Publication Records

KUESS, Lukas, Ernst PAUNZEN, Nikola FALTOVÁ, Daniel JADLOVSKÝ, Matúš LABAJ, Marko MESARČ, Prapti MONDAL, Michal PRIŠEGEN, Tahereh RAMEZANI, Johana SUPÍKOVÁ, Kateřina SVAČINKOVÁ, Michaela VÍTKOVÁ, Caiyun XIA, Klaus BERNHARD and Stefan HÜMMERICH. Chemically peculiar stars on the pre-main sequence. Astronomy & Astrophysics. EDP Sciences, 2024, vol. 687, July 2024, p. 1-24. ISSN 0004-6361. Available from: https://dx.doi.org/10.1051/0004-6361/202348926.

MACÁK, Martin, Tomáš REBOK, Matúš ŠTOVČIK, Mouzhi GE, Bruno ROSSI and Barbora BÜHNOVÁ. CopAS: A Big Data Forensic Analytics System. Online. In Proceedings of the 8th International Conference on Internet of Things, Big Data and Security IoTBDS - Volume 1. Setubal, Portugal: SciTePress, 2023, p. 150-161. ISBN 978-989-758-643-9. Available from: https://dx.doi.org/10.5220/0011929000003482.

REBOK, Tomáš and Ondřej MACHALA. CoPAS: the Modular Data Analytics Tool. 2023.

TRNKA, Tomáš, Robert RÜGER, Ivo DURNÍK and Matti HELLSTRÖM. Efficient pipe interface between the Amsterdam Modeling Suite and external software. 2023.

MESSINA, Nicola, Jan SEDMIDUBSKÝ, Falchi FABRIZIO and Tomáš REBOK. Text-to-Motion Retrieval: Towards Joint Understanding of Human Motion Data and Natural Language. Online. In 46th International Conference on Research and Development in Information Retrieval (SIGIR). New York, NY, USA: Association for Computing Machinery, 2023, p. 2420-2425. ISBN 978-1-4503-9408-6. Available from: https://dx.doi.org/10.1145/3539618.3592069.

SCHINDLER, Ondřej, Tomáš RAČEK and Radka SVOBODOVÁ. Alphacharges - a web service for calculating QM-like partial atomic charges for AlphaFold proteins. In XXI. setkání biochemiků a molekulárních biologů. 2022.

PITNER, Tomáš, Otto DOSTÁL, Michal JAVORNÍK, Pavel ANDRES, Aleš ROČEK, Karel SLAVÍČEK, Tomáš KUBALA and Otto DOSTÁL. Analýza systému pro podporu efektivní spolupráce distribuovaných zdravotnických týmů (Analysis of a system to support effective collaboration of distributed healthcare teams). Brno: MU, 2022, 76 pp.

MIHÁLIKOVÁ, Ivana, Martin FRIÁK, Matej PIVOLUSKA, Martin PLESCH, Martin SAIP and Mojmír ŠOB. Best-Practice Aspects of Quantum-Computer Calculations: A Case Study of the Hydrogen Molecule. MOLECULES. SWITZERLAND: MDPI, 2022, vol. 27, No 3, p. 1-15. ISSN 1420-3049. Available from: https://dx.doi.org/10.3390/molecules27030597.

SPIWOK, Vojtěch, Martin KUREČKA and Aleš KŘENEK. Collective Variable for Metadynamics Derived From AlphaFold Output. FRONTIERS IN MOLECULAR BIOSCIENCES. SWITZERLAND: FRONTIERS MEDIA SA, 2022, vol. 2022, No 9, p. 1-10. ISSN 2296-889X. Available from: https://dx.doi.org/10.3389/fmolb.2022.878133.

KYSELAK, Martin, Karel SLAVÍČEK, David GRENAR, Marek BOHRN and Jiri VAVRA. Fiber optic polarization temperature sensor for biomedical and military security systems. In SMART BIOMEDICAL AND PHYSIOLOGICAL SENSOR TECHNOLOGY XIX. 2022. ISSN 0277-786X. Available from: https://dx.doi.org/10.1117/12.2618911.

PIVOLUSKA, Matej and Martin PLESCH. Implementation of quantum compression on IBM quantum computers. Nature Scientific Reports. USA: NATURE PUBLISHING GROUP, 2022, vol. 12, No 1, p. 5841-5849. ISSN 2045-2322. Available from: https://dx.doi.org/10.1038/s41598-022-09881-8.

NĚMCOVÁ, Petra, Jana HOZZOVÁ and Jiří FILIPOVIČ. Improving ligand transport trajectory within flexible receptor in CaverDock. Online. In SAC '22: Proceedings of the 37th ACM/SIGAPP Symposium on Applied Computing. USA: Association for Computing Machinery, 2022, p. 619-626. ISBN 978-1-4503-8713-2. Available from: https://dx.doi.org/10.1145/3477314.3506988.

DOSTÁL, Otto, Karel SLAVÍČEK, Vladimír SCHINDLER, Miloslav FILKA, David GRENAR, Martin KYSELÁK and Jiří VÁVRA. Kaskádní zapojení sady PM vláknových senzorů v DWDM rastru 50GHz. 2022.

DOSTÁL, Otto, Karel SLAVÍČEK, Aleš ROČEK, Martin KYSELÁK, Jiří VÁVRA, Jan MASCHKE, David GRENAR and Milan ČUCKA. Kombinovaná jednotka postavená na PM vláknovém senzoru a FGB (Combined unit based on PM fiber sensor and FGB). 2022.

OĽHA, Jaroslav, Terézia SLANINÁKOVÁ, Martin GENDIAR, Matej ANTOL and Vlastislav DOHNAL. Learned Indexing in Proteins: Extended Work on Substituting Complex Distance Calculations with Embedding and Clustering Techniques. arXiv, 2022. Available from: https://dx.doi.org/10.48550/ARXIV.2208.08910.

OĽHA, Jaroslav, Terézia SLANINÁKOVÁ, Martin GENDIAR, Matej ANTOL and Vlastislav DOHNAL. Learned Indexing in Proteins: Substituting Complex Distance Calculations with Embedding and Clustering Techniques. In Tomáš Skopal, Fabrizio Falchi, Jakub Lokoč, Maria Luisa Sapino, Ilaria Bartolini, Marco Patella. Similarity Search and Applications, 15th International Conference, SISAP 2022, Bologna, Italy, October 5–7, 2022, Proceedings. 1st ed. Cham: Springer Cham, 2022, p. 274-282. ISBN 978-3-031-17848-1. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-17849-8_22.

SPIŠAKOVÁ, Viktória, Adrián ROŠINEC, Lukáš HEJTMÁNEK and Matej ANTOL. Managed Kubernetes — Next Gen Academic Infrastructure? In EGI Conference 2022. 2022.

SCHINDLER, Ondřej, Tomáš RAČEK and Radka SVOBODOVÁ. Prediction of QM-like partial atomic charges for alphafold. In XXII. Workshop of biophysical chemists and electrochemists. 2022. ISBN 978-80-280-0087-5.

PETERKOVÁ, Kateřina, Ivo DURNÍK, Radek MAREK, Janez PLAVEC and Peter PODBEVŠEK. Pyrene-Lablled G-Quadruplexes Derived from the KIT Proto-Oncogene. In 35th Central European NMR Meeting, VALTICE, 2022. 2022.

PARDY, Filip, Jakub HYNŠT, Dana FIALOVÁ, Kristýna BRZOBOHATÁ, Lukáš HEJTMÁNEK and Šárka POSPÍŠILOVÁ. Reconstructing of the genome of Gregor Johann Mendel using state-of-the-art molecular and bioinformatics tools. In Mendel Genetics Conference 2022. 2022.

HEREC, Jonáš, Jaroslav SÝKORA, Kamil BRAHMI, David VONDRÁČEK, Oldřiška DOBEŠOVÁ, Martin SMĚLÍK, Martin VACULÍK and Jakub PROCHÁZKA. Reflection and Reasoning in Moral Judgment : Two Preregistered Replications of Paxton, Ungar, and Greene (2012). Cognitive Science. Hoboken: Wiley, 2022, vol. 46, No 7, p. 1-11. ISSN 0364-0213. Available from: https://dx.doi.org/10.1111/cogs.13168.

RAI, Ashutosh, Matej PIVOLUSKA, Souradeep SASMAL, Manik BANIK, Sibasish GHOSH and Martin PLESCH. Self-testing quantum states via nonmaximal violation in Hardy's test of nonlocality. PHYSICAL REVIEW A. UNITED STATES: AMER PHYSICAL SOC, 2022, vol. 105, No 5, p. 1-8. ISSN 2469-9926. Available from: https://dx.doi.org/10.1103/PhysRevA.105.052227.

KŘENKOVÁ, Markéta, Vladimír MÍČ and Pavel ZEZULA. Similarity Search with the Distance Density Model. In Tomáš Skopal, Fabrizio Falchi, Jakub Lokoč, Maria Luisa Sapino, Ilaria Bartolini, Marco Patella. Similarity Search and Applications: 15th International Conference, SISAP 2022, Bologna, Italy, October 5 - October 7, 2020, Proceedings. Cham: Springer, 2022, p. 118-132. ISBN 978-3-031-17848-1. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-17849-8_10.

PETERKOVÁ, Kateřina, Ivo DURNÍK, Radek MAREK, Janez PLAVEC and Peter PODBEVŠEK. Structural analysis of pyrene-labelled G-quadruplexes derived from the KIT proto-oncogene. In XIIth International conference, NMR: a tool for biology, Institut Pasteur. 2022.

MIHÁLIKOVÁ, Ivana, Matej PIVOLUSKA, Martin PLESCH, Martin FRIÁK, Daniel NAGAJ and Mojmír ŠOB. The Cost of Improving the Precision of the Variational Quantum Eigensolver for Quantum Chemistry. Nanomaterials. London: MDPI, 2022, vol. 12, No 2, p. 1-22. ISSN 2079-4991. Available from: https://dx.doi.org/10.3390/nano12020243.

DUDOVÁ, Zdenka, Nathalie CONTE, Jeremy MASON, Dalibor STUCHLÍK, Radim PEŠA, Csaba HALMAGYI, Zinaida PEROVA, Abayomi MOSAKU, Ross THORNE, Alex FOLLETTE, Ľuboslav PIVARČ, Radim ŠAŠINKA, Muhammad USMAN, Steven NEUHAUSER, Dale A BEGLEY, Debra M KRUPKE, Massimiliano FRASSÀ, Alessandro FIORI, Riccardo CORSI, Luca VEZZADINI, Claudio ISELLA, Andrea BERTOTTI, Carol BULT, Helen PARKINSON, Enzo MEDICO, Terrence MEEHAN and Aleš KŘENEK. The EurOPDX Data Portal: an open platform for patient-derived cancer xenograft data sharing and visualization. BMC Genomics. BioMed Central, 2022, vol. 23, No 1, p. 1-11. ISSN 1471-2164. Available from: https://dx.doi.org/10.1186/s12864-022-08367-1.

FRIÁK, Martin, Martin ZELENÝ, Martina MAZALOVÁ, Ivana MIHÁLIKOVÁ, Ilja TUREK, Jiří KAŠTIL, Jiří KAMARÁD, Martin MÍŠEK, Zdeněk ARNOLD, Oldřich SCHNEEWEISS and Mojmír ŠOB. The impact of disorder on the 4O-martensite of Ni-Mn-Sn Heusler alloy. Intermetallics. Oxford: Elsevier Science, 2022, vol. 151, December, p. 1-11. ISSN 0966-9795. Available from: https://dx.doi.org/10.1016/j.intermet.2022.107708.

FILIPOVIČ, Jiří, Jana HOZZOVÁ, Amin NEZARAT, Jaroslav OĽHA and Filip PETROVIČ. Using hardware performance counters to speed up autotuning convergence on GPUs. Journal of Parallel and Distributed Computing. Elsevier, 2022, vol. 160, February, p. 16-35. ISSN 0743-7315. Available from: https://dx.doi.org/10.1016/j.jpdc.2021.10.003.

DOSTÁL, Otto, Jiří VÁVRA, Martin KYSELÁK, Karel SLAVÍČEK, Vladimír SCHINDLER and David GRENAR. Vyhodnocovací elektronika včetně řídícího SW (Evaluation electronics including control software). 2022.

FALTOVÁ, Nikola, Kristína KALLOVÁ, Michal PRIŠEGEN, Pavel STANĚK, Johana SUPÍKOVÁ, Caiyun XIA, K. BERNHARD, S. HÜMMERICH and Ernst PAUNZEN. A case study of ACV variables discovered in the Zwicky Transient Facility survey. Astronomy and Astrophysics. Les Ulis: EDP Sciences, 2021, vol. 656, December, p. "A125", 17 pp. ISSN 0004-6361. Available from: https://dx.doi.org/10.1051/0004-6361/202141534.

STŘELÁK, David, Amaya JIMÉNEZ-MORENO, José VILAS, Erney RAMÍREZ-APORTELA, Ruben SÁNCHEZ-GARCÍA, David MALUENDA, Javier VARGAS, David HERREROS, Estrella FERNÁNDEZ-GIMÉNEZ, Federico DE ISIDRO-GÓMEZ, Jan HORÁČEK, David MYŠKA, Martin HORÁČEK, Pablo CONESA, Yunior FONSECA-REYNA, Jorge JIMÉNEZ, Marta MARTÍNEZ, Mohamad HARASTANI, Slavica JONIĆ, Jiří FILIPOVIČ, Roberto MARABINI, José CARAZO and Carlos SORZANO. Advances in Xmipp for Cryo–Electron Microscopy: From Xmipp to Scipion. Molecules. Mayer und Muller, 2021, vol. 26, No 20, p. 1-14. ISSN 1420-3049. Available from: https://dx.doi.org/10.3390/molecules26206224.

HERREROS, David, Roy R LEDERMAN, James KRIEGER, Amaya JIMENEZ-MORENO, Marta MARTINEZ, David MYŠKA, David STŘELÁK, Jiří FILIPOVIČ, Ivet BAHAR, Jose Maria CARAZO and Carlos Oscar S SANCHEZ. Approximating deformation fields for the analysis of continuous heterogeneity of biological macromolecules by 3D Zernike polynomials. International Union of Crystallography Journals. online, 2021, vol. 8, No 6, p. 992-1005. ISSN 2052-2525. Available from: https://dx.doi.org/10.1107/S2052252521008903.

VIŠŇOVSKÝ, Vladimír, Viktória SPIŠAKOVÁ, Jana HOZZOVÁ, Jaroslav OĽHA, Dalibor TRAPL, Vojtěch SPIWOK, Lukáš HEJTMÁNEK and Aleš KŘENEK. Complex simulation workflows in containerized high-performance environment. In Armenia S., Geril P. Proc. ESM 2021. Brusel: EUROSIS, 2021, p. 42-45. ISBN 978-94-92859-18-1.

SLANINÁKOVÁ, Terézia, Matej ANTOL, Jaroslav OĽHA and Vlastislav DOHNAL. Data-driven Learned Metric Index: an Unsupervised Approach. In 14th International Conference on Similarity Search and Applications (SISAP 2021). Cham: Springer, 2021, p. 81-94. ISBN 978-3-030-89656-0. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-89657-7_7.

RAI, A., Matej PIVOLUSKA, Martin PLESCH, S. SASMAL, M. BANIK and S. GHOSH. Device-independent bounds from Cabello's nonlocality argument. Physical review A. New York: The American Physical Society, 2021, vol. 103, No 6, p. 1-7. ISSN 2469-9926. Available from: https://dx.doi.org/10.1103/PhysRevA.103.062219.

DODA, M., Matej PIVOLUSKA and Martin PLESCH. Choice of mutually unbiased bases and outcome labeling affecting measurement outcome secrecy. Physical review A. New York: The American Physical Society, 2021, vol. 103, No 3, p. 032206-32213. ISSN 2469-9926. Available from: https://dx.doi.org/10.1103/PhysRevA.103.032206.

MACÁK, Martin, Štefan BOJNÁK and Barbora BÜHNOVÁ. Identification of Unintentional Perpetrator Attack Vectors using Simulation Game: A Case Study. Online. In Proceedings of the 16th Conference on Computer Science and Intelligence Systems. New York: IEEE, 2021, p. 349-356. ISBN 978-83-959183-8-4. Available from: https://dx.doi.org/10.15439/2021F85.

PITNER, Tomáš, Karel SLAVÍČEK, Michal RANDÁK, Lukáš GROLIG, Bacem MBAREK, Petr ČÍKA, Martin ŠTŮSEK, Petr ILGNER, Marek SIKORA, P. HAVELKA, M. BEDNÁŘ and Z. POSPÍŠIL. Implementace komunikačních rozhraní v monitorovacích systémech přenosových soustav (Implementation of communication interfaces in transmission system monitoring systems). 2021.

DOSTÁL, Otto, Karel SLAVÍČEK, Jaroslav LEDVINKA, COMIMPEX spol. s.r.o. DUŠAN PAROULEK, COMIMPEX spol. s.r.o. MICHAL STRNAD, Mediatrade s.r.o. PAVEL TÁBORSKÝ and VŠB-TUO MARTIN AUGUSTÝNEK. Integrovaný aktivní monitorovací systém pro pacienty s externími kardiostimulátory (Integrated active monitoring system for patients with external pacemakers). 2021.

PETROVIČ, Filip, Jiří FILIPOVIČ, David STŘELÁK, Jana HOZZOVÁ and Richard TREMBECKÝ. Kernel Tuning Toolkit 2.0. 2021.

ANTOL, Matej, Jaroslav OĽHA, Terézia SLANINÁKOVÁ and Vlastislav DOHNAL. Learned metric index - proposition of learned indexing for unstructured data. Information Systems. Elsevier, 2021, vol. 100, No 101774, p. 1-12. ISSN 0306-4379. Available from: https://dx.doi.org/10.1016/j.is.2021.101774.

PAUNZEN, Ernst, Johana SUPÍKOVÁ, Klaus BERNHARD, Stefan HÜMMERICH and Michal PRIŠEGEN. Magnetic chemically peculiar stars investigated by the Solar Mass Ejection Imager. Monthly Notices of the Royal Astronomical Society. Oxford University Press, 2021, vol. 504, No 3, p. 3758-3772. ISSN 0035-8711. Available from: https://dx.doi.org/10.1093/mnras/stab1100.

BERNHARD, Klaus, Stefan HÜMMERICH, Ernst PAUNZEN and Johana SUPÍKOVÁ. New magnetic chemically peculiar stars and candidates in the ATLAS first catalogue of variable stars. Monthly Notices of the Royal Astronomical Society. Oxford University Press, 2021, vol. 506, No 3, p. 4561-4577. ISSN 0035-8711. Available from: https://dx.doi.org/10.1093/mnras/stab2065.

MÍČ, Vladimír and Pavel ZEZULA. On the Similarity Search With Hamming Space Sketches. In Zhaohao Sun. Intelligent Analytics With Advanced Multi-Industry Applications. Hershey, PA (USA): IGI Global, 2021, p. 97-127. First edition, 1. ISBN 978-1-7998-4963-6. Available from: https://dx.doi.org/10.4018/978-1-7998-4963-6.ch005.

HORA, Tomáš, Jiří ČECH and Karel SLAVÍČEK. Prototyp IoT senzoru koncentrace CO2 (Prototype of IoT CO2 sensor). 2021.

DODA, M., M. HUBER, G. MURTA, Matej PIVOLUSKA, Martin PLESCH and C. VLACHOU. Quantum Key Distribution Overcoming Extreme Noise: Simultaneous Subspace Coding Using High-Dimensional Entanglement. PHYSICAL REVIEW APPLIED. COLLEGE PK: AMER PHYSICAL SOC, 2021, vol. 15, No 3, p. 034003-34017. ISSN 2331-7019. Available from: https://dx.doi.org/10.1103/PhysRevApplied.15.034003.

HOZZOVÁ, Jana, Jiří FILIPOVIČ, Amin NEZARAT, Jaroslav OĽHA and Filip PETROVIČ. Searching CUDA code autotuning spaces with hardware performance counters: data from benchmarks running on various GPU architectures. Data in Brief. Elsevier, 2021, vol. 39, December, p. 1-12. ISSN 2352-3409. Available from: https://dx.doi.org/10.1016/j.dib.2021.107631.

PIVOLUSKA, Matej, Martin PLESCH, M. FARKAS, Natália RUŽIČKOVÁ, C. FLEGEL, N.H. VALENCIA, W. MCCUTCHEON, M. MALIK and EA AGUILAR. Semi-device-independent random number generation with flexible assumptions. NPJ QUANTUM INFORMATION. BERLIN: NATURE RESEARCH, 2021, vol. 7, No 1, p. 1-12. ISSN 2056-6387. Available from: https://dx.doi.org/10.1038/s41534-021-00387-1.

MÍČ, Vladimír, Tomáš RAČEK, Aleš KŘENEK and Pavel ZEZULA. Similarity Search for an Extreme Application: Experience and Implementation. In Nora Reyes, Richard Connor, Nils Kriege, Daniyal Kazempour, Ilaria Bartolini, Erich Schubert, Jian-Jia Chen. Similarity Search and Applications: 14th International Conference, SISAP 2021, Dortmund, Germany, September 29 - October 1, 2021, Proceedings. Cham: Springer, 2021, p. 265-279. ISBN 978-3-030-89656-0. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-89657-7_20.

PITNER, Tomáš, Petr ČÍKA, Martin ŠTŮSEK, Petr ILGNER, Marek SIKORA, Karel SLAVÍČEK, Michal RANDÁK, Bacem MBAREK, Lukáš GROLIG, Petr HAVELKA, Michal BEDNÁŘ and Zdeněk POSPÍŠIL. Software pro generování datového provozu pro monitorovací a řídicí systémy TSO na protokolech ICCP-TASE.2 a IEC 60870-5-101 (Software for data traffic generation for TSO monitoring and control systems based on ICCP-TASE.2 and IEC 60870-5-101 protocols). 2021.

KYSELÁK, Martin, Zdeněk VYLEŽICH, Jiří VÁVRA, David GRENAR and Karel SLAVÍČEK. The Long Fiber Optic Paths to Power the Thermal Field Disturbance Sensor. Online. In Proceedings of SPIE. San Francisco: SPIE-INT SOC OPTICAL ENGINEERING, 2021, p. 1-7. ISBN 978-1-5106-4200-3. Available from: https://dx.doi.org/10.1117/12.2575832.

MACÁK, Martin, Daniela KRÚŽELOVÁ, Stanislav CHREN and Barbora BÜHNOVÁ. Using Process Mining for Git Log Analysis of Projects in a Software Development Course. Education and Information Technologies. 2021, vol. 26, No 5, p. 5939-5969. ISSN 1360-2357. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/s10639-021-10564-6.

ROČEK, Aleš, Michal JAVORNÍK, Karel SLAVÍČEK and Otto DOSTÁL. Zero Watermarking: Critical Analysis of Its Role in Current Medical Imaging. Journal of Digital Imaging. 2021, vol. 34, No 1, p. 204-211. ISSN 0897-1889. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/s10278-020-00396-0.

REBOK, Tomáš, Michal BATKO, Milan ČERMÁK, Martin DRAŠAR, Daniel TOVARŇÁK, Pavel ZEZULA, Martin MACÁK, Matúš GUOTH, Matej BABEJ, Dávid BRILLA and Martin KAŽIMÍR. ANALYZA – Datový sklad (ANALYZA – Dara Warehouse). 2020.

REBOK, Tomáš, Michal BATKO, Milan ČERMÁK, Martin DRAŠAR, Jarešová MIROSLAVA, Barbora KOZLÍKOVÁ, Kristína ZÁKOPČANOVÁ, Pavel ZEZULA, Katarína FURMANOVÁ, Marko ŘEHÁČEK, Jozef BÁTRNA and Daniel PLAKINGER. ANALYZA – Vizualizační komponenta – Visilant (ANALYZA – Visualization Component – Visilant). 2020.

REBOK, Tomáš, Michal BATKO, Milan ČERMÁK, Barbora KOZLÍKOVÁ, Vladimír MÍČ, Filip NÁLEPA, David NOVÁK, Daniel TOVARŇÁK, Pavel ZEZULA, Jakub PESCHEL, Kasanič DENIS, Denisa ŠRÁMKOVÁ, Erik HRICIŠÁK, Vladimír LAZÁRIK and Kristián GUTIČ. ANALYZA – Výpočetní a orchestrační subsystém (ANALYZA – Computation and Orchestration Subsystem). 2020.

DUDOVÁ, Zdenka, Alice HÁLOVÁ, Dalibor VALÍK and Petr HOLUB. BBMRI-CZ as a Partner for Personalized Medicine and Translational Medical Research. In RANK 2020. 2020. ISBN 978-80-87436-17-2.

KYSELÁK, Martin, Jan MASCHKE, Marco PANASCI, Karel SLAVÍČEK, Otto DOSTÁL, David GRENAR, Milan ČUČKA and Miloslav FILKA. Birefringence influence on polarization changes and frequency on optical fiber. Online. In Proceedings of SPIE. online: SPIE, 2020, p. 1-13. ISBN 978-1-5106-3889-1. Available from: https://dx.doi.org/10.1117/12.2573696.

KYSELÁK, Martin, Čestmír VLČEK, Jiří VÁVRA, Karel SLAVÍČEK and David GRENAR. Frequency Changes Due to Birefringence in the Optical Polarization Maintaining Fibre Sensor. Hyatt Regency Vancouver, Vancouver, Brit: OSA, 2020, p. 1-6. ISBN 978-1-943580-78-1.

ČELEDA, Pavel, Jan VYKOPAL, Valdemar ŠVÁBENSKÝ and Karel SLAVÍČEK. KYPO4INDUSTRY: A Testbed for Teaching Cybersecurity of Industrial Control Systems. Online. In Proceedings of the 51st ACM Technical Symposium on Computer Science Education (SIGCSE '20). New York, NY, USA: ACM, 2020, p. 1026-1032. ISBN 978-1-4503-6793-6. Available from: https://dx.doi.org/10.1145/3328778.3366908.

FRIÁK, Martin, Dušan LAGO, Nikola KOUTNÁ, David HOLEC, Tomáš REBOK and Mojmír ŠOB. Multi-phase ELAStic Aggregates (MELASA) software tool for modeling anisotropic elastic properties of lamellar composites. Computer Physics Communications. Amsterdam: Elsevier, 2020, vol. 247, FEB 2020, p. 1-9. ISSN 0010-4655. Available from: https://dx.doi.org/10.1016/j.cpc.2019.106863.

JELÍNEK, Kamil, Jan ŠLESINGER and Michal PROCHÁZKA. Právní aspekty sdílení dat v rámci informačních technologií konceptu Smart City v dopravě a jejich dopady do práva veřejných zakázek (xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx). 1st ed. Brno: Masarykova univerzita, Právnická fakulta, 2020, 91 pp. Edice Scientia, sv. 702. ISBN 978-80-210-9777-3.

DUDOVÁ, Zdenka, Dalibor VALÍK, Kristína GREPLOVÁ and Alice HÁLOVÁ. Představení BBMRI-CZ jako partnera pro výzkum v oblasti translační medicíny (Introduction of BBMRI-CZ as a research partner for the translational medicine). In 41. Imunoanalytické dny 2020. 2020. ISBN 978-80-88120-28-5.

PLESCH, Martin, Samuel PLESNIK and Natália RUŽIČKOVÁ. The IYPT and the 'Ring Oiler' problem. European Journal of Physics. BRISTOL: Institute of Physics Publishing, 2020, vol. 41, No 3, p. 1-12. ISSN 0143-0807. Available from: https://dx.doi.org/10.1088/1361-6404/ab6414.

VODÁK, Rostislav, Michal BÍL, Tomáš SVOBODA, Zuzana KŘIVÁNKOVÁ, Jan KUBEČEK, Tomáš REBOK and Petr HLINĚNÝ. A deterministic approach for rapid identification of the critical links in networks. PLOS ONE. United States: Public Library of Science, 2019, vol. 14, No 7, p. 1-18. ISSN 1932-6203. Available from: https://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0219658.

REBOK, Tomáš. Big Data - overview, basic concepts and practical use in research. In Alliance4Life 5th project meeting. 2019.

KYSELÁK, Martin, Miloslav FILKA, DAvid GRENAR, Karel SLAVÍČEK, Čestmír VLČEK, Milan ČUČKA and Jiří VÁVRA. Defensive perimeter detection by polarization change of the fibre optic signal. In SPIE Remote Sensing Technologies and Applications in Urban Environments. Online. In SPIE Remote Sensing Technologies and Applications in Urban Environments IV. 2019. Strasbourg: SPIE, 2019, p. 1-6. ISBN 978-1-5106-3017-8. Available from: https://dx.doi.org/10.1117/12.2532529.

SLAVÍČEK, Karel and Otto DOSTÁL. Ensuring security of a telemedicine project in compliance with GDPR. 2019.

DOSTÁL, Otto, Karel SLAVÍČEK and Otto DOSTÁL. MeDiMed. Elektrorevue. International Society for Science and Engineering o.s., 2019, vol. 21, No 4, p. 114-119. ISSN 1213-1539.

HORA, Tomáš, Pavel PIPERIS and Karel SLAVÍČEK. Měřící modul pro testování závislosti spektrální citlivosti fotodetektoru na prostředí (Measurement module for testing of dependency of photodetector spectral sensitivity on environment). 2019.

RŮŽIČKA, Michal, Andrea MIRANDA, Lukáš HEJTMÁNEK, Zdeněk VAŠEK, Vlastimil KREJČÍŘ and Miroslav BARTOŠEK. Metodika bitové ochrany digitálních dat (The methodology for bit-level preservation of digital dat). 2019.

HORA, Tomáš, Pavel PIPERIS and Karel SLAVÍČEK. Modul pro měření závislosti optickcýh vlastností infračervené diody na prostředí (Measurement module for testing of dependency of infrared diode transmission specta on environment). 2019.

ČELEDA, Pavel, Jakub ČEGAN, Martin DRAŠAR, Ivo NUTÁR, Jiří RÁJA, Tomáš REBOK, Andrej TOMČI and Daniel TOVARŇÁK. Nástroje pro ověřování bezpečnosti SW/HW a simulaci útoků na prvky kritické informační infrastruktury (Tools for verification of SW/HW security and simulation of attacks on critical information infrastructure). 2019.

GRENAR, David, Martin KYSELÁK and Karel SLAVÍČEK. Sensor system for measuring temperature changes using alternative detection of polarization changes. Online. In SPIE Future Sensing Technologies. Tokyo: SPIE, 2019, p. 1-3. ISBN 978-1-5106-3111-3. Available from: https://dx.doi.org/10.1117/12.2547319.

ČELEDA, Pavel, Jakub ČEGAN, Kamil ANDONIADIS, Milan ČERMÁK, Jan DUDA, Vlastimil HOLER, Ľuboš HYŽÁK, Boris JADUŠ, Jakub KADAŠI, David LEŠKA, Martin MACHÁČ, Ivo NUTÁR, Radek OŠLEJŠEK, Dominik PILÁR, Tomáš PLESNÍK, Michal PROCHÁZKA, Tomáš REBOK, Vít RUSŇÁK, Miloslav STANĚK, Pavel ŠEDA, Valdemar ŠVÁBENSKÝ, Daniel TOVARŇÁK, Petr VELAN, Martin VIZVÁRY, Jan VYKOPAL and Tatiana ZBONČÁKOVÁ. Software pro simulaci obecných i kritických informačních infrastruktur (Software for simulation of generic and critical information infrastructures). 2019.

VALÍK, Dalibor, Alice HÁLOVÁ, Kristína GREPLOVÁ and Zdenka DUDOVÁ. The Biobanking Research Infrastructure BBMRI-CZ as a Critical Tool to Enhance Translational Cancer Research. In XXXX. Imunoanalytické dny. 2019.

PAZÚRIKOVÁ, Jana, Jaroslav OĽHA, Aleš KŘENEK and Vojtěch SPIWOK. Acceleration of Mean Square Distance Calculations with Floating Close Structure in Metadynamics Simulations. arXiv, 2018, 22 pp. arXiv:1801.02362.

LINDEN, Mikael, Michal PROCHÁZKA, Ilkka LAPPALAINEN, Dominik František BUČÍK, Pavel VYSKOČIL, Martin KUBA, Sami SILÉN, Peter BELMANN, Alexander SCZYRBA, Steven NEWHOUSE, Luděk MATYSKA and Tommi NYRÖNEN. Common ELIXIR Service for Researcher Authentication and Authorisation. F1000Research. F1000 Research Ltd., 2018, vol. 7, No 2018, p. 1-16. ISSN 2046-1402. Available from: https://dx.doi.org/10.12688/f1000research.15161.1.

KNÍŽEK, Jiří, Lubomír PAVLIŠKA, Václav PROCHÁZKA, Adéla VRTKOVÁ, Ladislav BERÁNEK, Pavel BOUCHAL, Bořivoj VOJTĚŠEK, Rudolf NENUTIL and Martin KUBA. Computation of Identification of a Gnostical Regression Model, Robust to Both Input and Output Disturbances with the Help of Parallel Computing–Basic Version. International Journal of Mathematics and Computation™. CESER, 2018, vol. 29, No 2, p. 29-58. ISSN 0974-5718.

STŘELÁK, David and Jiří FILIPOVIČ. cuFFTAdvisor. 2018.

FOUSEK, Jan. Efficient sparse matrix-delayed vector multiplication for discretized neural field model. The Journal of Supercomputing. Springer US, 2018, vol. 74, No 5, p. 1863-1884. ISSN 0920-8542. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/s11227-017-2194-4.

SLAVÍČEK, Karel. Kamerový modul nositelný na osobě (Wearable camera module). 2018.

PETROVIČ, Filip, Jiří FILIPOVIČ, David STŘELÁK and Jana PAZÚRIKOVÁ. Kernel Tuning Toolkit. 2018.

STŘELÁK, David and Jiří FILIPOVIČ. Performance analysis and autotuning setup of the cuFFT library. Online. In ACM International Conference Proceeding Series. Limassol, Cyprus: ACM, 2018, p. nestránkováno, 6 pp. ISBN 978-1-4503-6591-8. Available from: https://dx.doi.org/10.1145/3295816.3295817.

KLUSÁČEK, Dalibor, Boris PARÁK, Václav CHLUMSKÝ and Lukáš HEJTMÁNEK. Real-life Experience with Private Cloud hosting Heterogeneous Scientific Workloads. Online. In 2018 IEEE/ACM INTERNATIONAL CONFERENCE ON UTILITY AND CLOUD COMPUTING COMPANION (UCC COMPANION). NEW YORK: IEEE, 2018, p. 115-120. ISBN 978-1-72810-359-4. Available from: https://dx.doi.org/10.1109/UCC-Companion.2018.00044.

PAPOUŠEK, Dalibor, Vojtěch KAŠE, Zdeněk POSPÍŠIL, Adam MERTEL, Jan FOUSEK and Eva VÝTVAROVÁ. Šíření křesťanství v antickém Středomoří (The Spread of Christianity in the Ancient Mediterranean). In Kognice a umělý život, Brno (30.5. - 1.6. 2018). 2018.

CHALUPA, Aleš, Tomáš GLOMB, Adam MERTEL, Eva VÝTVAROVÁ, Zdeněk STACHOŇ, Zdeněk POSPÍŠIL and Jan FOUSEK. Šíření „orientálních kultů“ po cestách starověkého Středomoří : Případové studie egyptských kultů a Mithraismu (The Spread of "Oriental Cults" in the Ancient Mediterranean : The Case of Egyptian Cults and Mithraism). In Kognice a umělý život 2018, Brno, 30.5.-1.6.2018. 2018.

KNÍŽEK, Jiří, Ladislav BERÁNEK, Pavel BOUCHAL, Bořivoj VOJTĚŠEK, Rudolf NENUTIL, Martin KUBA, Lubomír PAVLIŠKA and Václav PROCHÁZKA. Computation of Kovanic's Expectedness Distributions with the Help of Parallel Computing - Basic Version (with Special References of Health and Environment). INTERNATIONAL JOURNAL OF ECOLOGICAL ECONOMICS & STATISTICS. UTTARAKHAND: CENTRE ENVIRONMENT SOCIAL & ECONOMIC RESEARCH PUBL-CESER, 2017, vol. 38, No 1, p. 96-119. ISSN 0973-1385.

CHALUPA, Aleš, Eva VÝTVAROVÁ, Jan FOUSEK and Adam MERTEL. Connection Between Mithraism and Roman Army Garrisons. In Historical Network Research Conference, 17.-18.10.2017, Turku, Finland. 2017.

SUCHÁNKOVÁ, Pavla and Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ. Connection of saccharide database UnicarbKb with common databases of molecular structures. In XVIII. setkání biochemiků a molekulárních biologů, 2017. 2017. ISBN 978-80-210-8765-1.

SÝKORA, Martin, Karel SLAVÍČEK and Štěpán GRABOVSKÝ. Dohledový systém satelitní MESH sítě (Management system for satellite MESH network). 2017.

VÝTVAROVÁ, Eva and Jan FOUSEK. Evaluation of community detection algorithms applied to time-series connectivity networks with dynamical structure. In CompleNet'17, Dubrovnik, Croatia. 2017.

VÝTVAROVÁ, Eva, Jan FOUSEK, Michal MIKL, Irena REKTOROVÁ and Eva HLADKÁ. Investigating Community Detection Algorithms and their Capacity as Markers of Brain Diseases. Online. In International Symposium on Grids and Clouds (ISGC) 2017. Academia Sinica, Taipei, Taiwan: Proceedings of Science. Taipei; Taiwan: Sissa Medialab Srl, 2017, p. 1-14. ISSN 1824-8039. Available from: https://dx.doi.org/10.22323/1.293.0018.

VÝTVAROVÁ, Eva, Jan FOUSEK, Michal MIKL and Irena REKTOROVÁ. Investigating Modularity and Its Capacity As a Marker of Neurodegenerative Diseases. In 64. Společný sjezd české a slovenské společnosti pro klinickou neurofyziologii, České Budějovice. 2017.

VÝTVAROVÁ, Eva, Radek MAREČEK, Jan FOUSEK, Ondřej STRÝČEK and Ivan REKTOR. Large-scale cortico-subcortical functional networks in focal epilepsies: The role of the basal ganglia. NeuroImage-Clinical. Oxford: Elsevier BV, 2017, vol. 2017, No 14, p. 28-36. ISSN 2213-1582. Available from: https://dx.doi.org/10.1016/j.nicl.2016.12.014.

DUDOVÁ, Zdenka, Martin BARTOŠÍK and Miroslav FOJTA. Magnetic bead-based electrochemical assay for determination of DNA methyltransferase activity. Electrochimica Acta. Amsterdam: Elsevier Science, 2017, vol. 231, MAR 20 2017, p. 575-581. ISSN 0013-4686. Available from: https://dx.doi.org/10.1016/j.electacta.2017.02.104.

SÝKORA, Martin, Karel SLAVÍČEK and Štěpán GRABOVSKÝ. MESH satelitní terminál (MESH satellite terminal). 2017.

FOUSEK, Jan, Vojtěch KAŠE, Eva VÝTVAROVÁ and Adam MERTEL. Relating the Spread of Early Christianity to the Transportation Network of Ancient Mediterranean. In Historical Network Research Conference, Turku, Finland. 2017.

ROČEK, Aleš, Michal JAVORNÍK, Karel SLAVÍČEK and Otto DOSTÁL. Reversible Watermarking in Medical Imaging with Zero Distortion in ROI. Online. In Proceedings of 24th IEEE International Conference on Electronics, Circuits and Systems (ICECS 2017). New York: IEEE, 2017, p. 356-359. ISBN 978-1-5386-1911-7. Available from: https://dx.doi.org/10.1109/ICECS.2017.8292071.

KLUSÁČEK, Dalibor, Boris PARÁK and Lukáš HEJTMÁNEK. Scheduling Challenges in a Shared Private Cloud Infrastructure. CGW Workshop'17 Proceedings. 2017, vol. 2017, No 1, p. 23-24.

VÝTVAROVÁ, Eva, Jan FOUSEK, Marek BARTOŇ, Radek MAREČEK, Martin GAJDOŠ, Martin LAMOŠ, Marie NOVÁKOVÁ, Tomáš SLAVÍČEK, Igor PETERLÍK and Michal MIKL. The Impact of Diverse Preprocessing Pipelines on Brain Functional Connectivity. Online. In 25th European Signal Processing Conference (EUSIPCO), Kos, Greece. Kos, Greece: IEEE, 2017, p. 2644-2648. ISBN 978-0-9928626-7-1. Available from: https://dx.doi.org/10.23919/EUSIPCO.2017.8081690.

DUDOVÁ, Zdenka, Jan ŠPAČEK, Luděk HAVRAN, Hana PIVOŇKOVÁ and Miroslav FOJTA. Analysis of Denatured PCR Products Modified with 7-deazapurine Bases at Hanging Mercury Drop Electrode. 2016. ISBN 978-80-905221-4-5.

LOUTOCKÝ, Pavel and Kamil MALINKA. Bezpečnost ICT ve vnitřních předpisech a školení zaměstnanců (ICT Security in the Internal Regulations and Training of the Employees). Revue pro právo a technologie. Masarykova univerzita, 2016, vol. 7, No 14, p. 45-64. ISSN 1804-5383.

KOZEL, Jiří, Andrea KÝNOVÁ, Petr KOVÁCS, Pavel BOHUMEL and Jan SIKORA. Mapová knihovna munimap (Munimap mapping library). 2016.

MALINKA, Kamil and Jakub HARAŠTA. Právní aspekty sledování využití výpočetní techniky zaměstnancem (Legal issues of monitoring employees' use of ICT). Data Security Management. Praha: Tate International, 2016, vol. 2016, No 4, p. 44-49. ISSN 1211-8737.

ŠŤAVOVÁ, Vlasta, Václav MATYÁŠ and Kamil MALINKA. The Challenge of Increasing Safe Response of Antivirus Software Users. In Jan Kofroň, Tomáš Vojnar. Mathematical and Engineering Methods in Computer Science. Švýcarsko: Springer International Publishing,, 2016, p. 133-143. ISBN 978-3-319-29816-0. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-29817-7_12.

DOLEŽEL, Zdeněk, Hae Il CHEONG, Adéla HOLESZOVÁ, Zdeňka RÁČILOVÁ, Denisa PAVLOVSKÁ, Dana DOSTÁLKOVÁ and Jiří ŠTARHA. Bartterův syndrom - klinicko-genetická analýza (Bartter syndrome - clinical genetic analysis). Pediatrie pro praxi. Olomouc: Solen, 2015, vol. 16, No 3, p. 179-182. ISSN 1213-0494.

MALČÍKOVÁ, Jitka, Kateřina STAŇO KOZUBÍK, Boris TICHÝ, Barbara KANTOROVÁ, Šárka PAVLOVÁ, Nikola TOM, Lenka RADOVÁ, Jana ŠMARDOVÁ, Filip PARDY, Michael DOUBEK, Yvona BRYCHTOVÁ, Marek MRÁZ, Karla PLEVOVÁ, Eva DIVÍŠKOVÁ, Alexandra OLTOVÁ, Jiří MAYER, Šárka POSPÍŠILOVÁ and Martin TRBUŠEK. Detailed analysis of therapy-driven clonal evolution of TP53 mutations in chronic lymphocytic leukemia. Leukemia. London: NATURE PUBLISHING GROUP, 2015, vol. 29, No 4, p. 877-885. ISSN 0887-6924. Available from: https://dx.doi.org/10.1038/leu.2014.297.

JAŠKOVÁ, Zuzana, Jitka MALČÍKOVÁ, Jana ŠMARDOVÁ, Yvona BRYCHTOVÁ, Jiří MAYER and Martin TRBUŠEK. Elimination of mutated p53 protein and induction of p53 downstream genes in chronic lymphocytic leukemia cells using prima-1met. In 20th Congress of the European Hematology Association in Haematologica. 2015.

JABANDŽIEV, Petr, Jan PAPEŽ, Milan BAJER, Kateřina BAJEROVÁ and Denisa PAVLOVSKÁ. Fokální autoimunitní pankreatitida jako příčina obstrukčního ikteru u 15letého chlapce (Focal autoimmune pancreatitis as a cause of obstructive jaundice in a 15-year-old boy). In Pracovní dny dětské gastroenterologie, hepatologie a výživy. 2015.

KOZEL, Jiří, Pavel BOHUMEL, Petr KOVÁCS and Andrea KÝNOVÁ. GIS of Traditional Folk Culture. Geomatics Workbooks. Politecnico di Milano, 2015, vol. 12, July 2015, p. 113-120. ISSN 1591-092X.

JABANDŽIEV, Petr, Milan BAJER, Kateřina BAJEROVÁ, David STARÝ, Denisa PAVLOVSKÁ and Zdeněk PAVLOVSKÝ. Ileo-transversoanastomóza, která neměla být provedena?! (lleo-transversoanastomosis which should not be done?!). In IV. sympozium dětských IBD kazuistik. 2015. ISBN 978-80-905337-9-0.

MALACH, Roman, Daniel DRÁPALA, Roman DOUŠEK, Alena KŘÍŽOVÁ, Martina PAVLICOVÁ, Miroslav VÁLKA, Jitka SPURNÁ, Andrea KÝNOVÁ, Petr KOVÁCS, Pavel BOHUMEL, Jiří KOZEL, Jana MALECKÁ, Marie NOVOTNÁ, Terézia GABRHELOVÁ, Anna HORÁKOVÁ, Daniela KOSTRHOUNOVÁ, Veronika KUTHANOVÁ, Barbora MACHOVÁ, Eva ŠIPÖCZOVÁ and Barbora VALEŠOVÁ. Mapa bibliografických informací tradiční lidové kultury (Map of bibliographic information of traditional folk culture). 2015.

DOUBEK, Michael, Yvona BRYCHTOVÁ, Anna PANOVSKÁ, Ludmila ŠEBEJOVÁ, Olga STEHLÍKOVÁ, Jana CHOVANCOVÁ, Jitka MALČÍKOVÁ, Jana ŠMARDOVÁ, Karla PLEVOVÁ, Pavlína VOLFOVÁ, Martin TRBUŠEK, Marek MRÁZ, Denisa BAKEŠOVÁ, Jakub TRIZULJAK, Markéta HADRABOVÁ, Petra OBRTLÍKOVÁ, Josef KARBAN, Lukáš SMOLEJ, Alexandra OLTOVÁ, Eva JELÍNKOVÁ, Šárka POSPÍŠILOVÁ and Jiří MAYER. Ofatumumab added to dexamethasone in patients with relapsed or refractory chronic lymphocytic leukemia: Results from a phase II study. American Journal of Hematology. Hoboken: Wiley-Blackwell, 2015, vol. 90, No 5, p. 417-421. ISSN 0361-8609. Available from: https://dx.doi.org/10.1002/ajh.23964.

FILIPOVIČ, Jiří, Matúš MADZIN, Jan FOUSEK and Luděk MATYSKA. Optimizing CUDA code by kernel fusion: application on BLAS. The Journal of Supercomputing. Springer US, 2015, vol. 71, No 10, p. 3934-3957. ISSN 0920-8542. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/s11227-015-1483-z.

POLČÁK, Radim, Zdeněk ŘÍHA and Kamil MALINKA. Právní aspekty interních instrukcí – část II. (Legal aspects of internal directives - part II.). Data Security Management. Praha: TATE International s.r.o., 2015, XIX., 3., p. 36-38. ISSN 1211-8737.

POLČÁK, Radim, Zdeněk ŘÍHA and Kamil MALINKA. Právní aspekty interních směrnic – část I. (Legal aspects of internal directives - part I.). Data Security Management. Praha: TATE International s.r.o., 2015, XIX., 2., p. 36-39. ISSN 1211-8737.

KANTOROVÁ, Barbara, Jitka MALČÍKOVÁ, Veronika NAVRKALOVÁ, Barbara VONKOVÁ, E. VÁVROVÁ, Hana SKUHROVÁ FRANCOVÁ, Eva DIVÍŠKOVÁ, Jana ŠMARDOVÁ, Karla PLEVOVÁ, Martin TRBUŠEK, Alexandra OLTOVÁ, Yvona BRYCHTOVÁ, Michael DOUBEK, Jiří MAYER and Šárka POSPÍŠILOVÁ. Prognostický význam hot spot mutace genu NOTCH1 u pacientů s chronickou lymfocytární leukemií a souvislosti s molekulárně biologickými markery onemocnění. In XXXIX. brněnské onkologické dny in Klinická onkologie. 2015.

KANTOROVÁ, Barbara, Jitka MALČÍKOVÁ, Veronika NAVRKALOVÁ, Karla PLEVOVÁ, Marek BORSKÝ, Jana ŠMARDOVÁ, Eva DIVÍŠKOVÁ, Martin TRBUŠEK, Alexandra OLTOVÁ, Yvona BRYCHTOVÁ, Michael DOUBEK, Jiří MAYER and Šárka POSPÍŠILOVÁ. Prognostický význam NOTCH1 murací u chronické lymfocytární leukemie. In Kaprasův den, Praha. 2015.

PARÁK, Boris, David WALLOM, Slávek LICEHAMMER and Zdeněk ŠUSTR. Public-Private Cloud Federation Challenges. Online. 8th edition. Limassol: IEEE/ACM, 2015, p. 512 - 515. Available from: https://dx.doi.org/10.1109/UCC.2015.91.

KANTOROVÁ, Barbara, Jitka MALČÍKOVÁ, Kamila BRÁZDILOVÁ, Marek BORSKÝ, Karla PLEVOVÁ, Jana ŠMARDOVÁ, Martin TRBUŠEK, Yvona BRYCHTOVÁ, Michael DOUBEK, Jiří MAYER and Šárka POSPÍŠILOVÁ. Single cell analysis proves the coexistence of NOTCH1 and TP53 mutations within the same cancer cells in patients with chronic lymphocytic leukemia. In 57th ASH Annual Meeting in Blood. 2015.

JANČA, Radim, Kamil MALINKA and Vlasta ŠŤAVOVÁ. Systém pro distribuci dotazníků v počítačových učebnách (The system for questionnaire distribution in computer study rooms). 2015.

KANTOROVÁ, Barbara, Jitka MALČÍKOVÁ, Jana ŠMARDOVÁ, Šárka PAVLOVÁ, Martin TRBUŠEK, Nikola TOM, Karla PLEVOVÁ, Boris TICHÝ, Sim TRUONG, Eva DIVISKOVA, Jana KOTAŠKOVÁ, Alexandra OLTOVÁ, Nancy PATTEN, Yvona BRYCHTOVÁ, Michael DOUBEK, Jiří MAYER and Šárka POSPÍŠILOVÁ. TP53 mutation analysis in chronic lymphocytic leukemia: comparison of different detection methods. Tumor Biology. Dordrecht: Springer, 2015, vol. 36, No 5, p. 3371-3380. ISSN 1010-4283. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/s13277-014-2971-0.

KOUŘIL, Daniel, Marcel POUL and Michal PROCHÁZKA. Using PKI to Provide Credential Delegation in non Web-based Federations. In Proceedings of the International Conference on Information Science and Applications, Lecture Notes in Electrical Engineering. Pattaya, Thailand: Springer Berlin Heidelberg, 2015, p. 525-532. ISBN 978-3-662-46577-6. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-662-46578-3_62.

PROCHÁZKA, Michal. Závěrečná zpráva STORK e-Academia pilot (STORK e-Academia pilot final report). Brno: Masarykova univerzita, 2015, 29 pp.

PAVLOVÁ, Šárka, Jitka MALČÍKOVÁ, Jitka KABÁTHOVÁ, Jana ŠMARDOVÁ, K. ADAMCOVÁ, Blanka KUBEŠOVÁ and Šárka POSPÍŠILOVÁ. Blood sample processing significantly affects occurence of alternatively spliced transcripts of TP53 gene. In 16th International p53 workshop, Švédsko. 2014.

ŠMARDOVÁ, Jana and Jana KOPTÍKOVÁ. Brazilský příběh mutace p53 R337H (Brazilian Story of the R337H p53 Mutation). Klinická onkologie. Praha: Česká lékařská společnost J. E. Purkyně, 2014, vol. 27, No 4, p. 247-254. ISSN 0862-495X.

ŠMARDOVÁ, Jana, Květoslava LIŠKOVÁ, Jitka HAUSNEROVÁ, Miluše SVITÁKOVÁ, Barbora RAVČUKOVÁ, Jitka MALČÍKOVÁ, Kateřina STANO-KOZUBEK, Lenka PITROVÁ and Jan ŠMARDA. Complex Analysis of TP53 in Lung Carcinoma. 2014.

SCHWARZ, Daniel, Ladislav DUŠEK, Martin BAREŠ, Julie BIENERTOVÁ VAŠKŮ, Jitka FEBEROVÁ, Jiří KOFRÁNEK, Martin KOMENDA, Barbora LUDÍKOVÁ, Jiří MAYER, Jaroslav MAJERNÍK, Radim POLČÁK, Jarmila POTOMKOVÁ, Michal PROCHÁZKA, Adrian RAUDASCHL, Petr ŠTOURAČ, Jaroslav ŠTĚRBA, Stanislav ŠTÍPEK, Čestmír ŠTUKA, Ilja TACHECÍ and Martin VEJRAŽKA. Computer applications systems and networks for medical education : MEFANET: Czech and Slovak Medical Faculties Network. 1st ed. Brno: Masaryk University, Institute of Biostatistics and Analyses : Facta Medica, 2014, 230 pp. ISBN 978-80-904731-9-5. Available from: https://dx.doi.org/10.13140/2.1.1383.0723.

PAZÚRIKOVÁ, Jana and Luděk MATYSKA. Convergence of Parareal Algorithm Applied on Molecular Dynamics Simulations. In Petr Hliněný, Zdeněk Dvořák, Jiří Jaroš, Jan Kofroň, Jan Kořenek, Petr Matula, Karel Pala. MEMICS 2014. Brno: NOVPRESS, 2014, p. 101-111. ISBN 978-80-214-5022-6.

URÍK, Milan, Ivo ŠLAPÁK, Denisa PAVLOVSKÁ and Eva PRÍVAROVÁ. Exostosis of the optic canal in a child - a rare diagnosis in a paediatric ear, nose and throat setting: a case report. Journal of Medical Case Reports. London: BioMed Central, 2014, vol. 8, No 454, p. 1-5. ISSN 1752-1947. Available from: https://dx.doi.org/10.1186/1752-1947-8-454.

IŠTVÁNEK, Jan, Michal JAROŠ, Aleš KŘENEK and Jana ŘEPKOVÁ. Genome assembly and annotation for red clover (Trifolium pratense; Fabaceae). American Journal of Botany. St Louis: Botanical Soc Amer Inc, 2014, vol. 101, No 2, p. 327-337. ISSN 0002-9122. Available from: https://dx.doi.org/10.3732/ajb.1300340.

KILIANOVÁ, Anna, Monika ŠPINAROVÁ, Lenka ŠPINAROVÁ, I. GROCHOVÁ, Věra FEITOVÁ and Jan KREJČÍ. Genotypově-fenotypové korelace a stratifikace rizika náhlé srdeční smrti u familiární hypertrofické kardiomyopatie - kazuistika (Genotype-phenotype correlation and risk stratification for sudden cardiac death in familial hypertrophic cardiomyopathy - a case study). Kardiologická revue - Interní medicína. Praha: Ambit Media, 2014, vol. 16, No 6, p. 501-504. ISSN 2336-288X.

RAČEK, Tomáš, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Aleš KŘENEK, Tomáš BOUCHAL and Jaroslav KOČA. NEEMP – Tool for parameterization of empirical charge calculation method EEM. In Chemoinformatics Strasbourg Summer School 2014. 2014.

PROCHÁZKA, Michal, Slávek LICEHAMMER and Luděk MATYSKA. Perun – Modern Approach for User and Service Management. Mauritius: IIMC International Information Management Corporation Ltd, 2014, 11 pp. ISBN 978-1-905824-44-1.

KANTOROVÁ, Barbara, Jitka MALČÍKOVÁ, Veronika NAVRKALOVÁ, Jana ŠMARDOVÁ, Kamila BRÁZDILOVÁ, Karla PLEVOVÁ, Eva DIVÍŠKOVÁ, Marek BORSKÝ, Šárka PAVLOVÁ, Nikola TOM, Karol PÁL, Martin TRBUŠEK, Alexandra OLTOVÁ, Yvona BRYCHTOVÁ, Michael DOUBEK, Jiří MAYER and Šárka POSPÍŠILOVÁ. Prognostic impact of NOTCH1 hotspot mutation in TP53-mutated patients with chronic lymphocytic leukemia. In 56th ASH Annual Meeting and Exposition, USA. 2014.

TRTÍK, Marek and Jan STREJČEK. Symbolic Memory with Pointers. In Franck Cassez and Jean-Francois Raskin. Automated Technology for Verification and Analysis - 12th International Symposium, ATVA 2014. Berlin Heidelberg: Springer, 2014, p. 380-395. ISBN 978-3-319-11935-9. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-11936-6_27.

MALČÍKOVÁ, Jitka, Evangelia STALIKA, Zadie DAVIS, Karla PLEVOVÁ, Martin TRBUŠEK, Larry MANSOURI, Lydia SCARFO, Panagiotis BALIAKAS, Anne GARDINER, LA SUTTON, Hana Skuhrová FRANCOVA, Andreas AGATHANGELIDIS, Achilles ANAGNOSTOPOULOS, Ian TRACY, Antonis MAKRIS, Jana ŠMARDOVÁ, Paolo GHIA, Chrysoula BELESSI, David GONZALEZ, Richard ROSENQUIST, David OSCIER, Šárka POSPÍŠILOVÁ and Kostas STAMATOPOULOS. The frequency of TP53 gene defects differs between chronic lymphocytic leukaemia subgroups harbouring distinct antigen receptors. British Journal of Haematology. Hoboken (USA): Wiley-Blackwell, 2014, vol. 166, No 4, p. 621-625. ISSN 0007-1048. Available from: https://dx.doi.org/10.1111/bjh.12893.

ČELEDA, Pavel, Iva KREJČÍ and Jan VYKOPAL. 8th International Conference on Autonomous Infrastructure, Management and Security (AIMS 2014). 2014.

RAČEK, Tomáš, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ and Aleš KŘENEK. Advanced implementation of atomic charge calculation with electronegativity equalization. In SVOČ 2013 v Opavě. 2013.

HOLUB, Petr, Ondřej VOJTÍŠEK, Dalibor VALÍK, Kristína GREPLOVÁ, Dana KNOFLÍČKOVÁ and Rudolf NENUTIL. BBMRI_CZ Index Service. 2013.

SLABÝ, Jiří, Jan STREJČEK and Marek TRTÍK. ClabureDB: Classified Bug-Reports Database Tool for Developers of Program Analysis Tools. In Roberto Giacobazzi, Josh Berdine, Isabella Mastroeni. Verification, Model Checking, and Abstract Interpretation: 14th International Conference, VMCAI 2013. Berlin, Heidelberg: Springer, 2013, p. 268-274. ISBN 978-3-642-35872-2. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-35873-9_17.

PAZÚRIKOVÁ, Jana and Luděk MATYSKA. Electrostatics' calculation parallel in time. In CECAM workshop on Fast Methods for Long Range Interactions in Complex Particle Systems. 2013.

BOUCHAL, Tomáš, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Tomáš RAČEK, Crina-Maria IONESCU, Stanislav GEIDL, Aleš KŘENEK and Jaroslav KOČA. Empirical charges for chemoinformatics applications. In GCC 2013 - 9th German Conference on Chemoinformatics. 2013. Available from: https://dx.doi.org/10.1186/1758-2946-6-S1-P60.

HOLUB, Petr, Martin ŠROM, Martin PULEC, Jiří MATELA and Martin JIRMAN. GPU-accelerated DXT and JPEG compression schemes for low-latency network transmissions of HD, 2K, and 4K video. Future Generation Computer Systems. Amsterdam, The Netherlands: Elsevier Science, 2013, vol. 29, No 8, p. 1991-2006. ISSN 0167-739X. Available from: https://dx.doi.org/10.1016/j.future.2013.06.006.

HEJTMÁNEK, Lukáš, David ANTOŠ and Luboš KOPECKÝ. Choice of Data Transfer Protocols in Remote Storage Applications. CESNET, z.s.p.o., 2013, 21 pp. CESNET Technical Report 1/2013.

SITERA, Jiří, Zdeněk ŠUSTR, Boris PARÁK and Daniel KOUŘIL. Monitoring Virtualized Infrastructure in the Context of Grid Job Execution. International Journal On Advances in Systems and Measurements. 2013, vol. 6, 3,4. ISSN 1942-261X.

ŠTĚPÁN, Jakub, Petr KULHÁNEK, Milan LENČO, Zora STŘELCOVÁ, Aleš KŘENEK and Jaroslav KOČA. Nemesis - a molecular modeling package. Online. In Uli Fechner. Journal of Cheminformatics 2013, 5(Suppl 1). Goslar (GER): Chemistry Central, 2013, p. 13-14. ISSN 1758-2946. Available from: https://dx.doi.org/10.1186/1758-2946-5-S1-P12.

PAZÚRIKOVÁ, Jana and Luděk MATYSKA. Parallel methods for calculation of long-range electrostatic interactions. arXiv, 2013, 18 pp.

SEBESTIÁNOVÁ, Zora, Michal PROCHÁZKA, Slávek LICEHAMMER, Michal ŠŤAVA and Pavel ZLÁMAL. Perun - user and resources management system. 2013.

MATELA, Jiří, Martin JIRMAN and Petr HOLUB. Real-time JPEG2000 for Digital Cinema and Large-Scale Image Archiving. San Jose, CA, USA: NVIDIA Corporation, 2013. GPU Technology Conference.

SLABÝ, Jiří, Jan STREJČEK and Marek TRTÍK. Symbiotic: Synergy of Instrumentation, Slicing, and Symbolic Execution - (Competition Contribution). In Nir Piterman, Scott A. Smolka. Tools and Algorithms for the Construction and Analysis of Systems - 19th International Conference, TACAS 2013. Berlin, Heidelberg: Springer, 2013, p. 630-632. ISBN 978-3-642-36741-0. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-36742-7_50.

SOCHOR, Jan, Petr HOLUB and Ondřej VOJTÍŠEK. THALAMOSS Data Management Platform. 2013.

KŘENEK, Aleš, Petr HOLUB, Vlastimil HOLER, Daniel KOUŘIL, Filip PROCHÁZKA, Zdeněk HEJNA, Miroslav GURIČAN and František MULLER. 3.5 Million Smartmeters in the Cloud. Online. In Simon Lin. Proceedings ISGC 2013. Trieste: PoS - Proceedings of Science, 2013, p. 180-189. ISSN 1824-8039.

HOLUB, Petr, Martin PULEC, Jiří MATELA, Martin JIRMAN, Joe MAMBRETTI, Jim CHEN, Fei YEH and Luc RENAMBOT. CZ02: Remote Collaboration Over 8K Visualization Using UltraGrid and SAGE. Chicago, USA, 2012. GLIF Technical Working Group Meeting #18.

MATELA, Jiří, Felix NEVŘELA, Martin PULEC, Martin JIRMAN and Petr HOLUB. GPU-Accelerated JPEG2000 for Secure Remote Screening. La Jolla, CA, USA: CineGrid, 2012. CineGrid International Workshop.

MATELA, Jiří, Petr HOLUB, Martin JIRMAN and Martin ŠROM. GPU-specific reformulations of image compression algorithms. Online. In Tescher, AG. Proceedings of Applications of Digital Image Processing XXXV. 8499th ed. BELLINGHAM, WA 98227-0010 USA: SPIE-INT SOC OPTICAL ENGINEERING, 2012, p. nestránkováno, 8 pp. ISBN 978-0-8194-9216-6. Available from: https://dx.doi.org/10.1117/12.929971.

MATELA, Jiří, Martin ŠROM and Petr HOLUB. Low GPU Occupancy Approach to Fast Arithmetic Coding in JPEG2000. In Lecture Notes in Computer Science 7119. Heidelberg: Springer Berlin / Heidelberg, 2012, p. 136-145. ISBN 978-3-642-25928-9. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-25929-6_13.

CHRASTINA, Jan, Zdeněk NOVÁK, Pavel CEJPEK, Věra FEITOVÁ, Markéta HERMANOVÁ, Michal REIF, Ivo ŘÍHA and Jiří VANÍČEK. Přínos stereotaktické biopsie pro diagnostiku expanzí zadní jámy lební (The benefits of stereotactic biopsy for the diagnostic workup in posterior fossa lesions). Onkologie. Olomouc: Solen s.r.o., 2012, vol. 6, No 4, p. 223-226. ISSN 1802-4475.

HOLUB, Petr, Jiří MATELA, Martin PULEC and Martin ŠROM. UltraGrid: Low-Latency High-Quality Video Transmissions on Commodity Hardware. In Proceedings of the 20th ACM international conference on Multimedia. New York, NY, USA: ACM, 2012, p. 1457-1460. ISBN 978-1-4503-1089-5. Available from: https://dx.doi.org/10.1145/2393347.2396519.

HOLUB, Petr, Martin PULEC, Jiří MATELA, Martin ŠROM and Martin JIRMAN. UltraGrid 1.1. 2012.

NOVÁK, Zdeněk, Jan CHRASTINA, Ivo ŘÍHA, Věra FEITOVÁ and Jan HEMZA. 2012 ArgoSpine Best Poster Award: Minimally invasive treatment of Chiari malformation complex. ArgoSpine News and Journal. Heidelberg: Springer-Verlag, 2012, vol. 24, 1-2, p. 39-40. ISSN 1957-7729. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/s12240-012-0036-z.

GOLEMBIOVSKÝ, Tomáš and Aleš KŘENEK. Compression of Vector Field Changing in Time. Online. In Ludek Matyska, Michal Kozubek, Tomas Vojnar and Pavel Zemcik, David Antos. Sixth Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science. Dagstuhl: Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik, 2011, p. 40-46. ISBN 978-3-939897-22-4.

PITNER, Tomáš and Jan KONEČNÝ. Business Driven R&D at MU: Case Study of Lasaris and Department of System Services. Sborník příspěvků, 7. letní škola aplikované informatiky, ISBN 978-80-85763-59-1. Brno: nakladatelství Litera, 2010, vol. 2010, No 7, p. 87-93.

LORENC, Václav and David ROHLEDER. Univerzitní počítačová síť v roce 2010. ÚVT MU zpravodaj. Brno: Ústav výpočetní techniky MU Brno, 2010, XX, No 4, p. 7-10. ISSN 1212-0901.

SMRŽOVÁ, Jana, Martin KUBA, Robert RAKOWSKI, Michal PROCHÁZKA and Zora SEBESTIANOVÁ. Jak zlepšit využívání dostupných dat a vzorců ? Odpověd zní: MEDIGRID. Diabetologie, metabolismus, endokrinologie, výživa. Praha: Tigis, 2009, vol. 12, supplem. 1, p. 62-63, 1 pp. ISSN 1211-9326.

SMRŽOVÁ, Jana, Martin KUBA, Rakowski ROBERT, Michal PROCHÁZKA and Zora SEBESTIANOVÁ. MEDIGRID - váš program pro vaše pacienty. Vnitřní lékařství - časopis České internistické společnosti a Slovenskej internistickej spoločnosti. Praha: Česká lékařská společnost J. E. Purkyně, 2009, vol. 55, No 9, p. 885. ISSN 0042-773X.

ROHLEDER, David and Marek SAITL. Univerzitní bezdrátová síť - nové perspektivy. Zpravodaj ÚVT Mu. Brno: ÚVT MU, 2009, 4 pp. ISSN 1212-0901.

SMRŽOVÁ, Jana, Martin KUBA, Dagmar HRŮZOVÁ, Michal PROCHÁZKA and Zora SEBESTIANOVÁ. Videokonference jako nástroj pro vedení lékařských konzilií a konzultací. Vnitřní lékařství - časopis České internistické společnosti a Slovenskej internistickej spoločnosti. Praha: Česká lékařská společnost J. E. Purkyně, 2008, vol. 54, No 9, p. 911-912. ISSN 0042-773X.

ROHLEDER, David and Václav LORENC. 802.1X - autentizace v počítačových sítích. ÚVT MU zpravodaj. Brno: Ústav výpočetní techniky MU Brno, 2008. ISSN 1212-0901.

KUBA, Martin, Zora SEBESTIANOVÁ, Luděk MATYSKA, Jan VEJVALKA, Petr LESNÝ and Tomáš HOLEČEK. MediGrid jako prostředek sdílení biomedicínských zdrojů. In Širokopásmové sítě a jejich aplikace, sborník příspěvků. Olomouc: Univerzita Palackého v Olomouci, 2007, p. 79-82. ISBN 978-80-244-1687-8.

KUBA, Martin and Zora SEBESTIANOVÁ. Web Deployed Interface for a Medical Knowledge Grid. In The Second International Conference on Internet and Web Applications and Services (ICIW 2007). IEEE Digital Library: IEEE Computer Society Press, 2007, 5 pp. ISBN 0-7695-2844-9.

KŘENEK, Aleš and Zora SEBESTIANOVÁ. Perun -- Fault-Tolerant Management of Grid Resources. In Krakow Grid Workshop 2004. Krakow: Academic Computer Centre CYFRONET AGH, 2005, p. 133-140. ISBN 83-915141-4-5.

SAPÁK, Oldřich. Detection of Parallelism in Computer Programs. Scripta Facultatis Scientiarum Naturalium Universitatis Purkynianae Brunensis - Mathematica. Brno: Přírodovědecká fakulta Univerzity J.E. Purkyně, 1979, vol. 9, No 1, p. 45-52.

BENEŠOVSKÝ, Miroslav, Jiří HOŘEJŠ and Oldřich SAPÁK. Počítače a zločin: aneb k otázkám ochrany počítačů, programu a dat. In Proc. SOFSEM 79. 1979, p. 13-42.

SAPÁK, Oldřich. Representation of the Finite Directed Acyclic Graph. Archivum Mathematicum. Brno: Masarykova Universita, 1977, XIII, No 2, p. 111-116. ISSN 0044-8753.