PřF:Bi7050 Charakterizace proteinů MS - Informace o předmětu
Bi7050 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií
Přírodovědecká fakultapodzim 2007 - akreditace
- Rozsah
- 1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.
- Vyučující
- prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
prof. RNDr. Šárka Pospíšilová, Ph.D. (přednášející) - Garance
- prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. - Předpoklady
- Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- Biofyzika (program PřF, D-FY)
- Biofyzika (program PřF, M-FY)
- Biofyzika (program PřF, N-FY)
- Biochemie (program PřF, B-BCH)
- Biochemie (program PřF, B-CH)
- Biochemie (program PřF, D-BCH)
- Biochemie (program PřF, M-CH)
- Biochemie (program PřF, N-BCH)
- Biochemie (program PřF, N-BCH3)
- Biochemie (program PřF, N-CH)
- Biomolekulární chemie (program PřF, D-BCH)
- Buněčná a molekulární diagnostika (program PřF, B-BI)
- Fyziologie živočichů (program PřF, D-BI)
- Genetika (program PřF, D-BI)
- Hydrobiologie (program PřF, D-BI)
- Imunologie (program PřF, D-BI)
- Mikrobiologie (program PřF, D-BI)
- Molekulární a buněčná biologie (program PřF, D-BI)
- Molekulární biologie a genetika (program PřF, B-BI)
- Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)
- Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-BI)
- Obecná biologie (program PřF, B-BI)
- Obecná biologie (program PřF, M-BI)
- Obecná biologie (program PřF, N-BI)
- Parazitologie (program PřF, D-BI)
- Zoologie (program PřF, D-BI)
- Cíle předmětu
- Přednáška podává studentům, především biologických oborů, stručný úvod do metod využívajících hmotnostní spektrometrii k identifikaci proteinů a jejich modifikací včetně vybraných alternativních technik a praktických příkladů.
- Osnova
- 1. Hmotnostní spektrometrie Princip metody, vymezení možností metody, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy). 2. Příprava vzorku (RNDr. Hana Konečná) Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu). 3. Základní metody identifikace proteinů Peptide mapping, MS/MS ion search, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sequencing), výhody a limitace jednotlivých metod, základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), podobnost proteinů. 4. Kvantifikace Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, specifické značky typu iTRAQ). 5. Určování modifikací proteinů Přehled druhů modifikací (post-translační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Fosfoproteiny příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace. Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza sacharidových residuí. 6. Proteinové čipy (RNDr. Šárka Pospíšilová, PhD) Druhy proteinových čipů, jejich příprava, detekce a kvantifikace proteinů vazaných na čipech. 7. Proteomické aplikace Hmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, protein profiling), praktické příklady řešené na půdě PřF.
- Další komentáře
- Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
- Statistika zápisu (podzim 2007 - akreditace, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2007-akreditace/Bi7050