Bi8202c Základy proteomiky - cvičení

Přírodovědecká fakulta
jaro 2012
Rozsah
0/3. 3 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: k.
Vyučující
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (cvičící)
RNDr. Eliška Nejedlá, CSc. (cvičící)
RNDr. Hana Konečná (cvičící)
Mgr. Radka Dopitová, Ph.D. (cvičící)
Ing. Blanka Pekárová, Ph.D. (cvičící)
RNDr. Lubomír Janda, Ph.D. (cvičící)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (cvičící)
Ing. Šárka Michlíčková (pomocník)
Bc. Martina Válková (pomocník)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh seminárních/paralelních skupin
Bi8202c/Beh_01: Rozvrh nebyl do ISu vložen.
Bi8202c/Beh_02: Rozvrh nebyl do ISu vložen.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 36 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/36, pouze zareg.: 0/36, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/36
Mateřské obory/plány
předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Hlavní cíle kurzu jsou porozumění základním přístupům proteomiky, t.j. strukturní a funkční studium proteinů pomocí technologie rekombinatních proteinů, separace proteinů pomocí různých technik, zejména dvourozměrné elektroforézy a kapalinové chromatografie, a porozumění základním technikám hmotnostní spektrometrie proteinů. Studenti budou schopni praktické aplikace těchto přístupů při řešení současných problémů základního i aplikovaného výzkumu proteinů.
Osnova
  • Dvourozměrná elektroforéza proteinů
  • Hmotnostní spektrometrie proteinů (MALDI-TOF, LC-MS/MS, příprava a analýza vzorků, identifikace proteinů)
  • Příprava, izolace a sekvencae rekombinatní DNA
  • Exprese rekombinantní DNA v E. coli
  • Jedno- a vícekroková purifikace rekombinantních proteinů
  • Určení čistoty a analýza rekombinantních proteinů
  • Western bloting
Literatura
  • THIELLEMENT, Hervé. Plant proteomics : methods and protocols. Totowa, N.J.: Humana Press, 2007, xiii, 399. ISBN 9781597452274. info
  • LIEBLER, Daniel C. Introduction to proteomics : tools for the new biology. Totowa, NJ: Humana Press, 2002, ix, 198 s. ISBN 0-89603-991-9. info
Výukové metody
Praktické řešení úloh demonstrujících využití základních nástrojů současné proteomiky.
Metody hodnocení
Ukončení kurzu formou kolokvia. Úspěšné zakončení je podmíněno včasným dodáním všech požadovaných protokolů a absolvováním závěrečného pohovoru.
Informace učitele
Cvičení bude probíhat blokově, 1. běh proběhne v termínu 18.-22.5., druhý běh pak od 25.-29.5. 2009.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012 - akreditace.

Bi8202c Základy proteomiky - cvičení

Přírodovědecká fakulta
jaro 2011
Rozsah
0/3. 3 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: z.
Vyučující
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (cvičící)
RNDr. Eliška Nejedlá, CSc. (cvičící)
RNDr. Hana Konečná (cvičící)
Mgr. Radka Dopitová, Ph.D. (cvičící)
Ing. Blanka Pekárová, Ph.D. (cvičící)
RNDr. Lubomír Janda, Ph.D. (cvičící)
RNDr. Jana Buršíková (cvičící)
Danuše Fridrichová (cvičící)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (cvičící)
Ing. Šárka Michlíčková (cvičící)
Bc. Martina Válková (cvičící)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D.
Rozvrh seminárních/paralelních skupin
Bi8202c/Bi8202c_01: Rozvrh nebyl do ISu vložen. J. Buršíková, R. Dopitová, D. Fridrichová, J. Hejátko, L. Janda, H. Konečná, J. Marek, Š. Michlíčková, E. Nejedlá, B. Pekárová, M. Válková, Z. Zdráhal
Bi8202c/Bi8202c_02: Rozvrh nebyl do ISu vložen. J. Buršíková, R. Dopitová, D. Fridrichová, J. Hejátko, L. Janda, H. Konečná, J. Marek, Š. Michlíčková, E. Nejedlá, B. Pekárová, M. Válková, Z. Zdráhal
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 36 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/36, pouze zareg.: 0/36, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/36
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Hlavní cíle kurzu jsou porozumění základním přístupům proteomiky, t.j. strukturní a funkční studium proteinů pomocí technologie rekombinatních proteinů, separace proteinů pomocí různých technik, zejména dvourozměrné elektroforézy a kapalinové chromatografie, a porozumění základním technikám hmotnostní spektrometrie proteinů. Studenti budou schopni praktické aplikace těchto přístupů při řešení současných problémů základního i aplikovaného výzkumu proteinů.
Osnova
  • Dvourozměrná elektroforéza proteinů
  • Hmotnostní spektrometrie proteinů (MALDI-TOF, LC-MS/MS, příprava a analýza vzorků, identifikace proteinů)
  • Příprava, izolace a sekvencae rekombinatní DNA
  • Exprese rekombinantní DNA v E. coli
  • Jedno- a vícekroková purifikace rekombinantních proteinů
  • Určení čistoty a analýza rekombinantních proteinů
  • Western bloting
Literatura
  • THIELLEMENT, Hervé. Plant proteomics : methods and protocols. Totowa, N.J.: Humana Press, 2007, xiii, 399. ISBN 9781597452274. info
  • LIEBLER, Daniel C. Introduction to proteomics : tools for the new biology. Totowa, NJ: Humana Press, 2002, ix, 198 s. ISBN 0-89603-991-9. info
Výukové metody
Praktické řešení úloh demonstrujících využití základních nástrojů současné proteomiky.
Metody hodnocení
Ukončení kurzu formou kolokvia. Úspěšné zakončení je podmíněno včasným dodáním všech požadovaných protokolů a absolvováním závěrečného pohovoru.
Informace učitele
Cvičení bude probíhat blokově, 1. běh proběhne v termínu 18.-22.5., druhý běh pak od 25.-29.5. 2009.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace.

Bi8202c Základy proteomiky - cvičení

Přírodovědecká fakulta
jaro 2010
Rozsah
0/3. 3 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: z.
Vyučující
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (cvičící)
RNDr. Lubomír Janda, Ph.D. (cvičící)
RNDr. Hana Konečná (cvičící)
Mgr. Radka Dopitová, Ph.D. (cvičící)
RNDr. Eliška Nejedlá, CSc. (cvičící)
RNDr. Jana Buršíková (cvičící)
Danuše Fridrichová (cvičící)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (cvičící)
Ing. Blanka Pekárová, Ph.D. (cvičící)
Bc. Martina Válková (cvičící)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D.
Rozvrh seminárních/paralelních skupin
Bi8202c/Bi8202c_beh_01: Rozvrh nebyl do ISu vložen.
Bi8202c/Bi8202c_beh_02: Rozvrh nebyl do ISu vložen.
Předpoklady
Nutnou podmínkou pro možnost absolvovat praktikum je předchozí úspěšné absolvování předmětu "Bi8202 Základy proteomiky".
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 36 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/36, pouze zareg.: 0/36, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/36
Mateřské obory/plány
předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Hlavní cíle kurzu jsou porozumění základním přístupům proteomiky, t.j. strukturní a funkční studium proteinů pomocí technologie rekombinatních proteinů, separace proteinů pomocí různých technik, zejména dvourozměrné elektroforézy a kapalinové chromatografie, a porozumění základním technikám hmotnostní spektrometrie proteinů. Studenti budou schopni praktické aplikace těchto přístupů při řešení současných problémů základního i aplikovaného výzkumu proteinů.
Osnova
  • Dvourozměrná elektroforéza proteinů
  • Hmotnostní spektrometrie proteinů (MALDI-TOF, LC-MS/MS, příprava a analýza vzorků, identifikace proteinů)
  • Příprava, izolace a sekvencae rekombinatní DNA
  • Exprese rekombinantní DNA v E. coli
  • Jedno- a vícekroková purifikace rekombinantních proteinů
  • Určení čistoty a analýza rekombinantních proteinů
  • Western bloting
Literatura
  • THIELLEMENT, Hervé. Plant proteomics : methods and protocols. Totowa, N.J.: Humana Press, 2007, xiii, 399. ISBN 9781597452274. info
  • LIEBLER, Daniel C. Introduction to proteomics : tools for the new biology. Totowa, NJ: Humana Press, 2002, ix, 198 s. ISBN 0-89603-991-9. info
Výukové metody
Praktické řešení úloh demonstrujících využití základních nástrojů současné proteomiky.
Metody hodnocení
Ukončení kurzu formou kolokvia. Úspěšné zakončení je podmíněno včasným dodáním všech požadovaných protokolů a absolvováním závěrečného pohovoru.
Informace učitele
Cvičení bude probíhat blokově, 1. běh proběhne v termínu 18.-22.5., druhý běh pak od 25.-29.5. 2009.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace.

Bi8202c Základy proteomiky - cvičení

Přírodovědecká fakulta
jaro 2009
Rozsah
0/3. 4 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: z.
Vyučující
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (cvičící)
RNDr. Lubomír Janda, Ph.D. (cvičící)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (cvičící)
RNDr. Eliška Nejedlá, CSc. (cvičící)
RNDr. Hana Konečná (cvičící)
Mgr. Radka Dopitová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Eva Paděrová (cvičící)
Mgr. David Potěšil, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Markéta Žďárská, Ph.D. (pomocník)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D.
Rozvrh seminárních/paralelních skupin
Bi8202c/Beh_01: Rozvrh nebyl do ISu vložen. R. Dopitová, J. Hejátko, L. Janda, H. Konečná, J. Marek, E. Nejedlá, E. Paděrová, D. Potěšil, Z. Zdráhal, M. Žďárská
Bi8202c/Beh_02: Rozvrh nebyl do ISu vložen. R. Dopitová, J. Hejátko, L. Janda, H. Konečná, J. Marek, E. Nejedlá, E. Paděrová, D. Potěšil, Z. Zdráhal, M. Žďárská
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 36 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/36, pouze zareg.: 0/36, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/36
Mateřské obory/plány
předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Hlavní cíle kurzu jsou porozumění základním přístupům proteomiky, t.j. strukturní a funkční studium proteinů pomocí technologie rekombinatních proteinů, separace proteinů pomocí různých technik, zejména dvourozměrné elektroforézy a kapalinové chromatografie, a porozumění základním technikám hmotnostní spektrometrie proteinů. Studenti budou schopni praktické aplikace těchto přístupů při řešení současných problémů základního i aplikovaného výzkumu proteinů.
Osnova
  • Dvourozměrná elektroforéza proteinů
  • Hmotnostní spektrometrie proteinů (MALDI-TOF, LC-MS/MS, příprava a analýza vzorků, identifikace proteinů)
  • Příprava, izolace a sekvencae rekombinatní DNA
  • Exprese rekombinantní DNA v E. coli
  • Jedno- a vícekroková purifikace rekombinantních proteinů
  • Určení čistoty a analýza rekombinantních proteinů
  • Western bloting
Literatura
  • THIELLEMENT, Hervé. Plant proteomics : methods and protocols. Totowa, N.J.: Humana Press, 2007, xiii, 399. ISBN 9781597452274. info
  • LIEBLER, Daniel C. Introduction to proteomics : tools for the new biology. Totowa, NJ: Humana Press, 2002, ix, 198 s. ISBN 0-89603-991-9. info
Metody hodnocení
Ukončení kurzu formou kolokvia. Úspěšné zakončení je podmíněno včasným dodáním všech požadovaných protokolů a absolvováním závěrečného pohovoru.
Informace učitele
Cvičení bude probíhat blokově, 1. běh proběhne v termínu 18.-22.5., druhý běh pak od 25.-29.5. 2009.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace.

Bi8202c Základy proteomiky - cvičení

Přírodovědecká fakulta
jaro 2008
Rozsah
0/3. 3 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: z.
Vyučující
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (cvičící)
RNDr. Lubomír Janda, Ph.D. (cvičící)
RNDr. Hana Konečná (cvičící)
RNDr. Eliška Nejedlá, CSc. (cvičící)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Radka Dopitová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Eva Paděrová (cvičící)
Mgr. Ivana Urbánková (cvičící)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D.
Rozvrh seminárních/paralelních skupin
Bi8202c/Beh_01: Rozvrh nebyl do ISu vložen.
Bi8202c/Beh_02: Rozvrh nebyl do ISu vložen.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 36 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/36, pouze zareg.: 0/36, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/36
Mateřské obory/plány
předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit
Metody hodnocení
Cvičení budou proběhne ve dvou blocích a to od 26.5. - 30.5. a od 2.6. - 7.6. v prostorách pavilonu A2, UKB.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace.

Bi8202c Základy proteomiky - cvičení

Přírodovědecká fakulta
jaro 2007
Rozsah
0/3. 3 kr. Ukončení: z.
Vyučující
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (cvičící)
RNDr. Eliška Nejedlá, CSc. (cvičící)
RNDr. Hana Konečná (cvičící)
Mgr. Radka Dopitová, Ph.D. (cvičící)
RNDr. Lubomír Janda, Ph.D. (cvičící)
Bc. Martina Válková (pomocník)
Mgr. Eva Paděrová (cvičící)
Mgr. Ivana Urbánková (cvičící)
Danuše Fridrichová (pomocník)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D.
Rozvrh seminárních/paralelních skupin
Bi8202c/01: Rozvrh nebyl do ISu vložen. J. Hejátko, H. Konečná, E. Nejedlá, Z. Zdráhal
Bi8202c/02: Rozvrh nebyl do ISu vložen. J. Hejátko, H. Konečná, E. Nejedlá, Z. Zdráhal
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 36 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/36, pouze zareg.: 0/36, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/36
Mateřské obory/plány
předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit
Metody hodnocení
Předmět bude vyučován blokově (2 bloky). V jarním semestru 2007 bude výuka probíhat: 1. blok ve dnech 21.5. až 25.5. a 2. blok ve dnech 28.5. až 1.6.,výuka bude probíhat v laboratořích OFGP na UKB, Kamenice 5, budova A2. Do jednoho bloku se může přihlásit max. 12 studentů.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace.

Bi8202c Kurz základů proteomiky - cvičení

Přírodovědecká fakulta
jaro 2006
Rozsah
0/3. 3 kr. Ukončení: z.
Vyučující
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (cvičící)
RNDr. Eliška Nejedlá, CSc. (cvičící)
RNDr. Hana Konečná (cvičící)
Mgr. Eva Paděrová (cvičící)
Mgr. Radka Dopitová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Pavel Mazura, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Ivana Urbánková (cvičící)
Bc. Martina Válková (pomocník)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D.
Rozvrh seminárních/paralelních skupin
Bi8202c/Beh_1: Rozvrh nebyl do ISu vložen. R. Dopitová, J. Hejátko, H. Konečná, P. Mazura, E. Nejedlá, E. Paděrová, I. Urbánková, M. Válková, Z. Zdráhal
Bi8202c/Beh_2: Rozvrh nebyl do ISu vložen. R. Dopitová, J. Hejátko, H. Konečná, P. Mazura, E. Nejedlá, E. Paděrová, I. Urbánková, M. Válková, Z. Zdráhal
Předpoklady
Předpokladem úspěšného absolvování praktika jsou znalosti základů biochemie a molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 36 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/36, pouze zareg.: 0/36, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/36
Mateřské obory/plány
předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Během kurzu se studenti seznámí se základy metodických přístupů využívaných v současné době ke studiu funkce souhrnu všech proteinů daného organismu (proteomu), tak k analýze vlastností jednotlivých proteinů. Studenti si budou moci sami vyzkoušet metody exprese a purifikace rekombinantních proteinů v heterologních expresních systémech (E. coli) a to od izolace a analýzy rekombinantní DNA, přes izolaci proteinu, purifikaci a analýzu čistoty purifikovaného proteinu pomocí SDS-PAGE a analýzy obrazu až po strukturní a funkční analýzu purifikovaných proteinů. Dále bude provedena izolace celkového proteinu modelového organismu Arabidopsis thaliana a studenti se seznámí se základy analýzy proteomu prostřednictvím 2D elektroforézy a jejího vyhodnocení pomocí analýzy obrazu. Dále budou prakticky demonstrovány základy identifikace proteinů pomocí MS spektrometrie a budou jim prezentovány základy práce s proteinovými databázemi. Všechny výše zmíněné metody a metodické přístupy jsou v Laboratoři molekulární fyziologie rostlin využívány k řešení reálných biologických a biochemických problémů zaměstnanci a studenty laboratoře, kteří se na vedení vlastních kurzů podílejí.
Metody hodnocení
Pro úspěšné absolvování kurzu a udělení zápočtu bude požadováno splnění všech studijních povinností a to nejpozději v POSLEDNÍ DEN konání daného běhu (tedy vždy v pátek). Jedná se především o absolvování několika písemných testů a odevzdání VŠECH požadovaných protokolů.
Informace učitele
Praktika budou probíhat během prvních dvou týdnů zkouškového období a to ve dvou identických bězích (první v době od 22.-26.5. 2006, druhý od 29.5. do 2.6. 2006). Studenti se mohou hlásit do jednotlivých běhů, přičemž do jednoho běhu může být zařazeno nejvíce 14 studentů. Studenti, kteří nevyjádří svou preferenci nebo již nebudou moci být zařazeni do běhu ve zvoleném termínu z kapacitních důvodů, budou přiřazeni do běhu s volným místem. Definitivní seznam pak bude zveřejněn na adrese http://www.sci.muni.cz/LMFR/indexLMFR.html.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2005, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace.

Bi8202c Kurz základů proteomiky - cvičení

Přírodovědecká fakulta
jaro 2005
Rozsah
0/3. 3 kr. Ukončení: z.
Vyučující
prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (cvičící)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (cvičící)
RNDr. Eliška Nejedlá, CSc. (cvičící)
RNDr. Hana Konečná (cvičící)
Mgr. Petra Borkovcová, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Pavlína Váňová (pomocník)
Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Radka Dopitová, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Pavel Mazura, Ph.D. (pomocník)
Garance
prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 36 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/36, pouze zareg.: 0/36, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/36
Mateřské obory/plány
předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace.

Bi8202c Základy proteomiky - cvičení

Přírodovědecká fakulta
jaro 2012 - akreditace

Údaje z období jaro 2012 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah
0/3. 3 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
Vyučující
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (cvičící)
RNDr. Eliška Nejedlá, CSc. (cvičící)
RNDr. Hana Konečná (cvičící)
Mgr. Petra Borkovcová, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Pavlína Váňová (pomocník)
Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D. (pomocník)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 36 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/36, pouze zareg.: 0/36, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/36
Mateřské obory/plány
předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Hlavní cíle kurzu jsou porozumění základním přístupům proteomiky, t.j. strukturní a funkční studium proteinů pomocí technologie rekombinatních proteinů, separace proteinů pomocí různých technik, zejména dvourozměrné elektroforézy a kapalinové chromatografie, a porozumění základním technikám hmotnostní spektrometrie proteinů. Studenti budou schopni praktické aplikace těchto přístupů při řešení současných problémů základního i aplikovaného výzkumu proteinů.
Osnova
  • Dvourozměrná elektroforéza proteinů
  • Hmotnostní spektrometrie proteinů (MALDI-TOF, LC-MS/MS, příprava a analýza vzorků, identifikace proteinů)
  • Příprava, izolace a sekvencae rekombinatní DNA
  • Exprese rekombinantní DNA v E. coli
  • Jedno- a vícekroková purifikace rekombinantních proteinů
  • Určení čistoty a analýza rekombinantních proteinů
  • Western bloting
Literatura
  • THIELLEMENT, Hervé. Plant proteomics : methods and protocols. Totowa, N.J.: Humana Press, 2007, xiii, 399. ISBN 9781597452274. info
  • LIEBLER, Daniel C. Introduction to proteomics : tools for the new biology. Totowa, NJ: Humana Press, 2002, ix, 198 s. ISBN 0-89603-991-9. info
Výukové metody
Praktické řešení úloh demonstrujících využití základních nástrojů současné proteomiky.
Metody hodnocení
Ukončení kurzu formou kolokvia. Úspěšné zakončení je podmíněno včasným dodáním všech požadovaných protokolů a absolvováním závěrečného pohovoru.
Informace učitele
Cvičení bude probíhat blokově, 1. běh proběhne v termínu 18.-22.5., druhý běh pak od 25.-29.5. 2009.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012.

Bi8202c Základy proteomiky - cvičení

Přírodovědecká fakulta
jaro 2011 - akreditace
Rozsah
0/3. 3 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
Vyučující
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (cvičící)
RNDr. Eliška Nejedlá, CSc. (cvičící)
RNDr. Hana Konečná (cvičící)
Mgr. Petra Borkovcová, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Pavlína Váňová (pomocník)
Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D. (pomocník)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 36 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/36, pouze zareg.: 0/36, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/36
Mateřské obory/plány
předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Hlavní cíle kurzu jsou porozumění základním přístupům proteomiky, t.j. strukturní a funkční studium proteinů pomocí technologie rekombinatních proteinů, separace proteinů pomocí různých technik, zejména dvourozměrné elektroforézy a kapalinové chromatografie, a porozumění základním technikám hmotnostní spektrometrie proteinů. Studenti budou schopni praktické aplikace těchto přístupů při řešení současných problémů základního i aplikovaného výzkumu proteinů.
Osnova
  • Dvourozměrná elektroforéza proteinů
  • Hmotnostní spektrometrie proteinů (MALDI-TOF, LC-MS/MS, příprava a analýza vzorků, identifikace proteinů)
  • Příprava, izolace a sekvencae rekombinatní DNA
  • Exprese rekombinantní DNA v E. coli
  • Jedno- a vícekroková purifikace rekombinantních proteinů
  • Určení čistoty a analýza rekombinantních proteinů
  • Western bloting
Literatura
  • THIELLEMENT, Hervé. Plant proteomics : methods and protocols. Totowa, N.J.: Humana Press, 2007, xiii, 399. ISBN 9781597452274. info
  • LIEBLER, Daniel C. Introduction to proteomics : tools for the new biology. Totowa, NJ: Humana Press, 2002, ix, 198 s. ISBN 0-89603-991-9. info
Výukové metody
Praktické řešení úloh demonstrujících využití základních nástrojů současné proteomiky.
Metody hodnocení
Ukončení kurzu formou kolokvia. Úspěšné zakončení je podmíněno včasným dodáním všech požadovaných protokolů a absolvováním závěrečného pohovoru.
Informace učitele
Cvičení bude probíhat blokově, 1. běh proběhne v termínu 18.-22.5., druhý běh pak od 25.-29.5. 2009.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace.

Bi8202c Základy proteomiky - cvičení

Přírodovědecká fakulta
jaro 2008 - akreditace
Rozsah
0/3. 3 kr. Ukončení: z.
Vyučující
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (cvičící)
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (cvičící)
RNDr. Eliška Nejedlá, CSc. (cvičící)
RNDr. Hana Konečná (cvičící)
Mgr. Petra Borkovcová, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Pavlína Váňová (pomocník)
Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D. (pomocník)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 36 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/36, pouze zareg.: 0/36, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/36
Mateřské obory/plány
předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2011 - akreditace, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace.