PřF:C8855 Computat. Chem. and Molec.II - Course Information
C8855 Computational Chemistry and Molecular Modeling II
Faculty of ScienceSpring 2004
- Extent and Intensity
- 1/0/0. 1 credit(s) (fasci plus compl plus > 4). Recommended Type of Completion: k (colloquium). Other types of completion: zk (examination).
- Teacher(s)
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (lecturer)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (seminar tutor) - Guaranteed by
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Chemistry Section – Faculty of Science
Contact Person: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. - Prerequisites
- Basic level of general and physical chemistry. A basic knowledge in quantum chemistry is an advantage. It is strongly suggested that the student went through the course C7790/C7800. It is likely that the course is mainly for PhD students.
- Course Enrolment Limitations
- The course is also offered to the students of the fields other than those the course is directly associated with.
The capacity limit for the course is 10 student(s).
Current registration and enrolment status: enrolled: 0/10, only registered: 0/10, only registered with preference (fields directly associated with the programme): 0/10 - fields of study / plans the course is directly associated with
- Analytical Chemistry (programme PřF, D-CH) (2)
- Analytical Chemistry (programme PřF, M-CH)
- Inorganic Chemistry (programme PřF, D-CH) (2)
- Inorganic Chemistry (programme PřF, M-CH)
- Biochemistry (programme PřF, M-CH)
- Physical Chemistry (programme PřF, D-CH) (2)
- Physical Chemistry (programme PřF, M-CH)
- Macromolecular Chemistry (programme PřF, D-CH) (2)
- Chemistry (programme PřF, M-CH)
- Environmental Chemistry (programme PřF, D-CH) (2)
- Environmental Chemistry (programme PřF, M-CH)
- Macromolecular Chemistry (programme PřF, M-CH)
- Organic Chemistry (programme PřF, D-CH) (2)
- Organic Chemistry (programme PřF, M-CH)
- Organic Chemistry (programme PřF, N-CH)
- Course objectives (in Czech)
- Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. Student získá přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. V neposlední řadě se student seznámí s různými způsoby, jak do výpočtu zahrnout solvent. V závěru se studenti seznámí s některým uživatelsky příjemným programovým balíkem pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.
- Syllabus (in Czech)
- 1. Hyperplochy potenciální energie (PES). Význam a charakteristika stacionárních bodů. Základní algoritmy pro jejich vyhledávání. 2. Simulace chování molekulárního systému. Molekulová dynamika a metody Monte Carlo. 3. Konformační změny a jejich počítačové studium. Řešení problému mnohonásobných minim v konformační analýze. Energetické bariery konformačních interkonverzí. 4. Úvod do počítačového studia supramolekul , molekulárních komplexů a biomolekul. Dokování molekul. Design nových molekul. 5. Modelování solventu. 6. Modelování chemických reakcí. 7. Programové systémy Insight II, AMBER, DISCOVER, Oxford Molecular, WHATIF, AUTODOCK.
- Literature
- Lipkowitz, K B - Boyd, D B. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York : VCH Publishers, 1998.
- JENSEN, Frank. Introduction to Computational Chemistry. New York: J. Wiley & Sons Ltd., 1999. info
- HEHRE, Warren J., Alan J. SHUSTERMAN and W. Wayne HUANG. A laboratory book of computational organic chemistry. Irvine, Calif.: Wavefunction, 1996, xiv, 291 s. ISBN 0-9643495-5-8. info
- FORESMAN, J B and A FRISCH. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. Pittsburgh: Gaussian, Inc., 1996. info
- Assessment methods (in Czech)
- Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Ty jsou přednášeny samotnými frekventanty kursu na základě předběžné domluvy s vyučujícím. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt, který má ve většině případů úzký vztah k odbornému zaměření studenta.
- Language of instruction
- Czech
- Further Comments
- The course can also be completed outside the examination period.
The course is taught annually.
The course is taught: every week.
- Enrolment Statistics (Spring 2004, recent)
- Permalink: https://is.muni.cz/course/sci/spring2004/C8855