Publication Records

TRNKA, Tomáš, Robert RÜGER, Ivo DURNÍK and Matti HELLSTRÖM. Efficient pipe interface between the Amsterdam Modeling Suite and external software. 2023.

PETERKOVÁ, Kateřina, Ivo DURNÍK, Radek MAREK, Janez PLAVEC and Peter PODBEVŠEK. Pyrene-Lablled G-Quadruplexes Derived from the KIT Proto-Oncogene. In 35th Central European NMR Meeting, VALTICE, 2022. 2022.

KŘENKOVÁ, Markéta, Vladimír MÍČ and Pavel ZEZULA. Similarity Search with the Distance Density Model. In Tomáš Skopal, Fabrizio Falchi, Jakub Lokoč, Maria Luisa Sapino, Ilaria Bartolini, Marco Patella. Similarity Search and Applications: 15th International Conference, SISAP 2022, Bologna, Italy, October 5 - October 7, 2020, Proceedings. Cham: Springer, 2022, p. 118-132. ISBN 978-3-031-17848-1. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-17849-8_10.

PETERKOVÁ, Kateřina, Ivo DURNÍK, Radek MAREK, Janez PLAVEC and Peter PODBEVŠEK. Structural analysis of pyrene-labelled G-quadruplexes derived from the KIT proto-oncogene. In XIIth International conference, NMR: a tool for biology, Institut Pasteur. 2022.

KNÍŽEK, Jiří, Ladislav BERÁNEK, Pavel BOUCHAL, Bořivoj VOJTĚŠEK, Rudolf NENUTIL, Martin KUBA, Lubomír PAVLIŠKA and Václav PROCHÁZKA. Computation of Kovanic's Expectedness Distributions with the Help of Parallel Computing - Basic Version (with Special References of Health and Environment). INTERNATIONAL JOURNAL OF ECOLOGICAL ECONOMICS & STATISTICS. UTTARAKHAND: CENTRE ENVIRONMENT SOCIAL & ECONOMIC RESEARCH PUBL-CESER, 2017, vol. 38, No 1, p. 96-119. ISSN 0973-1385.

KOZEL, Jiří, Andrea KÝNOVÁ, Petr KOVÁCS, Pavel BOHUMEL and Jan SIKORA. Mapová knihovna munimap (Munimap mapping library). 2016.

DOLEŽEL, Zdeněk, Hae Il CHEONG, Adéla HOLESZOVÁ, Zdeňka RÁČILOVÁ, Denisa PAVLOVSKÁ, Dana DOSTÁLKOVÁ and Jiří ŠTARHA. Bartterův syndrom - klinicko-genetická analýza (Bartter syndrome - clinical genetic analysis). Pediatrie pro praxi. Olomouc: Solen, 2015, vol. 16, No 3, p. 179-182. ISSN 1213-0494.

MALČÍKOVÁ, Jitka, Kateřina STAŇO KOZUBÍK, Boris TICHÝ, Barbara KANTOROVÁ, Šárka PAVLOVÁ, Nikola TOM, Lenka RADOVÁ, Jana ŠMARDOVÁ, Filip PARDY, Michael DOUBEK, Yvona BRYCHTOVÁ, Marek MRÁZ, Karla PLEVOVÁ, Eva DIVÍŠKOVÁ, Alexandra OLTOVÁ, Jiří MAYER, Šárka POSPÍŠILOVÁ and Martin TRBUŠEK. Detailed analysis of therapy-driven clonal evolution of TP53 mutations in chronic lymphocytic leukemia. Leukemia. London: NATURE PUBLISHING GROUP, 2015, vol. 29, No 4, p. 877-885. ISSN 0887-6924. Available from: https://dx.doi.org/10.1038/leu.2014.297.

JAŠKOVÁ, Zuzana, Jitka MALČÍKOVÁ, Jana ŠMARDOVÁ, Yvona BRYCHTOVÁ, Jiří MAYER and Martin TRBUŠEK. Elimination of mutated p53 protein and induction of p53 downstream genes in chronic lymphocytic leukemia cells using prima-1met. In 20th Congress of the European Hematology Association in Haematologica. 2015.

JABANDŽIEV, Petr, Jan PAPEŽ, Milan BAJER, Kateřina BAJEROVÁ and Denisa PAVLOVSKÁ. Fokální autoimunitní pankreatitida jako příčina obstrukčního ikteru u 15letého chlapce (Focal autoimmune pancreatitis as a cause of obstructive jaundice in a 15-year-old boy). In Pracovní dny dětské gastroenterologie, hepatologie a výživy. 2015.

KOZEL, Jiří, Pavel BOHUMEL, Petr KOVÁCS and Andrea KÝNOVÁ. GIS of Traditional Folk Culture. Geomatics Workbooks. Politecnico di Milano, 2015, vol. 12, July 2015, p. 113-120. ISSN 1591-092X.

JABANDŽIEV, Petr, Milan BAJER, Kateřina BAJEROVÁ, David STARÝ, Denisa PAVLOVSKÁ and Zdeněk PAVLOVSKÝ. Ileo-transversoanastomóza, která neměla být provedena?! (lleo-transversoanastomosis which should not be done?!). In IV. sympozium dětských IBD kazuistik. 2015. ISBN 978-80-905337-9-0.

MALACH, Roman, Daniel DRÁPALA, Roman DOUŠEK, Alena KŘÍŽOVÁ, Martina PAVLICOVÁ, Miroslav VÁLKA, Jitka SPURNÁ, Andrea KÝNOVÁ, Petr KOVÁCS, Pavel BOHUMEL, Jiří KOZEL, Jana MALECKÁ, Marie NOVOTNÁ, Terézia GABRHELOVÁ, Anna HORÁKOVÁ, Daniela KOSTRHOUNOVÁ, Veronika KUTHANOVÁ, Barbora MACHOVÁ, Eva ŠIPÖCZOVÁ and Barbora VALEŠOVÁ. Mapa bibliografických informací tradiční lidové kultury (Map of bibliographic information of traditional folk culture). 2015.

DOUBEK, Michael, Yvona BRYCHTOVÁ, Anna PANOVSKÁ, Ludmila ŠEBEJOVÁ, Olga STEHLÍKOVÁ, Jana CHOVANCOVÁ, Jitka MALČÍKOVÁ, Jana ŠMARDOVÁ, Karla PLEVOVÁ, Pavlína VOLFOVÁ, Martin TRBUŠEK, Marek MRÁZ, Denisa BAKEŠOVÁ, Jakub TRIZULJAK, Markéta HADRABOVÁ, Petra OBRTLÍKOVÁ, Josef KARBAN, Lukáš SMOLEJ, Alexandra OLTOVÁ, Eva JELÍNKOVÁ, Šárka POSPÍŠILOVÁ and Jiří MAYER. Ofatumumab added to dexamethasone in patients with relapsed or refractory chronic lymphocytic leukemia: Results from a phase II study. American Journal of Hematology. Hoboken: Wiley-Blackwell, 2015, vol. 90, No 5, p. 417-421. ISSN 0361-8609. Available from: https://dx.doi.org/10.1002/ajh.23964.

FILIPOVIČ, Jiří, Matúš MADZIN, Jan FOUSEK and Luděk MATYSKA. Optimizing CUDA code by kernel fusion: application on BLAS. The Journal of Supercomputing. Springer US, 2015, vol. 71, No 10, p. 3934-3957. ISSN 0920-8542. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/s11227-015-1483-z.

KANTOROVÁ, Barbara, Jitka MALČÍKOVÁ, Veronika NAVRKALOVÁ, Barbara VONKOVÁ, E. VÁVROVÁ, Hana SKUHROVÁ FRANCOVÁ, Eva DIVÍŠKOVÁ, Jana ŠMARDOVÁ, Karla PLEVOVÁ, Martin TRBUŠEK, Alexandra OLTOVÁ, Yvona BRYCHTOVÁ, Michael DOUBEK, Jiří MAYER and Šárka POSPÍŠILOVÁ. Prognostický význam hot spot mutace genu NOTCH1 u pacientů s chronickou lymfocytární leukemií a souvislosti s molekulárně biologickými markery onemocnění. In XXXIX. brněnské onkologické dny in Klinická onkologie. 2015.

KANTOROVÁ, Barbara, Jitka MALČÍKOVÁ, Veronika NAVRKALOVÁ, Karla PLEVOVÁ, Marek BORSKÝ, Jana ŠMARDOVÁ, Eva DIVÍŠKOVÁ, Martin TRBUŠEK, Alexandra OLTOVÁ, Yvona BRYCHTOVÁ, Michael DOUBEK, Jiří MAYER and Šárka POSPÍŠILOVÁ. Prognostický význam NOTCH1 murací u chronické lymfocytární leukemie. In Kaprasův den, Praha. 2015.

PARÁK, Boris, David WALLOM, Slávek LICEHAMMER and Zdeněk ŠUSTR. Public-Private Cloud Federation Challenges. Online. 8th edition. Limassol: IEEE/ACM, 2015, p. 512 - 515. Available from: https://dx.doi.org/10.1109/UCC.2015.91.

KANTOROVÁ, Barbara, Jitka MALČÍKOVÁ, Kamila BRÁZDILOVÁ, Marek BORSKÝ, Karla PLEVOVÁ, Jana ŠMARDOVÁ, Martin TRBUŠEK, Yvona BRYCHTOVÁ, Michael DOUBEK, Jiří MAYER and Šárka POSPÍŠILOVÁ. Single cell analysis proves the coexistence of NOTCH1 and TP53 mutations within the same cancer cells in patients with chronic lymphocytic leukemia. In 57th ASH Annual Meeting in Blood. 2015.

KANTOROVÁ, Barbara, Jitka MALČÍKOVÁ, Jana ŠMARDOVÁ, Šárka PAVLOVÁ, Martin TRBUŠEK, Nikola TOM, Karla PLEVOVÁ, Boris TICHÝ, Sim TRUONG, Eva DIVISKOVA, Jana KOTAŠKOVÁ, Alexandra OLTOVÁ, Nancy PATTEN, Yvona BRYCHTOVÁ, Michael DOUBEK, Jiří MAYER and Šárka POSPÍŠILOVÁ. TP53 mutation analysis in chronic lymphocytic leukemia: comparison of different detection methods. Tumor Biology. Dordrecht: Springer, 2015, vol. 36, No 5, p. 3371-3380. ISSN 1010-4283. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/s13277-014-2971-0.

KOUŘIL, Daniel, Marcel POUL and Michal PROCHÁZKA. Using PKI to Provide Credential Delegation in non Web-based Federations. In Proceedings of the International Conference on Information Science and Applications, Lecture Notes in Electrical Engineering. Pattaya, Thailand: Springer Berlin Heidelberg, 2015, p. 525-532. ISBN 978-3-662-46577-6. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-662-46578-3_62.

PROCHÁZKA, Michal. Závěrečná zpráva STORK e-Academia pilot (STORK e-Academia pilot final report). Brno: Masarykova univerzita, 2015, 29 pp.

PAVLOVÁ, Šárka, Jitka MALČÍKOVÁ, Jitka KABÁTHOVÁ, Jana ŠMARDOVÁ, K. ADAMCOVÁ, Blanka KUBEŠOVÁ and Šárka POSPÍŠILOVÁ. Blood sample processing significantly affects occurence of alternatively spliced transcripts of TP53 gene. In 16th International p53 workshop, Švédsko. 2014.

ŠMARDOVÁ, Jana and Jana KOPTÍKOVÁ. Brazilský příběh mutace p53 R337H (Brazilian Story of the R337H p53 Mutation). Klinická onkologie. Praha: Česká lékařská společnost J. E. Purkyně, 2014, vol. 27, No 4, p. 247-254. ISSN 0862-495X.

ŠMARDOVÁ, Jana, Květoslava LIŠKOVÁ, Jitka HAUSNEROVÁ, Miluše SVITÁKOVÁ, Barbora RAVČUKOVÁ, Jitka MALČÍKOVÁ, Kateřina STANO-KOZUBEK, Lenka PITROVÁ and Jan ŠMARDA. Complex Analysis of TP53 in Lung Carcinoma. 2014.

SCHWARZ, Daniel, Ladislav DUŠEK, Martin BAREŠ, Julie BIENERTOVÁ VAŠKŮ, Jitka FEBEROVÁ, Jiří KOFRÁNEK, Martin KOMENDA, Barbora LUDÍKOVÁ, Jiří MAYER, Jaroslav MAJERNÍK, Radim POLČÁK, Jarmila POTOMKOVÁ, Michal PROCHÁZKA, Adrian RAUDASCHL, Petr ŠTOURAČ, Jaroslav ŠTĚRBA, Stanislav ŠTÍPEK, Čestmír ŠTUKA, Ilja TACHECÍ and Martin VEJRAŽKA. Computer applications systems and networks for medical education : MEFANET: Czech and Slovak Medical Faculties Network. 1st ed. Brno: Masaryk University, Institute of Biostatistics and Analyses : Facta Medica, 2014, 230 pp. ISBN 978-80-904731-9-5. Available from: https://dx.doi.org/10.13140/2.1.1383.0723.

PAZÚRIKOVÁ, Jana and Luděk MATYSKA. Convergence of Parareal Algorithm Applied on Molecular Dynamics Simulations. In Petr Hliněný, Zdeněk Dvořák, Jiří Jaroš, Jan Kofroň, Jan Kořenek, Petr Matula, Karel Pala. MEMICS 2014. Brno: NOVPRESS, 2014, p. 101-111. ISBN 978-80-214-5022-6.

URÍK, Milan, Ivo ŠLAPÁK, Denisa PAVLOVSKÁ and Eva PRÍVAROVÁ. Exostosis of the optic canal in a child - a rare diagnosis in a paediatric ear, nose and throat setting: a case report. Journal of Medical Case Reports. London: BioMed Central, 2014, vol. 8, No 454, p. 1-5. ISSN 1752-1947. Available from: https://dx.doi.org/10.1186/1752-1947-8-454.

KILIANOVÁ, Anna, Monika ŠPINAROVÁ, Lenka ŠPINAROVÁ, I. GROCHOVÁ, Věra FEITOVÁ and Jan KREJČÍ. Genotypově-fenotypové korelace a stratifikace rizika náhlé srdeční smrti u familiární hypertrofické kardiomyopatie - kazuistika (Genotype-phenotype correlation and risk stratification for sudden cardiac death in familial hypertrophic cardiomyopathy - a case study). Kardiologická revue - Interní medicína. Praha: Ambit Media, 2014, vol. 16, No 6, p. 501-504. ISSN 2336-288X.

PROCHÁZKA, Michal, Slávek LICEHAMMER and Luděk MATYSKA. Perun – Modern Approach for User and Service Management. Mauritius: IIMC International Information Management Corporation Ltd, 2014, 11 pp. ISBN 978-1-905824-44-1.

KANTOROVÁ, Barbara, Jitka MALČÍKOVÁ, Veronika NAVRKALOVÁ, Jana ŠMARDOVÁ, Kamila BRÁZDILOVÁ, Karla PLEVOVÁ, Eva DIVÍŠKOVÁ, Marek BORSKÝ, Šárka PAVLOVÁ, Nikola TOM, Karol PÁL, Martin TRBUŠEK, Alexandra OLTOVÁ, Yvona BRYCHTOVÁ, Michael DOUBEK, Jiří MAYER and Šárka POSPÍŠILOVÁ. Prognostic impact of NOTCH1 hotspot mutation in TP53-mutated patients with chronic lymphocytic leukemia. In 56th ASH Annual Meeting and Exposition, USA. 2014.

TRTÍK, Marek and Jan STREJČEK. Symbolic Memory with Pointers. In Franck Cassez and Jean-Francois Raskin. Automated Technology for Verification and Analysis - 12th International Symposium, ATVA 2014. Berlin Heidelberg: Springer, 2014, p. 380-395. ISBN 978-3-319-11935-9. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-11936-6_27.

MALČÍKOVÁ, Jitka, Evangelia STALIKA, Zadie DAVIS, Karla PLEVOVÁ, Martin TRBUŠEK, Larry MANSOURI, Lydia SCARFO, Panagiotis BALIAKAS, Anne GARDINER, LA SUTTON, Hana Skuhrová FRANCOVA, Andreas AGATHANGELIDIS, Achilles ANAGNOSTOPOULOS, Ian TRACY, Antonis MAKRIS, Jana ŠMARDOVÁ, Paolo GHIA, Chrysoula BELESSI, David GONZALEZ, Richard ROSENQUIST, David OSCIER, Šárka POSPÍŠILOVÁ and Kostas STAMATOPOULOS. The frequency of TP53 gene defects differs between chronic lymphocytic leukaemia subgroups harbouring distinct antigen receptors. British Journal of Haematology. Hoboken (USA): Wiley-Blackwell, 2014, vol. 166, No 4, p. 621-625. ISSN 0007-1048. Available from: https://dx.doi.org/10.1111/bjh.12893.

ČELEDA, Pavel, Iva KREJČÍ and Jan VYKOPAL. 8th International Conference on Autonomous Infrastructure, Management and Security (AIMS 2014). 2014.

SLABÝ, Jiří, Jan STREJČEK and Marek TRTÍK. ClabureDB: Classified Bug-Reports Database Tool for Developers of Program Analysis Tools. In Roberto Giacobazzi, Josh Berdine, Isabella Mastroeni. Verification, Model Checking, and Abstract Interpretation: 14th International Conference, VMCAI 2013. Berlin, Heidelberg: Springer, 2013, p. 268-274. ISBN 978-3-642-35872-2. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-35873-9_17.

PAZÚRIKOVÁ, Jana and Luděk MATYSKA. Electrostatics' calculation parallel in time. In CECAM workshop on Fast Methods for Long Range Interactions in Complex Particle Systems. 2013.

HOLUB, Petr, Martin ŠROM, Martin PULEC, Jiří MATELA and Martin JIRMAN. GPU-accelerated DXT and JPEG compression schemes for low-latency network transmissions of HD, 2K, and 4K video. Future Generation Computer Systems. Amsterdam, The Netherlands: Elsevier Science, 2013, vol. 29, No 8, p. 1991-2006. ISSN 0167-739X. Available from: https://dx.doi.org/10.1016/j.future.2013.06.006.

PAZÚRIKOVÁ, Jana and Luděk MATYSKA. Parallel methods for calculation of long-range electrostatic interactions. arXiv, 2013, 18 pp.

SEBESTIÁNOVÁ, Zora, Michal PROCHÁZKA, Slávek LICEHAMMER, Michal ŠŤAVA and Pavel ZLÁMAL. Perun - user and resources management system. 2013.

MATELA, Jiří, Martin JIRMAN and Petr HOLUB. Real-time JPEG2000 for Digital Cinema and Large-Scale Image Archiving. San Jose, CA, USA: NVIDIA Corporation, 2013. GPU Technology Conference.

SLABÝ, Jiří, Jan STREJČEK and Marek TRTÍK. Symbiotic: Synergy of Instrumentation, Slicing, and Symbolic Execution - (Competition Contribution). In Nir Piterman, Scott A. Smolka. Tools and Algorithms for the Construction and Analysis of Systems - 19th International Conference, TACAS 2013. Berlin, Heidelberg: Springer, 2013, p. 630-632. ISBN 978-3-642-36741-0. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-36742-7_50.

SOCHOR, Jan, Petr HOLUB and Ondřej VOJTÍŠEK. THALAMOSS Data Management Platform. 2013.

HOLUB, Petr, Martin PULEC, Jiří MATELA, Martin JIRMAN, Joe MAMBRETTI, Jim CHEN, Fei YEH and Luc RENAMBOT. CZ02: Remote Collaboration Over 8K Visualization Using UltraGrid and SAGE. Chicago, USA, 2012. GLIF Technical Working Group Meeting #18.

MATELA, Jiří, Felix NEVŘELA, Martin PULEC, Martin JIRMAN and Petr HOLUB. GPU-Accelerated JPEG2000 for Secure Remote Screening. La Jolla, CA, USA: CineGrid, 2012. CineGrid International Workshop.

MATELA, Jiří, Petr HOLUB, Martin JIRMAN and Martin ŠROM. GPU-specific reformulations of image compression algorithms. Online. In Tescher, AG. Proceedings of Applications of Digital Image Processing XXXV. 8499th ed. BELLINGHAM, WA 98227-0010 USA: SPIE-INT SOC OPTICAL ENGINEERING, 2012, p. nestránkováno, 8 pp. ISBN 978-0-8194-9216-6. Available from: https://dx.doi.org/10.1117/12.929971.

MATELA, Jiří, Martin ŠROM and Petr HOLUB. Low GPU Occupancy Approach to Fast Arithmetic Coding in JPEG2000. In Lecture Notes in Computer Science 7119. Heidelberg: Springer Berlin / Heidelberg, 2012, p. 136-145. ISBN 978-3-642-25928-9. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-25929-6_13.

CHRASTINA, Jan, Zdeněk NOVÁK, Pavel CEJPEK, Věra FEITOVÁ, Markéta HERMANOVÁ, Michal REIF, Ivo ŘÍHA and Jiří VANÍČEK. Přínos stereotaktické biopsie pro diagnostiku expanzí zadní jámy lební (The benefits of stereotactic biopsy for the diagnostic workup in posterior fossa lesions). Onkologie. Olomouc: Solen s.r.o., 2012, vol. 6, No 4, p. 223-226. ISSN 1802-4475.

HOLUB, Petr, Jiří MATELA, Martin PULEC and Martin ŠROM. UltraGrid: Low-Latency High-Quality Video Transmissions on Commodity Hardware. In Proceedings of the 20th ACM international conference on Multimedia. New York, NY, USA: ACM, 2012, p. 1457-1460. ISBN 978-1-4503-1089-5. Available from: https://dx.doi.org/10.1145/2393347.2396519.

HOLUB, Petr, Martin PULEC, Jiří MATELA, Martin ŠROM and Martin JIRMAN. UltraGrid 1.1. 2012.

NOVÁK, Zdeněk, Jan CHRASTINA, Ivo ŘÍHA, Věra FEITOVÁ and Jan HEMZA. 2012 ArgoSpine Best Poster Award: Minimally invasive treatment of Chiari malformation complex. ArgoSpine News and Journal. Heidelberg: Springer-Verlag, 2012, vol. 24, 1-2, p. 39-40. ISSN 1957-7729. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/s12240-012-0036-z.

PITNER, Tomáš and Jan KONEČNÝ. Business Driven R&D at MU: Case Study of Lasaris and Department of System Services. Sborník příspěvků, 7. letní škola aplikované informatiky, ISBN 978-80-85763-59-1. Brno: nakladatelství Litera, 2010, vol. 2010, No 7, p. 87-93.

SAPÁK, Oldřich. Detection of Parallelism in Computer Programs. Scripta Facultatis Scientiarum Naturalium Universitatis Purkynianae Brunensis - Mathematica. Brno: Přírodovědecká fakulta Univerzity J.E. Purkyně, 1979, vol. 9, No 1, p. 45-52.

BENEŠOVSKÝ, Miroslav, Jiří HOŘEJŠ and Oldřich SAPÁK. Počítače a zločin: aneb k otázkám ochrany počítačů, programu a dat. In Proc. SOFSEM 79. 1979, p. 13-42.

SAPÁK, Oldřich. Representation of the Finite Directed Acyclic Graph. Archivum Mathematicum. Brno: Masarykova Universita, 1977, XIII, No 2, p. 111-116. ISSN 0044-8753.