výukové metody

přednáška, diskuze

Metody hodnocení

kolokvium nebo ústní zkouška

Informace učitele

lecture is given in 4-hour units
study materials are available in IS

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi7050 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
prof. RNDr. Šárka Pospíšilová, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.

Předpoklady

Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 26 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Přednáška podává studentům, především biologických oborů, stručný úvod do metod využívajících hmotnostní spektrometrii k identifikaci proteinů a jejich modifikací včetně vybraných alternativních technik a praktických příkladů.

Osnova

• 1. Hmotnostní spektrometrie Princip metody, vymezení možností metody, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy). 2. Příprava vzorku (RNDr. Hana Konečná) Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu). 3. Základní metody identifikace proteinů Peptide mapping, MS/MS ion search, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sequencing), výhody a limitace jednotlivých metod, základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), podobnost proteinů. 4. Kvantifikace Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, specifické značky typu iTRAQ). 5. Určování modifikací proteinů Přehled druhů modifikací (post-translační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Fosfoproteiny příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace. Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza sacharidových residuí. 6. Proteinové čipy (RNDr. Šárka Pospíšilová, PhD) Druhy proteinových čipů, jejich příprava, detekce a kvantifikace proteinů vazaných na čipech. 7. Proteomické aplikace Hmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, protein profiling), praktické příklady řešené na půdě PřF.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

• Statistika zápisu (nejnovější)