C7940 Bioanalytika I - Biomakromolekuly

Přírodovědecká fakulta
podzim 2008
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Jan Havliš, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 11:00–11:50 AK1
Předpoklady
předpokladem je základní znalost biochemie (C3181 biochemie I, C4182 biochemie II). doporučenou přednáškou je C7895 hmotnostní spektrometrie biomolekul.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 16 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
hlavní cíle přednášky: uvedení do pojmu bioanalytika; porozumění postupům při analýze biomakromolekul a suprabiomolekulárních struktur (nukleové kyseliny, proteiny a jejich komplexy, lipidové struktury) se zvláštním zřetelem na využití hmotnostní spektrometrie jako všestranné analytické techniky; osvojení si důležitého teoretického pozadí těchto postupů
Osnova
  • 1) analytické postupy v bioanalytice – náročnost; vysocevýkonné a nízkokrokové analýzy, standardizace
  • 2) afinitní metody – princip, provedení, použití (separace, interakční studie), IMAC, APAGE
  • 3) imunoanalytické metody – princip; imunoanalýza – precipitační, aglutinační, imunoeseje, metody: FIA, LIA, RIA, EIA, ELISA, IAC, IACE, SELDI…
  • 4) separace biomakromolekul – gelová elektroforéza; principy, provedení (1D, 2D; polyakrylamid, agaróza); blotování; 2D kapalinová chromatografie
  • 5) genomika (analýza DNA) – základy genetiky (struktura, funkce DNA), analytické postupy: PCR, restrikční enzymy; identifikace známé (hybridizace) a neznámé sekvence (Sangerova m., pyrosekvenace, 454, Solexa, Solid); identifikace změn v DNA; metylace DNA a její analýza
  • 6) základy hmotnostní spektrometrie – principy; ionizace (ESI – dekonvoluce spektra; MALDI), hmotnostní analýza (tandemová MS), detekce, vakuová technika; hmotnostní spektrum, základní pojmy v MS
  • 7) proteomika (analýza proteinů a jejich komplexů) – základy proteomiky (struktura proteinů a proteinových komplexů, organizace proteomu)
  • 8) expresní proteomika – metodika (MS: bottom-up, top-down), MS: identifikace proteinu pomocí peptidových otisků/map, bioinformatika v MS-asistované proteomice; MS: identifikace proteinu pomocí sekvence aminokyselin; další metody expresní proteomiky: 2D HPLC, 2D PAGE, 2D analýza obrazu
  • 9) kvantitativní analýza proteinů – kvantifikace pomocí hmotnostní spektrometrie, vsunutí kvantitativní informace do MS spektra (metoda vnitřního standardu; hmotnostní značka – ICAT, ICMT, TMT, MCAT, GIST, SILAC, SIL), dešifrování kvantitativní informace v MS spektru; automatizace v proteomice (problémy AI)
  • 10) funkční proteomika – metodika (následná a paralelní analýza), metody studia interakce protein-protein (Y2H; BiFC; mbSUS; MeRA; SEAM – značení myc, TAP, FLAG, His; využití iontové mobility); absolutní kvantifikace proteinů a peptidů pomocí MS (SIL, VICAT, QCAT; molární ionizační koeficient; pravděpodobnostní přístup)
  • 11) strukturní proteomika – metodika (zesíťování molekulárními pravítky), metody (FTICR MS); shotgun proteomika – spojené techniky
  • 12) analýza post-translačních modifikací – formy PTM, MS analýza PTM – lokalizace; glykosylace, fosforylace; určení rozsahu PTM
  • 13) lipidomika (analýza lipidů a buněčných membrán) – základy lipidomiky (struktura funkce buněčných membrán a jejich složek), analytické postupy: extrakce lipidů, TLC, GC, LC, SFC, GPC, MS (PIS, HGS, FAS), MS analýza, shotgun analýza
Literatura
  • MUSHEGIAN, Arcady R. Foundations of comparative genomics. 1st ed. Burlington: Elsevier Academic Press, 2007, 265 s. ISBN 9780120887941. info
  • Quantitative proteomics by mass spectrometry. Edited by Salvatore Sechi. Totowa: Humana Press, 2007, x, 218. ISBN 9781588295712. info
  • BENFEY, Philip N. a Alex D. PROTOPAPAS. Essentials of genomics. Upper Saddle River: Prentice-Hall, 2005, xiv, 346. ISBN 013047018X. info
  • MIKKELSEN, Susan R. a Eduardo CORTÓN. Bioanalytical chemistry. Hoboken, N.J.: John Wiley & Sons, 2004, xvii, 361. ISBN 0471544477. info
  • LIEBLER, Daniel C. Introduction to proteomics : tools for the new biology. Edited by John R. Yates. Totowa, NJ: Humana Press, 2002, ix, 198. ISBN 0896039927. info
  • Posttranslational modifications of proteins : tools for functional proteomics. Edited by Christoph Kannicht. Totowa, N.J.: Humana Press, 2002, xi, 322. ISBN 0896036782. info
Metody hodnocení
výuka je založena na ppt prezentaci a jejím výkladu, prezentace bude dostupná jako studijní podklad (černobílý tisknutelný pdf s vysokým rozlišením a omezenými právy). vzhledem k výkladu, jenž prezentaci významně rozšiřuje, a neexistenci souhrnné učebnice je vhodné přednášku navštěvovat.
zkouška ústní; u studentů se předpokládá pochopení a znalost základních principů a jejich využití; enumerace, výčty faktů apod. vyžadovány nebudou.
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2000, podzim 2001, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007.

C7940 Bioanalytika I - Biomakromolekuly

Přírodovědecká fakulta
podzim 2007
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Jan Havliš, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 12:00–13:50 AK1
Předpoklady
Předpokladem je základní znalost biochemie (C3181 Biochemie I, C4182 Biochemie II). Doporučenou přednáškou je C7895 Hmotnostní spektrometrie biomolekul
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 16 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět shrnuje základní vědomosti z analytických postupů při analýze biomakromolekul a suprabiomolekulárních struktur.
Osnova
  • 1) analytické postupy v bioanalytice – náročnost; high throuput, shotgun analysis, standardizace
  • afinitní metody – princip, provedení, použití (separace, interakční studie), IMAC, APAGE
  • 2) imunoanalytické metody – princip; imunoanalýza – precipitační, aglutinační, imunoeseje, metody: FIA, LIA, RIA, EIA, ELISA, IAC, IACE, SELDI…
  • 3) gelová elektroforéza – principy, provedení (1D, 2D); blotting
  • 4) genomika (analýza DNA) – základy genetiky (struktura, funkce DNA), analytické postupy: PCR, restrikční enzymy; přímá a nepřímá sekvence; metylace DNA a její analýza
  • 5) základy hmotnostní spektrometrie – principy; ionizace, hmotnostní analýza (tandemová MS, vakuová technika), detekce; hmotnostní spektrum proteomika (analýza proteinů a jejich komplexů) – základy proteomiky (struktura proteinů a proteinových komplexů);
  • expresní proteomika – metodologie, metody (2D HPLC, 2D PAGE, 2D snímkování, MS: bottom-up, top-down),
  • 6) funkční proteomika - metodologie, metody (TAP-značení, Two-Hybrid, SEAM strategie, strategie využívající iontové mobility)
  • 7) bioinformatika v MS-asistované proteomice – identifikace proteinu v organizmech se sekvenovaný a nesekvenovaným geonomem (MS BLAST, MultiTag)
  • 8) kvantitativní analýza proteinových komplexů – metoda vnitřního standardu; hmotnostní značka (ICAT, ICMT, TMT, MCAT, GIST, SILAC, SIL), absolutní kvantifikace proteinů a peptidů pomocí MS
  • 9) strukturní proteomika – metodologie (chemical cross-linking), metody (FTICR MS)
  • 10) lipidomika (analýza lipidů a buněčných membrán) – základy lipidomiky (struktura funkce buněčných membrán a jejich složek), analytické postupy: extrakce lipidů, TLC, GC, LC, SFC, GPC, MS (PIS, HGS, FAS), MS analýza, shot-gun analýza
Metody hodnocení
Přednáška je založena na prezentaci, která bude k dispozici ve formátu PDF. Předmět je ukončen ústní zkouškou.
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2000, podzim 2001, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2008.

C7940 Bioanalytika I - Biomakromolekuly

Přírodovědecká fakulta
podzim 2006
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Jan Havliš, Dr.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Út 12:00–13:50 Kontaktujte učitele
Předpoklady
Předpokladem je základní znalost biochemie (C3181 Biochemie I, C4182 Biochemie II). Doporučenou přednáškou je C7895 Hmotnostní spektrometrie biomolekul
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 16 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět shrnuje základní vědomosti z analytických postupů při analýze biomakromolekul a suprabiomolekulárních struktur.
Osnova
  • 1) analytické postupy v bioanalytice – náročnost; high throuput, shotgun analysis, standardizace
  • afinitní metody – princip, provedení, použití (separace, interakční studie), IMAC, APAGE
  • 2) imunoanalytické metody – princip; imunoanalýza – precipitační, aglutinační, imunoeseje, metody: FIA, LIA, RIA, EIA, ELISA, IAC, IACE, SELDI…
  • 3) gelová elektroforéza – principy, provedení (1D, 2D); blotting
  • 4) genomika (analýza DNA) – základy genetiky (struktura, funkce DNA), analytické postupy: PCR, restrikční enzymy; přímá a nepřímá sekvence; metylace DNA a její analýza
  • 5) základy hmotnostní spektrometrie – principy; ionizace, hmotnostní analýza (tandemová MS, vakuová technika), detekce; hmotnostní spektrum proteomika (analýza proteinů a jejich komplexů) – základy proteomiky (struktura proteinů a proteinových komplexů);
  • expresní proteomika – metodologie, metody (2D HPLC, 2D PAGE, 2D snímkování, MS: bottom-up, top-down),
  • 6) funkční proteomika - metodologie, metody (TAP-značení, Two-Hybrid, SEAM strategie, strategie využívající iontové mobility)
  • 7) bioinformatika v MS-asistované proteomice – identifikace proteinu v organizmech se sekvenovaný a nesekvenovaným geonomem (MS BLAST, MultiTag)
  • 8) kvantitativní analýza proteinových komplexů – metoda vnitřního standardu; hmotnostní značka (ICAT, ICMT, TMT, MCAT, GIST, SILAC, SIL), absolutní kvantifikace proteinů a peptidů pomocí MS
  • 9) strukturní proteomika – metodologie (chemical cross-linking), metody (FTICR MS)
  • 10) lipidomika (analýza lipidů a buněčných membrán) – základy lipidomiky (struktura funkce buněčných membrán a jejich složek), analytické postupy: extrakce lipidů, TLC, GC, LC, SFC, GPC, MS (PIS, HGS, FAS), MS analýza, shot-gun analýza
Metody hodnocení
Přednáška je založena na prezentaci, která bude k dispozici ve formátu PDF. Předmět je ukončen ústní zkouškou.
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2000, podzim 2001, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2007, podzim 2008.

C7940 Bioanalytika I - Biomakromolekuly

Přírodovědecká fakulta
podzim 2005
Rozsah
2/0/0. 2 kr. Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Jan Havliš, Dr.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Pá 8:00–9:50 Kontaktujte učitele
Předpoklady
Předpokladem je základní znalost biochemie (C3181 Biochemie I, C4182 Biochemie II). Doporučenou přednáškou je C7895 Hmotnostní spektrometrie biomolekul
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 14 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět shrnuje základní vědomosti z analytických postupů při analýze biomakromolekul a suprabiomolekulárních struktur.
Osnova
  • - analytické postupy v bioanalytice náročnost; high throuput, shotgun analysis, standardizace; afinitní metody princip, provedení, použití (separace, interakční studie), IMAC, APAGE
  • - imunoanalytické metody princip; imunoanalýza precipitační, aglutinační, imunoeseje, metody: FIA, LIA, RIA, EIA, ELISA, IAC, IACE, SELDI
  • - gelová elektroforéza principy, provedení (1D, 2D); blotting
  • - genomika (analýza DNA) základy genetiky (struktura, funkce DNA), analytické postupy: PCR, restrikční enzymy; sekvence; metylace DNA a její analýza
  • - proteomika (analýza proteinů a jejich komplexů) základy proteomiky (struktura proteinů a proteinových komplexů); expresní proteomika metodologie, metody (2D HPLC, 2D PAGE, MS: bottom-up, top-down)
  • - funkční proteomika - metodologie, metody (TAP-značení, Two-Hybrid, SEAM strategie)
  • - bioinformatika v MS-asistované proteomice identifikace proteinu v organizmech se sekvenovaný a nesekvenovaným genomem (MS BLAST, MultiTag)
  • - kvantitativní analýza proteinových komplexů metoda vnitřního standardu; hmotnostní značka (ICAT, ICMT, TMT, MCAT, GIST, SILAC, SIL), absolutní kvantifikace proteinů a peptidů pomocí MS
  • - strukturní proteomika metodologie (chemical cross-linking), metody (FTICR MS)
  • - lipidomika (analýza lipidů a buněčných membrán) základy lipidomiky (struktura funkce buň. membrán a jejich složek), analytické postupy: extrakce lipidů, TLC, GC, LC, SFC, GPC, MS (PIS, HGS, FAS)
Metody hodnocení
Přednáška je založena na prezentaci, která bude k dispozici ve formátu PDF. Předmět je ukončen ústní zkouškou.
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2000, podzim 2001, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008.

C7940 Bioanalytika I - Biomakromolekuly

Přírodovědecká fakulta
podzim 2004
Rozsah
2/0/0. 2 kr. Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Jan Havliš, Dr.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Pá 16:00–16:50 Cpm,02016
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 14 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět shrnuje pro studenty ne-biologických a ne-biochemických oborů základní vědomosti z analytických postupů při analýze biomakromolekul a supramolekulárních struktur.
Osnova
  • - Analytické postupy v bioanalytice - Afinitní metody - Imunoanalýza - Analýza DNA - Analýza proteinový komplexů - Analýza lipidů a buněčných membrán
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2000, podzim 2001, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008.

C7940 Bioanalytické metody

Přírodovědecká fakulta
podzim 2003
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Jan Havliš, Dr.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 15 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět stručně shrnuje pro studenty ne-biologických a ne-biochemických oborů základní vědomosti z analytických postupů v biologických oborech a některé nezbytné teoretické podklady.
Osnova
  • 1) Analytické postupy v biologickém výzkumu - analýzy s vysokým výkonem (automatické analyzátory, vícekanálová a vícekomponentová analýza, validace, standardizace). 2) Speciální bioanalytické metody: chiroptické metody (optická rotační disperze, cirkulární dichroizmus), afinitní metody (interakce biochemické a fyziologické povahy jako základ afinitních interakcí, metody užití afinitních interakcí - imunoanalytické metody, afinitní chromatografie, afinitní elektroforéza, kvalitativní a kvantitativní charakterizace afinitní interakce), blotting. 3) Základy imunochemie - imunitní systém: antigen, protilátka. 4) Imunoanlýza, v roztocích, v gelech, kombinované metody. 5) Základy molekulární biologie a genetiky - báze, nukleosid, nukleotid, gen, genom, transkripce, translace, struktura a fce RNA a DNA. 6) Supramolekulární analytika, molekulární cytogenetika - DNA diagnostika, DNA diagnostika - PCR a následné metody (ACRS, PCR-ASO, DGGE, SSCP a CMC).
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2000, podzim 2001, podzim 2002, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008.

C7940 Bioanalytické metody

Přírodovědecká fakulta
podzim 2002
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Jan Havliš, Dr.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 15 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět stručně shrnuje pro studenty ne-biologických a ne-biochemických oborů základní vědomosti z analytických postupů v biologických oborech a některé nezbytné teoretické podklady.
Osnova
  • 1) Analytické postupy klinické chemie a biochemie - rutinní analýzy (automatické analyzátory, vícekanálová a vícekomponentová analýza, validace, standardizace), chiroptické metody (optická rotační disperze, cirkulární dichroizmus), afinitní metody (interakce biochemické a fyziologické povahy jako základ afinitních interakcí, metody užití afinitních interakcí - imunoanalytické metody, afinitní chromatografie, afinitní elektroforéza, kvalitativní a kvantitativní charakterizace afinitní interakce), blotting. 2) Základy imunochemie - imunitní systém: antigen, protilátka. 3) Imunoanlýza, v roztocích, v gelech, kombinované metody. 4) Základy molekulární biologie a genetiky - báze, nukleosid, nukleotid, gen, genom, transkripce, translace, struktura a fce RNA a DNA. 5) Supramolekulární analytika, molekulární cytogenetika - DNA diagnostika, DNA diagnostika - PCR a následné metody (ACRS, PCR-ASO, DGGE, SSCP a CMC).
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2000, podzim 2001, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008.

C7940 Bioanalytické metody

Přírodovědecká fakulta
podzim 2001
Rozsah
1/0/0. 2 kr. Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Jan Havliš, Dr.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 15 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět stručně shrnuje pro studenty ne-biologických a ne-biochemických oborů základní vědomosti z analytických postupů v biologických oborech a některé nezbytné teoretické podklady.
Osnova
  • 1) Analytické postupy klinické chemie a biochemie - rutinní analýzy (automatické analyzátory, vícekanálová a vícekomponentová analýza, validace, standardizace), chiroptické metody (optická rotační disperze, cirkulární dichroizmus), afinitní metody (interakce biochemické a fyziologické povahy jako základ afinitních interakcí, metody užití afinitních interakcí - imunoanalytické metody, afinitní chromatografie, afinitní elektroforéza, kvalitativní a kvantitativní charakterizace afinitní interakce), blotting. 2) Základy imunochemie - imunitní systém: antigen, protilátka. 3) Imunoanlýza, v roztocích, v gelech, kombinované metody. 4) Základy molekulární biologie a genetiky - báze, nukleosid, nukleotid, gen, genom, transkripce, translace, struktura a fce RNA a DNA. 5) Supramolekulární analytika, molekulární cytogenetika - DNA diagnostika, DNA diagnostika - PCR a následné metody (ACRS, PCR-ASO, DGGE, SSCP a CMC).
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2000, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008.

C7940 Bioanalytické metody

Přírodovědecká fakulta
podzim 2000
Rozsah
1/0/0. 2 kr. Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Jan Havliš, Dr.
Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 15 mateřských oborů, zobrazit
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2001, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008.

C7940 Bioanalytika I - Biomakromolekuly

Přírodovědecká fakulta
podzim 2007 - akreditace
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Jan Havliš, Dr.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
Předpokladem je základní znalost biochemie (C3181 Biochemie I, C4182 Biochemie II). Doporučenou přednáškou je C7895 Hmotnostní spektrometrie biomolekul
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 16 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět shrnuje základní vědomosti z analytických postupů při analýze biomakromolekul a suprabiomolekulárních struktur.
Osnova
  • 1) analytické postupy v bioanalytice – náročnost; high throuput, shotgun analysis, standardizace
  • afinitní metody – princip, provedení, použití (separace, interakční studie), IMAC, APAGE
  • 2) imunoanalytické metody – princip; imunoanalýza – precipitační, aglutinační, imunoeseje, metody: FIA, LIA, RIA, EIA, ELISA, IAC, IACE, SELDI…
  • 3) gelová elektroforéza – principy, provedení (1D, 2D); blotting
  • 4) genomika (analýza DNA) – základy genetiky (struktura, funkce DNA), analytické postupy: PCR, restrikční enzymy; přímá a nepřímá sekvence; metylace DNA a její analýza
  • 5) základy hmotnostní spektrometrie – principy; ionizace, hmotnostní analýza (tandemová MS, vakuová technika), detekce; hmotnostní spektrum proteomika (analýza proteinů a jejich komplexů) – základy proteomiky (struktura proteinů a proteinových komplexů);
  • expresní proteomika – metodologie, metody (2D HPLC, 2D PAGE, 2D snímkování, MS: bottom-up, top-down),
  • 6) funkční proteomika - metodologie, metody (TAP-značení, Two-Hybrid, SEAM strategie, strategie využívající iontové mobility)
  • 7) bioinformatika v MS-asistované proteomice – identifikace proteinu v organizmech se sekvenovaný a nesekvenovaným geonomem (MS BLAST, MultiTag)
  • 8) kvantitativní analýza proteinových komplexů – metoda vnitřního standardu; hmotnostní značka (ICAT, ICMT, TMT, MCAT, GIST, SILAC, SIL), absolutní kvantifikace proteinů a peptidů pomocí MS
  • 9) strukturní proteomika – metodologie (chemical cross-linking), metody (FTICR MS)
  • 10) lipidomika (analýza lipidů a buněčných membrán) – základy lipidomiky (struktura funkce buněčných membrán a jejich složek), analytické postupy: extrakce lipidů, TLC, GC, LC, SFC, GPC, MS (PIS, HGS, FAS), MS analýza, shot-gun analýza
Metody hodnocení
Přednáška je založena na prezentaci, která bude k dispozici ve formátu PDF. Předmět je ukončen ústní zkouškou.
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2000, podzim 2001, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008.