Publication Records

OĽHA, Jaroslav, Jana HOZZOVÁ, Matej ANTOL and Jiří FILIPOVIČ. Estimating resource budgets to ensure autotuning efficiency. PARALLEL COMPUTING. NETHERLANDS: ELSEVIER, 2025. ISSN 0167-8191. Available from: https://dx.doi.org/10.1016/j.parco.2025.103126.

CAPANDOVÁ, Michaela, Veronika SEDLÁKOVÁ, Zbyněk VORÁČ, Hana KOTASOVÁ, Jana DUMKOVÁ, Lukáš MORÁŇ, Josef JAROŠ, Matej ANTOL, Dáša BOHAČIAKOVÁ and Aleš HAMPL. Using Polycaprolactone Nanofibers for the Proof-of-Concept Construction of the Alveolar-Capillary Interface. JOURNAL OF BIOMEDICAL MATERIALS RESEARCH PART A. Hoboken: WILEY, 2025, vol. 113, No 1, p. 1-16. ISSN 1549-3296. Available from: https://dx.doi.org/10.1002/jbm.a.37824.

SLANINÁKOVÁ, Terézia, David PROCHÁZKA, Jakub ČILLÍK, Lucie NOVOTNÁ and Adrián ROŠINEC. AlphaFind. 2024. Available from: https://dx.doi.org/10.5281/zenodo.11085862.

SLANINÁKOVÁ, Terézia, David PROCHÁZKA, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL and Matej ANTOL. AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. In Elixir All-Hands 2024. 2024. Available from: https://dx.doi.org/10.7490/f1000research.1119872.1.

GREŠOVÁ, Katarína, Pavlína ŠPRINGEROVÁ, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL and Matej ANTOL. AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. In ECCB2024. 2024.

PROCHÁZKA, David, Terézia SLANINÁKOVÁ, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL and Matej ANTOL. AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome. bioRxiv, 2024.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Katarína GREŠOVÁ, Jaroslav OĽHA, Vlastislav DOHNAL, Adrián ROŠINEC and Matej ANTOL. AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome – data and model. 2024. Available from: https://dx.doi.org/10.48700/datst.d35zf-1ja47.

PROCHÁZKA, David, Terézia SLANINÁKOVÁ, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL and Matej ANTOL. AlphaFind: discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2024, vol. 52, July 5, p. "W182"-"W186", 5 pp. ISSN 0305-1048. Available from: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkae397.

ROŠINEC, Adrián, Tomáš PAVLÍK, Terézia SLANINÁKOVÁ, Aleš KŘENEK, Pavlína ŠPRINGEROVÁ, Matej ANTOL and Radka SVOBODOVÁ. Beyond Metadata: Leveraging Similarity Search in Molecular Dynamics Data. In 2nd BioExcel Conference on Advances in Biomolecular Simulations. 2024. Available from: https://dx.doi.org/10.5281/zenodo.14500696.

CAPANDOVÁ, Michaela, Veronika SEDLÁKOVÁ, Zbyněk VORÁČ, Hana KOTASOVÁ, Jana DUMKOVÁ, Lukáš MORÁŇ, Josef JAROŠ, Matej ANTOL, Dáša BOHAČIAKOVÁ and Aleš HAMPL. Cells, biomaterials, infrastructure; and the value of the data. In 2. Offsite Meeting of the Department of Histology and Embryology (ÚHE): Advancing Science and Collaboration. 2024. ISBN 978-80-280-0587-0.

SVOBODA, Tomáš, Jakub ČILLÍK, Michal MIKL, Tomáš SLAVÍČEK and Radka SVOBODOVÁ. Data Management and FAIRification in MAFIL. In Czech‐BioImaging Annual Scientific Conference 2024: Imaging Principles of Life. 2024.

SVOBODA, Tomáš, Adrián ROŠINEC, Tomáš RAČEK and Radka SVOBODOVÁ. Data Management of Biological Imaging Data. In ELIXIR CZ Annual Conference 2024: Data management. 2024.

SVOBODA, Tomáš and Adrián ROŠINEC. Data workflows at CEITEC MU. In Setkání OS metodiků MU. 2024.

ANTOL, Matej, Jiří MAREK, Michaela CAPANDOVÁ, Jaroslav JURÁČEK and Luděk MATYSKA. EOSC CZ: Towards the development of Czech national ecosystem for FAIR research data. arXiv, 2024, 2 pp.

SLANINÁKOVÁ, Terézia, Katarína GREŠOVÁ, David PROCHÁZKA, Viktória SPIŠAKOVÁ, Adrián ROŠINEC, Jakub ČILLÍK, Pavlína ŠPRINGEROVÁ, Aleš KŘENEK, Vlastislav DOHNAL, Radka SVOBODOVÁ and Matej ANTOL. Fast, structure-based searching in a large-scale protein data repository. In ELIXIR CZ Annual Conference. 2024. Available from: https://dx.doi.org/10.13140/RG.2.2.31355.53281.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL and Matej ANTOL. GraSR: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Available from: https://dx.doi.org/10.48700/datst.br8aq-db495.

SVOBODA, Tomáš, Adrián ROŠINEC and Ondřej FILIP. Hands-on experience with big data transfer via iRODS and Onedata. In e-INFRA CZ CONFERENCE 2024. 2024.

ROŠINEC, Adrián. Introduction to the new generation EGI container execution platform. In EGI Webinar programme 2024. 2024. Available from: https://dx.doi.org/10.5281/zenodo.10566759.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL and Matej ANTOL. LMI-10: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Available from: https://dx.doi.org/10.48700/datst.t45hr-bcw17.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL and Matej ANTOL. LMI-30: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Available from: https://dx.doi.org/10.48700/datst.kgb8j-r5f84.

SVOBODA, Tomáš. MAFILDB - technická realizace (MAFILDB - technical implementation). In FAIR data pro uživatele CF MAFIL. 2024.

BUČEKOVÁ, Gabriela, Viktoriia DOSHCHENKO, Aliaksei CHARESHNEU, Jana PORUBSKÁ, Michal PAJTINKA, Michal OLEKSIK, Tomáš SVOBODA, Vladimír HORSKÝ and Radka SVOBODOVÁ. Rare ring conformations in PDB: Facts or wishful thinking? bioRxiv. 2024. Available from: https://dx.doi.org/10.1101/2024.06.20.598822.

ROŠINEC, Adrián and Tomáš SVOBODA. Research Data Management at CEITEC MU. In Open Science Workshop 2024. 2024.

PROCHÁZKA, David, Terézia SLANINÁKOVÁ, Jozef ČERŇANSKÝ, Jaroslav OĽHA, Matej ANTOL and Vlastislav DOHNAL. Scaling Learned Metric Index to 100M Datasets. In Edgar Chávez, Benjamin Kimia, Jakub Lokoč, Marco Patella, Jan Sedmidubsky. 17th International Conference on Similarity Search and Applications (SISAP 2024). Cham: Springer, 2024, p. 266-273. ISBN 978-3-031-75822-5. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-75823-2_22.

SVOBODA, Tomáš, Adrián ROŠINEC, Tomáš RAČEK, Josef HANDL, Aleš KŘENEK and Radka SVOBODOVÁ. Scientific Dataset Management System for the Research Institute Based on Onedata. In EGI Conference 2024. 2024.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL and Matej ANTOL. 3D-af-Surfer: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Available from: https://dx.doi.org/10.48700/datst.tbws0-hj147.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL and Matej ANTOL. 3DZD: Protein structural embeddings of AlphaFold DB v4. 2024. Available from: https://dx.doi.org/10.48700/datst.t45hr-bcw17.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL and Matej ANTOL. 3DZD: Protein structural embeddings of ESM Atlas. 2024. Available from: https://dx.doi.org/10.48700/datst.cd6zk-k0v44.

DAUBNER, Lukáš, Raimundas MATULEVICIUS, Barbora BÜHNOVÁ, Matej ANTOL, Michal RŮŽIČKA and Tomáš PITNER. A Case Study on the Impact of Forensic-Ready Information Systems on the Security Posture. Online. In Advanced Information Systems Engineering. Cham: Springer Nature Switzerland, 2023, p. 522-538. ISBN 978-3-031-34559-3. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-34560-9_31.

LAMOTHE, Lucie, Jennifer R B JENSEN, Hans IENASESCU, Ove J R GUSTAFSSON, Alban GAIGNARD, Dmitry REPCHEVSKY, Radka SVOBODOVÁ, Tomáš RAČEK, Adrián ROŠINEC, Matej ANTOL and Hervé MÉNAGER. An Evaluation of EDAM Coverage in the Tools Ecosystem and Prototype Integration of Galaxy and Workflowhub Systems. BioHackrXiv. 2023, p. 1-10. Available from: https://dx.doi.org/10.37044/osf.io/79kje.

ROŠINEC, Adrián and Klára MORAVCOVÁ. Beskar Cloud: OpenStack Deployment on Top of Kubernetes. In 12th Iberian Grid Conference. 2023.

ROŠINEC, Adrián and Klára MORAVCOVÁ. Building OpenStack Cloud with Kubernetes as Undercloud. In EGI Conference 2023. 2023.

CAPANDOVÁ, Michaela, Veronika SEDLÁKOVÁ, Dáša BOHAČIAKOVÁ, Hana KOTASOVÁ, Vendula PELKOVÁ, Zbyněk VORÁČ, Matej ANTOL and Aleš HAMPL. By leaps and bounds: From in vitro lung tissue models to fostering collaboration in science. In The Annual PhD Conference in Biomedical Sciences. 2023.

SVOBODA, Tomáš, Aleš KŘENEK, Łukasz OPIOŁA, Andrea MANZI and Josef HANDL. Cloudification of scientific experimental data using Onedata. In EGI Conference 2023. 2023.

HEJTMÁNEK, Lukáš, Adrián ROŠINEC and Sebastian LUNA-VALERO. Easy Deployment of Dask and Jupyter Notebooks on Managed Kubernetes. In EGI Conference 2023. 2023.

ROŠINEC, Adrián, Tomáš SVOBODA, Tomáš RAČEK, Aleš KŘENEK and Radka SVOBODOVÁ. Enhancing Data Accessibility: Strategies and Tools for Effective Metadata Management. In IBERGRID 2023. 2023.

SVOBODA, Tomáš, Radka SVOBODOVÁ, David ANTOŠ, Adrián ROŠINEC and Aleš KŘENEK. Introduction to Onedata at CEITEC MU and in Czech National Repository Platform. In MATECHat meeting. 2023.

RAČEK, Tomáš, Tomáš SVOBODA and Radka SVOBODOVÁ. Management of life-science data and their metadata. In XXII. setkání biochemiků a molekulárních biologů. 2023.

ROŠINEC, Adrián, Tomáš SVOBODA, Tomáš RAČEK, Josef HANDL, Jozef SABO, Aleš KŘENEK and Radka SVOBODOVÁ. Onedata4Sci: Life-science experimental datasets management system. In 3D-BioInfo | ISCB 3D-SIG | ELIXIR Czech Republic Structural Bioinformatics. 2023.

ANTOL, Matej, Michal RŮŽIČKA, Luděk MATYSKA and Jiří MAREK. Public (Health) Sector and Academia. In Martin Komenda. Data-Driven Decision-Making in Medical Education and Healthcare. First edition. Brno: Masaryk University, 2023, p. 51-66. Data Rulezzzz! ISBN 978-80-280-0392-0.

SLANINÁKOVÁ, Terézia, Matej ANTOL, Jaroslav OĽHA, Vlastislav DOHNAL, Susana LADRA and Miguel A. MARTÍNEZ-PRIETO. Reproducible experiments with Learned Metric Index Framework. Information systems. Elsevier, 2023, vol. 118, No 1, p. 102255-102270. ISSN 0306-4379. Available from: https://dx.doi.org/10.1016/j.is.2023.102255.

SLANINÁKOVÁ, Terézia, David PROCHÁZKA, Matej ANTOL, Jaroslav OĽHA and Vlastislav DOHNAL. SISAP 2023 Indexing Challenge – Learned Metric Index. In Pedreira, O., Estivill-Castro, V. Similarity Search and Applications. SISAP 2023. Lecture Notes in Computer Science, vol 14289. Cham: Springer, 2023, p. 282-290. ISBN 978-3-031-46993-0. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-46994-7_24.

SVOBODA, Tomáš, Aleš KŘENEK and Josef HANDL. Automatic storing, sharing and archiving datasets with Onedata. In EGI Conference 2022. 2022.

SVOBODA, Tomáš, Aleš KŘENEK and Josef HANDL. Automating scientific dataset management and processing using Onedata. In IBERGRID 2022. 2022.

OĽHA, Jaroslav, Terézia SLANINÁKOVÁ, Martin GENDIAR, Matej ANTOL and Vlastislav DOHNAL. Learned Indexing in Proteins: Extended Work on Substituting Complex Distance Calculations with Embedding and Clustering Techniques. arXiv, 2022. Available from: https://dx.doi.org/10.48550/ARXIV.2208.08910.

OĽHA, Jaroslav, Terézia SLANINÁKOVÁ, Martin GENDIAR, Matej ANTOL and Vlastislav DOHNAL. Learned Indexing in Proteins: Substituting Complex Distance Calculations with Embedding and Clustering Techniques. In Tomáš Skopal, Fabrizio Falchi, Jakub Lokoč, Maria Luisa Sapino, Ilaria Bartolini, Marco Patella. Similarity Search and Applications, 15th International Conference, SISAP 2022, Bologna, Italy, October 5–7, 2022, Proceedings. 1st ed. Cham: Springer Cham, 2022, p. 274-282. ISBN 978-3-031-17848-1. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-17849-8_22.

SPIŠAKOVÁ, Viktória, Adrián ROŠINEC, Lukáš HEJTMÁNEK and Matej ANTOL. Managed Kubernetes — Next Gen Academic Infrastructure? In EGI Conference 2022. 2022.

PORTEŠOVÁ, Šárka, Eva NOVÁKOVÁ, Růžena BLAŽKOVÁ, Michal JABŮREK, Ondřej STRAKA, Michal RŮŽIČKA, Matěj SMETANA, Jaroslav TOČÍK, Jana UNČOVSKÁ, Kateřina KREPSOVÁ, Ondřej DVOŘÁK, Ondřej VORÁČ, Jan KOTTMAN, Zdeněk NOVÁK, Petra BUŠKOVÁ, Jindřiška SVOBODOVÁ, Eva MALACHOVÁ and Tereza HRSTKOVÁ. Podporujeme nadané prvňáčky (We support gifted pupils in the first grades). 2022.

LÍŠKA, Martin, Dávid LUPTÁK, Vít STARÝ NOVOTNÝ, Michal RŮŽIČKA, Boris SHMINKE, Petr SOJKA, Michal ŠTEFÁNIK and Makarius WENZEL. CICM'21 Systems Entries. Online. In 978-3-030-81097-9. INTELLIGENT COMPUTER MATHEMATICS (CICM 2021). CHAM: SPRINGER INTERNATIONAL PUBLISHING AG, 2021, p. 245-248. ISBN 978-3-030-81096-2. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-81097-9_20.

SLANINÁKOVÁ, Terézia, Matej ANTOL, Jaroslav OĽHA and Vlastislav DOHNAL. Data-driven Learned Metric Index: an Unsupervised Approach. In 14th International Conference on Similarity Search and Applications (SISAP 2021). Cham: Springer, 2021, p. 81-94. ISBN 978-3-030-89656-0. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-89657-7_7.

REHM, Heidi L, Angela J H PAGE, Lindsay SMITH, Jeremy B ADAMS, Gil ALTEROVITZ, Lawrence J BABB, Maxmillian P BARKLEY, Michael BAUDIS, Michael J S BEAUVAIS, Tim BECK, Jacques S BECKMANN, Sergi BELTRAN, David BERNICK, Alexander BERNIER, James K BONFIELD, Tiffany F BOUGHTWOOD, Guillaume BOURQUE, Sarion R BOWERS, Anthony J BROOKES, Michael BRUDNO, Matthew H BRUSH, David BUJOLD, Tony BURDETT, Orion J BUSKE, Moran N CABILI, Daniel L CAMERON, Robert J CARROLL, Esmeralda CASAS-SILVA, Debyani CHAKRAVARTY, Bimal P CHAUDHARI, Shu Hui CHEN, J Michael CHERRY, Justina CHUNG, Melissa CLINE, Hayley L CLISSOLD, Robert M COOK-DEEGAN, Melanie COURTOT, Fiona CUNNINGHAM, Miro CUPAK, Robert M DAVIES, Danielle DENISKO, Megan J DOERR, Lena I DOLMAN, Edward S DOVE, L Jonathan DURSI, Stephanie O M DYKE, James A EDDY, Karen EILBECK, Kyle P ELLROTT, Susan FAIRLEY, Khalid A FAKHRO, Helen V FIRTH, Michael S FITZSIMONS, Marc FIUME, Paul FLICEK, Ian M FORE, Mallory A FREEBERG, Robert R FREIMUTH, Lauren A FROMONT, Jonathan FUERTH, Clara L GAFF, Weiniu GAN, Elena M GHANAIM, David GLAZER, Robert C GREEN, Malachi GRIFFITH, Obi L GRIFFITH, Robert L GROSSMAN, Tudor GROZA, Jaime M Guidry AUVIL, Roderic GUIGO, Dipayan GUPTA, Melissa A HAENDEL, Ada HAMOSH, David P HANSEN, Reece K HART, Dean Mitchell HARTLEY, David HAUSSLER, Rachele M HENDRICKS-STURRUP, Calvin W L HO, Ashley E HOBB, Michael M HOFFMAN, Oliver M HOFMANN, Petr HOLUB, Jacob Shujui HSU, Jean-Pierre HUBAUX, Sarah E HUNT, Ammar HUSAMI, Julius O JACOBSEN, Saumya S JAMUAR, Elizabeth L JANES, Francis JEANSON, Aina JENE, Amber L JOHNS, Yann JOLY, Steven J M JONES, Alexander KANITZ, Kazuto KATO, Thomas M KEANE, Kristina KEKESI-LAFRANCE, Jerome KELLEHER, Giselle KERRY, Seik-Soon KHOR, Bartha M KNOPPERS, Melissa A KONOPKO, Kenjiro KOSAKI, Martin KUBA, Jonathan LAWSON, Rasko LEINONEN, Stephanie LI, Michael F LIN, Mikael LINDEN, Xianglin LIU, Isuru Udara LIYANAGE, Javier LOPEZ, Anneke M LUCASSEN, Michael LUKOWSKI, Alice L MANN, John MARSHALL, Michele MATTIONI, Alejandro METKE-JIMENEZ, Anna MIDDLETON, Richard J MILNE, Fruzsina MOLNAR-GABOR, Nicola MULDER, Monica C MUNOZ-TORRES, Rishi NAG, Hidewaki NAKAGAWA, Jamal NASIR, Arcadi NAVARRO, Tristan H NELSON, Ania NIEWIELSKA, Amy NISSELLE, Jeffrey NIU, Tommi H NYRONEN, Brian D CONNOR, Sabine OESTERLE, Soichi OGISHIMA, Vivian Ota WANG, Laura A D PAGLIONE, Emilio PALUMBO, Helen E PARKINSON, Anthony A PHILIPPAKIS, Angel D PIZARRO, Andreas PRLIC, Jordi RAMBLA, Augusto RENDON, Renee A RIDER, Peter N ROBINSON, Kurt W RODARMER, Laura Lyman RODRIGUEZ, Alan F RUBIN, Manuel RUEDA, Gregory A RUSHTON, Rosalyn S RYAN, Gary I SAUNDERS, Helen SCHUILENBURG, Torsten SCHWEDE, Serena SCOLLEN, Alexander SENF, Nathan C SHEFFIELD, Neerjah SKANTHARAJAH, Albert V SMITH, Heidi J SOFIA, Dylan SPALDING, Amanda B SPURDLE, Zornitza STARK, Lincoln D STEIN, Makoto SUEMATSU, Patrick TAN, Jonathan A TEDDS, Alastair A THOMSON, Adrian THOROGOOD, Timothy L TICKLE, Katsushi TOKUNAGA, Juha TOMROOS, David TORRENTS, Sean UPCHURCH, Alfonso VALENCIA, Roman Valls GUIMERA, Jessica VAMATHEVAN, Susheel VARMA, Danya F VEARS, Coby VINER, Craig VOISIN, Alex H WAGNER, Susan E WALLACE, Brian P WALSH, Marc S WILLIAMS, Eva C WINKLER, Barbara J WOLD, Grant M WOOD, J Patrick WOOLLEY, Chisato YAMASAKI, Andrew D YATES, Christina K YUNG, Lyndon J ZASS, Ksenia ZAYTSEVA, Junjun ZHANG, Peter GOODHAND, Kathryn NORTH and Ewan BIRNEY. GA4GH: International policies and standards for data sharing across genomic research and healthcare. Cell Genomics. AMSTERDAM: Cell Press, 2021, vol. 1, No 2, p. 1-33. ISSN 2666-979X. Available from: https://dx.doi.org/10.1016/j.xgen.2021.100029.

VOISIN, Craig, Mikael LINDEN, Stephanie DYKE, Sarion BOWERS, Pinar ALPER, Maxmillian BARKLEY, David BERNICK, Jianpeng CHAO, Mélanie COURTOT, Francis JEANSON, Melissa KONOPKO, Martin KUBA, Jonathan LAWSON, Jaakko LEINONEN, Stephanie LI, Vivian WANG, Anthony PHILIPPAKIS, Kathy REINOLD, Gregory RUSHTON, J. Dylan SPALDING, Juha TÖRNROOS, Ilya TULCHINSKY, Jaime M. Guidry AUVIL and Tommi NYRÖNEN. GA4GH Passport standard for digital identity and access permissions. Cell Genomics. Elsevier, 2021, vol. 1, No 2, p. "100030", 16 pp. ISSN 2666-979X. Available from: https://dx.doi.org/10.1016/j.xgen.2021.100030.

ANTOL, Matej, Jaroslav OĽHA, Terézia SLANINÁKOVÁ and Vlastislav DOHNAL. Learned metric index - proposition of learned indexing for unstructured data. Information Systems. Elsevier, 2021, vol. 100, No 101774, p. 1-12. ISSN 0306-4379. Available from: https://dx.doi.org/10.1016/j.is.2021.101774.

ANTOL, Matej, Miriama JÁNOŠOVÁ and Vlastislav DOHNAL. Metric hull as similarity-aware operator for representing unstructured data. Pattern Recognition Letters. Amsterdam: Elsevier, 2021, vol. 149, September 2021, p. 91-98. ISSN 0167-8655. Available from: https://dx.doi.org/10.1016/j.patrec.2021.05.011.

LHOTÁK, Marin, Martin DUDA, Andrea FOJTŮ, Jan HEJZL, Jan HUTAŘ, Filip KERSCH, Jana KŘÍŽOVÁ, Marek MELICHAR, Martina NEZBEDOVÁ, Miroslav PAVELKA, Eliška PAVLÁSKOVÁ, Jan POKORSKÝ, Michal PŠENIČKA, Ivana ŠLAPÁKOVÁ, Zdeněk TICHÝ, Miroslav BARTOŠEK, Jan BILWACHS, Lukáš HEJTMÁNEK, Zdeněk HRUŠKA, Václav JIROUŠEK, Pavlína KOČIŠOVÁ, Vlastimil KREJČÍŘ, Iveta LODROVÁ, Natalie OSTRÁKOVÁ, Michal RŮŽIČKA, Zdeněk VAŠEK and Petr ŽABIČKA. ARCLib. 2020.

JELÍNEK, Kamil, Jan ŠLESINGER and Michal PROCHÁZKA. Právní aspekty sdílení dat v rámci informačních technologií konceptu Smart City v dopravě a jejich dopady do práva veřejných zakázek (xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx). 1st ed. Brno: Masarykova univerzita, Právnická fakulta, 2020, 91 pp. Edice Scientia, sv. 702. ISBN 978-80-210-9777-3.

ANTOL, Matej and Vlastislav DOHNAL. BM-index: Balanced Metric Space Index based on Weighted Voronoi Partitioning. In Lecture Notes in Computer Science. Advances in Databases and Information Systems, 23th East European Conference, ADBIS 2019. LNCS 11695. Cham: Springer International Publishing, 2019, p. 337-353. ISBN 978-3-030-28729-0. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-28730-6_21.

RŮŽIČKA, Michal, Andrea MIRANDA, Lukáš HEJTMÁNEK, Zdeněk VAŠEK, Vlastimil KREJČÍŘ and Miroslav BARTOŠEK. Metodika bitové ochrany digitálních dat (The methodology for bit-level preservation of digital dat). 2019.

LHOTÁK, Martin, Zdeněk VAŠEK and Michal RŮŽIČKA. Projekt ARCLib – vývoj open-source řešení pro dlouhodobou archivaci digitálních dokumentů pro knihovny a další paměťové instituce – aktuální stav (ARCLib – development of open source system for long-term preservation for library digital collections). In LTP 2019: Nové trendy a východiská pri budovaní LTP archívov: zborník príspevkov zo 4. medzinárodnej konferencie o dlhodobej archivácii. Bratislava: Univerzitná knižnica v Bratislave, 2019, p. 53-63. ISBN 978-80-89303-77-9.

ČELEDA, Pavel, Jakub ČEGAN, Kamil ANDONIADIS, Michal BERAN, František HRDINA, Tomáš JIRSÍK, Daniel KOUŘIL, Michal MAZOUREK, Radek OŠLEJŠEK, Michal PROCHÁZKA, Daniel TOVARŇÁK, Petr VELAN, Martin VIZVÁRY, Vadim JANOVSKIJ and Kristína ZÁKOPČANOVÁ. Software pro detekci a analýzu napadení KII (Software for detection and analysis of attacks on critical information infrastructures). 2019.

ČELEDA, Pavel, Jakub ČEGAN, Kamil ANDONIADIS, Milan ČERMÁK, Jan DUDA, Vlastimil HOLER, Ľuboš HYŽÁK, Boris JADUŠ, Jakub KADAŠI, David LEŠKA, Martin MACHÁČ, Ivo NUTÁR, Radek OŠLEJŠEK, Dominik PILÁR, Tomáš PLESNÍK, Michal PROCHÁZKA, Tomáš REBOK, Vít RUSŇÁK, Miloslav STANĚK, Pavel ŠEDA, Valdemar ŠVÁBENSKÝ, Daniel TOVARŇÁK, Petr VELAN, Martin VIZVÁRY, Jan VYKOPAL and Tatiana ZBONČÁKOVÁ. Software pro simulaci obecných i kritických informačních infrastruktur (Software for simulation of generic and critical information infrastructures). 2019.

LINDEN, Mikael, Michal PROCHÁZKA, Ilkka LAPPALAINEN, Dominik František BUČÍK, Pavel VYSKOČIL, Martin KUBA, Sami SILÉN, Peter BELMANN, Alexander SCZYRBA, Steven NEWHOUSE, Luděk MATYSKA and Tommi NYRÖNEN. Common ELIXIR Service for Researcher Authentication and Authorisation. F1000Research. F1000 Research Ltd., 2018, vol. 7, No 2018, p. 1-16. ISSN 2046-1402. Available from: https://dx.doi.org/10.12688/f1000research.15161.1.

KNÍŽEK, Jiří, Lubomír PAVLIŠKA, Václav PROCHÁZKA, Adéla VRTKOVÁ, Ladislav BERÁNEK, Pavel BOUCHAL, Bořivoj VOJTĚŠEK, Rudolf NENUTIL and Martin KUBA. Computation of Identification of a Gnostical Regression Model, Robust to Both Input and Output Disturbances with the Help of Parallel Computing–Basic Version. International Journal of Mathematics and Computation™. CESER, 2018, vol. 29, No 2, p. 29-58. ISSN 0974-5718.

SOJKA, Petr, Michal RŮŽIČKA and Vít NOVOTNÝ. MIaS: Math-Aware Retrieval in Digital Mathematical Libraries. Online. In Proceedings of the 27th ACM International Conference on Information and Knowledge Management (CIKM '18). Torino, Italy: Association for Computing Machinery, 2018, p. 1923-1926. ISBN 978-1-4503-6014-2. Available from: https://dx.doi.org/10.1145/3269206.3269233.

ANTOL, Matej and Vlastislav DOHNAL. Towards Artificial Priority Queues for Similarity Query Execution. Online. In 2018 IEEE 34th International Conference on Data Engineering Workshops (ICDEW). Paris, France: IEEE, 2018, p. 78-83. ISBN 978-1-5386-6306-6. Available from: https://dx.doi.org/10.1109/ICDEW.2018.00020.

KNÍŽEK, Jiří, Ladislav BERÁNEK, Pavel BOUCHAL, Bořivoj VOJTĚŠEK, Rudolf NENUTIL, Martin KUBA, Lubomír PAVLIŠKA and Václav PROCHÁZKA. Computation of Kovanic's Expectedness Distributions with the Help of Parallel Computing - Basic Version (with Special References of Health and Environment). INTERNATIONAL JOURNAL OF ECOLOGICAL ECONOMICS & STATISTICS. UTTARAKHAND: CENTRE ENVIRONMENT SOCIAL & ECONOMIC RESEARCH PUBL-CESER, 2017, vol. 38, No 1, p. 96-119. ISSN 0973-1385.

RŮŽIČKA, Michal, Vít NOVOTNÝ, Petr SOJKA, Jan POMIKÁLEK and Radim ŘEHŮŘEK. Flexible Similarity Search of Semantic Vectors Using Fulltext Search Engines. Online. In CEUR Workshop Proceedings, Vol. 1923. Vienna, Austria: Neuveden, 2017, p. 1-12. ISSN 1613-0073.

RŮŽIČKA, Michal. Math Information Retrieval for Digital Libraries. Brno: Masaryk University, Faculty of Informatics, 2017, 144 pp. Doctoral Thesis.

BARTOŠEK, Miroslav, Michal RŮŽIČKA and Václav STUPKA. Nařízení GDPR a jeho implementace na vysokých školách v ČR – jak na to (GDPR Regulation and its Implementation at Universities in the Czech Republic - how to do it). In EUNIS-CZ. Dopad zavedení novely VŠ zákona do IS vysokých škol. 1st ed. Plzeň: Západočeská univerzita v Plzni, 2017, p. 5-14. ISBN 978-80-261-0713-2.

ANTOL, Matej and Vlastislav DOHNAL. Popularity-Based Ranking for Fast Approximate kNN Search. Informatica. Lithuanian Academy of Sciences, 2017, vol. 28, No 1, p. 1-21. ISSN 0868-4952. Available from: https://dx.doi.org/10.15388/Informatica.2017.118.

RYGL, Jan, Jan POMIKÁLEK, Radim ŘEHŮŘEK, Michal RŮŽIČKA, Vít NOVOTNÝ and Petr SOJKA. Semantic Vector Encoding and Similarity Search Using Fulltext Search Engines. Online. In Proceedings of the 2nd Workshop on Representation Learning for NLP, RepL4NLP 2017 c/o ACL 2017. Vancouver, Canada: Association for Computational Linguistics, ACL, 2017, p. 81-90. ISBN 978-1-945626-62-3. Available from: https://dx.doi.org/10.18653/v1/W17-2611.

RŮŽIČKA, Michal, Petr SOJKA and Martin LÍŠKA. Math Indexer and Searcher under the Hood: Fine-Tuning Query Expansion and Unification Strategies. Online. In Noriko Kando and Kazuaki Kishida and Makoto P. Kato and Shuhei Yamamoto. Proceedings of the 12th NTCIR Conference on Evaluation of Information Access Technologies. Tokyo: National Institute of Informatics, 2-1-2 Hitotsubashi, Chiyoda-ku, Tokyo 101-8430 Japan, 2016, p. 331-337. ISBN 978-4-86049-071-3.

SOJKA, Petr and Michal RŮŽIČKA. Math-Aware Search Interfaces for Digital Mathematical Libraries (DML). 2016.

ANTOL, Matej and Vlastislav DOHNAL. Optimizing Query Performance with Inverted Cache in Metric Spaces. In Lecture Notes in Computer Science. Advances in Databases and Information Systems, 20th East European Conference, ADBIS 2016. Cham: Springer, 2016, p. 60-73. ISBN 978-3-319-44038-5. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-44039-2_5.

MELICHAR, Marek, Jan HUTAŘ, Michal RŮŽIČKA, Zdeněk HRUŠKA, Zdeněk VAŠEK, Miroslav BARTOŠEK and Martin LHOTÁK. Projekt ArcLib – budování systému pro dlouhodobou archivaci digitálních dat v českých knihovnách (ArcLib Project: Designing Solution for Long-term Preservation in Czech Libraries). IT lib. Bratislava: Centrum vedecko-technických informácií SR, 2016, vol. 20, No 2, p. 13-17. ISSN 1335-793X.

RYGL, Jan, Petr SOJKA, Michal RŮŽIČKA and Radim ŘEHŮŘEK. ScaleText: The Design of a Scalable, Adaptable and User-Friendly Document System for Similarity Searches : Digging for Nuggets of Wisdom in Text. In Aleš Horák, Pavel Rychlý, Adam Rambousek. Proceedings of the Tenth Workshop on Recent Advances in Slavonic Natural Language Processing, RASLAN 2016. Brno: Tribun EU, 2016, p. 79-87. ISBN 978-80-263-1095-2.

KNÍŽEK, Jiří, Pavel BOUCHAL, Vendula PÁRALOVÁ, Bořivoj VOJTĚŠEK, Rudolf NENUTIL, Ladislav BERÁNEK and Martin KUBA. Tests of Hypotheses in a Set of LC-MS Profiles. International Journal of Engineering and Future Technology. 2016, vol. 2, No 1, p. 45-54. ISSN 2455-6432.

KNÍŽEK, Jiří, Jiří ŠINDELÁŘ, Pavel BOUCHAL, Bořivoj VOJTĚŠEK, Rudolf NENUTIL, Ladislav BERÁNEK and Martin KUBA. Tests of Hypotheses in a Set of Spectral Courses Alias Marker Statistics. Int J Stat Econ. 2016, vol. 17, No 1, p. 50-72. ISSN 0975-556X.

JAKUBIČKA, Martin and Michal PROCHÁZKA. Univerzitní systém pro správu osobních digitálních certifikátů. Plzeň, Česká republika: Západočeská univerzita v Plzni, 2016, p. 10-18, 8 pp. ISBN 978-80-261-0625-8.

LÍŠKA, Martin, Petr SOJKA and Michal RŮŽIČKA. Combining Text and Formula Queries in Math Information Retrieval: Evaluation of Query Results Merging Strategies. In Davood Rafiei, Katsumi Tanaka. NWSearch '15: Proceedings of the First International Workshop on Novel Web Search Interfaces and Systems. New York, NY, USA: ACM, 2015, p. 7-9. ISBN 978-1-4503-3789-2. Available from: https://dx.doi.org/10.1145/2810355.2810359.

TÓTH, Šimon and Miroslav RUDA. Distributed job scheduling in MetaCentrum. Journal of Physics: Conference Series. Institute of Physics, 2015, vol. 608, No 1, p. 012025-12029. ISSN 1742-6596. Available from: https://dx.doi.org/10.1088/1742-6596/608/1/012025.

ČEGAN, Jakub, Pavel ČELEDA, Tomáš JIRSÍK, Tomáš PLESNÍK, Michal PROCHÁZKA, Petr VELAN, Jan VYKOPAL, Martin VIZVÁRY, Radek OŠLEJŠEK, Zdenek EICHLER, Dalibor TOTH, Milan ČERMÁK, Jan SOUKAL, Tomáš REBOK, Václav RAČANSKÝ, Ivo NUTÁR and Dušan LAGO. KYPO - Kybernetický polygon (KYPO - Cybernetic Proving Ground). 2015.

ČEGAN, Jakub, Pavel ČELEDA, Tomáš JIRSÍK, Tomáš PLESNÍK, Michal PROCHÁZKA, Petr VELAN, Jan VYKOPAL, Martin VIZVÁRY, Milan ČERMÁK, Jan SOUKAL, Tomáš REBOK, Ivo NUTÁR and Dušan LAGO. Software pro konfiguraci a monitorování virtuálního prostředí KYPO (Software for configuration and monitoring of KYPO environment). 2015.

OŠLEJŠEK, Radek, Zdenek EICHLER, Dalibor TOTH, Pavel ČELEDA, Jakub ČEGAN, Tomáš JIRSÍK, Tomáš PLESNÍK, Michal PROCHÁZKA, Petr VELAN, Martin VIZVÁRY and Jan VYKOPAL. Software pro vizualizaci virtuálního prostředí KYPO (Software for visualization of KYPO environment). 2015.

KOUŘIL, Daniel, Marcel POUL and Michal PROCHÁZKA. Using PKI to Provide Credential Delegation in non Web-based Federations. In Proceedings of the International Conference on Information Science and Applications, Lecture Notes in Electrical Engineering. Pattaya, Thailand: Springer Berlin Heidelberg, 2015, p. 525-532. ISBN 978-3-662-46577-6. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-662-46578-3_62.

PROCHÁZKA, Michal. Závěrečná zpráva STORK e-Academia pilot (STORK e-Academia pilot final report). Brno: Masarykova univerzita, 2015, 29 pp.

SCHWARZ, Daniel, Ladislav DUŠEK, Martin BAREŠ, Julie BIENERTOVÁ VAŠKŮ, Jitka FEBEROVÁ, Jiří KOFRÁNEK, Martin KOMENDA, Barbora LUDÍKOVÁ, Jiří MAYER, Jaroslav MAJERNÍK, Radim POLČÁK, Jarmila POTOMKOVÁ, Michal PROCHÁZKA, Adrian RAUDASCHL, Petr ŠTOURAČ, Jaroslav ŠTĚRBA, Stanislav ŠTÍPEK, Čestmír ŠTUKA, Ilja TACHECÍ and Martin VEJRAŽKA. Computer applications systems and networks for medical education : MEFANET: Czech and Slovak Medical Faculties Network. 1st ed. Brno: Masaryk University, Institute of Biostatistics and Analyses : Facta Medica, 2014, 230 pp. ISBN 978-80-904731-9-5. Available from: https://dx.doi.org/10.13140/2.1.1383.0723.

RŮŽIČKA, Michal, Petr SOJKA and Martin LÍŠKA. Math Indexer and Searcher under the Hood: History and Development of a Winning Strategy. In Noriko Kando, Hideo Joho, Kazuaki Kishida. Proceedings of the 11th NTCIR Conference on Evaluation of Information Access Technologies. Tokyo: National Institute of Informatics, 2-1-2 Hitotsubashi, Chiyoda-ku, Tokyo 101-8430 Japan, 2014, p. 127-134. ISBN 978-4-86049-065-2.

LÍŠKA, Martin, Petr SOJKA and Michal RŮŽIČKA. Math Indexer and Searcher Web Interface: Towards Fulfillment of Mathematicians' Information Needs. In Stephen M. Watt, James H. Davenport, Alan P. Sexton, Petr Sojka, Josef Urban. Intelligent Computer Mathematics CICM 2014. Proceedings of Calculemus, DML, MKM, and Systems and Projects. LNAI 8543. Zurich: Springer International Publishing Switzerland, 2014, p. 444-448. ISBN 978-3-319-08433-6. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-08434-3_36.

SZALAI, Dominik, Robert ŠIŠKA, David FORMÁNEK, Jakub ADLER and Michal RŮŽIČKA. MathCanEval 1.0. 2014.

FORMÁNEK, David, Robert ŠIŠKA, Dominik SZALAI, Jakub ADLER, Michal RŮŽIČKA, Martin LÍŠKA and Petr SOJKA. MathML Canonicalizer 1.0.0. 2014.

RŮŽIČKA, Michal. Maths Information Retrieval for Digital Libraries. 2014. ISBN 978-3-319-08434-3.

PROCHÁZKA, Michal, Slávek LICEHAMMER and Luděk MATYSKA. Perun – Modern Approach for User and Service Management. Mauritius: IIMC International Information Management Corporation Ltd, 2014, 11 pp. ISBN 978-1-905824-44-1.

KNÍŽEK, Jiří, Pavel BOUCHAL, Bořivoj VOJTĚŠEK, Rudolf NENUTIL, Ladislav BERÁNEK, Martin KUBA and Pavel TOMŠÍK. Regression Algorithm for Identification of Biomarker Areas in SELDI-TOF Mass Spectra. International Journal of Imaging and Robotics. 2014, vol. 13, No 2, p. 40-57. ISSN 2231-525X.

PAUNZEN, Ernst, Martin KUBA, Richard G. WEST and Miloslav ZEJDA. SuperWASP data release 1 public again. INFORMATION BULLETIN ON VARIABLE STARS. 2014, vol. 6090, No 6090, p. "nestrankovano", 2 pp. ISSN 1587-2440.

LÍŠKA, Martin, Petr SOJKA and Michal RŮŽIČKA. WebMIaS 1.5. 2014.

SOJKA, Petr, Michal RŮŽIČKA, Maroš KUCBEL and Martin JARMAR. Accessibility Issues in Digital Mathematical Libraries. In Proceedings of the Conference Universal Learning Design 2013. Brno: Masaryk University, 2013, p. 89-97. ISBN 978-80-210-6270-2.

KREJČÍŘ, Vlastimil, Tomáš HOFMAN, Michal RŮŽIČKA and Miroslav BARTOŠEK. DML-CZ DSpace. 2013.

RŮŽIČKA, Michal. Masaryk University DOI Tools. 2013.

RŮŽIČKA, Michal, Petr KOVÁŘ and Vlastimil KREJČÍŘ. Metadata Editor FFdigi. 2013.

SEBESTIÁNOVÁ, Zora, Michal PROCHÁZKA, Slávek LICEHAMMER, Michal ŠŤAVA and Pavel ZLÁMAL. Perun - user and resources management system. 2013.

PROCHÁZKA, Michal and Daniel KOUŘIL. RemSig - Bezpečné úložiště digitálních certifikátů (RemSig - Secure digital certificate storage). 2013.

LÍŠKA, Martin, Petr SOJKA and Michal RŮŽIČKA. Similarity Search for Mathematics: Masaryk University team at the NTCIR-10 Math Task. In Noriko Kando, Kazuaki Kishida. Proceedings of the 10th NTCIR Conference on Evaluation of Information Access Technologies. Tokyo: National Institute of Informatics, 2-1-2 Hitotsubashi, Chiyoda-ku, Tokyo 101-8430 Japan, 2013, p. 686-691. ISBN 978-4-86049-062-1.

WOJCIECHOWSKI, Krzys, Petr SOJKA, Nicolas HOUILLON, Michal RŮŽIČKA, Radim HATLAPATKA, Vlastimil KREJČÍŘ, Miroslav HRDINA, Jiří SOCHOR, Pavel RYCHLÝ, Aleš HORÁK, Alan SEXTON, Gilberto PEDROSA, Franck LONTIN, Thierry BOUCHE and Maciej KOŁUDA. Toolset for Image and Text Processing and Metadata Enhancements — Final Release: Deliverable 7.4 of project EuDML. 1 as of 9th February 2013. EU CIP-ICT-PSP project 250503 EuDML: The European Digital Mathematics Library, 2013, 24 pp. Deliverable D7.4.

RŮŽIČKA, Michal, Petr SOJKA and Vlastimil KREJČÍŘ. Towards Machine-Actionable Modules of a Digital Mathematics Library: The Example of DML-CZ. In J. Carette et al. CICM 2013, LNAI 7961. Berlin / Heidelberg: Springer, 2013, p. 263-277. ISBN 978-3-642-39319-8. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-39320-4_17.

FEIT, Josef, Lukáš HEJTMÁNEK, Michal PROCHÁZKA, Slávek LICEHAMMER and Luděk MATYSKA. Hypertext Atlases of Pathology. 2012. ISSN 0945-6317.

LÍŠKA, Martin, David FORMÁNEK, Michal RŮŽIČKA and Petr SOJKA. MathML Canonicalizer. 2012.

KUBA, Martin and Marek CHRASTINA. MUNI FITS Photometric Archive. In 44. konference o výzkumu proměnných hvězd. 2012.

KLUSÁČEK, Dalibor, Hana RUDOVÁ and Miroslav RUDA. New Fairness and Performance Metrics for Current Grids. In Cracow Grid Workshop 2012. 2012. ISBN 978-83-61433-06-4.

FORMÁNEK, David, Martin LÍŠKA, Michal RŮŽIČKA and Petr SOJKA. Normalization of Digital Mathematics Library Content. In Petr Sojka, Michael Kohlhase. DML 2012: Towards a Digital Mathematics Library. Brno: Masaryk University, 2012, p. 91-103. ISSN 1613-0073.

FORMÁNEK, David, Martin LÍŠKA, Michal RŮŽIČKA and Petr SOJKA. Normalization of Digital Mathematics Library Content. In CEUR Workshop Proceedings, Volume 921. Aachen: Neuveden, 2012, p. 91-103, 12 pp. ISSN 1613-0073.

CHLUMSKÝ, Václav, Dalibor KLUSÁČEK and Miroslav RUDA. Planning, Predictability and Optimization within the TORQUE Scheduler. In Antonín Kučera, Thomas Henzinger, Jaroslav Nešetřil, Tomáš Vojnar, David Antoš. MEMICS 2012. první. Brno: Novpress s.r.o., 2012, p. 96-97. ISBN 978-80-87342-15-2.

TÓTH, Šimon and Miroslav RUDA. Practical Experiences with Torque Meta-Scheduling in The Czech National Grid. Krakow, Poland: AGH University of Science and Technology Press, 2012, p. 33-45. ISSN 1508-2806.

KLUSÁČEK, Dalibor, Václav CHLUMSKÝ and Miroslav RUDA. THE EXTENSION OF TORQUE SCHEDULER ALLOWING THE USE OF PLANNING AND OPTIMIZATION IN GRIDS. Computer Science Journal. Krakow, Poland: AGH University of Science and Technology, 2012, vol. 13, No 2, p. 5-19. ISSN 1508-2806. Available from: https://dx.doi.org/10.7494/csci.2012.13.2.5.

SOJKA, Petr, Krzysztof WOJCIECHOWSKI, Nicolas HOUILLON, Michal RŮŽIČKA and Radim HATLAPATKA. Toolset for Image and Text Processing and Metadata Enhancements — Value release: Deliverable 7.3 of project EuDML. 1.01 as of 8th March 2012. EU CIP-ICT-PSP project 250503 EuDML: The European Digital Mathematics Library, 2012, 32 pp. Deliverable D7.3.

PROCHÁZKA, Michal, Daniel KOUŘIL, Romain WARTEL, Christos KANELLOPOULOS and Christos TRIANTAFYLLIDIS. A Race for Security: Identifying Vulnerabilities on 50 000 Hosts Faster than Attackers. Taipei, Taiwan: Academia Sinica, 2011. ISGC 2011 & OGF 31.

KUBA, Martin. Automated trust negotiation in identity federations using OWL-based abduction of missing credentials. Online. In Proceedings of the 6th International Conference forInternet Technology and Secured Transactions (ICITST-2011). Abu Dhabi: IEEE Xplore DigitalLibrary, 2011, p. 164-169. ISBN 978-1-908320-00-1.

SOJKA, Petr, Martin LÍŠKA and Michal RŮŽIČKA. Building Corpora of Technical Texts : Approaches and Tools. In Aleš Horák, Pavel Rychlý. Fifth Workshop on Recent Advances in Slavonic Natural Languages Processing, RASLAN 2011. první. Brno: Tribun EU, 2011, p. 71--82, 11 pp. ISBN 978-80-263-0077-9.

HARTMAN, Sam, Jens JENSEN, Daniel KOUŘIL and Michal PROCHÁZKA. Easing Access to Grids Using Moonshot. Praha: TERENA Networking Conference, 2011.

KOUŘIL, Daniel, Sam HARTMAN, Josh HOWLETT, Jens JENSEN and Michal PROCHÁZKA. Federated Access to Grids. Vilnius: EGI User Forum, 2011.

PROCHÁZKA, Michal and Daniel KOUŘIL. Jak sledovat zranitelnosti na 50 000 strojích. Data Security Management. Praha: Tate International, 2011, 1/2011, p. 14-17. ISSN 1211-8737.

MATYSKA, Luděk, Miroslav RUDA and Šimon TÓTH. Peer-to-peer Cooperative Scheduling Architecture for National Grid Infrastructure. In Simon C.Lin, Eric Yen. Data Driven e-Science. Academia Sinica Grid Computing Centre, 2011, p. 105-118. ISBN 978-1-4419-8014-4.

RŮŽIČKA, Michal. Použití Subversion pro verzování TeXových dokumentů (Version Control of TeX Documents Using Subversion). Zpravodaj CSTUG. Brno: CSTUG, 2011, vol. 2011, No 1, p. 21–64. ISSN 1211-6661. Available from: https://dx.doi.org/10.5300/2011-1/21.

RŮŽIČKA, Michal and Petr SOJKA. Redakční systém odborného časopisu s podporou exportu do digitální knihovny (A Scientific Journal Processing System with the Capability of Exporting to a Digital Library). Zpravodaj CSTUG. Brno: CSTUG, 2011, vol. 2011, No 1, p. 4–20. ISSN 1211-6661. Available from: https://dx.doi.org/10.5300/2011-1/4.

ŠPÁNEK, Roman, Daniel KOUŘIL, Martin KUBA and Michal PROCHÁZKA. Reputation Based Trust Management System Supporting Collaboration in a Medical Application. In Proceedings of e-Technologies and Networks for Development (ICeND 2011), Communications in Computer and Information Science, vol. 171. Heidelberg: Springer Berlin, 2011, p. 285-297. ISBN 978-3-642-22729-5.

RŮŽIČKA, Michal and Petr SOJKA. Scientific Journal Processing System with the Capability of Exporting to a Digital Library using MathML. 2011.

CHLUMSKÝ, Václav, Dalibor KLUSÁČEK and Miroslav RUDA. The Extension of TORQUE Scheduler Allowing the Use of Planning and Optimization Algorithms in Grids. In Cracow Grid Workshop. 2011.

TÓTH, Šimon, Miroslav RUDA and Luděk MATYSKA. Towards Peer-to-Peer Scheduling Architecture for the Czech National Grid. Krakow, Poland: Academic Computer Centre CYFRONET AGH, 2011, p. 92-101. ISBN 978-83-61433-03-3.

LÍŠKA, Martin, Petr SOJKA, Michal RŮŽIČKA and Peter MRAVEC. Web Interface and Collection for Mathematical Retrieval : WebMIaS and MREC. In Petr Sojka, Thierry Bouche. DML 2011: Towards a Digital Mathematics Library. Brno: Masaryk University, 2011, p. 77-84. ISBN 978-80-210-5542-1.

DRAŠAR, Martin, Martin JUŘEN, Daniel KOUŘIL, Pavel MINAŘÍK, Michal PROCHÁZKA and Jan VYKOPAL. Intelligent logging server. Warsaw: SECURE 2010, 2010.

KMUNÍČEK, Jan, Martin KUBA, Ivana KŘENKOVÁ and David ANTOŠ. MetaCentrum—e-Infrastructure for Computational and Data Challenges. Nové Hrady, 2010.

ŠUSTR, Zdeněk, Jiří SITERA, František DVOŘÁK, Jiří FILIPOVIČ, Daniel KOUŘIL, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA, Miloš MULAČ, Jan POSPÍŠIL, Miroslav RUDA, Zdeněk SALVET and Michal VOCŮ. Something you may have wanted to know about L&B. Journal of Physics: Conference Series. 2010, vol. 219, No 6, 10 pp. ISSN 1742-6596.

PROCHÁZKA, Michal, Daniel KOUŘIL and Luděk MATYSKA. User Centric Authentication for Web Applications. In Proceedings of the 2010 International Symposium on Collaborative Technologies and Systems. Chicago, USA: IEEE, 2010, p. 67-74. ISBN 978-1-4244-6620-7.

RUDA, Miroslav, Zdeněk ŠUSTR, Jiří SITERA, David ANTOŠ, Lukáš HEJTMÁNEK and Petr HOLUB. Virtual Clusters as a New Service of MetaCentrum, the Czech NGI. In Cracow Grid Workshop '09. Krakow: Academic Computer Centre CYFRONET AGH, 2010, p. 64-71. ISBN 978-83-61433-01-9.

PROCHÁZKA, Michal and Josef FEIT. Atlases jako poskytovatel služby ve federacích (Atlases as a Service provider in the Identity Federations). Brno: Masarykova univerzita, 2009. ISBN 978-80-7392-118-7.

PROCHÁZKA, Michal. Central European Regional EMC2 meeting. 2009.

KOUŘIL, Daniel and Michal PROCHÁZKA. Experiences with Massive PKI Deployment and Usage. In Security adn Protection of Information. 2009th ed. Brno, 2009, p. 44-52. ISBN 978807231641.

KOUŘIL, Daniel and Michal PROCHÁZKA. Fault-tolerant Access Control in Distributed Environment the MetaCentrum Authorization Infrastructure. CESNET, 2009. Technical report.

PROCHÁZKA, Michal, Daniel KOUŘIL and Tomáš KUBINA. Framework for non-Web application integration - CAT. In TERENA EuroCAMP. 2009.

PROCHÁZKA, Michal, Daniel KOUŘIL and Tomáš KUBINA. Grid-enabled Desktop. In TAGPMA Federated Identity Workshop. 2009.

SMRŽOVÁ, Jana, Miloš LIŠKA and Michal PROCHÁZKA. Ischemicko-reperfuzní poškození ledvin: Zpráva z videokonferenčně přenášeného kurzu 4th Belgrade up-to-date in Nephrology. Aktuality v nefrologii. TIGIS, 2009, vol. 15, No 2, p. 74-77. ISSN 1210-955X.

SMRŽOVÁ, Jana, Martin KUBA, Robert RAKOWSKI, Michal PROCHÁZKA and Zora SEBESTIANOVÁ. Jak zlepšit využívání dostupných dat a vzorců ? Odpověd zní: MEDIGRID. Diabetologie, metabolismus, endokrinologie, výživa. Praha: Tigis, 2009, vol. 12, supplem. 1, p. 62-63, 1 pp. ISSN 1211-9326.

PROCHÁZKA, Michal, Petr HOLUB and Eva HLADKÁ. jSon: Network of Active Elements with Peer-to-Peer Control Plane. In The Eighth International Conference on Networks ICN 2009. Cancun, Mexico: IARIA, 2009, 8 pp. ISBN 978-0-7695-3552-4.

SMRŽOVÁ, Jana, Martin KUBA, Rakowski ROBERT, Michal PROCHÁZKA and Zora SEBESTIANOVÁ. MEDIGRID - váš program pro vaše pacienty. Vnitřní lékařství - časopis České internistické společnosti a Slovenskej internistickej spoločnosti. Praha: Česká lékařská společnost J. E. Purkyně, 2009, vol. 55, No 9, p. 885. ISSN 0042-773X.

ŠUSTR, Zdeněk, Jiří SITERA, Miloš MULAČ, Miroslav RUDA, David ANTOŠ, Lukáš HEJTMÁNEK, Petr HOLUB, Zdeněk SALVET and Luděk MATYSKA. MetaCentrum, the Czech Virtualized NGI. 2009.

KOUŘIL, Daniel, Michal PROCHÁZKA, Tomáš KUBINA, Jeffrey ALTMAN and Asanka HERATH. Network Identity Manager Providers. In AFS & Kerberos Best Practices Workshop. 2009.

ANTOŠ, David, Lukáš HEJTMÁNEK, Jiří CHUDOBA, Daniel KOUŘIL, Luděk MATYSKA and Michal PROCHÁZKA. Správa dat v gridových systémech (Data Management in Grid Systems). In Proceedings of the Annual Database Conference DATAKON 2009. 1st ed. Praha: Oeconomica, Praha, 2009, p. 251-265. ISBN 978-80-245-1568-7.

KOUŘIL, Daniel and Michal PROCHÁZKA. Úskalí PKI v praxi - část I (Practical problems of PKI - part I). DSM. Praha: Tate International, s.r.o., 2009, XIII, No 1. ISSN 1211-8737.

KOUŘIL, Daniel and Michal PROCHÁZKA. Úskalí PKI v praxi - část II (Practical problems of PKI - part II). DSM. Praha: Tate International, s.r.o., 2009, XIII, No 2, p. 40-44. ISSN 1211-8737.

SMRŽOVÁ, Jana, Martin KUBA, Robert RAKOWSKI and Michal PROCHÁZKA. Videokonference - moderní cesta realizace lékařských konzilií a konzultací. Diabetologie, metabolismus, endokrinologie, výživa. Praha: Tigis, 2009, vol. 12, supplem. 1, p. 63. ISSN 1211-9326.

SMRŽOVÁ, Jana, Martin KUBA, Robert RAKOWSKI and Michal PROCHÁZKA. Videokonference - prostředek pro vedení lékařských konzilií a konzultací. Cor et Vasa - Časopis České kardiologické společnosti. Brno: Česká kardiologická společnost, 2009, vol. 2009, Suppl. 1, 1 pp. ISSN 1803-7712.

RUDA, Miroslav, Zdeněk ŠUSTR, Jiří SITERA, David ANTOŠ, Lukáš HEJTMÁNEK, Petr HOLUB and Miloš MULAČ. Virtual Clusters as a New Service of MetaCentrum, the Czech NGI; CESNET technical report 17/2009. 2009.

PROCHÁZKA, Michal, Daniel KOUŘIL, Luděk MATYSKA, Tomáš KUBINA and Lukáš SPURNÝ. A Federated Framework for Secure Collaborative Systems. In EUNIS 2008 VISION IT, Visions for IT in Higher Education. Aarhus, Denmark: University of Aarhus, 2008, 9 pp. ISBN 978-87-91234-56-9.

PROCHÁZKA, Michal and Daniel KOUŘIL. A federated framework for secure videoconference. Stockholm, Sweden: Terena EuroCamp, 2008.

PLŠEK, Vítězslav, Jan KMUNÍČEK and Martin KUBA. A Graphical Frontend to Key Services for Utilization of Grid Environments: A CharonGUI Use Case. In 4th International Workshop on Grid Computing for Complex Problems (GCCP 2008). Bratislava, Slovakia: Institute of Informatics, Slovak Academy of Sciences, 2008, p. 28-35. ISBN 978-80-969202-9-7.

SCHOVANCOVÁ, Jaroslava, Jiří CHUDOBA, František DVOŘÁK, Jiří FILIPOVIČ, Jan KMUNÍČEK, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA, Miloš MILAČ, Miroslav RUDA, Zdeněk SALVET, Jiří SITERA, Zdeněk ŠUSTR and Petr TRÁVNÍČEK. Experience with Large Scale Simulations on the EGEE Grid for the AUGER collaboration. In Proceedings of the Third Conference of the EELA Project. Catania, Itálie: CIEMAT, 2008, p. 283-291, 8 pp. ISBN 978-84-7834-565-6.

KŘENEK, Aleš, Jiri SITERA, Luděk MATYSKA, Frantisek DVORAK, Miloš MULAČ, Miroslav RUDA and Zdeněk SALVET. gLite Job Provenance - a job-centric view. Concurrency and Computation: Practice and Experience. John Wiley & Sons, Inc, 2008, vol. 20, No 5, p. 453-462. ISSN 1532-0626. Available from: https://dx.doi.org/10.1002/cpe.1252.

KMUNÍČEK, Jan, Martin KUBA, Vítězslav PLŠEK and Luděk MATYSKA. Charon GUI: Feature Rich Interface to Distinct Grid Niches. In 3rd EGEE User Forum, Clermont-Ferrand, France. 2008.

KUBA, Martin and Jana SMRŽOVÁ. Identity Federation for Expert Only Access in a Large Virtual Community: Drug Interactions Use Case. In HealhGrid 2008, Chicago. 2008.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA and Michal PROCHÁZKA. Integrovaná správa pověření pro e-learningové systémy. In SCO 2008. Brno: Masarykova univerzita, 2008, p. 117-122. ISBN 9788021046139.

RUDA, Miroslav, Jiri SITERA, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA, Zdenek SUSTR and Michal VOCŮ. Job Centric Monitoring on the Grid 7 years of experience with L&B and JP services. In CESNET CONFERENCE 2008-SECURITY, MIDDLEWARE, AND VIRTUALIZATION-GLUE OF FUTURE NETWORKS. Praha: CESNET, 2008, p. 3-12. ISBN 978-80-904173-0-4.

KŘENEK, Aleš, Luděk MATYSKA, Jiří SITERA, Miroslav RUDA, František DVOŘÁK, Jiří FILIPOVIČ, Zdeněk ŠUSTR and Zdeněk SALVET. Job Provenance - Insight into Very Large Provenance Datasets. In Provenance and Annotation of Data and Processes. Second International Provenance and Annotation Workshop, IPAW 2008; LNCS. Berlin: Springer Berlin / Heidelberg, 2008, p. 144-151. ISBN 978-3-540-89964-8.

KUBA, Martin and Jana SMRŽOVÁ. Lékové interakce: program k jejich vyhledávání s možností doplňování dalších pozorovaných interakcí. Vnitřní lékařství - časopis České internistické společnosti a Slovenskej internistickej spoločnosti. Praha: Česká lékařská společnost J. E. Purkyně, 2008, vol. 54, No 9, p. 897. ISSN 0042-773X.

KUBA, Martin and Jana SMRŽOVÁ. Lékové interakce: program k jejich vyhledávání s možností doplňování dalších pozorovaných interakcí. Aktuality v nefrologii. TIGIS, 2008, 14/2008, No 2, p. 80-80. ISSN 1210-955X.

KUBA, Martin and Jana SMRŽOVÁ. Nový bezplatný program pro zobrazení známých i zachycení nových lékových interakcí. In XVI. výroční sjezd České kardiologické společnosti, Brno. Praha: Medical Tribune CZ, 2008, p. 58.

KUBA, Martin and Jana SMRŽOVÁ. Optimalizace využití biometrických údajů pacientů pomocí programu Medigrid. In XVI. výroční sjezd České kardiologické společnosti, Brno. Praha. Medical Tribune CZ, 2008, p. 58.

PROCHÁZKA, Michal. Pathology Atlases - Service Provider in a Multi-Federation Environment. Athens, Greece: Terena EuroCamp, 2008.

KUBA, Martin and Jana SMRŽOVÁ. Program zobrazující lékové interakce s možností připsání dalších pozorovaných interakcí. Diabetologie Metabolismus Endokrinologie Výživa. Praha: Tigis s.r.o., 2008, Ročník 11, Suplem. 1, p. 54. ISSN 1211-9326.

PROCHÁZKA, Michal and Daniel KOUŘIL. Survey of Authentication Mechanisms for Grids. In CESNET Conference 2008. Praha: CESNET, z.s.p.o., 2008, 10 pp. ISBN 978-80-904173-0-4.

SMRŽOVÁ, Jana, Martin KUBA, Dagmar HRŮZOVÁ, Michal PROCHÁZKA and Zora SEBESTIANOVÁ. Videokonference jako nástroj pro vedení lékařských konzilií a konzultací. Vnitřní lékařství - časopis České internistické společnosti a Slovenskej internistickej spoločnosti. Praha: Česká lékařská společnost J. E. Purkyně, 2008, vol. 54, No 9, p. 911-912. ISSN 0042-773X.

DENEMARK, Jiří, Miroslav RUDA and Luděk MATYSKA. Virtualizing METACentrum Resources Using Magrathea. In Networking Studies II: Selected Technical Reports. 1st ed. Praha: CESNET, 2008, p. 129-145. ISBN 978-80-254-2151-2.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA and Michal PROCHÁZKA. A Robust and Efficient Mechanism to Distribute Certificate Revocation Information Using the Grid Monitoring Architecture. In 21st International Conference on Advanced Information Networking and Applications Workshops (AINAW'07),. Niagara Falls, Canada: IEEE Computer Society, 2007, p. 614-619. ISBN 0-7695-2847-3.

HEJTMÁNEK, Lukáš, Luděk MATYSKA and Michal PROCHÁZKA. Bezpečný distribuovaný úložný prostor (Secure distributed data storage). In Širokopásmové sítě a jejich aplikace. Olomouc: CESNET, z.s.p.o. a UP Olomouc, 2007, p. 60-65. ISBN 978-80-244-1687-8.

KRAJÍČEK, Ondřej, Andrea CECCANTI, Miroslav RUDA and Aleš KŘENEK. Designing a distributed mediator for the C-GMA monitoring architecture. In Distributed and Parallel Systems: From Cluster to Grid Computing. Innsbruck, Austria: Springer, 2007, p. 155-164. ISBN 978-0-387-69857-1.

KOUŘIL, Daniel, Michal PROCHÁZKA and Luděk MATYSKA. Experience with PKI in a Large-scale Distributed Environment. In EUNIS 2007 Conference. Grenoble, France, 2007, 9 pp.

KOUŘIL, Daniel, Martin KUBA, Martin OSOVSKÝ, Radim PEŠA and Michal PROCHÁZKA. Federace identit aneb spolčení totožností (Introduction to Identity Federations). Zpravodaj ÚVT MU. Brno: Masarykova univerzita, 2007, vol. 18, No 2, p. 1-7, 8 pp. ISSN 1212-0901.

KMUNÍČEK, Jan, Vítězslav PLŠEK and Martin KUBA. Graphical User Interface for Charon Extension Layer System and Application Dashboards. In Computational Chemistry Workshop, d'Orsay, Paris, France. 2007.

RUDA, Miroslav and Jiří DENEMARK. Grid Deployment Using Virtual Machines: METACenter Use-Case. DESY, Hamburg, Germany, 2007. Virtualization users workshop.

RUDA, Miroslav and Hana RUDOVÁ. Grid Simulator with Production Scheduling Algorithms (abstract). Cracow, Poland, 2007. Cracow Grid Workshop '07.

PROCHÁZKA, Michal and Daniel KOUŘIL. Identity Management in the Grid Environment. Plzeň, 2007. The World of Digital Identity 2007.

VEJVALKA, Jan, Petr HOLUB, Michal PROCHÁZKA, Miloš LIŠKA, Eva HLADKÁ, Michael ANGASTINIOTIS and Marina KLEANTHOUS. Ithanet - developing en infrastructure of electronic communication for Thalassaemia research. In Conference Proceedings of EMMIT 2007, Euro-Mediterranean Medical Informatics and Telemedicine, 3rd International Conference. , Mangalia 2007: Eds. Moisil, I., Teseleanu, M., Sicurello, F., 2007, p. 181-186. ISBN 978-973-739-423-1.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA, Michal PROCHÁZKA and Tomáš ZÁVODNÝ. Kerberos and Grid systems. Stanford, California, USA, 2007. AFS & Kerberos Best Practices Workshop 2007.

DENEMARK, Jiří, Miroslav RUDA and Luděk MATYSKA. Magrathea -- Grid Management Using Virtual Machine. In Cracow Grid Workshop '06. Krakow, Polsko: Academic Computer Centre CYFRONET AGH, 2007, p. 138-145. ISBN 83-915141-7-X.

KUBA, Martin, Zora SEBESTIANOVÁ, Luděk MATYSKA, Jan VEJVALKA, Petr LESNÝ and Tomáš HOLEČEK. MediGrid jako prostředek sdílení biomedicínských zdrojů. In Širokopásmové sítě a jejich aplikace, sborník příspěvků. Olomouc: Univerzita Palackého v Olomouci, 2007, p. 79-82. ISBN 978-80-244-1687-8.

KOUŘIL, Daniel, Ondřej KRAJÍČEK, Martin KUBA and Michal PROCHÁZKA. Message Level Security For Grid Services Using S/MIME. In Distributed and Parallel Systems (DAPSYS). Springer US, 2007, p. 123-131. ISBN 978-0-387-69857-1.

KOUŘIL, Daniel, Martin KUBA and Michal PROCHÁZKA. Nasazení federací ve velkém distribuovaném prostředí: systém pro správu interakcí léků (Federation deployment in large distributed environment: a system for medical drug interactions administration). In DATAKON 2007 - Proceedings of the Annual Database Conference. 1st ed. Brno: Masarykova Univerzita, 2007, p. 132-141. ISBN 978-80-7355-076-9.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA and Michal PROCHÁZKA. On Distribution Certificate Revocation Information in Grids. Brno, 2007. MEMICS 2007. ISBN 978-80-7355-077-6.

KUBA, Martin, Daniel KOUŘIL and Michal PROCHÁZKA. Sealed Grid with Downloadable Services. In CoreGRID Symposium. Rennes, France: Springer, 2007, p. 83-91. ISBN 978-0-387-72497-3.

HOLUB, Petr, Eva HLADKÁ, Michal PROCHÁZKA and Miloš LIŠKA. Secure and Pervasive Collaborative Platform for Medical Applications. Studies in Health Technology and Informatics. Amsterdam, The Netherlands: IOS Press, 2007, vol. 126, No 1, p. 229-238. ISSN 0926-9630.

HEJTMÁNEK, Lukáš, Luděk MATYSKA and Michal PROCHÁZKA. Secure Logistical Networking in Virtual Organizations. In Cracow'06 Grid Workshop. Krakow, Polsko: Academic Computer Centre CYFRONET AGH, 2007, p. 450-458. ISBN 83-915141-7-X.

HEJTMÁNEK, Lukáš, Luděk MATYSKA and Michal PROCHÁZKA. Secure Logistical Networking in Virtual Organizations. CESNET z.s.p.o., 2007, 16 pp. 2/2007.

RUDA, Miroslav, Jiří DENEMARK and Luděk MATYSKA. Scheduling Virtual Grids: the Magrathea System. In Second International Workshop on Virtualization Technology in Distributed Computing. USA: ACM digital library, 2007, p. 1-7. ISBN 978-1-59593-897-8.

PROCHÁZKA, Michal, Luděk MATYSKA, Eva HLADKÁ, Daniel KOUŘIL and Petr HOLUB. Transparent Security for Collaborative Environments. In The 3rd International Conference on Collaborative Computing: Networking, Applications and Worksharing. White Plains, New York: ICST, 2007, 6 pp. ISBN 1-4244-1317-6.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA and Michal PROCHÁZKA. Trusted Distribution and Utilization of Virtual Machines. Austin, TX, USA: IEEE Computer Society, 2007. Grid 2007.

PROCHÁZKA, Michal and Daniel KOUŘIL. Usage of TPM under Xen. DESY, Hamburg, Germany, 2007. Virtualization users workshop.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA and Michal PROCHÁZKA. Using CRL Push Delivery for Efficient Certificate Revocation Information Distribution in Grids. CESNET, 2007. Technical report.

HLADKÁ, Eva, Petr HOLUB and Michal PROCHÁZKA. Videokonference za zdí (Videoconferencing behind firewalls). Brno: MU, 2007, 4 pp. Zpravodaj ÚVT MU, 17, 5, 8-11. ISSN 1212-0901.

KUBA, Martin and Zora SEBESTIANOVÁ. Web Deployed Interface for a Medical Knowledge Grid. In The Second International Conference on Internet and Web Applications and Services (ICIW 2007). IEEE Digital Library: IEEE Computer Society Press, 2007, 5 pp. ISBN 0-7695-2844-9.

KOUŘIL, Daniel, Michal PROCHÁZKA and Luděk MATYSKA. Zkušenosti s nasazením PKI v distribuovaném prostředí (Deploying PKI in a Distributed Environment). In Bezpečnostní politika IS. Plzeň: Západočeská univerzita v Plzni, 2007, p. 33-39. ISBN 978-80-7043-554-0.

PROCHÁZKA, Michal, Petr HOLUB and Eva HLADKÁ. Active Element Network with P2P Control Plane. In Self-Organizing Systems, Lecture Notes in Computer Science Volume 4124. 2006.

DENEMARK, Jiří, Michał JANKOWSKI, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA, Norbert MEYER, Miroslav RUDA and Paweł WOLNIEWICZ. Best Practices of User Account Management with Virtual Organization Based Access to Grid. Lecture Notes in Computer Science. Springer Berlin/Heidelberg, 2006, vol. 3911, -, p. 633-642. ISSN 0302-9743.

KRAJÍČEK, Ondřej, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA, Miroslav RUDA and Jiří SITERA. Capability languages in C-GMA. In Proceedings of the Cracow Grid Workshop 2005. April 2006. Cracow: Academic Computer Center CYFRONET AGH, Cracow, Poland, 2006, p. 131-138. ISBN 83-915141-5-3.

KRAJÍČEK, Ondřej, Andrea CECCANTI, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA and Miroslav RUDA. Designing a Distributed Mediator for the C-GMA Monitoring Architecture. In Proceedings of the Austrian Hungarian Workshop on Parallel and Distributed Systems 2006. 1st ed. Innsbruck, 2006, p. TO APPEAR, 10 pp.

KUBA, Martin, Ondřej KRAJÍČEK, Petr LESNÝ, Jan VEJVALKA and Tomáš HOLEČEK. Grid Empowered Sharing of Medical Expertise. In Challenges and Opportunities of HealthGrids, Proceedings of HealthGrid 2006. Amsterdam (Netherlands): IOS Press, 2006, p. 273-282. ISBN 1-58603-617-3.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA and Michal PROCHÁZKA. Improving Security in Grids Using the Smart Card Technology. In Proceedings of the IEEE/ACM International Conference on Grid Computing (Grid 2006). Barcelona, Spain: IEEE Computer Society, 2006, p. 303-304. ISBN 1-4244-0344-8.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA and Michal PROCHÁZKA. Kerberos and PKI Cooperation. Ann Arbor, Michigan, USA, 2006. AFS & Kerberos Best Practices Workshop 2006.

PROCHÁZKA, Michal and Miloš LIŠKA. Scalable and Robust Active Element Network. In CESNET Conference 2006. Praha: CESNET z.s.p.o., 2006, p. 107-114. ISBN 978-80-239-6533-9.

KRAJÍČEK, Ondřej, Václav LORENC and Martin KUBA. Secure References for Reliable Knowledge Sharing on the Biomedical Grid (Bezpečné reference pro spolehlivé sdílení znalostí v biomedicinském gridu). In Proceedings of the Second Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science. 2006th ed. Brno: Vysoké učení technické v Brně, 2006, p. 83-90. ISBN 80-214-3287-X.

DENEMARK, Jiří, Michał JANKOWSKI, Luděk MATYSKA, Norbert MEYER, Miroslav RUDA and Paweł WOLNIEWICZ. User Management for Virtual Organizations. In CoreGRID Integration Workshop. EU: CoreGRID, 2006.

CHUDOBA, Jiří, Lukáš FIALA, Jan KMUNÍČEK, Jiří KOSINA, Daniel KOUŘIL, Miloš LOKAJÍČEK, Luděk MATYSKA, Miroslav RUDA and Jan ŠVEC. VOCE---A Grid Environment for Central Europe. In Proceedings of the Cracow Grid Workshop 2005. Cracow: Academic Computer Center CYFRONET AGH, Cracow, Poland, 2006, p. 322-328. ISBN 83-915141-5-3.

PROCHÁZKA, Michal. Všichni chceme Eduroam! Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2006. Zpravodaj ÚVT MU, 17, 2, 4-6. ISSN 1212-0901.

KUBA, Martin and Miloš LIŠKA. Web Service Based Knowledge Grid for Biomedicine. In Proceedings of MIPRO 2006 / Hypermedia and Grid Systems. Opatija (Croatia): Croatian Society for Information and Communication Technology, Electronics and Microelectronics, 2006, p. 191-193. ISBN 953-233-018-6.

KUBA, Martin. Web Services. In DATAKON 2006, Proceedings of the Annual Database Conference. Brno, 2006, p. 93-112. ISBN 80-210-4102-1.

KOUŘIL, Daniel and Michal PROCHÁZKA. Zkušenosti s nasazováním HW tokenů pro uživatele METACentra (Deployment of HW Tokens among METACentre Users). In Sborník příspěvků z XXVIII. konference EurOpen.CZ. Plzeň: EurOpen.CZ, 2006, p. 35-47. ISBN 80-86583-10-4.

SITERA, Jiří, Luděk MATYSKA, Aleš KŘENEK, Miroslav RUDA, Michal VOCŮ, Zdeněk SALVET and Miloš MULAČ. Capability and Attribute Based GRID Monitoring Architecture. In Proc. Cracow Grid Workshop'04. Krakow, Polsko: Academic Computing Centre CYFRONET AGH, 2005, p. 176-183. ISBN 83-9151414-4-5.

RUDA, Miroslav and Hana RUDOVÁ. Grid Scheduling and Monitoring. Workshop of the UK Planning and Scheduling Special Interest Group. London, UK: City University, UK, 2005, vol. 2005, -, p. 98-99. ISSN 1368-5708.

BOCCHI, Laura, Ondřej KRAJÍČEK and Martin KUBA. Infrastructure for Adaptive Workflows in Semantic Grids. In Proceedings of the first CoreGRID Integration Workshop. Pisa: University of Pisa, 2005, p. 327-336.

KUBA, Martin. Integration of Medical Services Using Semantic Grid Techniques. Technology and Health Care. Amsterdam (The Netherlands): IOS Press, 2005, vol. 13, No 5, p. 410-411. ISSN 0928-7329.

KUBA, Martin, Ondřej KRAJÍČEK, Petr LESNÝ and Tomáš HOLEČEK. Semantic Grid Infrastructure for Applications in Biomedicine. In DATAKON 2005 - Proceedings of the Annual Database Conference. 1st ed. Brno, 2005, p. 335-344. ISBN 80-210-3813-6.

CECCANTI, Andrea, Ondřej KRAJÍČEK, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA and Miroslav RUDA. Towards Scalable and Interoperable Grid Monitoring Infrastructure. In Proceedings of the first CoreGRID Integration Workshop. Pisa: University of Pisa, Italy, 2005, p. 237-246.

KUBA, Martin. Tutoriál Web Services (Web Services Tutorial). XXVI. konference EurOpen.CZ. Monínec, 2005.

MATYSKA, Luděk, Miroslav RUDA, Jiří DENEMARK, Norbert MEYER, Paweł WOLNIEWICZ and Michał JANKOWSKI. User Management for Virtual Organizations. EU: CoreGRID, 2005. TR-0012.

KOUŘIL, Daniel, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA, Miloš MULAČ, Jan POSPÍŠIL, Miroslav RUDA, Zdeněk SALVET, Jiří SITERA, Jiří ŠKRABAL and Michal VOCŮ. Distributed Tracking, Storage, and Re-use of Job State Information on the Grid. 2004, 4 pp.

HOLUB, Petr, Martin KUBA, Luděk MATYSKA and Miroslav RUDA. Grid Infrastructure Monitoring as Reliable Information Service. In Grid Computing, Second European AcrossGrids Conference, AxGrids 2004, Lecture Notes in Computer Science 3165. Berlin / Heidelberg: Springer-Verlag, 2004, p. 220-229. ISBN 3-540-22888-8.

ANDREETTO, P., Valentina BORGIA, A. DORIGO, A. GIANELLE, M. MORDACCHINI, M. SGARAVATTO, L. ZANGRANDO, S. ANDREOZZI, V. CIASCHINI, C. DI GIUSTO, F. GIACOMINI, V. MEDICI, E. RONCHIERI, V. VENTURI, G. AVELLINO, S. BECO, A. MARASCHINI, F. PACINI, A. GUARISE and G. PATANIA. Practical approaches to Grid workload and resource management in the EGEE project. 2004, 4 pp.

KUBA, Martin. Uživatelský portál METACentra. CESNET z.s.p.o, 2004. technická zpráva.

KUBA, Martin. Web Services. Zpravodaj Ústavu výpočetní techniky Masarykovy univerzity v Brně. 2003, roč. 13, č. 3, p. 9-14. ISSN 1212-0901.

KUBA, Martin. XML snadno a rychle. Zpravodaj Ústavu výpočetní techniky Masarykovy univerzity v Brně. 2003, roč. 13, č. 3, p. 4-9. ISSN 1212-0901.

MATYSKA, Luděk and Miroslav RUDA. Conformational Analysis as a Testbed for MetaComputer. In ISThmus 2000 - Research and Development for the Information Society. Poznan: Politechnika Poznanska, 2000, p. 279-564. ISBN 83-913639-0-2.

MATYSKA, Luděk and Miroslav RUDA. Security Infrastructure ot the MetaCenter. In ISThmus 2000 - Research and Development for the Information Society. Poznan: Politechnika Poznanska, 2000, p. 419-844. ISBN 83-913639-0-2.

MATYSKA, Luděk and Miroslav RUDA. Meta Computing - New Direction in High Performance Computing. In ITAB´97. Praha: IEEE EMB, 1997, p. 106. ISBN 0-7803-4318-2.