C7250 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií

Přírodovědecká fakulta
podzim 2025
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.
Vyučováno kontaktně
Vyučující
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Cílem předmětu je studenty seznámit s aplikačními možnostmi hmotnostní spektrometrie v proteomice včetně základních principů metody, typy instrumentace, základy interpretace MS a MS/MS dat a na příkladech prezentovat použití MS technik pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů.
Výstupy z učení
Na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit základní principy hmotnostní spektrometrie; popsat instrumentaci běžně používanou v proteomice; porozumět základům interpretace MS a MS/MS dat; vysvětlit principy identifikace proteinů a jejich posttranslačních modifikací pomocí hmotnostní spektrometrie; vysvětlit metody kvantifikace pomocí MS; popsat současné možnosti hmotnostní spektrometrie v proteomice, navrhnout použití vhodné MS techniky pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů.
Osnova
  • 1. Hmotnostní spektrometrie
  • Princip metody, vymezení možností metody v proteomice, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy).
  • 2. Příprava a separace vzorku (RNDr. Hana Konečná)
  • Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Základní metody pro izolaci proteinů. Přehled separačních technik (elektromigrační a chromatografické metody).
  • 3. Příprava a separace vzorku II (Dr. Gabriela Lochmanová)
  • Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu).
  • 4. Základní metody identifikace proteinů
  • Základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), peptidové mapování, identifikace pomocí MS/MS dat, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sekvenace), výhody a limitace jednotlivých metod, podobnost proteinů.
  • 5. Charakterizace modifikací proteinů
  • Přehled druhů modifikací (posttranslační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Fosfoproteiny, příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace. Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza glykanů.
  • 6. Kvantifikace proteinů
  • Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, izobarické značky typu iTRAQ, TMT).
  • 7. Proteomické aplikace
  • Hmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, MS profilování), praktické příklady řešené v naší proteomické laboratoři.
Literatura
  • Proteome research : mass spectrometry. Edited by Peter James. Berlin: Springer-Verlag, 2001, xxi, 274 s. ISBN 3-540-67255-9-. info
Výukové metody
přednáška, diskuze
Metody hodnocení
kolokvium nebo ústní zkouška
kolokvium: každý student musí zodpovědět tři otázky, K úspěšnému zvládnutí je nutno zodpovědět všechny správně
ústní zkouška:
Informace učitele
Přednáška se střídá se cvičením (C7350). Začínáme dvěma přednáškami. (dvouhodinové bloky). Další termíny budou upřesněny.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý druhý týden.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.

C7250 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií

Přírodovědecká fakulta
podzim 2024
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.
Vyučováno kontaktně
Vyučující
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Pá 8:00–9:50 C02/211
Předpoklady
Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Cílem předmětu je studenty seznámit s aplikačními možnostmi hmotnostní spektrometrie v proteomice včetně základních principů metody, typy instrumentace, základy interpretace MS a MS/MS dat a na příkladech prezentovat použití MS technik pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů.
Výstupy z učení
Na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit základní principy hmotnostní spektrometrie; popsat instrumentaci běžně používanou v proteomice; porozumět základům interpretace MS a MS/MS dat; vysvětlit principy identifikace proteinů a jejich posttranslačních modifikací pomocí hmotnostní spektrometrie; vysvětlit metody kvantifikace pomocí MS; popsat současné možnosti hmotnostní spektrometrie v proteomice, navrhnout použití vhodné MS techniky pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů.
Osnova
  • 1. Hmotnostní spektrometrie
  • Princip metody, vymezení možností metody v proteomice, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy).
  • 2. Příprava a separace vzorku (RNDr. Hana Konečná)
  • Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Základní metody pro izolaci proteinů. Přehled separačních technik (elektromigrační a chromatografické metody).
  • 3. Příprava a separace vzorku II (Dr. Gabriela Lochmanová)
  • Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu).
  • 4. Základní metody identifikace proteinů
  • Základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), peptidové mapování, identifikace pomocí MS/MS dat, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sekvenace), výhody a limitace jednotlivých metod, podobnost proteinů.
  • 5. Charakterizace modifikací proteinů
  • Přehled druhů modifikací (posttranslační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Fosfoproteiny, příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace. Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza glykanů.
  • 6. Kvantifikace proteinů
  • Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, izobarické značky typu iTRAQ, TMT).
  • 7. Proteomické aplikace
  • Hmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, MS profilování), praktické příklady řešené v naší proteomické laboratoři.
Literatura
  • Proteome research : mass spectrometry. Edited by Peter James. Berlin: Springer-Verlag, 2001, xxi, 274 s. ISBN 3-540-67255-9-. info
Výukové metody
přednáška, diskuze
Metody hodnocení
kolokvium nebo ústní zkouška
kolokvium: každý student musí zodpovědět tři otázky, K úspěšnému zvládnutí je nutno zodpovědět všechny správně
ústní zkouška:
Informace učitele
Přednáška se střídá se cvičením (C7350). Začínáme dvěma přednáškami. (dvouhodinové bloky). Další termíny budou upřesněny.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2025.

C7250 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií

Přírodovědecká fakulta
podzim 2023
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.
Vyučující
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Pá 8:00–9:50 C02/211
Předpoklady
Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Cílem předmětu je studenty seznámit s aplikačními možnostmi hmotnostní spektrometrie v proteomice včetně základních principů metody, typy instrumentace, základy interpretace MS a MS/MS dat a na příkladech prezentovat použití MS technik pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů.
Výstupy z učení
Na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit základní principy hmotnostní spektrometrie; popsat instrumentaci běžně používanou v proteomice; porozumět základům interpretace MS a MS/MS dat; vysvětlit principy identifikace proteinů a jejich posttranslačních modifikací pomocí hmotnostní spektrometrie; vysvětlit metody kvantifikace pomocí MS; popsat současné možnosti hmotnostní spektrometrie v proteomice, navrhnout použití vhodné MS techniky pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů.
Osnova
  • 1. Hmotnostní spektrometrie
  • Princip metody, vymezení možností metody v proteomice, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy).
  • 2. Příprava a separace vzorku (RNDr. Hana Konečná)
  • Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Základní metody pro izolaci proteinů. Přehled separačních technik (elektromigrační a chromatografické metody).
  • 3. Příprava a separace vzorku II (Dr. Gabriela Lochmanová)
  • Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu).
  • 4. Základní metody identifikace proteinů
  • Základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), peptidové mapování, identifikace pomocí MS/MS dat, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sekvenace), výhody a limitace jednotlivých metod, podobnost proteinů.
  • 5. Charakterizace modifikací proteinů
  • Přehled druhů modifikací (posttranslační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Fosfoproteiny, příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace. Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza glykanů.
  • 6. Kvantifikace proteinů
  • Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, izobarické značky typu iTRAQ, TMT).
  • 7. Proteomické aplikace
  • Hmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, MS profilování), praktické příklady řešené v naší proteomické laboratoři.
Literatura
  • Proteome research : mass spectrometry. Edited by Peter James. Berlin: Springer-Verlag, 2001, xxi, 274 s. ISBN 3-540-67255-9-. info
Výukové metody
přednáška, diskuze
Metody hodnocení
kolokvium nebo ústní zkouška
kolokvium: každý student musí zodpovědět tři otázky, K úspěšnému zvládnutí je nutno zodpovědět všechny správně
ústní zkouška:
Informace učitele
Přednáška se střídá se cvičením (C7350). Začínáme dvěma přednáškami. (dvouhodinové bloky). Další termíny budou upřesněny.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2024, podzim 2025.

C7250 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií

Přírodovědecká fakulta
podzim 2022
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.
Vyučující
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Pá 8:00–9:50 C02/211
Předpoklady
Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Cílem předmětu je studenty seznámit s aplikačními možnostmi hmotnostní spektrometrie v proteomice včetně základních principů metody, typy instrumentace, základy interpretace MS a MS/MS dat a na příkladech prezentovat použití MS technik pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů.
Výstupy z učení
Na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit základní principy hmotnostní spektrometrie; popsat instrumentaci běžně používanou v proteomice; porozumět základům interpretace MS a MS/MS dat; vysvětlit principy identifikace proteinů a jejich posttranslačních modifikací pomocí hmotnostní spektrometrie; vysvětlit metody kvantifikace pomocí MS; popsat současné možnosti hmotnostní spektrometrie v proteomice, navrhnout použití vhodné MS techniky pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů.
Osnova
  • 1. Hmotnostní spektrometrie
  • Princip metody, vymezení možností metody v proteomice, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy).
  • 2. Příprava a separace vzorku (RNDr. Hana Konečná)
  • Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Základní metody pro izolaci proteinů. Přehled separačních technik (elektromigrační a chromatografické metody).
  • 3. Příprava a separace vzorku II (Dr. Gabriela Lochmanová)
  • Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu).
  • 4. Základní metody identifikace proteinů
  • Základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), peptidové mapování, identifikace pomocí MS/MS dat, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sekvenace), výhody a limitace jednotlivých metod, podobnost proteinů.
  • 5. Charakterizace modifikací proteinů
  • Přehled druhů modifikací (posttranslační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Fosfoproteiny, příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace. Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza glykanů.
  • 6. Kvantifikace proteinů
  • Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, izobarické značky typu iTRAQ, TMT).
  • 7. Proteomické aplikace
  • Hmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, MS profilování), praktické příklady řešené v naší proteomické laboratoři.
Literatura
  • Proteome research : mass spectrometry. Edited by Peter James. Berlin: Springer-Verlag, 2001, xxi, 274 s. ISBN 3-540-67255-9-. info
Výukové metody
přednáška, diskuze
Metody hodnocení
kolokvium nebo ústní zkouška
kolokvium: každý student musí zodpovědět tři otázky, K úspěšnému zvládnutí je nutno zodpovědět všechny správně
ústní zkouška:
Informace učitele
Přednáška se střídá se cvičením (C7350). Začínáme dvěma přednáškami. (dvouhodinové bloky). Další termíny budou upřesněny.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2023, podzim 2024, podzim 2025.

C7250 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií

Přírodovědecká fakulta
podzim 2021
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.
Vyučující
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Pá 8:00–8:50 C05/114
Předpoklady
Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Cílem předmětu je studenty seznámit s aplikačními možnostmi hmotnostní spektrometrie v proteomice včetně základních principů metody, typy instrumentace, základy interpretace MS a MS/MS dat a na příkladech prezentovat použití MS technik pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů.
Výstupy z učení
Na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit základní principy hmotnostní spektrometrie; popsat instrumentaci běžně používanou v proteomice; porozumět základům interpretace MS a MS/MS dat; vysvětlit principy identifikace proteinů a jejich posttranslačních modifikací pomocí hmotnostní spektrometrie; vysvětlit metody kvantifikace pomocí MS; popsat současné možnosti hmotnostní spektrometrie v proteomice, navrhnout použití vhodné MS techniky pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů.
Osnova
  • 1. Hmotnostní spektrometrie
  • Princip metody, vymezení možností metody v proteomice, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy).
  • 2. Příprava a separace vzorku (RNDr. Hana Konečná)
  • Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Základní metody pro izolaci proteinů. Přehled separačních technik (elektromigrační a chromatografické metody).
  • 3. Příprava a separace vzorku II (Dr. Gabriela Lochmanová)
  • Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu).
  • 4. Základní metody identifikace proteinů
  • Základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), peptidové mapování, identifikace pomocí MS/MS dat, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sekvenace), výhody a limitace jednotlivých metod, podobnost proteinů.
  • 5. Charakterizace modifikací proteinů
  • Přehled druhů modifikací (posttranslační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Fosfoproteiny, příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace. Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza glykanů.
  • 6. Kvantifikace proteinů
  • Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, izobarické značky typu iTRAQ, TMT).
  • 7. Proteomické aplikace
  • Hmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, MS profilování), praktické příklady řešené v naší proteomické laboratoři.
Literatura
  • Proteome research : mass spectrometry. Edited by Peter James. Berlin: Springer-Verlag, 2001, xxi, 274 s. ISBN 3-540-67255-9-. info
Výukové metody
přednáška, diskuze
Metody hodnocení
kolokvium nebo ústní zkouška
kolokvium: každý student musí zodpovědět tři otázky, K úspěšnému zvládnutí je nutno zodpovědět všechny správně
ústní zkouška:
Informace učitele
Přednáška se střídá se cvičením (C7350). Začínáme dvěma přednáškami. (dvouhodinové bloky). Další termíny budou upřesněny.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024, podzim 2025.

C7250 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií

Přírodovědecká fakulta
podzim 2020
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.
Vyučující
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Pá 8:00–8:50 C02/211
Předpoklady
Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Cílem předmětu je studenty seznámit s aplikačními možnostmi hmotnostní spektrometrie v proteomice včetně základních principů metody, typy instrumentace, základy interpretace MS a MS/MS dat a na příkladech prezentovat použití MS technik pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů.
Výstupy z učení
Na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit základní principy hmotnostní spektrometrie; popsat instrumentaci běžně používanou v proteomice; porozumět základům interpretace MS a MS/MS dat; vysvětlit principy identifikace proteinů a jejich posttranslačních modifikací pomocí hmotnostní spektrometrie; vysvětlit metody kvantifikace pomocí MS; popsat současné možnosti hmotnostní spektrometrie v proteomice, navrhnout použití vhodné MS techniky pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů.
Osnova
  • 1. Hmotnostní spektrometrie
  • Princip metody, vymezení možností metody v proteomice, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy).
  • 2. Příprava a separace vzorku (RNDr. Hana Konečná)
  • Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Základní metody pro izolaci proteinů. Přehled separačních technik (elektromigrační a chromatografické metody).
  • 3. Příprava a separace vzorku II (Dr. Gabriela Lochmanová)
  • Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu).
  • 4. Základní metody identifikace proteinů
  • Základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), peptidové mapování, identifikace pomocí MS/MS dat, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sekvenace), výhody a limitace jednotlivých metod, podobnost proteinů.
  • 5. Charakterizace modifikací proteinů
  • Přehled druhů modifikací (posttranslační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Fosfoproteiny, příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace. Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza glykanů.
  • 6. Kvantifikace proteinů
  • Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, izobarické značky typu iTRAQ, TMT).
  • 7. Proteomické aplikace
  • Hmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, MS profilování), praktické příklady řešené v naší proteomické laboratoři.
Literatura
  • Proteome research : mass spectrometry. Edited by Peter James. Berlin: Springer-Verlag, 2001, xxi, 274 s. ISBN 3-540-67255-9-. info
Výukové metody
přednáška, diskuze
Metody hodnocení
kolokvium nebo ústní zkouška
kolokvium: každý student musí zodpovědět tři otázky, K úspěšnému zvládnutí je nutno zodpovědět všechny správně
ústní zkouška:
Informace učitele
Přednáška se střídá se cvičením (C7350). Začínáme dvěma přednáškami - 9.10. a 16.10. (dvouhodinové bloky). Další termíny budou upřesněny. Přednášky v tomto semestru budou on-line s využitím MS Teams
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024, podzim 2025.

C7250 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií

Přírodovědecká fakulta
podzim 2019
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.
Vyučující
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Pá 8:00–8:50 C02/211
Předpoklady
Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Cílem předmětu je studenty seznámit s aplikačními možnostmi hmotnostní spektrometrie v proteomice včetně základních principů metody, typy instrumentace, základy interpretace MS a MS/MS dat a na příkladech prezentovat použití MS technik pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů.
Výstupy z učení
Na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit základní principy hmotnostní spektrometrie; popsat instrumentaci běžně používanou v proteomice; porozumět základům interpretace MS a MS/MS dat; vysvětlit principy identifikace proteinů a jejich posttranslačních modifikací pomocí hmotnostní spektrometrie; vysvětlit metody kvantifikace pomocí MS; popsat současné možnosti hmotnostní spektrometrie v proteomice, navrhnout použití vhodné MS techniky pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů.
Osnova
  • 1. Hmotnostní spektrometrie
  • Princip metody, vymezení možností metody v proteomice, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy).
  • 2. Příprava a separace vzorku (RNDr. Hana Konečná)
  • Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Základní metody pro izolaci proteinů. Přehled separačních technik (elektromigrační a chromatografické metody).
  • 3. Příprava a separace vzorku II (Dr. Gabriela Lochmanová)
  • Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu).
  • 4. Základní metody identifikace proteinů
  • Základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), peptidové mapování, identifikace pomocí MS/MS dat, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sekvenace), výhody a limitace jednotlivých metod, podobnost proteinů.
  • 5. Charakterizace modifikací proteinů
  • Přehled druhů modifikací (posttranslační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Fosfoproteiny, příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace. Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza glykanů.
  • 6. Kvantifikace proteinů
  • Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, izobarické značky typu iTRAQ, TMT).
  • 7. Proteomické aplikace
  • Hmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, MS profilování), praktické příklady řešené v naší proteomické laboratoři.
Literatura
  • Proteome research : mass spectrometry. Edited by Peter James. Berlin: Springer-Verlag, 2001, xxi, 274 s. ISBN 3-540-67255-9-. info
Výukové metody
přednáška, diskuze
Metody hodnocení
kolokvium nebo ústní zkouška
kolokvium: každý student musí zodpovědět tři otázky, K úspěšnému zvládnutí je nutno zodpovědět všechny správně
ústní zkouška:
Informace učitele
lecture is given biweekly (in 2-hour units)
study materials are available in IS
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024, podzim 2025.

C7250 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií

Přírodovědecká fakulta
podzim 2018
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.
Vyučující
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 17. 9. až Pá 14. 12. Pá 8:00–9:50 C02/211
Předpoklady
Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit základní principy hmotnostní spektrometrie popsat instrumentaci běžně používanou v proteomice porozumět základům interpretace MS a MS/MS dat vysvětlit principy identifikace proteinů a jejich posttranslacnich modifikací pomocí hmotnostní spektrometrie vysvětlit metody kvantifikace pomocí MS popsat současné možnosti hmotnostní spektrometrie v proteomice navrhnout použití vhodné MS techniky pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů
Osnova
  • 1. Hmotnostní spektrometrie
  • Princip metody, vymezení možností metody, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy).
  • 2. Příprava a separace vzorku (RNDr. Hana Konečná)
  • Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu).
  • 3. Základní metody identifikace proteinů
  • Peptide mapping, MS/MS ion search, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sequencing), výhody a limitace jednotlivých metod, základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), podobnost proteinů.
  • 4. Kvantifikace
  • Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, specifické značky typu iTRAQ).
  • 5. Určování modifikací proteinů
  • Přehled druhů modifikací (post-translační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Fosfoproteiny příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace. Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza glykanů
  • 6. Proteinové čipy (RNDr. Šárka Pospíšilová, PhD)
  • Druhy proteinových čipů, jejich příprava, detekce a kvantifikace proteinů vazaných na čipech.
  • 7. Proteomické aplikace
  • Hmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, protein profiling), praktické příklady řešené v naší Centrální laboratoři.
Literatura
  • Proteome research : mass spectrometry. Edited by Peter James. Berlin: Springer-Verlag, 2001, xxi, 274 s. ISBN 3-540-67255-9-. info
Výukové metody
přednáška, diskuze
Metody hodnocení
kolokvium nebo ústní zkouška
kolokvium: každý student musí zodpovědět tři otázky, K úspěšnému zvládnutí je nutno zodpovědět všechny správně
ústní zkouška:
Informace učitele
lecture is given biweekly (in 2-hour units)
study materials are available in IS
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024, podzim 2025.

C7250 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií

Přírodovědecká fakulta
podzim 2017
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.
Vyučující
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 18. 9. až Pá 15. 12. Pá 8:00–9:50 C02/211
Předpoklady
Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit základní principy hmotnostní spektrometrie popsat instrumentaci běžně používanou v proteomice porozumět základům interpretace MS a MS/MS dat vysvětlit principy identifikace proteinů a jejich posttranslacnich modifikací pomocí hmotnostní spektrometrie vysvětlit metody kvantifikace pomocí MS popsat současné možnosti hmotnostní spektrometrie v proteomice navrhnout použití vhodné MS techniky pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů
Osnova
  • 1. Hmotnostní spektrometrie
  • Princip metody, vymezení možností metody, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy).
  • 2. Příprava a separace vzorku (RNDr. Hana Konečná)
  • Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu).
  • 3. Základní metody identifikace proteinů
  • Peptide mapping, MS/MS ion search, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sequencing), výhody a limitace jednotlivých metod, základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), podobnost proteinů.
  • 4. Kvantifikace
  • Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, specifické značky typu iTRAQ).
  • 5. Určování modifikací proteinů
  • Přehled druhů modifikací (post-translační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Fosfoproteiny příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace. Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza glykanů
  • 6. Proteinové čipy (RNDr. Šárka Pospíšilová, PhD)
  • Druhy proteinových čipů, jejich příprava, detekce a kvantifikace proteinů vazaných na čipech.
  • 7. Proteomické aplikace
  • Hmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, protein profiling), praktické příklady řešené v naší Centrální laboratoři.
Literatura
  • Proteome research : mass spectrometry. Edited by Peter James. Berlin: Springer-Verlag, 2001, xxi, 274 s. ISBN 3-540-67255-9-. info
Výukové metody
přednáška, diskuze
Metody hodnocení
kolokvium nebo ústní zkouška
kolokvium: každý student musí zodpovědět tři otázky, K úspěšnému zvládnutí je nutno zodpovědět všechny správně
ústní zkouška:
Informace učitele
lecture is given biweekly (in 2-hour units)
study materials are available in IS
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024, podzim 2025.

C7250 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií

Přírodovědecká fakulta
podzim 2016
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.
Vyučující
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
prof. RNDr. Šárka Pospíšilová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 19. 9. až Ne 18. 12. Pá 8:00–9:50 C02/211
Předpoklady
Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit základní principy hmotnostní spektrometrie popsat instrumentaci běžně používanou v proteomice porozumět základům interpretace MS a MS/MS dat vysvětlit principy identifikace proteinů a jejich posttranslacnich modifikací pomocí hmotnostní spektrometrie vysvětlit metody kvantifikace pomocí MS popsat současné možnosti hmotnostní spektrometrie v proteomice navrhnout použití vhodné MS techniky pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů
Osnova
  • 1. Hmotnostní spektrometrie
  • Princip metody, vymezení možností metody, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy).
  • 2. Příprava a separace vzorku (RNDr. Hana Konečná)
  • Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu).
  • 3. Základní metody identifikace proteinů
  • Peptide mapping, MS/MS ion search, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sequencing), výhody a limitace jednotlivých metod, základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), podobnost proteinů.
  • 4. Kvantifikace
  • Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, specifické značky typu iTRAQ).
  • 5. Určování modifikací proteinů
  • Přehled druhů modifikací (post-translační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Fosfoproteiny příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace. Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza glykanů
  • 6. Proteinové čipy (RNDr. Šárka Pospíšilová, PhD)
  • Druhy proteinových čipů, jejich příprava, detekce a kvantifikace proteinů vazaných na čipech.
  • 7. Proteomické aplikace
  • Hmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, protein profiling), praktické příklady řešené v naší Centrální laboratoři.
Literatura
  • Proteome research : mass spectrometry. Edited by Peter James. Berlin: Springer-Verlag, 2001, xxi, 274 s. ISBN 3-540-67255-9-. info
Výukové metody
přednáška, diskuze
Metody hodnocení
kolokvium nebo ústní zkouška
kolokvium: každý student musí zodpovědět tři otázky, K úspěšnému zvládnutí je nutno zodpovědět všechny správně
ústní zkouška:
Informace učitele
lecture is given biweekly (in 2-hour units)
study materials are available in IS
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024, podzim 2025.

C7250 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií

Přírodovědecká fakulta
podzim 2015
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.
Vyučující
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
prof. RNDr. Šárka Pospíšilová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Pá 8:00–9:50 C02/211
Předpoklady
Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit základní principy hmotnostní spektrometrie popsat instrumentaci běžně používanou v proteomice porozumět základům interpretace MS a MS/MS dat vysvětlit principy identifikace proteinů a jejich posttranslacnich modifikací pomocí hmotnostní spektrometrie vysvětlit metody kvantifikace pomocí MS popsat současné možnosti hmotnostní spektrometrie v proteomice navrhnout použití vhodné MS techniky pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů
Osnova
  • 1. Hmotnostní spektrometrie
  • Princip metody, vymezení možností metody, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy).
  • 2. Příprava a separace vzorku (RNDr. Hana Konečná)
  • Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu).
  • 3. Základní metody identifikace proteinů
  • Peptide mapping, MS/MS ion search, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sequencing), výhody a limitace jednotlivých metod, základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), podobnost proteinů.
  • 4. Kvantifikace
  • Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, specifické značky typu iTRAQ).
  • 5. Určování modifikací proteinů
  • Přehled druhů modifikací (post-translační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Fosfoproteiny příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace. Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza glykanů
  • 6. Proteinové čipy (RNDr. Šárka Pospíšilová, PhD)
  • Druhy proteinových čipů, jejich příprava, detekce a kvantifikace proteinů vazaných na čipech.
  • 7. Proteomické aplikace
  • Hmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, protein profiling), praktické příklady řešené v naší Centrální laboratoři.
Literatura
  • Proteome research : mass spectrometry. Edited by Peter James. Berlin: Springer-Verlag, 2001, xxi, 274 s. ISBN 3-540-67255-9-. info
Výukové metody
přednáška, diskuze
Metody hodnocení
kolokvium nebo ústní zkouška
kolokvium: každý student musí zodpovědět tři otázky, K úspěšnému zvládnutí je nutno zodpovědět všechny správně
ústní zkouška:
Informace učitele
lecture is given biweekly (in 2-hour units)
study materials are available in IS
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2013, podzim 2014, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024, podzim 2025.

C7250 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií

Přírodovědecká fakulta
podzim 2014
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.
Vyučující
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
prof. RNDr. Šárka Pospíšilová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Pá 8:00–9:50 C02/211
Předpoklady
Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit základní principy hmotnostní spektrometrie popsat instrumentaci běžně používanou v proteomice porozumět základům interpretace MS a MS/MS dat vysvětlit principy identifikace proteinů a jejich posttranslacnich modifikací pomocí hmotnostní spektrometrie vysvětlit metody kvantifikace pomocí MS popsat současné možnosti hmotnostní spektrometrie v proteomice navrhnout použití vhodné MS techniky pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů
Osnova
  • 1. Hmotnostní spektrometrie
  • Princip metody, vymezení možností metody, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy).
  • 2. Příprava a separace vzorku (RNDr. Hana Konečná)
  • Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu).
  • 3. Základní metody identifikace proteinů
  • Peptide mapping, MS/MS ion search, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sequencing), výhody a limitace jednotlivých metod, základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), podobnost proteinů.
  • 4. Kvantifikace
  • Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, specifické značky typu iTRAQ).
  • 5. Určování modifikací proteinů
  • Přehled druhů modifikací (post-translační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Fosfoproteiny příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace. Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza glykanů
  • 6. Proteinové čipy (RNDr. Šárka Pospíšilová, PhD)
  • Druhy proteinových čipů, jejich příprava, detekce a kvantifikace proteinů vazaných na čipech.
  • 7. Proteomické aplikace
  • Hmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, protein profiling), praktické příklady řešené v naší Centrální laboratoři.
Literatura
  • Proteome research : mass spectrometry. Edited by Peter James. Berlin: Springer-Verlag, 2001, xxi, 274 s. ISBN 3-540-67255-9-. info
Výukové metody
přednáška, diskuze
Metody hodnocení
kolokvium nebo ústní zkouška
kolokvium: každý student musí zodpovědět tři otázky, K úspěšnému zvládnutí je nutno zodpovědět všechny správně
ústní zkouška:
Informace učitele
lecture is given biweekly (in 2-hour units)
study materials are available in IS
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2013, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024, podzim 2025.

C7250 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií

Přírodovědecká fakulta
podzim 2013
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.
Vyučující
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
prof. RNDr. Šárka Pospíšilová, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Pá 8:00–9:50 C02/211
Předpoklady
Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit základní principy hmotnostní spektrometrie popsat instrumentaci běžně používanou v proteomice porozumět základům interpretace MS a MS/MS dat vysvětlit principy identifikace proteinů a jejich posttranslacnich modifikací pomocí hmotnostní spektrometrie vysvětlit metody kvantifikace pomocí MS popsat současné možnosti hmotnostní spektrometrie v proteomice navrhnout použití vhodné MS techniky pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů
Osnova
  • 1. Hmotnostní spektrometrie
  • Princip metody, vymezení možností metody, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy).
  • 2. Příprava a separace vzorku (RNDr. Hana Konečná)
  • Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu).
  • 3. Základní metody identifikace proteinů
  • Peptide mapping, MS/MS ion search, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sequencing), výhody a limitace jednotlivých metod, základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), podobnost proteinů.
  • 4. Kvantifikace
  • Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, specifické značky typu iTRAQ).
  • 5. Určování modifikací proteinů
  • Přehled druhů modifikací (post-translační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Fosfoproteiny příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace. Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza glykanů
  • 6. Proteinové čipy (RNDr. Šárka Pospíšilová, PhD)
  • Druhy proteinových čipů, jejich příprava, detekce a kvantifikace proteinů vazaných na čipech.
  • 7. Proteomické aplikace
  • Hmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, protein profiling), praktické příklady řešené v naší Centrální laboratoři.
Literatura
  • Proteome research : mass spectrometry. Edited by Peter James. Berlin: Springer-Verlag, 2001, xxi, 274 s. ISBN 3-540-67255-9-. info
Výukové metody
přednáška, diskuze
Metody hodnocení
kolokvium nebo ústní zkouška
kolokvium: každý student musí zodpovědět tři otázky, K úspěšnému zvládnutí je nutno zodpovědět všechny správně
ústní zkouška:
Informace učitele
lecture is given biweekly (in 2-hour units)
study materials are available in IS
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024, podzim 2025.

C7250 Oborový seminář I (EC)

Přírodovědecká fakulta
podzim 2007

Předmět se v období podzim 2007 nevypisuje.

Rozsah
0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
Garance
prof. RNDr. Ivan Holoubek, CSc.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024, podzim 2025.

C7250 Oborový seminář I (EC)

Přírodovědecká fakulta
podzim 2006

Předmět se v období podzim 2006 nevypisuje.

Rozsah
0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
Garance
prof. RNDr. Ivan Holoubek, CSc.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024, podzim 2025.

C7250 Oborový seminář I (EC)

Přírodovědecká fakulta
podzim 2005

Předmět se v období podzim 2005 nevypisuje.

Rozsah
0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
Garance
prof. RNDr. Ivan Holoubek, CSc.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024, podzim 2025.

C7250 Oborový seminář I (EC)

Přírodovědecká fakulta
podzim 2004

Předmět se v období podzim 2004 nevypisuje.

Rozsah
0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
Garance
prof. RNDr. Ivan Holoubek, CSc.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024, podzim 2025.

C7250 Oborový seminář I (EC)

Přírodovědecká fakulta
podzim 2003

Předmět se v období podzim 2003 nevypisuje.

Rozsah
0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
Garance
prof. RNDr. Ivan Holoubek, CSc.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024, podzim 2025.

C7250 Oborový seminář I (EC)

Přírodovědecká fakulta
podzim 2002

Předmět se v období podzim 2002 nevypisuje.

Rozsah
0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
Garance
prof. RNDr. Ivan Holoubek, CSc.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024, podzim 2025.

C7250 Oborový seminář I (EC)

Přírodovědecká fakulta
podzim 2001

Předmět se v období podzim 2001 nevypisuje.

Rozsah
0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.
Garance
prof. RNDr. Ivan Holoubek, CSc.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024, podzim 2025.

C7250 Oborový seminář I (EC)

Přírodovědecká fakulta
podzim 2000

Předmět se v období podzim 2000 nevypisuje.

Rozsah
0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.
Garance
prof. RNDr. Ivan Holoubek, CSc.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024, podzim 2025.

C7250 Oborový seminář I (EC)

Přírodovědecká fakulta
podzim 1999

Předmět se v období podzim 1999 nevypisuje.

Rozsah
0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.
Garance
prof. RNDr. Ivan Holoubek, CSc.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024, podzim 2025.

C7250 Oborový seminář I (EC)

Přírodovědecká fakulta
podzim 2007 - akreditace

Předmět se v období podzim 2007 - akreditace nevypisuje.

Rozsah
0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
Garance
prof. RNDr. Ivan Holoubek, CSc.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024, podzim 2025.