Bi9020c Evoluční a srovnávací cytogenetika rostlin - cvičení

Přírodovědecká fakulta
podzim 2010 - akreditace
Rozsah
0/2. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: z.
Vyučující
prof. Mgr. Martin Lysák, Ph.D., DSc. (cvičící)
RNDr. Terezie Malík Mandáková, Ph.D. (cvičící)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Martin Lysák, Ph.D., DSc.
Předpoklady
Základy cytogenetiky a molekulární nebo buněčné biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/20, pouze zareg.: 0/20
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Během cvičení se studenti seznámí s klasickými i nejmodernějšími metodami cytogenetiky rostlin. Každé praktické úloze předchází krátký teoretický úvod. Mezi nejdůležitější demonstrované techniky patří: fluorescence in situ hybridizace (FISH), FISH na DNA vláknech, genomická in situ hybridizace (GISH), značení DNA modifikovanými nukleotidy, srovnávací malování chromosomů (comparative chromosome painting), meiotické chromosomy v cytogenetice, immunololakalizace modifikovaných histonů, fluorescenční mikroskopie. Praktické cvičení navazuje na prednáškový kurs Bi9020 Evoluční a srovnávací cytogenetika rostlin. Na konci praktického cvičení by si studenti měli osvojit základní techniky moderní molekulární cytogenetiky rostlin.
Osnova
  • Den 1
  • - přímé a nepřímé značení DNA sond a jejich kontrola na agarosovém gelu (amplifikace a značení centromerické tandémové repetice A. thaliana pAL pomocí PCR; značení rDNA repetic a chromosomově-specifických BAC klonů A. thaliana pomocí nick translace; značení genomové DNA pomocí nick translace)
  • - příprava mikroskopických preparátů z kořenových meristémů (hybridní rostliny Festuca x Lolium: mitotické chromosomy) a prašníků (A. thaliana: meiotické chromosomy)
  • - analýza připravených preparátů pomocí fluorescenčního mikroskopu (výběr vhodných preparátů pro Den 2)
  • Den 2
  • - fluorescenční in situ hybridizace (FISH, chromosome painting)/genomická in situ hybridizace (GISH), část I (příprava mikroskopických preparátů pro FISH, příprava hybridizačních sond, hybridizace)
  • - teoretické a praktické principy fluorescenční mikroskopie, práce s fluorescenčním mikroskopem a příslušným softwarem
  • - studium meiosy (stádia meiosy analyzována na připravených preparátech pomocí fluorescenčního mikroskopu, digitálně fotografická dokumentace)
  • Den 3
  • - FISH, chromosome painting/GISH, část II (detekce nepřímo značených DNA sond)
  • - analýza preparátů pomocí fluorescenčního mikroskopu, digitálně fotografická dokumentace (lokalizace tandémových repetic na chromosomech a v jádrech A. thaliana, chromosome painting: lokalizace BAC klonů A. thaliana na pachytenních chromosomech a v interfásních jádrech – chromosome territories; vyhodnocení výsledků GISH – demonstrace inter-genomových translokací).
  • - zpracování fotografických výstupů
  • Den 4
  • - příprava natažených DNA vláken (A. thaliana) a FISH na natažených DNA vláknech, část I (přímo značené BAC klony připravené v rámci Dne 1)
  • - analýza výsledků pomocí fluorescenčního mikroskopu
  • - zpracování fotografických výstupů
  • Den 5
  • - FISH na natažených DNA vláknech, část II
  • - analýza výsledků pomocí fluorescenčního mikroskopu
  • - zpracování fotografických výstupů
  • - závěr a shrnutí
Literatura
  • SCHWARZACHER, T. a HESLOP-HARRISON. Practical in situ hybridization. Bios, 2000. info
Výukové metody
krátká teoretická příprava, laboratorní cvičení
Metody hodnocení
preparáty, protokoly, písemný test
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Poznámka k četnosti výuky: blok 5 dni.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace.