PřF:C7790 Počítač.chemie a MM I - Informace o předmětu

C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování I

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 11:00–11:50 C04/211

Předpoklady

Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 30 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/30, pouze zareg.: 0/30, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/30

Mateřské obory/plány

• Analytická chemie (program PřF, D-CH) (2)
• Analytická chemie (program PřF, M-CH)
• Anorganická chemie (program PřF, D-CH) (2)
• Anorganická chemie (program PřF, M-CH)
• Biochemie (program PřF, M-CH)
• Fyzikální chemie (program PřF, D-CH) (2)
• Fyzikální chemie (program PřF, M-CH)
• Chemie makromolekulárních látek (program PřF, D-CH) (2)
• Chemie odborná (program PřF, M-CH)
• Chemie životního prostředí (program PřF, D-CH) (2)
• Chemie životního prostředí (program PřF, M-CH)
• Makromolekulární chemie (program PřF, M-CH)
• Organická chemie (program PřF, D-CH) (2)
• Organická chemie (program PřF, M-CH)
• Organická chemie (program PřF, N-CH)

Cíle předmětu

Kurs je zaměřen na získání základních znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. Student získá přehled o reprezentaci molekul v počítači a o tom, jaké údaje zadat počítačovým programům, aby výsledky modelování byly realistické. V závěru se studenti seznámí s některým uživatelsky příjemným programovým balíkem pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.

Osnova

• 1. Popis geometrie pomocí kartézských a interních souřadnic. 2. Molekulová mechanika, základní typy interakcí a jejich funkční vyjádření. 3. Přehled metod kvantové chemie. 4. Molekulová dynamika, základní vztahy. 5. Pojem hyperplocha potenciální energie (PES). Stacionární body na PES. 6. Minimimalizace energie, relaxace, fixace, driving. 7. Programy SPARTAN, HYPERCHEM. Základní funkce. Metodika studia konformačního chování. Výpočty struktury a energie.

Literatura

• REMKO, M. Molekulové modelovanie. Princípy a aplikácie. Bratislava: Slovak Academic Press, 2000. info
• JENSEN, Frank. Introduction to Computational Chemistry. New York: J. Wiley & Sons Ltd., 1999. info
• LIPKOWITZ, K B a D B BOYD. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York: VCH Publishers, 1998. info
• HEHRE, Warren J., Alan J. SHUSTERMAN a W. Wayne HUANG. A laboratory book of computational organic chemistry. Irvine, Calif.: Wavefunction, 1996, xiv, 291 s. ISBN 0-9643495-5-8. info
• FORESMAN, J B a A FRISCH. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. Pittsburgh: Gaussian, Inc., 1996. info

Metody hodnocení

Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt.

Informace učitele

http://www.chemi.muni.cz/~jkoca/#TEACHING MATERIAL
Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt.

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C7800 Úvod do molekulového modelování - cvičení
  NOW(C7790)  
• C9926 Problémy molekulových simulací
  C7790  

• Statistika zápisu (podzim 2008, nejnovější)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2008/C7790