Výpis publikací

HANOUSEK, Tomáš, Terézia SLANINÁKOVÁ, Tomáš REBOK a Růžena JANOUTOVÁ. A dataset of hyperspectral Look-Up Tables for 3.5 million traits and structural combinations of Central European temperate broadleaf forests. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.bcnpf-47q73.

SLANINÁKOVÁ, Terézia, David PROCHÁZKA, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. In Elixir All-Hands 2024. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.7490/f1000research.1119872.1.

GREŠOVÁ, Katarína, Pavlína ŠPRINGEROVÁ, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. In ECCB2024. 2024.

BERANEK, Jan, Aleš KŘENEK a Vojtěch SPIWOK. Analysis of metadynamics simulations by metadynminer.py. Bioinformatics. OXFORD: Oxford University Press, 2024, roč. 40, č. 10, 4 s. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btae614.

ROŠINEC, Adrián, Tomáš PAVLÍK, Terézia SLANINÁKOVÁ, Aleš KŘENEK, Pavlína ŠPRINGEROVÁ, Matej ANTOL a Radka SVOBODOVÁ. Beyond Metadata: Leveraging Similarity Search in Molecular Dynamics Data. In 2nd BioExcel Conference on Advances in Biomolecular Simulations. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.5281/zenodo.14500696.

SLANINÁKOVÁ, Terézia, Katarína GREŠOVÁ, David PROCHÁZKA, Viktória SPIŠAKOVÁ, Adrián ROŠINEC, Jakub ČILLÍK, Pavlína ŠPRINGEROVÁ, Aleš KŘENEK, Vlastislav DOHNAL, Radka SVOBODOVÁ a Matej ANTOL. Fast, structure-based searching in a large-scale protein data repository. In ELIXIR CZ Annual Conference. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.13140/RG.2.2.31355.53281.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. GraSR: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.br8aq-db495.

HANOUSEK, Tomáš, Terézia SLANINÁKOVÁ, Tomáš REBOK a Růžena JANOUTOVÁ. High spatial and spectral resolution dataset of hyperspectral look-up tables for 3.5 million traits and structural combinations of Central European temperate broadleaf forests. DATA IN BRIEF. NETHERLANDS: ELSEVIER, 2024, roč. 57, December 2024, s. 1-13. ISSN 2352-3409. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.dib.2024.111105.

SLANINÁKOVÁ, Terézia a David PROCHÁZKA. Learned Metric Index. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.5281/zenodo.13860051.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. LMI-10: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.t45hr-bcw17.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. LMI-30: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.kgb8j-r5f84.

HECHT, Helge, Wudmir Yudy ROJAS VERASTEGUI, Zargham AHMAD, Aleš KŘENEK, Jana KLÁNOVÁ a Elliott James PRICE. Quantum Chemistry-Based Prediction of Electron Ionization Mass Spectra for Environmental Chemicals. Analytical chemistry. WASHINGTON: American Chemical Society, 2024, roč. 96, č. 33, s. 13652-13662. ISSN 0003-2700. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acs.analchem.4c02589.

GREŠOVÁ, Katarína, Tomáš RAČEK, Vlastimil MARTINEK, David ČECHÁK, Radka SVOBODOVÁ a Panagiotis ALEXIOU. RBP-Tar – a searchable database for experimental RBP binding sites. F1000Research. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.12688/f1000research.131014.2.

PROCHÁZKA, David, Terézia SLANINÁKOVÁ, Jozef ČERŇANSKÝ, Jaroslav OĽHA, Matej ANTOL a Vlastislav DOHNAL. Scaling Learned Metric Index to 100M Datasets. In Edgar Chávez, Benjamin Kimia, Jakub Lokoč, Marco Patella, Jan Sedmidubsky. 17th International Conference on Similarity Search and Applications (SISAP 2024). Cham: Springer, 2024, s. 266-273. ISBN 978-3-031-75822-5. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-75823-2_22.

SVOBODA, Tomáš, Adrián ROŠINEC, Tomáš RAČEK, Josef HANDL, Aleš KŘENEK a Radka SVOBODOVÁ. Scientific Dataset Management System for the Research Institute Based on Onedata. In EGI Conference 2024. 2024.

HANOUSEK, Tomáš, Terézia SLANINÁKOVÁ, Růžena JANOUTOVÁ, Marian ŠVIK a Tomáš REBOK. Simulated trait and spectroscopy data to support retrieval of forest biophysical parameters from spaceborne imaging spectroscopy. In 3rd WORKSHOP ON INTERNATIONAL COOPERATION IN SPACEBORNE IMAGING SPECTROSCOPY. 2024.

PEŠÁN, Jan, Vojtěch JUŘÍK, Alexandra RUŽIČKOVÁ, Vojtěch SVOBODA, Oto JANOUŠEK, Andrea NĚMCOVÁ, Hana BOJANOVSKÁ, Jasmína ALDABAGHOVÁ, Filip KYSLÍK, Kateřina VODIČKOVÁ, Adéla SODOMOVÁ, Patrik BARTYS, Peter CHUDÝ a Jan ČERNOCKÝ. Speech production under stress for machine learning: multimodal dataset of 79 cases and 8 signals. SCIENTIFIC DATA. London: SPRINGER NATURE, 2024, roč. 11, č. 1221, s. 1-9. ISSN 2052-4463. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41597-024-03991-w.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. 3DZD: Protein structural embeddings of AlphaFold DB v4. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.t45hr-bcw17.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. 3DZD: Protein structural embeddings of ESM Atlas. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.cd6zk-k0v44.

SLANINÁKOVÁ, Terézia, David PROCHÁZKA, Matej ANTOL, Jaroslav OĽHA a Vlastislav DOHNAL. SISAP 2023 Indexing Challenge – Learned Metric Index. In Pedreira, O., Estivill-Castro, V. Similarity Search and Applications. SISAP 2023. Lecture Notes in Computer Science, vol 14289. Cham: Springer, 2023, s. 282-290. ISBN 978-3-031-46993-0. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-46994-7_24.