Bi6400c Metody molekulární biologie - cvičení

Přírodovědecká fakulta
jaro 2024
Rozsah
0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.
Vyučující
doc. Mgr. Petr Beneš, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Jarmila Navrátilová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Lucia Knopfová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Jiří Kohoutek, Ph.D. (cvičící)
Garance
doc. Mgr. Petr Beneš, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. Petr Beneš, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh seminárních/paralelních skupin
Bi6400c/01: Po 19. 2. až Ne 26. 5. Čt 7:00–12:50 D36/216, J. Navrátilová
Bi6400c/02: Po 19. 2. až Ne 26. 5. Pá 8:00–13:50 D36/216, P. Beneš
Bi6400c/03: Rozvrh nebyl do ISu vložen. P. Beneš
Bi6400c/04: Rozvrh nebyl do ISu vložen. L. Knopfová
Bi6400c/05: Rozvrh nebyl do ISu vložen. J. Kohoutek
Předpoklady
( Ex_3065 Molekulární biologie || Imp_9115 Molekulární biologie || B3120 Molekulární biologie || B4030 Molekulární biologie || B5740 Molekulární biologie || B6130 Molekulární biologie || B7940 Molekulární biologie || B4020 Molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie || Bi4035 Molekulární biologie - lab.cv. ) && NOW( Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ! B6405 Metody molek. biologie - cvič.
Kurz vyžaduje základní znalost práce na PC, znalost základů molekulární biologie a bioinformatiky, a základní praktické návyky z oblasti mikrobiologie, biochemie a molekulární biologie, jako např. práce s automatickými pipetami, přípravu roztoků a kultivačních půd, sterilní manipulace s tekutinami, centrifugace, základy práce s bakteriálními kulturami, atd.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Cílem tohoto předmětu je příprava a realizace projektu umlčení exprese cílového genu pomocí metod CRISPR/Cas9 a shRNA.
Výstupy z učení
Po absolvování tohoto kurzu budou studenti schopni vyhledávat cílové sekvence pro metody CRISPR/Cas9 a siRNA pomocí veřejně dostupných bioinformatických nástrojů, vytvářet a purifikovat rekombinantní CRISPR/Cas9 a siRNA vektory a přenášet je do savčích buněk, provádět mutační analýzu cílového genu a posoudit genovou expresi. Tuto znalost budou následně studenti schopni použít pro přípravu a realizaci projektu analyzujícím význam vybraných genů v různých biologických procesech.
Osnova
  • 1. Úvodní přednáška – editace genomu, CRISPR/Cas9, RNA interference, bioinformatické nástroje – vyhledání sekvence genu, porovnání sekvencí, návrh cílových sekvencí CRISPR/Cas9 a shRNA, vyhledání otevřeného čtecího rámce. 2. Příprava individuálních písemných protokolů studenty s cílem navrhnout vektory CRISPR/Cas9 and shRNA vectors pro vybraný gen. 3. Posouzení protokolů učitelem. 4. Realizace těchto protokolů experimentálně v laboratoři – příprava a purifikace rekombinantních CRISPR/Cas9 a shRNA vektorů, transfekce savčích buněk, sklizení buněk a příprava buněčných lyzátů, stanovení koncentrace proteinů, SDA-PAGE a imunobloting, izolace genomové DNA, polymerázová řetězová reakce, sekvenování DNA 5. Analýza mutačního stavu genu zájmu,finalizace protokolů.
Literatura
  • YAMAMOTO, T. Targeted Genome Editing Using Site-Specific Nucleases, ZFNs, TALENs, and the CRISPR/Cas9 system. 2015. Springer. 205 pp. ISBN 978-4-431-55226-0.
  • MOULDY, S. RNA Interference Challenges and Therapeutic Opportunities. 2015. New York : Humana Press : Springer. ISBN: 978-1-4939-1537-8.
  • GREEN, Michael R. a Joseph SAMBROOK. Molecular cloning : a laboratory manual. 4th ed. New York [N.Y.]: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2012, xxxiii, s. ISBN 9781936113422. info
Výukové metody
Úvodní teoretická přednáška, příprava projektů studenty a jejich následná realizace v laboratorním cvičení, diskuse se studenty.
Metody hodnocení
Zápočet se udílí za přípravu projektu, účast v praktické výuce, analýzu a zpracování získaných dat.
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2025.