Molekulární a buněčná biologie a genetika

Okna vesmíru živé buňky dokořán.

Cíle studijního programu

Program vzniká spojením dvou dříve samostatných oborů Molekulární a buněčná biologie a Obecná a molekulární genetika. Ke sloučení přistupujeme především proto, že zmíněné obory se díky moderním holistickým přístupům k sobě stále více přibližují, navzájem se doplňují a hranice mezi nimi postupně mizí. Spojení obou oborů pak znamená jejich vzájemné obohacení a tuto skutečnost se snažíme reflektovat při koncipování nového programu. Jeho cílem je poskytovat kvalitní vědeckou výchovu v oblasti molekulární, buněčné biologie a genetiky tak, aby jeho absolventi byli připraveni provádět samostatný výzkum podstaty životních procesů a to na úrovni molekulární, buněčné, tkáňové nebo organismální. Pro dosažení tohoto cíle jsou studenti systematicky vedeni k rozvíjení svých teoretických znalostí v oboru a osvojování praktických dovedností při aplikacích moderních metodických přístupů molekulární a buněčné biologie, genetiky a dalších příbuzných oborů. Mezi stěžejní témata patří výzkum genů, genomů a studium jejich exprese u mikroorganismů, rostlin, živočichů a člověka, zejména ve vztahu k patologickým stavům. Výzkum mikroorganismů se zaměřuje především na molekulární diagnostiku a genomiku některých patogenních klinicky významných bakteriálních kmenů a jejich interakce s bakteriofágy. U rostlin se výzkum zaměřuje na analýzu genů u modelových a hospodářsky významných druhů. U živočichů a člověka se výzkum zaměřuje na genetickou strukturu populací, molekulární diagnostiku prenatálních a postnatálních patologických stavů, genetiku nádorů, studium signálních procesů souvisejících s regulací proliferace, diferanciace a programované buněčné smrti u nádorových buněk a detekci genetických faktorů asociovaných s některými polygenně založenými chorobami. Studenti mají prostor pro samostatnou vědeckou práci pod vedením zkušených školitelů a ve výborně vybavených laboratořích a zároveň jsou průběžně konfrontováni s pokroky ve vědecké komunitě formou diskusí na pravidelných laboratorních a ústavních seminářích a v širším měřítku na tuzemských nebo zahraničních konferencích. Za úspěšné prezentace na konferencích nebo za publikační výkonnost jsou odměňováni formou mimořádného stipendia. Tato stipendia mohou být udělena studentům za vzornou reprezentaci Ústavu experimentální biologie a za následující aktivity:

1. Dosažení publikačních výstupů souvisejících s řešením témat disertačních prací a jejich prezentace:

– publikace v časopisech, příp. kapitoly v monografii. Zohledňuje se kvalita časopisu (IF, Q), postavení studenta v pořadí autorského kolektivu, počet spoluautorů, přínos studenta k publikovaným výsledkům.

- prezentace výsledků na konferencích, seminářích apod. Zohledňuje se postavení studenta v pořadí autorského kolektivu, počet spoluautorů, přínos studenta k publikovaným výsledkům. Přihlíží se k tomu, zda je konference tuzemská, mezinárodní nebo zahraniční.

- Příspěvek na náklady spojené s účastí na konferencích (konferenční poplatek, cestovné, ubytování)

Nezbytnou podmínkou pro udělení stipendia je uvedení dedikace příspěvků Ústavu experimentální biologie.

2. Pomoc při výchově diplomantů (zaučení do nových experimentálních metod, konzultace dosažených výsledků atp.).

3. Spoluúčast při řešení grantových projektů. Pokud se student na řešení některého projektu věnuje dlouhodobě a významně přispívá k jeho řešení, lze mu udělit pracovní úvazek nebo s ním uzavřít dohodu o pracovní činnosti na dobu určitou.

Návrhy na přidělení stipendia předkládá školitel studenta řešiteli projektu specifického výzkumu na Oddělení genetiky a molekulární biologie.

Studijní plány

Molekulární a buněčná biologie a genetika

prezenční, jednooborový

Molekulární a buněčná biologie a genetika

kombinovaný, jednooborový

Studium

Sbalit Rozbalit

Cíle
Program vzniká spojením dvou dříve samostatných oborů Molekulární a buněčná biologie a Obecná a molekulární genetika. Ke sloučení přistupujeme především proto, že zmíněné obory se díky moderním holistickým přístupům k sobě stále více přibližují, navzájem se doplňují a hranice mezi nimi postupně mizí. Spojení obou oborů pak znamená jejich vzájemné obohacení a tuto skutečnost se snažíme reflektovat při koncipování nového programu. Jeho cílem je poskytovat kvalitní vědeckou výchovu v oblasti molekulární, buněčné biologie a genetiky tak, aby jeho absolventi byli připraveni provádět samostatný výzkum podstaty životních procesů a to na úrovni molekulární, buněčné, tkáňové nebo organismální. Pro dosažení tohoto cíle jsou studenti systematicky vedeni k rozvíjení svých teoretických znalostí v oboru a osvojování praktických dovedností při aplikacích moderních metodických přístupů molekulární a buněčné biologie, genetiky a dalších příbuzných oborů. Mezi stěžejní témata patří výzkum genů, genomů a studium jejich exprese u mikroorganismů, rostlin, živočichů a člověka, zejména ve vztahu k patologickým stavům. Výzkum mikroorganismů se zaměřuje především na molekulární diagnostiku a genomiku některých patogenních klinicky významných bakteriálních kmenů a jejich interakce s bakteriofágy. U rostlin se výzkum zaměřuje na analýzu genů u modelových a hospodářsky významných druhů. U živočichů a člověka se výzkum zaměřuje na genetickou strukturu populací, molekulární diagnostiku prenatálních a postnatálních patologických stavů, genetiku nádorů, studium signálních procesů souvisejících s regulací proliferace, diferanciace a programované buněčné smrti u nádorových buněk a detekci genetických faktorů asociovaných s některými polygenně založenými chorobami. Studenti mají prostor pro samostatnou vědeckou práci pod vedením zkušených školitelů a ve výborně vybavených laboratořích a zároveň jsou průběžně konfrontováni s pokroky ve vědecké komunitě formou diskusí na pravidelných laboratorních a ústavních seminářích a v širším měřítku na tuzemských nebo zahraničních konferencích. Za úspěšné prezentace na konferencích nebo za publikační výkonnost jsou odměňováni formou mimořádného stipendia. Tato stipendia mohou být udělena studentům za vzornou reprezentaci Ústavu experimentální biologie a za následující aktivity:
1. Dosažení publikačních výstupů souvisejících s řešením témat disertačních prací a jejich prezentace:
– publikace v časopisech, příp. kapitoly v monografii. Zohledňuje se kvalita časopisu (IF, Q), postavení studenta v pořadí autorského kolektivu, počet spoluautorů, přínos studenta k publikovaným výsledkům.
- prezentace výsledků na konferencích, seminářích apod. Zohledňuje se postavení studenta v pořadí autorského kolektivu, počet spoluautorů, přínos studenta k publikovaným výsledkům. Přihlíží se k tomu, zda je konference tuzemská, mezinárodní nebo zahraniční.
- Příspěvek na náklady spojené s účastí na konferencích (konferenční poplatek, cestovné, ubytování)
Nezbytnou podmínkou pro udělení stipendia je uvedení dedikace příspěvků Ústavu experimentální biologie.
2. Pomoc při výchově diplomantů (zaučení do nových experimentálních metod, konzultace dosažených výsledků atp.).
3. Spoluúčast při řešení grantových projektů. Pokud se student na řešení některého projektu věnuje dlouhodobě a významně přispívá k jeho řešení, lze mu udělit pracovní úvazek nebo s ním uzavřít dohodu o pracovní činnosti na dobu určitou.
Návrhy na přidělení stipendia předkládá školitel studenta řešiteli projektu specifického výzkumu na Oddělení genetiky a molekulární biologie.
Výstupy z učení
Absolvent je po úspěšném ukončení studia schopen:
- provádět samostatnou rešeršní a experimentální vědeckou práci v oborech molekulární biologie, buněčné biologie a genetiky a řádně ji interpretovat
- připravit rukopis původní vědecké práce a přehledové publikace pro zahraniční odborný časopis
- prezentovat své výsledky formou přednášky a posteru na zahraniční konferenci
- orientovat se ve svém oboru, včetně jeho etických aspektů a sledovat jeho vývojové trendy
- aktivně se zapojovat do vědeckých diskusí ve svém oboru
- ovládat schopnost komunikace a diskuse v oboru v anglickém jazyce
- ihned nastoupit na místo vědeckého postdoktorandského pracovníka ve špičkové zahraniční laboratoři bez nutnosti další metodické, teoretické a jazykové přípravy
- odborně vést pregraduální a středoškolské studenty
- sestavit výzkumný projekt a vytvořit kompetitivní grantovou žádost
Uplatnění absolventa
Absolventi nacházejí uplatnění ve výzkumných ústavech AV ČR, vysokých školách, nemocnicích a jiných zdravotnických zařízeních a laboratořích, které se zabývají problematikou virologickou, mikrobiologickou, genetickou, biochemickou, imunologickou, farmakologickou, patologickou, apod. Jsou připraveni k samostatné vědecké práci, koncipování vědeckých projektů, psaní grantových žádostí, vlastní experimentální práci, řádným interpretacím získaných výsledků a jejich prezentacím ústní i písemnou formou. Jsou vyškoleni i k pedagogické práci. Absolventi tohoto programu jsou proto velmi vyhledáváni ze strany zaměstnavatelů a mnoho z nich v současné době zaujímá pozice vedoucích vědeckých pracovníků, vysokoškolských učitelů, vrcholných manažerů či ředitelů na mnoha tuzemských vědeckých a vzdělávacích institucích v Brně, Praze, Ostravě, Českých Budějovicích, Olomouci, atd. Řada absolventů po dokončení doktorského studia odchází na postdoktorandské pobyty do zahraničí (především západní Evropy, USA, Kanady, Japonska, Austrálie), kde se nezřídka stávají velmi platnými členy vědeckých týmů.
Praxe
Doktorandi se zájmem o aplikovaný výzkum mají možnost spolupráce např. s firmami typu Repromeda (asistovaná reprodukce), MB Pharma (příprava fágových preparátů), apod. nebo participovat na řešení grantových projektů TAČR, jejichž výstupy mají aplikační charakter. Do budoucna máme v úmyslu smluvní výzkum s aplikačním potenciálem dále rozvíjet, hledat vhodné partnerské subjekty a umožnit jim navázání kontaktů se studenty se zájmem o tento typ výzkumu.
Standardy kvalifikačních prací
Student si pro zpracování disertační práce zvolí jednu z následujících dvou forem a svoji volbu explicitně uvede v přihlášce k obhajobě:
A) Plnotextová disertační práce
- představuje ucelené zpracování zadaného tématu disertační práce
- povinně obsahuje části Úvod, Přehled problematiky, Cíle práce, Materiál a metody, Výsledky, Diskuse, Závěr, Literatura (kapitoly Výsledky a Diskuse nelze slučovat)
- publikace studenta nejsou součástí disertační práce, ale je třeba do ní vložit jejich seznam (viz Opatření děkana 2019/8)
- všechna prezentovaná experimentální data musí být součástí kapitoly Výsledky
- předpokládaný celkový rozsah této formy disertační práce je minimálně 80 stran textu (bez seznamu použité literatury) standardního formátování: Times New Roman 12b. nebo ekvivalent, řádkování 1,5

B) Komentovaný soubor publikací
- představuje ucelený soubor nejméně 3 původních vědeckých článků, na nichž se student autorsky podílel a jejichž obsah pokrývá zadané téma disertační práce; součástí souboru mohou být i přehledové práce (reviews), tyto články se však nezapočítávají do minimálního limitu 3 článků
- povinně obsahuje části Úvod, Přehled problematiky, Cíle práce, Výsledky a diskuse, Závěr, Literatura (výsledky a diskuse jsou povinně sdruženy do jedné kapitoly, jejímž smyslem je prezentovat dosažené výsledky v kontextu již publikovaných poznatků – reference na konkrétní publikaci se vkládají i k vlastním výsledkům)
- část Materiál a metody se nezařazuje vzhledem k tomu, že dostatečné informace by měly být obsaženy v komentovaných publikacích
- do komentovaného souboru publikací mohou být zařazeny pouze již zveřejněné články nebo rukopisy již odeslané k recenznímu řízení (dosud neodeslané rukopisy zařadit nelze), v případě zařazení odeslaných rukopisů je nutno doložit potvrzení o jejich přijetí k recenznímu řízení na oddělení VaV
- pro každou z komentovaných publikací student uvede svůj procentuální autorský podíl na publikaci a dále samostatně (mimo disertační práci) doloží evidenční list potvrzený školitelem a korespondenčním autorem, kde jsou explicitně uvedeny procentuální autorské podíly všech spoluautorů. Evidenční list student odevzdá společně s disertační prací na oddělení VaV
- přehled publikační aktivity student doloží seznamem vlastních publikací a konferenčních prezentací
- předpokládaný rozsah této formy disertační práce je 30-40 stran textu (bez seznamu použité literatury a bez přiložených článků) standardního formátování: Times New Roman 12b. nebo ekvivalent, řádkování 1,5

Minimální podmínkou nutnou k předložení disertační práce k obhajobě je, aby část jejích výsledků byla publikována (nebo přijata k publikaci) v mezinárodním recenzovaném odborném časopise s impaktovým faktorem, který je nad mediánem oboru a u kterého je student prvním autorem. Alternativní variantou jsou nejméně dva články (alespoň jeden prvoautorský) v časopisech s IF 1 nebo vyšším bez ohledu na medián časopisu. Jsou-li články a rukopisy obsažené v disertační práci nebo předkládané k obhajobě psány se spoluautory, musí doktorand v disertační práci jasně vymezit svůj věcný podíl na každém z nich. Podmínku publikace v mezinárodním recenzovaném časopise nelze nahradit jinou formou odborného sdělení (příspěvky na kongresech, abstrakta, apod).