Vámi zvolený výběr obsahuje 120 výsledků. Upravit výběr.
Filtrování publikací

    2024

    1. Antarstick: Extracting Snow Height From Time-Lapse Photography
      LANG, Matěj, Radoslav MRÁZ, Marek TRTÍK, Sergej STOPPEL, Jan BYŠKA a Barbora KOZLÍKOVÁ. Antarstick: Extracting Snow Height From Time-Lapse Photography. COMPUTER GRAPHICS FORUM. England: Wiley, 2024, roč. 43, č. 3, s. 1-11. ISSN 0167-7055. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/cgf.15088.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Lang, Matěj (203 Česká republika, garant, domácí) -- Mráz, Radoslav (703 Slovensko, domácí) -- Trtík, Marek (203 Česká republika, domácí) -- Stoppel, Sergej (578 Norsko) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Visualization toolkits; Geographic visualization
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 22. 10. 2024 19:19.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2401777/cs
    2. Brain MRI Screening Tool with Federated Learning
      STOKLASA, Roman, Ioannis STATHOPOULOS, Efstratios KARAVASILIS, Efstathios EFSTATHOPOULOS, Marek DOSTÁL, Miloš KEŘKOVSKÝ, Michal KOZUBEK a Luigi SERIO. Brain MRI Screening Tool with Federated Learning. Online. In 2024 IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. Athens, Greece: IEEE, 2024, s. 1-5. ISBN 979-8-3503-1333-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI56570.2024.10635396.
      RIV: Stať ve sborníku. angličtina. Spojené státy.
      Stoklasa, Roman (703 Slovensko, garant, domácí) -- Dostál, Marek (203 Česká republika) -- Keřkovský, Miloš (203 Česká republika) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: MRI; brain; tumor; screening; FL; federated; learning
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Roman Stoklasa, Ph.D., učo 139873. Změněno: 12. 9. 2024 15:20.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2412317/cs
    3. Cell Tracking based on Integer Linear Programming and Probability Scores
      LUX, Filip a Petr MATULA. Cell Tracking based on Integer Linear Programming and Probability Scores. In Athens, Greece, IEEE 21th International Symposium on Biomedical Imaging. Athens: IEEE 21th International Symposium on Biomedical Imaging, 2024, s. 1-5. ISBN 979-8-3503-1334-5. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI56570.2024.10635857.
      Název anglicky: Cell Tracking based on Integer Linear Programming and Probability Scores
      angličtina. Spojené státy.
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Filip Lux, učo 456519. Změněno: 5. 9. 2024 09:40.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2385779/cs
    4. Generative modeling of living cells with SO(3)-equivariant implicit neural representations
      WIESNER, David, Julian SUK, Sven DUMMER, Tereza NEČASOVÁ, Ulman VLADIMÍR, David SVOBODA a Jelmer WOLTERINK. Generative modeling of living cells with SO(3)-equivariant implicit neural representations. Medical Image Analysis. Netherlands: Elsevier, 2024, roč. 2024, č. 91, s. 102991-103008. ISSN 1361-8415. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.media.2023.102991.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Wiesner, David (203 Česká republika, domácí) -- Suk, Julian (528 Nizozemské království) -- Dummer, Sven (528 Nizozemské království) -- Nečasová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Vladimír, Ulman (203 Česká republika) -- Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Wolterink, Jelmer (528 Nizozemské království)
      Klíčová slova anglicky: cell shape modeling; neural networks; implicit neural representations; signed distance function; generative model; interpolation
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. David Wiesner, Ph.D., učo 255597. Změněno: 30. 4. 2024 14:23.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2324238/cs
    5. Gravitational Cell Detection and Tracking in Fluorescence Microscopy Data
      EFTIMIU, Nikomidisz Jorgosz a Michal KOZUBEK. Gravitational Cell Detection and Tracking in Fluorescence Microscopy Data. Online. In IEEE. 24 IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI). Athens, Greece: IEEE, 2024, s. 1-5. ISBN 979-8-3503-1334-5. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI56570.2024.10635151.
      Full article on IEEE Xplore
      Název anglicky: Gravitational cell detection and tracking in fluorescence microscopy data
      RIV: Stať ve sborníku. angličtina. Česká republika.
      Eftimiu, Nikomidisz Jorgosz (348 Maďarsko, garant, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Image analysis; cell detection; cell tracking; Cell Tracking Challenge
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 17. 10. 2024 16:44.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2369426/cs
    6. Interpreting convolutional neural network classifiers applied to laser-induced breakdown optical emission spectra
      KÉPEŠ, Erik, Jakub VRÁBEL, Tomáš BRÁZDIL, Petr HOLUB, Pavel POŘÍZKA a Jozef KAISER. Interpreting convolutional neural network classifiers applied to laser-induced breakdown optical emission spectra. Talanta. AMSTERDAM: Elsevier, 2024, roč. 266, č. 124946, s. 1-11. ISSN 0039-9140. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.talanta.2023.124946.
      angličtina. Nizozemské království.
      Klíčová slova anglicky: Laser-induced breakdown spectroscopy; Classification; Interpretable machine learning; Convolutional neural networks; ChemCam calibration dataset
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Tomáš Brázdil, Ph.D., učo 4074. Změněno: 29. 10. 2024 14:25.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2447199/cs
    7. MAPHIS-Measuring arthropod phenotypes using hierarchical image segmentations
      MRÁZ, Radoslav, Karel ŠTĚPKA, Matěj PEKÁR, Petr MATULA a Stanislav PEKÁR. MAPHIS-Measuring arthropod phenotypes using hierarchical image segmentations. Methods in Ecology and Evolution. HOBOKEN: WILEY, 2024, roč. 15, č. 1, s. 36-42. ISSN 2041-210X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/2041-210X.14250.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Mráz, Radoslav (703 Slovensko, domácí) -- Štěpka, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Pekár, Matěj (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Pekár, Stanislav (703 Slovensko, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: arachnids; arthropods; convolutional neural networks; hierarchical segmentation; image analysis; insects; machine vision; morphological traits
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 29. 2. 2024 10:49.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2338797/cs
    8. Metrics reloaded: recommendations for image analysis validation
      MAIER-HEIN, Lena, Annika REINKE, Patrick GODAU, Minu D TIZABI, Florian BUETTNER, Evangelia CHRISTODOULOU, Ben GLOCKER, Fabian ISENSEE, Jens KLEESIEK, Michal KOZUBEK, Mauricio REYES, Michael A RIEGLER, Manuel WIESENFARTH, A Emre KAVUR, Carole H SUDRE, Michael BAUMGARTNER, Matthias EISENMANN, Doreen HECKMANN-NOETZEL, Tim RAEDSCH, Laura ACION, Michela ANTONELLI, Tal ARBEL, Spyridon BAKAS, Arriel BENIS, Matthew B BLASCHKO, M Jorge CARDOSO, Veronika CHEPLYGINA, Beth A CIMINI, Gary S COLLINS, Keyvan FARAHANI, Luciana FERRER, Adrian GALDRAN, van Ginneken BRAM, Robert HAASE, Daniel A HASHIMOTO, Michael M HOFFMAN, Merel HUISMAN, Pierre JANNIN, Charles E KAHN, Dagmar KAINMUELLER, Bernhard KAINZ, Alexandros KARARGYRIS, Alan KARTHIKESALINGAM, Florian KOFLER, Annette KOPP-SCHNEIDER, Anna KRESHUK, Tahsin KURC, Bennett A LANDMAN, Geert LITJENS, Amin MADANI, Klaus MAIER-HEIN, Anne L MARTEL, Peter MATTSON, Erik MEIJERING, Bjoern MENZE, Karel G M MOONS, Henning MUELLER, Brennan NICHYPORUK, Felix NICKEL, Jens PETERSEN, Nasir RAJPOOT, Nicola RIEKE, Julio SAEZ-RODRIGUEZ, Clara I SANCHEZ, Shravya SHETTY, van Smeden MAARTEN, Ronald M SUMMERS, Abdel A TAHA, Aleksei TIULPIN, Sotirios A TSAFTARIS, Van Calster BEN, Gael VAROQUAUX a Paul F JAEGER. Metrics reloaded: recommendations for image analysis validation. NATURE METHODS. UNITED STATES: NATURE PORTFOLIO, 2024, roč. 21, February, s. 195-212, 30 s. ISSN 1548-7091. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41592-023-02151-z.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Německo.
      Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: HEALTH; SEGMENTATION; CRITERIA
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 21. 11. 2024 14:07.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2453685/cs
    9. Possibilities of Using Multi-b-value Diffusion Magnetic Resonance Imaging for Classification of Brain Lesions
      KOPŘIVOVÁ, Tereza, Miloš KEŘKOVSKÝ, Tomáš JŮZA, Václav VYBÍHAL, Tomáš ROHAN, Michal KOZUBEK a Marek DOSTÁL. Possibilities of Using Multi-b-value Diffusion Magnetic Resonance Imaging for Classification of Brain Lesions. Academic Radiology. New York: Elsevier, 2024, roč. 31, č. 1, s. 261-272. ISSN 1076-6332. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.acra.2023.10.002.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Kopřivová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Keřkovský, Miloš (203 Česká republika, domácí) -- Jůza, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Vybíhal, Václav (203 Česká republika, domácí) -- Rohan, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Dostál, Marek (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: DWI; IVIM; DKI; Brain tumours
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Tereza Miškechová, učo 341652. Změněno: 3. 5. 2024 09:24.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2398798/cs
    10. Understanding metric-related pitfalls in image analysis validation
      REINKE, Annika, Minu D TIZABI, Michael BAUMGARTNER, Matthias EISENMANN, Doreen HECKMANN-NÖTZEL, A Emre KAVUR, Tim RÄDSCH, Carole H SUDRE, Laura ACION, Michela ANTONELLI, Tal ARBEL, Spyridon BAKAS, Arriel BENIS, Florian BUETTNER, M Jorge CARDOSO, Veronika CHEPLYGINA, Jianxu CHEN, Evangelia CHRISTODOULOU, Beth A CIMINI, Keyvan FARAHANI, Luciana FERRER, Adrian GALDRAN, Bram van GINNEKEN, Ben GLOCKER, Patrick GODAU, Daniel A HASHIMOTO, Michael M HOFFMAN, Merel HUISMAN, Fabian ISENSEE, Pierre JANNIN, Charles E KAHN, Dagmar KAINMUELLER, Bernhard KAINZ, Alexandros KARARGYRIS, Jens KLEESIEK, Florian KOFLER, Thijs KOOI, Annette KOPP-SCHNEIDER, Michal KOZUBEK, Anna KRESHUK, Tahsin KURC, Bennett A LANDMAN, Geert LITJENS, Amin MADANI, Klaus MAIER-HEIN, Anne L MARTEL, Erik MEIJERING, Bjoern MENZE, Karel GM MOONS, Henning MÜLLER, Brennan NICHYPORUK, Felix NICKEL, Jens PETERSEN, Susanne M RAFELSKI, Nasir RAJPOOT, Mauricio REYES, Michael A RIEGLER, Nicola RIEKE, Julio SAEZ-RODRIGUEZ, Clara I SÁNCHEZ, Shravya SHETTY, Ronald M SUMMERS, Abdel A TAHA, Aleksei TIULPIN, Sotirios A TSAFTARIS, Ben Van CALSTER, Gaël VAROQUAUX, Ziv R YANIV, Paul F JÄGER a Lena MAIER-HEIN. Understanding metric-related pitfalls in image analysis validation. NATURE METHODS. UNITED STATES: NATURE PORTFOLIO, 2024, roč. 21, February, s. 182-194, 20 s. ISSN 1548-7091. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41592-023-02150-0.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Německo.
      Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: SEGMENTATION
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 21. 11. 2024 14:19.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2453698/cs

    2023

    1. ImgLib2 and BigDataViewer Hackathon Brno
      EŠNER, Milan, Vladimír ULMAN, Nils NORLIN, Ivana SEKANINOVÁ a Eliška JANÍČKOVÁ. ImgLib2 and BigDataViewer Hackathon Brno. 2023.
      URL
      RIV/00216224:14740/23:00133645 Popularizační texty a aktivity. angličtina. Česká republika.
      Ešner, Milan (203 Česká republika, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí) -- Sekaninová, Ivana (203 Česká republika, domácí) -- Janíčková, Eliška (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Hackathon; ImgLib2; BigDataViewer; BigVolumeViewer; BigStitcher; QuPath; Mastodon; Elephant and sciview software packages
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Eva Dubská, učo 77638. Změněno: 20. 3. 2024 13:57.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2377899/cs
    2. MAPHIS - Measuring arthropod phenotypes using hierarchical image segmentations (software)
      MRÁZ, Radoslav, Karel ŠTĚPKA, Matěj PEKÁR, Petr MATULA a Stanislav PEKÁR. MAPHIS - Measuring arthropod phenotypes using hierarchical image segmentations. 2023. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/2041-210X.14250.
      https://maphis.fi.muni.cz/ Software repository
      Název anglicky: MAPHIS - Measuring arthropod phenotypes using hierarchical image segmentations
      RIV/00216224:14330/23:00133697 Software. angličtina. Česká republika.
      Mráz, Radoslav (703 Slovensko, domácí) -- Štěpka, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Pekár, Matěj (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Pekár, Stanislav (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: arachnids;arthropods;convolutional neural networks;hierarchical segmentation;image analysis;insects;machine vision;morphological traits
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Radoslav Mráz, učo 433593. Změněno: 29. 2. 2024 16:50.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2379877/cs
    3. Privacy risks of whole-slide image sharing in digital pathology
      HOLUB, Petr, Heimo MÜLLER, Tomáš BÍL, Luca PIREDDU, Markus PLASS, Fabian PRASSER, Irene SCHLÜNDER, Kurt ZATLOUKAL, Rudolf NENUTIL a Tomáš BRÁZDIL. Privacy risks of whole-slide image sharing in digital pathology. Nature Communications. 2023, roč. 14, č. 2577, s. 1-15. ISSN 2041-1723. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41467-023-37991-y.
      URL
      Název anglicky: Privacy risks of whole-slide image sharing in digital pathology
      RIV/00216224:14610/23:00130727 Článek v odborném periodiku. angličtina. Německo.
      Holub, Petr (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bíl, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Nenutil, Rudolf (203 Česká republika) -- Brázdil, Tomáš (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: digital pathology; whole slide images; anonymity; privacy risks; data sharing
      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 5. 4. 2024 11:00.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2280138/cs
    4. Segmentation and Tracking of Mammary Epithelial Organoids in Brightfield Microscopy
      HRADECKÁ, Lucia, David WIESNER, Jakub SUMBAL, Zuzana SUMBALOVÁ KOLEDOVÁ a Martin MAŠKA. Segmentation and Tracking of Mammary Epithelial Organoids in Brightfield Microscopy. IEEE Transactions on Medical Imaging. 2023, roč. 42, č. 1, s. 281-290. ISSN 0278-0062. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/TMI.2022.3210714.
      URL
      RIV/00216224:14330/23:00130029 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Hradecká, Lucia (703 Slovensko, domácí) -- Wiesner, David (203 Česká republika, domácí) -- Sumbal, Jakub (203 Česká republika, domácí) -- Sumbalová Koledová, Zuzana (703 Slovensko, domácí) -- Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: organoid segmentation; organoid tracking; brightfield microscopy; deep learning; image synthesis
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 7. 4. 2024 22:32.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2220797/cs
    5. Shedding light on the black box of a neural network used to detect prostate cancer in whole slide images by occlusion-based explainability
      GALLO, Matej, Vojtěch KRAJŇANSKÝ, Rudolf NENUTIL, Petr HOLUB a Tomáš BRÁZDIL. Shedding light on the black box of a neural network used to detect prostate cancer in whole slide images by occlusion-based explainability. NEW BIOTECHNOLOGY. NETHERLANDS: ELSEVIER, 2023, roč. 78, December, s. 52-67. ISSN 1871-6784. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.nbt.2023.09.008.
      URL
      RIV/00216224:14330/23:00131902 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Gallo, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Krajňanský, Vojtěch (203 Česká republika, domácí) -- Nenutil, Rudolf (203 Česká republika) -- Holub, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Brázdil, Tomáš (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Artificial intelligence; Digital histopathology; Explainable AI; Machine learning; Occlusion sensitivity analysis; Prostate cancer
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Tomáš Brázdil, Ph.D., učo 4074. Změněno: 29. 10. 2024 14:45.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2326025/cs
    6. Spatiotemporal cell surface generator (software)
      WIESNER, David a Julian SUK. Spatiotemporal cell surface generator. 2023.
      URL
      RIV/00216224:14330/23:00133647 Software. angličtina. Česká republika.
      Wiesner, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Suk, Julian (528 Nizozemské království)
      Klíčová slova anglicky: simulation; cell shape; biomedical
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. David Wiesner, Ph.D., učo 255597. Změněno: 27. 2. 2024 15:30.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2378568/cs
    7. The Cell Tracking Challenge: 10 years of objective benchmarking
      MAŠKA, Martin, Vladimír ULMAN, Pablo DELGADO-RODRIGUEZ, Estibaliz GÓMEZ-DE-MARISCAL, Tereza NEČASOVÁ, Fidel A Guerrero PEÑA, Tsang Ing REN, Elliot M MEYEROWITZ, Tim SCHERR, Katharina LÖFFLER, Ralf MIKUT, Tianqi GUO, Yin WANG, Jan P ALLEBACH, Rina BAO, Noor M AL-SHAKARJI, Gani RAHMON, Imad Eddine TOUBAL, Kannappan PALANIAPPAN, Filip LUX, Petr MATULA, Ko SUGAWARA, Klas E G MAGNUSSON, Layton AHO, Andrew R COHEN, Assaf ARBELLE, Tal BEN-HAIM, Tammy Riklin RAVIV, Fabian ISENSEE, Paul F JÄGER, Klaus H MAIER-HEIN, Yanming ZHU, Cristina EDERRA, Ainhoa URBIOLA, Erik MEIJERING, Alexandre CUNHA, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Michal KOZUBEK a Carlos ORTIZ-DE-SOLÓRZANO. The Cell Tracking Challenge: 10 years of objective benchmarking. Nature Methods. 2023, roč. 20, č. 7, s. 1010-1020. ISSN 1548-7091. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41592-023-01879-y.
      URL
      RIV/00216224:14330/23:00130820 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Delgado-Rodriguez, Pablo (724 Španělsko) -- Gómez-de-Mariscal, Estibaliz (724 Španělsko) -- Nečasová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Peña, Fidel A Guerrero (76 Brazílie) -- Ren, Tsang Ing (840 Spojené státy) -- Meyerowitz, Elliot M (840 Spojené státy) -- Scherr, Tim (276 Německo) -- Löffler, Katharina (276 Německo) -- Mikut, Ralf (276 Německo) -- Guo, Tianqi (840 Spojené státy) -- Wang, Yin (840 Spojené státy) -- Allebach, Jan P (840 Spojené státy) -- Bao, Rina (840 Spojené státy) -- Al-Shakarji, Noor M (840 Spojené státy) -- Rahmon, Gani (840 Spojené státy) -- Toubal, Imad Eddine (840 Spojené státy) -- Palaniappan, Kannappan (840 Spojené státy) -- Lux, Filip (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Sugawara, Ko (250 Francie) -- Magnusson, Klas E G (752 Švédsko) -- Aho, Layton (840 Spojené státy) -- Cohen, Andrew R (840 Spojené státy) -- Arbelle, Assaf (376 Izrael) -- Ben-Haim, Tal (376 Izrael) -- Raviv, Tammy Riklin (376 Izrael) -- Isensee, Fabian (276 Německo) -- Jäger, Paul F (276 Německo) -- Maier-Hein, Klaus H (276 Německo) -- Zhu, Yanming (36 Austrálie) -- Ederra, Cristina (724 Španělsko) -- Urbiola, Ainhoa (724 Španělsko) -- Meijering, Erik (36 Austrálie) -- Cunha, Alexandre (840 Spojené státy) -- Muñoz-Barrutia, Arrate (724 Španělsko) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Ortiz-de-Solórzano, Carlos (724 Španělsko)
      Klíčová slova anglicky: cell segmentation;cell tracking;benchmarking
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 8. 4. 2024 15:39.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2285029/cs
    8. Why is the winner the best?
      EISENMANN, M., A. REINKE, V. WERU, M. D. TIZABI, F. ISENSEE, T. J. ADLER, S. ALI, V. ANDREARCZYK, M. AUBREVILLE, U. BAID, S. BAKAS, N. BALU, S. BANO, J. BERNAL, S. BODENSTEDT, A. CASELLA, V. CHEPLYGINA, M. DAUM, M. DE BRUIJNE, A. DEPEURSINGE, R. DORENT, J. EGGER, D. G. ELLIS, S. ENGELHARDT, M. GANZ, N. GHATWARY, G. GIRARD, P. GODAU, A. GUPTA, L. HANSEN, K. HARADA, M. HEINRICH, N. HELLER, A. HERING, A. HUAULME, P. JANNIN, A. E. KAVUR, O. KODYM, Michal KOZUBEK, J. LI, H. LI, J. MA, C. MARTIN-ISLA, B. MENZE, A. NOBLE, V. OREILLER, N. PADOY, S. PATI, K. PAYETTE, T. RAEDSCH, J. RAFAEL-PATINO, V. Singh BAWA, S. SPEIDEL, C. H. SUDRE, K. VAN WIJNEN, M. WAGNER, D. WEI, A. YAMLAHI, M. H. YAP, C. YUAN, M. ZENK, A. ZIA, D. ZIMMERER, D. AYDOGAN, B. BHATTARAI, L. BLOCH, R. BRUENGEL, J. CHO, C. CHOI, Q. DOU, I. EZHOV, C. M. FRIEDRICH, C. FULLER, R. R. GAIRE, A. GALDRAN, A. Garcia FAURA, M. GRAMMATIKOPOULOU, S. HONG, M. JAHANIFAR, I. JANG, A. KADKHODAMOHAMMADI, I. KANG, F. KOFLER, S. KONDO, H. KUIJF, M. LI, M. LUU, T. MARTINCIC, P. MORAIS, M. A. NASER, B. OLIVEIRA, D. OWEN, S. PANG, J. PARK, S. PARK, S. PLOTKA, E. PUYBAREAU, N. RAJPOOT, K. RYU, N. SAEED, A. SHEPHARD, P. SHI, D. STEPEC, R. SUBEDI, G. TOCHON, H. R. TORRES, H. URIEN, J. L. VILACA, K. A. WAHID, H. WANG, J. WANG, L. WANG, X. WANG, B. WIESTLER, M. WODZINSKI, F. XIA, J. XIE, Z. XIONG, S. YANG, Y. YANG, Z. ZHAO, K. MAIER-HEIN, P. F. JAEGER, A. KOPP-SCHNEIDER a L. MAIER-HEIN. Why is the winner the best?. Online. In 979-8-3503-0129-8. 2023 IEEE/CVF CONFERENCE ON COMPUTER VISION AND PATTERN RECOGNITION (CVPR). Vancouver: IEEE COMPUTER SOC, 2023, s. 19955-19966. ISBN 979-8-3503-0129-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/CVPR52729.2023.01911.
      RIV/00216224:14310/23:00133939 Stať ve sborníku. angličtina. Spojené státy.
      Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: cell microscopy; Medical and biological vision
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 24. 4. 2024 03:12.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2392236/cs
    9. xOpat: eXplainable Open Pathology Analysis Tool
      HORÁK, Jiří, Katarína FURMANOVÁ, Barbora KOZLÍKOVÁ, Tomáš BRÁZDIL, Petr HOLUB, Martin KAČENGA, Matej GALLO, Rudolf NENUTIL, Jan BYŠKA a Vít RUSŇÁK. xOpat: eXplainable Open Pathology Analysis Tool. COMPUTER GRAPHICS FORUM. England: Wiley, 2023, roč. 42, č. 3, s. 63-73. ISSN 0167-7055. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/cgf.14812.
      URL
      Název anglicky: xOpat: eXplainable Open Pathology Analysis Tool
      RIV/00216224:14330/23:00130943 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Horák, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Furmanová, Katarína (703 Slovensko, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Brázdil, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Holub, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Kačenga, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Gallo, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Nenutil, Rudolf (203 Česká republika) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Rusňák, Vít (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Medical Imaging; Scientific Visualization; Open Pathology; Toolkit; artificial intelligence; Visual Analysis; AI explainability; GPU Rendering;
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Tomáš Brázdil, Ph.D., učo 4074. Změněno: 6. 2. 2024 21:04.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2290959/cs

    2022

    1. Automated annotations of epithelial cells and stroma in hematoxylin–eosin-stained whole-slide images using cytokeratin re-staining
      BRÁZDIL, Tomáš, Matej GALLO, Rudolf NENUTIL, Andrej KUBANDA, Martin TOUFAR a Petr HOLUB. Automated annotations of epithelial cells and stroma in hematoxylin–eosin-stained whole-slide images using cytokeratin re-staining. The Journal of Pathology: Clinical Research. 2022, roč. 8, č. 2, s. 129-142. ISSN 2056-4538. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cjp2.249.
      Wiley Online
      Název anglicky: Automated annotations of epithelial cells and stroma in hematoxylin–eosin-stained whole-slide images using cytokeratin re-staining
      RIV/00216224:14330/22:00125032 Článek v odborném periodiku. angličtina. Česká republika.
      Brázdil, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Gallo, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Nenutil, Rudolf (203 Česká republika) -- Kubanda, Andrej (703 Slovensko, domácí) -- Toufar, Martin (203 Česká republika) -- Holub, Petr (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: U-Net; artificial intelligence; digital pathology; H&E; immunohistochemistry; deep learning; tissue registration
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Tereza Miškechová, učo 341652. Změněno: 10. 1. 2023 15:02.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1801217/cs
    2. Differentiation of high grade glioma and brain metastasis using intravoxel incoherent motion MRI
      KEŘKOVSKÝ, Miloš, Marek DOSTÁL, Tereza KOPŘIVOVÁ, Tomáš JŮZA, Václav VYBÍHAL, Eduard NEUMAN, Petr MATULA a Michal KOZUBEK. Differentiation of high grade glioma and brain metastasis using intravoxel incoherent motion MRI. In 45th ESNR Annual Meeting. 2022.
      Název anglicky: Differentiation of high grade glioma and brain metastasis using intravoxel incoherent motion MRI

      Změnil: Mgr. Ing. Marek Dostál, Ph.D., učo 424327. Změněno: 9. 3. 2023 06:18.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2265742/cs
    3. Federated learning enables big data for rare cancer boundary detection
      PATI, Sarthak, Ujjwal BAID, Brandon EDWARDS, Micah SHELLER, Shih-Han WANG, G Anthony REINA, Patrick FOLEY, Alexey GRUZDEV, Deepthi KARKADA, Christos DAVATZIKOS, Chiharu SAKO, Satyam GHODASARA, Michel BILELLO, Suyash MOHAN, Philipp VOLLMUTH, Gianluca BRUGNARA, Chandrakanth J PREETHA, Felix SAHM, Klaus MAIER-HEIN, Maximilian ZENK, Martin BENDSZUS, Wolfgang WICK, Evan CALABRESE, Jeffrey RUDIE, Javier VILLANUEVA-MEYER, Soonmee CHA, Madhura INGALHALIKAR, Manali JADHAV, Umang PANDEY, Jitender SAINI, John GARRETT, Matthew LARSON, Robert JERAJ, Stuart CURRIE, Russell FROOD, Kavi FATANIA, Raymond Y HUANG, Ken CHANG, Carmen Balaña QUINTERO, Jaume CAPELLADES, Josep PUIG, Johannes TRENKLER, Josef PICHLER, Georg NECKER, Andreas HAUNSCHMIDT, Stephan MECKEL, Gaurav SHUKLA, Spencer LIEM, Gregory S ALEXANDER, Joseph LOMBARDO, Joshua D PALMER, Adam E FLANDERS, Adam P DICKER, Haris I SAIR, Craig K JONES, Archana VENKATARAMAN, Meirui JIANG, Tiffany Y SO, Cheng CHEN, Pheng Ann HENG, Qi DOU, Michal KOZUBEK, Filip LUX, Jan MICHÁLEK, Petr MATULA, Miloš KEŘKOVSKÝ, Tereza KOPŘIVOVÁ, Marek DOSTÁL, Václav VYBÍHAL, Michael A VOGELBAUM, J Ross MITCHELL, Joaquim FARINHAS, Joseph A MALDJIAN, Chandan Ganesh Bangalore YOGANANDA, Marco C PINHO, Divya REDDY, James HOLCOMB, Benjamin C WAGNER, Benjamin M ELLINGSON, Timothy F CLOUGHESY, Catalina RAYMOND, Talia OUGHOURLIAN, Akifumi HAGIWARA, Chencai WANG, Minh-Son TO, Sargam BHARDWAJ, Chee CHONG, Marc AGZARIAN, Alexandre Xavier FALCÃO, Samuel B MARTINS, Bernardo C A TEIXEIRA, Flávia SPRENGER, David MENOTTI, Diego R LUCIO, Pamela LAMONTAGNE, Daniel MARCUS, Benedikt WIESTLER, Florian KOFLER, Ivan EZHOV, Marie METZ, Rajan JAIN, Matthew LEE, Yvonne W LUI, Richard MCKINLEY, Johannes SLOTBOOM, Piotr RADOJEWSKI, Raphael MEIER, Roland WIEST, Derrick MURCIA, Eric FU, Rourke HAAS, John THOMPSON, David Ryan ORMOND, Chaitra BADVE, Andrew E SLOAN, Vachan VADMAL, Kristin WAITE, Rivka R COLEN, Linmin PEI, Murat AK, Ashok SRINIVASAN, J Rajiv BAPURAJ, Arvind RAO, Nicholas WANG, Ota YOSHIAKI, Toshio MORITANI, Sevcan TURK, Joonsang LEE, Snehal PRABHUDESAI, Fanny MORÓN, Jacob MANDEL, Konstantinos KAMNITSAS, Ben GLOCKER, Luke V M DIXON, Matthew WILLIAMS, Peter ZAMPAKIS, Vasileios PANAGIOTOPOULOS, Panagiotis TSIGANOS, Sotiris ALEXIOU, Ilias HALIASSOS, Evangelia I ZACHARAKI, Konstantinos MOUSTAKAS, Christina KALOGEROPOULOU, Dimitrios M KARDAMAKIS, Yoon Seong CHOI, Seung-Koo LEE, Jong Hee CHANG, Sung Soo AHN, Bing LUO, Laila POISSON, Ning WEN, Pallavi TIWARI, Ruchika VERMA, Rohan BAREJA, Ipsa YADAV, Jonathan CHEN, Neeraj KUMAR, Marion SMITS, Sebastian R VAN DER VOORT, Ahmed ALAFANDI, Fatih INCEKARA, Maarten M J WIJNENGA, Georgios KAPSAS, Renske GAHRMANN, Joost W SCHOUTEN, Hendrikus J DUBBINK, Arnaud J P E VINCENT, Martin J VAN DEN BENT, Pim J FRENCH, Stefan KLEIN, Yading YUAN, Sonam SHARMA, Tzu-Chi TSENG, Saba ADABI, Simone P NICLOU, Olivier KEUNEN, Ann-Christin HAU, Martin VALLIÈRES, David FORTIN, Martin LEPAGE, Bennett LANDMAN, Karthik RAMADASS, Kaiwen XU, Silky CHOTAI, Lola B CHAMBLESS, Akshitkumar MISTRY, Reid C THOMPSON, Yuriy GUSEV, Krithika BHUVANESHWAR, Anousheh SAYAH, Camelia BENCHEQROUN, Anas BELOUALI, Subha MADHAVAN, Thomas C BOOTH, Alysha CHELLIAH, Marc MODAT, Haris SHUAIB, Carmen DRAGOS, Aly ABAYAZEED, Kenneth KOLODZIEJ, Michael HILL, Ahmed ABBASSY, Shady GAMAL, Mahmoud MEKHAIMAR, Mohamed QAYATI, Mauricio REYES, Ji Eun PARK, Jihye YUN, Ho Sung KIM, Abhishek MAHAJAN, Mark MUZI, Sean BENSON, Regina G H BEETS-TAN, Jonas TEUWEN, Alejandro HERRERA-TRUJILLO, Maria TRUJILLO, William ESCOBAR, Ana ABELLO, Jose BERNAL, Jhon GÓMEZ, Joseph CHOI, Stephen BAEK, Yusung KIM, Heba ISMAEL, Bryan ALLEN, John M BUATTI, Aikaterini KOTROTSOU, Hongwei LI, Tobias WEISS, Michael WELLER, Andrea BINK, Bertrand POUYMAYOU, Hassan F SHAYKH, Joel SALTZ, Prateek PRASANNA, Sampurna SHRESTHA, Kartik M MANI, David PAYNE, Tahsin KURC, Enrique PELAEZ, Heydy FRANCO-MALDONADO, Francis LOAYZA, Sebastian QUEVEDO, Pamela GUEVARA, Esteban TORCHE, Cristobal MENDOZA, Vera FRANCO, Elvis RÍOS, Eduardo LÓPEZ, Sergio A VELASTIN, Godwin OGBOLE, Mayowa SONEYE, Dotun OYEKUNLE, Olubunmi ODAFE-OYIBOTHA, Babatunde OSOBU, Mustapha SHU'AIBU, Adeleye DORCAS, Farouk DAKO, Amber L SIMPSON, Mohammad HAMGHALAM, Jacob J PEOPLES, Ricky HU, Anh TRAN, Danielle CUTLER, Fabio Y MORAES, Michael A BOSS, James GIMPEL, Deepak Kattil VEETTIL, Kendall SCHMIDT, Brian BIALECKI, Sailaja MARELLA, Cynthia PRICE, Lisa CIMINO, Charles APGAR, Prashant SHAH, Bjoern MENZE, Jill S BARNHOLTZ-SLOAN, Jason MARTIN a Spyridon BAKAS. Federated learning enables big data for rare cancer boundary detection. Nature Communications. London: Nature Publishing Group, 2022, roč. 13, č. 7346, s. 1-17. ISSN 2041-1723. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41467-022-33407-5.
      URL
      Název anglicky: Federated learning enables big data for rare cancer boundary detection
      RIV/00216224:14330/22:00129718 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant, domácí) -- Lux, Filip (203 Česká republika, domácí) -- Michálek, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Keřkovský, Miloš (203 Česká republika, domácí) -- Kopřivová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Dostál, Marek (203 Česká republika, domácí) -- Vybíhal, Václav (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Biomedical engineering; CNS cancer; Computer science; Medical imaging; Medical research
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 18. 8. 2023 07:58.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2240109/cs
    4. Implicit Neural Representations for Generative Modeling of Living Cell Shapes
      WIESNER, David, Julian SUK, Sven DUMMER, David SVOBODA a Jelmer WOLTERINK. Implicit Neural Representations for Generative Modeling of Living Cell Shapes. Online. In Linwei Wang, Qi Dou, P. Thomas Fletcher, Stefanie Speidel, Shuo Li. International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention. Switzerland: Springer Nature Switzerland, 2022, s. 58-67. ISBN 978-3-031-16439-2. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-16440-8_6.
      URL
      Název česky: Implicitní neurální reprezentace pro generativní modelování tvaru živých buněk
      RIV/00216224:14330/22:00125774 Stať ve sborníku. angličtina. Švýcarsko.
      Wiesner, David (203 Česká republika, domácí) -- Suk, Julian (528 Nizozemské království) -- Dummer, Sven (528 Nizozemské království) -- Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: cell shape modeling; neural networks; implicit neural representations; signed distance function; generative model; interpolation
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 28. 3. 2023 10:42.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1851540/cs
    5. On-the-fly Adaptation of Patrolling Strategies in Changing Environments
      BRÁZDIL, Tomáš, David KLAŠKA, Antonín KUČERA, Vít MUSIL, Petr NOVOTNÝ a Vojtěch ŘEHÁK. On-the-fly Adaptation of Patrolling Strategies in Changing Environments. Online. In James Cussens, Kun Zhang. Proceedings of the Thirty-Eighth Conference on Uncertainty in Artificial Intelligence, UAI 2022. Neuveden: Proceedings of Machine Learning Research, 2022, s. 244-254. ISBN 978-1-7138-6329-8.
      Paper URL
      RIV/00216224:14330/22:00127027 Stať ve sborníku. angličtina.
      Brázdil, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Klaška, David (203 Česká republika, domácí) -- Kučera, Antonín (203 Česká republika, garant, domácí) -- Musil, Vít (203 Česká republika, domácí) -- Novotný, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Řehák, Vojtěch (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: patrolling games; strategy synthesis
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Michal Petr, učo 65024. Změněno: 28. 8. 2024 10:23.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2227363/cs
    6. Review of cell image synthesis for image processing
      ULMAN, Vladimír a David WIESNER. Review of cell image synthesis for image processing. In Ninon Burgos, David Svoboda. Biomedical Image Synthesis and Simulation - Methods and Applications. 1st ed. Neuveden: Elsevier, 2022, s. 447-489. The MICCAI Society book Series. ISBN 978-0-12-824349-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/B978-0-12-824349-7.00028-1.
      URL
      RIV/00216224:14330/22:00126356 Kapitola resp. kapitoly v odborné knize. angličtina. Spojené státy.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant) -- Wiesner, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Image synthesis; Deep learning; Cell segmentation; Ground-truth data; Biomedical application
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 6. 2. 2023 22:26.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1883441/cs

    2021

    1. Multimodal Imaging of 3D Cell Aggregates
      PREISLER, Jan, Markéta MACHÁLKOVÁ, Barbora ADAMOVÁ, Jarmila NAVRÁTILOVÁ, Marek STIBOREK, Stanislava MELIORISOVÁ, Jiří KROUPA, Pavel HOUŠKA, Jan MICHÁLEK, Karel ŠTĚPKA, Katarzyna Anna RADASZKIEWICZ, Adam PRUŠKA, Viktor KANICKÝ, Michal KOZUBEK a Jan ŠMARDA. Multimodal Imaging of 3D Cell Aggregates. In MSB 2021. 2021.
      URL URL
      čeština. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: multimodal, imaging, mass spectrometry, 3D cell aggregates
      Druh účasti: vyžádaná přednáška
      Změnil: prof. Mgr. Jan Preisler, Ph.D., učo 45329. Změněno: 4. 1. 2022 12:35.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1816278/cs
    2. Simulation and Synthesis in Medical Imaging
      SVOBODA, David, Ninon BURGOS, Jelmer M. WOLTERINK a Can ZHAO. Simulation and Synthesis in Medical Imaging. 1. vyd. Cham: Springer, 2021, 154 s. ISBN 978-3-030-87591-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-87592-3.
      URL
      angličtina. Německo.
      Klíčová slova anglicky: Image Processing and Computer Vision;Artificial Intelligence; Pattern Recognition; Computational Biology/Bioinformatics
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 29. 3. 2023 15:16.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1796031/cs
    3. Topology Preserving Segmentation Fusion for Cells with Complex Shapes
      MELNIKOVA, Aleksandra a Petr MATULA. Topology Preserving Segmentation Fusion for Cells with Complex Shapes. Online. In The IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. Nice: IEEE, 2021, s. 204-207. ISBN 978-1-6654-1246-9. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI48211.2021.9433867.
      Název anglicky: Topology Preserving Segmentation Fusion for Cells with Complex Shapes
      RIV/00216224:14330/21:00118940 Stať ve sborníku. angličtina.
      Melnikova, Aleksandra (643 Rusko, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Segmentation fusion; Reference annotation; Cell annotation; Shape
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Michal Petr, učo 65024. Změněno: 16. 5. 2022 14:56.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1762543/cs
    4. Transfer Learning in Optical Microscopy
      KOZLOVSKÝ, Martin, David WIESNER a David SVOBODA. Transfer Learning in Optical Microscopy. Online. In Svoboda D., Burgos N., Wolterink J., Zhao C. Simulation and Synthesis in Medical Imaging. LNCS 12965. Neuveden: Springer, 2021, s. 77-86. ISBN 978-3-030-87591-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-87592-3_8.
      URL
      RIV/00216224:14330/21:00122077 Stať ve sborníku. angličtina. Německo.
      Kozlovský, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Wiesner, David (203 Česká republika, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Fluorescence microscopy; Phase-contrast microscopy; GAN; Image synthesis; Machine learning
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 13. 5. 2024 16:28.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1785739/cs

    2020

    1. Age and gender-based human face reconstruction from single frontal image
      FERKOVÁ, Zuzana, Petra URBANOVÁ, Dominik ČERNÝ, Marek ŽUŽI a Petr MATULA. Age and gender-based human face reconstruction from single frontal image. Multimedia Tools and Applications. Kluwer Academic Publishers, 2020, roč. 79, 5-6, s. 3217-3242. ISSN 1380-7501. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s11042-018-6869-5.
      URL
      RIV/00216224:14330/20:00115015 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Ferková, Zuzana (703 Slovensko, garant, domácí) -- Urbanová, Petra (203 Česká republika, domácí) -- Černý, Dominik (203 Česká republika, domácí) -- Žuži, Marek (703 Slovensko, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Face reconstruction; Single photo reconstruction; Depth image database; Frontal image; Forensic anthropology
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: doc. RNDr. Petra Urbanová, Ph.D., učo 21708. Změněno: 2. 2. 2021 16:02.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1473220/cs
    2. Akutní končetinová ischemie při konkomitantní systémové a plicní embolizaci
      ŠUJAKOVÁ, Lenka, Jiří PAŘENICA, Jiří HLÁSENSKÝ, Miloš KEŘKOVSKÝ, Tomáš ANDRAŠINA, Zdeněk ŠILHART a Petr KALA. Akutní končetinová ischemie při konkomitantní systémové a plicní embolizaci. Cor et Vasa Case Reports. Brno: Česká kardiologická společnost, z. s., 2020, roč. 2020, č. 3, s. 73-78. ISSN 2571-0648.
      URL
      Název anglicky: Acute limb ischemia in concomitant systemic and pulmonary embolization
      RIV/00216224:14110/20:00117282 Článek v odborném periodiku. čeština. Česká republika.
      Šujaková, Lenka (703 Slovensko, garant, domácí) -- Pařenica, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Hlásenský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Keřkovský, Miloš (203 Česká republika, domácí) -- Andrašina, Tomáš (703 Slovensko, domácí) -- Šilhart, Zdeněk (203 Česká republika) -- Kala, Petr (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Acute limb ischemia; Persistent foramen ovale; Pulmonary embolism; Thrombolysis
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Tereza Miškechová, učo 341652. Změněno: 9. 12. 2020 11:18.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1706318/cs
    3. BIAFLOWS: A Collaborative Framework to Reproducibly Deploy and Benchmark Bioimage Analysis Workflows
      RUBENS, Ulysse, Romain MORMONT, Lassi PAAVOLAINEN, Volker BÄCKER, Benjamin PAVIE, Leandro A. SCHOLZ, Gino MICHIELS, Martin MAŠKA, Devrim ÜNAY, Graeme BALL, Renaud HOYOUX, Rémy VANDAELE, Ofra GOLANI, Stefan G. STANCIU, Natasa SLADOJE, Perrine PAUL-GILLOTEAUX, Raphaël MARÉE a Sébastien TOSI. BIAFLOWS: A Collaborative Framework to Reproducibly Deploy and Benchmark Bioimage Analysis Workflows. Patterns. Cell Press, 2020, roč. 1, č. 3, s. 1-10. ISSN 2666-3899. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.patter.2020.100040.
      URL
      RIV/00216224:14330/20:00115769 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Rubens, Ulysse (56 Belgie) -- Mormont, Romain (56 Belgie) -- Paavolainen, Lassi (246 Finsko) -- Bäcker, Volker (250 Francie) -- Pavie, Benjamin (56 Belgie) -- Scholz, Leandro A. (76 Brazílie) -- Michiels, Gino (56 Belgie) -- Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ünay, Devrim (792 Turecko) -- Ball, Graeme (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Hoyoux, Renaud (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Vandaele, Rémy (56 Belgie) -- Golani, Ofra (376 Izrael) -- Stanciu, Stefan G. (642 Rumunsko) -- Sladoje, Natasa (752 Švédsko) -- Paul-Gilloteaux, Perrine (250 Francie) -- Marée, Raphaël (56 Belgie) -- Tosi, Sébastien (724 Španělsko)
      Klíčová slova anglicky: image analysis; software benchmarking; deployment; reproducibility; bioimaging; deep learning
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 14. 5. 2021 05:55.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1661361/cs
    4. BIAS: Transparent reporting of biomedical image analysis challenges
      MAIER-HEIN, Lena, Annika REINKE, Michal KOZUBEK, Anne L. MARTEL, Tal ARBEL, Matthias EISENMANN, Allan HANBURY, Pierre JANNIN, Henning MÜLLER, Sinan ONOGUR, Julio SAEZ-RODRIGUEZ, Bram VAN GINNEKEN, Annette KOPP-SCHNEIDER a Bennett A. LANDMAN. BIAS: Transparent reporting of biomedical image analysis challenges. Medical Image Analysis. Elsevier, 2020, roč. 66, č. 101796, s. 1-7. ISSN 1361-8415. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.media.2020.101796.
      URL
      RIV/00216224:14330/20:00116355 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Maier-Hein, Lena (276 Německo) -- Reinke, Annika (276 Německo) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant, domácí) -- Martel, Anne L. (124 Kanada) -- Arbel, Tal (124 Kanada) -- Eisenmann, Matthias (276 Německo) -- Hanbury, Allan (40 Rakousko) -- Jannin, Pierre (250 Francie) -- Müller, Henning (756 Švýcarsko) -- Onogur, Sinan (276 Německo) -- Saez-Rodriguez, Julio (276 Německo) -- van Ginneken, Bram (528 Nizozemské království) -- Kopp-Schneider, Annette (276 Německo) -- Landman, Bennett A. (840 Spojené státy)
      Klíčová slova anglicky: Biomedical challenges;Good scientific practice;Biomedical image analysis;Guideline
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 14. 6. 2022 12:29.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1677718/cs
    5. Condensed U-Net (CU-Net): An Improved U-Net Architecture for Cell Segmentation Powered by 4x4 Max-Pooling Layers
      AKBAS, Cem Emre a Michal KOZUBEK. Condensed U-Net (CU-Net): An Improved U-Net Architecture for Cell Segmentation Powered by 4x4 Max-Pooling Layers. Online. In IEEE 17th International Symposium on Biomedical Imaging. Iowa: IEEE, 2020, s. 446-450. ISBN 978-1-5386-9330-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI45749.2020.9098351.
      URL
      RIV/00216224:14330/20:00115503 Stať ve sborníku. angličtina. Spojené státy.
      Akbas, Cem Emre (792 Turecko, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Biomedical Image Segmentation; Convolutional Neural Networks; Deep Learning; Feature Learning; Max Pooling
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 10. 5. 2021 05:41.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1644098/cs
    6. Difuzní léze jater
      ROHAN, Tomáš a Tereza KOPŘIVOVÁ. Difuzní léze jater. In 18. Valtické kurzy abdominální a gastrointestinální radiologie. 2020.
      čeština. Česká republika.
      Změnil: MUDr. Tomáš Rohan, Ph.D., učo 358905. Změněno: 2. 10. 2020 12:45.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1682265/cs
    7. Image-based Simulations of Tubular Network Formation
      SVOBODA, David a Tereza NEČASOVÁ. Image-based Simulations of Tubular Network Formation. Online. In 17th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. Neuveden: IEEE, 2020, s. 1608-1612. ISBN 978-1-5386-9330-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI45749.2020.9098736.
      URL
      RIV/00216224:14330/20:00114090 Stať ve sborníku. angličtina. Spojené státy.
      Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Nečasová, Tereza (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Light Microscopy; Confocal Microscopy; Fluorescence Microscopy; Cells & molecules; Image synthesis
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 29. 4. 2021 12:25.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1643137/cs
    8. Lactic Acidosis Interferes With Toxicity of Perifosine to Colorectal Cancer Spheroids: Multimodal Imaging Analysis
      PAVLATOVSKÁ, Barbora, Markéta MACHÁLKOVÁ, Petra BRISUDOVÁ, Adam PRUŠKA, Karel ŠTĚPKA, Jan MICHÁLEK, Tereza NEČASOVÁ, Petr BENEŠ, Jan ŠMARDA, Jan PREISLER, Michal KOZUBEK a Jarmila NAVRÁTILOVÁ. Lactic Acidosis Interferes With Toxicity of Perifosine to Colorectal Cancer Spheroids: Multimodal Imaging Analysis. Frontiers in Oncology. Lausanne: Frontiers Media S.A., 2020, roč. 10, December, s. 1-18. ISSN 2234-943X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3389/fonc.2020.581365.
      URL
      RIV/00216224:14310/20:00117367 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Pavlatovská, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Machálková, Markéta (203 Česká republika, domácí) -- Brisudová, Petra (703 Slovensko, domácí) -- Štěpka, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Michálek, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Nečasová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Beneš, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Šmarda, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Preisler, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Navrátilová, Jarmila (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: perifosine; Akt kinase; tumor environment; lactic acidosis; alkalization; signal co-registration; mass spectrometry imaging; colorectal cancer
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 14. 1. 2021 13:37.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1709996/cs
    9. Morfologie Corpus Callosum a klinický stav u pacientů s depresivní poruchou
      HOŘÍNKOVÁ, Jana, Elis BARTEČKŮ, Marek DOSTÁL, Miloš KEŘKOVSKÝ, Alena DAMBORSKÁ a Petra ŠTROCHOLCOVÁ. Morfologie Corpus Callosum a klinický stav u pacientů s depresivní poruchou. In Změny klimatu v české psychiatrii: Sborník příspěvků XIII. sjezdu Psychiatrické společnosti ČLS JEP 2020. 2020.
      URL
      Název česky: Morfologie Corpus Callosum a klinický stav u pacientů s depresivní poruchou
      Název anglicky: Corpus Callosum morphology and clinical state in patients with major depression
      čeština. Česká republika.
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Tereza Miškechová, učo 341652. Změněno: 15. 3. 2021 09:19.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1728748/cs
    10. Regionalized tissue fluidization is required for epithelial gap closure during insect gastrulation
      JAIN, Akanksha, Vladimír ULMAN, Argo MUKHERJEE, Mangal PRAKASH, Lokesh PIMPALE, Stefan MÜNSTER, Panfilio KRISTEN, Florian JUG, Stephan GRILL, Pavel TOMANCAK a Anastasios PAVLOPOULOS. Regionalized tissue fluidization is required for epithelial gap closure during insect gastrulation. Online. Nature Communications. Springer, 2020, roč. 11, s. 1-13. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41467-020-19356-x.
      Publisher web page
      angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 17. 11. 2020 18:37.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1686860/cs
    11. When Deep Learning Meets Cell Image Synthesis
      KOZUBEK, Michal. When Deep Learning Meets Cell Image Synthesis. Cytometry Part A. John Wiley & Sons, 2020, roč. 97, č. 3, s. 222-225. ISSN 1552-4922. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cyto.a.23957.
      URL
      angličtina. Spojené státy.
      Klíčová slova anglicky: cell image synthesis; deep learning; style transfer; generative adversarial networks
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2020 22:45.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1633798/cs

    2019

    1. A Behavioral Assay to Study Effects of Retinoid Pharmacology on Nervous System Development in a Marine Annelid
      HANDBERG-THORSAGER, Mette, Vladimír ULMAN, Pavel TOMANČÁK, D. ARENDT a M. SCHUBERT. A Behavioral Assay to Study Effects of Retinoid Pharmacology on Nervous System Development in a Marine Annelid. In Swapan K. Ray. Retinoid and Rexinoid Signaling. Springer, 2019, s. 193-207. ISBN 978-1-4939-9584-4. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-1-4939-9585-1_14.
      angličtina. Německo.
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 24. 10. 2020 23:26.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1686859/cs
    2. Automatic Fusion of Segmentation and Tracking Labels
      AKBAŞ, Cem Emre, Vladimír ULMAN, Martin MAŠKA, Florian JUG a Michal KOZUBEK. Automatic Fusion of Segmentation and Tracking Labels. In Laura Leal-Taixé, Stefan Roth. Computer Vision – ECCV 2018 Workshops. LNCS 11134. Switzerland: Springer Nature, 2019, s. 446-454. ISBN 978-3-030-11023-9. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-11024-6_34.
      URL
      RIV/00216224:14330/19:00107241 Stať ve sborníku. angličtina. Švýcarsko.
      Akbaş, Cem Emre (792 Turecko, garant, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Maška, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Jug, Florian (276 Německo) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Label fusion; Image annotation; Segmentation labels; Tracking labels
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 28. 4. 2020 00:13.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1490221/cs
    3. Combined therapy of perifosine and ABT-737 results in higher cytotoxic effect but also induces expression of EMT markers in colon cancer cell lines
      PAVLATOVSKÁ, Barbora, Jarmila NAVRÁTILOVÁ, Markéta MACHÁLKOVÁ, Jan MICHÁLEK, Karel ŠTĚPKA, Adam PRUŠKA, Michal KOZUBEK, Petr BENEŠ, Jan ŠMARDA a Jan PREISLER. Combined therapy of perifosine and ABT-737 results in higher cytotoxic effect but also induces expression of EMT markers in colon cancer cell lines. In Spetses Summer School: Molecular Mechanisms in Signal Transduction and Cancer, Greece. 2019.
      Název česky: Kombinovaná terapie perifosinu a ABT-737 u nádorů tlustého střeva vyúsťuje ve vyšší cytotoxický efekt, ale zároveň podněcuje expresi markerů epiteliálně-mesenchymální tranzice

      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Změnila: Ing. Barbora Adamová, Ph.D., učo 476166. Změněno: 27. 1. 2020 14:42.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1565956/cs
    4. CytoPacq: A web-interface for simulating multi-dimensional cell imaging
      WIESNER, David, David SVOBODA, Martin MAŠKA a Michal KOZUBEK. CytoPacq: A web-interface for simulating multi-dimensional cell imaging. Bioinformatics. Oxford University Press, 2019, roč. 35, č. 21, s. 4531-4533. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btz417.
      URL
      RIV/00216224:14330/19:00107401 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Wiesner, David (203 Česká republika, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí) -- Maška, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Simulation; Mathematical modeling; Benchmarking; Cell imaging; Web services
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2020 22:11.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1530976/cs
    5. Deep-Learning-Based Segmentation of Small Extracellular Vesicles in Transmission Electron Microscopy Images
      GÓMEZ-DE-MARISCAL, Estibaliz, Martin MAŠKA, Anna KOTRBOVÁ, Vendula POSPÍCHALOVÁ, Pavel MATULA a Arrate MUÑOZ-BARRUTIA. Deep-Learning-Based Segmentation of Small Extracellular Vesicles in Transmission Electron Microscopy Images. Scientific Reports. 2019, roč. 9, č. 13211, s. 1-10. ISSN 2045-2322. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41598-019-49431-3.
      URL
      RIV/00216224:14330/19:00107638 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Gómez-de-Mariscal, Estibaliz (724 Španělsko) -- Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Kotrbová, Anna (203 Česká republika, domácí) -- Pospíchalová, Vendula (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Muñoz-Barrutia, Arrate (724 Španělsko)
      Klíčová slova anglicky: image segmentation;deep learning;smal extracellular vesicles;transmission electron microscopy
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 14. 6. 2022 12:09.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1557819/cs
    6. DIC Image Segmentation of Dense Cell Populations by Combining Deep Learning and Watershed
      LUX, Filip a Petr MATULA. DIC Image Segmentation of Dense Cell Populations by Combining Deep Learning and Watershed. Online. In IEEE 16th International Symposium on Biomedical Imaging. Venice, Italy, Italy: IEEE 16th International Symposium on Biomedical Imaging, 2019, s. 236-239. ISBN 978-1-5386-3641-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI.2019.8759594.
      URL
      RIV/00216224:14330/19:00107237 Stať ve sborníku. angličtina. Spojené státy.
      Lux, Filip (203 Česká republika, garant, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Image Segmentation; Differential Interface Contrast; Convolutional Neural Networks; Watershed
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 28. 4. 2020 16:27.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1488155/cs
    7. Drug Penetration Analysis in 3D Cell Cultures Using Fiducial-Based Semiautomatic Coregistration of MALDI MSI and Immunofluorescence Images
      MACHÁLKOVÁ, Markéta, Barbora PAVLATOVSKÁ, Jan MICHÁLEK, Adam PRUŠKA, Karel ŠTĚPKA, Tereza NEČASOVÁ, Katarzyna Anna RADASZKIEWICZ, Michal KOZUBEK, Jan ŠMARDA, Jan PREISLER a Jarmila NAVRÁTILOVÁ. Drug Penetration Analysis in 3D Cell Cultures Using Fiducial-Based Semiautomatic Coregistration of MALDI MSI and Immunofluorescence Images. Analytical Chemistry. American Chemical Society, 2019, roč. 91, č. 21, s. 13475-13484. ISSN 0003-2700. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acs.analchem.9b02462.
      URL
      RIV/00216224:14310/19:00111447 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Machálková, Markéta (203 Česká republika, domácí) -- Pavlatovská, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Michálek, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Pruška, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Štěpka, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Nečasová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Radaszkiewicz, Katarzyna Anna (616 Polsko, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Šmarda, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Preisler, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Navrátilová, Jarmila (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: MALDI MSI; LSCM; IHC; multimodal imaging; spheroids; coregistration; image analysis
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. Mgr. Jan Preisler, Ph.D., učo 45329. Změněno: 16. 4. 2020 11:29.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1583136/cs
    8. Fast and accurate compensation of signal offset for T2 mapping
      MICHÁLEK, Jan, Pavla HANZLÍKOVÁ, Tuan TRINH a Dalibor PACÍK. Fast and accurate compensation of signal offset for T2 mapping. Magnetic Resonance Materials in Physics, Biology and Medicine. Springer International Publishing, 2019, roč. 32, č. 4, s. 423-436. ISSN 0968-5243. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s10334-019-00737-3.
      URL
      RIV/00216224:14330/19:00109168 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Michálek, Jan (203 Česká republika, garant, domácí) -- Hanzlíková, Pavla (203 Česká republika) -- Trinh, Tuan (203 Česká republika, domácí) -- Pacík, Dalibor (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: Algorithms; Least-squares analysis; Software
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 17. 10. 2024 11:31.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1498876/cs
    9. Fiducial-based semi-automatic coregistration and analysis of multimodal MALDI MS and immunofluorescent data
      NAVRÁTILOVÁ, Jarmila, Markéta MACHÁLKOVÁ, Barbora PAVLATOVSKÁ, Jan MICHÁLEK, Adam PRUŠKA, Karel ŠTĚPKA, Katarzyna Anna RADASZKIEWICZ, Jan PREISLER, Jan ŠMARDA a Michal KOZUBEK. Fiducial-based semi-automatic coregistration and analysis of multimodal MALDI MS and immunofluorescent data. In Imaging Principles of Life 2019. 2019.
      Název anglicky: Fiducial-based semi-automatic coregistration and analysis of multimodal MALDI MS and immunofluorescent data

      Změnila: Mgr. Jarmila Navrátilová, Ph.D., učo 22031. Změněno: 9. 3. 2020 15:39.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1634036/cs
    10. Multimodal Point Distribution Model for Anthropological Landmark Detection
      FERKOVÁ, Zuzana a Petr MATULA. Multimodal Point Distribution Model for Anthropological Landmark Detection. Online. In 26th IEEE International Conference on Image Processing (ICIP2019). Taipei, Taiwan: Springer, 2019, s. 2986-2990. ISBN 978-1-5386-6249-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ICIP.2019.8803252.
      RIV/00216224:14330/19:00110475 Stať ve sborníku. angličtina. Spojené státy.
      Ferková, Zuzana (703 Slovensko, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Facial landmark detection; point distribution model; FIDENTIS; HCI
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 3. 5. 2020 12:41.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1550005/cs
    11. On Generative Modeling of Cell Shape Using 3D GANs
      WIESNER, David, Tereza NEČASOVÁ a David SVOBODA. On Generative Modeling of Cell Shape Using 3D GANs. Online. In Ricci Elisa, Rota Buló Samuel, Snoek Cees, Lanz Oswald, Messelodi Stefano, Sebe Nicu. Image Analysis and Processing – ICIAP 2019. LNCS 11752. Trento: Springer, 2019, s. 672-682. ISBN 978-3-030-30644-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-30645-8_61.
      URL
      RIV/00216224:14330/19:00107522 Stať ve sborníku. angličtina. Spojené státy.
      Wiesner, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Nečasová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Image-based Simulations; 3D GAN; Training Stability; Microscopy Data; Digital Cell Shape
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. David Wiesner, Ph.D., učo 255597. Změněno: 11. 1. 2023 14:24.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1546941/cs
    12. Quantitative Assessment of Anti-Cancer Drug Efficacy From Coregistered Mass Spectrometry and Fluorescence Microscopy Images of Multicellular Tumor Spheroids
      MICHÁLEK, Jan, Karel ŠTĚPKA, Michal KOZUBEK, Jarmila NAVRÁTILOVÁ, Barbora PAVLATOVSKÁ, Markéta MACHÁLKOVÁ, Jan PREISLER a Adam PRUŠKA. Quantitative Assessment of Anti-Cancer Drug Efficacy From Coregistered Mass Spectrometry and Fluorescence Microscopy Images of Multicellular Tumor Spheroids. Microscopy and Microanalysis. Cambridge University Press, 2019, roč. 25, č. 6, s. 1311-1322. ISSN 1431-9276. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1017/S1431927619014983.
      URL
      RIV/00216224:14330/19:00110913 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Michálek, Jan (203 Česká republika, garant, domácí) -- Štěpka, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Navrátilová, Jarmila (203 Česká republika, domácí) -- Pavlatovská, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Machálková, Markéta (203 Česká republika, domácí) -- Preisler, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Pruška, Adam (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: confocal microscopy; image registration; MALDI MS; mass spectrometry imaging; peeling
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 15. 1. 2021 08:47.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1567999/cs
    13. Reciprocal Effects of Fibroblast Growth Factor Receptor Signaling on Dengue Virus Replication and Virion Production
      CORTESE, Mirko, Anil KUMAR, Petr MATULA, Lars KADERALI, Pietro SCATURRO, Holger ERFLE, Eliana Gisela ACOSTA, Sandra BUEHLER, Alessia RUGGIERI, Laurent CHATEL-CHAIX, Karl ROHR a Ralf BARTENSCHLAGER. Reciprocal Effects of Fibroblast Growth Factor Receptor Signaling on Dengue Virus Replication and Virion Production. Cell Reports. CAMBRIDGE, Spojené státy americké: Cell Press, 2019, roč. 27, č. 9, s. 2579-2592,"e1"-"e6", 20 s. ISSN 2211-1247. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.celrep.2019.04.105.
      URL
      Název anglicky: Reciprocal Effects of Fibroblast Growth Factor Receptor Signaling on Dengue Virus Replication and Virion Production
      RIV/00216224:14330/19:00122686 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Matula, Petr (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: host factors; Zika virus; activation; pathway; kinase; identification; residues; mutation
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 23. 5. 2022 15:03.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1800137/cs
    14. TEM ExosomeAnalyzer: a computer-assisted software tool for quantitative evaluation of extracellular vesicles in transmission electron microscopy images
      KOTRBOVÁ, Anna, Karel ŠTĚPKA, Martin MAŠKA, Juraj PÁLENIK, Ladislav ILKOVICS, Dobromila KLEMOVÁ, Marek KRAVEC, František HUBATKA, Zankruti DAVE, Aleš HAMPL, Vítězslav BRYJA, Pavel MATULA a Vendula POSPÍCHALOVÁ. TEM ExosomeAnalyzer: a computer-assisted software tool for quantitative evaluation of extracellular vesicles in transmission electron microscopy images. Journal of Extracellular Vesicles. Taylor and Francis Ltd., 2019, roč. 8, č. 1, s. 1-13. ISSN 2001-3078. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1080/20013078.2018.1560808.
      Full Text
      RIV/00216224:14310/19:00107476 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Kotrbová, Anna (203 Česká republika, domácí) -- Štěpka, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Maška, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Pálenik, Juraj (703 Slovensko, domácí) -- Ilkovics, Ladislav (203 Česká republika, domácí) -- Klemová, Dobromila (203 Česká republika, domácí) -- Kravec, Marek (703 Slovensko, domácí) -- Hubatka, František (203 Česká republika) -- Dave, Zankruti (356 Indie, domácí) -- Hampl, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Bryja, Vítězslav (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Pospíchalová, Vendula (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Exosome; cryo-electron microscopy; extracellular vesicles; image analysis; morphological seeded watershed; negative staining; segmentation; semi-automatic detection; size distribution profile; transmission electron microscopy
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D., učo 2927. Změněno: 9. 2. 2022 09:11.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1542776/cs
    15. The Effect of Uncoated SPIONs on hiPSC-Differentiated Endothelial Cells
      ŠALINGOVÁ, Barbara, Pavel ŠIMARA, Pavel MATULA, Lenka ZAJÍČKOVÁ, Petr SYNEK, Ondřej JAŠEK, Lenka VEVERKOVÁ, Miroslava SEDLÁČKOVÁ, Zuzana NICHTOVA a Irena KOUTNÁ. The Effect of Uncoated SPIONs on hiPSC-Differentiated Endothelial Cells. International Journal of Molecular Sciences. BASEL: Molecular Diversity Preservation International, 2019, roč. 20, č. 14, s. 1-16. ISSN 1422-0067. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/ijms20143536.
      URL
      RIV/00216224:14110/19:00108522 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Šalingová, Barbara (203 Česká republika, domácí) -- Šimara, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Zajíčková, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Synek, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Jašek, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Veverková, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Sedláčková, Miroslava (203 Česká republika, domácí) -- Nichtova, Zuzana (703 Slovensko) -- Koutná, Irena (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: superparamagnetic iron-oxide nanoparticles; human induced pluripotent stem cell-derived endothelial cells; reprogramming; differentiation; mature endothelial cells
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 11. 10. 2022 12:50.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1568956/cs
    16. The role of RNA Polymerase II contiguity and long-range interactions in the regulation of gene expression in human pluripotent stem cells.
      EISELLEOVÁ, Lívia, Viktor LUKJANOV, Šimon FARKAŠ, David SVOBODA, Karel ŠTĚPKA a Irena KOUTNÁ. The role of RNA Polymerase II contiguity and long-range interactions in the regulation of gene expression in human pluripotent stem cells. Stem Cells International. Hindawi, 2019, roč. 2019, Article ID 1375807, s. 1-12. ISSN 1687-966X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1155/2019/1375807.
      URL
      Název anglicky: The role of RNA Polymerase II contiguity and long-range interactions in the regulation of gene expression in human pluripotent stem cells.
      RIV/00216224:14330/19:00107242 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Eiselleová, Lívia (703 Slovensko, domácí) -- Lukjanov, Viktor (203 Česká republika, domácí) -- Farkaš, Šimon (703 Slovensko, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí) -- Štěpka, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Koutná, Irena (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: human pluripotent stem cells; RNA polymerase II; transcription factors; transcription factories; long-range interactions; early differentiation
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Tereza Miškechová, učo 341652. Změněno: 27. 1. 2021 12:44.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1490337/cs
    17. Toward Robust Fully 3D Filopodium Segmentation and Tracking in Time-Lapse Fluorescence Microscopy
      MAŠKA, Martin, Tereza NEČASOVÁ, David WIESNER, Dmitry SOROKIN, Igor PETERLÍK, Vladimír ULMAN a David SVOBODA. Toward Robust Fully 3D Filopodium Segmentation and Tracking in Time-Lapse Fluorescence Microscopy. Online. In 26th IEEE International Conference on Image Processing. Taipei: IEEE, 2019, s. 819-823. ISBN 978-1-5386-6249-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ICIP.2019.8803721.
      URL
      RIV/00216224:14330/19:00107396 Stať ve sborníku. angličtina. Spojené státy.
      Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Nečasová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Wiesner, David (203 Česká republika, domácí) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko) -- Peterlík, Igor (703 Slovensko, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Benchmark dataset; synthetic image data; filopodium segmentation; filopodium tracking
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 28. 4. 2020 16:28.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1530536/cs
    18. Tumor-specific microenvironment contributes to the perifosine resistance in 3D colorectal cancer (CRC) models
      PAVLATOVSKÁ, Barbora, Jarmila NAVRÁTILOVÁ, Markéta MACHÁLKOVÁ, Petra BRISUDOVÁ, Jan MICHÁLEK, Karel ŠTĚPKA, Adam PRUŠKA, Michal KOZUBEK, Petr BENEŠ, Jan ŠMARDA a Jan PREISLER. Tumor-specific microenvironment contributes to the perifosine resistance in 3D colorectal cancer (CRC) models. In Goodbye Flat Biology: Advancing 3D-based Models for Cancer Biology and Drug Discovery, Berlin, Germany. 2019.
      Název česky: Nádorově specifické mikroprostředí přispívá k rezistenci 3D modelů nádorů tlustého střeva vůči perifosinu

      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Změnila: Ing. Barbora Adamová, Ph.D., učo 476166. Změněno: 27. 1. 2020 14:42.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1565957/cs
    19. Visual and Quantitative Comparison of Real and Simulated Biomedical Image Data
      NEČASOVÁ, Tereza a David SVOBODA. Visual and Quantitative Comparison of Real and Simulated Biomedical Image Data. In Laura Leal-Taixé, Stefan Roth. Computer Vision – ECCV 2018 Workshops. LNCS 11134. Munich, Germany: Springer, 2019, s. 385-394. ISBN 978-3-030-11023-9. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-11024-6_28.
      URL
      RIV/00216224:14330/19:00107168 Stať ve sborníku. angličtina. Německo.
      Nečasová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Feature comparison; Validation of simulation; Statistical evaluation; Similarity visualisation
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2020 22:24.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1427778/cs
    20. 3-D Quantification of Filopodia in Motile Cancer Cells
      CASTILLA, Carlos, Martin MAŠKA, Dmitry SOROKIN, Erik MEIJERING a Carlos ORTIZ-DE-SOLÓRZANO. 3-D Quantification of Filopodia in Motile Cancer Cells. IEEE Transactions on Medical Imaging. IEEE, 2019, roč. 38, č. 3, s. 862-872. ISSN 0278-0062. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/TMI.2018.2873842.
      URL
      RIV/00216224:14330/19:00107178 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Castilla, Carlos (724 Španělsko) -- Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, domácí) -- Meijering, Erik (528 Nizozemské království) -- Ortiz-de-Solórzano, Carlos (724 Španělsko)
      Klíčová slova anglicky: Filopodium segmentation and tracking;actin cytoskeleton;confocal microscopy;3D skeletonization;Chan-Vese model;convolutional neural network;deep learning
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 12. 4. 2020 08:31.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1442158/cs

    2018

    1. ADC mapy ve vztahu k peritumorózní buněčné infiltraci u glioblastomu
      SOLÁR, Peter, Zdeněk MACKERLE, Hana VALEKOVÁ, Markéta HERMANOVÁ, Michal HENDRYCH, Radim JANČÁLEK a David SVOBODA. ADC mapy ve vztahu k peritumorózní buněčné infiltraci u glioblastomu. In XLII. Brněnské onkologické dny 2018. 2018.
      Sborník abstrakt, XLII. Brněnské onkologické dny 2018, XXXII. Konference pro nelékařské zdravotnické pracovníky, Laboratorní diagnostika v onkologii 2018
      čeština. Česká republika.
      Druh účasti: aktivní účast
      Změnila: MUDr. Hana Valeková, učo 323648. Změněno: 30. 1. 2019 11:21.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1492163/cs
    2. Computer-assisted engineering of hyperstable fibroblast growth factor 2
      DVOŘÁK, Pavel, David BEDNÁŘ, Pavel VAŇÁČEK, Lukáš BÁLEK, Lívia EISELLEOVÁ, Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ, Eva ŠEBESTOVÁ, Michaela BOSÁKOVÁ, Žaneta KONEČNÁ, Stanislav MAZURENKO, Antonín KUNKA, Tereza VÁŇOVÁ, Karolína ZOUFALOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Jan BREZOVSKÝ, Pavel KREJČÍ, Zbyněk PROKOP, Petr DVOŘÁK a Jiří DAMBORSKÝ. Computer-assisted engineering of hyperstable fibroblast growth factor 2. Biotechnology and Bioengineering. New York: Wiley, 2018, roč. 115, č. 4, s. 850-862. ISSN 0006-3592. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/bit.26531.
      One Library Wiley
      RIV/00216224:14310/18:00100936 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Dvořák, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Vaňáček, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Bálek, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Eiselleová, Lívia (703 Slovensko, domácí) -- Štěpánková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Šebestová, Eva (203 Česká republika, domácí) -- Bosáková, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Konečná, Žaneta (203 Česká republika, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí) -- Kunka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Váňová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Zoufalová, Karolína (203 Česká republika, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Krejčí, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Dvořák, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: computational design; embryonic stem cells; fibroblast growth factor; focused directed evolution; protein engineering; protein stability
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Tereza Miškechová, učo 341652. Změněno: 30. 4. 2019 08:58.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1417222/cs
    3. FiloGen: A Model-Based Generator of Synthetic 3-D Time-Lapse Sequences of Single Motile Cells with Growing and Branching Filopodia
      SOROKIN, Dmitry, Igor PETERLÍK, Vladimír ULMAN, David SVOBODA, Tereza NEČASOVÁ, Katsiarina MORGAENKO, Lívia EISELLEOVÁ, Lenka TESAŘOVÁ a Martin MAŠKA. FiloGen: A Model-Based Generator of Synthetic 3-D Time-Lapse Sequences of Single Motile Cells with Growing and Branching Filopodia. IEEE Transactions on Medical Imaging. IEEE, 2018, roč. 37, č. 12, s. 2630-2641. ISSN 0278-0062. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/TMI.2018.2845884.
      URL
      RIV/00216224:14330/18:00101012 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Sorokin, Dmitry (643 Rusko, domácí) -- Peterlík, Igor (703 Slovensko, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí) -- Nečasová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Morgaenko, Katsiarina (112 Bělorusko, domácí) -- Eiselleová, Lívia (703 Slovensko, domácí) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: simulation;3D time-lapse sequence;synthetic cell;cell deformation;filopodium evolution
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 31. 5. 2022 17:34.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1420978/cs
    4. How to Exploit Weaknesses in Biomedical Challenge Design and Organization
      REINKE, Annika, Matthias EISENMANN, Sinan ONOGUR, Marko STANKOVIC, Patrick SCHOLZ, Peter M FULL, Hrvoje BOGUNOVIC, Bennett A LANDMAN, Oskar MAIER, Bjoern MENZE, Gregory C SHARP, Korsuk SIRINUKUNWATTANA, Stefanie SPEIDEL, Fons VAN DER SOMMEN, Guoyan ZHENG, Henning MÜLLER, Michal KOZUBEK, Tal ARBEL, Andrew P BRADLEY, Pierre JANNIN, Annette KOPP-SCHNEIDER a Lena MAIER-HEIN. How to Exploit Weaknesses in Biomedical Challenge Design and Organization. In Alejandro F. Frangi, Julia A. Schnabel, Christos Davatzikos, Carlos Alberola-López, Gabor Fichtinger. Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention – MICCAI 2018. LNCS 11073. Cham (Switzerland): Springer, 2018, s. 388-395. ISBN 978-3-030-00936-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-00937-3_45.
      URL
      RIV/00216224:14330/18:00104381 Stať ve sborníku. angličtina. Švýcarsko.
      Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: biomedical image analysis; benchmarking
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Michal Petr, učo 65024. Změněno: 23. 4. 2020 20:51.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1464318/cs
    5. Model-Based Generation of Synthetic 3D Time-Lapse Sequences of Multiple Mutually Interacting Motile Cells with Filopodia
      PETERLÍK, Igor, David SVOBODA, Vladimír ULMAN, Dmitry SOROKIN a Martin MAŠKA. Model-Based Generation of Synthetic 3D Time-Lapse Sequences of Multiple Mutually Interacting Motile Cells with Filopodia. Online. In Simulation and Synthesis in Medical Imaging. Cham: Springer, 2018, s. 71-79. ISBN 978-3-030-00535-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-00536-8_8.
      URL
      RIV/00216224:14330/18:00101086 Stať ve sborníku. angličtina. Německo.
      Peterlík, Igor (703 Slovensko, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko) -- Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Simulation; 3D time-lapse sequence; Cell deformation; Cell interaction; Filopodia
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D., učo 60734. Změněno: 9. 8. 2019 13:46.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1424876/cs
    6. Non-rigid Contour-Based Registration of Cell Nuclei in 2-D Live Cell Microscopy Images Using a Dynamic Elasticity Model
      SOROKIN, Dmitry, Igor PETERLÍK, Marco TEKTONIDIS, Karl ROHR a Pavel MATULA. Non-rigid Contour-Based Registration of Cell Nuclei in 2-D Live Cell Microscopy Images Using a Dynamic Elasticity Model. IEEE Transactions on Medical Imaging. IEEE, 2018, roč. 37, č. 1, s. 173-184. ISSN 0278-0062. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/TMI.2017.2734169.
      URL
      RIV/00216224:14330/18:00100697 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Sorokin, Dmitry (643 Rusko, domácí) -- Peterlík, Igor (703 Slovensko, domácí) -- Tektonidis, Marco (276 Německo) -- Rohr, Karl (276 Německo) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Elasticity; Deformable models; Mathematical model; Microscopy; Dynamics; Image sequences; Image registration; Biomedical image analysis; microscopy; image sequence analysis; registration; elasticity; contour-based registration
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D., učo 2927. Změněno: 9. 2. 2022 09:14.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1367390/cs
    7. Replication of ribosomal DNA in Arabidopsis occurs both inside and outside the nucleolus during S phase progression
      DVOŘÁČKOVÁ, Martina, B. RAPOSO, Petr MATULA, J. FUCHS, V. SCHUBERT, Vratislav PEŠKA, B. DESVOYES, C. GUTIERREZ a Jiří FAJKUS. Replication of ribosomal DNA in Arabidopsis occurs both inside and outside the nucleolus during S phase progression. Journal of Cell Science. Cambridge: Company of Biologists Ltd., 2018, roč. 131, č. 2, s. nestránkováno, 12 s. ISSN 0021-9533. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1242/jcs.202416.
      URL
      RIV/00216224:14740/18:00100849 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Dvořáčková, Martina (203 Česká republika, domácí) -- Raposo, B. (724 Španělsko) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Fuchs, J. (276 Německo) -- Schubert, V. (276 Německo) -- Peška, Vratislav (203 Česká republika, domácí) -- Desvoyes, B. (724 Španělsko) -- Gutierrez, C. (724 Španělsko) -- Fajkus, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: A. thaliana rDNA; Replication; Nucleolus; Flow cytometry; Structured illumination microscopy
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 19. 3. 2019 09:06.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1410141/cs
    8. Reprogramming of Adult Peripheral Blood Cells into Human Induced Pluripotent Stem Cells as a Safe and Accessible Source of Endothelial Cells.
      ŠIMARA, Pavel, Lenka TESAŘOVÁ, Daniela ŘEHÁKOVÁ, Šimon FARKAŠ, Barbara ŠALINGOVÁ, Kateřina KUTÁLKOVÁ, Eva VAVREČKOVÁ, Pavel MATULA, Petr MATULA, Lenka VEVERKOVÁ a Irena KRONTORÁD KOUTNÁ. Reprogramming of Adult Peripheral Blood Cells into Human Induced Pluripotent Stem Cells as a Safe and Accessible Source of Endothelial Cells. Stem Cells and Development. Mary Ann Liebert, Inc. publishers, 2018, roč. 27, č. 1, s. 10-22. ISSN 1547-3287. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1089/scd.2017.0132.
      URL
      Název anglicky: Reprogramming of Adult Peripheral Blood Cells into Human Induced Pluripotent Stem Cells as a Safe and Accessible Source of Endothelial Cells.
      RIV/00216224:14330/18:00100772 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Spojené státy.
      Šimara, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Řeháková, Daniela (203 Česká republika, domácí) -- Farkaš, Šimon (703 Slovensko, domácí) -- Šalingová, Barbara (703 Slovensko, domácí) -- Kutálková, Kateřina (203 Česká republika, domácí) -- Vavrečková, Eva (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Veverková, Lenka (203 Česká republika) -- Krontorád Koutná, Irena (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: induced pluripotent stem cells; endothelial differentiation; peripheral blood mononuclear cells
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 29. 4. 2019 16:10.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1401784/cs
    9. Reprogramming of peripheral blood cells into hiPSCs as a source of endothelial cells
      ŠIMARA, Pavel, Lenka TESAŘOVÁ, Daniela ŘEHÁKOVÁ, Šimon FARKAŠ, Barbara ŠALINGOVÁ, Kateřina KUTÁLKOVÁ, Eva VAVREČKOVÁ, Pavel MATULA, Petr MATULA a Irena KRONTORÁD KOUTNÁ. Reprogramming of peripheral blood cells into hiPSCs as a source of endothelial cells. In SY-Stem symposium 2018. 2018.
      ABSTRACT BOOKLET 2018
      Název anglicky: Reprogramming of peripheral blood cells into hiPSCs as a source of endothelial cells
      angličtina. Rakousko.
      Klíčová slova anglicky: cellular reprogramming, endothelial differentiation
      Změnil: Mgr. Pavel Šimara, Ph.D., učo 67594. Změněno: 2. 3. 2018 10:41.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1409570/cs
    10. Segmentation of Actin-Stained 3D Fluorescent Cells with Filopodial Protrusions using Convolutional Neural Networks
      CASTILLA, Carlos, Martin MAŠKA, Dmitry SOROKIN, Erik MEIJERING a Carlos ORTIZ-DE-SOLORZANO. Segmentation of Actin-Stained 3D Fluorescent Cells with Filopodial Protrusions using Convolutional Neural Networks. Online. In 15th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. Washington: IEEE, 2018, s. 413-417. ISBN 978-1-5386-3636-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI.2018.8363605.
      URL
      RIV/00216224:14330/18:00100837 Stať ve sborníku. angličtina. Spojené státy.
      Castilla, Carlos (724 Španělsko) -- Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, domácí) -- Meijering, Erik (528 Nizozemské království) -- Ortiz-de-Solorzano, Carlos (724 Španělsko)
      Klíčová slova anglicky: Cell segmentation; Convolutional Neural Networks; Chan-Vese model; Filopodia
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 29. 4. 2019 14:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1409298/cs
    11. The effect and distribution of the drug perifosine in 2D and 3D colorectal cell cultures
      PAVLATOVSKÁ, Barbora, Jarmila NAVRÁTILOVÁ, Markéta MACHÁLKOVÁ, Adam PRUŠKA, Jan MICHÁLEK, Karel ŠTĚPKA, Michal KOZUBEK, Jan ŠMARDA a Jan PREISLER. The effect and distribution of the drug perifosine in 2D and 3D colorectal cell cultures. In Summer School in Translational Cancer Research 2018. 2018.
      Název česky: Efekt a distribuce léčiva perifosin ve 2D a 3D buněčných kulturách kolorektálního karcinomu
      Název anglicky: The effect and distribution of the drug perifosine in 2D and 3D colorectal cell cultures
      angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: perifosine, spheroid, colon cancer, MALDI-MSI, confocal microscopy
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Změnila: Ing. Barbora Adamová, Ph.D., učo 476166. Změněno: 27. 11. 2018 16:17.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1472736/cs
    12. The effect and distribution of the drug perifosine in 2D and 3D colorectal cell cultures.
      PAVLATOVSKÁ, Barbora, Jarmila NAVRÁTILOVÁ, Markéta MACHÁLKOVÁ, Adam PRUŠKA, Jan MICHÁLEK, Karel ŠTĚPKA, Michal KOZUBEK, Jan ŠMARDA a Jan PREISLER. The effect and distribution of the drug perifosine in 2D and 3D colorectal cell cultures. In XIX. Meeting of Biochemists and Molecular Biologists. 2018.
      Název česky: Efekt a distribuce léčiva perifosin ve 2D a 3D buněčných kulturách kolorektálního karcinomu
      Název anglicky: The effect and distribution of the drug perifosine in 2D and 3D colorectal cell cultures
      angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: perifosine, spheroid, colon cancer, MALDI-MSI, confocal microscopy
      Mezinárodní význam: ano
      Změnila: Ing. Barbora Adamová, Ph.D., učo 476166. Změněno: 27. 11. 2018 16:49.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1472756/cs
    13. Tubular Network Formation Process Using 3D Cellular Potts Model
      SVOBODA, David, Tereza NEČASOVÁ, Lenka TESAŘOVÁ a Pavel ŠIMARA. Tubular Network Formation Process Using 3D Cellular Potts Model. In Gooya A., Goksel O., Oguz I., Burgos N. Simulation and Synthesis in Medical Imaging. LNCS 11037. Neuveden: Springer, 2018, s. 90-99. ISBN 978-3-030-00535-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-00536-8_10.
      URL
      RIV/00216224:14330/18:00101094 Stať ve sborníku. angličtina. Německo.
      Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Nečasová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Šimara, Pavel (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: 3D cellular Potts model; Virtual cell; Volumetric image data; Network formation; Fractal dimension; Lacunarity
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 13. 5. 2020 19:12.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1426797/cs
    14. Why rankings of biomedical image analysis competitions should be interpreted with care
      MAIER-HEIN, Lena, Matthias EISENMANN, Annika REINKE, Sinan ONOGUR, Marko STANKOVIC, Patrick SCHOLZ, Tal ARBEL, Hrvoje BOGUNOVIC, Andrew BRADLEY, Aaron CARASS, Carolin FELDMANN, Alejandro FRANGI, Peter FULL, Bram VAN GINNEKEN, Allan HANBURY, Katrin HONAUER, Michal KOZUBEK, Bennett LANDMAN, Keno MÄRZ, Oskar MAIER, Klaus MAIER-HEIN, Bjoern MENZE, Henning MÜLLER, Peter NEHER, Wiro NIESSEN, Nasir RAJPOOT, Gregory SHARP, Korsuk SIRINUKUNWATTANA, Stefanie SPEIDEL, Christian STOCK, Danail STOYANOV, Abdel Aziz TAHA, Fons VAN DER SOMMEN, Ching-Wei WANG, Marc-André WEBER, Guoyan ZHENG, Pierre JANNIN a Annette KOPP-SCHNEIDER. Why rankings of biomedical image analysis competitions should be interpreted with care. Nature Communications. Nature Publishing Group, 2018, roč. 9, č. 5217, s. 1-13. ISSN 2041-1723. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41467-018-07619-7.
      URL
      RIV/00216224:14330/18:00101338 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: biomedical image analysis; benchmarking; challenge
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 31. 12. 2018 08:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1466456/cs

    2017

    1. An objective comparison of cell-tracking algorithms
      ULMAN, Vladimír, Martin MAŠKA, Klas E G MAGNUSSON, Olaf RONNEBERGER, Carsten HAUBOLD, Nathalie HARDER, Pavel MATULA, Petr MATULA, David SVOBODA, Miroslav RADOJEVIC, Ihor SMAL, Karl ROHR, Joakim JALDÉN, Helen M BLAU, Oleh DZYUBACHYK, Boudewijn LELIEVELDT, Pengdong XIAO, Yuexiang LI, Siu-Yeung CHO, Alexandre C DUFOUR, Jean-Christophe OLIVO-MARIN, Constantino C REYES-ALDASORO, Jose A SOLIS-LEMUS, Robert BENSCH, Thomas BROX, Johannes STEGMAIER, Ralf MIKUT, Steffen WOLF, Fred A HAMPRECHT, Tiago ESTEVES, Pedro QUELHAS, Ömer DEMIREL, Lars MALMSTRÖM, Florian JUG, Pavel TOMANCAK, Erik MEIJERING, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Michal KOZUBEK a Carlos ORTIZ-DE-SOLORZANO. An objective comparison of cell-tracking algorithms. Nature Methods. Macmillan Publishers Limited, part of Springer Nature, 2017, roč. 14, č. 12, s. 1141-1152. ISSN 1548-7091. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/nmeth.4473.
      URL
      Název česky: Objektivní porovnání algoritmů pro sledování buněk
      Název anglicky: An objective comparison of cell-tracking algorithms
      RIV/00216224:14330/17:00095272 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí) -- Maška, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Magnusson, Klas E G (752 Švédsko) -- Ronneberger, Olaf (276 Německo) -- Haubold, Carsten (276 Německo) -- Harder, Nathalie (276 Německo) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí) -- Radojevic, Miroslav (528 Nizozemské království) -- Smal, Ihor (528 Nizozemské království) -- Rohr, Karl (276 Německo) -- Jaldén, Joakim (752 Švédsko) -- Blau, Helen M (752 Švédsko) -- Dzyubachyk, Oleh (528 Nizozemské království) -- Lelieveldt, Boudewijn (528 Nizozemské království) -- Xiao, Pengdong (156 Čína) -- Li, Yuexiang (156 Čína) -- Cho, Siu-Yeung (156 Čína) -- Dufour, Alexandre C (250 Francie) -- Olivo-Marin, Jean-Christophe (250 Francie) -- Reyes-Aldasoro, Constantino C (724 Španělsko) -- Solis-Lemus, Jose A (724 Španělsko) -- Bensch, Robert (276 Německo) -- Brox, Thomas (276 Německo) -- Stegmaier, Johannes (276 Německo) -- Mikut, Ralf (276 Německo) -- Wolf, Steffen (276 Německo) -- Hamprecht, Fred A (276 Německo) -- Esteves, Tiago (620 Portugalsko) -- Quelhas, Pedro (620 Portugalsko) -- Demirel, Ömer (756 Švýcarsko) -- Malmström, Lars (752 Švédsko) -- Jug, Florian (276 Německo) -- Tomancak, Pavel (276 Německo) -- Meijering, Erik (528 Nizozemské království) -- Muñoz-Barrutia, Arrate (724 Španělsko) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Ortiz-de-Solorzano, Carlos (724 Španělsko)
      Klíčová slova anglicky: Cell migration; Image processing
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D., učo 2927. Změněno: 9. 2. 2022 09:15.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1399989/cs
    2. Automatic detection of laser-induced structures in live cell fluorescent microscopy images using snakes with geometric constraints
      KONDRATĚV, Alexandr a Dmitry SOROKIN. Automatic detection of laser-induced structures in live cell fluorescent microscopy images using snakes with geometric constraints. In 23rd International Conference on Pattern Recognition, ICPR 2016. Cancun, Mexico: Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc., 2017, s. 331-336. ISBN 978-1-5090-4847-2. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ICPR.2016.7899655.
      RIV/00216224:14330/17:00100647 Stať ve sborníku. angličtina. Švýcarsko.
      Kondratěv, Alexandr (643 Rusko) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Argon lasers; Cells; Cytology; Fluorescence; Geometry; Image registration; Image segmentation; Matrix algebra
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 5. 11. 2021 15:36.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1417431/cs
    3. Correlation-based 2D Registration Method for Single Particle Cryo-EM Images
      ANOSHINA, Nadezhda A., Andrey S. KRYLOV a Dmitry SOROKIN. Correlation-based 2D Registration Method for Single Particle Cryo-EM Images. Online. In Seventh International Conference on Image Processing Theory, Tools and Applications (IPTA), 2017. Montreal: IEEE, 2017, s. 1-6. ISBN 978-1-5386-1842-4. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/IPTA.2017.8310125.
      RIV/00216224:14330/17:00102166 Stať ve sborníku. angličtina. Spojené státy.
      Anoshina, Nadezhda A. (643 Rusko) -- Krylov, Andrey S. (643 Rusko) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Image registration; cryo-electron microscopy; cryo-EM particle alignment
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 30. 4. 2019 06:09.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1401861/cs
    4. FTutor: An Interactive Guide to the Fundamentals of Frequency Analysis
      SEČKÁŘ, Petr a David SVOBODA. FTutor: An Interactive Guide to the Fundamentals of Frequency Analysis. Computer Applications in Engineering Education. Wiley, 2017, roč. 25, č. 3, s. 508-520. ISSN 1061-3773. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cae.21817.
      URL
      RIV/00216224:14330/17:00096147 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Sečkář, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Fourier transform; Computer-assisted education; Portability; Usability
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 31. 5. 2022 17:33.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1372324/cs
    5. Hematopoietic developmental potential of human pluripotent stem cell lines is accompanied by the morphology of embryoid bodies and the expression of endodermal and hematopoietic markers
      TESAŘOVÁ, Lenka, Pavel ŠIMARA, Stanislav STEJSKAL a Irena KRONTORÁD KOUTNÁ. Hematopoietic developmental potential of human pluripotent stem cell lines is accompanied by the morphology of embryoid bodies and the expression of endodermal and hematopoietic markers. Cellular Reprogramming. 2017, roč. 19, č. 4, s. 270-284. ISSN 2152-4971. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1089/cell.2016.0042.
      URL
      RIV/00216224:14330/17:00094855 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Šimara, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Stejskal, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Krontorád Koutná, Irena (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: pluripotent stem cells; hematopoietic differentiation; embryoid bodies; cytokines; hematopoietic stem cells
      Změnila: Mgr. Tereza Miškechová, učo 341652. Změněno: 27. 1. 2021 11:57.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1386060/cs
    6. Characterization of three-dimensional cancer cell migration in mixed collagen-Matrigel scaffolds using microfluidics and image analysis
      ANGUIANO, María, Carlos CASTILLA, Martin MAŠKA, Cristina EDERRA, Rafael PELÁEZ, Xabier MORALES, Gorka MUÑOZ-ARRIETA, Maite MUJIKA, Michal KOZUBEK, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Ana ROUZAUT, Sergio ARANA, José Manuel GARCIA-AZNAR a Carlos ORTIZ-DE-SOLORZANO. Characterization of three-dimensional cancer cell migration in mixed collagen-Matrigel scaffolds using microfluidics and image analysis. PLoS ONE. 2017, roč. 12, č. 2, s. 1-24. ISSN 1932-6203. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0171417.
      URL
      RIV/00216224:14330/17:00094626 Článek v odborném periodiku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Maďarsko.
      Anguiano, María (724 Španělsko) -- Castilla, Carlos (724 Španělsko) -- Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ederra, Cristina (724 Španělsko) -- Peláez, Rafael (724 Španělsko) -- Morales, Xabier (724 Španělsko) -- Muñoz-Arrieta, Gorka (724 Španělsko) -- Mujika, Maite (724 Španělsko) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Muñoz-Barrutia, Arrate (724 Španělsko) -- Rouzaut, Ana (724 Španělsko) -- Arana, Sergio (724 Španělsko) -- Garcia-Aznar, José Manuel (724 Španělsko) -- Ortiz-de-Solorzano, Carlos (724 Španělsko)
      Klíčová slova anglicky: cancer; cell migration; basement membrane; cancer invasion; hydrogel; Matrigel; microfluidic devices; cell tracking; mechanobiology
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 14. 6. 2022 12:28.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1371657/cs
    7. Image-based surrogate biomarkers for molecular subtypes of colorectal cancer
      POPOVICI, Vlad, Eva BUDINSKÁ, Ladislav DUŠEK, Michal KOZUBEK a Fred BOSMAN. Image-based surrogate biomarkers for molecular subtypes of colorectal cancer. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, 2017, roč. 33, č. 13, s. 2002-2009. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btx027.
      Název anglicky: Image-based surrogate biomarkers for molecular subtypes of colorectal cancer
      RIV/00216224:14310/17:00097868 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Popovici, Vlad (642 Rumunsko, garant, domácí) -- Budinská, Eva (703 Slovensko, domácí) -- Dušek, Ladislav (203 Česká republika, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Bosman, Fred (528 Nizozemské království)
      Klíčová slova anglicky: digital pathology; bioinformatics; molecular subtypes
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Ing. Nicole Zrilić, učo 240776. Změněno: 5. 4. 2018 11:32.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1392199/cs
    8. MitoGen: A Framework for Generating 3D Synthetic Time-Lapse Sequences of Cell Populations in Fluorescence Microscopy
      SVOBODA, David a Vladimír ULMAN. MitoGen: A Framework for Generating 3D Synthetic Time-Lapse Sequences of Cell Populations in Fluorescence Microscopy. IEEE Transactions on Medical Imaging. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, 2017, roč. 36, č. 1, s. 310-321. ISSN 0278-0062. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/TMI.2016.2606545.
      URL
      RIV/00216224:14330/17:00094555 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Simulation; Molecular and cellular imaging; Microscopy; Cell; Image synthesis
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 14. 6. 2022 11:50.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1354015/cs
    9. Model-Based Generation of Synthetic 3D Time-Lapse Sequences of Motile Cells with Growing Filopodia
      SOROKIN, Dmitry, Igor PETERLÍK, Vladimír ULMAN, David SVOBODA a Martin MAŠKA. Model-Based Generation of Synthetic 3D Time-Lapse Sequences of Motile Cells with Growing Filopodia. Online. In 14th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. Melbourne: IEEE, 2017, s. 822-826. ISBN 978-1-5090-1172-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI.2017.7950644.
      URL
      Název anglicky: Model-Based Generation of Synthetic 3D Time-Lapse Sequences of Motile Cells with Growing Filopodia
      RIV/00216224:14330/17:00094698 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Spojené státy.
      Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí) -- Peterlík, Igor (703 Slovensko, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí) -- Maška, Martin (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Simulation; 3D time-lapse sequence; synthetic cell; cell deformation; filopodium evolution
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2018 11:10.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1376851/cs
    10. Multimodal Simulations in Live Cell Imaging
      SVOBODA, David a Michal KOZUBEK. Multimodal Simulations in Live Cell Imaging. In Tsaftaris S., Gooya A., Frangi A., Prince J. Simulation and Synthesis in Medical Imaging. LNCS 10557. Neuveden: Springer, 2017, s. 89-98. ISBN 978-3-319-68126-9. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-68127-6_10.
      URL
      RIV/00216224:14330/17:00095035 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Kanada.
      Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Cellular Potts model; Volumetric image data; Multimodal simulation Cell imaging
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2018 10:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1391582/cs
    11. Nonstructural carbohydrate-balance response to long-term elevated CO2 exposure in European beech and Norway spruce mixed cultures: biochemical and ultrastructural responses
      MASKOVA, P., B. RADOCHOVA, Z. LHOTAKOVA, Jan MICHÁLEK a H. LIPAVSKA. Nonstructural carbohydrate-balance response to long-term elevated CO2 exposure in European beech and Norway spruce mixed cultures: biochemical and ultrastructural responses. Canadian journal of forest research. Ottawa: The national research council, 2017, roč. 47, č. 11, s. 1488-1494. ISSN 0045-5067. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1139/cjfr-2017-0083.
      URL
      RIV/00216224:14330/17:00113756 Článek v odborném periodiku. angličtina. Kanada.
      Michálek, Jan (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: chloroplast ultrastructure; CO2 enrichment; forest trees; soluble carbohydrates; starch
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 23. 4. 2020 16:00.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1648917/cs
    12. Particle Tracking Accuracy Measurement Based on Comparison of Linear Oriented Forests
      MAŠKA, Martin a Pavel MATULA. Particle Tracking Accuracy Measurement Based on Comparison of Linear Oriented Forests. Online. In 16th IEEE International Conference on Computer Vision Workshops. Venice: IEEE, 2017, s. 11-17. ISBN 978-1-5386-1034-3. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ICCVW.2017.8.
      URL
      RIV/00216224:14330/17:00095219 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: particle tracking;linear oriented forest;performance evaluation
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D., učo 2927. Změněno: 9. 2. 2022 09:16.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1397242/cs
    13. POTENTIAL OF hiPSCs DERIVED FROM DIFFERENT CELL TYPES TO DIFFERENTIATE INTO FUNCTIONAL ENDOTHELIAL CELLS
      ŠIMARA, Pavel, Irena KRONTORÁD KOUTNÁ, Lenka TESAŘOVÁ a Šimon FARKAŠ. POTENTIAL OF hiPSCs DERIVED FROM DIFFERENT CELL TYPES TO DIFFERENTIATE INTO FUNCTIONAL ENDOTHELIAL CELLS. In ISSCR 2017 Annual Meeting. 2017.
      Poster abstract book ISSCR 2017
      Název anglicky: POTENTIAL OF hiPSCs DERIVED FROM DIFFERENT CELL TYPES TO DIFFERENTIATE INTO FUNCTIONAL ENDOTHELIAL CELLS
      Genetika a molekulární biologie. angličtina. Spojené státy.
      Klíčová slova anglicky: hiPSC - endothelial differentiation
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: Mgr. Pavel Šimara, Ph.D., učo 67594. Změněno: 2. 3. 2018 09:55.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1384176/cs
    14. Self-Renewing Early Lung Epithelial Progenitor Cells Differentiated From Human Embryonic Stem Cells
      HAMPL, Aleš, Hana KOTASOVÁ, Zuzana GARLÍKOVÁ a Irena KRONTORÁD KOUTNÁ. Self-Renewing Early Lung Epithelial Progenitor Cells Differentiated From Human Embryonic Stem Cells. In ISSCR 2017 Annual Meeting, Boston, USA, 14.-17.6.2017. 2017.

      Druh účasti: aktivní účast
      Změnila: Bc. Ivana Hanáková, učo 104232. Změněno: 21. 3. 2018 09:30.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1391508/cs
    15. Single image reconstruction of human faces using database of depth images
      FERKOVÁ, Zuzana, Marek ŽUŽI, Petra URBANOVÁ a Petr MATULA. Single image reconstruction of human faces using database of depth images. Online. In 9th International Conference on Virtual Worlds and Games for Serious Applications (VS-Games 2017). Athens, Greece: IEEE Computer Society, 2017, s. 109-116. ISBN 978-1-5090-5812-9. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/VS-GAMES.2017.8056578.
      URL
      RIV/00216224:14330/17:00097909 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Řecko.
      Ferková, Zuzana (703 Slovensko, domácí) -- Žuži, Marek (703 Slovensko, domácí) -- Urbanová, Petra (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Computational modeling;Databases;Image reconstruction;Shape;Solid modeling;Three-dimensional displays;Two dimensional displays
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 18. 5. 2018 12:21.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1392361/cs
    16. Standardized hiPSCs culture – vitronectin coating for cGMP compliant protocol
      ŘEHÁKOVÁ, Daniela, Kateřina KUTÁLKOVÁ a Irena KRONTORÁD KOUTNÁ. Standardized hiPSCs culture – vitronectin coating for cGMP compliant protocol. Online. Olomouc: Univerzita Palackého, 2017, s. 25-28, 57 s. ISSN 1804-7521.
      angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: hiPSCs, cGMP, vitronectin, Matrigel®
      Recenzováno: ano
      Změnila: RNDr. Daniela Hulínová, učo 408386. Změněno: 15. 1. 2018 16:12.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1402783/cs

    2016

    1. Advanced Image Acquisition and Analytical Techniques for Studies of Living Cells and Tissue Sections
      FRANEK, Michal, Jana SUCHÁNKOVÁ, Petra ŘEZNÍČKOVÁ-PODLOUČKOVÁ, Jana KREJČÍ, Soňa LEGARTOVÁ, Stanislav KOZUBEK, J VEČEŘA, Dmitry SOROKIN a Eva BÁRTOVÁ. Advanced Image Acquisition and Analytical Techniques for Studies of Living Cells and Tissue Sections. Microscopy and Microanalysis. Saarbrücken: Cambridge University Press, 2016, roč. 22, č. 2, s. 326-341. ISSN 1431-9276. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1017/S1431927616000052.
      URL
      angličtina.
      Klíčová slova anglicky: Live-cell studies; microscopy; fluorescent proteins; chromatin; tissue sections
      Změnila: Mgr. Jana Suchánková, Ph.D., učo 323947. Změněno: 27. 7. 2016 15:47.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1350497/cs
    2. Automatic Detection and Segmentation of Exosomes in Transmission Electron Microscopy
      ŠTĚPKA, Karel, Martin MAŠKA, Jakub Jozef PÁLENIK, Vendula POSPÍCHALOVÁ, Anna KOTRBOVÁ, Ladislav ILKOVICS, Dobromila KLEMOVÁ, Aleš HAMPL, Vítězslav BRYJA a Pavel MATULA. Automatic Detection and Segmentation of Exosomes in Transmission Electron Microscopy. In Gang Hua, Hervé Jégou. Computer Vision -- ECCV 2016 Workshops: Amsterdam, The Netherlands, October 8-10 and 15-16, 2016, Proceedings, Part I. Cham, Switzerland: Springer International Publishing, 2016, s. 318-325. ISBN 978-3-319-46603-3. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-46604-0_23.
      http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-46604-0_23
      RIV/00216224:14330/16:00091584 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Švýcarsko.
      Štěpka, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Maška, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Pálenik, Jakub Jozef (703 Slovensko, domácí) -- Pospíchalová, Vendula (203 Česká republika, domácí) -- Kotrbová, Anna (203 Česká republika) -- Ilkovics, Ladislav (203 Česká republika, domácí) -- Klemová, Dobromila (203 Česká republika, domácí) -- Hampl, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Bryja, Vítězslav (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Exosome; Detection; Segmentation; Transmission electron microscopy; Image processing
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D., učo 60734. Změněno: 7. 4. 2017 17:57.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1359762/cs
    3. Automatic Detection of Laser-Induced Structures in Live Cell Fluorescent Microscopy Images Using Snakes with Geometric Constraints
      KONDRAT'EV, Alexandr a Dmitry SOROKIN. Automatic Detection of Laser-Induced Structures in Live Cell Fluorescent Microscopy Images Using Snakes with Geometric Constraints. Online. In IEEE 23rd International Conference on Pattern Recognition (ICPR). Not specified: IEEE, 2016, s. 326-331. ISBN 978-1-5090-4846-5. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ICPR.2016.7899655.
      Název anglicky: Automatic Detection of Laser-Induced Structures in Live Cell Fluorescent Microscopy Images Using Snakes with Geometric Constraints
      RIV/00216224:14330/16:00088097 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Spojené státy.
      Kondrat'ev, Alexandr (643 Rusko) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Biological image and signal analysis; Biologically motivated vision; Segmentation features and descriptors
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 28. 8. 2024 17:23.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1352254/cs
    4. Localized Movement and Levels of 53BP1 Protein Are Changed by gamma-irradiation in PML Deficient Cells
      LEGARTOVÁ, Soňa, Petra ŘEZNÍČKOVÁ-PODLOUČKOVÁ, Barbora MALYŠKOVÁ, Thomas KÜNTZIGER, Philippe COLLAS, Dušan CMARKO, Ivan RAŠKA, Dmitry SOROKIN, Stanislav KOZUBEK a Eva BÁRTOVÁ. Localized Movement and Levels of 53BP1 Protein Are Changed by gamma-irradiation in PML Deficient Cells. Journal of Cellular Biochemistry [IF=2.778 (1990)]. Wiley-Liss, 2016, roč. 117, č. 11, s. 2583-2596. ISSN 0730-2312. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/jcb.25551.
      Název anglicky: Localized Movement and Levels of 53BP1 Protein Are Changed by gamma-irradiation in PML Deficient Cells
      RIV/00216224:14330/16:00087865 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Spojené státy.
      Legartová, Soňa (703 Slovensko) -- Řezníčková-Podloučková, Petra (203 Česká republika) -- Malyšková, Barbora (203 Česká republika) -- Küntziger, Thomas (578 Norsko) -- Collas, Philippe (578 Norsko) -- Cmarko, Dušan (203 Česká republika) -- Raška, Ivan (203 Česká republika) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika) -- Bártová, Eva (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: DNA REPAIR; 53BP1 PROTEIN; PML BODIES; HISTONE MODIFICATIONS; MICROSCOPY; PHOTOBLEACHING
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2017 05:49.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1340931/cs
    5. RNA-dependent disassembly of nuclear bodies
      MUSINOVA, Yana R., Olga M. LISITSYNA, Dmitry SOROKIN, Eugene A. ARIFULIN, Tatiana A. SMIRNOVA, Roman A. ZINOVKIN, Daria M. POTASHNIKOVA, Yegor S. VASSETZKY a Eugene V. SHEVAL. RNA-dependent disassembly of nuclear bodies. Journal of Cell Science. The Company of Biologists Ltd., 2016, roč. 129, č. 24, s. 4509-4520. ISSN 0021-9533. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1242/jcs.189142.
      Název anglicky: RNA-dependent disassembly of nuclear bodies
      RIV/00216224:14330/16:00087720 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Musinova, Yana R. (643 Rusko) -- Lisitsyna, Olga M. (643 Rusko) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí) -- Arifulin, Eugene A. (643 Rusko) -- Smirnova, Tatiana A. (643 Rusko) -- Zinovkin, Roman A. (643 Rusko) -- Potashnikova, Daria M. (643 Rusko) -- Vassetzky, Yegor S. (643 Rusko) -- Sheval, Eugene V. (643 Rusko)
      Klíčová slova anglicky: Nuclear bodies; Nucleolus; Interphase prenucleolar body; pre-rRNA; B23; NPM1; Self-organization
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2017 05:41.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1232676/cs
    6. Texture Analysis of 3D Fluorescence Microscopy Images Using RSurf 3D Features
      STOKLASA, Roman a Tomáš MAJTNER. Texture Analysis of 3D Fluorescence Microscopy Images Using RSurf 3D Features. Online. In International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI'16). Los Alamitos, California: IEEE Computer Society, 2016, s. 1212-1216. ISBN 978-1-4799-2350-2. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI.2016.7493484.
      RIV/00216224:14330/16:00087753 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Spojené státy.
      Stoklasa, Roman (703 Slovensko, garant, domácí) -- Majtner, Tomáš (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: RSurf features;HeLa cell images;object recognition;classification;fluorescence microscopy
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 13. 5. 2020 19:05.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1322011/cs
    7. Vascular Network Formation in Silico Using the Extended Cellular Potts Model
      SVOBODA, David, Vladimír ULMAN, Peter KOVÁČ, Barbara ŠALINGOVÁ, Lenka TESAŘOVÁ, Irena KRONTORÁD KOUTNÁ a Petr MATULA. Vascular Network Formation in Silico Using the Extended Cellular Potts Model. In 2016 IEEE International Conference on Image Processing. Piscataway, NJ, USA: IEEE Signal Processing Society, 2016, s. 3180-3183. ISBN 978-1-4673-9961-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ICIP.2016.7532946.
      URL
      RIV/00216224:14330/16:00087993 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Kováč, Peter (703 Slovensko, domácí) -- Šalingová, Barbara (703 Slovensko, domácí) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Krontorád Koutná, Irena (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Synthetic image formation; Vascular network; Cellular Potts model; Angiogenesis
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Petr Matula, Ph.D., učo 3019. Změněno: 12. 2. 2018 14:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1348198/cs
    8. Virtual cell imaging: A review on simulation methods employed in image cytometry
      ULMAN, Vladimír, David SVOBODA, Matti NYKTER, Michal KOZUBEK a Pekka RUUSUVUORI. Virtual cell imaging: A review on simulation methods employed in image cytometry. Cytometry Part A. John Wiley & Sons, 2016, roč. 89A, č. 12, s. 1057-1072. ISSN 1552-4922. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cyto.a.23031.
      URL
      RIV/00216224:14330/16:00088328 Článek v odborném periodiku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Spojené státy.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí) -- Nykter, Matti (246 Finsko) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ruusuvuori, Pekka (246 Finsko)
      Klíčová slova anglicky: cell imaging; virtual imaging; simulation; digital cell; cell model; digital phantom; ground truth; validation; image cytometry
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 11. 10. 2021 12:57.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1360376/cs

    2015

    1. Cell tracking accuracy measurement based on comparison of acyclic oriented graphs
      MATULA, Pavel, Martin MAŠKA, Dmitry SOROKIN, Petr MATULA, Carlos ORTIZ-DE-SOLÓRZANO a Michal KOZUBEK. Cell tracking accuracy measurement based on comparison of acyclic oriented graphs. PLoS ONE. 2015, roč. 10, č. 12, s. "e0144959", 19 s. ISSN 1932-6203. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0144959.
      URL
      RIV/00216224:14330/15:00080576 Článek v odborném periodiku. Biofyzika. angličtina. Spojené státy.
      Matula, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí) -- Maška, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Ortiz-de-Solórzano, Carlos (724 Španělsko) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: cell tracking; acyclic graph; measure;
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D., učo 60734. Změněno: 13. 4. 2018 14:53.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1139063/cs
    2. Localized movement and morphology of UBF1-positive nucleolar regions are changed by gamma-irradiation in G2 phase of the cell cycle
      SOROKIN, Dmitry, Lenka STIXOVÁ, Petra SEHNALOVÁ, Soňa LEGARTOVÁ, Jana SUCHÁNKOVÁ, Pavel ŠIMARA, Stanislav KOZUBEK, Pavel MATULA, Magdalena SKALNÍKOVÁ, Ivan RAŠKA a Eva BÁRTOVÁ. Localized movement and morphology of UBF1-positive nucleolar regions are changed by gamma-irradiation in G2 phase of the cell cycle. Nucleus. 2015, roč. 6, č. 4, s. 301-313. ISSN 1949-1034. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1080/19491034.2015.1075111.
      Název anglicky: Localized movement and morphology of UBF1-positive nucleolar regions are changed by gamma-irradiation in G2 phase of the cell cycle
      RIV/00216224:14330/15:00080738 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí) -- Stixová, Lenka (203 Česká republika) -- Sehnalová, Petra (203 Česká republika) -- Legartová, Soňa (703 Slovensko) -- Suchánková, Jana (203 Česká republika) -- Šimara, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Skalníková, Magdalena (203 Česká republika) -- Raška, Ivan (203 Česká republika) -- Bártová, Eva (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: DNA damage; live cells; nucleolus; uncleoli tracking; UBF1
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 28. 4. 2016 13:56.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1232675/cs
    3. On Proper Simulation of Chromatin Structure in Static Images As Well As in Time-Lapse Sequences in Fluorescence Microscopy
      SVOBODA, David, Vladimír ULMAN a Igor PETERLÍK. On Proper Simulation of Chromatin Structure in Static Images As Well As in Time-Lapse Sequences in Fluorescence Microscopy. In Proceedings of 2015 IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. Stoughton (WI, USA): Engineering in Medicine and Biology Society, 2015, s. 712-716. ISBN 978-1-4799-2374-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI.2015.7163972.
      RIV/00216224:14330/15:00080650 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Peterlík, Igor (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Simulation; Synthetic cell; Chromatin structure; Nucleus deformation; Linear elasticity; FEM
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Svoboda, Ph.D., učo 2824. Změněno: 16. 7. 2019 11:11.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1218636/cs
    4. TRAgen: A Tool for Generation of Synthetic Time-Lapse Image Sequences of Living Cells
      ULMAN, Vladimír, Zoltán ORÉMUŠ a David SVOBODA. TRAgen: A Tool for Generation of Synthetic Time-Lapse Image Sequences of Living Cells. In Vittorio Murino, Enrico Puppo, Gianni Vernazza. Proceedings of 18th International Conference on Image Analysis and Processing. Heidelberg, Německo: Springer International Publishing, 2015, s. 623-634. ISBN 978-3-319-23230-0. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-23231-7_56.
      Název česky: TRAgen: nástroj pro generování syntetických časosběrných obrazových sekvencí živých buněk
      RIV/00216224:14330/15:00080843 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Německo.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí) -- Orémuš, Zoltán (703 Slovensko, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Biomedical images; Simulations; Evaluation; Cell Tracking
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 7. 4. 2017 16:56.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1300779/cs

    2014

    1. A Benchmark for Comparison of Cell Tracking Algorithms
      MAŠKA, Martin, Vladimír ULMAN, David SVOBODA, Pavel MATULA, Petr MATULA, Cristina EDERRA, Ainhoa URBIOLA, Tomás ESPAÑA, Subramanian VENKATESAN, Deepak M W BALAK, Pavel KARAS, Tereza BOLCKOVÁ, Markéta ŠTREITOVÁ, Craig CARTHEL, Stefano CORALUPPI, Nathalie HARDER, Karl ROHR, Klas E G MAGNUSSON, Joakim JALDÉN, Helen M BLAU, Oleh DZYUBACHYK, Pavel KŘÍŽEK, Guy M HAGEN, David PASTOR-ESCUREDO, Daniel JIMENEZ-CARRETERO, Maria J LEDESMA-CARBAYO, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Erik MEIJERING, Michal KOZUBEK a Carlos ORTIZ-DE-SOLORZANO. A Benchmark for Comparison of Cell Tracking Algorithms. Bioinformatics. 2014, roč. 30, č. 11, s. 1609-1617. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu080.
      URL
      RIV/00216224:14330/14:00073448 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Ederra, Cristina (724 Španělsko) -- Urbiola, Ainhoa (724 Španělsko) -- España, Tomás (724 Španělsko) -- Venkatesan, Subramanian (356 Indie) -- Balak, Deepak M W (356 Indie) -- Karas, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Bolcková, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Štreitová, Markéta (203 Česká republika, domácí) -- Carthel, Craig (840 Spojené státy) -- Coraluppi, Stefano (840 Spojené státy) -- Harder, Nathalie (276 Německo) -- Rohr, Karl (276 Německo) -- Magnusson, Klas E G (752 Švédsko) -- Jaldén, Joakim (752 Švédsko) -- Blau, Helen M (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Dzyubachyk, Oleh (804 Ukrajina) -- Křížek, Pavel (203 Česká republika) -- Hagen, Guy M (528 Nizozemské království) -- Pastor-Escuredo, David (724 Španělsko) -- Jimenez-Carretero, Daniel (724 Španělsko) -- Ledesma-Carbayo, Maria J (724 Španělsko) -- Muñoz-Barrutia, Arrate (724 Španělsko) -- Meijering, Erik (528 Nizozemské království) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Ortiz-de-Solorzano, Carlos (724 Španělsko)
      Klíčová slova anglicky: cell tracking; fluorescence microscopy
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D., učo 60734. Změněno: 13. 4. 2018 14:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1139064/cs
    2. Coilin is rapidly recruited to UVA-induced DNA lesions and gamma-radiation affects localized movement of Cajal bodies
      BÁRTOVÁ, Eva, Veronika FOLTÁNKOVÁ, Soňa LEGARTOVÁ, Petra SEHNALOVÁ, Dmitry SOROKIN, Jana SUCHÁNKOVÁ a Stanislav KOZUBEK. Coilin is rapidly recruited to UVA-induced DNA lesions and gamma-radiation affects localized movement of Cajal bodies. Nucleus. Landes Bioscience, 2014, roč. 5, č. 3, s. 269-277. ISSN 1949-1034. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.4161/nucl.29229.
      RIV/00216224:14330/14:00073626 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Spojené státy.
      Bártová, Eva (203 Česká republika) -- Foltánková, Veronika (203 Česká republika) -- Legartová, Soňa (703 Slovensko) -- Sehnalová, Petra (203 Česká republika) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí) -- Suchánková, Jana (203 Česká republika) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: DNA repair; chromatin; nucleus; nucleolus; Cajal bodies; coilin
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2015 03:55.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1182653/cs
    3. HP1B-dependent recruitment of UBF1 to irradiated chromatin occurs simultaneously with CPDs
      STIXOVÁ, Lenka, Petra SEHNALOVÁ, Soňa LEGARTOVÁ, Jana SUCHÁNKOVÁ, Tereza HRUŠKOVÁ, Stanislav KOZUBEK, Dmitry SOROKIN, Pavel MATULA, Ivan RAŠKA, Aleš KOVAŘÍK, Jaroslav FULNEČEK a Eva BÁRTOVÁ. HP1B-dependent recruitment of UBF1 to irradiated chromatin occurs simultaneously with CPDs. Epigenetics & Chromatin. BioMed Central, 2014, roč. 7, č. 39, s. 1-17. ISSN 1756-8935. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/1756-8935-7-39.
      Název anglicky: HP1B-dependent recruitment of UBF1 to 3 irradiated chromatin occurs simultaneously with 4 CPDs
      RIV/00216224:14330/14:00074061 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Stixová, Lenka (203 Česká republika) -- Sehnalová, Petra (203 Česká republika) -- Legartová, Soňa (703 Slovensko) -- Suchánková, Jana (203 Česká republika) -- Hrušková, Tereza (203 Česká republika) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Raška, Ivan (203 Česká republika) -- Kovařík, Aleš (203 Česká republika) -- Fulneček, Jaroslav (203 Česká republika) -- Bártová, Eva (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: DNA-damage response; DNA repair; Irradiation; Live-cell studies; Nucleolus; UBF1
      Změnil: doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D., učo 2927. Změněno: 28. 4. 2015 13:35.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1205176/cs
    4. NON-RIGID CONTOUR-BASED TEMPORAL REGISTRATION OF 2D CELL NUCLEI IMAGES USING THE NAVIER EQUATION
      SOROKIN, Dmitry, Marco TEKTONIDIS, Karl ROHR a Pavel MATULA. NON-RIGID CONTOUR-BASED TEMPORAL REGISTRATION OF 2D CELL NUCLEI IMAGES USING THE NAVIER EQUATION. Online. In IEEE International Symposium on Biomedical Imaging: Nano to Macro. Beijing: IEEE, 2014, s. 746-749. ISBN 978-1-4673-1959-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI.2014.6867978.
      RIV/00216224:14330/14:00073449 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Spojené státy.
      Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí) -- Tektonidis, Marco (276 Německo) -- Rohr, Karl (276 Německo) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Biomedical image analysis; Image sequence analysis; Contour-based registration
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 2. 2018 06:44.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1139066/cs
    5. On Proper Simulation of Phenomena Influencing Image Formation in Fluorescence Microscopy
      SVOBODA, David, Vladimír ULMAN, Luděk MATYSKA, Martin MAŠKA, Ján BELLA a Stanislav STEJSKAL. On Proper Simulation of Phenomena Influencing Image Formation in Fluorescence Microscopy. In 2014 IEEE International Conference on Image Processing. Neuveden: IEEE Signal Processing Society, 2014, s. 3944-3948. ISBN 978-1-4799-5750-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ICIP.2014.7025801.
      URL
      RIV/00216224:14330/14:00073637 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Spojené státy.
      Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika, domácí) -- Maška, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Bella, Ján (703 Slovensko, domácí) -- Stejskal, Stanislav (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Simulation; Biomedical imaging; Fluorescence microscopy; Photobleaching; Uneven illumination
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Svoboda, Ph.D., učo 2824. Změněno: 3. 5. 2016 10:48.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1183286/cs
    6. PRMT1 arginine methyltransferase accumulates in cytoplasmic bodies that respond to selective inhibition and DNA damage
      SUCHÁNKOVÁ, Jana, Soňa LEGARTOVÁ, Petra SEHNALOVÁ, Stanislav KOZUBEK, Sergio VALENTE, Donatella LABELLA, Antonello MAI, Carmen ECKERICH, Frank O. FACKELMAYER, Dmitry SOROKIN a Eva BÁRTOVÁ. PRMT1 arginine methyltransferase accumulates in cytoplasmic bodies that respond to selective inhibition and DNA damage. European Journal of Histochemistry. Pavia, Italy: PAGEPress, 2014, roč. 58, č. 2, s. 139-151. ISSN 1121-760X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.4081/ejh.2014.2389.
      RIV/00216224:14330/14:00073586 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Itálie.
      Suchánková, Jana (203 Česká republika) -- Legartová, Soňa (703 Slovensko) -- Sehnalová, Petra (203 Česká republika) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika) -- Valente, Sergio (380 Itálie) -- Labella, Donatella (380 Itálie) -- Mai, Antonello (380 Itálie) -- Eckerich, Carmen (300 Řecko) -- Fackelmayer, Frank O. (300 Řecko) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí) -- Bártová, Eva (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: Epigenetics; PRMTs; epi-drugs; arginine methylation; DNA repair
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 9. 9. 2019 12:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1179522/cs
    7. Visualizing Stable Features in Live Cell Nucleus for Evaluation of the Cell Global Motion Compensation
      SOROKIN, Dmitry, Jana SUCHÁNKOVÁ, Eva BÁRTOVÁ a Pavel MATULA. Visualizing Stable Features in Live Cell Nucleus for Evaluation of the Cell Global Motion Compensation. Folia biologica. Univerzita Karlova, 2014, roč. 60, (Suppl 1), s. 45-49. ISSN 0015-5500.
      Název anglicky: Visualizing Stable Features in Live Cell Nucleus for Evaluation of the Cell Global Motion Compensation
      RIV/00216224:14330/14:00073848 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Česká republika.
      Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí) -- Suchánková, Jana (203 Česká republika) -- Bártová, Eva (203 Česká republika) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: cell global motion compensation; UV laser bleaching image registration; stable features; algorithm evaluation
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2015 04:11.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1197310/cs

    2013

    1. CytoPacq v2.0 (software)
      SVOBODA, David, Luděk MATYSKA a Vladimír ULMAN. CytoPacq v2.0. 2013.
      URL
      Název česky: CytoPacq v2.0
      RIV/00216224:14330/13:00066205 Software. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Česká republika.
      Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: simulation; on-line web interface
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 28. 4. 2014 02:10.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1112179/cs
    2. Hybrid detectors improved time-lapse confocal microscopy of PML and 53BP1 nuclear body co-localization in DNA lesions
      FOLTÁNKOVÁ, Veronika, Pavel MATULA, Dmitry SOROKIN, Stanislav KOZUBEK a Eva BÁRTOVÁ. Hybrid detectors improved time-lapse confocal microscopy of PML and 53BP1 nuclear body co-localization in DNA lesions. Microscopy and Microanalysis. Saarbrücken: Cambridge University Press, 2013, Volume 19, Issue 2, s. 360-369. ISSN 1431-9276. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1017/S1431927612014353.
      URL
      RIV/00216224:14330/13:00065961 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Německo.
      Foltánková, Veronika (203 Česká republika) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, domácí) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika) -- Bártová, Eva (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: DNA damage;chromatin; 53BP1; PML bodies; hybrid detectors; confocal microscopy
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 30. 4. 2014 08:46.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1076529/cs
    3. Towards a Realistic Distribution of Cells in Synthetically Generated 3D Cell Populations
      SVOBODA, David a Vladimír ULMAN. Towards a Realistic Distribution of Cells in Synthetically Generated 3D Cell Populations. In Alfredo Petrosino. 17th International Conference on Image Analysis and Processing - ICIAP 2013. LNCS 8157, Part II. Berlin, Heidelberg: Springer-Verlag, 2013, s. 429-438. ISBN 978-3-642-41183-0. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-41184-7_44.
      RIV/00216224:14330/13:00066208 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Itálie.
      Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: cell populations; simulation; cross-correlation
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Svoboda, Ph.D., učo 2824. Změněno: 12. 9. 2014 13:41.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1112258/cs

    2012

    1. Generation of Synthetic Image Datasets for Time-Lapse Fluorescence Microscopy
      SVOBODA, David a Vladimír ULMAN. Generation of Synthetic Image Datasets for Time-Lapse Fluorescence Microscopy. In Campilho, Aurélio; Kamel, Mohamed. Proceedings of 9th International Conference on Image Analysis and Recognition. LNCS 7325, Part II. Heidelberg: Springer-Verlag, 2012, s. 473-482. ISBN 978-3-642-31297-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-31298-4_56.
      RIV/00216224:14330/12:00057285 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Portugalsko.
      Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Simulation; Optical flow; 3D image sequences; Fluorescence optical microscopy
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 23. 4. 2013 10:18.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/974481/cs

    2011

    1. Boundary Treatment for Young-van Vliet Recursive Zero-Mean Gabor Filtering
      ULMAN, Vladimír. Boundary Treatment for Young-van Vliet Recursive Zero-Mean Gabor Filtering. EURASIP Journal on Advances in Signal Processing. NEW YORK (USA): HINDAWI PUBLISHING CORPORATION, 2011, roč. 2011, ID 234090, s. 1-9. ISSN 1687-6172. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1155/2011/234090.
      doprovodná webová stránka
      Název česky: Ošetření okrajových podmínek u Young-Van Vlietových rekurzivních zero-mean Gáborových filtrech
      RIV/00216224:14330/11:00051514 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: recursive spatial filtering; Gaussian filtering; Gabor filtering; IIR; digital filters
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 20. 4. 2012 09:37.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/906989/cs
    2. Fast Anisotropic Filtering and Performance Evaluation Tool for Optical Flow in Biomedical Image Analysis
      ULMAN, Vladimír. Fast Anisotropic Filtering and Performance Evaluation Tool for Optical Flow in Biomedical Image Analysis. Brno: Masarykova Univerzita, 2011, 210 s.
      webové stránky CBIA -- laboratoře, ve které práce vznikla
      Název česky: Rychlé anisotropní filtrování a nástroj na měření výkonnosti pro optický tok v~analýze biomedicínského obrazu
      RIV/00216224:14330/11:00052079 Účelové publikace. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: anisotropic spatial filtering optical flow ground-truth optical flow biomedical image processing
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 5. 12. 2011 11:07.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/933249/cs
    3. Tool for Generation of Synthetic Image Datasets for Time-Lapse Fluorescence Microscopy
      ULMAN, Vladimír a David SVOBODA. Tool for Generation of Synthetic Image Datasets for Time-Lapse Fluorescence Microscopy. In 11th European Light Microscopy Initiative (ELMI) meeting. 2011.
      Odkaz na prezentovaný nástroj.
      Název česky: Nástroj pro generování umělých obrazových souborů z oblasti fluoroscenční mikroskopie
      RIV/00216224:14330/11:00052527 Konferenční abstrakt. Informatika. angličtina. Řecko.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Simulation Optical Flow 3D Image Sequences Fluorescence Optical Microscopy
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 13. 6. 2012 08:14.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/942757/cs

    2010

    1. Filtering with Anisotropic 3D Gabor Filter Bank Efficiently Computed with 1D Convolutions without Interpolation
      ULMAN, Vladimír. Filtering with Anisotropic 3D Gabor Filter Bank Efficiently Computed with 1D Convolutions without Interpolation. In Proceedings of the Seventh IASTED International Conference on Signal Processing, Pattern Recognition and Applications. Calgary: ACTA Press, 2010, s. 33-42. ISBN 978-0-88986-823-6.
      související webová prezentace
      Název česky: Filtrování bankou anisotropních 3D~Gáborových filtrů pomocí 1D~konvolucí bez interpolací
      RIV/00216224:14330/10:00042890 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Kanada.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Gabor filtering bank filtering filter design
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 8. 4. 2013 10:32.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/855575/cs
    2. Improving Accuracy of Optical Flow of Heeger's Original Method on Biomedical Images
      ULMAN, Vladimír. Improving Accuracy of Optical Flow of Heeger's Original Method on Biomedical Images. In Proceedings of the 7th International Conference on Image Analysis and Recognition, ICIAR 2010. Povoa de Varzim (Portugal): Springer, 2010, s. 263-273. ISBN 978-3-642-13771-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-13772-3_27.
      URL
      Název česky: Vylepšení přesnosti optického toku na základě původní Heegerovy metody na biomedicínských obrazech
      RIV/00216224:14330/10:00067184 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Německo.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: energy-based optical flow image processing
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 30. 4. 2014 04:27.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/885864/cs

    2009

    1. Prediction of localization and interactions of apoptotic proteins
      VAŘECHA, Miroslav, Vladimír ULMAN, Pavel MATULA a Michal KOZUBEK. Prediction of localization and interactions of apoptotic proteins. In Analytical Cytometry V. 2009. ISBN 978-80-254-2561-9.
      Název česky: Predikce lokalizace a interakcí apoptotických proteinů
      RIV/00216224:14330/09:00037415 Konferenční abstrakt. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Česká republika.
      Vařecha, Miroslav (203 Česká republika, garant) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika) -- Matula, Pavel (203 Česká republika) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: localization prediction;AIF;endonuclease G;AMID;fluorescence microscopy;docking;protein structure modeling
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Miroslav Vařecha, Ph.D., učo 82780. Změněno: 2. 6. 2010 11:48.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/857834/cs
    2. Prediction of localization and interactions of apoptotic proteins
      VAŘECHA, Miroslav, Michal ZIMMERMANN, Jana AMRICHOVÁ, Vladimír ULMAN, Pavel MATULA a Michal KOZUBEK. Prediction of localization and interactions of apoptotic proteins. Journal of Biomedical Science. BioMed website: BioMed Central, London, England, 2009, roč. 16, č. 59, s. 1-14. ISSN 1021-7770.
      Název česky: Predikce lokalizace a interakcí apoptotických proteinů
      RIV/00216224:14330/09:00029126 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Vařecha, Miroslav (203 Česká republika, garant, domácí) -- Zimmermann, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Amrichová, Jana (203 Česká republika) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: AIF;apoptosis-inducing factor;AMID;AIF-homologous mitochondrion-associated inducer of death;endonuclease G;heat shock protein;DNA topoisomerase II;CPS-6;CED-3 protease suppressor;WAH-1
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 7. 1. 2012 18:16.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/795881/cs
Zobrazeno: 27. 11. 2024 20:52