Bi8360 Molekulární diagnostika mikroorganismů

Přírodovědecká fakulta
jaro 2023
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučující
prof. RNDr. Jiří Doškař, CSc. (přednášející)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tibor Botka, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Lenka Kosečková Micenková, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jiří Doškař, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Jiří Doškař, CSc.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 13:00–14:50 E25/209
Předpoklady
( Bi4020 Molekulární biologie || Bi4010 Základy molekulární biologie ) && ( Bi2050 Základy obecné mikrobiologie || Bi2060 Základy mikrobiologie || Bi4090 Obecná mikrobiologie )
Základní znalost o struktuře a funkci nukleových kyselin a proteinů.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.
Mateřské obory/plány
předmět má 8 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Kurz je zaměřen na výklad základních metod běžně používaných pro molekulární diagnostiku mikroorganismů. Je určen všem studentům biologie, kteří budou v pracovat v laboratořích základního nebo aplikovaného výzkumu. Důraz je kladen na pochopení principů molekulárně diagnostických metod a způsobů jejich praktického využití.
Výstupy z učení
Po absolvování kurzu by měli studenti znát principy metod a získat tak schopnost provádět kvalifikovaná rozhodnutí o tom, jaké metodické přístupy zvolit pro identifikaci a typizaci mikroorganismů na molekulární úrovni.
Osnova
  • 1. Struktura genomu jednotlivých skupin mikroorganismů (bakterie, viry, houby). Typy polymorfizmů v genomech. 2. Metodické přístupy pro molekulární epidemiologii a taxonomii mikroorganismů. Přímé a nepřímé diagnostické metody. 3. Identifikace bakterií v klinické mikrobiologii. Využití 16S rRNA a ortologních genů. Chemotaxonomické metody. Metody využívající MALDI-MS. 4. Laboratorní metody pro typizaci patogenů- molekulární techniky bez amplifikace DNA. Genomové typizační techniky. Pulzní gelová elektroforéza. Analýza mobilních genetických elementů. 5. Laboratorní metody pro typizaci patogenů- typizace založená na PCR. PCR-typizační techniky založené na náhodných sekvencích, heterogenitě mezi restrikčními místy, roztroušených repetitivních elementech a variabilitě tandemových repeticí. 6. Přímé metody pro typizaci kmenů. Jednolokusová a multilokusová sekvenční typizace. 7. Analýza podobnosti a příbuznosti v molekulární epidemiologii. Metody klasifikace a shlukové analýzy. Analýza rozlišovací schopnosti a reprodukovatelnosti. Počítačová analýza příbuznosti patogenních mikroorganismů. 8. Diagnostické aplikace pro detekci a charakterizaci významných bakteriálních patogenů (Escherichia coli, Streptococcus pneumoniae, Helicobacter pylori, Staphylococcus aureus) a houbových patogenů. 9. Molekulární epidemiologie infekcí spojených s nemocniční péčí. Gram-negativní bakteriální infekce. Gram-pozitivní bakteriální infekce. 10. Molekulární přístupy pro analýzu antibiotické rezistence. 11. Metodické přístupy pro molekulární epidemiologii a taxonomii nejvýznamnějších virů (DNA-virů bakterií, herpesvirů, adenovirů, RNA-virů, Levivirů, Lentivirů). 12. Diagnostika a genotypizační metody analýzy genomu DNA a RNA virů (RFLP, SSCP,PCR-RFLP analýza, sekvencování genomu, metody HMA a HTA). Molekulární analýza segmentovaných genomů RNA virů. 13. Genetika hostitele a farmakogenomika. Aplikace technologie microarrays. 14. Laboratorní standardizace, správná laboratorní práce, standardy pro kvalitu kontroly a monitorování. Vybavení molekulárně mikrobiologické laboratoře.
Literatura
    doporučená literatura
  • Molecular microbiology : diagnostic principles and practice. Edited by David H. Persing. 2nd ed. Washington, DC: ASM Press, 2011, xvi, 936. ISBN 9781555814977. info
  • PCR Protocols for Emerging Infectious Diseases :a supplement to Diagnostic molecular microbiology : principles and applications. Edited by David H. Persing. Washington: ASM Press, 1996, xii, 180 s. ISBN 1-55581-108-6. info
  • PERSING, D.H., T.F. SMITH, F.C. TENOVER a T.J. WHITE. Diagnostic molecular microbiology. Washington, D.C.: ASM Press, 1993, 642 s. ISBN 1-55581-056-X. info
Výukové metody
Výuka probíhá týdně formou přednášek (teoretická příprava).
Metody hodnocení
Zkouška se provádí formou písemného testu. Na bodovém zisku je založena klasifikace. Podmínkou složení zkoušky je alespoň 50% správných odpovědí.
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět se doporučuje zapsat v 2. nebo 4. semestru.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2024, jaro 2025.