Bi4030c Laboratorní cvičení z molekulární biologie pro biochemiky

Přírodovědecká fakulta
podzim 2021
Rozsah
0/3/0. 3 kr. Ukončení: z.
Vyučující
Mgr. Tibor Botka, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Jiřina Havránková (pomocník)
Garance
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Tibor Botka, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh seminárních/paralelních skupin
Bi4030c/01_1: Út 8:00–13:50 D36/216, T. Botka
Bi4030c/01_2: Út 8:00–13:50 D36/216, T. Botka
Bi4030c/02_1: Čt 13:00–18:50 D36/216, T. Botka
Bi4030c/02_2: Čt 13:00–18:50 D36/216, T. Botka
Předpoklady
Bi4020 Molekulární biologie || NOW( Bi4020 Molekulární biologie )
Znalost molekulární struktury nukleových kyselin a genomu. Znalost základních mikrobiologických technik jako kultivace bakterií a stanovení titru bakteriální suspenze. Znalost výpočtů složení chemických roztoků.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Cílem předmětu je naučit studenty provádět základní metody molekulární biologie. Obsahuje praktické úlohy sloužící k osvojení si základních metodických postupů, především izolace a manipulace s nukleovými kyselinami.
Výstupy z učení
Student bude po absolvování předmětu schopen:
izolovat plazmidovou DNA v dostatečné kvalitě a množství;
analyzovat izolovaný genetický materiál základními molekulárně biologickými metodami, jako je štěpení restrikčními endonukleázami a ELFO;
připravit dostatečné množství amplikonu genu zájmu pomocí PCR;
vytvořit konstrukt vektorového plazmidu a inzertu genu zájmu a provést transformaci kompetentních buněk;
využít teoretické znalosti dalších metod a principů v následné laboratorní praxi
Osnova
  • 1. Význam a příprava roztoků používaných v molekulární biologii.
  • 2. Izolace plazmidového vektoru (pUC18, pBluescript). Stanovení čistoty a koncentrace DNA.
  • 3. Štěpení DNA restrikčními endonukleázami a agarózová gelová elektroforéza DNA.
  • 4. Konstrukce restrikční mapy, izolace DNA z gelů.
  • 5. Klonování ve vektorech řady pUC, transformace, selekce klonů.
  • 6. Ultracentrifugace v hustotním gradientu.
  • 7. Izolace bakteriální (genomové) DNA pro DNA fingerprinting.
  • 8. PCR (polymerázová řetězová reakce) a její modifikace PCR-RFLP, AP-PCR.
Literatura
  • SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info
Výukové metody
Praktická výuka probíha v laboratoři molekulární biologie jedenkrát za 14 dnů v pětihodinových blocích. Studenti pracují podle předem prostudovaných protokolů.
Metody hodnocení
Pro získání zápočtu je vyžadována 100% účast na praktických cvičeních, vypracování protokolů a složení písemného testu obsahujícího 20 otázek.
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2019, podzim 2020, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.