Filtrování publikací

    2024

    1. AlphaFind (software)
      SLANINÁKOVÁ, Terézia, David PROCHÁZKA, Jakub ČILLÍK, Lucie NOVOTNÁ a Adrián ROŠINEC. AlphaFind. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.5281/zenodo.11085862.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2441942/cs
    2. AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB
      SLANINÁKOVÁ, Terézia, David PROCHÁZKA, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. In Elixir All-Hands 2024. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.7490/f1000research.1119872.1.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2441940/cs
    3. AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB
      GREŠOVÁ, Katarína, Pavlína ŠPRINGEROVÁ, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. In ECCB2024. 2024.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2436357/cs
    4. AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome
      PROCHÁZKA, David, Terézia SLANINÁKOVÁ, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome. bioRxiv, 2024.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2375820/cs
    5. AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome – data and model
      NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Katarína GREŠOVÁ, Jaroslav OĽHA, Vlastislav DOHNAL, Adrián ROŠINEC a Matej ANTOL. AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome – data and model. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.d35zf-1ja47.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2441963/cs
    6. AlphaFind: discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB
      PROCHÁZKA, David, Terézia SLANINÁKOVÁ, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind: discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2024, roč. 52, July 5, s. W182-W186, 5 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkae397.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2402219/cs
    7. Beyond Metadata: Leveraging Similarity Search in Molecular Dynamics Data
      ROŠINEC, Adrián, Tomáš PAVLÍK, Terézia SLANINÁKOVÁ, Aleš KŘENEK, Pavlína ŠPRINGEROVÁ, Matej ANTOL a Radka SVOBODOVÁ. Beyond Metadata: Leveraging Similarity Search in Molecular Dynamics Data. In 2nd BioExcel Conference on Advances in Biomolecular Simulations. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.5281/zenodo.14500696.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2460781/cs
    8. Data Management of Biological Imaging Data
      SVOBODA, Tomáš, Adrián ROŠINEC, Tomáš RAČEK a Radka SVOBODOVÁ. Data Management of Biological Imaging Data. In ELIXIR CZ Annual Conference 2024: Data management. 2024.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2453921/cs
    9. Data workflows at CEITEC MU
      SVOBODA, Tomáš a Adrián ROŠINEC. Data workflows at CEITEC MU. In Setkání OS metodiků MU. 2024.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2386819/cs
    10. Fast, structure-based searching in a large-scale protein data repository
      SLANINÁKOVÁ, Terézia, Katarína GREŠOVÁ, David PROCHÁZKA, Viktória SPIŠAKOVÁ, Adrián ROŠINEC, Jakub ČILLÍK, Pavlína ŠPRINGEROVÁ, Aleš KŘENEK, Vlastislav DOHNAL, Radka SVOBODOVÁ a Matej ANTOL. Fast, structure-based searching in a large-scale protein data repository. In ELIXIR CZ Annual Conference. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.13140/RG.2.2.31355.53281.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2441958/cs
    11. GraSR: Protein structural embeddings of AlphaFold DB
      NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. GraSR: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.br8aq-db495.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2439240/cs
    12. Hands-on experience with big data transfer via iRODS and Onedata
      SVOBODA, Tomáš, Adrián ROŠINEC a Ondřej FILIP. Hands-on experience with big data transfer via iRODS and Onedata. In e-INFRA CZ CONFERENCE 2024. 2024.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2416357/cs
    13. Introduction to the new generation EGI container execution platform
      ROŠINEC, Adrián. Introduction to the new generation EGI container execution platform. In EGI Webinar programme 2024. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.5281/zenodo.10566759.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2365613/cs
    14. LMI-10: Protein structural embeddings of AlphaFold DB
      NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. LMI-10: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.t45hr-bcw17.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2439238/cs
    15. LMI-30: Protein structural embeddings of AlphaFold DB
      NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. LMI-30: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.kgb8j-r5f84.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2439241/cs
    16. Research Data Management at CEITEC MU
      ROŠINEC, Adrián a Tomáš SVOBODA. Research Data Management at CEITEC MU. In Open Science Workshop 2024. 2024.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2416720/cs
    17. Scientific Dataset Management System for the Research Institute Based on Onedata
      SVOBODA, Tomáš, Adrián ROŠINEC, Tomáš RAČEK, Josef HANDL, Aleš KŘENEK a Radka SVOBODOVÁ. Scientific Dataset Management System for the Research Institute Based on Onedata. In EGI Conference 2024. 2024.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2453923/cs
    18. 3D-af-Surfer: Protein structural embeddings of AlphaFold DB
      NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. 3D-af-Surfer: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.tbws0-hj147.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2441960/cs
    19. 3DZD: Protein structural embeddings of AlphaFold DB v4
      NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. 3DZD: Protein structural embeddings of AlphaFold DB v4. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.t45hr-bcw17.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2441959/cs
    20. 3DZD: Protein structural embeddings of ESM Atlas
      NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. 3DZD: Protein structural embeddings of ESM Atlas. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.cd6zk-k0v44.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2436500/cs

    2023

    1. An Evaluation of EDAM Coverage in the Tools Ecosystem and Prototype Integration of Galaxy and Workflowhub Systems.
      LAMOTHE, Lucie, Jennifer R B JENSEN, Hans IENASESCU, Ove J R GUSTAFSSON, Alban GAIGNARD, Dmitry REPCHEVSKY, Radka SVOBODOVÁ, Tomáš RAČEK, Adrián ROŠINEC, Matej ANTOL a Hervé MÉNAGER. An Evaluation of EDAM Coverage in the Tools Ecosystem and Prototype Integration of Galaxy and Workflowhub Systems. BioHackrXiv. 2023, s. 1-10. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.37044/osf.io/79kje.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2293251/cs
    2. Beskar Cloud: OpenStack Deployment on Top of Kubernetes
      ROŠINEC, Adrián a Klára MORAVCOVÁ. Beskar Cloud: OpenStack Deployment on Top of Kubernetes. In 12th Iberian Grid Conference. 2023.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2330642/cs
    3. Building OpenStack Cloud with Kubernetes as Undercloud
      ROŠINEC, Adrián a Klára MORAVCOVÁ. Building OpenStack Cloud with Kubernetes as Undercloud. In EGI Conference 2023. 2023.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2293254/cs
    4. Easy Deployment of Dask and Jupyter Notebooks on Managed Kubernetes
      HEJTMÁNEK, Lukáš, Adrián ROŠINEC a Sebastian LUNA-VALERO. Easy Deployment of Dask and Jupyter Notebooks on Managed Kubernetes. In EGI Conference 2023. 2023.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2293257/cs
    5. Enhancing Data Accessibility: Strategies and Tools for Effective Metadata Management
      ROŠINEC, Adrián, Tomáš SVOBODA, Tomáš RAČEK, Aleš KŘENEK a Radka SVOBODOVÁ. Enhancing Data Accessibility: Strategies and Tools for Effective Metadata Management. In IBERGRID 2023. 2023.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2320317/cs
    6. Introduction to Onedata at CEITEC MU and in Czech National Repository Platform
      SVOBODA, Tomáš, Radka SVOBODOVÁ, David ANTOŠ, Adrián ROŠINEC a Aleš KŘENEK. Introduction to Onedata at CEITEC MU and in Czech National Repository Platform. In MATECHat meeting. 2023.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2361077/cs
    7. Onedata4Sci: Life-science experimental datasets management system
      ROŠINEC, Adrián, Tomáš SVOBODA, Tomáš RAČEK, Josef HANDL, Jozef SABO, Aleš KŘENEK a Radka SVOBODOVÁ. Onedata4Sci: Life-science experimental datasets management system. In 3D-BioInfo | ISCB 3D-SIG | ELIXIR Czech Republic Structural Bioinformatics. 2023.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2340017/cs

    2022

    1. Managed Kubernetes — Next Gen Academic Infrastructure?
      SPIŠAKOVÁ, Viktória, Adrián ROŠINEC, Lukáš HEJTMÁNEK a Matej ANTOL. Managed Kubernetes — Next Gen Academic Infrastructure? In EGI Conference 2022. 2022.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2262057/cs
Zobrazit podrobně
Zobrazeno: 8. 1. 2025 12:58