Bi8202 Základy proteomiky

Přírodovědecká fakulta
jaro 2012
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
RNDr. Jana Buršíková (přednášející)
Mgr. Radka Dopitová, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Lubomír Janda, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. David Potěšil, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Út 10:00–11:50 B11/235
Předpoklady
Předpokladem pro porozumění předmětu je znalost základů biochemie nebo molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět zákadům proteomiky vysvětlit principy základních proteomických metod, které jsou náplní následného kurzu (Bi8202c) navrhnout vhodný postup pro různé druhy proteomických experimentů porozumět interpretaci vybraných typů proteomických dat
Osnova
  • Obecný úvod do proteomiky Rekombinantní proteiny Studium funkce proteinů Struktura proteinů Separace proteinů Vyhodnocení 2-D gelů (image analysis) Analýza proteinů hmotnostní spektrometrií
Literatura
  • Wilkins et al. Proteome Research: New Frontiers in Functional Genomics. Springer, 1997, ISBN 3-540-62753-7
  • Chapman J. R. (Editor). Mass Spectrometry of Proteins and Peptides
  • Kinter M., Sherman N.E. Protein Sequencing and Identification Using Tandem Mass Spectrometry Wiley-Interscience, 2000, ISBN 0471322490
Výukové metody
Hlavní výukovou metodou jsou přednášky, obsahující konkrétní příklady vlastní vědecké praxe jednotlivých přednášejících a demonstrace řešení konkrétních problémů spojených s využitím jednotlivých nástrojů současné proteomiky.
Metody hodnocení
Předmět bude vyučován blokově (3 bloky) a ukončen zkouškou. V jarním semestru 2009 bude výuka probíhat ve dnech 20.3., 27.3. a 3.4., vždy od 8.30 do 12.00 na UKB, Kamenice 5, budova A2, seminární místnost 2.11. Řádná zkouška proběhne písemně ve dvou termínech, 24.4. a 30.4., opravný termín pak 7.5., vždy v 9.00. Případné opravné termíny budou vypsány dle potřeby. Upozorňujeme na podmínku absolvování zkoušky pro možnost absolvování navazujících cvičení (Bi8202c).
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012 - akreditace.

Bi8202 Základy proteomiky

Přírodovědecká fakulta
jaro 2011
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
RNDr. Jana Buršíková (přednášející)
Mgr. Radka Dopitová, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Lubomír Janda, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Rozvrh
Út 11:00–12:50 B11/235
Předpoklady
Předpokladem pro porozumění předmětu je znalost základů biochemie nebo molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět zákadům proteomiky vysvětlit principy základních proteomických metod, které jsou náplní následného kurzu (Bi8202c) navrhnout vhodný postup pro různé druhy proteomických experimentů porozumět interpretaci vybraných typů proteomických dat
Osnova
  • Obecný úvod do proteomiky Rekombinantní proteiny Studium funkce proteinů Struktura proteinů Separace proteinů Vyhodnocení 2-D gelů (image analysis) Analýza proteinů hmotnostní spektrometrií
Literatura
  • Wilkins et al. Proteome Research: New Frontiers in Functional Genomics. Springer, 1997, ISBN 3-540-62753-7
  • Chapman J. R. (Editor). Mass Spectrometry of Proteins and Peptides
  • Kinter M., Sherman N.E. Protein Sequencing and Identification Using Tandem Mass Spectrometry Wiley-Interscience, 2000, ISBN 0471322490
Výukové metody
Hlavní výukovou metodou jsou přednášky, obsahující konkrétní příklady vlastní vědecké praxe jednotlivých přednášejících a demonstrace řešení konkrétních problémů spojených s využitím jednotlivých nástrojů současné proteomiky.
Metody hodnocení
zkouska formou písemného testu
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace.

Bi8202 Základy proteomiky

Přírodovědecká fakulta
jaro 2010
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
RNDr. Jana Buršíková (přednášející)
Mgr. Radka Dopitová, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Lubomír Janda, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Rozvrh
St 9:00–10:50 C02/211
Předpoklady
Předpokladem pro porozumění předmětu je znalost základů biochemie nebo molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět základům proteomiky vysvětlit principy základních proteomických metod, které jsou náplní následného kurzu (Bi8202c) navrhnout vhodný postup pro různé druhy proteomických experimentů porozumět interpretaci vybraných typů proteomických dat
Osnova
  • Obecný úvod do proteomiky Rekombinantní proteiny Studium funkce proteinů Struktura proteinů Separace proteinů Vyhodnocení 2-D gelů (image analysis) Analýza proteinů hmotnostní spektrometrií
Literatura
  • Wilkins et al. Proteome Research: New Frontiers in Functional Genomics. Springer, 1997, ISBN 3-540-62753-7
  • Chapman J. R. (Editor). Mass Spectrometry of Proteins and Peptides
  • Kinter M., Sherman N.E. Protein Sequencing and Identification Using Tandem Mass Spectrometry Wiley-Interscience, 2000, ISBN 0471322490
Výukové metody
Hlavní výukovou metodou jsou přednášky, obsahující konkrétní příklady vlastní vědecké praxe jednotlivých přednášejících a demonstrace řešení konkrétních problémů spojených s využitím jednotlivých nástrojů současné proteomiky.
Metody hodnocení
Opravné termíny jsou 21.4. a 28.4. vždy v 9.00 v mistnosti 2.11. Případné další opravné termíny budou vypsány dle potřeby. Upozorňujeme na podmínku absolvování zkoušky pro možnost absolvování navazujících cvičení (Bi8202c).
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace.

Bi8202 Základy proteomiky

Přírodovědecká fakulta
jaro 2009
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
Mgr. Radka Dopitová, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Lubomír Janda, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. David Potěšil, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Předpoklady
Předpokladem pro porozumění předmětu je znalost základů biochemie nebo molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Prednáška studentům poskytne úvodní informace o proteomice obecně a teoretický základ pro úspěšné zvládnutí navazujícího praktického cvičení (Bi8202c). Po absolvování této přednášky studenti získají přehled o proteomice a proteomických technikách. Současně budou připraveni na praktická proteomická cvičení.
Osnova
  • Obecný úvod do proteomiky Rekombinantní proteiny Studium funkce proteinů Struktura proteinů Separace proteinů Vyhodnocení 2-D gelů (image analysis) Analýza proteinů hmotnostní spektrometrií
Literatura
  • Wilkins et al. Proteome Research: New Frontiers in Functional Genomics. Springer, 1997, ISBN 3-540-62753-7
  • Chapman J. R. (Editor). Mass Spectrometry of Proteins and Peptides
  • Kinter M., Sherman N.E. Protein Sequencing and Identification Using Tandem Mass Spectrometry Wiley-Interscience, 2000, ISBN 0471322490
Metody hodnocení
Předmět bude vyučován blokově (3 bloky) a ukončen zkouškou. V jarním semestru 2009 bude výuka probíhat ve dnech 20.3., 27.3. a 3.4., vždy od 8.30 do 12.00 na UKB, Kamenice 5, budova A2, seminární místnost 2.11. Řádná zkouška proběhne písemně ve dvou termínech, 24.4. a 30.4., opravný termín pak 7.5., vždy v 9.00. Případné opravné termíny budou vypsány dle potřeby. Upozorňujeme na podmínku absolvování zkoušky pro možnost absolvování navazujících cvičení (Bi8202c).
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace.

Bi8202 Základy proteomiky

Přírodovědecká fakulta
jaro 2008
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
Mgr. Radka Dopitová, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Lubomír Janda, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Ivana Urbánková (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Předpoklady
Předpokladem pro porozumění předmětu je znalost základů biochemie nebo molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Prednáška studentům poskytne úvodní informace o proteomice obecně a teoretický základ pro úspěšné zvládnutí navazujícího praktického cvičení (Bi8202c).
Osnova
  • Obecný úvod do proteomiky Rekombinantní proteiny Studium funkce proteinů Struktura proteinů Separace proteinů Vyhodnocení 2-D gelů (image analysis) Analýza proteinů hmotnostní spektrometrií
Literatura
  • Wilkins et al. Proteome Research: New Frontiers in Functional Genomics. Springer, 1997, ISBN 3-540-62753-7
  • Chapman J. R. (Editor). Mass Spectrometry of Proteins and Peptides
  • Kinter M., Sherman N.E. Protein Sequencing and Identification Using Tandem Mass Spectrometry Wiley-Interscience, 2000, ISBN 0471322490
Metody hodnocení
Předmět bude vyučován blokově (3 bloky) a ukončen zkouškou. V jarním semestru 2008 bude výuka probíhat ve dnech 25.4., 2.5. a 9.5., vždy od 8.30 do 12.00 na UKB, Kamenice 5, budova A3, přednášková místnost v přízemí. Řádná zkouška proběhne písemně ve dvou termínech, 16.5. a 20.5., opravný termín pak 23.5., vždy v 9.00. Případné opravné termíny budou vypsány dle potřeby. Upozorňujeme na podmínku absolvování zkoušky pro možnost absolvování praktika z proteomiky.
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace.

Bi8202 Základy proteomiky

Přírodovědecká fakulta
jaro 2007
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
Mgr. Radka Dopitová, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Lubomír Janda, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Ivana Urbánková (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Předpoklady
Předpokladem pro porozumění předmětu je znalost základů biochemie nebo molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Prednáška studentům poskytne úvodní informace o proteomice obecně a teoretický základ pro úspěšné zvládnutí navazujícího praktického cvičení (Bi8202c).
Osnova
  • Obecný úvod do proteomiky Rekombinantní proteiny Studium funkce proteinů Struktura proteinů Separace proteinů Vyhodnocení 2-D gelů (image analysis) Analýza proteinů hmotnostní spektrometrií
Literatura
  • Wilkins et al. Proteome Research: New Frontiers in Functional Genomics. Springer, 1997, ISBN 3-540-62753-7
  • Chapman J. R. (Editor). Mass Spectrometry of Proteins and Peptides
  • Kinter M., Sherman N.E. Protein Sequencing and Identification Using Tandem Mass Spectrometry Wiley-Interscience, 2000, ISBN 0471322490
Metody hodnocení
Předmět bude vyučován blokově (3 bloky) a ukončen zkouškou. V jarním semestru 2007 bude výuka probíhat ve dnech 27.4., 4.5. a 11.5., vždy od 8.00 do 12.00 na UKB, Kamenice 5, budova A2, seminární místnost 2.11. Řádná zkouška proběhne písemně ve dvou termínech, 18.5. a 25.5., případné opravné termíny budou vypsány dle potřeby. Upozorňujeme na podmínku absolvování zkoušky pro možnost absolvování praktika z proteomiky.
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace.

Bi8202 Kurz základů proteomiky

Přírodovědecká fakulta
jaro 2006
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: kz.
Vyučující
prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející), prof. Mgr. Jan Preisler, Ph.D. (zástupce)
Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Předpoklady
Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 36 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/36, pouze zareg.: 0/36, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/36
Mateřské obory/plány
předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Studenti získají praktickou znalost vysokoúčinných, vysokorozlišovacích technik separace a identifikace proteinů v komplexních biologických vzorcích, které jsou základem globální analýzy exprese genomu na úrovni jeho proteinového komplementu - proteomu. Dále budou zvládnuty základní techniky strukturní biologie proteinů - produkce fúzních eukaryontních proteinů v bakteriích, jednokroková afinitní purifikace a základní strukturní a funkční charakterizace.
Osnova
  • Úvod k analýze proteomu. Metody analýzy proteomu. Elektroforetické techniky - 1-D, 2-D PAGE, IEF. Hmotnostní spektrometrie - MALDI-TOF, ESI-MS. Proteomické databáze. Technologie rekombinantních proteinů. Sekvenační analýza DNA. Chromatografické techniky. Efekty proteinových fúzí. Techniky analýzy obrazu.
Literatura
  • Wilkins et al. Proteome Research: New Frontiers in Functional Genomics. Springer, 1997, ISBN 3-540-62753-7
  • Chapman J. R. (Editor). Mass Spectrometry of Proteins and Peptides
  • Kinter M., Sherman N.E. Protein Sequencing and Identification Using Tandem Mass Spectrometry Wiley-Interscience, 2000, ISBN 0471322490
Metody hodnocení
Blokové praktikum, ukončeno (klasifikovaným) zápočtem
Navazující předměty
Informace učitele
Kurz je jedním ze dvou komplementárních blokových praktických kurzů (Kurz základů genomiky - podzimní semestr, Kurz základů proteomiky - jarní semestr). Studenti se v průběhu kurzu teoreticky i prakticky seznámí se základními metodami genomiky a proteomiky, které se stávají stěžejními biologickými disciplinami v nadcházející post-genomové etapě rozvoje biologie. Protože praktická výuka těchto metod vyžaduje speciální přístrojové vybavení, není dnes na vysokých školách ještě zdaleka standardní záležitostí. LMFR disponuje potřebným technickým zázemím i personálem pro výuku. Výuka bude organizována tak, aby studenti mohli s jednotlivými přístroji pracovat maximálně ve dvojicích, a aby co nejrychleji viděli průběžné výsledky své práce. Každý den bude začínat krátkou teoretickou přípravou, posléze bude pokračovat v laboratoři. Výstupem studentů bude písemný laboratorní protokol, na základě kterého jim bude udělen zápočet.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace.

Bi8202 Kurz základů proteomiky

Přírodovědecká fakulta
jaro 2005
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: kz.
Vyučující
prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
prof. Mgr. Jan Preisler, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D. (pomocník)
Garance
prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Předpoklady
Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 36 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/36, pouze zareg.: 0/36, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/36
Mateřské obory/plány
předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Studenti získají praktickou znalost vysokoúčinných, vysokorozlišovacích technik separace a identifikace proteinů v komplexních biologických vzorcích, které jsou základem globální analýzy exprese genomu na úrovni jeho proteinového komplementu - proteomu. Dále budou zvládnuty základní techniky strukturní biologie proteinů - produkce fúzních eukaryontních proteinů v bakteriích, jednokroková afinitní purifikace a základní strukturní a funkční charakterizace.
Osnova
  • Úvod k analýze proteomu. Metody analýzy proteomu. Elektroforetické techniky - 1-D, 2-D PAGE, IEF. Hmotnostní spektrometrie - MALDI-TOF, ESI-MS. Proteomické databáze. Technologie rekombinantních proteinů. Sekvenační analýza DNA. Chromatografické techniky. Efekty proteinových fúzí. Techniky analýzy obrazu.
Literatura
  • Wilkins et al. Proteome Research: New Frontiers in Functional Genomics. Springer, 1997, ISBN 3-540-62753-7
  • Chapman J. R. (Editor). Mass Spectrometry of Proteins and Peptides
  • Kinter M., Sherman N.E. Protein Sequencing and Identification Using Tandem Mass Spectrometry Wiley-Interscience, 2000, ISBN 0471322490
Metody hodnocení
Blokové praktikum, ukončeno (klasifikovaným) zápočtem
Navazující předměty
Informace učitele
Kurz je jedním ze dvou komplementárních blokových praktických kurzů (Kurz základů genomiky - podzimní semestr, Kurz základů proteomiky - jarní semestr). Studenti se v průběhu kurzu teoreticky i prakticky seznámí se základními metodami genomiky a proteomiky, které se stávají stěžejními biologickými disciplinami v nadcházející post-genomové etapě rozvoje biologie. Protože praktická výuka těchto metod vyžaduje speciální přístrojové vybavení, není dnes na vysokých školách ještě zdaleka standardní záležitostí. LMFR disponuje potřebným technickým zázemím i personálem pro výuku. Výuka bude organizována tak, aby studenti mohli s jednotlivými přístroji pracovat maximálně ve dvojicích, a aby co nejrychleji viděli průběžné výsledky své práce. Každý den bude začínat krátkou teoretickou přípravou, posléze bude pokračovat v laboratoři. Výstupem studentů bude písemný laboratorní protokol, na základě kterého jim bude udělen zápočet.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace.

Bi8202 Kurz základů proteomiky

Přírodovědecká fakulta
jaro 2004
Rozsah
1/2/0. 1 týden. 3 kr. Ukončení: z.
Vyučující
prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (cvičící)
RNDr. Eliška Nejedlá, CSc. (cvičící)
RNDr. Hana Konečná (cvičící)
Mgr. Petra Borkovcová, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Pavlína Váňová (pomocník)
Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D. (pomocník)
Garance
prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Předpoklady
Ex_3065 Molekulární biologie || Imp_9115 Molekulární biologie || B3120 Molekulární biologie || B4030 Molekulární biologie || B5740 Molekulární biologie || B6130 Molekulární biologie || B7940 Molekulární biologie || B4020 Molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie
Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 36 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/36, pouze zareg.: 0/36, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/36
Mateřské obory/plány
předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Studenti získají praktickou znalost vysokoúčinných, vysokorozlišovacích technik separace a identifikace proteinů v komplexních biologických vzorcích, které jsou základem globální analýzy exprese genomu na úrovni jeho proteinového komplementu - proteomu. Dále budou zvládnuty základní techniky strukturní biologie proteinů - produkce fúzních eukaryontních proteinů v bakteriích, jednokroková afinitní purifikace a základní strukturní a funkční charakterizace.
Osnova
  • Úvod k analýze proteomu. Metody analýzy proteomu. Elektroforetické techniky - 1-D, 2-D PAGE, IEF. Hmotnostní spektrometrie - MALDI-TOF, ESI-MS. Proteomické databáze. Technologie rekombinantních proteinů. Sekvenační analýza DNA. Chromatografické techniky. Efekty proteinových fúzí. Techniky analýzy obrazu.
Literatura
  • Wilkins et al. Proteome Research: New Frontiers in Functional Genomics. Springer, 1997, ISBN 3-540-62753-7
  • Chapman J. R. (Editor). Mass Spectrometry of Proteins and Peptides
  • Kinter M., Sherman N.E. Protein Sequencing and Identification Using Tandem Mass Spectrometry Wiley-Interscience, 2000, ISBN 0471322490
Metody hodnocení
Blokové praktikum, ukončeno (klasifikovaným) zápočtem
Navazující předměty
Informace učitele
Kurz je jedním ze dvou komplementárních blokových praktických kurzů (Kurz základů genomiky - podzimní semestr, Kurz základů proteomiky - jarní semestr). Studenti se v průběhu kurzu teoreticky i prakticky seznámí se základními metodami genomiky a proteomiky, které se stávají stěžejními biologickými disciplinami v nadcházející post-genomové etapě rozvoje biologie. Protože praktická výuka těchto metod vyžaduje speciální přístrojové vybavení, není dnes na vysokých školách ještě zdaleka standardní záležitostí. LMFR disponuje potřebným technickým zázemím i personálem pro výuku. Výuka bude organizována tak, aby studenti mohli s jednotlivými přístroji pracovat maximálně ve dvojicích, a aby co nejrychleji viděli průběžné výsledky své práce. Každý den bude začínat krátkou teoretickou přípravou, posléze bude pokračovat v laboratoři. Výstupem studentů bude písemný laboratorní protokol, na základě kterého jim bude udělen zápočet.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2003, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace.

Bi8202 Kurz základů proteomiky

Přírodovědecká fakulta
jaro 2003
Rozsah
1/2/0. 1 týden. 3 kr. Ukončení: z.
Vyučující
prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (cvičící)
RNDr. Eliška Nejedlá, CSc. (cvičící)
RNDr. Hana Konečná (cvičící)
Mgr. Petra Borkovcová, Ph.D. (pomocník)
Garance
prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Předpoklady
Ex_3065 Molekulární biologie || Imp_9115 Molekulární biologie || B3120 Molekulární biologie || B4030 Molekulární biologie || B5740 Molekulární biologie || B6130 Molekulární biologie || B7940 Molekulární biologie || B4020 Molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie
Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Studenti získají praktickou znalost vysokoúčinných, vysokorozlišovacích technik separace a identifikace proteinů v komplexních biologických vzorcích, které jsou základem globální analýzy exprese genomu na úrovni jeho proteinového komplementu - proteomu. Dále budou zvládnuty základní techniky strukturní biologie proteinů - produkce fúzních eukaryontních proteinů v bakteriích, jednokroková afinitní purifikace a základní strukturní a funkční charakterizace.
Osnova
  • Úvod k analýze proteomu. Metody analýzy proteomu. Elektroforetické techniky - 1-D, 2-D PAGE, IEF. Hmotnostní spektrometrie - MALDI-TOF, ESI-MS. Proteomické databáze. Technologie rekombinantních proteinů. Sekvenační analýza DNA. Chromatografické techniky. Efekty proteinových fúzí. Techniky analýzy obrazu.
Literatura
  • Wilkins et al. Proteome Research: New Frontiers in Functional Genomics. Springer, 1997, ISBN 3-540-62753-7
  • Chapman J. R. (Editor). Mass Spectrometry of Proteins and Peptides
  • Kinter M., Sherman N.E. Protein Sequencing and Identification Using Tandem Mass Spectrometry Wiley-Interscience, 2000, ISBN 0471322490
Metody hodnocení
Blokové praktikum, ukončeno (klasifikovaným) zápočtem
Navazující předměty
Informace učitele
Kurz je jedním ze dvou komplementárních blokových praktických kurzů (Kurz základů genomiky - podzimní semestr, Kurz základů proteomiky - jarní semestr). Studenti se v průběhu kurzu teoreticky i prakticky seznámí se základními metodami genomiky a proteomiky, které se stávají stěžejními biologickými disciplinami v nadcházející post-genomové etapě rozvoje biologie. Protože praktická výuka těchto metod vyžaduje speciální přístrojové vybavení, není dnes na vysokých školách ještě zdaleka standardní záležitostí. LMFR disponuje potřebným technickým zázemím i personálem pro výuku. Výuka bude organizována tak, aby studenti mohli s jednotlivými přístroji pracovat maximálně ve dvojicích, a aby co nejrychleji viděli průběžné výsledky své práce. Každý den bude začínat krátkou teoretickou přípravou, posléze bude pokračovat v laboratoři. Výstupem studentů bude písemný laboratorní protokol, na základě kterého jim bude udělen zápočet.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace.

Bi8202 Základy proteomiky

Přírodovědecká fakulta
jaro 2012 - akreditace

Údaje z období jaro 2012 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah
1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
Mgr. Radka Dopitová, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Lubomír Janda, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
Předpokladem pro porozumění předmětu je znalost základů biochemie nebo molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět zákadům proteomiky vysvětlit principy základních proteomických metod, které jsou náplní následného kurzu (Bi8202c) navrhnout vhodný postup pro různé druhy proteomických experimentů porozumět interpretaci vybraných typů proteomických dat
Osnova
  • Obecný úvod do proteomiky Rekombinantní proteiny Studium funkce proteinů Struktura proteinů Separace proteinů Vyhodnocení 2-D gelů (image analysis) Analýza proteinů hmotnostní spektrometrií
Literatura
  • Wilkins et al. Proteome Research: New Frontiers in Functional Genomics. Springer, 1997, ISBN 3-540-62753-7
  • Chapman J. R. (Editor). Mass Spectrometry of Proteins and Peptides
  • Kinter M., Sherman N.E. Protein Sequencing and Identification Using Tandem Mass Spectrometry Wiley-Interscience, 2000, ISBN 0471322490
Výukové metody
Hlavní výukovou metodou jsou přednášky, obsahující konkrétní příklady vlastní vědecké praxe jednotlivých přednášejících a demonstrace řešení konkrétních problémů spojených s využitím jednotlivých nástrojů současné proteomiky.
Metody hodnocení
Předmět bude vyučován blokově (3 bloky) a ukončen zkouškou. V jarním semestru 2009 bude výuka probíhat ve dnech 20.3., 27.3. a 3.4., vždy od 8.30 do 12.00 na UKB, Kamenice 5, budova A2, seminární místnost 2.11. Řádná zkouška proběhne písemně ve dvou termínech, 24.4. a 30.4., opravný termín pak 7.5., vždy v 9.00. Případné opravné termíny budou vypsány dle potřeby. Upozorňujeme na podmínku absolvování zkoušky pro možnost absolvování navazujících cvičení (Bi8202c).
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý druhý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012.

Bi8202 Základy proteomiky

Přírodovědecká fakulta
jaro 2011 - akreditace
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
Mgr. Radka Dopitová, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Lubomír Janda, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. David Potěšil, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Předpoklady
Předpokladem pro porozumění předmětu je znalost základů biochemie nebo molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět zákadům proteomiky vysvětlit principy základních proteomických metod, které jsou náplní následného kurzu (Bi8202c) navrhnout vhodný postup pro různé druhy proteomických experimentů porozumět interpretaci vybraných typů proteomických dat
Osnova
  • Obecný úvod do proteomiky Rekombinantní proteiny Studium funkce proteinů Struktura proteinů Separace proteinů Vyhodnocení 2-D gelů (image analysis) Analýza proteinů hmotnostní spektrometrií
Literatura
  • Wilkins et al. Proteome Research: New Frontiers in Functional Genomics. Springer, 1997, ISBN 3-540-62753-7
  • Chapman J. R. (Editor). Mass Spectrometry of Proteins and Peptides
  • Kinter M., Sherman N.E. Protein Sequencing and Identification Using Tandem Mass Spectrometry Wiley-Interscience, 2000, ISBN 0471322490
Výukové metody
Hlavní výukovou metodou jsou přednášky, obsahující konkrétní příklady vlastní vědecké praxe jednotlivých přednášejících a demonstrace řešení konkrétních problémů spojených s využitím jednotlivých nástrojů současné proteomiky.
Metody hodnocení
Předmět bude vyučován blokově (3 bloky) a ukončen zkouškou. V jarním semestru 2009 bude výuka probíhat ve dnech 20.3., 27.3. a 3.4., vždy od 8.30 do 12.00 na UKB, Kamenice 5, budova A2, seminární místnost 2.11. Řádná zkouška proběhne písemně ve dvou termínech, 24.4. a 30.4., opravný termín pak 7.5., vždy v 9.00. Případné opravné termíny budou vypsány dle potřeby. Upozorňujeme na podmínku absolvování zkoušky pro možnost absolvování navazujících cvičení (Bi8202c).
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý druhý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace.

Bi8202 Základy proteomiky

Přírodovědecká fakulta
jaro 2008 - akreditace
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
Mgr. Radka Dopitová, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Lubomír Janda, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Ivana Urbánková (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Předpoklady
Předpokladem pro porozumění předmětu je znalost základů biochemie nebo molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Prednáška studentům poskytne úvodní informace o proteomice obecně a teoretický základ pro úspěšné zvládnutí navazujícího praktického cvičení (Bi8202c).
Osnova
  • Obecný úvod do proteomiky Rekombinantní proteiny Studium funkce proteinů Struktura proteinů Separace proteinů Vyhodnocení 2-D gelů (image analysis) Analýza proteinů hmotnostní spektrometrií
Literatura
  • Wilkins et al. Proteome Research: New Frontiers in Functional Genomics. Springer, 1997, ISBN 3-540-62753-7
  • Chapman J. R. (Editor). Mass Spectrometry of Proteins and Peptides
  • Kinter M., Sherman N.E. Protein Sequencing and Identification Using Tandem Mass Spectrometry Wiley-Interscience, 2000, ISBN 0471322490
Metody hodnocení
Předmět bude vyučován blokově (3 bloky) a ukončen zkouškou. V jarním semestru 2007 bude výuka probíhat ve dnech 27.4., 4.5. a 11.5., vždy od 8.00 do 12.00 na UKB, Kamenice 5, budova A2, seminární místnost 2.11. Řádná zkouška proběhne písemně ve dvou termínech, 18.5. a 25.5., případné opravné termíny budou vypsány dle potřeby. Upozorňujeme na podmínku absolvování zkoušky pro možnost absolvování praktika z proteomiky.
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2011 - akreditace, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace.