Výpis publikací

DOSTÁLOVÁ, Lenka, Aneta LEDEREROVÁ, Helena PESCHELOVÁ, Václav HEJRET a Michal ŠMÍDA. CRISPR/Cas9 knockout screening revealed genes involved in CD20 regulation. In Annual PhD conference Biomedical sciences, Brno. 2022.

PEŠOVÁ, Michaela, Veronika MANČÍKOVÁ, Robert HELMA, Šárka PAVLOVÁ, Václav HEJRET, Petr TAUŠ, Jakub HYNŠT, Karla PLEVOVÁ, Jana KOTAŠKOVÁ, Jitka MALČÍKOVÁ a Šárka POSPÍŠILOVÁ. Distinct p53 phosphorylation patterns in chronic lymphocytic leukemia patients are reflected in circumjacent pathways activation upon DNA damage. In Mendel genetics Conference 2022. 2022.

PEŠOVÁ, Michaela, Veronika MANČÍKOVÁ, Robert HELMA, Šárka PAVLOVÁ, Václav HEJRET, Petr TAUŠ, Jakub HYNŠT, Karla PLEVOVÁ, Jana KOTAŠKOVÁ, Jitka MALČÍKOVÁ a Šárka POSPÍŠILOVÁ. Distinct p53 phosphorylation patterns in chronic lymphocytic leukemia patients are reflected in circumjacent pathways activation upon DNA damage. In EHA 2022 in HemaSphere 2022; 6(S3): 976. 2022.

PEŠOVÁ, Michaela, Veronika MANČÍKOVÁ, Robert HELMA, Šárka PAVLOVÁ, Václav HEJRET, Petr TAUŠ, Jakub HYNŠT, Karla PLEVOVÁ, Jana KOTAŠKOVÁ, Jitka MALČÍKOVÁ a Šárka POSPÍŠILOVÁ. Distinct p53 phospohrylation patterns in chronic lymphocytic leukemia patients are reflected in circumjacent pathways activation upon DNA damage. In PhD retreat 2022, Telč. 2022.

CHALUPOVÁ, Eliška, Ondřej VACULÍK, Jakub POLÁČEK, Filip JOZEFOV, Tomáš MAJTNER a Panagiotis ALEXIOU. ENNGene: an Easy Neural Network model building tool for Genomics. BMC Genomics. BioMed Central, 2022, roč. 23, č. 1, s. 248-258. ISSN 1471-2164. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s12864-022-08414-x.

VALISKOVA, Barbora, Sona GREGOROVA, Diana LUSTYK, Petr ŠIMEČEK, Petr JANSA a Jiri FOREJT. Genic and chromosomal components of Prdm9-driven hybrid male sterility in mice (Mus musculus). Genetics. BETHESDA (USA): GENETICS SOCIETY AMERICA, 2022, roč. 222, č. 1, s. 1-14. ISSN 0016-6731. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/genetics/iyac116.

GREŠOVÁ, Katarína, Petr ŠIMEČEK, Vlastimil MARTINEK, David ČECHÁK a Panagiotis ALEXIOU. Genomic Benchmarks: A Collection of Datasets for Genomic Sequence Classification. 2022. ISBN 978-80-7592-127-7.

CAVALLIN, Ivana, Marek BARTOŠOVIČ, Tomáš SKALICKÝ, Praveenkumar RENGARAJ, Martin DEMKO, Martina Christina SCHMIDT-DENGLER, Aleksej DRINO, Mark HELM a Štěpánka VAŇÁČOVÁ. HITS-CLIP analysis of human ALKBH8 reveals interactions with fully processed substrate tRNAs and with specific noncoding RNAs. RNA. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2022, roč. 28, č. 12, s. 1568-1581. ISSN 1355-8382. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1261/rna.079421.122.

LIMBERGER, Tanja, Michaela SCHLEDERER, Karolína TRACHTOVÁ, Ines Garces de los Fayos ALONSO, Jiaye YANG, Sandra HOEGLER, Christina STERNBERG, Vojtěch BYSTRÝ, Jan OPPELT, Boris TICHÝ, Margit SCHMEIDL, Petra KODAJOVA, Anton JAEGER, Heidi A NEUBAUER, Monika OBERHUBER, Belinda S SCHMALZBAUER, Šárka POSPÍŠILOVÁ, Helmut DOLZNIG, Wolfgang WADSAK, Zoran CULIG, Suzanne Dawn TURNER, Gerda EGGER, Sabine LAGGER a Lukas KENNER. KMT2C methyltransferase domain regulated INK4A expression suppresses prostate cancer metastasis. Molecular Cancer. LONDON: BioMed Central, 2022, roč. 21, č. 1, s. 89-107. ISSN 1476-4598. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s12943-022-01542-8.

KLIMENTOVÁ, Eva, Václav HEJRET, Katarína GREŠOVÁ, Ilektra-Chara GIASSA a Panagiotis ALEXIOU. miRBind: a Deep Learning method for miRNA binding classification. 2022. ISBN 978-80-7592-127-7.

KLIMENTOVÁ, Eva, Václav HEJRET, Ján KRČMÁŘ, Katarína GREŠOVÁ, Ilektra-Chara GIASSA a Panagiotis ALEXIOU. miRBind: A Deep Learning Method for miRNA Binding Classification. GENES. MDPI, 2022, roč. 13, č. 12, s. 2323-2335. ISSN 2073-4425. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/genes13122323.

HEJRET, Václav, Nandan Mysore VARADARAJAN, Eva KLIMENTOVÁ, Ilektra-Chara GIASSA, Štěpánka VAŇÁČOVÁ a Panagiotis ALEXIOU. Noncanonical small RNA chimeras identified by AGO2-CLASH. In 16th Microsymposium on RNA Biology. 2022.

BHAGAT, Kriti, Ilektra-Chara GIASSA a Panagiotis ALEXIOU. PENGUINN-RNA: prediction of RNA G-quadruplexes using interpretable Neural Networks. 2022. ISBN 978-80-7592-127-7.

BYSTRÝ, Vojtěch, Viktor MAŠÍČEK, Nicolas MOKRIŠ a Martin DEMKO. SeqUIa: Softwarová platforma pro zpracování sekvenování nové generace skrze grafické rozhraní. 2022.

GREŠOVÁ, Katarína, Panagiotis ALEXIOU a Ilektra-Chara GIASSA. Small RNA Targets: Advances in Prediction Tools and High-Throughput Profiling. BIOLOGY-BASEL. BASEL: MDPI, 2022, roč. 11, č. 12, s. 1798-1821. ISSN 2079-7737. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/biology11121798.

MURESAN, Ximena M., Eva SLABÁKOVÁ, Jiřina PROCHÁZKOVÁ, Stanislav DRÁPELA, Radek FEDR, Markéta PÍCKOVÁ, Ondřej VACEK, Ráchel VÍCHOVÁ, Tereza SUCHÁNKOVÁ, Jan BOUCHAL, Daniela KÜRFÜRSTOVÁ, Milan KRÁL, Tereza HULÍNOVÁ, Radek P. SÝKORA, Vladimír ŠTUDENT, Václav HEJRET, Wytske M. VAN WEERDEN, Martin PUHR, Václav PUSTKA, David POTĚŠIL, Zbyněk ZDRÁHAL, Zoran CULIG a Karel SOUČEK. Toll-Like Receptor 3 Overexpression Induces Invasion of Prostate Cancer Cells, whereas Its Activation Triggers Apoptosis. American Journal of Pathology. Elsevier, 2022, roč. 192, č. 9, s. 1321-1335. ISSN 0002-9440. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.ajpath.2022.05.009.

MURESAN, Ximena M., Eva SLABÁKOVÁ, Jiřina PROCHÁZKOVÁ, Stanislav DRÁPELA, Radek FEDR, Markéta PÍCKOVÁ, Ondřej VACEK, Ráchel VÍCHOVÁ, Tereza SUCHÁNKOVÁ, Jan BOUCHAL, Daniela KÜRFÜRSTOVÁ, Milan KRÁL, Tereza HULÍNOVÁ, Radek P. SÝKORA, Vladimír ŠTUDENT, Václav HEJRET, Wytske M. VAN WEERDEN, Martin PUHR, Václav PUSTKA, David POTĚŠIL, Zbyněk ZDRÁHAL, Zoran CULIG a Karel SOUČEK. Toll-Like Receptor 3 Overexpression Induces Invasion of Prostate Cancer Cells, whereas Its Activation Triggers Apoptosis. American Journal of Pathology. Elsevier, 2022, roč. 192, č. 9, s. 1321-1335. ISSN 0002-9440. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.ajpath.2022.05.009.

DRÁBOVÁ, Klára, Petra POKORNÁ, Hana PÁLOVÁ, Soňa ADAMCOVÁ, Vojtěch BYSTRÝ, Robin JUGAS, Ondřej SLABÝ a Jaroslav ŠTĚRBA. Výsledky celoexomového sekvenování germinální DNA u dětských pacientů se solidními tumory. In XXV. Biologické dny. 2022.

JONES, W., B.S. GONG, N. NOVORADOVSKAYA, D. LI, R. KUSKO, T.A. RICHMOND, D.J. JOHANN, H. BISGIN, S.M.E. SAHRAEIAN, P.R. BUSHEL, M. PIROOZNIA, K. WILKINS, M. CHIERICI, W.J. BAO, L.S. BASEHORE, A.B. LUCAS, D. BURGESS, D.J. BUTLER, S. CAWLEY, C.J. CHANG, G.C. CHEN, T. CHEN, Y.C. CHEN, D.J. CRAIG, A. DEL POZO, J. FOOX, M. FRANCESCATTO, YT FU, C. FURLANELLO, K. GIORDA, K.P. GRIST, M.J. GUAN, Y.Y. HAO, S. HAPPE, G. HARIANI, N. HASELEY, J. JASPER, G. JURMAN, D.P. KREIL, P. LABAJ, K. LAI, J.Y. LI, Q.Z. LI, Y.L. LI, Z.G. LI, Z.C. LIU, M.S. LOPEZ, K. MICLAUS, R. MILLER, V.K. MITTAL, M. MOHIYUDDIN, C. PABON-PENA, B.L. PARSONS, F.J. QIU, A. SCHERER, T.L. SHI, S. STIEGELMEYER, C. SUO, Nikola TOM, D. WANG, Z.N. WEN, L.H. WU, W.Z. XIAO, C. XU, Y. YU, J.Y. ZHANG, Y.F. ZHANG, Z.H. ZHANG, Y.T. ZHENG, C.E. MASON, J.C. WILLEY, W.D. TONG, L.M. SHI a J. XU. A verified genomic reference sample for assessing performance of cancer panels detecting small variants of low allele frequency. GENOME BIOLOGY. LONDON: BIOMED CENTRAL LTD, 2021, roč. 22, č. 1, s. 111-148. ISSN 1474-760X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s13059-021-02316-z.

GIASSA, Ilektra-Chara a Panagiotis ALEXIOU. Bioinformatics and Machine Learning Approaches to Understand the Regulation of Mobile Genetic Elements. BIOLOGY-BASEL. BASEL: MDPI, 2021, roč. 10, č. 9, s. 896-917. ISSN 2079-7737. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/biology10090896.

ŠENOVSKÁ, Anna, Eva DROZDOVÁ, Ondřej VACULÍK, Filip PARDY, Kristýna BRZOBOHATÁ, Dana FIALOVÁ, Jaromír ŠMERDA a Petr KOS. Cost-effective straightforward method for captured whole mitogenome sequencing of ancient DNA. Forensic Science International. Clare (Ireland): Elsevier, 2021, roč. 319, February 2021, s. 1-7. ISSN 0379-0738. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.forsciint.2020.110638.

GONG, B.S., D. LI, R. KUSKO, N. NOVORADOVSKAYA, Y.F. ZHANG, S.Z. WANG, C. PABON-PENA, Z.H. ZHANG, K. LAI, W.S. CAI, J.S. LOCOCO, E. LADER, T.A. RICHMOND, V.K. MITTAL, L.C. LIU, D.J. JOHANN, J.C. WILLEY, P.R. BUSHEL, Y. YU, C. XU, G.C. CHEN, D. BURGESS, S. CAWLEY, K. GIORDA, N. HASELEY, F.J. QIU, K. WILKINS, H. ARIB, C. ATTWOOLL, K. BABSON, L.L. BAO, W.J. BAO, A.B. LUCAS, H. BEST, A. BHANDARI, H. BISGIN, J. BLACKBURN, T.M. BLOMQUIST, L. BOARDMAN, B. BURGHER, D.J. BUTLER, C.J. CHANG, A. CHAUBEY, T. CHEN, M. CHIERICI, C.R. CHIN, D. CLOSE, J. CONROY, J.C. COLEMAN, D.J. CRAIG, E. CRAWFORD, A. DEL POZO, I.W. DEVESON, D. DUNCAN, A.K. ETEROVIC, X.H. FAN, J. FOOX, C. FURLANELLO, A. GHOSAL, S. GLENN, M.J. GUAN, C. HAAG, X.Y. HANG, S. HAPPE, B. HENNIGAN, J. HIPP, H.X. HONG, K. HORVATH, J.H. HU, L.Y. HUNG, M. JAROSZ, J. KERKHOF, B. KIPP, D.P. KREIL, P. LAPUNZINA, P. LI, Q.Z. LI, W.H. LI, Z.G. LI, Y. LIANG, S.Q. LIU, Z.C. LIU, C. MA, N. MARELLA, R. MARTIN-ARENAS, D.B. MEGHERBI, Q.C. MENG, P.A. MIECZKOWSKI, T. MORRISON, D. MUZNY, B.T. NING, B.L. PARSONS, C.P. PAWELETZ, M. PIROOZNIA, W.B. QU, A. RAYMOND, P. RINDLER, R. RINGLER, B. SADIKOVIC, A. SCHERER, E. SCHULZE, R. SEBRA, R. SHAKNOVICH, Q. SHI, T.L. SHI, J.C. SILLA-CASTRO, M. SMITH, M.S. LOPEZ, P. SONG, D. STETSON, M. STRAHL, A. STUART, J. SUPPLEE, P. SZANKASI, H.W. TAN, L.Y. TANG, Y.H. TAO, S. THAKKAR, D. THIERRY-MIEG, J. THIERRY-MIEG, V.J. THODIMA, D. THOMAS, Boris TICHÝ, Nikola TOM, E.V. GARCIA, S. VERMA, K. WALKER, C. WANG, J.W. WANG, Y.X. WANG, Z.N. WEN, V. WIRTA, L.H. WU, C.L. XIAO, W.Z. XIAO, S.B. XU, M. YANG, J.M. YING, S.H. YIP, G.L. ZHANG, S. ZHANG, M.R. ZHAO, Y.T. ZHENG, X.Y. ZHOU, C.E. MASON, T. MERCER, W.D. TONG, L.M. SHI, W. JONES a J.S. XU. Cross-oncopanel study reveals high sensitivity and accuracy with overall analytical performance depending on genomic regions. GENOME BIOLOGY. LONDON: BIOMED CENTRAL LTD, 2021, roč. 22, č. 1, s. 109-131. ISSN 1474-760X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s13059-021-02315-0.

PERDIKOPANIS, N., Georgios GEORGAKILAS, D. GRIGORIADIS, V. PIERROS, I. KAVAKIOTIS, Panagiotis ALEXIOU a A. HATZIGEORGIOU. DIANA-miRGen v4: indexing promoters and regulators for more than 1500 microRNAs. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2021, roč. 49, D1, s. "D151"-"D159", 9 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkaa1060.

PEŠOVÁ, Michaela, Veronika MANČÍKOVÁ, Šárka PAVLOVÁ, Robert HELMA, Jitka MALČÍKOVÁ, Marcela ŽENATOVÁ, Václav HEJRET, Petr TAUŠ, Jana KOTAŠKOVÁ, Karla PLEVOVÁ, Michael DOUBEK, Jiří MAYER a Šárka POSPÍŠILOVÁ. Fosforylace proteinu p53: vliv na aktivitu dráhy p53 po poškození DNA u chronické lymfocytární leukémie. In II. Český hematologický a transfuziologický sjezd v Transfuze a Hematologie Dnes (2021). 2021.

DYKOVÁ, Iva, Jakub ŽÁK, Martin REICHARD, Kamila SOUČKOVÁ, Ondřej SLABÝ, Vojtěch BYSTRÝ a Radim BLAŽEK. Histopathology of laboratory-reared Nothobranchius fishes: Mycobacterial infections versus neoplastic lesions. Journal of Fish Diseases. Hoboken: Wiley, 2021, roč. 44, č. 8, s. 1179-1190. ISSN 0140-7775. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/jfd.13378.

PEŠOVÁ, Michaela, Veronika MANČÍKOVÁ, Šárka PAVLOVÁ, Robert HELMA, Jitka MALČÍKOVÁ, Marcela ŽENATOVÁ, Václav HEJRET, Petr TAUŠ, Jana KOTAŠKOVÁ, Karla PLEVOVÁ, Michael DOUBEK, Jiří MAYER a Šárka POSPÍŠILOVÁ. Phosphorylation patterns of tumor suppressor P53 and their impact on the P53 pathway activity in chronic lymphocytic leukemia. In XIX International Workshop on Chronic Lymphocytic Leukemia (iwCLL). 2021.

LOBELLO, Cosimo, Boris TICHÝ, Vojtěch BYSTRÝ, Lenka RADOVÁ, Daniel FILIP, Marek MRÁZ, I.A. MONTES-MOJARRO, N. PROKOPH, H. LAROSE, H.C. LIANG, G.G. SHARMA, L. MOLOGNI, D. BELADA, K. KAMARADOVA, F. FEND, C. GAMBACORTI-PASSERINI, O. MERKEL, Suzanne Dawn TURNER, Andrea JANÍKOVÁ a Šárka POSPÍŠILOVÁ. STAT3 and TP53 mutations associate with poor prognosis in anaplastic large cell lymphoma. Leukemia. London: Nature Publishing Group, 2021, roč. 35, č. 5, s. 1500-1505. ISSN 0887-6924. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41375-020-01093-1.

LYČKA, Martin, Vratislav PEŠKA, Martin DEMKO, Ioannis SPYROGLOU, Agata Magdalena KILAR, Jiří FAJKUS a Miloslava FOJTOVÁ. WALTER: an easy way to online evaluate telomere lengths from terminal restriction fragment analysis. BMC Bioinformatics. London: BioMed Central, 2021, roč. 22, č. 1, s. "145", 14 s. ISSN 1471-2105. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s12859-021-04064-0.

LOBELLO, Cosimo, Boris TICHÝ, Vojtěch BYSTRÝ, Lenka RADOVÁ, Daniel FILIP, Marek MRÁZ, IA. MONTES-MOJARO, Andrea JANÍKOVÁ a Šárka POSPÍŠILOVÁ. Analysis mutational landscape in systemic anaplastic large cell lymphoma identifies novel prognostic markers. In 20. Pražské hematologické dny (Hematologie 2020), Praha. 2020.

ŠTĚTKOVÁ, Monika, Kateřina GROWKOVÁ, Petr FOJTÍK, Barbora VALČÍKOVÁ, Veronika PALUŠOVÁ, Amandine VERLANDE, Radek JORDA, Vladimír KRYŠTOF, Václav HEJRET, Panagiotis ALEXIOU, Vladimír ROTREKL a Stjepan ULDRIJAN. CDK9 activity is critical for maintaining MDM4 overexpression in tumor cells. CELL DEATH & DISEASE. LONDON: NATURE PUBLISHING GROUP, 2020, roč. 11, č. 9, s. 1-14. ISSN 2041-4889. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41419-020-02971-3.

PESCHELOVÁ, Helena, Veronika KOZLOVÁ, Veronika MANČÍKOVÁ, Adriana LADUNGOVÁ, Václav HEJRET a Michal ŠMÍDA. CRISPR/CAS9 technology: a useful tool in the study of chronic lymphocytic leukemia. In XXth Interdisciplinary meeting of young researchs and students in the field of chemistry, biochemistry, molecular biology and biomaterials in Chemické listy. 2020. ISSN 2336-7202.

PESCHELOVÁ, Helena, Lenka DOSTÁLOVÁ, Veronika KOZLOVÁ, Aneta LEDEREROVÁ, Václav HEJRET a Michal ŠMÍDA. Genome-wide CRISPR/Cas9 screening reveals novel target genes, whose inactivation is able to upregulate surface expression of immunotherapy target CD20. In 25th Congress of European Hematology Association, Amsterdam, Nizozemsko, in HemaSphere. 2020.

REIGL, Tomáš, Jakub Paweł PORC, Kamila STRÁNSKÁ, Karol PÁL, Veronika NAVRKALOVÁ, Jakub HYNŠT, Vojtěch BYSTRÝ, Šárka POSPÍŠILOVÁ, Nikos DARZENTAS a Karla PLEVOVÁ. High throughput sequencing data analysis of IG/TR rearranged genes in leukemie clinical research. In CEITEC PhD Conference, Brno, únor 2020. 2020.

KEENAN, B.T., R.J. GALANTE, J. LIAN, Petr ŠIMEČEK, D.M. GATTI, L. ZHANG, D.C. LIM, K.L. SVENSON, G.A. CHURCHILL a A.I. PACK. High-throughput sleep phenotyping produces robust and heritable traits in Diversity Outbred mice and their founder strains. SLEEP. CARY: OXFORD UNIV PRESS INC, 2020, roč. 43, č. 5, s. nestrankovano, 17 s. ISSN 0161-8105. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/sleep/zsz278.

GEORGAKILAS, Georgios, Andrea GRIONI, Konstantinos G. LIAKOS, Eliška CHALUPOVÁ, Fotis C. PLESSAS a Panagiotis ALEXIOU. Multi-branch Convolutional Neural Network for Identification of Small Non-coding RNA genomic loci. Scientific reports. London: Nature Research, 2020, roč. 10, č. 1, s. 1-10. ISSN 2045-2322. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41598-020-66454-3.

LOBELLO, Cosimo, Vojtěch BYSTRÝ, Lenka RADOVÁ, Daniel FILIP, Marek MRÁZ, IA. MONTES-MOJARRO, N. PROKOPH, H. LAROSE, HCh. LIANG, G. SHARMA, L. MOLOGNI, D. BELADA, K. KAMARÁDOVÁ, F. FEND, C. GAMBACORTI-PASSERINI, O. MERKEL, S. TURNER, Andrea JANÍKOVÁ a Šárka POSPÍŠILOVÁ. Mutational landscape analysis in systematic anaplastic large cell lymphoma identifies novel prognostic markers. In CEITEC PhD Conference, Brno, 2020. 2020.

KLIMENTOVÁ, Eva, Jakub POLÁČEK, Petr ŠIMEČEK a Panagiotis ALEXIOU. PENGUINN: Precise Exploration of Nuclear G-Quadruplexes Using Interpretable Neural Networks. Frontiers in Genetics. Lausanne: Frontiers, 2020, roč. 11, OCT, s. 568546-568552. ISSN 1664-8021. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3389/fgene.2020.568546.

GEORGAKILAS, Georgios, N. PERDIKOPANIS a A. HATZIGEORGIOU. Solving the transcription start site identification problem with ADAPT-CAGE: a Machine Learning algorithm for the analysis of CAGE data. Nature Scientific Reports. London: NATURE RESEARCH, 2020, roč. 10, č. 1, s. 877-888. ISSN 2045-2322. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41598-020-57811-3.

PESCHELOVÁ, Helena, Veronika KOZLOVÁ, Veronika MANČÍKOVÁ, Adriana LADUNGOVÁ, Václav HEJRET a Michal ŠMÍDA. The use of CRISPR/Cas9 technology in the study of chronic lymphocytic leukemia. In CEITEC PhD Conference. 2020.

GRIONI, Andrea, G. FAZIO, S. RIGAMONTI, Vojtěch BYSTRÝ, G. DANIELE, Zuzana DOSTÁLOVÁ, M. QUADRI, C. SAITTA, D. SILVESTRI, S. SONGIA, C.T. STORLAZZI, A. BIONDI, Nikos DARZENTAS a G. CAZZANIGA. A Simple RNA Target Capture NGS Strategy for Fusion Genes Assessment in the Diagnostics of Pediatric B-cell Acute Lymphoblastic Leukemia. HEMASPHERE. PHILADELPHIA: LIPPINCOTT WILLIAMS & WILKINS, 2019, roč. 3, č. 3, s. 1-9. ISSN 2572-9241. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1097/HS9.0000000000000250.

ZÁPRAŽNÁ, Kristína, Kamila RÉBLOVÁ, V. SVOBODOVA, Lenka RADOVÁ, Vojtěch BYSTRÝ, Jiří BALOUN, Kristina ĎURECHOVÁ, Nikola TOM, Tomáš LOJA, Martina BUREŠOVÁ, Kamila STRÁNSKÁ, Alexandra OLTOVÁ, Michael DOUBEK, M.L. ATCHISON, Martin TRBUŠEK, Jitka MALČÍKOVÁ a Šárka POSPÍŠILOVÁ. Activation-induced deaminase and its splice variants associate with trisomy 12 in chronic lymphocytic leukemia. Annals of hematology. New York: Springer Verlag, 2019, roč. 98, č. 2, s. 423-435. ISSN 0939-5555. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s00277-018-3520-5.

HYNŠT, Jakub, Karla PLEVOVÁ, Lenka RADOVÁ, Vojtěch BYSTRÝ, Karol PÁL a Šárka POSPÍŠILOVÁ. Bioinformatic pipelines for whole transcriptome sequencing data exploitation in leukemia patients with complex structural variants. PeerJ. London: PEERJ INC, 2019, roč. 7, JUN, s. 7071-7086. ISSN 2167-8359. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.7717/peerj.7071.

PESCHELOVÁ, Helena, Veronika KOZLOVÁ, Václav HEJRET a Michal ŠMÍDA. CRISPR/Cas9 gene editing and functional screening in chronic lymphocytic leukemia. In Joint retreat 2019, Kouty u Ledče nad Sázavou. 2019. ISBN 978-80-210-9300-3.

GRIONI, Andrea, Georgios GEORGAKILAS a Panagiotis ALEXIOU. Dicier: a Fine-tuned Bioinformatics Pipeline to Detect Micro-RNA Chimeric Reads. In ASCB / EMBO 2019 meeting. 2019.

REIGL, Tomáš, Kamila STRÁNSKÁ, Vojtěch BYSTRÝ, Adam KREJČÍ, Andrea GRIONI, Šárka POSPÍŠILOVÁ, Nikos DARZENTAS a Karla PLEVOVÁ. Encyklopedie subsetů CLL – Unikátní bio informatický nástroj a databáze pro analýzu subsetů stereotypních B buněčných receptorů u CLL. In Klinická Onkologie. ČR: ČLS JEP, 2019, s. 167-170. ISSN 0862-495X.

REIGL, Tomáš, Kamila STRÁNSKÁ, Vojtěch BYSTRÝ, Adam KREJČÍ, Andrea GRIONI, Šárka POSPÍŠILOVÁ, Nikos DARZENTAS a Karla PLEVOVÁ. Encyklopedie subsetů CLL – unikátní bioinformatický nástroj a databáze pro analýzu subsetů stereotypních B buněčných receptorů u CLL. In XLIII. Brněnské onkologické dny v Klinická Onkologie, Brno. 2019.

FAZIO, G., V. MASSA, Andrea GRIONI, Vojtěch BYSTRÝ, S. RIGAMONTI, C. SAITTA, M. GALBIATI, C. RIZZARI, C. CONSARINO, A. BIONDI, A. SELICORNI a G. CAZZANIGA. First evidence of a paediatric patient with Cornelia de Lange syndrome with acute lymphoblastic leukaemia. Journal of clinical pathology. London: BMJ Publishing Group, 2019, roč. 72, č. 8, s. 558-561. ISSN 0021-9746. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1136/jclinpath-2019-205707.

SOUČKOVÁ, Kamila, Radim BLAŽEK, Vojtěch BYSTRÝ, Iva DYKOVÁ, J. ŽÁK, Markéta HERMANOVÁ, Matej JASÍK, Matej POLAČIK, Martin REICHARD a Ondřej SLABÝ. Halančíci jako nový model pro studium věkem podmíněné spontánní karcinogeneze. In XLIII. Brněnské onkologické dny v Klinická Onkologie, Brno. 2019.

POPPOVÁ, Lucie, Pavlína JANOVSKÁ, B. GONZALEZ, Karla PLEVOVÁ, Vojtěch BYSTRÝ, Karol PÁL, Hana PLEŠINGEROVÁ, Marek BORSKÝ, Helena OLBERTOVÁ, Jana KOTAŠKOVÁ, BRYCHTOVÁ, Michael DOUBEK, PAVLOVÁ, S ALONSO, Vítězslav BRYJA a Šárka POSPÍŠILOVÁ. Promoter Methylation of ROR1 Ligand WNT5A associates with Its Expression in Chronic Lymphocytic Leukemia. In XIX. Interdisciplinary meeting of young life scientists in Czech Chemical Society Symposium Series. 2019.

KNECHT, H., Tomáš REIGL, M. KOTROVA, F. APPELT, P. STEWART, Vojtěch BYSTRÝ, Adam KREJČÍ, A. GRIONI, Karol PÁL, Kamila STRÁNSKÁ, Karla PLEVOVÁ, J. RIJNTJES, S. SONGIA, M. SVATON, E. FRONKOVA, J. BARTRAM, B. SCHEIJEN, D. HERRMANN, R. GARCIA-SANZ, J. HANCOCK, J. MOPPETT, J.J.M. VAN DONGEN, G. CAZZANIGA, F. DAVI, P.J.T.A. GROENEN, M. HUMMEL, E.A. MACINTYRE, K. STAMATOPOULOS, J. TRKA, A.W. LANGERAK, D. GONZALEZ, C. POTT, M. BRUGGEMANN a Nikos DARZENTAS. Quality control and quantification in IG/TR next-generation sequencing marker identification: protocols and bioinformatic functionalities by EuroClonality-NGS. Leukemia. London: Nature Publishing Group, 2019, roč. 33, č. 9, s. 2254-2265. ISSN 0887-6924. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41375-019-0499-4.

BRUGGEMANN, M., M. KOTROVA, H. KNECHT, J. BARTRAM, M. BOUDJOGRHA, Vojtěch BYSTRÝ, G. FAZIO, E. FRONKOVA, M. GIRAUD, A. GRIONI, J. HANCOCK, D. HERRMANN, C. JIMENEZ, Adam KREJČÍ, J. MOPPETT, Tomáš REIGL, M. SALSON, B. SCHEIJEN, M. SCHWARZ, S. SONGIA, M. SVATON, J.J.M. VAN DONGEN, P. VILLARESE, S. WAKEMAN, G. WRIGHT, G. CAZZANIGA, F. DAVI, R. GARCIA-SANZ, D. GONZALEZ, P.J.T.A. GROENEN, M. HUMMEL, E.A. MACINTYRE, K. STAMATOPOULOS, C. POTT, J. TRKA, Nikos DARZENTAS a A.W. LANGERAK. Standardized next-generation sequencing of immunoglobulin and T-cell receptor gene recombinations for MRD marker identification in acute lymphoblastic leukaemia; a EuroClonality-NGS validation study. Leukemia. London: Nature Publishing Group, 2019, roč. 33, č. 9, s. 2241-2253. ISSN 0887-6924. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41375-019-0496-7.

PESCHELOVÁ, Helena, Veronika KOZLOVÁ, Václav HEJRET a Michal ŠMÍDA. The use of CRISPR/Cas9 technology in the study of chronic lymphocytic leukemia. In Biomania, Brno. 2019.