C7940 Bioanalytika I - Biomakromolekuly

Přírodovědecká fakulta
podzim 2007
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Jan Havliš, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 12:00–13:50 AK1
Předpoklady
Předpokladem je základní znalost biochemie (C3181 Biochemie I, C4182 Biochemie II). Doporučenou přednáškou je C7895 Hmotnostní spektrometrie biomolekul
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 16 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Předmět shrnuje základní vědomosti z analytických postupů při analýze biomakromolekul a suprabiomolekulárních struktur.
Osnova
  • 1) analytické postupy v bioanalytice – náročnost; high throuput, shotgun analysis, standardizace
  • afinitní metody – princip, provedení, použití (separace, interakční studie), IMAC, APAGE
  • 2) imunoanalytické metody – princip; imunoanalýza – precipitační, aglutinační, imunoeseje, metody: FIA, LIA, RIA, EIA, ELISA, IAC, IACE, SELDI…
  • 3) gelová elektroforéza – principy, provedení (1D, 2D); blotting
  • 4) genomika (analýza DNA) – základy genetiky (struktura, funkce DNA), analytické postupy: PCR, restrikční enzymy; přímá a nepřímá sekvence; metylace DNA a její analýza
  • 5) základy hmotnostní spektrometrie – principy; ionizace, hmotnostní analýza (tandemová MS, vakuová technika), detekce; hmotnostní spektrum proteomika (analýza proteinů a jejich komplexů) – základy proteomiky (struktura proteinů a proteinových komplexů);
  • expresní proteomika – metodologie, metody (2D HPLC, 2D PAGE, 2D snímkování, MS: bottom-up, top-down),
  • 6) funkční proteomika - metodologie, metody (TAP-značení, Two-Hybrid, SEAM strategie, strategie využívající iontové mobility)
  • 7) bioinformatika v MS-asistované proteomice – identifikace proteinu v organizmech se sekvenovaný a nesekvenovaným geonomem (MS BLAST, MultiTag)
  • 8) kvantitativní analýza proteinových komplexů – metoda vnitřního standardu; hmotnostní značka (ICAT, ICMT, TMT, MCAT, GIST, SILAC, SIL), absolutní kvantifikace proteinů a peptidů pomocí MS
  • 9) strukturní proteomika – metodologie (chemical cross-linking), metody (FTICR MS)
  • 10) lipidomika (analýza lipidů a buněčných membrán) – základy lipidomiky (struktura funkce buněčných membrán a jejich složek), analytické postupy: extrakce lipidů, TLC, GC, LC, SFC, GPC, MS (PIS, HGS, FAS), MS analýza, shot-gun analýza
Metody hodnocení
Přednáška je založena na prezentaci, která bude k dispozici ve formátu PDF. Předmět je ukončen ústní zkouškou.
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2000, podzim 2001, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2008.