C9035 Evoluční a srovnávací cytogenetika rostlin - cvičení

Přírodovědecká fakulta
podzim 2020
Rozsah
0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: z.
Vyučující
prof. Mgr. Martin Lysák, Ph.D., DSc. (cvičící)
RNDr. Terezie Malík Mandáková, Ph.D. (cvičící)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Martin Lysák, Ph.D., DSc.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
Ideálním předpokladem jsou základní dovednosti a znalosti z oblasti cytogenetiky a cytologie (např. pipetování, příprava roztoků, mikroskopování).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/20, pouze zareg.: 0/20
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Absolvent si osvojí pokročilé techniky moderní rostlinné cytogenetiky (příprava mikroskopických preparátů, pokročilá fluorescenční mikroskopie, malování chromosomů, genomická in situ hybridizace, úprava obrazu).
Výstupy z učení
Student bude po absolvování předmětu schopen:
- připravit mikroskopické preparáty;
- naznačit DNA hapteny či fluorochromy;
- připravit DNA sondu;
- provést fluorescenční in situ hybridizaci (FISH) značených sond na chromosomy a buněčná jádra;
- analyzovat preparáty pomocí fluorescenční mikroskopie;
- fotografovat chromosomy a buněčná jádra;
- analyzovat a upravovat získané fotografie.
Osnova
  • Úvod do evoluční a srovnávací cytogenetiky rostlin. Principy světelné a fluorescenční mikroskopie. Příprava mitotických a meiotických chromozomů z kořenových špiček a prašníků, mikroskopická analýza chromozomových preparátů. Přímé a nepřímé značení DNA sond metodou nick translace. Fluorescence in situ hybridization (FISH), genomic in situ hybridization (GISH), comparative chromosome painting (CCP). Immunodetekce nepřímo značených hybridizačních sond. Fluorescenční mikroskopie chromozomových preparátů po FISH, GISH a CCP. Zpracování a úprava mikroskopických fotografií (Adobe Photoshop), interpretace výsledků.
Literatura
    doporučená literatura
  • MANDÁKOVÁ, Terezie a Martin LYSÁK. Chromosome Preparation for Cytogenetic Analyses in Arabidopsis. Current protocols in plant biology. John Wiley & Sons, 2016, roč. 1, č. 1, s. 43-51. ISSN 2379-8068. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cppb.20009. URL info
  • MANDÁKOVÁ, Terezie a Martin LYSÁK. Painting of Arabidopsis Chromosomes with Chromosome-Specific BAC Clones. Current protocols in plant biology. John Wiley & Sons, 2016, roč. 4, č. 2, s. 359-371. ISSN 2379-8068. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cppb.20022. URL info
  • SCHWARZACHER, T. a HESLOP-HARRISON. Practical in situ hybridization. Bios, 2000. info
Výukové metody
Praktické cvičení v cytogenetické laboratoři.
Metody hodnocení
Ukončení kurzu formou kolokvia. Úspěšné zakončení je podmíněno včasným dodáním všech požadovaných protokolů a absolvováním závěrečného pohovoru.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Poznámka k četnosti výuky: blok 5 dni.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.