Bi5596 Moderní metody v ekotoxikologii

Přírodovědecká fakulta
podzim 2015
Rozsah
0/2/0. 3 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. RNDr. Pavel Babica, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Lucie Bláhová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Karel Brabec, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Klára Hilscherová, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Jakub Hofman, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Jiří Novák, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Soňa Smetanová, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Iva Sovadinová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Bc. Lucie Bielská, Ph.D. (cvičící)
RNDr. Mgr. Michal Bittner, Ph.D. (cvičící)
doc. RNDr. Pavel Čupr, Ph.D. (cvičící)
Garance
prof. RNDr. Luděk Bláha, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Pavel Babica, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
Kurz je primárně určen Mgr studentům specializace Ekotoxikologie (nejlépe v 1. ročníku navazujícího studia). Vhodné je absolvování minimálně základních přednášek z ekotoxikologie (Obecná ekotoxikologie, Ekotoxikologické biotesty)
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Cílem kurzu je představit studentům v přednáškách a cvičeních principy a aplikace nových moderních metod, které jsou uplatňovány v experimentální i teoretické ekotoxikologii. Kromě pochopení principů se studenti naučí interpretovat konkrétní modelové výsledky a také realizovat vybrané metody v praktických cvičeních. Studenti získají teoretické i praktické zkušenosti s metodami hodnocení a modelování expozice, molekulární a buněčné toxikologie včetně omikových metod, biomarkery, transgenní modely, higher-tier assessment, modelování účinků, toxikokinetické a toxikodynamické modely.
Osnova
  • Blok A - Metody sledování expozice
  • * Biodostupnost a měření biodostupnosti
  • * Pasivní vzorkování
  • * Pasivní dávkování
  • * Měření a modelování příjmu látek organismy
  • * Modelování expozice
  • Blok B - Metody sledování účinků
  • * Makromolekuly a jejich analýza (DNA, RNA, Proteiny)
  • * Metabolity - produkty metabolismu a patologických procesů, biomarkery
  • * Buňky (bakterie, kvasinky, eukaryotické modely), in vitro kultivace, základní hodnocení účinků látek na buněčné úrovni
  • * Eukaryotické buňky v detailu (struktura, funkce)
  • * Tkáně a organismy
  • * Populace, společenstva, ekosystém
  • Blok C - Modelování
  • * Toxikokinetika
  • * Toxikodynamika
  • * TK-TD modely
  • * Dynamic Energy Bugdet (DEBTOX) modely
  • * SSD
Literatura
    doporučená literatura
  • Metody molekulární biologie a bioinformatiky. Edited by Jana Zvárová - Ivan Mazura. 1. vyd. Praha: Karolinum, 2012, 343 s. ISBN 9788024621500. info
  • ANDĚL, Petr. Ekotoxikologie, bioindikace a biomonitoring. Vyd. 1. Liberec: Evernia, 2011, 243, [22]. ISBN 9788090378797. info
  • NEWMAN, Michael C. Fundamentals of ecotoxicology. 3rd ed. Boca Raton, Fla.: CRC Press, 2010, xxii, 541. ISBN 9781420067040. info
  • ŠMARDA, Jan, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 2. dotisk 1. vydání. Brno: Masarykova univerzita, 2010, 194 s. ISBN 978-80-210-3841-7. info
  • DEAN, John R. Bioavailability, bioaccessibility and mobility of environmental contaminants. Chichester: John Wiley & Sons, 2007, xxi, 292. ISBN 9780470025772. info
  • Basic methods in microscopy : protocols and concepts from cells : a laboratory manual. Edited by David L. Spector - Robert D. Goldman. 1st ed. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2006, ix, 382. ISBN 0879697512. info
  • ALBERTS, Bruce. Molecular biology of the cell [Alberts, 2002]. 4th ed. New York: Garland Publishing, 2002, xxxiv, 146. ISBN 0-8153-3218-2. info
  • KAISER, Jamil. Bioindicators and biomarkers of environmental pollution and risk assessment. Enfield, N.H.: Science Publishers, 2001, xviii, 204. ISBN 1578081629. info
  • BEGON, Michael, John L. HARPER a Colin R. TOWNSEND. Ecology : individuals, populations and communities [Begon, 1996]. 3rd ed. Cambridge: Blackwell Science, 1996, xii, 1068. ISBN 0-632-03801-2. info
  • Fundamentals of aquatic toxicology : effects, environmental fate, and risk assessment. Edited by Gary M. Rand. 2nd ed. Boca Raton: CRC Press, 1995, xxi, 1125. ISBN 1560320915. info
  • HOFFMAN, David J. Handbook of ecotoxicology. Boca Raton: Lewis Publishers, 1995, x, 755. ISBN 0873715853. info
  • CALOW, P. Handbook of Ecotoxicology Vol. I and II. London, U.K.: Blackwell Scientific publications, 1993. info
Výukové metody
Přednášky (2 h týdně) kombinované s praktickými cvičeními v laboratořích (experimentální ekotoxikologie) a na počítačích (modelování).
Metody hodnocení
Studenti budou hodnoceni v průběhu i na konci semestru.

- Výsledky získávané v průběhu semestru (docházka, minitesty, testy ve cvičení, kvalita protokolů) mohou tvořit až 25% (max. 10 bodů) z celkového hodnocení (max. 40 bodů).
* Minitesty (ověření znalostí teorie na následujících přednáškách)
* Test před praktickými cvičeními (prověření znalostí s teorie, prověření přípravy na praktické cvičení)
* Hodnocení kvality protokolů z jednotlivých praktických cvičení

- Závěrečné zkoušení - test 30 otázek (max. 30 bodů)
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2014, podzim 2016, podzim 2017.