Vámi zvolený výběr obsahuje 27 výsledků. Upravit výběr.
Filtrování publikací

    2024

    1. A computational workflow for analysis of missense mutations in precision oncology
      KHAN, Rayyan Tariq, Petra POKORNÁ, Jan DVORSKÝ, Simeon BORKO, Ihor AREFIEV, Joan PLANAS IGLESIAS, Adam DOBIÁŠ, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Veronika SZOTKOWSKÁ, Jaroslav ŠTĚRBA, Ondřej SLABÝ, Jiří DAMBORSKÝ, Stanislav MAZURENKO a David BEDNÁŘ. A computational workflow for analysis of missense mutations in precision oncology. JOURNAL OF CHEMINFORMATICS. ENGLAND: BMC, 2024, roč. 16, č. 1, s. 1-10. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s13321-024-00876-3.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Khan, Rayyan Tariq (586 Pákistán, domácí) -- Pokorná, Petra (203 Česká republika, domácí) -- Dvorský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Borko, Simeon (703 Slovensko, domácí) -- Arefiev, Ihor (804 Ukrajina, domácí) -- Planas Iglesias, Joan (724 Španělsko, domácí) -- Dobiáš, Adam (703 Slovensko, domácí) -- Rangel Pamplona Pizarro Pinto, José Gaspar (620 Portugalsko, domácí) -- Szotkowská, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Štěrba, Jaroslav (203 Česká republika, domácí) -- Slabý, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Bioinformatics; Cancer; Function; High-performance computing; Machine learning; Molecular modelling; Oncology; Personalised medicine; Single nucleotide polymorphism; Stability; Treatment
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 23. 8. 2024 09:52.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2420857/cs
    2. BenchStab: A tool for automated querying of web-based stability predictors
      VELECKÝ, Jan, Matej BEREZNÝ, Miloš MUSIL, Jiří DAMBORSKÝ, David BEDNÁŘ a Stanislav MAZURENKO. BenchStab: A tool for automated querying of web-based stability predictors. BIOINFORMATICS. ENGLAND: OXFORD UNIV PRESS, 2024, roč. 40, č. 9, s. 1-5. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btae553.
      URL
      Název anglicky: BenchStab: A tool for automated querying of web-based stability predictors
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Velecký, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Musil, Miloš (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: PROTEIN STABILITY; SERVER; MUTATIONS; CHALLENGES
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 26. 10. 2024 15:56.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2434258/cs
    3. CoVAMPnet: Comparative Markov State Analysis for Studying Effects of Drug Candidates on Disordered Biomolecules
      MARQUES, Sérgio Manuel, Petr KOUBA, Anthony Thomas P LEGRAND, Jiri SEDLAR, Lucas DISSON, Joan PLANAS IGLESIAS, Zainab Kemi SANUSI, Antonín KUNKA, Jiří DAMBORSKÝ, Tomas PAJDLA, Zbyněk PROKOP, Stanislav MAZURENKO, Josef SIVIC a David BEDNÁŘ. CoVAMPnet: Comparative Markov State Analysis for Studying Effects of Drug Candidates on Disordered Biomolecules. JACS AU. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2024, roč. 4, č. 6, s. 2228-2245. ISSN 2691-3704. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/jacsau.4c00182.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Kouba, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Legrand, Anthony Thomas P (250 Francie, domácí) -- Planas Iglesias, Joan (724 Španělsko, domácí) -- Sanusi, Zainab Kemi (566 Nigérie, domácí) -- Kunka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, garant, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: soft Markov state models; intrinsically disordered proteins; adaptive molecular dynamics; Alzheimer's disease; A beta 42 peptide; drug candidates; tramiprosate; 3-sulfopropanoic acid
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 5. 8. 2024 09:26.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2421650/cs
    4. Exploring new galaxies: Perspectives on the discovery of novel PET-degrading enzymes
      MIČAN, Jan, Da 'san M. M. JARADAT, Weidong LIU, Gert WEBER, Stanislav MAZURENKO, Uwe T. BORNSCHEUER, Jiří DAMBORSKÝ, Ren WEI a David BEDNÁŘ. Exploring new galaxies: Perspectives on the discovery of novel PET-degrading enzymes. Applied Catalysis B: Environment and Energy. Amsterdam: Elsevier, 2024, roč. 342, March 2024, s. 1-16. ISSN 0926-3373. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.apcatb.2023.123404.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Mičan, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: PET recycling; Protein engineering; Enzymatic degradation; Microbial dark matter; AlphaFold; High -throughput screening
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 5. 3. 2024 10:36.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2367868/cs
    5. GASP: A Pan-Specific Predictor of Family 1 Glycosyltransferase Acceptor Specificity Enabled by a Pipeline for Substrate Feature Generation and Large-Scale Experimental Screening
      HARDING-LARSEN, David, Christian Degnbol MADSEN, David TEZE, Tiia KITTILA, Mads Rosander LANGHORN, Hani GHARABLI, Mandy HOBUSCH, Felipe Mejia OTALVARO, Onur KIRTEL, Gonzalo Nahuel BIDART, Stanislav MAZURENKO, Evelyn TRAVNIK a Ditte Hededam WELNER. GASP: A Pan-Specific Predictor of Family 1 Glycosyltransferase Acceptor Specificity Enabled by a Pipeline for Substrate Feature Generation and Large-Scale Experimental Screening. ACS Omega. WASHINGTON: American Chemical Society, 2024, roč. 9, č. 25, s. 27278-27288. ISSN 2470-1343. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acsomega.4c01583.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: BIOCATALYSTS
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 5. 8. 2024 08:52.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2421641/cs
    6. Large-scale annotation of biochemically relevant pockets and tunnels in cognate enzyme-ligand complexes
      VÁVRA, Ondřej, J. TYZACK, Faraneh HADDADI, Jan DVORSKÝ, Jiří DAMBORSKÝ, Stanislav MAZURENKO, J.M. THORNTON a David BEDNÁŘ. Large-scale annotation of biochemically relevant pockets and tunnels in cognate enzyme-ligand complexes. Journal of Cheminformatics. London: BIOMED CENTRAL LTD, 2024, roč. 16, č. 1, s. 1-14. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s13321-024-00907-z.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Vávra, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Haddadi, Faraneh (364 Írán, domácí) -- Dvorský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, garant, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Bottleneck; Cognate ligand; Cavity; Enzyme; Tunnel; Machine learning; Pocket; Transport
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 5. 11. 2024 12:15.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2449066/cs
    7. Learning to design protein-protein interactions with enhanced generalization
      BUSHUIEV, Anton, Roman BUSHUIEV, Petr KOUBA, Anatolii FILKIN, Marketa GABRIELOVA, Michal GABRIEL, Jiri SEDLAR, Tomas PLUSKAL4, Jiří DAMBORSKÝ, Stanislav MAZURENKO a Josef SIVIC. Learning to design protein-protein interactions with enhanced generalization. Online. In 12th International Conference on Learning Representations 2024. 2024, 26 s.
      URL
      angličtina.
      Klíčová slova anglicky: protein-protein interactions; protein design; generalization; self-supervised learning; equivariant 3D representations
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 24. 4. 2024 10:22.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2396557/cs
    8. PredictONCO: a web tool supporting decision-making in precision oncology by extending the bioinformatics predictions with advanced computing and machine learning
      ŠTOURAČ, Jan, Simeon BORKO, Rayyan Tariq KHAN, Petra POKORNÁ, Adam DOBIÁŠ, Joan PLANAS IGLESIAS, Stanislav MAZURENKO, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Veronika SZOTKOWSKÁ, Jaroslav ŠTĚRBA, Ondřej SLABÝ, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. PredictONCO: a web tool supporting decision-making in precision oncology by extending the bioinformatics predictions with advanced computing and machine learning. Briefings in Bioinformatics. Oxford University Press, 2024, roč. 25, č. 1, s. 1-10. ISSN 1467-5463. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bib/bbad441.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Borko, Simeon (703 Slovensko, domácí) -- Khan, Rayyan Tariq (586 Pákistán, domácí) -- Pokorná, Petra (203 Česká republika, domácí) -- Dobiáš, Adam (703 Slovensko, domácí) -- Planas Iglesias, Joan (724 Španělsko, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí) -- Rangel Pamplona Pizarro Pinto, José Gaspar (620 Portugalsko, domácí) -- Szotkowská, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Štěrba, Jaroslav (203 Česká republika, domácí) -- Slabý, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: cancer; oncology; personalized medicine; single-nucleotide polymorphism; targeted therapy
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 25. 3. 2024 11:45.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2349317/cs
    9. Revealing data leakage in protein interaction benchmarks
      BUSHUIEV, Anton, Roman BUSHUIEV, Jiri SEDLAR, Tomas PLUSKAL, Jiří DAMBORSKÝ, Stanislav MAZURENKO a Josef SIVIC. Revealing data leakage in protein interaction benchmarks. In ICLR 2024 Workshop on Generative and Experimental Perspectives for Biomolecular Design. 2024, 13 s.
      angličtina.
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 24. 4. 2024 10:52.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2396577/cs
    10. Special Issue on Artificial Intelligence for Synthetic Biology
      MARTIN, Hector Garcia, Stanislav MAZURENKO a Huimin ZHAO. Special Issue on Artificial Intelligence for Synthetic Biology. ACS Synthetic Biology. American Chemical Society, 2024, roč. 13, č. 2, s. 408-410. ISSN 2161-5063. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acssynbio.3c00760.
      URL
      angličtina. Spojené státy.
      Klíčová slova anglicky: Genetics; Kinetic modeling; Optimization; Peptides and proteins; Synthetic biology
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 24. 4. 2024 11:00.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2396578/cs

    2023

    1. In-depth analysis of biocatalysts by microfluidics: An emerging source of data for machine learning
      VAŠINA, Michal, David KOVÁŘ, Jiří DAMBORSKÝ, Ding YUN, Tianjin YANG, Andrew DE MELLO, Stanislav MAZURENKO, Stavros STAVRAKIS a Zbyněk PROKOP. In-depth analysis of biocatalysts by microfluidics: An emerging source of data for machine learning. Biotechnology Advances. OXFORD: Elsevier, 2023, roč. 66, September 2023, s. 1-22. ISSN 0734-9750. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.biotechadv.2023.108171.
      URL
      RIV/00216224:14310/23:00131491 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Vašina, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Kovář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Enzyme; Biochemical characterization; Biotechnology; Catalytic activity; Thermostability; Steady-state kinetics; Protein crystallography; Big data; Protein engineering; Artificial intelligence
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 30. 1. 2024 10:30.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2303827/cs
    2. Machine Learning-Guided Protein Engineering
      KOUBA, Petr, Pavel KOHOUT, Faraneh HADDADI, Anton BUSHUIEV, Raman SAMUSEVICH, Jiri SEDLAR, Jiří DAMBORSKÝ, Tomáš PLUSKAL, Josef SIVIC a Stanislav MAZURENKO. Machine Learning-Guided Protein Engineering. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2023, roč. 13, č. 21, s. 13863-13895. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acscatal.3c02743.
      URL
      RIV/00216224:14310/23:00133331 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Kouba, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Kohout, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Haddadi, Faraneh (364 Írán, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Pluskal, Tomáš (203 Česká republika) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: activity; artificial intelligence; biocatalysis; deep learning; protein design
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 5. 4. 2024 16:07.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2367877/cs

    2022

    1. Advanced database mining of efficient haloalkane dehalogenases by sequence and structure bioinformatics and microfluidics
      VAŠINA, Michal, Pavel VAŇÁČEK, Jiri HON, David KOVÁŘ, Hana FALDYNOVÁ, Antonín KUNKA, Tomáš BURYŠKA, Christoffel P. S. BADENHORST, Stanislav MAZURENKO, David BEDNÁŘ, Stavros STAVRAKIS, Uwe T. BORNSCHEUER, Andrew DEMELLO, Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Advanced database mining of efficient haloalkane dehalogenases by sequence and structure bioinformatics and microfluidics. Chem Catalysis. Elsevier, 2022, roč. 2, č. 10, s. 2704-2725. ISSN 2667-1093. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.checat.2022.09.011.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00128314 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Vašina, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Vaňáček, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Kovář, David (203 Česká republika, domácí) -- Faldynová, Hana (203 Česká republika, domácí) -- Kunka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Buryška, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: enzyme mining; enzyme diversity; biocatalysts; microfluidics; bioinformatics; global data analysis; haloalkane dehalogenases; bioprospecting
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 27. 1. 2023 10:32.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2250027/cs
    2. CalFitter 2.0: Leveraging the power of singular value decomposition to analyse protein thermostability
      KUNKA, Antonín, David LACKO, Jan ŠTOURAČ, Jiří DAMBORSKÝ, Zbyněk PROKOP a Stanislav MAZURENKO. CalFitter 2.0: Leveraging the power of singular value decomposition to analyse protein thermostability. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2022, roč. 50, W1, s. "W145"-"W151", 7 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkac378.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00126370 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Kunka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: FLUORESCENCE; CALORIMETRY; RESOLUTION; STATE
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 3. 2023 22:51.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1883600/cs
    3. MAPityser 2.1 - Analyzátor dat pro mikrofluidní platformu MAPit (software)
      KOVÁŘ, David, Stanislav MAZURENKO, Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. MAPityser 2.1 - Analyzátor dat pro mikrofluidní platformu MAPit. 2022.
      Software analyzuje sadu tisíců datových souborů vytvořených mikrofluidními autonomními platformami. Software představuje univerzální nástroj pro detekci píků signálu nebo zpracování a extrakci fluorescenčních spekter. Software pracuje jako samostatná apl
      Název anglicky: MAPityser 2.1 - Data Analyser for the microfluidic platform MAPit
      RIV/00216224:14310/22:00127434 Software. čeština. Česká republika. obsah podléhá obchodnímu tajemství.
      Kovář, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: software; data analysis; microfluidic autonomous platform
      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 13. 12. 2022 13:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2239457/cs
    4. MicroPEX Data Analyser 1.0* (software)
      KOVÁŘ, David, Stanislav MAZURENKO, Michal VAŠINA, Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. MicroPEX Data Analyser 1.0*. 2022.
      Tento softwarový kód byl vytvořen pro semimanuální správu a analýzu dat komplexních "dropletogramů" vytvořených s využitím mikrofluidního analyzátoru MicroPEX. Dropletogramy jsou rozděleny na klastry droplet představujících vzorky, kontroly nebo kalibrát
      Název anglicky: MicroPEX Data Analyser 1.0
      RIV/00216224:14310/22:00127436 Software. čeština. Česká republika. obsah podléhá obchodnímu tajemství.
      Kovář, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí) -- Vašina, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: software; microfluidics; data analysis; droplets
      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 13. 12. 2022 13:51.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2239485/cs
    5. SoluProtMutDB: A manually curated database of protein solubility changes upon mutations
      VELECKÝ, Jan, Marie HAMŠÍKOVÁ, Jan ŠTOURAČ, Miloš MUSIL, Jiří DAMBORSKÝ, David BEDNÁŘ a Stanislav MAZURENKO. SoluProtMutDB: A manually curated database of protein solubility changes upon mutations. Computational and Structural Biotechnology Journal. Elsevier, 2022, roč. 20, November 2022, s. 6339-6347. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2022.11.009.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00130114 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Velecký, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Hamšíková, Marie (203 Česká republika, domácí) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Musil, Miloš (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Mutational database; Protein engineering; Soluble expression; Protein yield; Machine learning; Protein aggregation
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 5. 9. 2023 13:44.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2241002/cs
    6. Tools for computational design and high-throughput screening of therapeutic enzymes
      VAŠINA, Michal, Jan VELECKÝ, Joan PLANAS IGLESIAS, Sérgio Manuel MARQUES, Jana ŠKAŘUPOVÁ, Jiří DAMBORSKÝ, David BEDNÁŘ, Stanislav MAZURENKO a Zbyněk PROKOP. Tools for computational design and high-throughput screening of therapeutic enzymes. ADVANCED DRUG DELIVERY REVIEWS. NETHERLANDS: ELSEVIER, 2022, roč. 183, April 2022, s. 1-16. ISSN 0169-409X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.addr.2022.114143.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00126167 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Vašina, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Velecký, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Planas Iglesias, Joan (724 Španělsko, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Škařupová, Jana (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Big data; Bioinformatics; Biopharmaceuticals; Biocatalysts; Enzyme characterization; Enzyme diversity; Machine learning; Microfluidics; Rational design
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 3. 4. 2023 09:28.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1863379/cs

    2021

    1. Computational enzyme design for metabolic engineering
      DAMBORSKÝ, Jiří, David BEDNÁŘ, Zbyněk PROKOP, Martin MAREK, Stanislav MAZURENKO, Jan ŠTOURAČ, Sérgio Manuel MARQUES, Gabriela Filipa FONSECA PINTO, Joan PLANAS IGLESIAS, Miloš MUSIL, Jiří HON, Ondřej VÁVRA, Rayyan Tariq KHAN, Jiří FILIPOVIČ a Barbora KOZLÍKOVÁ. Computational enzyme design for metabolic engineering. In The 45th FEBS Congress. 2021. ISSN 2211-5463.
      URL
      angličtina.
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 26. 7. 2022 11:11.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1876012/cs
    2. FireProt(DB): database of manually curated protein stability data
      ŠTOURAČ, Jan, Juraj DUBRAVA, Miloš MUSIL, Jana HORÁČKOVÁ, Jiří DAMBORSKÝ, Stanislav MAZURENKO a David BEDNÁŘ. FireProt(DB): database of manually curated protein stability data. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2021, roč. 49, D1, s. "D319"-"D324", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkaa981.
      URL
      RIV/00216224:14310/21:00119185 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Dubrava, Juraj (203 Česká republika) -- Musil, Miloš (203 Česká republika, domácí) -- Horáčková, Jana (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: SEQUENCE; PREDICTION; VARIANTS
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 23:21.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1790157/cs
    3. Primal-Dual Proximal Splitting and Generalized Conjugation in Non-smooth Non-convex Optimization
      CLASON, Christian, Stanislav MAZURENKO a Tuomo VALKONEN. Primal-Dual Proximal Splitting and Generalized Conjugation in Non-smooth Non-convex Optimization. Applied Mathematics and Optimization. New York: Springer, 2021, roč. 84, č. 2, s. 1239-1284. ISSN 0095-4616. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s00245-020-09676-1.
      URL
      RIV/00216224:14310/21:00120832 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Clason, Christian (garant) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Nonsmooth optimization; Primal-dual method; Non-convex-concave saddle-points; Generalized conjugate; Potts model; Nash equilibria
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 22. 11. 2021 14:43.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1700577/cs
    4. Substrate inhibition by the blockage of product release and its control by tunnel engineering
      KOKKONEN, Piia Pauliina, Andy BEIER, Stanislav MAZURENKO, Jiří DAMBORSKÝ, David BEDNÁŘ a Zbyněk PROKOP. Substrate inhibition by the blockage of product release and its control by tunnel engineering. RSC Chemical Biology. Cambridge: Royal Society of Chemistry, 2021, roč. 2, č. 2, s. 645-655. ISSN 2633-0679. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1039/d0cb00171f.
      URL
      RIV/00216224:14310/21:00122273 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Kokkonen, Piia Pauliina (246 Finsko, domácí) -- Beier, Andy (276 Německo, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: MOLECULAR-DYNAMICS; CATALYTIC MECHANISM; DEHYDROGENASE; KINETICS; VALIDATION
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 11. 1. 2022 10:30.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1790207/cs

    2020

    1. Machine Learning in Enzyme Engineering
      MAZURENKO, Stanislav, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Machine Learning in Enzyme Engineering. ACS Catalysis. Washington, D.C.: American Chemical Society, 2020, roč. 10, č. 2, s. 1210-1223. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acscatal.9b04321.
      URL
      RIV/00216224:14310/20:00114835 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, garant, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: artificial intelligence; enantioselectivity; function; mechanism; protein engineering; structure-function; solubility; stability
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 23:01.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1640721/cs
    2. Predicting protein stability and solubility changes upon mutations: data perspective
      MAZURENKO, Stanislav. Predicting protein stability and solubility changes upon mutations: data perspective. ChemCatChem. Weinheim: Wiley-VCH GmbH, 2020, roč. 12, č. 22, s. 5590-5598. ISSN 1867-3880. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cctc.202000933.
      URL
      RIV/00216224:14310/20:00117450 Článek v odborném periodiku. angličtina. Německo.
      Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Database; Machine learning; Protein design; Protein engineering; Protein modifications
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 17. 4. 2021 21:42.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1712656/cs
    3. Primal-dual block-proximal splitting for a class of non-convex problems
      MAZURENKO, Stanislav, Jyrki JAUHIAINEN a Tuomo VALKONEN. Primal-dual block-proximal splitting for a class of non-convex problems. Electronic Transactions on Numerical Analysis. Kent: Kent State University, 2020, roč. 52, č. 2020, s. 509-552. ISSN 1068-9613. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1553/etna_vol52s509.
      URL
      RIV/00216224:14310/20:00118171 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: primal-dual algorithms; convex optimization; non-smooth optimization; step length
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 15. 2. 2021 17:04.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1742276/cs

    2019

    1. ACCELERATION AND GLOBAL CONVERGENCE OF A FIRST-ORDER PRIMAL-DUAL METHOD FOR NONCONVEX PROBLEMS
      CLASON, Christian, Stanislav MAZURENKO a Tuomo VALKONEN. ACCELERATION AND GLOBAL CONVERGENCE OF A FIRST-ORDER PRIMAL-DUAL METHOD FOR NONCONVEX PROBLEMS. SIAM JOURNAL ON OPTIMIZATION. PHILADELPHIA: SIAM PUBLICATIONS, 2019, roč. 29, č. 1, s. 933-963. ISSN 1052-6234. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1137/18M1170194.
      URL
      RIV/00216224:14310/19:00113487 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Clason, Christian (garant) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: acceleration; convergence; global; primal-dual; first order; nonconvex
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 1. 4. 2020 22:45.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1641978/cs
    2. Development of Fluorescent Assay for Monitoring of Dehalogenase Activity
      NEVOLOVÁ, Šárka, Elisabet MAŇÁSKOVÁ, Stanislav MAZURENKO, Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Development of Fluorescent Assay for Monitoring of Dehalogenase Activity. Biotechnology Journal. WEINHEIM: WILEY-V C H VERLAG GMBH, 2019, roč. 14, č. 3, s. 1-6. ISSN 1860-6768. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/biot.201800144.
      URL
      RIV/00216224:14310/19:00108192 Článek v odborném periodiku. angličtina. Německo.
      Nevolová, Šárka (203 Česká republika, domácí) -- Maňásková, Elisabet (203 Česká republika, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: activity screening; enzyme assay; fluorescence; haloalkane dehalogenase; sulfur mustard
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 22:46.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1638600/cs
Zobrazeno: 23. 11. 2024 00:08