Bi4070 Analýza obrazu a mikrofotografie v biologii

Přírodovědecká fakulta
podzim 2022
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: z.
Vyučující
RNDr. Dušan Kadlec, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Iveta Hodová, Ph.D. (pomocník)
Garance
Mgr. Iveta Hodová, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: RNDr. Dušan Kadlec, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 60 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 5/60, pouze zareg.: 0/60, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/60
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Cílem předmětu je seznámit studenty biologických oborů s principy pořizování obrazových dat a využití analýzy obrazu v biologii;
rozšíření a prohloubení znalostí mikroskopické techniky, světelné a fluorescenční mikroskopie;
osvojení zákonitostí manuálního i automatického měření a hodnocení obrazových dat v biologických oborech.
Kurs je orientován aplikačně, nevyžaduje speciální matematické znalosti.
Výstupy z učení
Na konci tohoto kurzu bude student schopen použít informace o pořizování obrazových dat a využití analýzy obrazu v biologii;
rozšíří si a prohloubí znalosti mikroskopické techniky, světelné a fluorescenční mikroskopie;
osvojí si zákonitostí manuálního i automatického měření a hodnocení obrazových dat v biologických oborech.
Osnova
  • Současná dokumentační zařízení, digitální fotoaparáty, TV a digitální kamery, digitalizace signálu.
  • Pořizování a archivace obrazových dat, principy manuálního a automatického měření biologických objektů, popis objektů.
  • Předzpracování a prahování obrazu, binární editor. Základy klasifikace objektů.
  • Využití analýzy obrazu v patologii, toxikologii (Comet Assay) a cytogenetice (fluorescenční in situ hybridizace, komparativní genomová hybridizace, karyotypování chromozomů).
Literatura
  • PURVES, Dale a R.BEAU LOTTO. Why we see what we do: An Empirical Theory of Vision. Sinauer Associates, Inc., 2003, 260 s. ISBN 0-87893-752-8. info
Výukové metody
Teoretická příprava s praktickými ukázkami, diskuse. V podzimním semestru 2020 bude výuka probíhat on-line, případně některé části prezenčně podle dohody s vyučujícím.
Metody hodnocení
přednášky s doporučenou účastí, diskuze v hodině, dobrovolné návštěvy odborných pracovišť, závěrečný test
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2023, podzim 2024.