Výpis publikací

OĽHA, Jaroslav, Jana HOZZOVÁ, Matej ANTOL a Jiří FILIPOVIČ. Estimating resource budgets to ensure autotuning efficiency. PARALLEL COMPUTING. NETHERLANDS: ELSEVIER, 2025. ISSN 0167-8191. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.parco.2025.103126.

ZAVADIL, Jan, Jaroslav JURÁČEK, Barbora ČECHOVÁ, Tomáš ROHAN, Jakub HUSTÝ, Ondřej SLABÝ, Martina LITSCHMANNOVÁ, Michal UHER, S. Nahum GOLDBERG a Tomáš ANDRAŠINA. Tumor Suppressor miR-34a: Potential Biomarker of TACE Response in HCC. CARDIOVASCULAR AND INTERVENTIONAL RADIOLOGY. NEW YORK: Springer Nature, 2025, roč. 48, č. 1, s. 1-12. ISSN 0174-1551. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s00270-024-03908-5.

CAPANDOVÁ, Michaela, Veronika SEDLÁKOVÁ, Zbyněk VORÁČ, Hana KOTASOVÁ, Jana DUMKOVÁ, Lukáš MORÁŇ, Josef JAROŠ, Matej ANTOL, Dáša BOHAČIAKOVÁ a Aleš HAMPL. Using Polycaprolactone Nanofibers for the Proof-of-Concept Construction of the Alveolar-Capillary Interface. JOURNAL OF BIOMEDICAL MATERIALS RESEARCH PART A. Hoboken: WILEY, 2025, roč. 113, č. 1, s. 1-16. ISSN 1549-3296. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/jbm.a.37824.

HANOUSEK, Tomáš, Terézia SLANINÁKOVÁ, Tomáš REBOK a Růžena JANOUTOVÁ. A dataset of hyperspectral Look-Up Tables for 3.5 million traits and structural combinations of Central European temperate broadleaf forests. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.bcnpf-47q73.

FLORIS-JAN, Willemsen, Richard SCHOONHOVEN, Jiří FILIPOVIČ, Jacob O. TØRRING, Rob van NIEUWPOORT a Ben van WERKHOVEN. A methodology for comparing optimization algorithms for auto-tuning. Future Generation Computer Systems. Amsterdam, The Netherlands: Elsevier Science, 2024, roč. 109, October 2024, s. 489-504. ISSN 0167-739X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.future.2024.05.021.

SLANINÁKOVÁ, Terézia, David PROCHÁZKA, Jakub ČILLÍK, Lucie NOVOTNÁ a Adrián ROŠINEC. AlphaFind. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.5281/zenodo.11085862.

SLANINÁKOVÁ, Terézia, David PROCHÁZKA, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. In Elixir All-Hands 2024. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.7490/f1000research.1119872.1.

GREŠOVÁ, Katarína, Pavlína ŠPRINGEROVÁ, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. In ECCB2024. 2024.

PROCHÁZKA, David, Terézia SLANINÁKOVÁ, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome. bioRxiv, 2024.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Katarína GREŠOVÁ, Jaroslav OĽHA, Vlastislav DOHNAL, Adrián ROŠINEC a Matej ANTOL. AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome – data and model. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.d35zf-1ja47.

PROCHÁZKA, David, Terézia SLANINÁKOVÁ, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind: discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2024, roč. 52, July 5, s. "W182"-"W186", 5 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkae397.

ROŠINEC, Adrián, Tomáš PAVLÍK, Terézia SLANINÁKOVÁ, Aleš KŘENEK, Pavlína ŠPRINGEROVÁ, Matej ANTOL a Radka SVOBODOVÁ. Beyond Metadata: Leveraging Similarity Search in Molecular Dynamics Data. In 2nd BioExcel Conference on Advances in Biomolecular Simulations. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.5281/zenodo.14500696.

CAPANDOVÁ, Michaela, Veronika SEDLÁKOVÁ, Zbyněk VORÁČ, Hana KOTASOVÁ, Jana DUMKOVÁ, Lukáš MORÁŇ, Josef JAROŠ, Matej ANTOL, Dáša BOHAČIAKOVÁ a Aleš HAMPL. Cells, biomaterials, infrastructure; and the value of the data. In 2. Offsite Meeting of the Department of Histology and Embryology (ÚHE): Advancing Science and Collaboration. 2024. ISBN 978-80-280-0587-0.

SVOBODA, Tomáš, Jakub ČILLÍK, Michal MIKL, Tomáš SLAVÍČEK a Radka SVOBODOVÁ. Data Management and FAIRification in MAFIL. In Czech‐BioImaging Annual Scientific Conference 2024: Imaging Principles of Life. 2024.

SVOBODA, Tomáš, Adrián ROŠINEC, Tomáš RAČEK a Radka SVOBODOVÁ. Data Management of Biological Imaging Data. In ELIXIR CZ Annual Conference 2024: Data management. 2024.

SVOBODA, Tomáš a Adrián ROŠINEC. Data workflows at CEITEC MU. In Setkání OS metodiků MU. 2024.

HARUTYUNYAN, Suren, Eduardo CÉSAR, Anna SIKORA, Jiří FILIPOVIČ, Akash DUTTA, Ali JANNESARI a Jordi ALCARAZ. Efficient Code Region Characterization Through Automatic Performance Counters Reduction Using Machine Learning Techniques. Online. In European Conference on Parallel Processing. Madrid, Spain: Springer Nature Switzerland, 2024, s. 18-32. ISBN 978-3-031-69576-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-69577-3_2.

ANTOL, Matej, Jiří MAREK, Michaela CAPANDOVÁ, Jaroslav JURÁČEK a Luděk MATYSKA. EOSC CZ: Towards the development of Czech national ecosystem for FAIR research data. arXiv, 2024, 2 s.

VÍTEČEK, Jan, Andrea VÍTEČKOVÁ WÜNSCHOVÁ, Sandra THALEROVÁ, Sumeet GULATI, Lukáš KUBALA, Michaela CAPANDOVÁ, Aleš HAMPL a Robert MIKULÍK. Factors influencing the efficacy of recombinant tissue plasminogen activator: Implications for ischemic stroke treatment. PLOS ONE. SAN FRANCISCO: PUBLIC LIBRARY SCIENCE, 2024, roč. 6, č. 19, s. 1-13. ISSN 1932-6203. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0302269.

VÍTEČEK, Jan, Andrea VÍTEČKOVÁ WÜNSCHOVÁ, Sandra THALEROVÁ, Sumeet GULATI, Lukáš KUBALA, Michaela CAPANDOVÁ, Aleš HAMPL a Robert MIKULÍK. Factors influencing the efficacy of recombinant tissue plasminogen activator: Implications for ischemic stroke treatment. Plos one. San Francisco: Public Library of Science, 2024, roč. 19, č. 6, s. 1-13. ISSN 1932-6203. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0302269.

SLANINÁKOVÁ, Terézia, Katarína GREŠOVÁ, David PROCHÁZKA, Viktória SPIŠAKOVÁ, Adrián ROŠINEC, Jakub ČILLÍK, Pavlína ŠPRINGEROVÁ, Aleš KŘENEK, Vlastislav DOHNAL, Radka SVOBODOVÁ a Matej ANTOL. Fast, structure-based searching in a large-scale protein data repository. In ELIXIR CZ Annual Conference. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.13140/RG.2.2.31355.53281.

JEANSON, Francis, Spencer J GIBSON, Pinar ALPER, Alexander BERNIER, J Patrick WOOLLEY, Daniel MIETCHEN, Andrzej STRUG, Regina BECKER, Pim KAMERLING, Maria del Carmen Sanchez GONZALEZ, Nancy MAH, Ann NOVAKOWSKI, Mark D WILKINSON, Oussama Mohammed BENHAMED, Annalisa LANDI, Georg Philip KROG, Heimo MÜLLER, Umar RIAZ, Colin VEAL, Petr HOLUB, Esther VAN ENCKEVORT a Anthony J BROOKES. Getting your DUCs in a row - standardising the representation of Digital Use Conditions. SCIENTIFIC DATA. London: NATURE PORTFOLIO, 2024, roč. 11, č. 1, s. 1-10. ISSN 2052-4463. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41597-024-03280-6.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. GraSR: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.br8aq-db495.

SVOBODA, Tomáš, Adrián ROŠINEC a Ondřej FILIP. Hands-on experience with big data transfer via iRODS and Onedata. In e-INFRA CZ CONFERENCE 2024. 2024.

HANOUSEK, Tomáš, Terézia SLANINÁKOVÁ, Tomáš REBOK a Růžena JANOUTOVÁ. High spatial and spectral resolution dataset of hyperspectral look-up tables for 3.5 million traits and structural combinations of Central European temperate broadleaf forests. DATA IN BRIEF. NETHERLANDS: ELSEVIER, 2024, roč. 57, December 2024, s. 1-13. ISSN 2352-3409. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.dib.2024.111105.

KÉPEŠ, Erik, Jakub VRÁBEL, Tomáš BRÁZDIL, Petr HOLUB, Pavel POŘÍZKA a Jozef KAISER. Interpreting convolutional neural network classifiers applied to laser-induced breakdown optical emission spectra. Talanta. AMSTERDAM: Elsevier, 2024, roč. 266, č. 124946, s. 1-11. ISSN 0039-9140. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.talanta.2023.124946.

ROŠINEC, Adrián. Introduction to the new generation EGI container execution platform. In EGI Webinar programme 2024. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.5281/zenodo.10566759.

SLANINÁKOVÁ, Terézia a David PROCHÁZKA. Learned Metric Index. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.5281/zenodo.13860051.

HOLUB, Petr. Leveraging BBMRI-ERIC for XAI Research in Digital Pathology. In 20th European Congress on Digital Pathology 2024 (ECDP2024). 2024.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. LMI-10: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.t45hr-bcw17.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. LMI-30: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.kgb8j-r5f84.

SVOBODA, Tomáš. MAFILDB - technická realizace. In FAIR data pro uživatele CF MAFIL. 2024.

HERŮDKOVÁ, Jarmila, Türkan PORTAKAL, Vítězslav HAVLÍČEK, Vendula PELKOVÁ, Katarína ČIMBOROVÁ, Lukáš PEČINKA, Lukáš MORÁŇ, Volodymyr POROKH, Michaela CAPANDOVÁ, Hana KOTASOVÁ, Aleš HAMPL a Petr VAŇHARA. Pluripotent stem cell-derived expandable lung epithelial progenitors as a tool for investigation of ER- associated lung stress and regeneration. In International Society for Stem Cell Research Annual Meeting. 10-13.7.2024. Hamburg, Německo. 2024.

OHMANN, Christian, Maria PANAGIOTOPOULOU, Steve CANHAM, Petr HOLUB, Kurt MAJCEN, Gary SAUNDERS, Maddalena FRATELLI, Jing TANG, Philip GRIBBON, Reagon KARKI, Mari KLEEMOLA, Katja MOILANEN, Daan BROEDER, Walter DAELEMANS a Pieter FIVEZ. Proposal for a framework of contextual metadata in selected research infrastructures of the life sciences and the social sciences & humanities. International Journal of Metadata, Semantics and Ontologies. Inderscience Publishers, 2024, roč. 16, č. 4, s. 261-277. ISSN 1744-2621.

BUČEKOVÁ, Gabriela, Viktoriia DOSHCHENKO, Aliaksei CHARESHNEU, Jana PORUBSKÁ, Michal PAJTINKA, Michal OLEKSIK, Tomáš SVOBODA, Vladimír HORSKÝ a Radka SVOBODOVÁ. Rare ring conformations in PDB: Facts or wishful thinking? bioRxiv. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1101/2024.06.20.598822.

ROŠINEC, Adrián a Tomáš SVOBODA. Research Data Management at CEITEC MU. In Open Science Workshop 2024. 2024.

PROCHÁZKA, David, Terézia SLANINÁKOVÁ, Jozef ČERŇANSKÝ, Jaroslav OĽHA, Matej ANTOL a Vlastislav DOHNAL. Scaling Learned Metric Index to 100M Datasets. In Edgar Chávez, Benjamin Kimia, Jakub Lokoč, Marco Patella, Jan Sedmidubsky. 17th International Conference on Similarity Search and Applications (SISAP 2024). Cham: Springer, 2024, s. 266-273. ISBN 978-3-031-75822-5. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-75823-2_22.

SVOBODA, Tomáš, Adrián ROŠINEC, Tomáš RAČEK, Josef HANDL, Aleš KŘENEK a Radka SVOBODOVÁ. Scientific Dataset Management System for the Research Institute Based on Onedata. In EGI Conference 2024. 2024.

HANOUSEK, Tomáš, Terézia SLANINÁKOVÁ, Růžena JANOUTOVÁ, Marian ŠVIK a Tomáš REBOK. Simulated trait and spectroscopy data to support retrieval of forest biophysical parameters from spaceborne imaging spectroscopy. In 3rd WORKSHOP ON INTERNATIONAL COOPERATION IN SPACEBORNE IMAGING SPECTROSCOPY. 2024.

ŠEJNA, Erik. Test Anxiety Among Czech Pupils in Lower-Secondary Education. Studia paedagogica. Brno, 2024, roč. 29, č. 2, s. 108-127. ISSN 1803-7437. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.5817/SP2024-2-5.

ŠEJNA, Erik. Testová úzkost a sociálně-afektivní indikátory well-beingu v nižším sekundárním vzdělávání. Online. In Andrea Rozkovcová, Jakub Pivarč. Sborník příspěvků z XXXII. výroční konference České asociace pedagogického výzkumu: SPOLUPRÁCE OBORŮ PRO PODPORU KVALITY VZDĚLÁVÁNÍ. Česká asociace pedagogického výzkumu, 2024, s. 43-89. ISBN 978-80-7392-421-8.

WITTNER, Rudolf, Petr HOLUB, Cecilia MASCIA, Francesca FREXIA, Heimo MÜLLER, Markus PLASS, Clare ALLOCCA, Fay BETSOU, Tony BURDETT, Ibon CANCIO, Adriane CHAPMAN, Martin CHAPMAN, Mélanie COURTOT, Vasa CURCIN, Johann EDER, Mark ELLIOT, Katrina EXTER, Carole GOBLE, Martin GOLEBIEWSKI, Bron KISLER, Andreas KREMER, Simone LEO, Sheng LIN-GIBSON, Anna MARSANO, Marco MATTAVELLI, Josh MOORE, Hiroki NAKAE, Isabelle PERSEIL, Ayat SALMAN, James SLUKA, Stian SOILAND-REYES, Caterina STRAMBIO-DE-CASTILLIA, Michael SUSSMAN, Jason R SWEDLOW, Kurt ZATLOUKAL a Jörg GEIGER. Toward a common standard for data and specimen provenance in life sciences. LEARNING HEALTH SYSTEMS. UNITED STATES: WILEY, 2024, roč. 8, č. 1, s. 1-9. ISSN 2379-6146. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/lrh2.10365.

DEMEK, Miroslav a Jiří FILIPOVIČ. Towards Dynamic Autotuning of SpMV in CUSP Library. Online. In IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium Workshops (IPDPSW). San Francisco, USA: IEEE, 2024, s. 14-22. ISBN 979-8-3503-6461-3. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/IPDPSW63119.2024.00012.

HUTEČKOVÁ, Barbora, Jan KŘIVÁNEK, Zuzana SUMBALOVÁ KOLEDOVÁ, Zuzana HOLUBCOVÁ, Matea BREZAK, Ivana AĆIMOVIĆ, Türkan PORTAKAL, Jana DUMKOVÁ, Lukáš MORÁŇ, Aleš HAMPL, Yelyzaveta MAKIEIEVA, Tereza VÁŇOVÁ, Dáša BOHAČIAKOVÁ, Václav CHOCHOLA, Josef JAROŠ, Katarína ČIMBOROVÁ, Irena KOUTNÁ, Michaela BOSÁKOVÁ, Tomáš BÁRTA, Vítězslav HAVLÍČEK, Soňa KLOUDOVÁ, Vincent Alexander JONGEN, Jarmila HERŮDKOVÁ, Marcos GONZÁLEZ LÓPEZ, Leoš BENÁK, Maryam AZAM, Haneen Riadh Ali TUAIMA, Margarita GORBULINA, Josef LAVICKÝ, Marina ŠTRUNCOVÁ, Erika MIKULENKOVÁ, Riza Can CAKMAKCI, Petr VAŇHARA, Vendula PELKOVÁ, Victorio Martin POZO DEVOTO, Hana KOTASOVÁ, Michaela KAVKOVÁ, Petr TAUŠ, David VYSLOUŽIL, Canan ÇELIKER, Kateřina AMRUZ ČERNÁ, Naděžda VAŠKOVICOVÁ, Tereza SOURALOVÁ, Volodymyr POROKH, Drahomíra KYJOVSKÁ, Daniela KROČIANOVÁ, Michaela CAPANDOVÁ, Veronika SEDLÁKOVÁ, Veronika FEDOROVÁ, Jan RAŠKA, Miriam SATKOVÁ, Petr FOJTÍK, Klára PLEŠINGROVÁ, Soňa CESNÁRIKOVÁ, Jiří SEDMÍK, Hana HŘÍBKOVÁ, Marko MEĆAVA, Adam HARMANEC, Veronika POSPÍŠILOVÁ, Tami BOČKOVÁ, Veronika BOSÁKOVÁ, Adam BOGDANOVIČ, Zbyněk ZDRÁHAL, Vladislav RAKULTSEV, Marcela BUCHTOVÁ, Simona BÁRTOVÁ a Petr GINTAR. 2. Offsite Meeting of the Department of Histology and Embryology (ÚHE): Advancing Science and Collaboration. Edition: 1., electronic. Brno: Masarykova Univerzita, 2024, 18 s. ISBN 978-80-280-0587-0.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. 3D-af-Surfer: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.tbws0-hj147.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. 3DZD: Protein structural embeddings of AlphaFold DB v4. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.t45hr-bcw17.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. 3DZD: Protein structural embeddings of ESM Atlas. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.cd6zk-k0v44.

DAUBNER, Lukáš, Raimundas MATULEVICIUS, Barbora BÜHNOVÁ, Matej ANTOL, Michal RŮŽIČKA a Tomáš PITNER. A Case Study on the Impact of Forensic-Ready Information Systems on the Security Posture. Online. In Advanced Information Systems Engineering. Cham: Springer Nature Switzerland, 2023, s. 522-538. ISBN 978-3-031-34559-3. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-34560-9_31.

JURÁČEK, Jaroslav, Marie BOUDNÁ, Michal STANÍK, Michaela RUČKOVÁ, Karolína TRACHTOVÁ, Hana MALČÍKOVÁ, Eva LŽIČAŘOVÁ, Dominik A BARTH, Martin PICHLER a Ondřej SLABÝ. A tissue miRNA expression pattern is associated with disease aggressiveness of localized prostate cancer. Prostate. HOBOKEN: WILEY, 2023, roč. 83, č. 4, s. 340-351. ISSN 0270-4137. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/pros.24466.

HOLZINGER, Andreas, Katharina KEIBLINGER, Petr HOLUB, Kurt ZATLOUKAL a Heimo MÜLLER. AI for Life: Trends in Artificial Intelligence for Biotechnology. NEW BIOTECHNOLOGY. NETHERLANDS: ELSEVIER, 2023, roč. 74, č. 1, s. 16-24. ISSN 1871-6784. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.nbt.2023.02.001.

LAMOTHE, Lucie, Jennifer R B JENSEN, Hans IENASESCU, Ove J R GUSTAFSSON, Alban GAIGNARD, Dmitry REPCHEVSKY, Radka SVOBODOVÁ, Tomáš RAČEK, Adrián ROŠINEC, Matej ANTOL a Hervé MÉNAGER. An Evaluation of EDAM Coverage in the Tools Ecosystem and Prototype Integration of Galaxy and Workflowhub Systems. BioHackrXiv. 2023, s. 1-10. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.37044/osf.io/79kje.

DAVID, Romain, Arina RYBINA, Jean-Marie BUREL, Jean-Karim HERICHE, Pauline AUDERGON, Jan-Willem BOITEN, Frederik COPPENS, Sara CROCKETT, Exter KATRINA, Sven FAHRENER, Maddalena FRATELLI, Carole GOBLE, Philipp GORMANNS, Tobias GRANTNER, Bjorn GRUNING, Kim Tamara GURWITZ, John HANCOCK, Henriette HARMSE, Petr HOLUB, Nick JUTY, Geoffrey KARNBACH, Emma KAROUNE, Antje KEPPLER, Jessica KLEMEIER, Carla LANCELOTTI, Jean-Luc LEGRAS, L Allyson LISTER, Livio Longo DARIO, Rebecca LUDWIG, Benedicte MADON, Marzia MASSIMI, Vera MATSER, Rafaele MATTEONI, Michaela Th MAYRHOFER, Ohmann CHRISTIAN, Maria PANAGIOTOPOULOU, Helen PARKINSON, Isabelle PERSEIL, Claudia PFANDER, Roland PIERUSCHKA, Michael RAESS, Andreas RAUBER, Audrey S RICHARD, Paolo ROMANO, Antonio ROSATO, Alex SANCHEZ-PLA, Susanna-Assunta SANSONE, Ugis SARKANS, Beatriz SERRANO-SOLANO, Jing TANG, Ziaurrehman TANOLI, Jonathan TEDDS, Harald WAGENER, Martin WEISE, Hans V WESTERHOFF, Rudolf WITTNER, Jonathan EWBANK, Niklas BLOMBERG a Philip GRIBBON. "Be Sustainable Recommendations" for FAIR Resources in Life Sciences research: EOSC-Life's Lessons. EMBO Journal. 2023. ISSN 1460-2075.

ROŠINEC, Adrián a Klára MORAVCOVÁ. Beskar Cloud: OpenStack Deployment on Top of Kubernetes. In 12th Iberian Grid Conference. 2023.

MÜLLER, Heimo, Catarina LOPES-DIAS, Petr HOLUB, Markus PLASS, Emilian JUNGWIRTH, Robert REIHS, Paul R TORKE, Apostolos MALATRAS, Anouk BERGER, Heather COOMBS, Joakim DILLNER a Roxana MERINO-MARTINEZ. BIBBOX, a FAIR toolbox and App Store for Life Science Research. NEW BIOTECHNOLOGY. NETHERLANDS: ELSEVIER, 2023, roč. 77, s. 12-19. ISSN 1871-6784. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.nbt.2023.06.001.

ZAVADIL, Jan, Tomáš ROHAN, Jaroslav JURÁČEK, Igor KISS, Lenka OSTŘÍŽKOVÁ, Vlastimil VÁLEK, Ondřej SLABÝ a Tomáš ANDRAŠINA. Biomarkery jako prognostické a prediktivní faktory u pacientů s hepatocelulárním karcinomem podstupujících radiologické onkologické intervence. Klinická onkologie. Praha: Česká lékařská společnost J. E. Purkyně, 2023, roč. 36, č. 2, s. 104-111. ISSN 0862-495X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48095/ccko2023104.

ROŠINEC, Adrián a Klára MORAVCOVÁ. Building OpenStack Cloud with Kubernetes as Undercloud. In EGI Conference 2023. 2023.

CAPANDOVÁ, Michaela. By leaps and bounds: From in vitro lung tissue models to fostering collaboration in science. In Annual Meeting, Pavlov, 24.5.-26.5.2023. 2023.

CAPANDOVÁ, Michaela, Veronika SEDLÁKOVÁ, Dáša BOHAČIAKOVÁ, Hana KOTASOVÁ, Vendula PELKOVÁ, Zbyněk VORÁČ, Matej ANTOL a Aleš HAMPL. By leaps and bounds: From in vitro lung tissue models to fostering collaboration in science. In The Annual PhD Conference in Biomedical Sciences. 2023.

VÁŇOVÁ, Tereza, Jiří SEDMÍK, Jan RAŠKA, Kateřina AMRUZ ČERNÁ, Petr TAUŠ, Veronika POSPÍŠILOVÁ, Markéta NEZVEDOVÁ, Veronika FEDOROVÁ, Soňa KADÁKOVÁ, Hana KLÍMOVÁ, Michaela CAPANDOVÁ, Petra ORVISKÁ, Petr FOJTÍK, Simona BÁRTOVÁ, Karla PLEVOVÁ, Zdeněk SPÁČIL, Hana HŘÍBKOVÁ a Dáša BOHAČIAKOVÁ. Cerebral organoids derived from patients with Alzheimer´s disease with PSEN1/2 mutations have defective tissue patterning and altered development. CELL REPORTS. CAMBRIDGE: CELL PRESS, 2023, roč. 42, č. 11, s. 1-27. ISSN 2211-1247. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.celrep.2023.113310.

SVOBODA, Tomáš, Aleš KŘENEK, Łukasz OPIOŁA, Andrea MANZI a Josef HANDL. Cloudification of scientific experimental data using Onedata. In EGI Conference 2023. 2023.

JURÁČEK, Jaroslav, Marie MĄDRZYK, Karolína TRACHTOVÁ, Michaela RUČKOVÁ, Júlia BOHOŠOVÁ, Dominik A. BARTH, Martin PICHLER, Michal STANÍK a Ondřej SLABÝ. Combination of Urinary MiR-501 and MiR-335 With Current Clinical Diagnostic Parameters as Potential Predictive Factors of Prostate Biopsy Outcome. CANCER GENOMICS & PROTEOMICS. ATHENS: INT INST ANTICANCER RESEARCH, 2023, roč. 20, č. 3, s. 308-316. ISSN 1109-6535. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.21873/cgp.20383.

MACÁK, Martin, Tomáš REBOK, Matúš ŠTOVČIK, Mouzhi GE, Bruno ROSSI a Barbora BÜHNOVÁ. CopAS: A Big Data Forensic Analytics System. Online. In Proceedings of the 8th International Conference on Internet of Things, Big Data and Security IoTBDS - Volume 1. Setubal, Portugal: SciTePress, 2023, s. 150-161. ISBN 978-989-758-643-9. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.5220/0011929000003482.

REBOK, Tomáš a Ondřej MACHALA. CoPAS: the Modular Data Analytics Tool. 2023.

POLČÁK, Radim, Jakub MÍŠEK, Matěj MYŠKA, Jakub HARAŠTA, Pavel LOUTOCKÝ, Bettina BACHER, Václav STUPKA, Michal KOŠČÍK, David ŠMAHEL, Monika METYKOVÁ, Herbert HRACHOVEC, Andreas KIRCHNER, Alena MACKOVÁ, Jakub MACEK, Dan Jerker Börje SVANTESSON, Erich SCHWEIGHOFER, Hana MACHÁČKOVÁ, Zbyněk LOEBL, Andreas WIEBE, Tamás SZÁDECZKY, Jan HOSPES, Nikolaus FORGÓ, Michal ČERNÝ, Jiří MAREK a Alex IVANČO. Cyberspace 2023. 2023.

HEJTMÁNEK, Lukáš, Adrián ROŠINEC a Sebastian LUNA-VALERO. Easy Deployment of Dask and Jupyter Notebooks on Managed Kubernetes. In EGI Conference 2023. 2023.

ROŠINEC, Adrián, Tomáš SVOBODA, Tomáš RAČEK, Aleš KŘENEK a Radka SVOBODOVÁ. Enhancing Data Accessibility: Strategies and Tools for Effective Metadata Management. In IBERGRID 2023. 2023.

HERREROS, David, Roy R. LEDERMAN, James M. KRIEGER, Amaya JIMÉNEZ-MORENO, Marta MARTÍNEZ, David MYŠKA, David STŘELÁK, Jiří FILIPOVIČ, Carlos O. S. SORZANO a José M. CARAZO. Estimating conformational landscapes from Cryo-EM particles by 3D Zernike polynomials. Nature Communications. 2023, roč. 14, č. 1, s. 1-10. ISSN 2041-1723. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41467-023-35791-y.

SVOBODA, Tomáš, Radka SVOBODOVÁ, David ANTOŠ, Adrián ROŠINEC a Aleš KŘENEK. Introduction to Onedata at CEITEC MU and in Czech National Repository Platform. In MATECHat meeting. 2023.

PETROVIČ, Filip a Jiří FILIPOVIČ. Kernel Tuning Toolkit. SoftwareX. Elsevier, 2023, roč. 22, neuveden, s. 1-6. ISSN 2352-7110. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.softx.2023.101385.

RAČEK, Tomáš, Tomáš SVOBODA a Radka SVOBODOVÁ. Management of life-science data and their metadata. In XXII. setkání biochemiků a molekulárních biologů. 2023.

ROŠINEC, Adrián, Tomáš SVOBODA, Tomáš RAČEK, Josef HANDL, Jozef SABO, Aleš KŘENEK a Radka SVOBODOVÁ. Onedata4Sci: Life-science experimental datasets management system. In 3D-BioInfo | ISCB 3D-SIG | ELIXIR Czech Republic Structural Bioinformatics. 2023.

HOLUB, Petr, Heimo MÜLLER, Tomáš BÍL, Luca PIREDDU, Markus PLASS, Fabian PRASSER, Irene SCHLÜNDER, Kurt ZATLOUKAL, Rudolf NENUTIL a Tomáš BRÁZDIL. Privacy risks of whole-slide image sharing in digital pathology. Nature Communications. 2023, roč. 14, č. 2577, s. 1-15. ISSN 2041-1723. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41467-023-37991-y.

PLASS, Markus, Rudolf WITTNER, Petr HOLUB, Francesca FREXIA, Cecilia MASCIA, Matej GALLO, Heimo MÜLLER a Jörg GEIGER. Provenance of specimen and data – A prerequisite for AI development in computational pathology. NEW BIOTECHNOLOGY. NETHERLANDS: ELSEVIER, 2023, roč. 78, DEC, s. 22-28. ISSN 1871-6784. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.nbt.2023.09.006.

ANTOL, Matej, Michal RŮŽIČKA, Luděk MATYSKA a Jiří MAREK. Public (Health) Sector and Academia. In Martin Komenda. Data-Driven Decision-Making in Medical Education and Healthcare. First edition. Brno: Masaryk University, 2023, s. 51-66. Data Rulezzzz! ISBN 978-80-280-0392-0.

VÁVRA, Ondřej, Jakub BERANEK, Jan ŠTOURAČ, Martin SURKOVSKY, Jiří FILIPOVIČ, Jiří DAMBORSKÝ, Jan MARTINOVIC a David BEDNÁŘ. pyCaverDock: Python implementation of the popular tool for analysis of ligand transport with advanced caching and batch calculation support. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, 2023, roč. 39, č. 8, s. 1-3. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btad443.

SLANINÁKOVÁ, Terézia, Matej ANTOL, Jaroslav OĽHA, Vlastislav DOHNAL, Susana LADRA a Miguel A. MARTÍNEZ-PRIETO. Reproducible experiments with Learned Metric Index Framework. Information systems. Elsevier, 2023, roč. 118, č. 1, s. 102255-102270. ISSN 0306-4379. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.is.2023.102255.

SLABÝ, Ondřej, Jaroslav JURÁČEK a Michal STANÍK. Sada pro odlišení indolentního a agresivního karcinomu prostaty. 2023.

GALLO, Matej, Vojtěch KRAJŇANSKÝ, Rudolf NENUTIL, Petr HOLUB a Tomáš BRÁZDIL. Shedding light on the black box of a neural network used to detect prostate cancer in whole slide images by occlusion-based explainability. NEW BIOTECHNOLOGY. NETHERLANDS: ELSEVIER, 2023, roč. 78, December, s. 52-67. ISSN 1871-6784. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.nbt.2023.09.008.

SLANINÁKOVÁ, Terézia, David PROCHÁZKA, Matej ANTOL, Jaroslav OĽHA a Vlastislav DOHNAL. SISAP 2023 Indexing Challenge – Learned Metric Index. In Pedreira, O., Estivill-Castro, V. Similarity Search and Applications. SISAP 2023. Lecture Notes in Computer Science, vol 14289. Cham: Springer, 2023, s. 282-290. ISBN 978-3-031-46993-0. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-46994-7_24.

MESSINA, Nicola, Jan SEDMIDUBSKÝ, Falchi FABRIZIO a Tomáš REBOK. Text-to-Motion Retrieval: Towards Joint Understanding of Human Motion Data and Natural Language. Online. In 46th International Conference on Research and Development in Information Retrieval (SIGIR). New York, NY, USA: Association for Computing Machinery, 2023, s. 2420-2425. ISBN 978-1-4503-9408-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1145/3539618.3592069.

TØRRING, Jacob O, van Werkhoven BEN, Filip PETROVIČ, Floris-Jan WILLEMSEN, Jiří FILIPOVIČ a Anne C ELSTER. Towards a Benchmarking Suite for Kernel Tuners. Online. In 2023 IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium Workshops (IPDPSW). neuveden: IEEE, 2023, s. 724-733. ISBN 979-8-3503-1199-0. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/IPDPSW59300.2023.00124.

DAVID, Romain, Audrey RICHARD, Claire CONNELLAN, Katharina LAUER, Maria Luisa CHIUSANO, Carole GOBLE, Martin HOUDE, Isabel KEMMER, Antje KEPPLER, Philippe LIEUTAUD, Christian OHMANN, Maria PANAGIOTOPOULOU, Sara Raza KHAN, Arina RYBINA, Stian SOILAND-REYES, Charlotte WIT, Rudolf WITTNER, Rafael Andrade BUONO, Sarah Arnaud MARSH, Pauline AUDERGON, Dylan BONFILS, Carazo JOSE-MARIA, Remi CHARREL, Frederik COPPENS, Wolfgang FECKE, Claudia FILIPPONE, Eva Garcia ALVAREZ, Sheraz GUL, Henning HERMJAKOB, Katja HERZOG, Petr HOLUB, Lukasz KOZERA, Allyson LISTER, José LÓPEZ-CORONADO, Bénédicte MADON, Kurt MAJCEN, William MARTIN, Wolfgang MÜLLER, Elli PAPADOPOULOU, Christine M.A. PRAT, Paolo ROMANO, Sansone SUSANNA-ASSUNTA, Gary SAUNDERS, Niklas BLOMBERG a Jonathan EWBANK. Umbrella Data Management Plans to Integrate FAIR Data: Lessons From the ISIDORe and BY-COVID Consortia for Pandemic Preparedness. Data Science Journal. Ubiquity Press, 2023. ISSN 1683-1470. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.5334/dsj-2023-035.

STŘELÁK, David, David MYŠKA, Filip PETROVIČ, Jan POLÁK, Jaroslav OĽHA a Jiří FILIPOVIČ. Umpalumpa: a framework for efficient execution of complex image processing workloads on heterogeneous nodes. Computing. Springer, 2023, roč. 105, č. 11, s. 2389-2417. ISSN 0010-485X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s00607-023-01190-w.

HORÁK, Jiří, Katarína FURMANOVÁ, Barbora KOZLÍKOVÁ, Tomáš BRÁZDIL, Petr HOLUB, Martin KAČENGA, Matej GALLO, Rudolf NENUTIL, Jan BYŠKA a Vít RUSŇÁK. xOpat: eXplainable Open Pathology Analysis Tool. COMPUTER GRAPHICS FORUM. England: Wiley, 2023, roč. 42, č. 3, s. 63-73. ISSN 0167-7055. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/cgf.14812.

HERREROS, David, Jakub KISKA, Erney RAMÍREZ-APORTELA, Jiří FILIPOVIČ, José María CARAZO a Carlos Oscar SORZANO. ZART: A Novel Multiresolution Reconstruction Algorithm with Motion-blur Correction for Single Particle Analysis. Journal of Molecular Biology. Elsevier, 2023, roč. 435, č. 9, s. 1-14. ISSN 0022-2836. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2023.168088.

BRÁZDIL, Tomáš, Matej GALLO, Rudolf NENUTIL, Andrej KUBANDA, Martin TOUFAR a Petr HOLUB. Automated annotations of epithelial cells and stroma in hematoxylin–eosin-stained whole-slide images using cytokeratin re-staining. The Journal of Pathology: Clinical Research. 2022, roč. 8, č. 2, s. 129-142. ISSN 2056-4538. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cjp2.249.

SVOBODA, Tomáš, Aleš KŘENEK a Josef HANDL. Automatic storing, sharing and archiving datasets with Onedata. In EGI Conference 2022. 2022.

SVOBODA, Tomáš, Aleš KŘENEK a Josef HANDL. Automating scientific dataset management and processing using Onedata. In IBERGRID 2022. 2022.

NĚMCOVÁ, Petra, Jana HOZZOVÁ a Jiří FILIPOVIČ. Improving ligand transport trajectory within flexible receptor in CaverDock. Online. In SAC '22: Proceedings of the 37th ACM/SIGAPP Symposium on Applied Computing. USA: Association for Computing Machinery, 2022, s. 619-626. ISBN 978-1-4503-8713-2. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1145/3477314.3506988.

OĽHA, Jaroslav, Terézia SLANINÁKOVÁ, Martin GENDIAR, Matej ANTOL a Vlastislav DOHNAL. Learned Indexing in Proteins: Extended Work on Substituting Complex Distance Calculations with Embedding and Clustering Techniques. arXiv, 2022. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48550/ARXIV.2208.08910.

OĽHA, Jaroslav, Terézia SLANINÁKOVÁ, Martin GENDIAR, Matej ANTOL a Vlastislav DOHNAL. Learned Indexing in Proteins: Substituting Complex Distance Calculations with Embedding and Clustering Techniques. In Tomáš Skopal, Fabrizio Falchi, Jakub Lokoč, Maria Luisa Sapino, Ilaria Bartolini, Marco Patella. Similarity Search and Applications, 15th International Conference, SISAP 2022, Bologna, Italy, October 5–7, 2022, Proceedings. 1. vyd. Cham: Springer Cham, 2022, s. 274-282. ISBN 978-3-031-17848-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-17849-8_22.

WITTNER, Rudolf, Cecilia MASCIA, Matej GALLO, Francesca FREXIA, Heimo MÜLLER, Markus PLASS, Jörg GEIGER a Petr HOLUB. Lightweight Distributed Provenance Model for Complex Real–world Environments. Scientific Data. Berlin: Nature Research, 2022, roč. 2022, č. 9, s. 1-19. ISSN 2052-4463. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41597-022-01537-6.

SPIŠAKOVÁ, Viktória, Adrián ROŠINEC, Lukáš HEJTMÁNEK a Matej ANTOL. Managed Kubernetes — Next Gen Academic Infrastructure? In EGI Conference 2022. 2022.

SORZANO, Carlos, Amaya JIMÉNEZ-MORENO, David MALUENDA, Marta MARTÍNEZ, Erney RAMÍREZ-APORTELA, James KRIEGER, Roberto MELERO, Ana CUERVO, Javier CONESA, Jiří FILIPOVIČ, Pablo CONESA, Laura del CAÑO, Yunior FONSECA, Jorge Jiménez-de LA MORENA, Patricia LOSANA, Ruben SÁNCHEZ-GARCÍA, David STŘELÁK, Estrella FERNÁNDEZ-GIMÉNEZ, Federico DE ISIDRO-GÓMEZ, David HERREROS, Jose Luis VILAS, Roberto MARABINI a Jose Maria CARAZO. On bias, variance, overfitting, gold standard and consensus in single-particle analysis by cryo-electron microscopy. Acta Crystallographica Section D: Structural Biology. Chester: International Union of Crystallography, 2022, roč. 78, č. 4, s. 410-423. ISSN 2059-7983. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1107/S2059798322001978.

PORTEŠOVÁ, Šárka, Eva NOVÁKOVÁ, Růžena BLAŽKOVÁ, Michal JABŮREK, Ondřej STRAKA, Michal RŮŽIČKA, Matěj SMETANA, Jaroslav TOČÍK, Jana UNČOVSKÁ, Kateřina KREPSOVÁ, Ondřej DVOŘÁK, Ondřej VORÁČ, Jan KOTTMAN, Zdeněk NOVÁK, Petra BUŠKOVÁ, Jindřiška SVOBODOVÁ, Eva MALACHOVÁ a Tereza HRSTKOVÁ. Podporujeme nadané prvňáčky. 2022.

GOVARTS, Eva, Liese GILLES, Stephanie BOPP, Petr HOLUB, Leslie MATALONGA, Roel VERMEULEN, Martine VRIJHEID, Sergi BELTRAN, Mette HARTLEV, Sarah JONES, Laura Rodriguez MARTIN, Arnout STANDAERT, Morris A SWERTZ, Jan THEUNIS, Xenia TRIER, Nina VOGEL, Koert VAN ESPEN, Sylvie REMY a Greet SCHOETERS. Position paper on management of personal data in environment and health research in Europe. Environment International. OXFORD: PERGAMON-ELSEVIER SCIENCE LTD, 2022, roč. 165. ISSN 0160-4120. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.envint.2022.107334.

FREXIA, Francesca, Cecilia MASCIA, Rudolf WITTNER, Markus PLASS, Heimo MÜLLER, Jörg GEIGER a Petr HOLUB. The Common Provenance Model: Capturing Distributed Provenance in Life Sciences Processes. In Challenges of Trustable AI and Added-Value on Health. 2022. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3233/SHTI220489.

FILIPOVIČ, Jiří, Jana HOZZOVÁ, Amin NEZARAT, Jaroslav OĽHA a Filip PETROVIČ. Using hardware performance counters to speed up autotuning convergence on GPUs. Journal of Parallel and Distributed Computing. Elsevier, 2022, roč. 160, February, s. 16-35. ISSN 0743-7315. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.jpdc.2021.10.003.

STŘELÁK, David, Amaya JIMÉNEZ-MORENO, José VILAS, Erney RAMÍREZ-APORTELA, Ruben SÁNCHEZ-GARCÍA, David MALUENDA, Javier VARGAS, David HERREROS, Estrella FERNÁNDEZ-GIMÉNEZ, Federico DE ISIDRO-GÓMEZ, Jan HORÁČEK, David MYŠKA, Martin HORÁČEK, Pablo CONESA, Yunior FONSECA-REYNA, Jorge JIMÉNEZ, Marta MARTÍNEZ, Mohamad HARASTANI, Slavica JONIĆ, Jiří FILIPOVIČ, Roberto MARABINI, José CARAZO a Carlos SORZANO. Advances in Xmipp for Cryo–Electron Microscopy: From Xmipp to Scipion. Molecules. Mayer und Muller, 2021, roč. 26, č. 20, s. 1-14. ISSN 1420-3049. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/molecules26206224.

HERREROS, David, Roy R LEDERMAN, James KRIEGER, Amaya JIMENEZ-MORENO, Marta MARTINEZ, David MYŠKA, David STŘELÁK, Jiří FILIPOVIČ, Ivet BAHAR, Jose Maria CARAZO a Carlos Oscar S SANCHEZ. Approximating deformation fields for the analysis of continuous heterogeneity of biological macromolecules by 3D Zernike polynomials. International Union of Crystallography Journals. online, 2021, roč. 8, č. 6, s. 992-1005. ISSN 2052-2525. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1107/S2052252521008903.

REIHS, Robert, Rumyana PROYNOVA, Saher MAQSOOD, Maxmilian ATAIAN, Martin LABLANS, Philip R. QUINLAN, Emma LAWRENCE, Erinna BOWMAN, Esther VAN ENCKEVORT, Dominik František BUČÍK, Heimo MÜLLER a Petr HOLUB. BBMRI-ERIC Negotiator: Implementing Efficient Access to Biobanks. Biopreservation and Biobanking. NEW ROCHELLE: MARY ANN LIEBERT, INC, 2021, 8 s. ISSN 1947-5535. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1089/bio.2020.0144.

LÍŠKA, Martin, Dávid LUPTÁK, Vít STARÝ NOVOTNÝ, Michal RŮŽIČKA, Boris SHMINKE, Petr SOJKA, Michal ŠTEFÁNIK a Makarius WENZEL. CICM'21 Systems Entries. Online. In 978-3-030-81097-9. INTELLIGENT COMPUTER MATHEMATICS (CICM 2021). CHAM: SPRINGER INTERNATIONAL PUBLISHING AG, 2021, s. 245-248. ISBN 978-3-030-81096-2. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-81097-9_20.

DAMBORSKÝ, Jiří, David BEDNÁŘ, Zbyněk PROKOP, Martin MAREK, Stanislav MAZURENKO, Jan ŠTOURAČ, Sérgio Manuel MARQUES, Gabriela Filipa FONSECA PINTO, Joan PLANAS IGLESIAS, Miloš MUSIL, Jiří HON, Ondřej VÁVRA, Rayyan Tariq KHAN, Jiří FILIPOVIČ a Barbora KOZLÍKOVÁ. Computational enzyme design for metabolic engineering. In The 45th FEBS Congress. 2021. ISSN 2211-5463.

SLANINÁKOVÁ, Terézia, Matej ANTOL, Jaroslav OĽHA a Vlastislav DOHNAL. Data-driven Learned Metric Index: an Unsupervised Approach. In 14th International Conference on Similarity Search and Applications (SISAP 2021). Cham: Springer, 2021, s. 81-94. ISBN 978-3-030-89656-0. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-89657-7_7.

JIMÉNEZ-MORENO, Amaya, David STŘELÁK, Jiří FILIPOVIČ, José María CARAZO a Carlos Óscar S. SORZANO. DeepAlign, a 3D Alignment Method based on Regionalized Deep Learning for Cryo-EM. Journal of Structural Biology. San Diego,USA: Academic Press, 2021, roč. 213, č. 2, s. "107712", 14 s. ISSN 1047-8477. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.jsb.2021.107712.

WITTNER, Rudolf, Jörg GEIGER, Cecilia MASCIA, Francesca FREXIA, Heimo MULLER a Petr HOLUB. Enabling Trustworthy and Traceable Research by Non-Repudiable Opaque Provenance in a Distributed Environment. In Provenance Week 2021; Workshop on Provenance for Transparent Research. 2021.

REHM, Heidi L, Angela J H PAGE, Lindsay SMITH, Jeremy B ADAMS, Gil ALTEROVITZ, Lawrence J BABB, Maxmillian P BARKLEY, Michael BAUDIS, Michael J S BEAUVAIS, Tim BECK, Jacques S BECKMANN, Sergi BELTRAN, David BERNICK, Alexander BERNIER, James K BONFIELD, Tiffany F BOUGHTWOOD, Guillaume BOURQUE, Sarion R BOWERS, Anthony J BROOKES, Michael BRUDNO, Matthew H BRUSH, David BUJOLD, Tony BURDETT, Orion J BUSKE, Moran N CABILI, Daniel L CAMERON, Robert J CARROLL, Esmeralda CASAS-SILVA, Debyani CHAKRAVARTY, Bimal P CHAUDHARI, Shu Hui CHEN, J Michael CHERRY, Justina CHUNG, Melissa CLINE, Hayley L CLISSOLD, Robert M COOK-DEEGAN, Melanie COURTOT, Fiona CUNNINGHAM, Miro CUPAK, Robert M DAVIES, Danielle DENISKO, Megan J DOERR, Lena I DOLMAN, Edward S DOVE, L Jonathan DURSI, Stephanie O M DYKE, James A EDDY, Karen EILBECK, Kyle P ELLROTT, Susan FAIRLEY, Khalid A FAKHRO, Helen V FIRTH, Michael S FITZSIMONS, Marc FIUME, Paul FLICEK, Ian M FORE, Mallory A FREEBERG, Robert R FREIMUTH, Lauren A FROMONT, Jonathan FUERTH, Clara L GAFF, Weiniu GAN, Elena M GHANAIM, David GLAZER, Robert C GREEN, Malachi GRIFFITH, Obi L GRIFFITH, Robert L GROSSMAN, Tudor GROZA, Jaime M Guidry AUVIL, Roderic GUIGO, Dipayan GUPTA, Melissa A HAENDEL, Ada HAMOSH, David P HANSEN, Reece K HART, Dean Mitchell HARTLEY, David HAUSSLER, Rachele M HENDRICKS-STURRUP, Calvin W L HO, Ashley E HOBB, Michael M HOFFMAN, Oliver M HOFMANN, Petr HOLUB, Jacob Shujui HSU, Jean-Pierre HUBAUX, Sarah E HUNT, Ammar HUSAMI, Julius O JACOBSEN, Saumya S JAMUAR, Elizabeth L JANES, Francis JEANSON, Aina JENE, Amber L JOHNS, Yann JOLY, Steven J M JONES, Alexander KANITZ, Kazuto KATO, Thomas M KEANE, Kristina KEKESI-LAFRANCE, Jerome KELLEHER, Giselle KERRY, Seik-Soon KHOR, Bartha M KNOPPERS, Melissa A KONOPKO, Kenjiro KOSAKI, Martin KUBA, Jonathan LAWSON, Rasko LEINONEN, Stephanie LI, Michael F LIN, Mikael LINDEN, Xianglin LIU, Isuru Udara LIYANAGE, Javier LOPEZ, Anneke M LUCASSEN, Michael LUKOWSKI, Alice L MANN, John MARSHALL, Michele MATTIONI, Alejandro METKE-JIMENEZ, Anna MIDDLETON, Richard J MILNE, Fruzsina MOLNAR-GABOR, Nicola MULDER, Monica C MUNOZ-TORRES, Rishi NAG, Hidewaki NAKAGAWA, Jamal NASIR, Arcadi NAVARRO, Tristan H NELSON, Ania NIEWIELSKA, Amy NISSELLE, Jeffrey NIU, Tommi H NYRONEN, Brian D CONNOR, Sabine OESTERLE, Soichi OGISHIMA, Vivian Ota WANG, Laura A D PAGLIONE, Emilio PALUMBO, Helen E PARKINSON, Anthony A PHILIPPAKIS, Angel D PIZARRO, Andreas PRLIC, Jordi RAMBLA, Augusto RENDON, Renee A RIDER, Peter N ROBINSON, Kurt W RODARMER, Laura Lyman RODRIGUEZ, Alan F RUBIN, Manuel RUEDA, Gregory A RUSHTON, Rosalyn S RYAN, Gary I SAUNDERS, Helen SCHUILENBURG, Torsten SCHWEDE, Serena SCOLLEN, Alexander SENF, Nathan C SHEFFIELD, Neerjah SKANTHARAJAH, Albert V SMITH, Heidi J SOFIA, Dylan SPALDING, Amanda B SPURDLE, Zornitza STARK, Lincoln D STEIN, Makoto SUEMATSU, Patrick TAN, Jonathan A TEDDS, Alastair A THOMSON, Adrian THOROGOOD, Timothy L TICKLE, Katsushi TOKUNAGA, Juha TOMROOS, David TORRENTS, Sean UPCHURCH, Alfonso VALENCIA, Roman Valls GUIMERA, Jessica VAMATHEVAN, Susheel VARMA, Danya F VEARS, Coby VINER, Craig VOISIN, Alex H WAGNER, Susan E WALLACE, Brian P WALSH, Marc S WILLIAMS, Eva C WINKLER, Barbara J WOLD, Grant M WOOD, J Patrick WOOLLEY, Chisato YAMASAKI, Andrew D YATES, Christina K YUNG, Lyndon J ZASS, Ksenia ZAYTSEVA, Junjun ZHANG, Peter GOODHAND, Kathryn NORTH a Ewan BIRNEY. GA4GH: International policies and standards for data sharing across genomic research and healthcare. Cell Genomics. AMSTERDAM: Cell Press, 2021, roč. 1, č. 2, s. 1-33. ISSN 2666-979X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.xgen.2021.100029.

REHM, Heidi, Angela PAGE, Lindsay SMITH, Jeremy ADAMS, Gil ALTEROVITZ, Lawrence BABB, Maxmillian BARKLEY, Michael BAUDIS, Michael BEAUVAIS, Tim BECK, Jacques BECKMANN, Sergi BELTRAN, David BERNICK, Alexander BERNIER, James BONFIELD, Tiffany BOUGHTWOOD, Guillaume BOURQUE, Sarion BOWERS, Anthony BROOKES, Michael BRUDNO, Matthew BRUSH, David BUJOLD, Tony BURDETT, Orion BUSKE, Moran CABILI, Daniel CAMERON, Robert CARROLL, Esmeralda CASAS-SILVA, Debyani CHAKRAVARTY, Bimal CHAUDHARI, Shu Hui CHEN, Michael CHERRY, Justina CHUNG, Melissa CLINE, Hayley CLISSOLD, Robert COOK-DEEGAN, Mélanie COURTOT, Fiona CUNNINGHAM, Miro CUPAK, Robert DAVIES, Danielle DENISKO, Megan DOERR, Lena DOLMAN, Edward DOVE, Jonathan DURSI, Stephanie DYKE, James EDDY, Karen EILBECK, Kyle ELLROTT, Susan FAIRLEY, Khalid FAKHRO, Helen FIRTH, Michael FITZSIMONS, Marc FIUME, Paul FLICEK, Ian FORE, Mallory FREEBERG, Robert FREIMUTH, Lauren FROMONT, Jonathan FUERTH, Clara GAFF, Weiniu GAN, Elena GHANAIM, David GLAZER, Robert GREEN, Malachi GRIFFITH, Obi GRIFFITH, Robert GROSSMAN, Tudor GROZA, Jaime Guidry AUVIL, Roderic GUIGÓ, Dipayan GUPTA, Melissa HAENDEL, Ada HAMOSH, David HANSEN, Reece HART, Dean Mitchell HARTLEY, David HAUSSLER, Rachele HENDRICKS-STURRUP, Calvin HO, Ashley HOBB, Michael HOFFMAN, Oliver HOFMANN, Petr HOLUB, Jacob Shujui HSU, Jean-Pierre HUBAUX, Sarah HUNT, Ammar HUSAMI, Julius JACOBSEN, Saumya JAMUAR, Elizabeth JANES, Francis JEANSON, Aina JENÉ, Amber JOHNS, Yann JOLY, Steven JONES, Alexander KANITZ, Kazuto KATO, Thomas KEANE, Kristina KEKESI-LAFRANCE, Jerome KELLEHER, Giselle KERRY, Seik-Soon KHOR, Bartha KNOPPERS, Melissa KONOPKO, Kenjiro KOSAKI, Martin KUBA, Jonathan LAWSON, Rasko LEINONEN, Stephanie LI, Michael LIN, Mikael LINDEN, Xianglin LIU, Isuru Udara LIYANAGE, Javier LOPEZ, Anneke LUCASSEN, Michael LUKOWSKI, Alice MANN, John MARSHALL, Michele MATTIONI, Alejandro METKE-JIMENEZ, Anna MIDDLETON, Richard MILNE, Fruzsina MOLNÁR-GÁBOR, Nicola MULDER, Monica MUNOZ-TORRES, Rishi NAG, Hidewaki NAKAGAWA, Jamal NASIR, Arcadi NAVARRO, Tristan NELSON, Ania NIEWIELSKA, Amy NISSELLE, Jeffrey NIU, Tommi NYRÖNEN, O Connor BRIAN, Sabine OESTERLE, Soichi OGISHIMA, Vivian Ota WANG, Laura PAGLIONE, Emilio PALUMBO, Helen PARKINSON, Anthony PHILIPPAKIS, Angel PIZARRO, Andreas PRLIC, Jordi RAMBLA, Augusto RENDON, Renee RIDER, Peter ROBINSON, Kurt RODARMER, Laura Lyman RODRIGUEZ, Alan RUBIN, Manuel RUEDA, Gregory RUSHTON, Rosalyn RYAN, Gary SAUNDERS, Helen SCHUILENBURG, Torsten SCHWEDE, Serena SCOLLEN, Alexander SENF, Nathan SHEFFIELD, Neerjah SKANTHARAJAH, Albert SMITH, Heidi SOFIA, Dylan SPALDING, Amanda SPURDLE, Zornitza STARK, Lincoln STEIN, Makoto SUEMATSU, Patrick TAN, Jonathan TEDDS, Alastair THOMSON, Adrian THOROGOOD, Timothy TICKLE, Katsushi TOKUNAGA, Juha TÖRNROOS, David TORRENTS, Sean UPCHURCH, Alfonso VALENCIA, Roman VALLS GUIMERA, Jessica VAMATHEVAN, Susheel VARMA, Danya VEARS, Coby VINER, Craig VOISIN, Alex WAGNER, Susan WALLACE, Brian WALSH, Marc WILLIAMS, Eva WINKLER, Barbara WOLD, Grant WOOD, Patrick WOOLLEY, Chisato YAMASAKI, Andrew YATES, Christina YUNG, Lyndon ZASS, Ksenia ZAYTSEVA, Junjun ZHANG, Peter GOODHAND, Kathryn NORTH a Ewan BIRNEY. GA4GH: International policies and standards for data sharing across genomic research and healthcare. Cell Genomics. Cell Press, 2021, roč. 2021, č. 1, s. 1-9. ISSN 2666-979X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.xgen.2021.100029.

VOISIN, Craig, Mikael LINDEN, Stephanie DYKE, Sarion BOWERS, Pinar ALPER, Maxmillian BARKLEY, David BERNICK, Jianpeng CHAO, Mélanie COURTOT, Francis JEANSON, Melissa KONOPKO, Martin KUBA, Jonathan LAWSON, Jaakko LEINONEN, Stephanie LI, Vivian WANG, Anthony PHILIPPAKIS, Kathy REINOLD, Gregory RUSHTON, J. Dylan SPALDING, Juha TÖRNROOS, Ilya TULCHINSKY, Jaime M. Guidry AUVIL a Tommi NYRÖNEN. GA4GH Passport standard for digital identity and access permissions. Cell Genomics. Elsevier, 2021, roč. 1, č. 2, s. "100030", 16 s. ISSN 2666-979X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.xgen.2021.100030.

S. SORZANO, Carlos Oscar, Amaya JIMÉNEZ-MORENO, David MALUENDA, Erney RAMÍREZ-APORTELA, Marta MARTÍNEZ, Ana CUERVO, Roberto MELERO, Jose Javier CONESA, Ruben SÁNCHEZ-GARCÍA, David STŘELÁK, Jiří FILIPOVIČ, Estrella FERNÁNDEZ-GIMÉNEZ, Federico DE ISIDRO-GÓMEZ, David HERREROS, Pablo CONESA, Laura DEL CAÑO, Yunior FONSECA, Jorge JIMÉNEZ DE LA MORENA, Jose Ramon MACÍAS, Patricia LOSANA, Roberto MARABINI a Jose-Maria CARAZO. Image Processing in Cryo-Electron Microscopy of Single Particles: The Power of Combining Methods. In Structural Proteomics. Clifton, N.J.: Springer US, 2021, s. 257-289. Methods in Molecular Biology. ISBN 978-1-0716-1405-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-1-0716-1406-8_13.

ANTONIADES, Athos, Maria PAPAIOANNOU, Apostolos MALATRAS, Gregory PAPAGREGORIOU, Heimo MULLER, Petr HOLUB, Constantinos DELTAS a Christos N SCHIZAS. Integration of Biobanks in National eHealth Ecosystems Facilitating Long-Term Longitudinal Clinical-Omics Studies and Citizens' Engagement in Research Through eHealthBioR. Online. Frontiers in Digital Health. 2021.

WITTNER, Rudolf, Petr HOLUB, Heimo MÜLLER, Joerg GEIGER, Carole GOBLE, Stian SOILAND-REYES, Luca PIREDDU, Francesca FREXIA, Cecilia MASCIA, Elliot FAIRWEATHER, Jason R SWEDLOW, Josh MOORE, Caterina STRAMBIO, David GRUNWALD a Hiroki NAKAE. ISO 23494: Biotechnology – Provenance Information Model for Biological Specimen And Data. In Lecture Notes in Computer Science. Cham: Springer, 2021, s. 222-225. ISBN 978-3-030-80959-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-80960-7_16.

PETROVIČ, Filip, Jiří FILIPOVIČ, David STŘELÁK, Jana HOZZOVÁ a Richard TREMBECKÝ. Kernel Tuning Toolkit 2.0. 2021.

ANTOL, Matej, Jaroslav OĽHA, Terézia SLANINÁKOVÁ a Vlastislav DOHNAL. Learned metric index - proposition of learned indexing for unstructured data. Information Systems. Elsevier, 2021, roč. 100, č. 101774, s. 1-12. ISSN 0306-4379. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.is.2021.101774.

ANTOL, Matej, Miriama JÁNOŠOVÁ a Vlastislav DOHNAL. Metric hull as similarity-aware operator for representing unstructured data. Pattern Recognition Letters. Amsterdam: Elsevier, 2021, roč. 149, September 2021, s. 91-98. ISSN 0167-8655. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.patrec.2021.05.011.

FAIRWEATHER, Elliot, Rudolf WITTNER, Martin CHAPMAN, Petr HOLUB a Vasa CURCIN. Non-repudiable provenance for clinical decision support systems. In Lecture Notes in Computer Science. Cham: Springer, 2021, s. 165-182. ISBN 978-3-030-80959-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-80960-7_10.

RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, José Gaspar, Ondřej VÁVRA, Sérgio Manuel MARQUES, Jiří FILIPOVIČ, David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. Screening of world approved drugs against highly dynamical spike glycoprotein of SARS-CoV-2 using CaverDock and machine learning. Computational and Structural Biotechnology Journal. Amsterdam: Elsevier, 2021, roč. 19, May, s. 3187-3197. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2021.05.043.

HOZZOVÁ, Jana, Jiří FILIPOVIČ, Amin NEZARAT, Jaroslav OĽHA a Filip PETROVIČ. Searching CUDA code autotuning spaces with hardware performance counters: data from benchmarks running on various GPU architectures. Data in Brief. Elsevier, 2021, roč. 39, December, s. 1-12. ISSN 2352-3409. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.dib.2021.107631.

HOZZOVÁ, Jana, Ondřej VÁVRA, David BEDNÁŘ a Jiří FILIPOVIČ. Simulation of Ligand Transport in Receptors Using CaverDock. In Flavio Ballante. Protein-Ligand Interactions and Drug Design. New York: Humana, New York, NY, 2021, s. 105-124. Methods in Molecular Biology, vol 2266. ISBN 978-1-0716-1208-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-1-0716-1209-5_6.

LAWSON, Jonathan, Moran N CABILI, Giselle KERRY, Tiffany BOUGHTWOOD, Adrian THOROGOOD, Pinar ALPER, Sarion R BOWERS, Rebecca R BOYLES, Anthony J BROOKES, Matthew BRUSH, Tony BURDETT, Hayley CLISSOLD, Stacey DONNELLY, Stephanie O M DYKE, Mallory A FREEBERG, Melissa A HAENDEL, Chihiro HATA, Petr HOLUB, Francis JEANSON, Aina JENE, Minae KAWASHIMA, Shuichi KAWASHIMA, Melissa KONOPKO, Irene KYOMUGISHA, Haoyuan LI, Mikael LINDEN, Laura Lyman RODRIGUEZ, Mizuki MORITA, Nicola MULDER, Jean MULLER, Satoshi NAGAIE, Jamal NASIR, Soichi OGISHIMA, Vivian Ota WANG, Laura D PAGLIONE, Ravi N PANDYA, Helen PARKINSON, Anthony A PHILIPPAKIS, Fabian PRASSER, Jordi RAMBLA, Kathy REINOLD, Gregory A RUSHTON, Andrea SALTZMAN, Gary SAUNDERS, Heidi J SOFIA, John D SPALDING, Morris A SWERTZ, Ilia TULCHINSKY, J ESTHER, van ENCKEVORT, Susheel VARMA, Craig VOISIN, Natsuko YAMAMOTO, Chisato YAMASAKI, Lyndon ZASS, M JAIME, Guidry AUVIL, Tommi H NYRÖNEN a Mélanie COURTOT. The Data Use Ontology to streamline responsible access to human biomedical datasets. Cell Genomics. 2021, roč. 1, č. 2, s. 1-9, 12 s. ISSN 2666-979X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.xgen.2021.100028.

BRÁZDIL, Tomáš, David PORTEŠ, Jiří FILIPOVIČ, Jana HOZZOVÁ, Thomas EVANGELIDIS a Konstantinos TRIPSIANES. 4D-GRAPHS. 2021.

PETROVIČ, Filip, David STŘELÁK, Jana HOZZOVÁ, Jaroslav OĽHA, Richard TREMBECKÝ, Siegfried BENKNER a Jiří FILIPOVIČ. A benchmark set of highly-efficient CUDA and OpenCL kernels and its dynamic autotuning with Kernel Tuning Toolkit. Future Generation Computer Systems. Elsevier, 2020, roč. 108, July, s. 161-177. ISSN 0167-739X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.future.2020.02.069.

REBOK, Tomáš, Michal BATKO, Milan ČERMÁK, Martin DRAŠAR, Daniel TOVARŇÁK, Pavel ZEZULA, Martin MACÁK, Matúš GUOTH, Matej BABEJ, Dávid BRILLA a Martin KAŽIMÍR. ANALYZA – Datový sklad. 2020.

REBOK, Tomáš, Michal BATKO, Milan ČERMÁK, Martin DRAŠAR, Jarešová MIROSLAVA, Barbora KOZLÍKOVÁ, Kristína ZÁKOPČANOVÁ, Pavel ZEZULA, Katarína FURMANOVÁ, Marko ŘEHÁČEK, Jozef BÁTRNA a Daniel PLAKINGER. ANALYZA – Vizualizační komponenta – Visilant. 2020.

REBOK, Tomáš, Michal BATKO, Milan ČERMÁK, Barbora KOZLÍKOVÁ, Vladimír MÍČ, Filip NÁLEPA, David NOVÁK, Daniel TOVARŇÁK, Pavel ZEZULA, Jakub PESCHEL, Kasanič DENIS, Denisa ŠRÁMKOVÁ, Erik HRICIŠÁK, Vladimír LAZÁRIK a Kristián GUTIČ. ANALYZA – Výpočetní a orchestrační subsystém. 2020.

LHOTÁK, Marin, Martin DUDA, Andrea FOJTŮ, Jan HEJZL, Jan HUTAŘ, Filip KERSCH, Jana KŘÍŽOVÁ, Marek MELICHAR, Martina NEZBEDOVÁ, Miroslav PAVELKA, Eliška PAVLÁSKOVÁ, Jan POKORSKÝ, Michal PŠENIČKA, Ivana ŠLAPÁKOVÁ, Zdeněk TICHÝ, Miroslav BARTOŠEK, Jan BILWACHS, Lukáš HEJTMÁNEK, Zdeněk HRUŠKA, Václav JIROUŠEK, Pavlína KOČIŠOVÁ, Vlastimil KREJČÍŘ, Iveta LODROVÁ, Natalie OSTRÁKOVÁ, Michal RŮŽIČKA, Zdeněk VAŠEK a Petr ŽABIČKA. ARCLib. 2020.

DUDOVÁ, Zdenka, Alice HÁLOVÁ, Dalibor VALÍK a Petr HOLUB. BBMRI-CZ as a Partner for Personalized Medicine and Translational Medical Research. In RANK 2020. 2020. ISBN 978-80-87436-17-2.

HOLUB, Petr, Lukasz KOZERA, Francesco FLORINDI, Esther van ENCKEVORT, Morris SWERTZ, Robert REIHS, Andrea WUTTE, Dalibor VALÍK a Michaela Th MAYRHOFER. BBMRI-ERIC’s contributions to research and knowledge exchange on COVID-19. European Journal of Human Genetics. London: Nature Publishing Group, 2020, roč. 28, č. 6, s. 728-731. ISSN 1018-4813. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41431-020-0634-8.

FILIPOVIČ, Jiří, Ondřej VÁVRA, Jan PLHÁK, David BEDNÁŘ, Sérgio Manuel MARQUES, Jan BREZOVSKÝ, Luděk MATYSKA a Jiří DAMBORSKÝ. CaverDock: A Novel Method for the Fast Analysis of Ligand Transport. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. Los Alamitos: IEEE Computer Society, 2020, roč. 17, č. 5, s. 1625-1638. ISSN 1545-5963. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/TCBB.2019.2907492.

CATCHPOOLE, Daniel R, Francesco FLORINDI, Caitlin AHERN, Debra Leiolani GARCIA, Piper MULLINS, Esther Van ENCKEVORT, Andy ZAAYENGA, Michaela Th MAYRHOFER a Petr HOLUB. Expanding the BBMRI-ERIC Directory into a Global Catalogue of COVID-19–Ready Collections: A Joint Initiative of BBMRI-ERIC and ISBER. Biopreservation and Biobanking. 2020, roč. 18, č. 5, s. 479-480. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1089/bio.2020.29075.drc.

OĽHA, Jaroslav, Jana HOZZOVÁ, Jan FOUSEK a Jiří FILIPOVIČ. Exploiting historical data: Pruning autotuning spaces and estimating the number of tuning steps. CONCURRENCY AND COMPUTATION-PRACTICE & EXPERIENCE. HOBOKEN: WILEY, 2020, roč. 32, č. 21, s. 1-15. ISSN 1532-0626. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cpe.5962.

STŘELÁK, David, Jiří FILIPOVIČ, Amaya JIMÉNEZ-MORENO, Jose María CARAZO a Carlos Óscar SÁNCHEZ SORZANO. FlexAlign: An Accurate and Fast Algorithm for Movie Alignment in Cryo-Electron Microscopy. Electronics. Switzerland: MDPI, 2020, roč. 9, č. 6, s. 1-25. ISSN 2079-9292. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/electronics9061040.

FRIÁK, Martin, Dušan LAGO, Nikola KOUTNÁ, David HOLEC, Tomáš REBOK a Mojmír ŠOB. Multi-phase ELAStic Aggregates (MELASA) software tool for modeling anisotropic elastic properties of lamellar composites. Computer Physics Communications. Amsterdam: Elsevier, 2020, roč. 247, FEB 2020, s. 1-9. ISSN 0010-4655. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.cpc.2019.106863.

JELÍNEK, Kamil, Jan ŠLESINGER a Michal PROCHÁZKA. Právní aspekty sdílení dat v rámci informačních technologií konceptu Smart City v dopravě a jejich dopady do práva veřejných zakázek. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, Právnická fakulta, 2020, 91 s. Edice Scientia, sv. 702. ISBN 978-80-210-9777-3.

MAREK, Jiří. Seminář Open Science. 2020.

VODÁK, Rostislav, Michal BÍL, Tomáš SVOBODA, Zuzana KŘIVÁNKOVÁ, Jan KUBEČEK, Tomáš REBOK a Petr HLINĚNÝ. A deterministic approach for rapid identification of the critical links in networks. PLOS ONE. United States: Public Library of Science, 2019, roč. 14, č. 7, s. 1-18. ISSN 1932-6203. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0219658.

STŘELÁK, David, Carlos Óscar S. SORZANO, José María CARAZO a Jiří FILIPOVIČ. A GPU acceleration of 3-D Fourier reconstruction in cryo-EM. The International Journal of High Performance Computing Applications. SAGE Publishing, 2019, roč. 33, č. 5, s. 948-959. ISSN 1094-3420. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1177/1094342019832958.

REBOK, Tomáš. Big Data - overview, basic concepts and practical use in research. In Alliance4Life 5th project meeting. 2019.

ANTOL, Matej a Vlastislav DOHNAL. BM-index: Balanced Metric Space Index based on Weighted Voronoi Partitioning. In Lecture Notes in Computer Science. Advances in Databases and Information Systems, 23th East European Conference, ADBIS 2019. LNCS 11695. Cham: Springer International Publishing, 2019, s. 337-353. ISBN 978-3-030-28729-0. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-28730-6_21.

ŠTOURAČ, Jan, O. VAVRA, Piia Pauliina KOKKONEN, Jiří FILIPOVIČ, Gabriela Filipa FONSECA PINTO, Andrea SCHENKMAYEROVÁ, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Caver web: identification of tunnels and channels in proteins and analysis of ligand transport. In European Biotechnology Congress. 2019. ISSN 0168-1656. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2019.05.251.

ŠTOURAČ, Jan, Ondřej VÁVRA, Piia Pauliina KOKKONEN, Jiří FILIPOVIČ, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Jan BREZOVSKÝ, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Caver Web 1.0: identification of tunnels and channels in proteins and analysis of ligand transport. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2019, roč. 47, W1, s. 414-422. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkz378.

VÁVRA, Ondřej, Jiří FILIPOVIČ, Jan PLHÁK, David BEDNÁŘ, Sérgio Manuel MARQUES, Jan BREZOVSKÝ, Jan ŠTOURAČ, Luděk MATYSKA a Jiří DAMBORSKÝ. CaverDock: a molecular docking-based tool to analyse ligand transport through protein tunnels and channels. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, 2019, roč. 35, č. 23, s. 4986-4993. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btz386.

OĽHA, Jaroslav, Jana HOZZOVÁ, Jan FOUSEK a Jiří FILIPOVIČ. Exploiting historical data: pruning autotuning spaces and estimating the number of tuning steps. In Ulrich Schwardmann, Christian Boehme, Dora B. Heras, Valeria Cardellini, Emmanuel Jeannot, Antonio Salis, Claudio Schifanella, Ravi Reddy Manumachu, Dieter Schwamborn, Laura Ricci, Oh Sangyoon, Thomas Gruber, Laura Antonelli, Stephen L. Scott. Lecture Notes in Computer Science. Cham, Switzerland: Springer, Cham, 2019, s. 295-307. ISBN 978-3-030-48339-5. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-48340-1_23.

RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, José Gaspar, Ondřej VÁVRA, Jiří FILIPOVIČ, Jan ŠTOURAČ, David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. Fast Screening of Inhibitor Binding/Unbinding using Novel Software Tool CaverDock. FRONTIERS IN CHEMISTRY. LAUSANNE: FRONTIERS MEDIA SA, 2019, roč. 7, OCT 29 2019, s. 1-14. ISSN 2296-2646. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3389/fchem.2019.00709.

SAUNDERS, Gary, Michael BAUDIS, Regina BECKER, Sergi BELTRAN, Christophe BÉROUD, Ewan BIRNEY, Cath BROOKSBANK, Søren BRUNAK, Marc Van den BULCKE, Rachel DRYSDALE, Salvador CAPELLA-GUTIERREZ, Paul FLICEK, Francesco FLORINDI, Peter GOODHAND, Ivo GUT, Jaap HERINGA, Petr HOLUB, Jef HOOYBERGHS, Nick JUTY, Thomas M KEANE, Jan O KORBEL, Ilkka LAPPALAINEN, Brane LESKOSEK, Gert MATTHIJS, Michaela Th MAYRHOFER, Andres METSPALU, Arcadi NAVARRO, Steven NEWHOUSE, Tommi NYRÖNEN, Angela PAGE, Bengt PERSSON, Aarno PALOTIE, Helen PARKINSON, Jordi RAMBLA, David SALGADO, Erik STEINFELDER, Morris A SWERTZ, Alfonso VALENCIA, Susheel VARMA, Niklas BLOMBERG a Serena SCOLLEN. Leveraging European infrastructures to access 1 million human genomes by 2022. Nature Reviews Genetics. 2019, roč. 20, č. 11, s. 692-701, 9 s. ISSN 1471-0056. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41576-019-0156-9.

RŮŽIČKA, Michal, Andrea MIRANDA, Lukáš HEJTMÁNEK, Zdeněk VAŠEK, Vlastimil KREJČÍŘ a Miroslav BARTOŠEK. Metodika bitové ochrany digitálních dat. 2019.

ČELEDA, Pavel, Jakub ČEGAN, Martin DRAŠAR, Ivo NUTÁR, Jiří RÁJA, Tomáš REBOK, Andrej TOMČI a Daniel TOVARŇÁK. Nástroje pro ověřování bezpečnosti SW/HW a simulaci útoků na prvky kritické informační infrastruktury. 2019.

MATE, Sebastian, Marvin KAMPF, Wolfgang RÖDLE, Stefan KRAUS, Rumyana PROYNOVA, Kaisa SILANDER, Lars EBERT, Martin LABLANS, Christina SCHÜTTLER, Christian KNELL, Niina EKLUND, Michael HUMMEL, Petr HOLUB a Hans-Ulrich PROKOSCH. Pan-European Data Harmonization for Biobanks in ADOPT BBMRI-ERIC. Appl Clin Inform. 2019, roč. 10, č. 04, s. 679-692. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1055/s-0039-1695793.

PETERS, K, J BRADBURY, S BERGMANN, M CAPUCCINI, M CASCANTE, Atauri P DE, TMD EBBELS, C FOGUET, R GLEN, A GONZALEZ-BELTRAN, UL GUNTHER, E HANDAKAS, T HANKEMEIER, K HAUG, S HERMAN, Petr HOLUB, M IZZO, D JACOB, D JOHNSON, F JOURDAN, N KALE, I KARAMAN, B KHALILI, PE KHONSARI, K KULTIMA, S LAMPA, A LARSSON, C LUDWIG, P MORENO, S NEUMANN, JA NOVELLA, O Donovan C, JTM PEARCE, A PELUSO, ME PIRAS, L PIREDDU, MAC REED, P ROCCA-SERRA, P ROGER, A ROSATO, R RUEEDI, C RUTTKIES, N SADAWI, RM SALEK, SA SANSONE, V SELIVANOV, O SPJUTH, D SCHOBER, EA THEVENOT, M TOMASONI, M VAN RIJSWIJK, M VAN VLIET, MR VIANT, RJM WEBER, G ZANETTI a C STEINBECK. PhenoMeNal: processing and analysis of metabolomics data in the cloud. GIGASCIENCE. OXFORD: OXFORD UNIV PRESS, 2019, roč. 8, č. 2, 12 s. ISSN 2047-217X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/gigascience/giy149.

LHOTÁK, Martin, Zdeněk VAŠEK a Michal RŮŽIČKA. Projekt ARCLib – vývoj open-source řešení pro dlouhodobou archivaci digitálních dokumentů pro knihovny a další paměťové instituce – aktuální stav. In LTP 2019: Nové trendy a východiská pri budovaní LTP archívov: zborník príspevkov zo 4. medzinárodnej konferencie o dlhodobej archivácii. Bratislava: Univerzitná knižnica v Bratislave, 2019, s. 53-63. ISBN 978-80-89303-77-9.

ČELEDA, Pavel, Jakub ČEGAN, Kamil ANDONIADIS, Michal BERAN, František HRDINA, Tomáš JIRSÍK, Daniel KOUŘIL, Michal MAZOUREK, Radek OŠLEJŠEK, Michal PROCHÁZKA, Daniel TOVARŇÁK, Petr VELAN, Martin VIZVÁRY, Vadim JANOVSKIJ a Kristína ZÁKOPČANOVÁ. Software pro detekci a analýzu napadení KII. 2019.

ČELEDA, Pavel, Jakub ČEGAN, Kamil ANDONIADIS, Milan ČERMÁK, Jan DUDA, Vlastimil HOLER, Ľuboš HYŽÁK, Boris JADUŠ, Jakub KADAŠI, David LEŠKA, Martin MACHÁČ, Ivo NUTÁR, Radek OŠLEJŠEK, Dominik PILÁR, Tomáš PLESNÍK, Michal PROCHÁZKA, Tomáš REBOK, Vít RUSŇÁK, Miloslav STANĚK, Pavel ŠEDA, Valdemar ŠVÁBENSKÝ, Daniel TOVARŇÁK, Petr VELAN, Martin VIZVÁRY, Jan VYKOPAL a Tatiana ZBONČÁKOVÁ. Software pro simulaci obecných i kritických informačních infrastruktur. 2019.

LINDEN, Mikael, Michal PROCHÁZKA, Ilkka LAPPALAINEN, Dominik František BUČÍK, Pavel VYSKOČIL, Martin KUBA, Sami SILÉN, Peter BELMANN, Alexander SCZYRBA, Steven NEWHOUSE, Luděk MATYSKA a Tommi NYRÖNEN. Common ELIXIR Service for Researcher Authentication and Authorisation. F1000Research. F1000 Research Ltd., 2018, roč. 7, č. 2018, s. 1-16. ISSN 2046-1402. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.12688/f1000research.15161.1.

KNÍŽEK, Jiří, Lubomír PAVLIŠKA, Václav PROCHÁZKA, Adéla VRTKOVÁ, Ladislav BERÁNEK, Pavel BOUCHAL, Bořivoj VOJTĚŠEK, Rudolf NENUTIL a Martin KUBA. Computation of Identification of a Gnostical Regression Model, Robust to Both Input and Output Disturbances with the Help of Parallel Computing–Basic Version. International Journal of Mathematics and Computation™. CESER, 2018, roč. 29, č. 2, s. 29-58. ISSN 0974-5718.

STŘELÁK, David a Jiří FILIPOVIČ. cuFFTAdvisor. 2018.

TROUBIL, Pavel, Hana RUDOVÁ a Petr HOLUB. Dynamic Reconfiguration in Multigroup Multicast Routing under Uncertainty. Journal of Heuristics. Springer, 2018, roč. 24, č. 3, s. 395-423. ISSN 1381-1231. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s10732-017-9339-8.

HOLUB, Petr, Florian KOHLMAYER, Fabian PRASSER, Michaela Theresia MAYRHOFER, Irene SCHLUNDER, Gillian M. MARTIN, Sara CASATI, Lefteris KOUMAKIS, Andrea WUTTE, Lukas KOZERA, Dominik STRAPAGIEL, Gabriele ANTON, Gianluigi ZANETTI, Osman Ugur SEZERMAN, Maimuna MENDY, Dalibor VALÍK, Marialuisa LAVITRANO, Georges DAGHER, Kurt ZATLOUKAL, GertJan B. VAN OMMEN a Jan-Eric LITTON. Enhancing Reuse of Data and Biological Material in Medical Research: From FAIR to FAIR-Health. Biopreservation and Biobanking. NEW ROCHELLE: MARY ANN LIEBERT, INC, 2018, roč. 16, č. 2, s. 97-105. ISSN 1947-5535. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1089/bio.2017.0110.

PETROVIČ, Filip, Jiří FILIPOVIČ, David STŘELÁK a Jana PAZÚRIKOVÁ. Kernel Tuning Toolkit. 2018.

POLČÁK, Radim, Leoš ŠEVČÍK, Michal KOŠČÍK, Jakub KLODWIG a Petr HOLUB. Metodika aplikace GDPR na výzkumná data v prostředí vysokých škol v ČR. 1. vydání. Brno: Neuveden, 2018, 156 s. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.5281/zenodo.2532860.

SOJKA, Petr, Michal RŮŽIČKA a Vít NOVOTNÝ. MIaS: Math-Aware Retrieval in Digital Mathematical Libraries. Online. In Proceedings of the 27th ACM International Conference on Information and Knowledge Management (CIKM '18). Torino, Italy: Association for Computing Machinery, 2018, s. 1923-1926. ISBN 978-1-4503-6014-2. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1145/3269206.3269233.

STŘELÁK, David a Jiří FILIPOVIČ. Performance analysis and autotuning setup of the cuFFT library. Online. In ACM International Conference Proceeding Series. Limassol, Cyprus: ACM, 2018, s. nestránkováno, 6 s. ISBN 978-1-4503-6591-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1145/3295816.3295817.

ANTOL, Matej a Vlastislav DOHNAL. Towards Artificial Priority Queues for Similarity Query Execution. Online. In 2018 IEEE 34th International Conference on Data Engineering Workshops (ICDEW). Paris, France: IEEE, 2018, s. 78-83. ISBN 978-1-5386-6306-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ICDEW.2018.00020.

PROYNOVA, Rumyana, Diogo ALEXANDRE, Martin LABLANS, David VAN ENCKEVORT, Sebastian MATE, Niina EKLUND, Kaisa SILANDER, Michael HUMMEL, Petr HOLUB a Frank ÜCKERT. A Decentralized IT Architecture for Locating and Negotiating Access to Biobank Samples. Stud Health Technol Inform. Netherlands: IOS Press, 2017, roč. 243, s. 75-79, 6 s. ISSN 0926-9630. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3233/978-1-61499-808-2-75.

FILIPOVIČ, Jiří, Filip PETROVIČ a Siegfried BENKNER. Autotuning of OpenCL Kernels with Global Optimizations. Online. In 1st Workshop on Autotuning and Adaptivity Approaches for Energy Efficient HPC Systems (ANDARE'2017). Portland (USA): ACM, 2017, s. nestránkováno, 6 s. ISBN 978-1-4503-5363-2. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1145/3152821.3152877.

PANG, Chao, Fleur KELPIN, David VAN ENCKEVORT, Niina EKLUND, Kaisa SILANDER, Dennis HENDRIKSEN, Mark DE HAAN, Jonathan JETTEN, Tommy DE BOER, Bart CHARBON, Petr HOLUB, Hans HILLEGE a Morris A. SWERTZ. BiobankUniverse: automatic matchmaking between datasets for biobank data discovery and integration. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, 2017, roč. 33, č. 22, s. 3627-3634. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btx478.

FILIPOVIČ, Jiří, Ondřej VÁVRA, Jan PLHÁK, David BEDNÁŘ, Sérgio Manuel MARQUES, Jan BREZOVSKÝ, Luděk MATYSKA a Jiří DAMBORSKÝ. CaverDock 1.0. 2017.

KNÍŽEK, Jiří, Ladislav BERÁNEK, Pavel BOUCHAL, Bořivoj VOJTĚŠEK, Rudolf NENUTIL, Martin KUBA, Lubomír PAVLIŠKA a Václav PROCHÁZKA. Computation of Kovanic's Expectedness Distributions with the Help of Parallel Computing - Basic Version (with Special References of Health and Environment). INTERNATIONAL JOURNAL OF ECOLOGICAL ECONOMICS & STATISTICS. UTTARAKHAND: CENTRE ENVIRONMENT SOCIAL & ECONOMIC RESEARCH PUBL-CESER, 2017, roč. 38, č. 1, s. 96-119. ISSN 0973-1385.

HOFER-PICOUT, Philipp, Horst PICHLER, Johann EDER, Sabrina B. NEURURER, Heimo MÜLLER, Robert REIHS, Petr HOLUB, Thomas INSAM a Georg GOEBEL. Conception and Implementation of an Austrian Biobank Directory Integration Framework. Biopreservation and Biobanking. NEW ROCHELLE: MARY ANN LIEBERT, INC, 2017, roč. 15, č. 4, s. 332-340. ISSN 1947-5535. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1089/bio.2016.0113.

RŮŽIČKA, Michal, Vít NOVOTNÝ, Petr SOJKA, Jan POMIKÁLEK a Radim ŘEHŮŘEK. Flexible Similarity Search of Semantic Vectors Using Fulltext Search Engines. Online. In CEUR Workshop Proceedings, Vol. 1923. Vienna, Austria: Neuveden, 2017, s. 1-12. ISSN 1613-0073.

JIMÉNEZ, Rafael C, Mateusz KUZAK, Monther ALHAMDOOSH, Michelle BARKER, Bérénice BATUT, Mikael BORG, Salvador CAPELLA-GUTIERREZ, Neil Chue HONG, Martin COOK, Manuel CORPAS, Madison FLANNERY, Leyla GARCIA, Josep Ll GELPÍ, Simon GLADMAN, Carole GOBLE, Montserrat González FERREIRO, Alejandra GONZALEZ-BELTRAN, Philippa C GRIFFIN, Björn GRÜNING, Jonas HAGBERG, Petr HOLUB, Rob HOOFT, Jon ISON, Daniel S KATZ, Brane LESKOŠEK, Federico López GÓMEZ, Luis J OLIVEIRA, David MELLOR, Rowland MOSBERGEN, Nicola MULDER, Yasset PEREZ-RIVEROL, Robert PERGL, Horst PICHLER, Bernard POPE, Ferran SANZ, Maria V SCHNEIDER, Victoria STODDEN, Radosław SUCHECKI, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Harry-Anton TALVIK, Ilian TODOROV, Andrew TRELOAR, Sonika TYAGI, Maarten van GOMPEL, Daniel VAUGHAN, Allegra VIA, Xiaochuan WANG, Nathan S WATSON-HAIGH a Crouch STEVE. Four simple recommendations to encourage best practices in research software. F1000Research. 2017, roč. 6, JUN, s. 876-888. ISSN 2046-1402. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.12688/f1000research.11407.1.

RŮŽIČKA, Michal. Math Information Retrieval for Digital Libraries. Brno: Masaryk University, Faculty of Informatics, 2017, 144 s. Doctoral Thesis.

BARTOŠEK, Miroslav, Michal RŮŽIČKA a Václav STUPKA. Nařízení GDPR a jeho implementace na vysokých školách v ČR – jak na to. In EUNIS-CZ. Dopad zavedení novely VŠ zákona do IS vysokých škol. 1. vyd. Plzeň: Západočeská univerzita v Plzni, 2017, s. 5-14. ISBN 978-80-261-0713-2.

ANTOL, Matej a Vlastislav DOHNAL. Popularity-Based Ranking for Fast Approximate kNN Search. Informatica. Lithuanian Academy of Sciences, 2017, roč. 28, č. 1, s. 1-21. ISSN 0868-4952. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.15388/Informatica.2017.118.

RYGL, Jan, Jan POMIKÁLEK, Radim ŘEHŮŘEK, Michal RŮŽIČKA, Vít NOVOTNÝ a Petr SOJKA. Semantic Vector Encoding and Similarity Search Using Fulltext Search Engines. Online. In Proceedings of the 2nd Workshop on Representation Learning for NLP, RepL4NLP 2017 c/o ACL 2017. Vancouver, Canada: Association for Computational Linguistics, ACL, 2017, s. 81-90. ISBN 978-1-945626-62-3. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.18653/v1/W17-2611.

FILIPOVIČ, Jiří, Jana PAZÚRIKOVÁ, Aleš KŘENEK a Vojtěch SPIWOK. Accelerated RMSD Calculation for Molecular Metadynamics. In José Évora-Gómez and José Juan Hernandéz-Cabrera. Proceedings of the 2016 European Simulation and Modelling Conference. Ghent, Belgie: EUROSIS - ETI, 2016, s. 278-280. ISBN 978-90-77381-95-3.

HOLUB, Petr, Morris A. SWERTZ, Robert REIHS, David VAN ENCKEVORT, Heimo MÜLLER a Jan-Eric LITTON. BBMRI-ERIC Directory: 515 Biobanks with Over 60 Million Biological Samples. Biopreservation and Biobanking. NEW ROCHELLE: MARY ANN LIEBERT, INC, 2016, roč. 14, č. 6, s. 559-562. ISSN 1947-5535. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1089/bio.2016.0088.

MAYRHOFER, Michaela Th., Petr HOLUB, Andrea WUTTE a Jan-Eric LITTON. BBMRI-ERIC: the novel gateway to biobanks. Bundesgesundheitsblatt - Gesundheitsforschung - Gesundheitsschutz. 2016, roč. 2016, s. 1-6. ISSN 1437-1588. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s00103-015-2301-8.

KABÁT, Milan, Vojtěch DAVID, Petr HOLUB a Martin PULEC. High-performance forward error correction: Enabling multi-gigabit flows and beyond on commodity GPU and CPU hardware in presence of packet loss. Future Generation Computer Systems. Amsterdam, The Netherlands: Elsevier Science, 2016, roč. 54, č. 1, s. 326 - 335. ISSN 0167-739X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.future.2015.04.007.

RŮŽIČKA, Michal, Petr SOJKA a Martin LÍŠKA. Math Indexer and Searcher under the Hood: Fine-Tuning Query Expansion and Unification Strategies. Online. In Noriko Kando and Kazuaki Kishida and Makoto P. Kato and Shuhei Yamamoto. Proceedings of the 12th NTCIR Conference on Evaluation of Information Access Technologies. Tokyo: National Institute of Informatics, 2-1-2 Hitotsubashi, Chiyoda-ku, Tokyo 101-8430 Japan, 2016, s. 331-337. ISBN 978-4-86049-071-3.

SOJKA, Petr a Michal RŮŽIČKA. Math-Aware Search Interfaces for Digital Mathematical Libraries (DML). 2016.

SEDLÁŘ, Milan, Bin JI, Tomáš KRÁTKÝ, Tomáš REBOK a Rostislav HUZLÍK. Numerical and experimental investigation of three-dimensional cavitating flow around the straight NACA2412 hydrofoil. Ocean Engineering. Elsevier Ltd., 2016, roč. 123, č. 123, s. 357-382. ISSN 0029-8018. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.oceaneng.2016.07.030.

ANTOL, Matej a Vlastislav DOHNAL. Optimizing Query Performance with Inverted Cache in Metric Spaces. In Lecture Notes in Computer Science. Advances in Databases and Information Systems, 20th East European Conference, ADBIS 2016. Cham: Springer, 2016, s. 60-73. ISBN 978-3-319-44038-5. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-44039-2_5.

MELICHAR, Marek, Jan HUTAŘ, Michal RŮŽIČKA, Zdeněk HRUŠKA, Zdeněk VAŠEK, Miroslav BARTOŠEK a Martin LHOTÁK. Projekt ArcLib – budování systému pro dlouhodobou archivaci digitálních dat v českých knihovnách. IT lib. Bratislava: Centrum vedecko-technických informácií SR, 2016, roč. 20, č. 2, s. 13-17. ISSN 1335-793X.

RYGL, Jan, Petr SOJKA, Michal RŮŽIČKA a Radim ŘEHŮŘEK. ScaleText: The Design of a Scalable, Adaptable and User-Friendly Document System for Similarity Searches : Digging for Nuggets of Wisdom in Text. In Aleš Horák, Pavel Rychlý, Adam Rambousek. Proceedings of the Tenth Workshop on Recent Advances in Slavonic Natural Language Processing, RASLAN 2016. Brno: Tribun EU, 2016, s. 79-87. ISBN 978-80-263-1095-2.

KNÍŽEK, Jiří, Pavel BOUCHAL, Vendula PÁRALOVÁ, Bořivoj VOJTĚŠEK, Rudolf NENUTIL, Ladislav BERÁNEK a Martin KUBA. Tests of Hypotheses in a Set of LC-MS Profiles. International Journal of Engineering and Future Technology. 2016, roč. 2, č. 1, s. 45-54. ISSN 2455-6432.

KNÍŽEK, Jiří, Jiří ŠINDELÁŘ, Pavel BOUCHAL, Bořivoj VOJTĚŠEK, Rudolf NENUTIL, Ladislav BERÁNEK a Martin KUBA. Tests of Hypotheses in a Set of Spectral Courses Alias Marker Statistics. Int J Stat Econ. 2016, roč. 17, č. 1, s. 50-72. ISSN 0975-556X.

RUSŇÁK, Vít, Lukáš RUČKA a Petr HOLUB. Toward Natural Multi-User Interaction in Advanced Collaborative Display Environments. Future Generation Computer Systems. Amsterdam, The Netherlands: Elsevier Science, 2016, roč. 54, January 2016, s. 313-325. ISSN 0167-739X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.future.2015.03.019.

MERINO-MARTINEZ, Roxana, Loreana NORLIN, David VAN ENCKEVORT, Gabriele ANTON, Simone SCHUFFENHAUER, Kaisa SILANDER, Linda MOOK, Petr HOLUB, Raffael BILD, Morris SWERTZ a Jan-Eric LITTON. Towards Global Biobank Integration by Implementation of the Minimum Information About Biobank data Sharing (MIABIS 2.0 Core). Biopreservation and Biobanking. 2016. ISSN 1947-5535. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1089/bio.2015.0070.

BARTOŠEK, Miroslav. Uchování digitálního dědictví a systém Archivematica. ITlib. Infotmačné technológie a knižnice. Bratislava: Centrum vedecko-technických informácií SR, 2016, roč. 2016, č. 2, s. 32-35. ISSN 1335-793X.

JAKUBIČKA, Martin a Michal PROCHÁZKA. Univerzitní systém pro správu osobních digitálních certifikátů. Plzeň, Česká republika: Západočeská univerzita v Plzni, 2016, s. 10-18, 8 s. ISBN 978-80-261-0625-8.

BARTOŠEK, Miroslav. Vývoj postoje k vědeckým informacím a modelu otevřeného přístupu. In Petra Dědičová, Pavla Rygelová, Jiří Marek, Jan Skůpa. Otevřený přístup k vědeckým informacím : současný stav v České republice a ve světě. První vydání. Brno: Nakladatelství VUTIUM, 2016, s. 14-22. ISBN 978-80-214-5282-4.

FILIPOVIČ, Jiří, Jan PLHÁK a David STŘELÁK. Acceleration of dRMSD Calculation and Efficient Usage of GPU Caches. In Waleed Smari. Proceedings of IEEE International Conference on High Performance Computing & Simulation. neuveden: IEEE, 2015, s. 47-54. ISBN 978-1-4673-7812-3. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/HPCSim.2015.7237020.

KŘENEK, Aleš, Karel KUBÍČEK, Richard ŠTEFL a Jiří FILIPOVIČ. Accurate Fitting SAXS Curves with NMR Structure Ensembles. Online. In Simon Lin, Vicky Huang. Proceedings of International Symposium on Grids and Clouds 2015. Pissa: Proceedings of Science, 2015, s. nestránkováno, 9 s. ISSN 1824-8039.

BARTOŠEK, Miroslav. Archivematica - open source systém pro digitální archivaci. Knihovna. Praha: Národní knihovna ČR, 2015, Ročník 26, č. 2, s. 25-38. ISSN 1801-3252.

LÍŠKA, Martin, Petr SOJKA a Michal RŮŽIČKA. Combining Text and Formula Queries in Math Information Retrieval: Evaluation of Query Results Merging Strategies. In Davood Rafiei, Katsumi Tanaka. NWSearch '15: Proceedings of the First International Workshop on Novel Web Search Interfaces and Systems. New York, NY, USA: ACM, 2015, s. 7-9. ISBN 978-1-4503-3789-2. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1145/2810355.2810359.

TÓTH, Šimon a Miroslav RUDA. Distributed job scheduling in MetaCentrum. Journal of Physics: Conference Series. Institute of Physics, 2015, roč. 608, č. 1, s. 012025-12029. ISSN 1742-6596. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1088/1742-6596/608/1/012025.

BARTOŠEK, Miroslav. Dlouhodobé uchování digitálních informací, Archivematica a projekt LTP-pilot. Duha. Brno: Moravská zemská knihovna v Brně, 2015, roč. 29, č. 3, s. 36-37. ISSN 0862-1985.

TOMÁŠ, Martin, Tomáš REBOK a Christos EFSTATHIOU. Iterative Optimization of a Multi-compartmental Air Quality Modelling System. In Jan Kofroň and Tomáš Vojnar. Tenth Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science (MEMICS 2015). první. Brno: MEMICS 2015, 2015, s. 70-81. ISBN 978-80-214-5254-1.

ČEGAN, Jakub, Pavel ČELEDA, Tomáš JIRSÍK, Tomáš PLESNÍK, Michal PROCHÁZKA, Petr VELAN, Jan VYKOPAL, Martin VIZVÁRY, Radek OŠLEJŠEK, Zdenek EICHLER, Dalibor TOTH, Milan ČERMÁK, Jan SOUKAL, Tomáš REBOK, Václav RAČANSKÝ, Ivo NUTÁR a Dušan LAGO. KYPO - Kybernetický polygon. 2015.

TROUBIL, Pavel, Hana RUDOVÁ a Petr HOLUB. Multicast Routing for High-Quality Multimedia Environments: Deployment and New Problems. Online. In Ingo Schwab, Leo van Moergestel, Gil Gonçalves. INTELLI 2015, The Fourth International Conference on Intelligent Systems and Applications. USA: IARIA, 2015, s. 61-65. ISBN 978-1-61208-437-4.

RUSŇÁK, Vít, Lukáš RUČKA, Pavel KAJABA, Desana DAXNEROVÁ, Matej MINÁRIK, Jiří KAREŠ, Michal BÁBEL a Petr HOLUB. MUSE framework 2.0. 2015.

FILIPOVIČ, Jiří a Siegfried BENKNER. OpenCL Kernel Fusion for GPU, Xeon Phi and CPU. In Proceedings of IEEE International Symposium on Computer Architecture and High Performance Computing. Florianópolis: IEEE, 2015, s. 98-105. ISSN 1550-6533. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/SBAC-PAD.2015.29.

FILIPOVIČ, Jiří, Matúš MADZIN, Jan FOUSEK a Luděk MATYSKA. Optimizing CUDA code by kernel fusion: application on BLAS. The Journal of Supercomputing. Springer US, 2015, roč. 71, č. 10, s. 3934-3957. ISSN 0920-8542. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s11227-015-1483-z.

PROCHÁZKA, Filip, Tomáš REBOK a Aleš FARDA. První návrh cílové infrastruktury pro provoz systému IRIS. 2015.

NGUYEN, Filip, Tomáš REBOK, Richard LUDVIGH a Václav TUNKA. Ruby Benchmark Suite using Docker. Online. In M. Ganzha, L. Maciaszek, M. Paprzycki. Annals of Computer Science and Information Systems, Volume 5. 2015. vyd. Poland: IEEE, 2015, s. 947-952. ISBN 978-83-60810-66-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.15439/2015F99.

ČEGAN, Jakub, Pavel ČELEDA, Tomáš JIRSÍK, Tomáš PLESNÍK, Michal PROCHÁZKA, Petr VELAN, Jan VYKOPAL, Martin VIZVÁRY, Milan ČERMÁK, Jan SOUKAL, Tomáš REBOK, Ivo NUTÁR a Dušan LAGO. Software pro konfiguraci a monitorování virtuálního prostředí KYPO. 2015.

OŠLEJŠEK, Radek, Zdenek EICHLER, Dalibor TOTH, Pavel ČELEDA, Jakub ČEGAN, Tomáš JIRSÍK, Tomáš PLESNÍK, Michal PROCHÁZKA, Petr VELAN, Martin VIZVÁRY a Jan VYKOPAL. Software pro vizualizaci virtuálního prostředí KYPO. 2015.

KOUŘIL, Daniel, Marcel POUL a Michal PROCHÁZKA. Using PKI to Provide Credential Delegation in non Web-based Federations. In Proceedings of the International Conference on Information Science and Applications, Lecture Notes in Electrical Engineering. Pattaya, Thailand: Springer Berlin Heidelberg, 2015, s. 525-532. ISBN 978-3-662-46577-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-662-46578-3_62.

SLOVÁK, Petr, Petr HOLUB a Pavel TROUBIL. Videokonferenční prostředí pro komunikaci vzdálených skupin a způsob komunikace vzdálených skupin v systému videokonferenčního prostředí. 2015. Patent. Číslo: 305294. Vydavatel: Úřad průmyslového vlastnictví. Místo vydání: Praha, ČR. Název vlastníka: Masarykova Univerzita & CESNET. Datum registrace: 3. 6. 2009. Datum přijetí: 10. 6. 2015.

PROCHÁZKA, Michal. Závěrečná zpráva STORK e-Academia pilot. Brno: Masarykova univerzita, 2015, 29 s.

KOUŘIL, Daniel, Tomáš REBOK, Tomáš JIRSÍK, Jakub ČEGAN, Martin DRAŠAR, Martin VIZVÁRY a Jan VYKOPAL. Cloud-based Testbed for Simulation of Cyber Attacks. In Hanan Lutfiyya and Piotr Cholda. Proceedings of the Network Operations and Management Symposium (NOMS 2014). Krakow, Poland: IEEE Xplore Digital Library, 2014, s. 1-6. ISBN 978-1-4799-0913-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/NOMS.2014.6838298.

SCHWARZ, Daniel, Ladislav DUŠEK, Martin BAREŠ, Julie BIENERTOVÁ VAŠKŮ, Jitka FEBEROVÁ, Jiří KOFRÁNEK, Martin KOMENDA, Barbora LUDÍKOVÁ, Jiří MAYER, Jaroslav MAJERNÍK, Radim POLČÁK, Jarmila POTOMKOVÁ, Michal PROCHÁZKA, Adrian RAUDASCHL, Petr ŠTOURAČ, Jaroslav ŠTĚRBA, Stanislav ŠTÍPEK, Čestmír ŠTUKA, Ilja TACHECÍ a Martin VEJRAŽKA. Computer applications systems and networks for medical education : MEFANET: Czech and Slovak Medical Faculties Network. 1st ed. Brno: Masaryk University, Institute of Biostatistics and Analyses : Facta Medica, 2014, 230 s. ISBN 978-80-904731-9-5. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.13140/2.1.1383.0723.

MAREK, Jiří, Hana RUDOVÁ a Petr HOLUB. Local Search Heuristics for Media Streams Planning with Transcoding. Online. In IEEE 13th International Symposium on Network Computing and Applications NCA 2014. USA: IEEE, 2014, s. 167-170. ISBN 978-1-4799-5393-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/NCA.2014.32.

RŮŽIČKA, Michal, Petr SOJKA a Martin LÍŠKA. Math Indexer and Searcher under the Hood: History and Development of a Winning Strategy. In Noriko Kando, Hideo Joho, Kazuaki Kishida. Proceedings of the 11th NTCIR Conference on Evaluation of Information Access Technologies. Tokyo: National Institute of Informatics, 2-1-2 Hitotsubashi, Chiyoda-ku, Tokyo 101-8430 Japan, 2014, s. 127-134. ISBN 978-4-86049-065-2.

LÍŠKA, Martin, Petr SOJKA a Michal RŮŽIČKA. Math Indexer and Searcher Web Interface: Towards Fulfillment of Mathematicians' Information Needs. In Stephen M. Watt, James H. Davenport, Alan P. Sexton, Petr Sojka, Josef Urban. Intelligent Computer Mathematics CICM 2014. Proceedings of Calculemus, DML, MKM, and Systems and Projects. LNAI 8543. Zurich: Springer International Publishing Switzerland, 2014, s. 444-448. ISBN 978-3-319-08433-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-08434-3_36.

SZALAI, Dominik, Robert ŠIŠKA, David FORMÁNEK, Jakub ADLER a Michal RŮŽIČKA. MathCanEval 1.0. 2014.

FORMÁNEK, David, Robert ŠIŠKA, Dominik SZALAI, Jakub ADLER, Michal RŮŽIČKA, Martin LÍŠKA a Petr SOJKA. MathML Canonicalizer 1.0.0. 2014.

RŮŽIČKA, Michal. Maths Information Retrieval for Digital Libraries. 2014. ISBN 978-3-319-08434-3.

TROUBIL, Pavel, Hana RUDOVÁ a Petr HOLUB. Media Streams Planning with Uncertain Link Capacities. Online. In IEEE 13th International Symposium on Network Computing and Applications NCA 2014. USA: IEEE, 2014, s. 197-204. ISBN 978-1-4799-5393-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/NCA.2014.37.

RUSŇÁK, Vít, Lukáš RUČKA, Pavel KAJABA, Desana DAXNEROVÁ, Matej MINÁRIK, Jiří KAREŠ, Michal BÁBEL a Petr HOLUB. MUSE framework 1.5. 2014.

PROCHÁZKA, Michal, Slávek LICEHAMMER a Luděk MATYSKA. Perun – Modern Approach for User and Service Management. Mauritius: IIMC International Information Management Corporation Ltd, 2014, 11 s. ISBN 978-1-905824-44-1.

KNÍŽEK, Jiří, Pavel BOUCHAL, Bořivoj VOJTĚŠEK, Rudolf NENUTIL, Ladislav BERÁNEK, Martin KUBA a Pavel TOMŠÍK. Regression Algorithm for Identification of Biomarker Areas in SELDI-TOF Mass Spectra. International Journal of Imaging and Robotics. 2014, roč. 13, č. 2, s. 40-57. ISSN 2231-525X.

PAUNZEN, Ernst, Martin KUBA, Richard G. WEST a Miloslav ZEJDA. SuperWASP data release 1 public again. INFORMATION BULLETIN ON VARIABLE STARS. 2014, roč. 6090, č. 6090, s. "nestrankovano", 2 s. ISSN 1587-2440.

BÍL, Michal, Rostislav VODÁK, Jan KUBEČEK, Tomáš REBOK, Tomáš SVOBODA a Petr HLINĚNÝ. Vulnerability analysis methods for road networks. In European Geosciences Union General Assembly 2014 (EGU 2014). 2014.

LÍŠKA, Martin, Petr SOJKA a Michal RŮŽIČKA. WebMIaS 1.5. 2014.

SOJKA, Petr, Michal RŮŽIČKA, Maroš KUCBEL a Martin JARMAR. Accessibility Issues in Digital Mathematical Libraries. In Proceedings of the Conference Universal Learning Design 2013. Brno: Masaryk University, 2013, s. 89-97. ISBN 978-80-210-6270-2.

SLOUP, Petr a Tomáš REBOK. Automatic reconstruction of Norway spruce tree models from LiDAR data. In ISPRS2013-SSG. 2013.

SLOUP, Petr, Tomáš REBOK a Jan HANUŠ. Automatic Tree Reconstruction from its Laser Scan [poster]. In Global Change and Resilience. 2013.

HOLUB, Petr, Ondřej VOJTÍŠEK, Dalibor VALÍK, Kristína GREPLOVÁ, Dana KNOFLÍČKOVÁ a Rudolf NENUTIL. BBMRI_CZ Index Service. 2013.

TROUBIL, Pavel, Jiří MAREK, Petr HOLUB a Miloš LIŠKA. CoUniverse 1.0. 2013.

BARTOŠEK, Miroslav, Petr KOVÁŘ a Vlastimil KREJČÍŘ. Digitální knihovna fotografií. 2013.

KREJČÍŘ, Vlastimil, Tomáš HOFMAN, Michal RŮŽIČKA a Miroslav BARTOŠEK. DML-CZ DSpace. 2013.

BARTOŠEK, Miroslav a Jiří RÁKOSNÍK. DML-CZ: The Experience of a Medium-Sized Digital Mathematics Library. Notices of the AMS. Providence (USA): American Mathematical Society, 2013, roč. 60, č. 8, s. 1028-1033. ISSN 0002-9920. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1090/noti1031.

KREJČÍŘ, Vlastimil, Dominik SZALAI, Miroslav BARTOŠEK a Lucie FABRIKOVÁ. FFdigi DSpace. 2013.

SLOUP, Petr, Tomáš REBOK a Jan HANUŠ. Fully-automated Occlusion-insensitive Norway Spruce Tree Reconstructions from 3D Point Cloud Data [poster]. In ISPRS2013-SSG. 2013.

HOLUB, Petr, Martin ŠROM, Martin PULEC, Jiří MATELA a Martin JIRMAN. GPU-accelerated DXT and JPEG compression schemes for low-latency network transmissions of HD, 2K, and 4K video. Future Generation Computer Systems. Amsterdam, The Netherlands: Elsevier Science, 2013, roč. 29, č. 8, s. 1991-2006. ISSN 0167-739X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.future.2013.06.006.

MAREK, Jiří, Petr HOLUB a Hana RUDOVÁ. Local Search Heuristics for Media Streams Planning Problem. In Leonard Barolli, Fatos Xhafa, Makoto Takizawa, Tomoya Enokido, Hui-Huang Hsu. Proceedings of the 7th IEEE International Conference on Advanced Information Networking and Applications. Washington: IEEE Computer Society, 2013, s. 945-953. ISBN 978-0-7695-4953-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/AINA.2013.132.

RŮŽIČKA, Michal. Masaryk University DOI Tools. 2013.

TROUBIL, Pavel, Hana RUDOVÁ a Petr HOLUB. Media Streams Planning with Transcoding. Online. In 12th IEEE International Symposium on Network Computing and Applications (NCA 2013). USA: IEEE, 2013, s. 41-48. ISBN 978-0-7685-5043-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/NCA.2013.46.

RŮŽIČKA, Michal, Petr KOVÁŘ a Vlastimil KREJČÍŘ. Metadata Editor FFdigi. 2013.

RUSŇÁK, Vít, Lukáš RUČKA, Martin ĽUPTÁK a Petr HOLUB. MUSE framework 1.1.1. 2013.

SEBESTIÁNOVÁ, Zora, Michal PROCHÁZKA, Slávek LICEHAMMER, Michal ŠŤAVA a Pavel ZLÁMAL. Perun - user and resources management system. 2013.

BARTOŠEK, Miroslav a Vlastimil KREJČÍŘ. Portál elektronických informačních zdrojů. 2013.

MATELA, Jiří, Martin JIRMAN a Petr HOLUB. Real-time JPEG2000 for Digital Cinema and Large-Scale Image Archiving. San Jose, CA, USA: NVIDIA Corporation, 2013. GPU Technology Conference.

PROCHÁZKA, Michal a Daniel KOUŘIL. RemSig - Bezpečné úložiště digitálních certifikátů. 2013.

LÍŠKA, Martin, Petr SOJKA a Michal RŮŽIČKA. Similarity Search for Mathematics: Masaryk University team at the NTCIR-10 Math Task. In Noriko Kando, Kazuaki Kishida. Proceedings of the 10th NTCIR Conference on Evaluation of Information Access Technologies. Tokyo: National Institute of Informatics, 2-1-2 Hitotsubashi, Chiyoda-ku, Tokyo 101-8430 Japan, 2013, s. 686-691. ISBN 978-4-86049-062-1.

SOCHOR, Jan, Petr HOLUB a Ondřej VOJTÍŠEK. THALAMOSS Data Management Platform. 2013.

REBOK, Tomáš, Petr SLOUP, Jan HANUŠ a Věroslav KAPLAN. Three-dimensional Tree Reconstructions from Terrestrial LiDAR Scans. In National Grid Infrastructure Yearbook 2011-12. 2013, s. 91-95. ISBN 978-80-904689-7-9.

WOJCIECHOWSKI, Krzys, Petr SOJKA, Nicolas HOUILLON, Michal RŮŽIČKA, Radim HATLAPATKA, Vlastimil KREJČÍŘ, Miroslav HRDINA, Jiří SOCHOR, Pavel RYCHLÝ, Aleš HORÁK, Alan SEXTON, Gilberto PEDROSA, Franck LONTIN, Thierry BOUCHE a Maciej KOŁUDA. Toolset for Image and Text Processing and Metadata Enhancements — Final Release: Deliverable 7.4 of project EuDML. 1 as of 9th February 2013. EU CIP-ICT-PSP project 250503 EuDML: The European Digital Mathematics Library, 2013, 24 s. Deliverable D7.4.

RŮŽIČKA, Michal, Petr SOJKA a Vlastimil KREJČÍŘ. Towards Machine-Actionable Modules of a Digital Mathematics Library: The Example of DML-CZ. In J. Carette et al. CICM 2013, LNAI 7961. Berlin / Heidelberg: Springer, 2013, s. 263-277. ISBN 978-3-642-39319-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-39320-4_17.

RUSŇÁK, Vít, Lukáš RUČKA a Petr HOLUB. Towards User-Aware Multi-Touch Interaction Layer for Group Collaborative Systems. In Kučera, A.; Henzinger, Th.A.; Nešetřil, J.; Vojnar, T.; Antoš, D. Lecture Notes in Computer Science Volume 7721. Revised Selected Papers. Berlin Heidelberg: Springer-Verlag Berlin / Heidelberg, 2013, s. 200-212. ISBN 978-3-642-36044-2. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-36046-6_19.

TÓTH, Gabriel a Petr HOLUB. VLANManager. 2013.

KŘENEK, Aleš, Petr HOLUB, Vlastimil HOLER, Daniel KOUŘIL, Filip PROCHÁZKA, Zdeněk HEJNA, Miroslav GURIČAN a František MULLER. 3.5 Million Smartmeters in the Cloud. Online. In Simon Lin. Proceedings ISGC 2013. Trieste: PoS - Proceedings of Science, 2013, s. 180-189. ISSN 1824-8039.

HOLUB, Petr, Martin PULEC, Jiří MATELA, Martin JIRMAN, Joe MAMBRETTI, Jim CHEN, Fei YEH a Luc RENAMBOT. CZ02: Remote Collaboration Over 8K Visualization Using UltraGrid and SAGE. Chicago, USA, 2012. GLIF Technical Working Group Meeting #18.

MÁCKOVÁ, Zdeňka a Miroslav BARTOŠEK. Digitální knihovna Filozofické fakulty Masarykovy univerzity. Duha [online]. Brno: Moravská zemská knihovna, 2012, roč. 26, č. 1. ISSN 1804-4255.

SUDICKÝ, Petr, Libor JUHAŇÁK a Daniel MIKŠÍK. E-learning na FF MU: Setkání a prezentace kurzů. 2012.

SLOVÁK, Petr, Peter NOVÁK, Pavel TROUBIL, Vít RUSŇÁK, Petr HOLUB a Eric C. HOFER. Exploring collaboration in group-to-group videoconferencing. In Julie Dugdale, Cédric Masclet, Maria Antonietta Grasso, Jean François Boujut, Parina Hassanaly. From Research to Practice in the Design of Cooperative Systems: Results and Open Challenges; Proceedings of the 10th International Conference on the Design of Cooperative Systems. London: Springer, 2012, s. 229-244, 15 s. ISBN 978-1-4471-4092-4. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-1-4471-4093-1_16.

TROUBIL, Pavel a Petr HOLUB. GColl2. 2012.

MATELA, Jiří, Petr HOLUB, Martin JIRMAN a Martin ŠROM. GPU-specific reformulations of image compression algorithms. Online. In Tescher, AG. Proceedings of Applications of Digital Image Processing XXXV. 8499. vyd. BELLINGHAM, WA 98227-0010 USA: SPIE-INT SOC OPTICAL ENGINEERING, 2012, s. nestránkováno, 8 s. ISBN 978-0-8194-9216-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1117/12.929971.

FEIT, Josef, Lukáš HEJTMÁNEK, Michal PROCHÁZKA, Slávek LICEHAMMER a Luděk MATYSKA. Hypertext Atlases of Pathology. 2012. ISSN 0945-6317.

RUČKA, Lukáš, Vít RUSŇÁK a Petr HOLUB. Libkerat - TUIO 2.0 implementation, version 1.0. 2012.

MATELA, Jiří, Martin ŠROM a Petr HOLUB. Low GPU Occupancy Approach to Fast Arithmetic Coding in JPEG2000. In Lecture Notes in Computer Science 7119. Heidelberg: Springer Berlin / Heidelberg, 2012, s. 136-145. ISBN 978-3-642-25928-9. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-25929-6_13.

LÍŠKA, Martin, David FORMÁNEK, Michal RŮŽIČKA a Petr SOJKA. MathML Canonicalizer. 2012.

KUBA, Martin a Marek CHRASTINA. MUNI FITS Photometric Archive. In 44. konference o výzkumu proměnných hvězd. 2012.

RUSŇÁK, Vít, Lukáš RUČKA a Petr HOLUB. MUSE framework 1.0. 2012.

KLUSÁČEK, Dalibor, Hana RUDOVÁ a Miroslav RUDA. New Fairness and Performance Metrics for Current Grids. In Cracow Grid Workshop 2012. 2012. ISBN 978-83-61433-06-4.

FORMÁNEK, David, Martin LÍŠKA, Michal RŮŽIČKA a Petr SOJKA. Normalization of Digital Mathematics Library Content. In Petr Sojka, Michael Kohlhase. DML 2012: Towards a Digital Mathematics Library. Brno: Masaryk University, 2012, s. 91-103. ISSN 1613-0073.

FORMÁNEK, David, Martin LÍŠKA, Michal RŮŽIČKA a Petr SOJKA. Normalization of Digital Mathematics Library Content. In CEUR Workshop Proceedings, Volume 921. Aachen: Neuveden, 2012, s. 91-103, 12 s. ISSN 1613-0073.

KABÁT, Milan a Petr HOLUB. Parallelized LDGM Coding for Demanding Multimedia Applications. In Antonin Kucera, Thomas A. Henzinger, Jaroslav Nesetril, Tomas Vojnar, David Antos. Memics 2012, Eighth Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science. First edition. Brno: Novpress s.r.o., 2012, s. 28-37. ISBN 978-80-87342-15-2.

CHLUMSKÝ, Václav, Dalibor KLUSÁČEK a Miroslav RUDA. Planning, Predictability and Optimization within the TORQUE Scheduler. In Antonín Kučera, Thomas Henzinger, Jaroslav Nešetřil, Tomáš Vojnar, David Antoš. MEMICS 2012. první. Brno: Novpress s.r.o., 2012, s. 96-97. ISBN 978-80-87342-15-2.

TÓTH, Šimon a Miroslav RUDA. Practical Experiences with Torque Meta-Scheduling in The Czech National Grid. Krakow, Poland: AGH University of Science and Technology Press, 2012, s. 33-45. ISSN 1508-2806.

HOLUB, Petr, Kamila GREPLOVÁ, Dana KNOFLÍČKOVÁ a Dalibor VALÍK. The Biobanking Research Infrastructurec BBMRI_CZ: a Critical Tool to Enhance. Klinická onkologie. Praha: Česká lékařská společnost J.E.Purkyně, 2012, roč. 2012, č. 2, s. 2S78- 2S81, 4 s. ISSN 0862-495X.

KLUSÁČEK, Dalibor, Václav CHLUMSKÝ a Miroslav RUDA. THE EXTENSION OF TORQUE SCHEDULER ALLOWING THE USE OF PLANNING AND OPTIMIZATION IN GRIDS. Computer Science Journal. Krakow, Poland: AGH University of Science and Technology, 2012, roč. 13, č. 2, s. 5-19. ISSN 1508-2806. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.7494/csci.2012.13.2.5.

SOJKA, Petr, Krzysztof WOJCIECHOWSKI, Nicolas HOUILLON, Michal RŮŽIČKA a Radim HATLAPATKA. Toolset for Image and Text Processing and Metadata Enhancements — Value release: Deliverable 7.3 of project EuDML. 1.01 as of 8th March 2012. EU CIP-ICT-PSP project 250503 EuDML: The European Digital Mathematics Library, 2012, 32 s. Deliverable D7.3.

HOLUB, Petr, Jiří MATELA, Martin PULEC a Martin ŠROM. UltraGrid: Low-Latency High-Quality Video Transmissions on Commodity Hardware. In Proceedings of the 20th ACM international conference on Multimedia. New York, NY, USA: ACM, 2012, s. 1457-1460. ISBN 978-1-4503-1089-5. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1145/2393347.2396519.

HOLUB, Petr, Martin PULEC, Jiří MATELA, Martin ŠROM a Martin JIRMAN. UltraGrid 1.1. 2012.

PROCHÁZKA, Michal, Daniel KOUŘIL, Romain WARTEL, Christos KANELLOPOULOS a Christos TRIANTAFYLLIDIS. A Race for Security: Identifying Vulnerabilities on 50 000 Hosts Faster than Attackers. Taipei, Taiwan: Academia Sinica, 2011. ISGC 2011 & OGF 31.

KUBA, Martin. Automated trust negotiation in identity federations using OWL-based abduction of missing credentials. Online. In Proceedings of the 6th International Conference forInternet Technology and Secured Transactions (ICITST-2011). Abu Dhabi: IEEE Xplore DigitalLibrary, 2011, s. 164-169. ISBN 978-1-908320-00-1.

SOJKA, Petr, Martin LÍŠKA a Michal RŮŽIČKA. Building Corpora of Technical Texts : Approaches and Tools. In Aleš Horák, Pavel Rychlý. Fifth Workshop on Recent Advances in Slavonic Natural Languages Processing, RASLAN 2011. první. Brno: Tribun EU, 2011, s. 71--82, 11 s. ISBN 978-80-263-0077-9.

BARTOŠEK, Miroslav. Česká digitální matematická knihovna a projekt EuDML. In 6. Česko-slovenské soustředění matematické olympiády a Setkání českých a slovenských matematiků. 2011.

HOLUB, Petr, Hana RUDOVÁ a Miloš LIŠKA. Data Transfer Planning with Tree Placement for Collaborative Environments. Constraints. Springer, 2011, roč. 16, č. 3, s. 283-316. ISSN 1383-7133. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s10601-011-9106-7.

BARTOŠEK, Miroslav. DML-CZ: česká digitální matematická knihovna v roce 2011. ProInflow. Brno: Masarykova univerzita, 2011, roč. 3, listopad, s. 5-12. ISSN 1804-2406.

HARTMAN, Sam, Jens JENSEN, Daniel KOUŘIL a Michal PROCHÁZKA. Easing Access to Grids Using Moonshot. Praha: TERENA Networking Conference, 2011.

MATELA, Jiří, Vít RUSŇÁK a Petr HOLUB. Efficient JPEG2000 EBCOT Context Modeling for Massively Parallel Architectures. In Storer, James A. and Marcellin, Michael W. Data Compression Conference (DCC), 2011. Washington, DC, USA: IEEE Computer Society, 2011, s. 423-432. ISBN 978-0-7695-4352-9. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/DCC.2011.49.

SLOVÁK, Petr, Peter NOVÁK, Pavel TROUBIL, Petr HOLUB a Eric HOFER. Exploring Trust in Group-to-Group Video-Conferencing. Online. In CHI EA '11 Proceedings of the 2011 annual conference extended abstracts on Human factors in computing systems. New York, NY, USA: ACM New York, NY, USA, 2011, s. 1459-1464. ISBN 978-1-4503-0268-5. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1145/1979742.1979791.

KOUŘIL, Daniel, Sam HARTMAN, Josh HOWLETT, Jens JENSEN a Michal PROCHÁZKA. Federated Access to Grids. Vilnius: EGI User Forum, 2011.

MATELA, Jiří, Vít RUSŇÁK a Petr HOLUB. GPU-Based Sample-Parallel Context Modeling for EBCOT in JPEG2000. In Sixth Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science -- Selected Papers. Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik, 2011, s. 77--84. ISBN 978-3-939897-22-4.

PROCHÁZKA, Michal a Daniel KOUŘIL. Jak sledovat zranitelnosti na 50 000 strojích. Data Security Management. Praha: Tate International, 2011, roč. 1/2011, s. 14-17. ISSN 1211-8737.

ANTOŠ, David, Petr HOLUB a Ivana KŘENKOVÁ. Kterak posluchárny spojovati a ještě záznam poříditi aneb audiovizuální technika na MU. ÚVT MU, 2011, 5 s. Zpravodaj ÚVT MU, roč. XXI, č. 3. ISSN 1212-0901.

MATELA, Jiří, Martin PULEC a Petr HOLUB. multiOUT. 2011.

RUSŇÁK, Vít, Lukáš RUČKA a Petr HOLUB. MUSE framework 0.1. 2011.

RUSŇÁK, Vít, Lukáš RUČKA a Petr HOLUB. MUSE: Multi-Sensor Framework. 2011.

BARTOŠEK, Miroslav, Michal BRANDEJS a Ivana ČERNÁ. Otevřený přístup k vědeckým informacím na Masarykově univerzitě. ITlib. Informačné technológie a knižnice. Bratislava: Centrum VTI SR, 2011, roč. 2011, č. 2, s. 34-35. ISSN 1335-793X.

MATYSKA, Luděk, Miroslav RUDA a Šimon TÓTH. Peer-to-peer Cooperative Scheduling Architecture for National Grid Infrastructure. In Simon C.Lin, Eric Yen. Data Driven e-Science. Academia Sinica Grid Computing Centre, 2011, s. 105-118. ISBN 978-1-4419-8014-4.

RŮŽIČKA, Michal. Použití Subversion pro verzování TeXových dokumentů. Zpravodaj CSTUG. Brno: CSTUG, 2011, roč. 2011, č. 1, s. 21–64. ISSN 1211-6661. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.5300/2011-1/21.

RŮŽIČKA, Michal a Petr SOJKA. Redakční systém odborného časopisu s podporou exportu do digitální knihovny. Zpravodaj CSTUG. Brno: CSTUG, 2011, roč. 2011, č. 1, s. 4–20. ISSN 1211-6661. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.5300/2011-1/4.

ŠPÁNEK, Roman, Daniel KOUŘIL, Martin KUBA a Michal PROCHÁZKA. Reputation Based Trust Management System Supporting Collaboration in a Medical Application. In Proceedings of e-Technologies and Networks for Development (ICeND 2011), Communications in Computer and Information Science, vol. 171. Heidelberg: Springer Berlin, 2011, s. 285-297. ISBN 978-3-642-22729-5.

RŮŽIČKA, Michal a Petr SOJKA. Scientific Journal Processing System with the Capability of Exporting to a Digital Library using MathML. 2011.

RŮŽIČKA, Jan, Miroslav VOZŇÁK, Petr HOLUB, Jiří MATELA, Michal KRSEK, Jiří NAVRÁTIL, Lukáš MACURA, Miloš LIŠKA a Filip ŘEZÁČ. Seminář multimédií. 2011.

SUDICKÝ, Petr a Daniel MIKŠÍK. Současné a budoucí možnosti e-learningu na FF MU. 2011.

CHLUMSKÝ, Václav, Dalibor KLUSÁČEK a Miroslav RUDA. The Extension of TORQUE Scheduler Allowing the Use of Planning and Optimization Algorithms in Grids. In Cracow Grid Workshop. 2011.

TÓTH, Šimon, Miroslav RUDA a Luděk MATYSKA. Towards Peer-to-Peer Scheduling Architecture for the Czech National Grid. Krakow, Poland: Academic Computer Centre CYFRONET AGH, 2011, s. 92-101. ISBN 978-83-61433-03-3.

PULEC, Martin, Jiří MATELA a Petr HOLUB. UltraGrid Streaming to SAGE. 2011.

PULEC, Martin, Martin ŠROM, Petr HOLUB a Jiří MATELA. UltraGrid 0.9. 2011.

PULEC, Martin, Petr HOLUB, Jiří MATELA, Martin ŠROM a Martin JIRMAN. UltraGrid 1.0. 2011.

BALÁKOVÁ, Lenka, Petr ŠTOURAČ, Ivo KŘIKAVA, Pavel ŠEVČÍK, Daniel SCHWARZ, Ivo ŠNÁBL, Radim ŠUSTR a Petr HOLUB. Využití e-learningového portálu AKUTNE.CZ při studiu medicíny. In Petr Sojka, Martin Kvizda. Sborník SCO 2011. 1. vyd. Brno: MUNI Press, 2011, s. 165-169. ISBN 978-80-210-5528-5.

LÍŠKA, Martin, Petr SOJKA, Michal RŮŽIČKA a Peter MRAVEC. Web Interface and Collection for Mathematical Retrieval : WebMIaS and MREC. In Petr Sojka, Thierry Bouche. DML 2011: Towards a Digital Mathematics Library. Brno: Masaryk University, 2011, s. 77-84. ISBN 978-80-210-5542-1.

HOLUB, Petr, Miloš LIŠKA, Hana RUDOVÁ a Pavel TROUBIL. Comparison of CP and IP Techniques for Data Transfer Planning. In Proceedings of the Eleventh AI*IA Symposium on Artificial Intelligence. 2010. ISBN 978-88-904924-1-9.

LIŠKA, Miloš, Petr HOLUB, Andrew LAKE a John VOLLBRECHT. CoUniverse Orchestrated Collaborative Environments with Dynamic Circuit Networks. 2010 Ninth International Conference on Networks, 2010, s. 300-305. ISBN 978-0-7695-3979-9.

WELSHONS, Kenny, Patrick DORN, Andrei HUTANU, Petr HOLUB, John VOLLBRECHT a Gabrielle ALLEN. Design and Implementation of a Production Dynamically Configurable Testbed. In TG '10 Proceedings of the 2010 TeraGrid Conference. Pittsburgh, PA, USA: ACM New York, NY, USA, 2010, s. 1-8. ISBN 978-1-60558-818-6.

TROUBIL, Pavel a Petr HOLUB. Eye-Control of Videoconferencing Environment Using Common Web-Cameras. In Proceedings of the IADIS International Conferences Collaborative Technologies 2010 and Web Based Communities 2010. Freiburg: IADIS Press, 2010, s. 153-156. ISBN 978-972-8939-21-2.

SLOVÁK, Petr, Pavel TROUBIL a Petr HOLUB. GColl: enhancing trust in flexible group-to-group videoconferencing. In Proceedings of the 28th of the international conference extended abstracts on Human factors in computing systems. New York, NY, USA: ACM, 2010, s. 3607-3612. ISBN 978-1-60558-930-5.

MATELA, Jiří, Vít RUSŇÁK a Petr HOLUB. GPU-Based Sample-Parallel Context Modeling for EBCOT in JPEG2000. In MEMICS 2010 Proceedings. first. Brno: NOVPRESS, 2010, s. 126-134. ISBN 978-80-87342-10-7.

HOLUB, Petr. H.323 for Medical Application and Virtual Laboratories. In 3rd E2EWorkshop on Provisioning E2E Services. 2010.

DRAŠAR, Martin, Martin JUŘEN, Daniel KOUŘIL, Pavel MINAŘÍK, Michal PROCHÁZKA a Jan VYKOPAL. Intelligent logging server. Warsaw: SECURE 2010, 2010.

KŘENKOVÁ, Ivana, David ANTOŠ a Luděk MATYSKA. MetaCentrum Yearbook 2009. first. Prague: CESNET, z. s. p. o., 2010, 172 s. ISBN 978-80-904173-7-3.

KMUNÍČEK, Jan, Martin KUBA, Ivana KŘENKOVÁ a David ANTOŠ. MetaCentrum—e-Infrastructure for Computational and Data Challenges. Nové Hrady, 2010.

BARTOŠEK, Miroslav, Petr KOVÁŘ a Michal RŮŽIČKA. Metadata Editor EuDML. 2010.

HOLUB, Petr. Network-Based Collaborative Environments. In Informatics Colloquium FI MU. 2010.

BOUCHE, Thierry, Hugo MANGUINHAS, Claude GOUTORBE, Nicolas HOUILLON, Rosa DE LA VIESCA, Helena FERNANDEZ, Jean-Paul JORDA, Marie-Louise CHAIX, Katarzyna ZAMLYNSKA, Wojtek SYLWESTRZAK, Michael JOST, Radoslav PAVLOV, Jiří RÁKOSNÍK, Miroslav BARTOŠEK, Petr SOJKA, Ioannis KARYDIS a Thomas FISCHER. Report on available collections and metadata: Deliverable 3.1 of project EuDML. 1.6 as of 5th August 2010. EU CIP-ICT-PSP project 250503 EuDML: The European Digital Mathematics Library, 2010, 40 s. Deliverable D3.1.

ŠUSTR, Zdeněk, Jiří SITERA, František DVOŘÁK, Jiří FILIPOVIČ, Daniel KOUŘIL, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA, Miloš MULAČ, Jan POSPÍŠIL, Miroslav RUDA, Zdeněk SALVET a Michal VOCŮ. Something you may have wanted to know about L&B. Journal of Physics: Conference Series. 2010, roč. 219, č. 6, 10 s. ISSN 1742-6596.

HRBATÝ, Dušan, Jakub MAREČEK, Michal VÁVRA, Tomáš REBOK, Eva HLADKÁ, Jan DOLEČEK, Martin JANTOŠOVIČ, František KOBZÍK, Michal KOHUT, Vít RUSŇÁK, Martin SKALA, Daniel STIBOR a Jiří ŠKROBÁK. Testy softwarových VoIP klientů. Brno: Laboratoř pokročilých síťových technologií FI MU, 2010.

JOST, Michael, Thierry BOUCHE, Claude GOUTORBE, Jean-Paul JORDA, Miroslav BARTOŠEK, Peter STANCHEV a Michał POLITOWSKI. The EuDML metadata schema: Deliverable D3.2 of project EuDML. 1.6 as of 15th December 2010. EU CIP-ICT-PSP project 250503 EuDML: The European Digital Mathematics Library, 2010, 31 s. Deliverable D3.2.

HOLUB, Petr. Unassisted Lecture Recording at Masaryk University. In 3rd TF-Media task force meeting. 2010.

PROCHÁZKA, Michal, Daniel KOUŘIL a Luděk MATYSKA. User Centric Authentication for Web Applications. In Proceedings of the 2010 International Symposium on Collaborative Technologies and Systems. Chicago, USA: IEEE, 2010, s. 67-74. ISBN 978-1-4244-6620-7.

RUDA, Miroslav, Zdeněk ŠUSTR, Jiří SITERA, David ANTOŠ, Lukáš HEJTMÁNEK a Petr HOLUB. Virtual Clusters as a New Service of MetaCentrum, the Czech NGI. In Cracow Grid Workshop '09. Krakow: Academic Computer Centre CYFRONET AGH, 2010, s. 64-71. ISBN 978-83-61433-01-9.

HOLUB, Petr a Eva HLADKÁ. Virtual Multicast. In Trends in Telecommunications Technologies. 1. vyd. Vukovar, Croatia: IN-TECH, 2010, s. 63-85. ISBN 978-953-307-072-8.

PROCHÁZKA, Michal a Josef FEIT. Atlases jako poskytovatel služby ve federacích. Brno: Masarykova univerzita, 2009. ISBN 978-80-7392-118-7.

PROCHÁZKA, Michal. Central European Regional EMC2 meeting. 2009.

LIŠKA, Miloš a Petr HOLUB. CoUniverse: Framework for Building Self-Organizing Collaborative Environments Using Extreme-Bandwidth Media Applications. In The Eighth International Conference on Networks ICN 2009. Cancún, Mexico: IARIA, 2009, s. 259-265. ISBN 978-0-7695-3552-4.

SOJKA, Petr, Jiří RÁKOSNÍK, Miroslav BARTOŠEK, Martin LHOTÁK a Jiří VESELÝ. Czech Digital Mathematics Library -- DML-CZ. 2009.

RÁKOSNÍK, Jiří, Martin LHOTÁK, Miroslav BARTOŠEK, Petr SOJKA a Oldřich ULRYCH. Česká digitální matematická knihovna - DML-CZ. 2009.

REBOK, Tomáš. DiProNN: Distributed Programmable Network Node. Brno: Faculty of Informatics, Masaryk University, 2009, 200 s. Ph.D. Thesis.

HOLUB, Petr a David ANTOŠ. e-Infrastruktury - komplexní nástroje pro podporu vědy, výzkumu i výuky. Masarykova univerzita, 2009, 7 s. Zpravodaj ÚVT MU, 19, 4, 1-6. ISSN 1212-0901.

PÚDELKA, Ivan a Tomáš REBOK. Enhanced UDP Packet Reflector -- Erum. 2009.

KOUŘIL, Daniel a Michal PROCHÁZKA. Experiences with Massive PKI Deployment and Usage. In Security adn Protection of Information. 2009. vyd. Brno, 2009, s. 44-52. ISBN 978807231641.

KOUŘIL, Daniel a Michal PROCHÁZKA. Fault-tolerant Access Control in Distributed Environment the MetaCentrum Authorization Infrastructure. CESNET, 2009. Technical report.

PROCHÁZKA, Michal, Daniel KOUŘIL a Tomáš KUBINA. Framework for non-Web application integration - CAT. In TERENA EuroCAMP. 2009.

SLOVÁK, Petr, Pavel TROUBIL a Petr HOLUB. GColl : A Flexible Videoconferencing Environment for Group-to-Group Interaction. In Human-Computer Interaction – INTERACT 2009, Lecture Notes in Computer Science Volume 5727. 2009. vyd. Uppsala, Sweden: Springer Berlin / Heidelberg, 2009, s. 165-168. ISBN 978-3-642-03657-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-03658-3_22.

TROUBIL, Pavel, Petr SLOVÁK, Milan KABÁT a Petr HOLUB. GColl - group-to-group videoconferencing environment. 2009.

SLOVÁK, Petr, Pavel TROUBIL a Petr HOLUB. GColl: A Flexible Videoconferencing Environment for Group-to-Group Interaction. In Annual Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science. 2009. ISBN 978-80-87342-04-6.

SLOVÁK, Petr, Pavel TROUBIL a Petr HOLUB. GColl Group-to-group Videoconferencing System: Design and First Experiences. In The 5th International ICST Conference on Collaborative Computing: Networking, Applications and Worksharing. Neuveden: Neuveden, 2009, 9 s. ISBN 978-963-9799-76-9.

PROCHÁZKA, Michal, Daniel KOUŘIL a Tomáš KUBINA. Grid-enabled Desktop. In TAGPMA Federated Identity Workshop. 2009.

HOLUB, Petr, Miloš LIŠKA, Andrew LAKE, Chris TRACY, Tom LEHMAN, John VOLLBRECHT a Brian CASHMAN. Interfacing CoUniverse & Internet2 DCN. In Internet2 Spring Member Meeting 2009. 2009.

HOLUB, Petr, Miloš LIŠKA, Andrew LAKE a John VOLLBRECHT. Interfacing CoUniverse & Internet2 DCN. In Internet2 Joint Tech Meeting 2009. 2009.

SMRŽOVÁ, Jana, Miloš LIŠKA a Michal PROCHÁZKA. Ischemicko-reperfuzní poškození ledvin: Zpráva z videokonferenčně přenášeného kurzu 4th Belgrade up-to-date in Nephrology. Aktuality v nefrologii. TIGIS, 2009, roč. 15, č. 2, s. 74-77. ISSN 1210-955X.

SMRŽOVÁ, Jana, Martin KUBA, Robert RAKOWSKI, Michal PROCHÁZKA a Zora SEBESTIANOVÁ. Jak zlepšit využívání dostupných dat a vzorců ? Odpověd zní: MEDIGRID. Diabetologie, metabolismus, endokrinologie, výživa. Praha: Tigis, 2009, roč. 12, supplem. 1, s. 62-63, 1 s. ISSN 1211-9326.

PROCHÁZKA, Michal, Petr HOLUB a Eva HLADKÁ. jSon: Network of Active Elements with Peer-to-Peer Control Plane. In The Eighth International Conference on Networks ICN 2009. Cancun, Mexico: IARIA, 2009, 8 s. ISBN 978-0-7695-3552-4.

SMRŽOVÁ, Jana, Martin KUBA, Rakowski ROBERT, Michal PROCHÁZKA a Zora SEBESTIANOVÁ. MEDIGRID - váš program pro vaše pacienty. Vnitřní lékařství - časopis České internistické společnosti a Slovenskej internistickej spoločnosti. Praha: Česká lékařská společnost J. E. Purkyně, 2009, roč. 55, č. 9, s. 885. ISSN 0042-773X.

ANTOŠ, David, Jiří SITERA, Luděk MATYSKA a Petr HOLUB. MetaCenter Virtual Networks. In Cracow Grid Workshop 2008. Cracow, Poland: Cyfronet AGH, Kraków, Poland, 2009, s. 86-93. ISBN 978-83-61433-00-2.

ŠUSTR, Zdeněk, Jiří SITERA, Miloš MULAČ, Miroslav RUDA, David ANTOŠ, Lukáš HEJTMÁNEK, Petr HOLUB, Zdeněk SALVET a Luděk MATYSKA. MetaCentrum, the Czech Virtualized NGI. 2009.

BARTOŠEK, Miroslav, Petr KOVÁŘ a Martin ŠÁRFY. Metadatový editor. 2009.

KOUŘIL, Daniel, Michal PROCHÁZKA, Tomáš KUBINA, Jeffrey ALTMAN a Asanka HERATH. Network Identity Manager Providers. In AFS & Kerberos Best Practices Workshop. 2009.

BARTOŠEK, Miroslav, Vlastimil KREJČÍŘ a Martin ŠÁRFY. Prezentační systém digitální knihovny DML-CZ. 2009.

REBOK, Tomáš, Martin BENEŠ a Milan KABÁT. Robust Audio Tool (RAT) Supporting Separate Recording and Playback Audio Devices Selection. 2009.

ANTOŠ, David, Lukáš HEJTMÁNEK, Jiří CHUDOBA, Daniel KOUŘIL, Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. Správa dat v gridových systémech. In Proceedings of the Annual Database Conference DATAKON 2009. 1. vyd. Praha: Oeconomica, Praha, 2009, s. 251-265. ISBN 978-80-245-1568-7.

HOLUB, Petr, Miloš LIŠKA, Jiří MATELA, Martin BENEŠ a Ian N. WESLEY-SMITH. UltraGrid-20090105. 2009.

KOUŘIL, Daniel a Michal PROCHÁZKA. Úskalí PKI v praxi - část I. DSM. Praha: Tate International, s.r.o., 2009, XIII, č. 1. ISSN 1211-8737.

KOUŘIL, Daniel a Michal PROCHÁZKA. Úskalí PKI v praxi - část II. DSM. Praha: Tate International, s.r.o., 2009, XIII, č. 2, s. 40-44. ISSN 1211-8737.

SMRŽOVÁ, Jana, Martin KUBA, Robert RAKOWSKI a Michal PROCHÁZKA. Videokonference - moderní cesta realizace lékařských konzilií a konzultací. Diabetologie, metabolismus, endokrinologie, výživa. Praha: Tigis, 2009, roč. 12, supplem. 1, s. 63. ISSN 1211-9326.

SMRŽOVÁ, Jana, Martin KUBA, Robert RAKOWSKI a Michal PROCHÁZKA. Videokonference - prostředek pro vedení lékařských konzilií a konzultací. Cor et Vasa - Časopis České kardiologické společnosti. Brno: Česká kardiologická společnost, 2009, roč. 2009, Suppl. 1, 1 s. ISSN 1803-7712.

ANTOŠ, David, Luděk MATYSKA, Petr HOLUB a Jiří SITERA. VirtCloud: Virtual Network for User-controlled Virtual Clusters. 2009.

ANTOŠ, David, Luděk MATYSKA, Petr HOLUB a Jiří SITERA. VirtCloud: Virtualising Network for Grid Environments--First Experiences. In The 23rd IEEE International Conference on Advanced Information Networking and Applications AINA 2009. Bradford, UK: IEEE Comp. Soc., 2009, s. 876-883. ISBN 978-1-4244-4000-9.

RUDA, Miroslav, Zdeněk ŠUSTR, Jiří SITERA, David ANTOŠ, Lukáš HEJTMÁNEK, Petr HOLUB a Miloš MULAČ. Virtual Clusters as a New Service of MetaCentrum, the Czech NGI; CESNET technical report 17/2009. 2009.

VOJTĚCH, Josef, Miloslav HŮLA, Jan RADIL, Miroslav KARÁSEK, Stanislav ŠÍMA, Jan NEJMAN a Petr HOLUB. Zařízení pro skupinové vysílání optických signálů v Internetu a jiných sítích. 2009. Patent. Číslo: 300811. Vydavatel: Úřad průmyslového vlastnictví. Místo vydání: Praha. Název vlastníka: CESNET Zájmové sdružení právnických osob, Praha 6, CZ. Datum registrace: 4. 12. 2007. Datum přijetí: 2. 7. 2009.

PROCHÁZKA, Michal, Daniel KOUŘIL, Luděk MATYSKA, Tomáš KUBINA a Lukáš SPURNÝ. A Federated Framework for Secure Collaborative Systems. In EUNIS 2008 VISION IT, Visions for IT in Higher Education. Aarhus, Denmark: University of Aarhus, 2008, 9 s. ISBN 978-87-91234-56-9.

PROCHÁZKA, Michal a Daniel KOUŘIL. A federated framework for secure videoconference. Stockholm, Sweden: Terena EuroCamp, 2008.

PLŠEK, Vítězslav, Jan KMUNÍČEK a Martin KUBA. A Graphical Frontend to Key Services for Utilization of Grid Environments: A CharonGUI Use Case. In 4th International Workshop on Grid Computing for Complex Problems (GCCP 2008). Bratislava, Slovakia: Institute of Informatics, Slovak Academy of Sciences, 2008, s. 28-35. ISBN 978-80-969202-9-7.

HOLUB, Petr a Miloš LIŠKA. CoUniverse. 2008.

LIŠKA, Miloš a Petr HOLUB. CoUniverse: Framework for Building Self-organizing Collaborative Environments Using Extreme-Bandwidth Media Applications. In Lecture Notes in Computer Science vol. 5415 Euro-Par 2008 Workshops - Parallel Processing. Las Palmas de Gran Canaria, Spain: Springer Berlin / Heidelberg, 2008, s. 339-351, 12 s. ISBN 978-3-642-00954-9.

BARTOŠEK, Miroslav. Česká digitální matematická knihovna. In INFORUM 2008: 14. ročník konference o profesionálních informačních zdrojích. Praha: Albertina icome Praha, 2008, 11 s. ISSN 1801-2213.

REBOK, Tomáš a Petr HOLUB. Distributed Synchronous Infrastructure for Multimedia Streams Transmission and Processing. In Networking Studies II : Selected Technical Reports. Praha: CESNET z.s.p.o., 2008, s. 147-169. ISBN 978-80-254-2151-2.

BARTOŠEK, Miroslav, Petr KOVÁŘ a Martin ŠÁRFY. DML-CZ Metadata Editor. In Towards Digital Mathematics Library. Brno: Masaryk University, 2008, s. 139-151. ISBN 978-80-210-4658-0.

BARTOŠEK, Miroslav, Martin LHOTÁK, Jiří RÁKOSNÍK, Petr SOJKA a Martin ŠÁRFY. DML-CZ: The Objectives and the First Steps. In Communicating Mathematics in the Digital Era. London: A.K. Peters Ltd., Transatlantic Publishers Group, 2008, s. 75-86, 11 s. Sv. 1. ISBN 9781568814100.

HOLUB, Petr, Michael ANGASTINIOTIS, Christos SHAMMAS, John OLD, Fotis GEORGATOS a Carsten LEDERER. Evaluation of the Introduction of the Use of e-Infrastructure Tools in the Research of Thalassaemia and Other Haemoglobinopathies. In 2nd Ithanet Scientific Workshop, Singapore 2008. 2008.

SCHOVANCOVÁ, Jaroslava, Jiří CHUDOBA, František DVOŘÁK, Jiří FILIPOVIČ, Jan KMUNÍČEK, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA, Miloš MILAČ, Miroslav RUDA, Zdeněk SALVET, Jiří SITERA, Zdeněk ŠUSTR a Petr TRÁVNÍČEK. Experience with Large Scale Simulations on the EGEE Grid for the AUGER collaboration. In Proceedings of the Third Conference of the EELA Project. Catania, Itálie: CIEMAT, 2008, s. 283-291, 8 s. ISBN 978-84-7834-565-6.

KŘENEK, Aleš, Jiri SITERA, Luděk MATYSKA, Frantisek DVORAK, Miloš MULAČ, Miroslav RUDA a Zdeněk SALVET. gLite Job Provenance - a job-centric view. Concurrency and Computation: Practice and Experience. John Wiley & Sons, Inc, 2008, roč. 20, č. 5, s. 453-462. ISSN 1532-0626. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cpe.1252.

MATYSKA, Luděk, Eva HLADKÁ, Petr HOLUB a Miloš LIŠKA. High Quality Large Scale Virtual Classroom. In Proceedings of the 14th International Conference of European University Information Systems (EUNIS 2008). Århus, Denmark: Aarhus University, 2008, 4 s. ISBN 978-87-91234-58-3.

KMUNÍČEK, Jan, Martin KUBA, Vítězslav PLŠEK a Luděk MATYSKA. Charon GUI: Feature Rich Interface to Distinct Grid Niches. In 3rd EGEE User Forum, Clermont-Ferrand, France. 2008.

KUBA, Martin a Jana SMRŽOVÁ. Identity Federation for Expert Only Access in a Large Virtual Community: Drug Interactions Use Case. In HealhGrid 2008, Chicago. 2008.

WESLEY-SMITH, Ian N., Miloš LIŠKA a Petr HOLUB. Implementation of DXT Compression for UltraGrid. CESNET, 2008. Technical report 4/2008.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. Integrovaná správa pověření pro e-learningové systémy. In SCO 2008. Brno: Masarykova univerzita, 2008, s. 117-122. ISBN 9788021046139.

RUDA, Miroslav, Jiri SITERA, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA, Zdenek SUSTR a Michal VOCŮ. Job Centric Monitoring on the Grid 7 years of experience with L&B and JP services. In CESNET CONFERENCE 2008-SECURITY, MIDDLEWARE, AND VIRTUALIZATION-GLUE OF FUTURE NETWORKS. Praha: CESNET, 2008, s. 3-12. ISBN 978-80-904173-0-4.

KŘENEK, Aleš, Luděk MATYSKA, Jiří SITERA, Miroslav RUDA, František DVOŘÁK, Jiří FILIPOVIČ, Zdeněk ŠUSTR a Zdeněk SALVET. Job Provenance - Insight into Very Large Provenance Datasets. In Provenance and Annotation of Data and Processes. Second International Provenance and Annotation Workshop, IPAW 2008; LNCS. Berlin: Springer Berlin / Heidelberg, 2008, s. 144-151. ISBN 978-3-540-89964-8.

KUBA, Martin a Jana SMRŽOVÁ. Lékové interakce: program k jejich vyhledávání s možností doplňování dalších pozorovaných interakcí. Vnitřní lékařství - časopis České internistické společnosti a Slovenskej internistickej spoločnosti. Praha: Česká lékařská společnost J. E. Purkyně, 2008, roč. 54, č. 9, s. 897. ISSN 0042-773X.

KUBA, Martin a Jana SMRŽOVÁ. Lékové interakce: program k jejich vyhledávání s možností doplňování dalších pozorovaných interakcí. Aktuality v nefrologii. TIGIS, 2008, roč. 14/2008, č. 2, s. 80-80. ISSN 1210-955X.

ANTOŠ, David, Jiří SITERA, Luděk MATYSKA a Petr HOLUB. MetaCenter Virtual Networks. In Cracow Grid Workshop 2008. 2008.

KUBA, Martin a Jana SMRŽOVÁ. Nový bezplatný program pro zobrazení známých i zachycení nových lékových interakcí. In XVI. výroční sjezd České kardiologické společnosti, Brno. Praha: Medical Tribune CZ, 2008, s. 58.

KUBA, Martin a Jana SMRŽOVÁ. Optimalizace využití biometrických údajů pacientů pomocí programu Medigrid. In XVI. výroční sjezd České kardiologické společnosti, Brno. Praha. Medical Tribune CZ, 2008, s. 58.

PROCHÁZKA, Michal. Pathology Atlases - Service Provider in a Multi-Federation Environment. Athens, Greece: Terena EuroCamp, 2008.

KUBA, Martin a Jana SMRŽOVÁ. Program zobrazující lékové interakce s možností připsání dalších pozorovaných interakcí. Diabetologie Metabolismus Endokrinologie Výživa. Praha: Tigis s.r.o., 2008, Ročník 11, Suplem. 1, s. 54. ISSN 1211-9326.

VOCHOZKOVÁ, Hana. Souborný katalog ČR. Zpravodaj ÚVT MU : bulletin pro zájemce o výpočetní techniku na Masarykově univerzitě. Brno: Masarykova univerzita, 2008, roč. 19, č. 2, s. 11-12. ISSN 1212-0901.

PROCHÁZKA, Michal a Daniel KOUŘIL. Survey of Authentication Mechanisms for Grids. In CESNET Conference 2008. Praha: CESNET, z.s.p.o., 2008, 10 s. ISBN 978-80-904173-0-4.

HOLUB, Petr. UltraGrid. In CineGrid International Workshop 2008 (3rd annual). 2008.

HOLUB, Petr, Miloš LIŠKA, Jiří MATELA a Ian N. WESLEY-SMITH. UltraGrid-20080530. 2008.

HOLUB, Petr. Updates on UltraGrid Platform. In ResearchChannel Working Group, Internet2 Fall Member Meeting, New Orleans, LA, USA, 2008. 2008.

HOLUB, Petr. Updates on UltraGrid Platform. Internet2 Spring Member Meeting, Arlington, VA, USA, 2008.

SMRŽOVÁ, Jana, Martin KUBA, Dagmar HRŮZOVÁ, Michal PROCHÁZKA a Zora SEBESTIANOVÁ. Videokonference jako nástroj pro vedení lékařských konzilií a konzultací. Vnitřní lékařství - časopis České internistické společnosti a Slovenskej internistickej spoločnosti. Praha: Česká lékařská společnost J. E. Purkyně, 2008, roč. 54, č. 9, s. 911-912. ISSN 0042-773X.

HOLUB, Petr. VirtCloud & CoUniverse: On E2E Services for Grids and Multimedia. In TERENA End-to-End Provisioning Workshop 2008. 2008.

DENEMARK, Jiří, Miroslav RUDA a Luděk MATYSKA. Virtualizing METACentrum Resources Using Magrathea. In Networking Studies II: Selected Technical Reports. 1. vyd. Praha: CESNET, 2008, s. 129-145. ISBN 978-80-254-2151-2.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. A Robust and Efficient Mechanism to Distribute Certificate Revocation Information Using the Grid Monitoring Architecture. In 21st International Conference on Advanced Information Networking and Applications Workshops (AINAW'07),. Niagara Falls, Canada: IEEE Computer Society, 2007, s. 614-619. ISBN 0-7695-2847-3.

HEJTMÁNEK, Lukáš, Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. Bezpečný distribuovaný úložný prostor. In Širokopásmové sítě a jejich aplikace. Olomouc: CESNET, z.s.p.o. a UP Olomouc, 2007, s. 60-65. ISBN 978-80-244-1687-8.

KAPIČKA, Libor, Pavel KUBÁČEK a Petr HOLUB. Bonding and aromaticity of cyclic phosphazenes viewed as interaction of Dnh fragments. Journal of Molecular Structure (Theochem). Amsterdam: Elsevier Science, 2007, roč. 820, 1-3, s. 148-158. ISSN 0166-1280.

EILAND, Daniel, Thomas STERLING, Amy APON, Box LEANGSUKSUN a Petr HOLUB. Community Building in Distance Learning Environments: Using uncompressed high-definition videos as a medium for classroom interactivity. Chicago, USA: AccessGrid Retreat, 2007. AccessGrid Retreat 2007.

KRAJÍČEK, Ondřej, Andrea CECCANTI, Miroslav RUDA a Aleš KŘENEK. Designing a distributed mediator for the C-GMA monitoring architecture. In Distributed and Parallel Systems: From Cluster to Grid Computing. Innsbruck, Austria: Springer, 2007, s. 155-164. ISBN 978-0-387-69857-1.

HOLUB, Petr a Eva HLADKÁ. Distributed Active Element in 10Gbps Network. In ICT 2007, 14th International Conference on Telecommunications. Penang, Malaysia: IEEE/MICC, 2007, s. 455-460. ISBN 978-1-4244-1094-1.

REBOK, Tomáš a Petr HOLUB. Distributed Synchronous Infrastructure for Multimedia Streams Transmission and Processing. CESNET z.s.p.o., 2007, 22 s. 19/2007.

HOLUB, Petr, Ravi PARUCHURI, Stacey SIMMONS, Tomáš REBOK, Andrei HUTANU, Daniel EILAND a Miloš LIŠKA. Enabling Technologies for Teaching an HPC Class as a Distributed Course. In SPR2007 - The 9th Annual SURA/ViDe Conference, Atlanta, Internet2, USA. 2007.

KOUŘIL, Daniel, Michal PROCHÁZKA a Luděk MATYSKA. Experience with PKI in a Large-scale Distributed Environment. In EUNIS 2007 Conference. Grenoble, France, 2007, 9 s.

KOUŘIL, Daniel, Martin KUBA, Martin OSOVSKÝ, Radim PEŠA a Michal PROCHÁZKA. Federace identit aneb spolčení totožností. Zpravodaj ÚVT MU. Brno: Masarykova univerzita, 2007, roč. 18, č. 2, s. 1-7, 8 s. ISSN 1212-0901.

KMUNÍČEK, Jan, Vítězslav PLŠEK a Martin KUBA. Graphical User Interface for Charon Extension Layer System and Application Dashboards. In Computational Chemistry Workshop, d'Orsay, Paris, France. 2007.

RUDA, Miroslav a Jiří DENEMARK. Grid Deployment Using Virtual Machines: METACenter Use-Case. DESY, Hamburg, Germany, 2007. Virtualization users workshop.

RUDA, Miroslav a Hana RUDOVÁ. Grid Simulator with Production Scheduling Algorithms (abstract). Cracow, Poland, 2007. Cracow Grid Workshop '07.

MATYSKA, Luděk, Petr HOLUB a Eva HLADKÁ. HD Collaborative Framework for Distributed Distance Learning. In Proceedings of the 4th High-End Visualization Workshop. Rakousko: University of Innsbruck, 2007, s. 40-45. ISBN 978-3-86541-216-4.

MATYSKA, Luděk, Eva HLADKÁ a Petr HOLUB. High Definition video ve výuce. In Emtech Education|Media|Technology Prague 2007. 2007.

PROCHÁZKA, Michal a Daniel KOUŘIL. Identity Management in the Grid Environment. Plzeň, 2007. The World of Digital Identity 2007.

VEJVALKA, Jan, Petr HOLUB, Michal PROCHÁZKA, Miloš LIŠKA, Eva HLADKÁ, Michael ANGASTINIOTIS a Marina KLEANTHOUS. Ithanet - developing en infrastructure of electronic communication for Thalassaemia research. In Conference Proceedings of EMMIT 2007, Euro-Mediterranean Medical Informatics and Telemedicine, 3rd International Conference. , Mangalia 2007: Eds. Moisil, I., Teseleanu, M., Sicurello, F., 2007, s. 181-186. ISBN 978-973-739-423-1.

BARTOŠEK, Miroslav a Vlastimil KREJČÍŘ. Jak se dělá digitální matematická knihovna. In Automatizace knihovnických procesů - 11. Praha: ČVUT, 2007, s. 55-63. ISBN 978-80-01-03691-4.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA, Michal PROCHÁZKA a Tomáš ZÁVODNÝ. Kerberos and Grid systems. Stanford, California, USA, 2007. AFS & Kerberos Best Practices Workshop 2007.

DENEMARK, Jiří, Miroslav RUDA a Luděk MATYSKA. Magrathea -- Grid Management Using Virtual Machine. In Cracow Grid Workshop '06. Krakow, Polsko: Academic Computer Centre CYFRONET AGH, 2007, s. 138-145. ISBN 83-915141-7-X.

KUBA, Martin, Zora SEBESTIANOVÁ, Luděk MATYSKA, Jan VEJVALKA, Petr LESNÝ a Tomáš HOLEČEK. MediGrid jako prostředek sdílení biomedicínských zdrojů. In Širokopásmové sítě a jejich aplikace, sborník příspěvků. Olomouc: Univerzita Palackého v Olomouci, 2007, s. 79-82. ISBN 978-80-244-1687-8.

KOUŘIL, Daniel, Ondřej KRAJÍČEK, Martin KUBA a Michal PROCHÁZKA. Message Level Security For Grid Services Using S/MIME. In Distributed and Parallel Systems (DAPSYS). Springer US, 2007, s. 123-131. ISBN 978-0-387-69857-1.

KOUŘIL, Daniel, Martin KUBA a Michal PROCHÁZKA. Nasazení federací ve velkém distribuovaném prostředí: systém pro správu interakcí léků. In DATAKON 2007 - Proceedings of the Annual Database Conference. 1. vyd. Brno: Masarykova Univerzita, 2007, s. 132-141. ISBN 978-80-7355-076-9.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. On Distribution Certificate Revocation Information in Grids. Brno, 2007. MEMICS 2007. ISBN 978-80-7355-077-6.

KUBA, Martin, Daniel KOUŘIL a Michal PROCHÁZKA. Sealed Grid with Downloadable Services. In CoreGRID Symposium. Rennes, France: Springer, 2007, s. 83-91. ISBN 978-0-387-72497-3.

HOLUB, Petr, Eva HLADKÁ, Michal PROCHÁZKA a Miloš LIŠKA. Secure and Pervasive Collaborative Platform for Medical Applications. Studies in Health Technology and Informatics. Amsterdam, The Netherlands: IOS Press, 2007, roč. 126, č. 1, s. 229-238. ISSN 0926-9630.

HEJTMÁNEK, Lukáš, Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. Secure Logistical Networking in Virtual Organizations. In Cracow'06 Grid Workshop. Krakow, Polsko: Academic Computer Centre CYFRONET AGH, 2007, s. 450-458. ISBN 83-915141-7-X.

HEJTMÁNEK, Lukáš, Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. Secure Logistical Networking in Virtual Organizations. CESNET z.s.p.o., 2007, 16 s. 2/2007.

RUDA, Miroslav, Jiří DENEMARK a Luděk MATYSKA. Scheduling Virtual Grids: the Magrathea System. In Second International Workshop on Virtualization Technology in Distributed Computing. USA: ACM digital library, 2007, s. 1-7. ISBN 978-1-59593-897-8.

HOLUB, Petr a Eva HLADKA. Streaming HD videa. In Sborník příspěvků konference Širokopásmové sítě a jejich aplikace. 1. vyd. Olomouc: Univerzita Palackého v Olomouci, 2007, s. 100-102. ISBN 978-80-244-1687-8.

PROCHÁZKA, Michal, Luděk MATYSKA, Eva HLADKÁ, Daniel KOUŘIL a Petr HOLUB. Transparent Security for Collaborative Environments. In The 3rd International Conference on Collaborative Computing: Networking, Applications and Worksharing. White Plains, New York: ICST, 2007, 6 s. ISBN 1-4244-1317-6.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. Trusted Distribution and Utilization of Virtual Machines. Austin, TX, USA: IEEE Computer Society, 2007. Grid 2007.

HUTANU, Andrei, Yufeng XIN, Steven THORPE, Petr HOLUB, Ravi PARUCHURI, Daniel EILAND a Miloš LIŠKA. Uncompressed HD Video for Collaborative Teaching - An Experiment. In The 3rd International Conference on Collaborative Computing: Networking, Applications and Worksharing. White Plains, New York: ICST, 2007, 6 s. ISBN 1-4244-1317-6.

PROCHÁZKA, Michal a Daniel KOUŘIL. Usage of TPM under Xen. DESY, Hamburg, Germany, 2007. Virtualization users workshop.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. Using CRL Push Delivery for Efficient Certificate Revocation Information Distribution in Grids. CESNET, 2007. Technical report.

HLADKÁ, Eva, Petr HOLUB a Michal PROCHÁZKA. Videokonference za zdí. Brno: MU, 2007, 4 s. Zpravodaj ÚVT MU, 17, 5, 8-11. ISSN 1212-0901.

MATYSKA, Luděk, Eva HLADKÁ a Petr HOLUB. Virtual Classroom with a Time Shift. In Proceedings of the Eigth International Technology Based Higher Education and Training. Kumamoto: Kumamoto Univerzity, 2007, s. 1-8.

MATYSKA, Luděk, Eva HLADKÁ a Petr HOLUB. Virtual Classroom with a Time Shift. In Programm and Abstracts of 8th International Conference on Information Technology Based Higher Education and Training. 2007.

KUBA, Martin a Zora SEBESTIANOVÁ. Web Deployed Interface for a Medical Knowledge Grid. In The Second International Conference on Internet and Web Applications and Services (ICIW 2007). IEEE Digital Library: IEEE Computer Society Press, 2007, 5 s. ISBN 0-7695-2844-9.

KOUŘIL, Daniel, Michal PROCHÁZKA a Luděk MATYSKA. Zkušenosti s nasazením PKI v distribuovaném prostředí. In Bezpečnostní politika IS. Plzeň: Západočeská univerzita v Plzni, 2007, s. 33-39. ISBN 978-80-7043-554-0.

PROCHÁZKA, Michal, Petr HOLUB a Eva HLADKÁ. Active Element Network with P2P Control Plane. In Self-Organizing Systems, Lecture Notes in Computer Science Volume 4124. 2006.

HOLUB, Petr, Eva HLADKÁ, Jiří DENEMARK a Tomáš REBOK. Active Elements for High-Definition Video Distribution. In ICT 2006, 13th International Conference on Telecommunications. Funchal, Madeira: University of Aveiro, Portugal, 2006, s. 1-4. ISBN 972-98368-4-1.

DENEMARK, Jiří, Michał JANKOWSKI, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA, Norbert MEYER, Miroslav RUDA a Paweł WOLNIEWICZ. Best Practices of User Account Management with Virtual Organization Based Access to Grid. Lecture Notes in Computer Science. Springer Berlin/Heidelberg, 2006, roč. 3911, -, s. 633-642. ISSN 0302-9743.

KRAJÍČEK, Ondřej, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA, Miroslav RUDA a Jiří SITERA. Capability languages in C-GMA. In Proceedings of the Cracow Grid Workshop 2005. April 2006. Cracow: Academic Computer Center CYFRONET AGH, Cracow, Poland, 2006, s. 131-138. ISBN 83-915141-5-3.

KRAJÍČEK, Ondřej, Andrea CECCANTI, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA a Miroslav RUDA. Designing a Distributed Mediator for the C-GMA Monitoring Architecture. In Proceedings of the Austrian Hungarian Workshop on Parallel and Distributed Systems 2006. 1. vyd. Innsbruck, 2006, s. TO APPEAR, 10 s.

HOLUB, Petr a Eva HLADKÁ. Distributed Active Element for High-Performance Data Distribution. In Network and Parallel Computing (NPC 2006). Tokio: University of Tokio, 2006, s. 27-36.

HUTANU, Andrei, Gabrielle ALLEN, Stephen D. BECK, Petr HOLUB, Hartmut KAISER, Archit KULSHRESTHA, Miloš LIŠKA, Jon MACLAREN, Luděk MATYSKA, Ravi PARUCHURI, Steffen PROHASKA, Ed SEIDEL, Brygg ULLMER a Shalini VENKATARAMAN. Distributed and collaborative visualization of large data sets using high-speed networks. Future Generation Computer Systems. Amsterdam, The Netherlands: Elsevier Science, 2006, roč. 22, č. 8, s. 1004-1010. ISSN 0167-739X.

KUBA, Martin, Ondřej KRAJÍČEK, Petr LESNÝ, Jan VEJVALKA a Tomáš HOLEČEK. Grid Empowered Sharing of Medical Expertise. In Challenges and Opportunities of HealthGrids, Proceedings of HealthGrid 2006. Amsterdam (Netherlands): IOS Press, 2006, s. 273-282. ISBN 1-58603-617-3.

HOLUB, Petr. HD Multi-point Videoconferencing. In TERENA Networking Conference 2006. 2006.

HLADKÁ, Eva a Petr HOLUB. HDTV streaming. In Proceedings of Inteligent Technologies for Remote Information and Communication International Conference ITVIK 2006. Pardubice: UP Pardubice INTELIGENTNÍ TECHNOLOGIE PRO VZDÁLENOU INFORMACI A KOMUNIKACI, 2006, s. 31 -33. ISBN 80-903478-5-1.

HOLUB, Petr, Luděk MATYSKA, Miloš LIŠKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Jiří DENEMARK, Tomáš REBOK, Andrei HUTANU, Ravi PARUCHURI, Jan RADIL a Eva HLADKÁ. High-definition multimedia for multiparty low-latency interactive communication. Future Generation Computer Systems. Amsterdam, The Netherlands: Elsevier Science, 2006, roč. 22, č. 8, s. 856-861. ISSN 0167-739X.

HOLUB, Petr, Eva HLADKÁ a Luděk MATYSKA. iGrid2005. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2006, 6 s. Zpravodaj ÚVT MU, 16, 3, 12-17. ISSN 1212-0901.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. Improving Security in Grids Using the Smart Card Technology. In Proceedings of the IEEE/ACM International Conference on Grid Computing (Grid 2006). Barcelona, Spain: IEEE Computer Society, 2006, s. 303-304. ISBN 1-4244-0344-8.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. Kerberos and PKI Cooperation. Ann Arbor, Michigan, USA, 2006. AFS & Kerberos Best Practices Workshop 2006.

HOLUB, Petr, Luděk MATYSKA, Miloš LIŠKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Jiří DENEMARK a Tomáš REBOK. Low-Latency HD Videoconferencing System with Reflector-Based Multipoint Data Distribution. 2006.

HOLUB, Petr. Multi-Point Uncompressed HD Conferencing Using UltraGrid. In WACE 2006. 2006.

ANTOŠ, David, Vojtěch ŘEHÁK a Petr HOLUB. Packet Filtering for FPGA-Based Routing Accelerator. In CESNET Conference 2006 Proceedings. Prague: CESNET, z. s. p. o., 2006, s. 161--173. ISBN 80-239-6533-6.

REBOK, Tomáš, Petr HOLUB a Eva HLADKÁ. Quality of Service Oriented Active Router Design. In Proceedings of MIPRO 2006 / Hypermedia and Grid Systems. Opatija (Croatia): Croatian Society for Information and Communication Technology, Electronics and Microelectronics, 2006, s. 206-211. ISBN 953-233-018-6.

PROCHÁZKA, Michal a Miloš LIŠKA. Scalable and Robust Active Element Network. In CESNET Conference 2006. Praha: CESNET z.s.p.o., 2006, s. 107-114. ISBN 978-80-239-6533-9.

KRAJÍČEK, Ondřej, Václav LORENC a Martin KUBA. Secure References for Reliable Knowledge Sharing on the Biomedical Grid. In Proceedings of the Second Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science. 2006. vyd. Brno: Vysoké učení technické v Brně, 2006, s. 83-90. ISBN 80-214-3287-X.

LIŠKA, Miloš a Petr HOLUB. Standard Definition Stereoscopic Video. In Internet2 IMT2006. 2006.

BARTOŠEK, Miroslav. Technologie digitálních knihoven. In INFORUM 2006. Praha: Albertina icome Praha, 2006, 8 s.

HALUZOVÁ, Jana. Tipy z Inetu: Rezervace on-line. Zpravodaj ÚVT MU : bulletin pro zájemce o výpočetní techniku na Masarykově univerzitě. 2006, roč. XVI, č. 5, s. 10-11. ISSN 1212-0901.

HOLUB, Petr a Miloš LIŠKA. Uncompressed HD Technology. In Internet2 IMT2006. 2006.

DENEMARK, Jiří, Michał JANKOWSKI, Luděk MATYSKA, Norbert MEYER, Miroslav RUDA a Paweł WOLNIEWICZ. User Management for Virtual Organizations. In CoreGRID Integration Workshop. EU: CoreGRID, 2006.

HLADKÁ, Eva a Petr HOLUB. Videokonference s vysokou kvalitou. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2006, 4 s. Zpravodaj ÚVT MU, 16, 3, 9-12. ISSN 1212-0901.

CHUDOBA, Jiří, Lukáš FIALA, Jan KMUNÍČEK, Jiří KOSINA, Daniel KOUŘIL, Miloš LOKAJÍČEK, Luděk MATYSKA, Miroslav RUDA a Jan ŠVEC. VOCE---A Grid Environment for Central Europe. In Proceedings of the Cracow Grid Workshop 2005. Cracow: Academic Computer Center CYFRONET AGH, Cracow, Poland, 2006, s. 322-328. ISBN 83-915141-5-3.

PROCHÁZKA, Michal. Všichni chceme Eduroam! Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2006. Zpravodaj ÚVT MU, 17, 2, 4-6. ISSN 1212-0901.

KUBA, Martin a Miloš LIŠKA. Web Service Based Knowledge Grid for Biomedicine. In Proceedings of MIPRO 2006 / Hypermedia and Grid Systems. Opatija (Croatia): Croatian Society for Information and Communication Technology, Electronics and Microelectronics, 2006, s. 191-193. ISBN 953-233-018-6.

KUBA, Martin. Web Services. In DATAKON 2006, Proceedings of the Annual Database Conference. Brno, 2006, s. 93-112. ISBN 80-210-4102-1.

KOUŘIL, Daniel a Michal PROCHÁZKA. Zkušenosti s nasazováním HW tokenů pro uživatele METACentra. In Sborník příspěvků z XXVIII. konference EurOpen.CZ. Plzeň: EurOpen.CZ, 2006, s. 35-47. ISBN 80-86583-10-4.

HOLUB, Petr a Jan RADIL. Akademické lambda sítě u nás a ve světě. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2005, 7 s. Zpravodaj ÚVT MU, 15, 3, 6-12. ISSN 1212-0901.

SITERA, Jiří, Luděk MATYSKA, Aleš KŘENEK, Miroslav RUDA, Michal VOCŮ, Zdeněk SALVET a Miloš MULAČ. Capability and Attribute Based GRID Monitoring Architecture. In Proc. Cracow Grid Workshop'04. Krakow, Polsko: Academic Computing Centre CYFRONET AGH, 2005, s. 176-183. ISBN 83-9151414-4-5.

MĚCHÁČEK, Jaroslav, Jaromír OCELKA a Jana KOHOUTKOVÁ. CCP - A Communication Protocol for Masaryk University Clearing. In Proc. of EUNIS'2005. Manchester: University of Manchester, 2005, s. 1-5.

HEJTMÁNEK, Lukáš, Petr HOLUB a Luděk MATYSKA. Distribuované datové sklady a protokol IBP. Praha: DCD Publishing s.r.o., 2005, 7 s. Professional Computing, 2005/9, 15-21. ISSN 1214-5335.

HALUZOVÁ, Jana a Zdeněk MACHAČ. Elektronická podpora evidence majetku na MU v Brně. Zpravodaj ÚVT MU : bulletin pro zájemce o výpočetní techniku na Masarykově univerzitě. 2005, roč. XV, č. 4, s. 11-13. ISSN 1212-0901.

RUDA, Miroslav a Hana RUDOVÁ. Grid Scheduling and Monitoring. Workshop of the UK Planning and Scheduling Special Interest Group. London, UK: City University, UK, 2005, roč. 2005, -, s. 98-99. ISSN 1368-5708.

HOLUB, Petr. Grid Video Processing: Distributed Approach to Video Processing. Philadelphia, PA, USA: Internet2, 2005. I2 Fall 2005 Member Meeting.

HOLUB, Petr. High-Definition Video at CESNET. Philadelphia, PA, USA: Internet2, 2005. I2 Fall 2005 Member Meeting.

HOLUB, Petr a Miloš LIŠKA. High-Definition Video Transmissions for Medical Applications and Education. Technology and Health Care. Amsterdam (The Netherlands): IOS Press, 2005, roč. 13, č. 5, s. 398-400. ISSN 0928-7329.

PROCHÁZKA, Michal, Tomáš REBOK a Petr HOLUB. Implementace P2P sítě zrcadel v prostředí JXTA. In Širokopásmové sítě a jejich aplikace. Olomouc: CVT UP Olomouc, 2005, s. 144-152. ISBN 80-244-1035-4.

BOCCHI, Laura, Ondřej KRAJÍČEK a Martin KUBA. Infrastructure for Adaptive Workflows in Semantic Grids. In Proceedings of the first CoreGRID Integration Workshop. Pisa: University of Pisa, 2005, s. 327-336.

KUBA, Martin. Integration of Medical Services Using Semantic Grid Techniques. Technology and Health Care. Amsterdam (The Netherlands): IOS Press, 2005, roč. 13, č. 5, s. 410-411. ISSN 0928-7329.

RAMBOUSEK, Jiří, Tamara VÁŇOVÁ a Daniel MIKŠÍK. Ke koncepci elektronické podpory výuky v akademickém prostředí. In SOJKA, Petr a Tomáš PITNER. Sborník 2. ročníku konference o elektornické podpoře výuky SCO 2005. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2005, s. 237-242. ISBN 80-210-3699-0.

HOLUB, Petr a Miloš LIŠKA. Lecture Recording, Processing, Archiving, and Streaming. Atlanta, Internet2, USA: SURA/ViDe, 2005. SPR2005 - The 7th Annual SURA/ViDe Conference.

HOLUB, Petr. Network and Grid Support for Multimedia Distribution and Processing. Brno: Masarykova univerzita v Brne, 2005, 117 s. Ph.D. Thesis.

HOLUB, Petr, Eva HLADKÁ a Luděk MATYSKA. Scalability and Robustness of Virtual Multicast for Synchronous Multimedia Distribution. In Pascal Lorenz, Petre Dini. Lecture Notes in Computer Science 3421. Germany: Springer Berlin / Heidelberg, 2005, s. 876-883. ISBN 978-3-540-25338-9. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-540-31957-3_99.

KUBA, Martin, Ondřej KRAJÍČEK, Petr LESNÝ a Tomáš HOLEČEK. Semantic Grid Infrastructure for Applications in Biomedicine. In DATAKON 2005 - Proceedings of the Annual Database Conference. 1. vyd. Brno, 2005, s. 335-344. ISBN 80-210-3813-6.

OCELKA, Jaromír. Serverová infrastruktura informačních systémů MU. Zpravodaj ÚVT MU : bulletin pro zájemce o výpočetní techniku na Masarykově univerzitě. Brno: Masarykova univerzita, 2005, roč. 15, č. 5, s. 4-8. ISSN 1212-0901.

CECCANTI, Andrea, Ondřej KRAJÍČEK, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA a Miroslav RUDA. Towards Scalable and Interoperable Grid Monitoring Infrastructure. In Proceedings of the first CoreGRID Integration Workshop. Pisa: University of Pisa, Italy, 2005, s. 237-246.

KUBA, Martin. Tutoriál Web Services. XXVI. konference EurOpen.CZ. Monínec, 2005.

HOLUB, Petr a Eva HLADKÁ. Ubiquitous User-Empowered Networks of Active Elements. In TERENA Networking Conference 2005. Poznan, Poland: TERENA, 2005, s. 1-3.

MATYSKA, Luděk, Miroslav RUDA, Jiří DENEMARK, Norbert MEYER, Paweł WOLNIEWICZ a Michał JANKOWSKI. User Management for Virtual Organizations. EU: CoreGRID, 2005. TR-0012.

HOLUB, Petr, Tomáš REBOK a Miloš LIŠKA. Videokonferenční technologie a přenosy videa. Šumava: EurOpen 2005, 2005.

HOLUB, Petr, Miloš LIŠKA, Jaroslav LEDVINKA a David KOVALSKÝ. Vysílání koncertu k výročí 50 let sboru Kantiléna. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2005, 5 s. Zpravodaj ÚVT MU, 16, 2, 16-20. ISSN 1212-0901.

KOTRBA, Josef a Jaromír OCELKA. Budování hlasové sítě MU: podpora telefonie v informačních systémech. Zpravodaj Ústavu výpočetní techniky Masarykovy univerzity v Brně. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2004, roč. 14, č. 4, s. 1-5. ISSN 1212-0901.

HEJTMÁNEK, Lukáš, Petr HOLUB a Luděk MATYSKA. DiDaS/LoCI Infrastructure for Distributed Video Processing. In Internet2 Fall Member Meeting 2004, Austin, Texas, USA. 2004.

BARTOŠEK, Miroslav. Digitální knihovny - teorie a praxe. Národní knihovna. Knihovnická revue. Praha: Národní knihovna ČR, 2004, roč. 15, č. 4, s. 233-251. ISSN 0862-7487.

HOLUB, Petr. Distribuované kódování videa. Praha: ATLANTIDA Publishing s.r.o., 2004, 2 s. Pixel 94, 46-47. ISSN 1211-5401.

HOLUB, Petr. Distribuované prostředí pro kódování multimédií. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2004, 4 s. Zpravodaj ÚVT MU, 14, 5, 6-9.

HOLUB, Petr a Lukáš HEJTMÁNEK. Distributed Encoding Environment Based on Grids and IBP Infrastructure. In Selected Papers from TERENA Networking Conference 2004. TERENA, 2004, 10 s. ISBN 90-77559-04-3.

KOUŘIL, Daniel, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA, Miloš MULAČ, Jan POSPÍŠIL, Miroslav RUDA, Zdeněk SALVET, Jiří SITERA, Jiří ŠKRABAL a Michal VOCŮ. Distributed Tracking, Storage, and Re-use of Job State Information on the Grid. 2004, 4 s.

RAMBOUSEK, Jiří a Daniel MIKŠÍK. E-learning přichází. Sborník příspěvků ze setkání SCO 2004: E-learning přichází. Brno: Masarykova univerzita, 2004, 86 s. ISBN 80-210-3409-2.

HOLUB, Petr, Martin KUBA, Luděk MATYSKA a Miroslav RUDA. Grid Infrastructure Monitoring as Reliable Information Service. In Grid Computing, Second European AcrossGrids Conference, AxGrids 2004, Lecture Notes in Computer Science 3165. Berlin / Heidelberg: Springer-Verlag, 2004, s. 220-229. ISBN 3-540-22888-8.

KRAJÍČEK, Ondřej a Petr HOLUB. GSIP - An Alternative Web Services Invocation Protocol. In Proceedings of the 10th International Conference of European University Information Systems (EUNIS). 1. vyd. 2004, 6 s. ISBN 961-6209-46-9.

HOLUB, Petr. Lambda služby. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2004, 6 s. Zpravodaj ÚVT MU, 15, 2, 8-13.

MĚCHÁČEK, Jaroslav, Jana KOHOUTKOVÁ, Lucie BURIANOVÁ, Alena JURTÍKOVÁ, Ivan JEDLIČKA a Ivan BURIAN. Masaryk University Clearing System. In Proc. of EUNIS'2004. Ljubljana: Univerza v Ljubljani, 2004, s. 316-320. ISBN 961-6209-46-9.

OCELKOVÁ, Šárka a Jaromír OCELKA. Metody tvorby www prezentací - zkušenosti z Masarykovy univerzity v Brně. In ITAT 2003 Information Technologies - Application and theory. první. Košice, UPJŠ v Košiciach: Edicné stredisko UPJŠ, 2004, s. 123-132. ISBN 80-7097-564-4.

HLADKÁ, Eva, Petr HOLUB a Miloš LIŠKA. Modulární komunikační reflektor s DV přenosem. In Sborník konference Vysokorychlostní sítě 2004. Praha: Univerzita Karlova v Praze, 2004, s. 42-47.

HOLUB, Petr. Notes on Scalable Models for Synchronous Multimedia Distribution. CESNET z.s.p.o., 2004, 9 s. Technical report 10/2004.

TILLICH, Paul Johannes Oskar. Odvaha být [orig. The Courage To Be]. Překlad Daniel Mikšík. Vydání první. Brno: Centrum pro studium demokracie a kultury (CDK), 2004, 138 s. Cogitatio religionis 1. ISBN 80-7325-016-0.

ANDREETTO, P., Valentina BORGIA, A. DORIGO, A. GIANELLE, M. MORDACCHINI, M. SGARAVATTO, L. ZANGRANDO, S. ANDREOZZI, V. CIASCHINI, C. DI GIUSTO, F. GIACOMINI, V. MEDICI, E. RONCHIERI, V. VENTURI, G. AVELLINO, S. BECO, A. MARASCHINI, F. PACINI, A. GUARISE a G. PATANIA. Practical approaches to Grid workload and resource management in the EGEE project. 2004, 4 s.

OCELKA, Jaromír. Přenosy dat v heterogenním prostředí. In Tvorba softwaru 2004. první. Ostrava: Tanger s.r.o Ostrava, MARQ, 2004, s. 202-207. ISBN 80-85988-96-8.

HEJTMÁNEK, Lukáš a Petr HOLUB. Uniform Job Scheduling Model for Distributed Processing Environment with Distributed Storage. CESNET z.s.p.o., 2004, 13 s. Technical report 9/2004.

HLADKÁ, Eva, Petr HOLUB a Jiří DENEMARK. User Empowered Virtual Multicast for Multimedia Communication. In Proccedings of 3rd International Conference on Networking. Colmar, France: University of Haute Alsace, 2004, 6 s. ISBN 0-86341-325-0.

HLADKÁ, Eva, Petr HOLUB a Jiří DENEMARK. User-Empowered Programmable Network Support for Collaborative Environment. In Universal Multiservice Networks: Third European Conference, ECUMN 2004, Porto, Portugal, October 25-27, 2004. Proceedings. Heidelberg, Němeko: Lecture Notes in Computer Science 3262, Springer-Verlag Heidelberg, 2004, s. 367-376. ISBN 3-540-23551-5.

KUBA, Martin. Uživatelský portál METACentra. CESNET z.s.p.o, 2004. technická zpráva.

BARTOŠEK, Miroslav. Aktuální oblasti výzkumu digitálních knihoven. In INFOS 2003. 32 medzinárodné informatické sympózium. Bratislava: Spolok slovenských knihovníkov, 2003, s. 84-90. ISBN 80-85165-86-4.

BURIANOVÁ, Lucie a Ivan JEDLIČKA. Clearing Masarykovy univerzity. Zpravodaj ÚVT MU : bulletin pro zájemce o výpočetní techniku na Masarykově univerzitě. 2003, XIV, č. 1, s. 3-6. ISSN 1212-0901.

HEJTMÁNEK, Lukáš a Petr HOLUB. IBP Deployment Tests and Integration with DiDaS Project. CESNET z.s.p.o., 2003, 22 s. Technical report 20/2003.

BARTOŠEK, Miroslav. Internet a Digitálne knižnice. ITlib. Informačné technológie a knižnice. Bratislava: Centrum VTI SR, 2003, roč. 2003, č. 2, s. 39-41. ISSN 1335-793X.

MATYSKA, Luděk, Petr HOLUB a Eva HLADKÁ. Jak přednášet na dálku aneb virtuální přednáška v Koreji. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2003, 3 s. Zpravodaj ÚVT MU, 14, 1, 6-8. ISSN 1212-0901.

HLADKÁ, Eva a Petr HOLUB. Jak se dělá divadlo na FI MU. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2003, 4 s. Zpravodaj ÚVT MU, 13, 5, 17-20.

HLADKÁ, Eva, Petr HOLUB a Tomáš REBOK. Komunikace s technologií AccesGrid Point. In Širokopásmové sítě a jejich aplikace. Olomouc: CVT UP Olomouc, 2003, s. 65-69. ISBN 80-244-0642-X.

DOSTÁL, Otto, Michal JAVORNÍK, Karel SLAVÍČEK a Martin PETRENKO. MEDIMED-Regional Centre for Archiving and Interhospital Exchange of Medicine Multimedia Data. In Proceedings of the Second IASTED International Conference on Communications, Internet, and Information Technology. Scottsdale, Arizona, USA: International Association of Science and Technology for Development- IASTED, 2003, s. 609-614. ISBN 0-88986-398-9.

KRAJÍČEK, Ondřej a Petr HOLUB. Portable and Efficient Replacement for Web Services Messaging Protocol. Budapest, Hungary: Microsoft Research, 2003. MSR Academic Conference.

DENEMARK, Jiří, Petr HOLUB a Eva HLADKÁ. RAP - Reflector Administration Protocol. CESNET z.s.p.o., 2003, 32 s. Technical report 9/2003.

REBOK, Tomáš a Petr HOLUB. Synchronizing RTP Packet Reflector. CESNET z.s.p.o., 2003, 5 s. Technical report 7/2003.

BARTOŠEK, Miroslav, Otto DOSTÁL, Jana KOHOUTKOVÁ a Petr PIŠTĚK. Výzkum digitálních knihoven na MU Brno. In INFOS 2003. 32.medzinárodné informatické sympózium. Bratislava: Spolok slovenských knihovníkov, 2003, s. 76-84. ISBN 80-85165-86-4.

KUBA, Martin. Web Services. Zpravodaj Ústavu výpočetní techniky Masarykovy univerzity v Brně. 2003, roč. 13, č. 3, s. 9-14. ISSN 1212-0901.

KUBA, Martin. XML snadno a rychle. Zpravodaj Ústavu výpočetní techniky Masarykovy univerzity v Brně. 2003, roč. 13, č. 3, s. 4-9. ISSN 1212-0901.

BARTOŠEK, Miroslav. Aleph: nový knihovní systém pro MU. Zpravodaj ÚVT MU. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2002, roč. 13, č. 2, s. 6-10. ISSN 1212-0901.

KOPEČEK, Ivan a Miroslav BARTOŠEK. Developing a Dialog Library System. In Digital Libraries: People, Knowledge, and Technology. 5th International Conference on Asian Digital Libraries. ICADL 2002. Heidelberg: Springer-Verlag, 2002, s. 525. LNCS 2555. ISBN 3-540-00261-8.

BARTOŠEK, Miroslav a Petr KOVÁŘ. Digitální knihovna fotografií MU. In RUFIS 2002: Role of Universities in the Future Information Society. Brno: VUT Brno, 2002, s. 2-11. ISBN 80-86510-40-9.

ŘEPIŠOVÁ, Zuzana, Jaroslav NEKUDA, Petr SOJKA a Hana VOCHOZKOVÁ. Disertace Masarykovy univerzity on-line. Brno: Masarykova univerzita, Ústav výpočetní techniky, 2002, 10 s. výzkumné zprávy ÚVT.

HOLUB, Petr, Eva HLADKÁ a Michal KRSEK. Internetové vysílání workshopu Genetics after the Genome aneb "malý bobřík odvahy". Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2002, 5 s. Zpravodaj ÚVT MU, 12, 5, 10-14. ISSN 1212-0901.

HOLUB, Petr. IPsec interoperability tests with respect to deployment as "Last Mile" security solution. Praha: CESNET z.s.p.o., 2002. Technical report 2/2002.

HOLUB, Petr. Jak na streamované video? Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2002, 5 s. Zpravodaj ÚVT MU, 12, 3, 9-13. ISSN 1212-0901.

KOLAJA, Marcel a Miroslav BARTOŠEK. Jemný úvod do (anti)spamové problematiky. Zpravodaj ÚVT MU. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2002, roč. 12, č. 5, s. 1-6. ISSN 1212-0901.

HOLUB, Petr. Jemný úvod do (anti)virové problematiky. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2002, 6 s. Zpravodaj ÚVT MU, 12, 4, 9-14. ISSN 1212-0901.

HLADKÁ, Eva a Petr HOLUB. Komunikace s technologií AccessGrid Point. Brno: Masarykova univerzita, 2002, 5 s. Zpravodaj ÚVT MU, 13, 2, 16-20. ISSN 1212-0901.

DOSTÁL, Otto a Michal JAVORNÍK. Metropolitní archiv medicínských obrazových informací. Zpravodaj ÚVT MU : bulletin pro zájemce o výpočetní techniku na Masarykově univerzitě. Brno: MU v Brně, 2002, XII, č. 5, s. 14-17. ISSN 1212-0901.

HOLUB, Petr. Streamovaná multimédia. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2002, 3 s. Zpravodaj ÚVT MU, 12, 3, 7-9. ISSN 1212-0901.

HLADKÁ, Eva, Petr HOLUB a Jiří DENEMARK. Teleconferencing Support for Small Groups. In TERENA Networking Conference 2002. 2002, 6 s.

HLADKÁ, Eva a Petr HOLUB. Videokonferenční zrcadla. Praha: CESNET z.s.p.o., 2002, 1 s. Datagram, 1, 3, 4-4.

HOLUB, Petr. XML Router Configuration Specifications and Architecture Document. Praha: CESNET z.s.p.o., 2002.

HLADKÁ, Eva a Petr HOLUB. Zrcadla v počítačové síti. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2002, 4 s. Zpravodaj ÚVT MU, 12, 7-10. ISSN 1212-0901.

BARTOŠEK, Miroslav. Digitální knihovny. Mária Bieliková. In DATAKON 2001, Proceedings of the Annual Database Conference. Bratislava: Slovenská technická univerzita, 2001, s. 99-138. ISBN 80-227-1597-2.

HOLUB, Petr. DV Technology Overview And Video Camera Tests. CESNET z.s.p.o., 2001, 12 s. Technical report 12/2001.

BARTOŠEK, Miroslav. Elektronické informační zdroje pro vědu, výzkum a výuku v České republice. In INFOS 2001 : 31. medzinárodné informatické sympózium. Bratislava: Spolok slovenských knihovníkov, 2001, s. 222-235. ISBN 80-85165-84-8.

HOLUB, Petr. Encryption implementation for WBD. CESNET z.s.p.o., 2001, 3 s. Technical report 8/2001.

HOLUB, Petr. PictureTel 550 H.323 Videoconferencing Tool in Windows 2000 Environment - Installation and Experiences. CESNET z.s.p.o., 2001, 13 s. Technical report 9/2001.

BARTOŠEK, Miroslav a Miloslava FAITOVÁ. Přehled elektronických informačních zdrojů pro vědu a výzkum. Editoři: František Ježek, Miloš Brejcha. In RUFIS 2001: Role of Universities in the Future Information Society. Plzeň: Západočeská univerzita v Plzni, 2001, s. 7-20. ISBN 80-7082-783-1.

BARTOŠEK, Miroslav. Systémový pohled na výběr knihovního systému nové generace a "finský model". In Automatizace knihovnických procesů - 8. Praha: ČVUT - Výpočetní a informační centrum, 2001, s. 39-46. ISBN 80-01-02-366-4.

BARTOŠEK, Miroslav a Jaroslav ŠILHÁNEK. Akademická konsorcia na elektronické informační zdroje: historie a přehled současných aktivit. In Knihovny současnosti 2000. Brno: Sdružení knihoven ČR, 2000, s. 184-195. ISBN 80-86249-09-3.

JEDLIČKA, Ivan. Blýskání na časy centrální evidenci osob na MU. Zpravodaj ÚVT MU : bulletin pro zájemce o výpočetní techniku na Masarykově univerzitě. Brno: Masarykova univerzita, 2000, roč. 11, č. 1, s. 9-12. ISSN 1212-0901.

MATYSKA, Luděk a Miroslav RUDA. Conformational Analysis as a Testbed for MetaComputer. In ISThmus 2000 - Research and Development for the Information Society. Poznan: Politechnika Poznanska, 2000, s. 279-564. ISBN 83-913639-0-2.

VOCHOZKOVÁ, Hana. EIFL Direct. Zpravodaj ÚVT MU : bulletin pro zájemce o výpočetní techniku na Masarykově univerzitě. Brno: Masarykova univerzita, 2000, roč. 10, č. 4, s. 9-12. ISSN 1212-0901.

ŘEPIŠOVÁ, Zuzana a Hana VOCHOZKOVÁ. Elektronické dizertace on-line. In Mezinárodní konference RUFIS 2000 : sborník příspěvků : Vysoké učení technické v Brně, 5.-6. září 2000. Brno: Aps Brno, 2000, s. 105-110. ISBN 80-214-1671-8.

BARTOŠEK, Miroslav. Elektronické informační zdroje na MU. Univerzitní noviny, List Masarykovy univerzity a Nadace Universitas Masarykiana. Brno: Nadace MU, 2000, roč. 7, č. 11, s. 34-36. ISSN 1211-6866.

BARTOŠEK, Miroslav a Jaroslav ŠILHÁNEK. Konsorciální elektronické informační zdroje v akademické sféře ČR. In RUFIS 2000, Role of Universities in the Future Information Society. Brno: VUT Brno, 2000, s. 3-14. ISBN 80-214-1671-8.

BARTOŠEK, Miroslav, Petr PIŠTĚK a Václav RAČANSKÝ. Počítačová studovna MU zahájila provoz. Univerzitní noviny, List Masarykovy univerzity a Nadace Universitas Masarykiana. Brno: Nadace MU, 2000, roč. 7, č. 11, s. 36-38. ISSN 1211-6866.

HÁJKOVÁ, Zuzana a Hana VOCHOZKOVÁ. Pravidla AACR. Nakladatelské údaje. Čtenář : měsíčník pro knihovny. Praha: Academia, 2000, roč. 52, č. 6, s. 183-185. ISSN 0011-2321.

HÁJKOVÁ, Zuzana a Hana VOCHOZKOVÁ. Pravidla AACR. Poznámky. Čtenář : měsíčník pro knihovny. Praha: Academia, 2000, roč. 52, č. 10, s. 290-294. ISSN 0011-2321.

HÁJKOVÁ, Zuzana a Hana VOCHOZKOVÁ. Pravidla AACR. Údaje fyzického popisu. Čtenář : měsíčník pro knihovny. Praha: Academia, 2000, roč. 52, č. 7/8, s. 214-216. ISSN 0011-2321.

HÁJKOVÁ, Zuzana a Hana VOCHOZKOVÁ. Pravidla AACR. Údaje o edici. Čtenář : měsíčník pro knihovny. Praha: Academia, 2000, roč. 52, č. 9, s. 258-259. ISSN 0011-2321.

HÁJKOVÁ, Zuzana a Hana VOCHOZKOVÁ. Pravidla AACR. Údaje o názvu a odpovědnosti - název. Čtenář : měsíčník pro knihovny. Praha: Academia, 2000, roč. 52, č. 3, s. 86-88. ISSN 0011-2321.

HÁJKOVÁ, Zuzana a Hana VOCHOZKOVÁ. Pravidla AACR. Údaje o názvu a odpovědnosti - odpovědnost. Čtenář : měsíčník pro knihovny. Praha: Academia, 2000, roč. 52, č. 4, s. 118-121. ISSN 0011-2321.

HÁJKOVÁ, Zuzana a Hana VOCHOZKOVÁ. Pravidla AACR. Údaje o standardním čísle a dostupnosti. Čtenář : měsíčník pro knihovny. Praha: Academia, 2000, roč. 52, č. 11, s. 325-326. ISSN 0011-2321.

HÁJKOVÁ, Zuzana a Hana VOCHOZKOVÁ. Pravidla AACR. Údaje o vydání. Čtenář : měsíčník pro knihovny. Praha: Academia, 2000, roč. 52, č. 5, s. 153-154. ISSN 0011-2321.

HÁJKOVÁ, Zuzana a Hana VOCHOZKOVÁ. Pravidla AACR. Úvod. Čtenář : měsíčník pro knihovny. Praha: Academia, 2000, roč. 52, č. 2, s. 53-55. ISSN 0011-2321.

MATYSKA, Luděk a Miroslav RUDA. Security Infrastructure ot the MetaCenter. In ISThmus 2000 - Research and Development for the Information Society. Poznan: Politechnika Poznanska, 2000, s. 419-844. ISBN 83-913639-0-2.

BARTOŠEK, Miroslav. ATpar : heterogenní virtuální www-katalog Aleph-Tinlib. Knihovní obzor. Olomouc: Státní vědecká knihovna Olomouc, 1999, roč. 7, č. 3, s. 8-18. ISSN 1210-5791.

BARTOŠEK, Miroslav. ATpar : heterogenní virtuální www-katalog Aleph-Tinlib. In CASLIN'99 : Union Catalogues: their organization and services. Praha: Národní knihovna ČR, 1999, s. 21-27. ISBN 80-7050-340-8.

BARTOŠEK, Miroslav. JSTOR - šance i pro humanitní výzkum na MU? Zpravodaj ÚVT MU. Brno: Masarykova Univerzita, 1999, roč. 9, č. 5, s. 4-8. ISSN 1212-0901.

NOVÁKOVÁ, Hana. Navštívili jsme na webu: Citování dokumentů. Zpravodaj ÚVT MU : bulletin pro zájemce o výpočetní techniku na Masarykově univerzitě. Brno: Masarykova univerzita, 1999, roč. 9, č. 3, s. 18-20. ISSN 1212-0901.

SOFSEM '99 : Theory and Practice of Informatics : 26th Conference on Current Trends in Theory and Practice of Informatics : Milovy, Czech Republic, November/December 1999 : Proceedings. Edited by Jan Pavelka - Gerard Tel - Miroslav Bartošek. Berlin: Springer, 1999, 498 s. Lecture Notes in Computer Science; 1725. ISBN 3-540-66694-X.

BARTOŠEK, Miroslav. Vyhledávání v Internetu a DUBLIN CORE. Zpravodaj ÚVT MU. Brno: Masarykova Univerzita, 1999, roč. 9, č. 4, s. 1-4. ISSN 1212-0901.

NOVÁKOVÁ, Hana. AltaVista - translation service. Zpravodaj ÚVT MU : bulletin pro zájemce o výpočetní techniku na Masarykově univerzitě. Brno: Masarykova univerzita, 1998, roč. 8, č. 4, s. 14-15. ISSN 1212-0901.

BARTOŠEK, Miroslav. Automatizace knihoven MU - ohlédnutí po pěti letech. Duha. Brno: Moravská zemská knihovna, 1998, roč. 1998, č. 2, s. 2-7. ISSN 0862-1985.

HOLUB, Petr a Pavel KUBÁČEK. Schizoaromatický Hexaflurocyklotrifosfazen. In Pokroky v anorganické chemii. 1998.

NOVÁKOVÁ, Hana. Systém JASON. Zpravodaj ÚVT MU : bulletin pro zájemce o výpočetní techniku na Masarykově univerzitě. Brno: Masarykova univerzita, 1998, roč. 9, č. 2, s. 13-14. ISSN 1212-0901.

Integrovaná virtuální knihovna Státní technické knihovny v Praze (INV[I]K STK). Zpravodaj ÚVT MU : bulletin pro zájemce o výpočetní techniku na Masarykově univerzitě. Brno: Masarykova univerzita, 1997, roč. 8, č. 2, s. 1-3. ISSN 1212-0901.

MATYSKA, Luděk a Miroslav RUDA. Meta Computing - New Direction in High Performance Computing. In ITAB´97. Praha: IEEE EMB, 1997, s. 106. ISBN 0-7803-4318-2.

BARTOŠEK, Miroslav. Novinky v oblasti kooperace knihoven v rámci projektu MOLIN : Download záznamů & Virtuální souborný katalog. Knihovní obzor. Olomouc: Státní vědecká knihovna Olomouc, 1997, roč. 5, č. 4, s. 4-11. ISSN 1210-5791.

BARTOŠEK, Miroslav a Hana NOVÁKOVÁ. "Souborný" katalog Masarykovy univerzity v Brně. Duha : informace o knihách a knihovnách z Moravy. Brno: Moravská zemská knihovna, 1997, roč. 11, č. 2, s. 8-11. ISSN 0862-1985.

BARTOŠEK, Miroslav. Souborný katalog Masarykovy univerzity v Brně. Duha. Brno: Moravská zemská knihovna, 1997, roč. 1997, č. 2, s. 8-11. ISSN 0862-1985.

BARTOŠEK, Miroslav. CD-ROM server Masarykovy univerzity. Zpravodaj ÚVT MU. Brno: Masarykova Univerzita, 1996, roč. 7, č. 2, s. 3-5. ISSN 1212-0901.

BARTOŠEK, Miroslav. Knihovny MU v Internetu. Zpravodaj ÚVT MU : bulletin pro zájemce o výpočetní techniku na Masarykově univerzitě. Brno: Masarykova univerzita, 1995, V, č. 4, s. 8-10, 2 s. ISSN 1212-0901.

BRATKOVÁ, Eva a Hana NOVÁKOVÁ. Korporace (a konference) : instrukce k tvorbě a zápisu údajů v záznamech jmenných autorit : doplněk k manuálu Katalog systému TINLIB. Praha: Univerzita Karlova, Ústav výpočetní techniky, 1994, 60 s.

BARTOŠEK, Miroslav a Eva BRATKOVÁ. Některé zkušenosti se systémem TINLIB v prostředí českých vysokých škol. In sborník Celostátní porady knihovníků vysokých škol. Praha, 1994, s. 19-44, 25 s.

BARTOŠEK, Miroslav a Jana KOHOUTKOVÁ. Automatizace knihoven MU. Zpravodaj ÚVT MU : bulletin pro zájemce o výpočetní techniku na Masarykově univerzitě. Brno: Masarykova univerzita, 1992, III, 1-3, 9 s. ISSN 1212-0901.

BARTOŠEK, Miroslav, Jana KOHOUTKOVÁ a Karel PALA. Automatizace knihoven na MU v Brně. Duha : informace o knihách a knihovnách z Moravy. Brno: Moravská zemská knihovna, 1992, roč. 3, s. 3-6. ISSN 0862-1985.

BARTOŠEK, Miroslav a Aleš ZLÁMAL. Co byste měli vědět, než začnete pracovat s osobním počítačem. Vyd. 1. Brno: Masarykova univerzita, 1992, 53 s. ISBN 80-210-0441-.

BARTOŠEK, Miroslav. Miniprůvodce systémem FoxBASE/dBASE. Brno: MU Brno, Ekonomicko-správní fakulta, 1992, 77 s. ISBN 80-210-0433-9.

BARTOŠEK, Miroslav. Synthesis of Synchronizers. Scripta Facultatis Scientiarum Naturalium Universitatis Purkynianae Brunensis - Mathematica. Brno: Přírodovědecká fakulta Univerzity J.E. Purkyně, 1990, roč. 20, č. 4, s. 155-168.

BARTOŠEK, Miroslav. Základy systémového programování. Operační systém RSX-11M. Brno: Univerzita J.E.Purkyně, 1989, 200 s. ISBN 80-210-024-4.

FRANEK, Jiří a Jiří ZLATUŠKA. Kancelářský datový systém SIRAEL. Mechanizace a automatizace administrativy. 1988, roč. 1, s. 4.

FRANEK, Jiří. Sirael - An Office Data System For Non-programmers. In Proc. Summer School "Programming 88". Varna, Bulgaria, 1988.

FRANEK, Jiří a Jiří ZLATUŠKA. SIRAEL - disketový systém pro práci s daty. Informačné systémy. Bratislava: Alfa, 1986, roč. 2, s. 171-190.

FRANEK, Jiří a Jiří ZLATUŠKA. SIRAEL - disketový systém pro práci s daty. In Proc. SOFSEM 84. 1984, s. 311-314.