PřF:C7301 Genomika - cvičení - Informace o předmětu
C7301 Základy genomiky - cvičení
Přírodovědecká fakultapodzim 2013
- Rozsah
- 0/3/0. 3 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: z.
- Vyučující
- doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (cvičící)
Ing. Šárka Michlíčková (cvičící)
Mgr. Markéta Pernisová, Ph.D. (cvičící)
RNDr. Hana Konečná (cvičící)
Mgr. Tereza Dobisová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Vojtěch Didi, Ph.D. (cvičící)
Ing. Vendula Hrdinová (cvičící)
Mgr. Markéta Žďárská, Ph.D. (cvičící) - Garance
- prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Rozvrh seminárních/paralelních skupin
- C7301/Beh_01: Rozvrh nebyl do ISu vložen.
C7301/Beh_02: Rozvrh nebyl do ISu vložen. - Předpoklady
- NOW( Bi7201 Genomika ) || NOW( CG020 Genomika )
Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie a genetiky. - Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 36 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/36, pouze zareg.: 0/36, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/36
Jiné omezení: pro zápis do cvičení je nutné absolvování teoretické přednášky Bi7201 - Mateřské obory/plány
- Biofyzika (program PřF, N-FY)
- Biochemie (program PřF, N-BCH)
- Genomika a proteomika (program PřF, N-BCH)
- Chemie životního prostředí (program PřF, N-CH)
- Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-EXB)
- Speciální biologie (program PřF, N-EXB)
- Cíle předmětu
- Studenti získají praktické zkušenosti se základními metodami funkční genomiky, t.j. především metody identifikace inzerčních mutantů pomocí PCR: Od navržení primeru, jejich přípravy pomocí syntézy DNA, provedení vlastní PCR reakce, identifikace PCR produktů na gelu a potvrzení specificitry produktů pomocí Southern blot a hybridizace se značenou sondou až po fragmentační analýzu na automatickém sekvenátoru. Práce probíhá ve skupinách po 2 a každý si tak může prakticky vyzkoušet samostatný přístup jak k plánování experimentu, tak i jeho provedení. Na konci tohoto kurzu získají studenti přehled o základních přístupech funkční genomiky, které budou schopni využít při řešení problémů vlastní odborné praxe.
- Osnova
- Design sekvence oligonukleotidů
- Syntéza oligonukleotidů
- Analýza genové exprese pomocí transkripční fůze
- Izolace rostlinné genomové DNA
- Identifikace inzerčního mutanta pomocí PCR
- Práce s databázemi molekulárně-biologických informací
- Přenos DNA na membránu, příprava značené sondy a hybridizace
- Detekce hybridizované sondy
- Fragmentační analýza
- Literatura
- Výukové metody
- Praktické řešení problémů demonstrujících využití základních nástrojů funkční genomiky.
- Metody hodnocení
- Ukončení kurzu formou kolokvia. Úspěšné zakončení je podmíněno včasným dodáním všech požadovaných protokolů a absolvováním závěrečného pohovoru.
- Navazující předměty
- Informace učitele
- Výuka předmětu "Bi7201c Základy genomiky, cvičení", proběhne v podzimním semestru 2012 blokově ve třech bězích a to až během zkouškového období (jiný termín není bohužel z důvodu vnitřníéch předpisů fakulty možný) a to v termínech 7.-11.1. 2013, 14.1.-18.1. 2013 a 21.-25.1. 2013). Na jednotlivé běhy jsem vypsal seminární skupiny, do kterých se přihlašte tak, jak vám to bude časově lépe vyhovovat. Připomínám, že NUTNOU podmínkou možnosti abslovovat cvičení je současný zápis nebo předchozí absolvování předmětu CG020 Genomika nebo Bi7201 Základy genomiky (blíže viz stránky předmětu).
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
- Statistika zápisu (podzim 2013, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2013/C7301