PřF:Bi7050 Charakterizace proteinů MS - Informace o předmětu

Bi7050 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
prof. RNDr. Šárka Pospíšilová, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

každý sudý pátek 8:00–9:50 C02/211

Předpoklady

Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Biofyzika (program PřF, D-FY)
• Biofyzika (program PřF, M-FY)
• Biofyzika (program PřF, N-FY)
• Biochemie (program PřF, B-BCH)
• Biochemie (program PřF, B-CH)
• Biochemie (program PřF, D-BCH)
• Biochemie (program PřF, M-CH)
• Biochemie (program PřF, N-BCH)
• Biochemie (program PřF, N-BCH3)
• Biochemie (program PřF, N-CH)
• Biomolekulární chemie (program PřF, D-BCH)
• Buněčná a molekulární diagnostika (program PřF, B-BI)
• Fyziologie živočichů (program PřF, D-BI)
• Genetika (program PřF, D-BI)
• Hydrobiologie (program PřF, D-BI)
• Imunologie (program PřF, D-BI)
• Mikrobiologie (program PřF, D-BI)
• Molekulární a buněčná biologie (program PřF, D-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, B-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, B-EXB)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, M-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-EXB)
• Obecná biologie (program PřF, B-BI)
• Obecná biologie (program PřF, M-BI)
• Obecná biologie (program PřF, N-BI)
• Parazitologie (program PřF, D-BI)
• Speciální biologie (program PřF, B-EXB)
• Speciální biologie (program PřF, N-EXB)
• Zoologie (program PřF, D-BI)

Cíle předmětu

Na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit základní principy hmotnostní spektrometrie popsat instrumentaci běžně používanou v proteomice porozumět základům interpretace MS a MS/MS dat vysvětlit principy identifikace proteinů a jejich posttranslacnich modifikací pomocí hmotnostní spektrometrie vysvětlit metody kvantifikace pomocí MS popsat současné možnosti hmotnostní spektrometrie v proteomice navrhnout použití vhodné MS techniky pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů

Osnova

• 1. Hmotnostní spektrometrie
• Princip metody, vymezení možností metody, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy).
• 2. Příprava a separace vzorku (RNDr. Hana Konečná)
• Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu).
• 3. Základní metody identifikace proteinů
• Peptide mapping, MS/MS ion search, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sequencing), výhody a limitace jednotlivých metod, základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), podobnost proteinů.
• 4. Kvantifikace
• Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, specifické značky typu iTRAQ).
• 5. Určování modifikací proteinů
• Přehled druhů modifikací (post-translační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Fosfoproteiny příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace. Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza glykanů
• 6. Proteinové čipy (RNDr. Šárka Pospíšilová, PhD)
• Druhy proteinových čipů, jejich příprava, detekce a kvantifikace proteinů vazaných na čipech.
• 7. Proteomické aplikace
• Hmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, protein profiling), praktické příklady řešené v naší Centrální laboratoři.

Literatura

• Proteome research : mass spectrometry. Edited by Peter James. Berlin: Springer-Verlag, 2001, xxi, 274 s. ISBN 3-540-67255-9-. info

Výukové metody

přednáška, diskuze

Metody hodnocení

kolokvium nebo ústní zkouška

Informace učitele

lecture is given biweekly (in 2-hour units)
study materials are available in IS

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

• Statistika zápisu (nejnovější)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2012/Bi7050