Publication Records

HANOUSEK, Tomáš, Terézia SLANINÁKOVÁ, Tomáš REBOK and Růžena JANOUTOVÁ. A dataset of hyperspectral Look-Up Tables for 3.5 million traits and structural combinations of Central European temperate broadleaf forests. 2024. Available from: https://dx.doi.org/10.48700/datst.bcnpf-47q73.

SLANINÁKOVÁ, Terézia, David PROCHÁZKA, Jakub ČILLÍK, Lucie NOVOTNÁ and Adrián ROŠINEC. AlphaFind. 2024. Available from: https://dx.doi.org/10.5281/zenodo.11085862.

SLANINÁKOVÁ, Terézia, David PROCHÁZKA, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL and Matej ANTOL. AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. In Elixir All-Hands 2024. 2024. Available from: https://dx.doi.org/10.7490/f1000research.1119872.1.

GREŠOVÁ, Katarína, Pavlína ŠPRINGEROVÁ, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL and Matej ANTOL. AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. In ECCB2024. 2024.

PROCHÁZKA, David, Terézia SLANINÁKOVÁ, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL and Matej ANTOL. AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome. bioRxiv, 2024.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Katarína GREŠOVÁ, Jaroslav OĽHA, Vlastislav DOHNAL, Adrián ROŠINEC and Matej ANTOL. AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome – data and model. 2024. Available from: https://dx.doi.org/10.48700/datst.d35zf-1ja47.

PROCHÁZKA, David, Terézia SLANINÁKOVÁ, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL and Matej ANTOL. AlphaFind: discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2024, vol. 52, July 5, p. W182-W186, 5 pp. ISSN 0305-1048. Available from: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkae397.

BERANEK, Jan, Aleš KŘENEK and Vojtěch SPIWOK. Analysis of metadynamics simulations by metadynminer.py. Bioinformatics. OXFORD: Oxford University Press, 2024, vol. 40, No 10, 4 pp. ISSN 1367-4803. Available from: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btae614.

ROŠINEC, Adrián, Tomáš PAVLÍK, Terézia SLANINÁKOVÁ, Aleš KŘENEK, Pavlína ŠPRINGEROVÁ, Matej ANTOL and Radka SVOBODOVÁ. Beyond Metadata: Leveraging Similarity Search in Molecular Dynamics Data. In 2nd BioExcel Conference on Advances in Biomolecular Simulations. 2024. Available from: https://dx.doi.org/10.5281/zenodo.14500696.

SLANINÁKOVÁ, Terézia, Katarína GREŠOVÁ, David PROCHÁZKA, Viktória SPIŠAKOVÁ, Adrián ROŠINEC, Jakub ČILLÍK, Pavlína ŠPRINGEROVÁ, Aleš KŘENEK, Vlastislav DOHNAL, Radka SVOBODOVÁ and Matej ANTOL. Fast, structure-based searching in a large-scale protein data repository. In ELIXIR CZ Annual Conference. 2024. Available from: https://dx.doi.org/10.13140/RG.2.2.31355.53281.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL and Matej ANTOL. GraSR: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Available from: https://dx.doi.org/10.48700/datst.br8aq-db495.

HANOUSEK, Tomáš, Terézia SLANINÁKOVÁ, Tomáš REBOK and Růžena JANOUTOVÁ. High spatial and spectral resolution dataset of hyperspectral look-up tables for 3.5 million traits and structural combinations of Central European temperate broadleaf forests. DATA IN BRIEF. NETHERLANDS: ELSEVIER, 2024, vol. 57, December 2024, 13 pp. ISSN 2352-3409. Available from: https://dx.doi.org/10.1016/j.dib.2024.111105.

SLANINÁKOVÁ, Terézia and David PROCHÁZKA. Learned Metric Index. 2024. Available from: https://dx.doi.org/10.5281/zenodo.13860051.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL and Matej ANTOL. LMI-10: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Available from: https://dx.doi.org/10.48700/datst.t45hr-bcw17.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL and Matej ANTOL. LMI-30: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Available from: https://dx.doi.org/10.48700/datst.kgb8j-r5f84.

HECHT, Helge, Wudmir Yudy ROJAS VERASTEGUI, Zargham AHMAD, Aleš KŘENEK, Jana KLÁNOVÁ and Elliott James PRICE. Quantum Chemistry-Based Prediction of Electron Ionization Mass Spectra for Environmental Chemicals. Analytical chemistry. WASHINGTON: American Chemical Society, 2024, vol. 96, No 33, p. 13652-13662. ISSN 0003-2700. Available from: https://dx.doi.org/10.1021/acs.analchem.4c02589.

GREŠOVÁ, Katarína, Tomáš RAČEK, Vlastimil MARTINEK, David ČECHÁK, Radka SVOBODOVÁ and Panagiotis ALEXIOU. RBP-Tar – a searchable database for experimental RBP binding sites. F1000Research. 2024. Available from: https://dx.doi.org/10.12688/f1000research.131014.2.

PROCHÁZKA, David, Terézia SLANINÁKOVÁ, Jozef ČERŇANSKÝ, Jaroslav OĽHA, Matej ANTOL and Vlastislav DOHNAL. Scaling Learned Metric Index to 100M Datasets. In Edgar Chávez, Benjamin Kimia, Jakub Lokoč, Marco Patella, Jan Sedmidubsky. 17th International Conference on Similarity Search and Applications (SISAP 2024). Cham: Springer, 2024, p. 266-273. ISBN 978-3-031-75822-5. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-75823-2_22.

SVOBODA, Tomáš, Adrián ROŠINEC, Tomáš RAČEK, Josef HANDL, Aleš KŘENEK and Radka SVOBODOVÁ. Scientific Dataset Management System for the Research Institute Based on Onedata. In EGI Conference 2024. 2024.

HANOUSEK, Tomáš, Terézia SLANINÁKOVÁ, Růžena JANOUTOVÁ, Marian ŠVIK, Tomáš REBOK and Lucie HOMOLOVÁ. Simulated trait and spectroscopy data to support retrieval of forest biophysical parameters from spaceborne imaging spectroscopy. In 3rd WORKSHOP ON INTERNATIONAL COOPERATION IN SPACEBORNE IMAGING SPECTROSCOPY. 2024.

PEŠÁN, Jan, Vojtěch JUŘÍK, Alexandra RUŽIČKOVÁ, Vojtěch SVOBODA, Oto JANOUŠEK, Andrea NĚMCOVÁ, Hana BOJANOVSKÁ, Jasmína ALDABAGHOVÁ, Filip KYSLÍK, Kateřina VODIČKOVÁ, Adéla SODOMOVÁ, Patrik BARTYS, Peter CHUDÝ and Jan ČERNOCKÝ. Speech production under stress for machine learning: multimodal dataset of 79 cases and 8 signals. SCIENTIFIC DATA. London: SPRINGER NATURE, 2024, vol. 11, No 1221, p. 1-9. ISSN 2052-4463. Available from: https://dx.doi.org/10.1038/s41597-024-03991-w.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL and Matej ANTOL. 3D-af-Surfer: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Available from: https://dx.doi.org/10.48700/datst.tbws0-hj147.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL and Matej ANTOL. 3DZD: Protein structural embeddings of AlphaFold DB v4. 2024. Available from: https://dx.doi.org/10.48700/datst.t45hr-bcw17.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL and Matej ANTOL. 3DZD: Protein structural embeddings of ESM Atlas. 2024. Available from: https://dx.doi.org/10.48700/datst.cd6zk-k0v44.

MACÁK, Martin, Tomáš REBOK, Matúš ŠTOVČIK, Mouzhi GE, Bruno ROSSI and Barbora BÜHNOVÁ. CopAS: A Big Data Forensic Analytics System. Online. In Proceedings of the 8th International Conference on Internet of Things, Big Data and Security IoTBDS - Volume 1. Setubal, Portugal: SciTePress, 2023, p. 150-161. ISBN 978-989-758-643-9. Available from: https://dx.doi.org/10.5220/0011929000003482.

REBOK, Tomáš and Ondřej MACHALA. CoPAS: the Modular Data Analytics Tool. 2023.

SLANINÁKOVÁ, Terézia, Matej ANTOL, Jaroslav OĽHA, Vlastislav DOHNAL, Susana LADRA and Miguel A. MARTÍNEZ-PRIETO. Reproducible experiments with Learned Metric Index Framework. Information systems. Elsevier, 2023, vol. 118, No 1, p. 102255-102270. ISSN 0306-4379. Available from: https://dx.doi.org/10.1016/j.is.2023.102255.

SLANINÁKOVÁ, Terézia, David PROCHÁZKA, Matej ANTOL, Jaroslav OĽHA and Vlastislav DOHNAL. SISAP 2023 Indexing Challenge – Learned Metric Index. In Pedreira, O., Estivill-Castro, V. Similarity Search and Applications. SISAP 2023. Lecture Notes in Computer Science, vol 14289. Cham: Springer, 2023, p. 282-290. ISBN 978-3-031-46993-0. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-46994-7_24.

MESSINA, Nicola, Jan SEDMIDUBSKÝ, Falchi FABRIZIO and Tomáš REBOK. Text-to-Motion Retrieval: Towards Joint Understanding of Human Motion Data and Natural Language. Online. In 46th International Conference on Research and Development in Information Retrieval (SIGIR). New York, NY, USA: Association for Computing Machinery, 2023, p. 2420-2425. ISBN 978-1-4503-9408-6. Available from: https://dx.doi.org/10.1145/3539618.3592069.

RUMAN, Ádám and Daniel KOUŘIL. Detection of Malicious Code in SSH programs. In Sborník příspěvků z 54. konference EurOpen.CZ. 2022, p. 115-124.

ČEGAN, Jakub, Tomáš KACVINSKÝ, Zdeněk VYDRA, Martin LEBEDA, Jakub Bartolomej KOŠUTH, Petr VELAN, Milan ČERMÁK, Andrej TOMČI, Ivo NUTÁR, Martin LAŠTOVIČKA, Natálie VELECKÁ, Pavla VIZVÁRY, Vojtěch HAMERSKÝ, Daniel KOUŘIL, Ondřej BUDAY, Martin KOTLÍK, Vladimír ROHEL, Jiří SÝKORA, Michal ZVÁNOVEC, Filip GRÉGR and Petr SLAVÍK. Virtualizované prostředí pro trénink CSIRT týmu (Virtual environment for training of the CSIRT teams). 2021.

REBOK, Tomáš, Michal BATKO, Milan ČERMÁK, Martin DRAŠAR, Daniel TOVARŇÁK, Pavel ZEZULA, Martin MACÁK, Matúš GUOTH, Matej BABEJ, Dávid BRILLA and Martin KAŽIMÍR. ANALYZA – Datový sklad (ANALYZA – Dara Warehouse). 2020.

REBOK, Tomáš, Michal BATKO, Milan ČERMÁK, Martin DRAŠAR, Jarešová MIROSLAVA, Barbora KOZLÍKOVÁ, Kristína ZÁKOPČANOVÁ, Pavel ZEZULA, Katarína FURMANOVÁ, Marko ŘEHÁČEK, Jozef BÁTRNA and Daniel PLAKINGER. ANALYZA – Vizualizační komponenta – Visilant (ANALYZA – Visualization Component – Visilant). 2020.

REBOK, Tomáš, Michal BATKO, Milan ČERMÁK, Barbora KOZLÍKOVÁ, Vladimír MÍČ, Filip NÁLEPA, David NOVÁK, Daniel TOVARŇÁK, Pavel ZEZULA, Jakub PESCHEL, Kasanič DENIS, Denisa ŠRÁMKOVÁ, Erik HRICIŠÁK, Vladimír LAZÁRIK and Kristián GUTIČ. ANALYZA – Výpočetní a orchestrační subsystém (ANALYZA – Computation and Orchestration Subsystem). 2020.

BERAN, Michal, František HRDINA, Daniel KOUŘIL, Radek OŠLEJŠEK and Kristína ZÁKOPČANOVÁ. Exploratory Analysis of File System Metadata for Rapid Investigation of Security Incidents. Online. In 2020 IEEE Symposium on Visualization for Cyber Security (VizSec). Salt Lake City, US: IEEE, 2020, p. 11-20. ISBN 978-1-7281-8262-9. Available from: https://dx.doi.org/10.1109/VizSec51108.2020.00008.

FRIÁK, Martin, Dušan LAGO, Nikola KOUTNÁ, David HOLEC, Tomáš REBOK and Mojmír ŠOB. Multi-phase ELAStic Aggregates (MELASA) software tool for modeling anisotropic elastic properties of lamellar composites. Computer Physics Communications. Amsterdam: Elsevier, 2020, vol. 247, FEB 2020, p. 1-9. ISSN 0010-4655. Available from: https://dx.doi.org/10.1016/j.cpc.2019.106863.

VODÁK, Rostislav, Michal BÍL, Tomáš SVOBODA, Zuzana KŘIVÁNKOVÁ, Jan KUBEČEK, Tomáš REBOK and Petr HLINĚNÝ. A deterministic approach for rapid identification of the critical links in networks. PLOS ONE. United States: Public Library of Science, 2019, vol. 14, No 7, p. 1-18. ISSN 1932-6203. Available from: https://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0219658.

REBOK, Tomáš. Big Data - overview, basic concepts and practical use in research. In Alliance4Life 5th project meeting. 2019.

ČELEDA, Pavel, Jakub ČEGAN, Martin DRAŠAR, Ivo NUTÁR, Jiří RÁJA, Tomáš REBOK, Andrej TOMČI and Daniel TOVARŇÁK. Nástroje pro ověřování bezpečnosti SW/HW a simulaci útoků na prvky kritické informační infrastruktury (Tools for verification of SW/HW security and simulation of attacks on critical information infrastructure). 2019.

ČELEDA, Pavel, Jakub ČEGAN, Kamil ANDONIADIS, Michal BERAN, František HRDINA, Tomáš JIRSÍK, Daniel KOUŘIL, Michal MAZOUREK, Radek OŠLEJŠEK, Michal PROCHÁZKA, Daniel TOVARŇÁK, Petr VELAN, Martin VIZVÁRY, Vadim JANOVSKIJ and Kristína ZÁKOPČANOVÁ. Software pro detekci a analýzu napadení KII (Software for detection and analysis of attacks on critical information infrastructures). 2019.

ČELEDA, Pavel, Jakub ČEGAN, Kamil ANDONIADIS, Milan ČERMÁK, Jan DUDA, Vlastimil HOLER, Ľuboš HYŽÁK, Boris JADUŠ, Jakub KADAŠI, David LEŠKA, Martin MACHÁČ, Ivo NUTÁR, Radek OŠLEJŠEK, Dominik PILÁR, Tomáš PLESNÍK, Michal PROCHÁZKA, Tomáš REBOK, Vít RUSŇÁK, Miloslav STANĚK, Pavel ŠEDA, Valdemar ŠVÁBENSKÝ, Daniel TOVARŇÁK, Petr VELAN, Martin VIZVÁRY, Jan VYKOPAL and Tatiana ZBONČÁKOVÁ. Software pro simulaci obecných i kritických informačních infrastruktur (Software for simulation of generic and critical information infrastructures). 2019.

SEDLÁŘ, Milan, Bin JI, Tomáš KRÁTKÝ, Tomáš REBOK and Rostislav HUZLÍK. Numerical and experimental investigation of three-dimensional cavitating flow around the straight NACA2412 hydrofoil. Ocean Engineering. Elsevier Ltd., 2016, vol. 123, No 123, p. 357-382. ISSN 0029-8018. Available from: https://dx.doi.org/10.1016/j.oceaneng.2016.07.030.

TOMÁŠ, Martin, Tomáš REBOK and Christos EFSTATHIOU. Iterative Optimization of a Multi-compartmental Air Quality Modelling System. In Jan Kofroň and Tomáš Vojnar. Tenth Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science (MEMICS 2015). první. Brno: MEMICS 2015, 2015, p. 70-81. ISBN 978-80-214-5254-1.

ČEGAN, Jakub, Pavel ČELEDA, Tomáš JIRSÍK, Tomáš PLESNÍK, Michal PROCHÁZKA, Petr VELAN, Jan VYKOPAL, Martin VIZVÁRY, Radek OŠLEJŠEK, Zdenek EICHLER, Dalibor TOTH, Milan ČERMÁK, Jan SOUKAL, Tomáš REBOK, Václav RAČANSKÝ, Ivo NUTÁR and Dušan LAGO. KYPO - Kybernetický polygon (KYPO - Cybernetic Proving Ground). 2015.

PROCHÁZKA, Filip, Tomáš REBOK and Aleš FARDA. První návrh cílové infrastruktury pro provoz systému IRIS (First draft of the target infrastructure for the IRIS system operation). 2015.

NGUYEN, Filip, Tomáš REBOK, Richard LUDVIGH and Václav TUNKA. Ruby Benchmark Suite using Docker. Online. In M. Ganzha, L. Maciaszek, M. Paprzycki. Annals of Computer Science and Information Systems, Volume 5. 2015th ed. Poland: IEEE, 2015, p. 947-952. ISBN 978-83-60810-66-8. Available from: https://dx.doi.org/10.15439/2015F99.

ČEGAN, Jakub, Pavel ČELEDA, Tomáš JIRSÍK, Tomáš PLESNÍK, Michal PROCHÁZKA, Petr VELAN, Jan VYKOPAL, Martin VIZVÁRY, Milan ČERMÁK, Jan SOUKAL, Tomáš REBOK, Ivo NUTÁR and Dušan LAGO. Software pro konfiguraci a monitorování virtuálního prostředí KYPO (Software for configuration and monitoring of KYPO environment). 2015.

KOUŘIL, Daniel, Marcel POUL and Michal PROCHÁZKA. Using PKI to Provide Credential Delegation in non Web-based Federations. In Proceedings of the International Conference on Information Science and Applications, Lecture Notes in Electrical Engineering. Pattaya, Thailand: Springer Berlin Heidelberg, 2015, p. 525-532. ISBN 978-3-662-46577-6. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-662-46578-3_62.

KOUŘIL, Daniel, Tomáš REBOK, Tomáš JIRSÍK, Jakub ČEGAN, Martin DRAŠAR, Martin VIZVÁRY and Jan VYKOPAL. Cloud-based Testbed for Simulation of Cyber Attacks. In Hanan Lutfiyya and Piotr Cholda. Proceedings of the Network Operations and Management Symposium (NOMS 2014). Krakow, Poland: IEEE Xplore Digital Library, 2014, p. 1-6. ISBN 978-1-4799-0913-1. Available from: https://dx.doi.org/10.1109/NOMS.2014.6838298.

BÍL, Michal, Rostislav VODÁK, Jan KUBEČEK, Tomáš REBOK, Tomáš SVOBODA and Petr HLINĚNÝ. Vulnerability analysis methods for road networks. In European Geosciences Union General Assembly 2014 (EGU 2014). 2014.

SLOUP, Petr and Tomáš REBOK. Automatic reconstruction of Norway spruce tree models from LiDAR data. In ISPRS2013-SSG. 2013.

SLOUP, Petr, Tomáš REBOK and Jan HANUŠ. Automatic Tree Reconstruction from its Laser Scan [poster]. In Global Change and Resilience. 2013.

SLOUP, Petr, Tomáš REBOK and Jan HANUŠ. Fully-automated Occlusion-insensitive Norway Spruce Tree Reconstructions from 3D Point Cloud Data [poster]. In ISPRS2013-SSG. 2013.

SITERA, Jiří, Zdeněk ŠUSTR, Boris PARÁK and Daniel KOUŘIL. Monitoring Virtualized Infrastructure in the Context of Grid Job Execution. International Journal On Advances in Systems and Measurements. 2013, vol. 6, 3,4. ISSN 1942-261X.

PROCHÁZKA, Michal and Daniel KOUŘIL. RemSig - Bezpečné úložiště digitálních certifikátů (RemSig - Secure digital certificate storage). 2013.

REBOK, Tomáš, Petr SLOUP, Jan HANUŠ and Věroslav KAPLAN. Three-dimensional Tree Reconstructions from Terrestrial LiDAR Scans. In National Grid Infrastructure Yearbook 2011-12. 2013, p. 91-95. ISBN 978-80-904689-7-9.

KŘENEK, Aleš, Petr HOLUB, Vlastimil HOLER, Daniel KOUŘIL, Filip PROCHÁZKA, Zdeněk HEJNA, Miroslav GURIČAN and František MULLER. 3.5 Million Smartmeters in the Cloud. Online. In Simon Lin. Proceedings ISGC 2013. Trieste: PoS - Proceedings of Science, 2013, p. 180-189. ISSN 1824-8039.

PROCHÁZKA, Michal, Daniel KOUŘIL, Romain WARTEL, Christos KANELLOPOULOS and Christos TRIANTAFYLLIDIS. A Race for Security: Identifying Vulnerabilities on 50 000 Hosts Faster than Attackers. Taipei, Taiwan: Academia Sinica, 2011. ISGC 2011 & OGF 31.

HARTMAN, Sam, Jens JENSEN, Daniel KOUŘIL and Michal PROCHÁZKA. Easing Access to Grids Using Moonshot. Praha: TERENA Networking Conference, 2011.

RADOSLAV, Bodó and Daniel KOUŘIL. EGI Security challenge 5: Lehce na cvičišti . . . In Sborník příspěvků 39. konference EurOpen.CZ. 2011. ISBN 978-80-86583-22-8.

KOUŘIL, Daniel, Sam HARTMAN, Josh HOWLETT, Jens JENSEN and Michal PROCHÁZKA. Federated Access to Grids. Vilnius: EGI User Forum, 2011.

PROCHÁZKA, Michal and Daniel KOUŘIL. Jak sledovat zranitelnosti na 50 000 strojích. Data Security Management. Praha: Tate International, 2011, 1/2011, p. 14-17. ISSN 1211-8737.

ŠPÁNEK, Roman, Daniel KOUŘIL, Martin KUBA and Michal PROCHÁZKA. Reputation Based Trust Management System Supporting Collaboration in a Medical Application. In Proceedings of e-Technologies and Networks for Development (ICeND 2011), Communications in Computer and Information Science, vol. 171. Heidelberg: Springer Berlin, 2011, p. 285-297. ISBN 978-3-642-22729-5.

KMUNÍČEK, Jan, Daniel KOUŘIL, Luděk MATYSKA, Zora STŘELCOVÁ, Petr KULHÁNEK, Jaroslav KOČA and Eric YEN. Catch-All Virtual Organizations - Solution for Heterogeneous and Disperse Grid Users Communities. In Lin, S. C.; Yen, E. Managed Grids and Cloud Systems in the Asia-Pacific Research Community. New York: Springer, 2010, p. 299-309. ISBN 978-1-4419-6468-7. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-1-4419-6469-4_22.

KOUŘIL, Daniel. Grid Security Developments. Hamburg: TERENA TF-CSIRT, 2010.

DRAŠAR, Martin, Martin JUŘEN, Daniel KOUŘIL, Pavel MINAŘÍK, Michal PROCHÁZKA and Jan VYKOPAL. Intelligent logging server. Warsaw: SECURE 2010, 2010.

ŠUSTR, Zdeněk, Jiří SITERA, František DVOŘÁK, Jiří FILIPOVIČ, Daniel KOUŘIL, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA, Miloš MULAČ, Jan POSPÍŠIL, Miroslav RUDA, Zdeněk SALVET and Michal VOCŮ. Something you may have wanted to know about L&B. Journal of Physics: Conference Series. 2010, vol. 219, No 6, 10 pp. ISSN 1742-6596.

HRBATÝ, Dušan, Jakub MAREČEK, Michal VÁVRA, Tomáš REBOK, Eva HLADKÁ, Jan DOLEČEK, Martin JANTOŠOVIČ, František KOBZÍK, Michal KOHUT, Vít RUSŇÁK, Martin SKALA, Daniel STIBOR and Jiří ŠKROBÁK. Testy softwarových VoIP klientů (Evaluation of Software VoIP clients). Brno: Laboratoř pokročilých síťových technologií FI MU, 2010.

PROCHÁZKA, Michal, Daniel KOUŘIL and Luděk MATYSKA. User Centric Authentication for Web Applications. In Proceedings of the 2010 International Symposium on Collaborative Technologies and Systems. Chicago, USA: IEEE, 2010, p. 67-74. ISBN 978-1-4244-6620-7.

REBOK, Tomáš. DiProNN: Distributed Programmable Network Node. Brno: Faculty of Informatics, Masaryk University, 2009, 200 pp. Ph.D. Thesis.

PÚDELKA, Ivan and Tomáš REBOK. Enhanced UDP Packet Reflector -- Erum. 2009.

KOUŘIL, Daniel and Michal PROCHÁZKA. Experiences with Massive PKI Deployment and Usage. In Security adn Protection of Information. 2009th ed. Brno, 2009, p. 44-52. ISBN 978807231641.

KOUŘIL, Daniel and Michal PROCHÁZKA. Fault-tolerant Access Control in Distributed Environment the MetaCentrum Authorization Infrastructure. CESNET, 2009. Technical report.

PROCHÁZKA, Michal, Daniel KOUŘIL and Tomáš KUBINA. Framework for non-Web application integration - CAT. In TERENA EuroCAMP. 2009.

PROCHÁZKA, Michal, Daniel KOUŘIL and Tomáš KUBINA. Grid-enabled Desktop. In TAGPMA Federated Identity Workshop. 2009.

KOUŘIL, Daniel and Matej PRIŠŤÁK. Kerberos Authentication in Apache. In AFS & Kerberos Best Practices Workshop. 2009.

KOUŘIL, Daniel, Michal PROCHÁZKA, Tomáš KUBINA, Jeffrey ALTMAN and Asanka HERATH. Network Identity Manager Providers. In AFS & Kerberos Best Practices Workshop. 2009.

REBOK, Tomáš, Martin BENEŠ and Milan KABÁT. Robust Audio Tool (RAT) Supporting Separate Recording and Playback Audio Devices Selection. 2009.

ANTOŠ, David, Lukáš HEJTMÁNEK, Jiří CHUDOBA, Daniel KOUŘIL, Luděk MATYSKA and Michal PROCHÁZKA. Správa dat v gridových systémech (Data Management in Grid Systems). In Proceedings of the Annual Database Conference DATAKON 2009. 1st ed. Praha: Oeconomica, Praha, 2009, p. 251-265. ISBN 978-80-245-1568-7.

KOUŘIL, Daniel and Michal PROCHÁZKA. Úskalí PKI v praxi - část I (Practical problems of PKI - part I). DSM. Praha: Tate International, s.r.o., 2009, XIII, No 1. ISSN 1211-8737.

KOUŘIL, Daniel and Michal PROCHÁZKA. Úskalí PKI v praxi - část II (Practical problems of PKI - part II). DSM. Praha: Tate International, s.r.o., 2009, XIII, No 2, p. 40-44. ISSN 1211-8737.

PROCHÁZKA, Michal, Daniel KOUŘIL, Luděk MATYSKA, Tomáš KUBINA and Lukáš SPURNÝ. A Federated Framework for Secure Collaborative Systems. In EUNIS 2008 VISION IT, Visions for IT in Higher Education. Aarhus, Denmark: University of Aarhus, 2008, 9 pp. ISBN 978-87-91234-56-9.

PROCHÁZKA, Michal and Daniel KOUŘIL. A federated framework for secure videoconference. Stockholm, Sweden: Terena EuroCamp, 2008.

KOUŘIL, Daniel. Easing access to Grids using identity federations. Dublin, Ireland: TERENA 7th NRENs and Grids Workshop, 2008.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA and Michal PROCHÁZKA. Integrovaná správa pověření pro e-learningové systémy. In SCO 2008. Brno: Masarykova univerzita, 2008, p. 117-122. ISBN 9788021046139.

ANTOŠ, David, Jiří SITERA and Daniel KOUŘIL. IPv6 in METACenter. 2008.

PROCHÁZKA, Michal and Daniel KOUŘIL. Survey of Authentication Mechanisms for Grids. In CESNET Conference 2008. Praha: CESNET, z.s.p.o., 2008, 10 pp. ISBN 978-80-904173-0-4.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA and Michal PROCHÁZKA. A Robust and Efficient Mechanism to Distribute Certificate Revocation Information Using the Grid Monitoring Architecture. In 21st International Conference on Advanced Information Networking and Applications Workshops (AINAW'07),. Niagara Falls, Canada: IEEE Computer Society, 2007, p. 614-619. ISBN 0-7695-2847-3.

KMUNÍČEK, Jan and Daniel KOUŘIL. Central European Grid Infrastructure for Generic Applications. In 2nd Austrian Grid Symposium. Innsbruck, Austria: Ossterreichische Computer Gesellschaft, 2007, p. 131-142.

KOUŘIL, Daniel, Michal PROCHÁZKA and Luděk MATYSKA. Experience with PKI in a Large-scale Distributed Environment. In EUNIS 2007 Conference. Grenoble, France, 2007, 9 pp.

KOUŘIL, Daniel, Martin KUBA, Martin OSOVSKÝ, Radim PEŠA and Michal PROCHÁZKA. Federace identit aneb spolčení totožností (Introduction to Identity Federations). Zpravodaj ÚVT MU. Brno: Masarykova univerzita, 2007, vol. 18, No 2, p. 1-7, 8 pp. ISSN 1212-0901.

PROCHÁZKA, Michal and Daniel KOUŘIL. Identity Management in the Grid Environment. Plzeň, 2007. The World of Digital Identity 2007.

ANTOŠ, David, Zdeněk SALVET, Jiří SITERA and Daniel KOUŘIL. IPv6 in METACenter. 2007.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA, Michal PROCHÁZKA and Tomáš ZÁVODNÝ. Kerberos and Grid systems. Stanford, California, USA, 2007. AFS & Kerberos Best Practices Workshop 2007.

KOUŘIL, Daniel, Ondřej KRAJÍČEK, Martin KUBA and Michal PROCHÁZKA. Message Level Security For Grid Services Using S/MIME. In Distributed and Parallel Systems (DAPSYS). Springer US, 2007, p. 123-131. ISBN 978-0-387-69857-1.

KOUŘIL, Daniel, Martin KUBA and Michal PROCHÁZKA. Nasazení federací ve velkém distribuovaném prostředí: systém pro správu interakcí léků (Federation deployment in large distributed environment: a system for medical drug interactions administration). In DATAKON 2007 - Proceedings of the Annual Database Conference. 1st ed. Brno: Masarykova Univerzita, 2007, p. 132-141. ISBN 978-80-7355-076-9.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA and Michal PROCHÁZKA. On Distribution Certificate Revocation Information in Grids. Brno, 2007. MEMICS 2007. ISBN 978-80-7355-077-6.

KOUŘIL, Daniel and Luděk ŠULÁK. Použití jednorázových hesel pro autentizaci v gridovém prostředí (Using One-Time passwords for Authentication in Grid Environment). In Širokopásmové sítě a jejich aplikace. Olomouc: Univerzita Palackého v Olomouci, 2007, p. 69-73. ISBN 978-80-244-1687-8.

KUBA, Martin, Daniel KOUŘIL and Michal PROCHÁZKA. Sealed Grid with Downloadable Services. In CoreGRID Symposium. Rennes, France: Springer, 2007, p. 83-91. ISBN 978-0-387-72497-3.

PROCHÁZKA, Michal, Luděk MATYSKA, Eva HLADKÁ, Daniel KOUŘIL and Petr HOLUB. Transparent Security for Collaborative Environments. In The 3rd International Conference on Collaborative Computing: Networking, Applications and Worksharing. White Plains, New York: ICST, 2007, 6 pp. ISBN 1-4244-1317-6.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA and Michal PROCHÁZKA. Trusted Distribution and Utilization of Virtual Machines. Austin, TX, USA: IEEE Computer Society, 2007. Grid 2007.

PROCHÁZKA, Michal and Daniel KOUŘIL. Usage of TPM under Xen. DESY, Hamburg, Germany, 2007. Virtualization users workshop.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA and Michal PROCHÁZKA. Using CRL Push Delivery for Efficient Certificate Revocation Information Distribution in Grids. CESNET, 2007. Technical report.

KOUŘIL, Daniel, Michal PROCHÁZKA and Luděk MATYSKA. Zkušenosti s nasazením PKI v distribuovaném prostředí (Deploying PKI in a Distributed Environment). In Bezpečnostní politika IS. Plzeň: Západočeská univerzita v Plzni, 2007, p. 33-39. ISBN 978-80-7043-554-0.

MATYÁŠ, Václav, Daniel KOUŘIL, Daniel CVRČEK and Václav LORENC. Autentizační hardwarový token nové generace (Authentication Hardware Token of New Generation). Editoři: Peter Vojtáš, Tomáš Skopal. In Datakon 2006. 1. vydání. Brno: Masarykova univerzita, 2006, p. 229-238. ISBN 80-210-4102-1.

KOUŘIL, Daniel. Bezpečnost v gridech: autentizace uživatelů (Security in Grids: User Authentication). Lupa.cz. Internet Info, s.r.o., 2006, vol. 2006, 16. 11., p. 1;1, 1 pp. ISSN 1213-0702.

KOUŘIL, Daniel and Jan KMUNÍČEK. Do Gridu snadno a rychle - prostředí VOCE (Joining Grid Easily and Quickly -- the VOCE Environment). Zpravodaj ÚVT MU. Brno: Masarykova univerzita, 2006, vol. 16, No 3, p. 6-9. ISSN 1212-0901.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA and Michal PROCHÁZKA. Improving Security in Grids Using the Smart Card Technology. In Proceedings of the IEEE/ACM International Conference on Grid Computing (Grid 2006). Barcelona, Spain: IEEE Computer Society, 2006, p. 303-304. ISBN 1-4244-0344-8.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA and Michal PROCHÁZKA. Kerberos and PKI Cooperation. Ann Arbor, Michigan, USA, 2006. AFS & Kerberos Best Practices Workshop 2006.

MATYSKA, Luděk and Daniel KOUŘIL. MyProxy and EGEE. Washington, USA, 2006. GridWorld 2006.

KMUNÍČEK, Jan, Daniel KOUŘIL and Luděk MATYSKA. VOCE - Central European Production Grid Service. Geneve, Switzerland: EGEE User Forum, 2006. Poster session.

CHUDOBA, Jiří, Lukáš FIALA, Jan KMUNÍČEK, Jiří KOSINA, Daniel KOUŘIL, Miloš LOKAJÍČEK, Luděk MATYSKA, Miroslav RUDA and Jan ŠVEC. VOCE---A Grid Environment for Central Europe. In Proceedings of the Cracow Grid Workshop 2005. Cracow: Academic Computer Center CYFRONET AGH, Cracow, Poland, 2006, p. 322-328. ISBN 83-915141-5-3.

KOUŘIL, Daniel and Luděk ŠULÁK. Zdokonalení autentizace použitím jednorázových hesel (Using One-Time Passwords to Improve Authentication). In Sborník příspěvků z XXIX. konference EurOpen.CZ. Plzeń: EurOpen.CZ, 2006, p. 47-55. ISBN 80-86583-11-2.

KOUŘIL, Daniel and Michal PROCHÁZKA. Zkušenosti s nasazováním HW tokenů pro uživatele METACentra (Deployment of HW Tokens among METACentre Users). In Sborník příspěvků z XXVIII. konference EurOpen.CZ. Plzeň: EurOpen.CZ, 2006, p. 35-47. ISBN 80-86583-10-4.

KOUŘIL, Daniel and Jim BASNEY. A Credential Renewal Service for Long-Running Jobs. In Proceedings of the 6th IEEE/ACM International Workshop on Grid Computing (GRID'05). Seattle, USA: IEEE Computer Society, 2005, p. 63-68. ISBN 0-7803-9493-3.

CORNWALL, Linda A., Jens JENSEN, David P. KELSEY, Ákos FROHNER, Daniel KOUŘIL, Franck BONNASSIEUX, Sophie NICOUD, Károly LORENTEY, Joni HAHKALA, Mika SILANDER, Roberto CECCHINI, Vincenzo CIASCHINI, Luca DELL'AGNELLO, Fabio SPATARO, David O'CALLAGHAN, Olle MULMO, Gian Luca VOLPATO, David GROEP, Martijn STEENBAKKERS and Andrew MCNAB. Authentication and Authorization Mechanisms for Multi-Domain Grid Environments. Journal of Grid Computing. Springer Science+Business Media B.V., 2005, Volume 2, Number 4, p. 301 - 311. ISSN 1570-7873.

KOUŘIL, Daniel. Bezpečnost v distribuovaném prostředí (Security in distributed environment). Zpravodaj ÚVT MU. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2005, roč. 15, č. 4, p. 2-6. ISSN 1212-0901.

KOUŘIL, Daniel and Luděk MATYSKA. Bezpečnostní infrastruktura METACentra (Security Infrastructure of METACentrum). In Širokopásmové sítě a jejich aplikace. Olomouc: CESNET, z.s.p.o. a UP Olomouc, 2005, p. 117-125, 8 pp. ISBN 80-244-1035-4.

KOUŘIL, Daniel. Grid 2005 - 6th IEEE/ACM International Workshop on Grid Computing. 2005.

KOUŘIL, Daniel. Správa soukromých klíčů pomocí hardwarových tokenů (Private Key Management using Hardware Tokens). Zpravodaj ÚVT MU. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2005, roč. 15, č. 5, p. 12-16. ISSN 1212-0901.

KOUŘIL, Daniel and Luděk MATYSKA. The VOCE (VO Central Europe) Environment. Budapest, 2005.

KOUŘIL, Daniel, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA, Miloš MULAČ, Jan POSPÍŠIL, Miroslav RUDA, Zdeněk SALVET, Jiří SITERA, Jiří ŠKRABAL and Michal VOCŮ. Distributed Tracking, Storage, and Re-use of Job State Information on the Grid. 2004, 4 pp.

ANDREETTO, P., Valentina BORGIA, A. DORIGO, A. GIANELLE, M. MORDACCHINI, M. SGARAVATTO, L. ZANGRANDO, S. ANDREOZZI, V. CIASCHINI, C. DI GIUSTO, F. GIACOMINI, V. MEDICI, E. RONCHIERI, V. VENTURI, G. AVELLINO, S. BECO, A. MARASCHINI, F. PACINI, A. GUARISE and G. PATANIA. Practical approaches to Grid workload and resource management in the EGEE project. 2004, 4 pp.