PřF:C7250 Charakterizace proteinů MS - Informace o předmětu
C7250 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií
Přírodovědecká fakultapodzim 2024
- Rozsah
- 1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.
Vyučováno kontaktně - Vyučující
- prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D. (přednášející) - Garance
- prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Rozvrh
- Pá 8:00–9:50 C02/211
- Předpoklady
- Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- Biofyzika (program PřF, N-FY)
- Biochemie (program PřF, B-BCH)
- Biochemie (program PřF, N-BCH)
- Molekulární biologie a genetika (program PřF, B-EXB)
- Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-EXB)
- Speciální biologie (program PřF, B-EXB)
- Speciální biologie (program PřF, N-EXB)
- Cíle předmětu
- Cílem předmětu je studenty seznámit s aplikačními možnostmi hmotnostní spektrometrie v proteomice včetně základních principů metody, typy instrumentace, základy interpretace MS a MS/MS dat a na příkladech prezentovat použití MS technik pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů.
- Výstupy z učení
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit základní principy hmotnostní spektrometrie; popsat instrumentaci běžně používanou v proteomice; porozumět základům interpretace MS a MS/MS dat; vysvětlit principy identifikace proteinů a jejich posttranslačních modifikací pomocí hmotnostní spektrometrie; vysvětlit metody kvantifikace pomocí MS; popsat současné možnosti hmotnostní spektrometrie v proteomice, navrhnout použití vhodné MS techniky pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů.
- Osnova
- 1. Hmotnostní spektrometrie
- Princip metody, vymezení možností metody v proteomice, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy).
- 2. Příprava a separace vzorku (RNDr. Hana Konečná)
- Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Základní metody pro izolaci proteinů. Přehled separačních technik (elektromigrační a chromatografické metody).
- 3. Příprava a separace vzorku II (Dr. Gabriela Lochmanová)
- Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu).
- 4. Základní metody identifikace proteinů
- Základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), peptidové mapování, identifikace pomocí MS/MS dat, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sekvenace), výhody a limitace jednotlivých metod, podobnost proteinů.
- 5. Charakterizace modifikací proteinů
- Přehled druhů modifikací (posttranslační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Fosfoproteiny, příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace. Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza glykanů.
- 6. Kvantifikace proteinů
- Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, izobarické značky typu iTRAQ, TMT).
- 7. Proteomické aplikace
- Hmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, MS profilování), praktické příklady řešené v naší proteomické laboratoři.
- Literatura
- Proteome research : mass spectrometry. Edited by Peter James. Berlin: Springer-Verlag, 2001, xxi, 274 s. ISBN 3-540-67255-9-. info
- Výukové metody
- přednáška, diskuze
- Metody hodnocení
- kolokvium nebo ústní zkouška
kolokvium: každý student musí zodpovědět tři otázky, K úspěšnému zvládnutí je nutno zodpovědět všechny správně
ústní zkouška: - Informace učitele
- Přednáška se střídá se cvičením (C7350). Začínáme dvěma přednáškami. (dvouhodinové bloky). Další termíny budou upřesněny.
- Další komentáře
- Předmět je vyučován každoročně.
- Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
- Statistika zápisu (nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2024/C7250