Filtrování publikací

    2024

    1. Identification of new endocrine disruptive transthyretin ligands in polluted waters using pull-down assay coupled to non-target mass spectrometry
      MIKUŠOVÁ, Petra, Zuzana TOUŠOVÁ, Luděk SEHNAL, Jan KUTA, K. GRABICOVA, G. FEDOROVA, Martin MAREK, R. GRABIC a Klára HILSCHEROVÁ. Identification of new endocrine disruptive transthyretin ligands in polluted waters using pull-down assay coupled to non-target mass spectrometry. Journal of Hazardous Materials. Amsterdam: Elsevier Science BV., 2024, roč. 471, June 2024, s. 1-12. ISSN 0304-3894. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.jhazmat.2024.134240.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Mikušová, Petra (203 Česká republika, domácí) -- Toušová, Zuzana (203 Česká republika, domácí) -- Sehnal, Luděk (203 Česká republika, domácí) -- Kuta, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Hilscherová, Klára (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Protein expression; Affinity purification; Wastewater; Thyroid hormone signaling; Mixtures
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 8. 2024 12:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2423201/cs
    2. N-glycan profiling of tissue samples to aid breast cancer subtyping
      BENEŠOVÁ, Iva, Rudolf NENUTIL, Adam Paulin URMINSKÝ, Erika LATTOVÁ, Lukas UHRIK, Peter GRELL, Filip Zavadil KOKAS, Jana HALÁMKOVÁ, Zbyněk ZDRÁHAL, Bořivoj VOJTĚŠEK, Miloš V NOVOTNÝ a Lenka HERNYCHOVÁ. N-glycan profiling of tissue samples to aid breast cancer subtyping. Nature Scientific Reports. London: NATURE RESEARCH, 2024. ISSN 2045-2322. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41598-023-51021-3.
      URL

      Klíčová slova anglicky: breast cancer; N-glycan profiling; Matrix-Assisted Laser Desorption
      Změnila: Mgr. Tereza Miškechová, učo 341652. Změněno: 19. 8. 2024 13:05.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2403277/cs

    2023

    1. Advancing Enzyme's Stability and Catalytic Efficiency through Synergy of Force-Field Calculations, Evolutionary Analysis, and Machine Learning
      KUNKA, Antonín, Sérgio Manuel MARQUES, Martin HAVLÁSEK, Michal VAŠINA, Nikola VELÁTOVÁ, Lucia CENGELOVÁ, David KOVÁŘ, Jiří DAMBORSKÝ, Martin MAREK, David BEDNÁŘ a Zbyněk PROKOP. Advancing Enzyme's Stability and Catalytic Efficiency through Synergy of Force-Field Calculations, Evolutionary Analysis, and Machine Learning. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2023, roč. 13, č. 19, s. 12506-12518. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acscatal.3c02575.
      URL
      RIV/00216224:14310/23:00132030 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Kunka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Havlásek, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Vašina, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Velátová, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Cengelová, Lucia (703 Slovensko, domácí) -- Kovář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: biocatalysis; computational design; FireProt; machine learning; PROSS; proteinengineering; stabilization; thermostability
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Novosadová Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 8. 4. 2024 07:45.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2329981/cs
    2. Atypical homodimerization revealed by the structure of the (S)-enantioselective haloalkane dehalogenase DmmarA from Mycobacterium marinum
      ŠNAJDAROVÁ, Karolína, Sérgio Manuel MARQUES, Jiří DAMBORSKÝ, David BEDNÁŘ a Martin MAREK. Atypical homodimerization revealed by the structure of the (S)-enantioselective haloalkane dehalogenase DmmarA from Mycobacterium marinum. Acta Crystallographica Section D: Structural Biology. Chester: International Union of Crystallography, 2023, roč. 79, November, s. 956-970. ISSN 2059-7983. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1107/S2059798323006642.
      URL
      RIV/00216224:14310/23:00133095 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Šnajdarová, Karolína (203 Česká republika, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: haloalkane dehalogenases; Mycobacterium marinum; DmmarA; homodimerization; surface loops; enantioselectivity; X-ray crystallography; SAXS
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Novosadová Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 19. 1. 2024 09:05.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2362804/cs
    3. Catalytic mechanism for Renilla-type luciferases
      SMITH, Andrea, Martin TOUL, Daniel PLUSKAL, Racha BAATALLAH, Glwadys GAGNOT, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Vinicius T. T. SANTANA, Markéta STUCHLÁ, Petr NEUGEBAUER, Pimchai CHAIYEN, Jiří DAMBORSKÝ, David BEDNÁŘ, Yves L. L. JANIN, Zbyněk PROKOP a Martin MAREK. Catalytic mechanism for Renilla-type luciferases. Nature Catalysis. Nature Portfolio, 2023, roč. 6, č. 1, s. 23-38. ISSN 2520-1158. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41929-022-00895-z.
      URL
      RIV/00216224:14310/23:00130829 Článek v odborném periodiku. angličtina. Německo.
      Smith, Andrea (703 Slovensko, domácí) -- Toul, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Pluskal, Daniel (203 Česká republika, domácí) -- Rangel Pamplona Pizarro Pinto, José Gaspar (620 Portugalsko, domácí) -- Stuchlá, Markéta (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: CYPRIDINA LUCIFERIN; PROTEIN CRYSTALLIZATION; BIOLUMINESCENCE; RENIFORMIS; LIGHT; CHEMILUMINESCENCE; COELENTERAZINE; STABILITY; LUMINESCENCE; SPECIFICITY
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Novosadová Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 8. 4. 2024 07:49.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2285204/cs
    4. Deciphering Enzyme Mechanisms with Engineered Ancestors and Substrate Analogues
      GAO, Tadeja, Jiří DAMBORSKÝ, Yves L. JANIN a Martin MAREK. Deciphering Enzyme Mechanisms with Engineered Ancestors and Substrate Analogues. ChemCatChem. WEINHEIM: WILEY-V C H VERLAG GMBH, 2023, roč. 15, č. 19, s. 1-16. ISSN 1867-3880. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cctc.202300745.
      URL
      RIV/00216224:14310/23:00132027 Článek v odborném periodiku. angličtina. Německo.
      Gao, Tadeja (705 Slovinsko, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Janin, Yves L. (250 Francie) -- Marek, Martin (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: ancestral sequence reconstruction; azacoelenterazine; biocatalysis; bioluminescence; coelenterazine; luciferase; enzymes; FireProt ASR; reaction mechanism; substrate analogues
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 11. 2023 21:40.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2329942/cs
    5. Domino-like effect of C112R mutation on ApoE4 aggregation and its reduction by Alzheimer’s Disease drug candidate
      NEMERGUT, Michal, Sérgio Manuel MARQUES, Lukáš UHRÍK, Tereza VÁŇOVÁ, Markéta NEZVEDOVÁ, Darshak Chandulal GADARA, Durga JHA, Jan TULIS, Veronika NOVÁKOVÁ, Joan PLANAS IGLESIAS, Antonín KUNKA, Anthony Thomas P LEGRAND, Hana HŘÍBKOVÁ, Veronika POSPÍŠILOVÁ, Jiří SEDMÍK, Jan RAŠKA, Zbyněk PROKOP, Jiří DAMBORSKÝ, Dáša BOHAČIAKOVÁ, Zdeněk SPÁČIL, Lenka HERNYCHOVÁ, David BEDNÁŘ a Martin MAREK. Domino-like effect of C112R mutation on ApoE4 aggregation and its reduction by Alzheimer’s Disease drug candidate. Molecular Neurodegeneration. England: BMC, 2023, roč. 18, č. 1, s. 1-25. ISSN 1750-1326. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s13024-023-00620-9.
      URL
      RIV/00216224:14310/23:00130923 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Nemergut, Michal (703 Slovensko, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Uhrík, Lukáš (703 Slovensko) -- Váňová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Nezvedová, Markéta (203 Česká republika, domácí) -- Gadara, Darshak Chandulal (356 Indie, domácí) -- Jha, Durga (356 Indie, domácí) -- Tulis, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Nováková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Planas Iglesias, Joan (724 Španělsko, domácí) -- Kunka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Legrand, Anthony Thomas P (250 Francie, domácí) -- Hříbková, Hana (203 Česká republika, domácí) -- Pospíšilová, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Sedmík, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Raška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bohačiaková, Dáša (703 Slovensko, domácí) -- Spáčil, Zdeněk (203 Česká republika, domácí) -- Hernychová, Lenka (203 Česká republika) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Apolipoprotein E; Alzheimer’s disease; Neurodegeneration; Aggregation; Cerebral organoids; Molecular dynamics; HDX-MS; Protein crystallography; Proteomics; Lipidomics; Tramiprosate; 3-sulfopropanoic acid
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 7. 2024 20:26.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2289318/cs
    6. Identification, characterization, and engineering of glycosylation in thrombolytics
      TOUL, Martin, Veronika SLONKOVÁ, Jan MIČAN, Adam Paulin URMINSKÝ, Maria TOMKOVA, Erik SEDLÁK, David BEDNÁŘ, Jiří DAMBORSKÝ, Lenka HERNYCHOVÁ a Zbyněk PROKOP. Identification, characterization, and engineering of glycosylation in thrombolytics. Biotechnology Advances. OXFORD: Elsevier, 2023, roč. 66, September 2023, s. 1-23. ISSN 0734-9750. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.biotechadv.2023.108174.
      URL
      RIV/00216224:14310/23:00131494 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Toul, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Slonková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Mičan, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Urminský, Adam Paulin (703 Slovensko) -- sedlák, Erik (203 Česká republika) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Hernychová, Lenka (203 Česká republika) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Alteplase; Biopharmaceutical; Cell-free glycoprotein synthesis; Computational design; Desmoteplase; Glycosylation; Protein engineering; Tenecteplase; Thrombolytic; Urokinase
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 30. 1. 2024 10:31.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2304028/cs
    7. Illuminating the mechanism and allosteric behavior of NanoLuc luciferase
      NEMERGUT, Michal, Daniel PLUSKAL, Jana HORÁČKOVÁ, Tereza ŠUSTROVÁ, Jan TULIS, Tomáš BÁRTA, Racha BAATALLAH, Glwadys GAGNOT, Veronika NOVÁKOVÁ, Marika MAJEROVÁ, Karolina SEDLÁČKOVÁ, Sérgio Manuel MARQUES, Martin TOUL, Jiří DAMBORSKÝ, Zbyněk PROKOP, David BEDNÁŘ, Yves L. JANIN a Martin MAREK. Illuminating the mechanism and allosteric behavior of NanoLuc luciferase. Nature Communications. Berlin: Nature, 2023, roč. 14, č. 1, s. 1-20. ISSN 2041-1723. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41467-023-43403-y.
      URL
      RIV/00216224:14310/23:00133132 Článek v odborném periodiku. angličtina. Německo.
      Nemergut, Michal (703 Slovensko, domácí) -- Pluskal, Daniel (203 Česká republika, domácí) -- Horáčková, Jana (203 Česká republika, domácí) -- Šustrová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Tulis, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Bárta, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Nováková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Majerová, Marika (703 Slovensko, domácí) -- Sedláčková, Karolina (203 Česká republika, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Toul, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS; BIOLOGICAL MACROMOLECULES; CRYSTAL-STRUCTURE; BINDING PROTEIN; CDNA CLONING; BIOLUMINESCENCE; COELENTERAMIDE; INTEGRATION; PREDICTION; SUBSTRATE
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Novosadová Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 8. 4. 2024 07:50.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2364223/cs
    8. In cellulo and in vivo assays for compound testing against Trypanosoma cruzi
      GUERRA-SLOMPO, Eloise Pavao, Gisele Fernanda Assine PICCHI-CONSTANTE, Martin MAREK, Christophe ROMIER, Wolfgang SIPPL a Nilson Ivo Tonin ZANCHIN. In cellulo and in vivo assays for compound testing against Trypanosoma cruzi. STAR Protocols. United States: Cell Press, 2023, roč. 4, č. 1, s. 1-42. ISSN 2666-1667. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.xpro.2023.102058.
      URL
      RIV/00216224:14310/23:00132246 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Marek, Martin (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Cell Biology; Cell-based Assays; High-throughput Screening; Microbiology; Model Organisms
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Novosadová Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 25. 1. 2024 14:41.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2339437/cs
    9. Multimeric structure of a subfamily III haloalkane dehalogenase-like enzyme solved by combination of cryo-EM and x-ray crystallography
      CHMELOVÁ, Klaudia, Tadeja GAO, Martin POLÁK, Andrea SMITH, Tristan I. CROLL, Tanvir SHAIKH, Jana ŠKAŘUPOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Kay DIEDERICHS, Randy J. READ, Jiří DAMBORSKÝ, Jiří NOVÁČEK a Martin MAREK. Multimeric structure of a subfamily III haloalkane dehalogenase-like enzyme solved by combination of cryo-EM and x-ray crystallography. Protein Science. Hoboken: Wiley, 2023, roč. 32, č. 10, s. 1-22. ISSN 0961-8368. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/pro.4751.
      URL
      RIV/00216224:14310/23:00132287 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Chmelová, Klaudia (703 Slovensko, domácí) -- Gao, Tadeja (705 Slovinsko, domácí) -- Polák, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Smith, Andrea (703 Slovensko, domácí) -- Shaikh, Tanvir (840 Spojené státy, domácí) -- Škařupová, Jana (203 Česká republika, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Nováček, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: catalysis; cryo-EM; DhmeA; haloalkane dehalogenase; Haloferax mediterranei; multimerization; x-ray crystallography
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Ing. Martina Blahová, učo 371476. Změněno: 27. 10. 2024 13:53.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2339818/cs
    10. Study of Protein Conformational Dynamics Using Hydrogen/Deuterium Exchange Mass Spectrometry
      UHRIK, Lukas, Tomas HENEK, Joan PLANAS IGLESIAS, Josef KUCERA, Jiří DAMBORSKÝ, Martin MAREK a Lenka HERNYCHOVA. Study of Protein Conformational Dynamics Using Hydrogen/Deuterium Exchange Mass Spectrometry. In Ângela Sousa, Luis Passarinha. Advanced Methods in Structural Biology. New York: Springer Nature, 2023, s. 293-318. 1. ISBN 978-1-0716-3146-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-1-0716-3147-8_18.
      URL
      RIV/00216224:14310/23:00133541 Kapitola resp. kapitoly v odborné knize. angličtina. Spojené státy.
      Planas Iglesias, Joan (724 Španělsko, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Ancestral luciferase; Hydrogen/deuterium exchange; LoopGrafter; Mass spectrometry; Protein dynamics; Protein engineering
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Novosadová Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 15. 2. 2024 14:48.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2374292/cs

    2022

    1. Computer-aided engineering of staphylokinase toward enhanced affinity and selectivity for plasmin
      NIKITIN, Dmitri, Jan MIČAN, Martin TOUL, David BEDNÁŘ, Michaela PEŠKOVÁ, Patrícia KITTOVÁ, Sandra THALEROVÁ, Jan VÍTEČEK, Jiří DAMBORSKÝ, Robert MIKULÍK, Sarel J. FLEISHMAN, Zbyněk PROKOP a Martin MAREK. Computer-aided engineering of staphylokinase toward enhanced affinity and selectivity for plasmin. Computational and Structural Biotechnology Journal. Amsterdam: Elsevier, 2022, roč. 20, May 2022, s. 1366-1377. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2022.03.004.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00126020 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Nikitin, Dmitri (643 Rusko, domácí) -- Mičan, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Toul, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Pešková, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Kittová, Patrícia (703 Slovensko, domácí) -- Thalerová, Sandra (203 Česká republika, domácí) -- Víteček, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Mikulík, Robert (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Acute myocardial infarction; Stroke treatments; Thrombolytics; Plasminogen activators; Staphylokinase; Rational design; Affinity engineering; Enzyme kinetics; AffiLib
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 21. 3. 2023 20:58.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1860499/cs
    2. Extended Mechanism of the Plasminogen Activator Staphylokinase Revealed by Global Kinetic Analysis: 1000-fold Higher Catalytic Activity than That of Clinically Used Alteplase
      TOUL, Martin, Dmitri NIKITIN, Martin MAREK, Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Extended Mechanism of the Plasminogen Activator Staphylokinase Revealed by Global Kinetic Analysis: 1000-fold Higher Catalytic Activity than That of Clinically Used Alteplase. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2022, roč. 12, č. 7, s. 3807-3814. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acscatal.1c05042.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00126168 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Toul, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Nikitin, Dmitri (643 Rusko, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: staphylokinase; plasminogen activator; kinetic mechanism; global numerical analysis; rate-limiting step; catalytic activity; thrombolytic; fibrin
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Novosadová Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 3. 4. 2023 09:28.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1863382/cs
    3. Hidden Potential of Highly Efficient and Widely Accessible Thrombolytic Staphylokinase
      TOUL, Martin, Jan MIČAN, Veronika SLONKOVÁ, Dmitri NIKITIN, Martin MAREK, David BEDNÁŘ, Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Hidden Potential of Highly Efficient and Widely Accessible Thrombolytic Staphylokinase. Stroke. Dallas: Lippincott Williams & Wilkins, 2022, roč. 53, č. 10, s. 3235-3237. ISSN 0039-2499. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1161/STROKEAHA.122.040219.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00127971 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Toul, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Mičan, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Slonková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Nikitin, Dmitri (643 Rusko, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: alteplase; immunogenicity; kinetics; staphylokinase; stroke; thrombolysis
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Novosadová Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 25. 1. 2023 12:38.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2246441/cs
    4. Changes of serum protein N-glycosylation in cancer
      BENEŠOVÁ, Iva, Adam Paulin URMINSKÝ, Jana HALÁMKOVÁ a Lenka HERNYCHOVÁ. Changes of serum protein N-glycosylation in cancer. Časopis Klinická onkologie. Praha: Česká lékařská společnost J. E. Purkyně, 2022, roč. 35, č. 3, s. 174-180. ISSN 0862-495X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48095/ccko2022174.
      URL

      Klíčová slova anglicky: glycommics; glycoproteomics; N-glycans; N-glycan profiling; glycopeptides; serum proteins;, mass spectrometry
      Změnila: doc. MUDr. Jana Halámková, Ph.D., učo 19117. Změněno: 22. 5. 2024 11:40.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2403377/cs
    5. Increased occurrence of Treponema spp. and double-species infections in patients with Alzheimer's disease
      NEMERGUT, Michal, Tereza BÁŤKOVÁ, Dana VIGAŠOVÁ, Milan BARTOŠ, Martina HLOZANKOVA, Andrea SMITH, Barbora LIŠKOVÁ, Kateřina SHEARDOVÁ, Martin VYHNALEK, Jakub HORT, Jan LACZO, Ingrid KOVÁČOVÁ, Michal ŠITINA, Radoslav MATEJ, Radim JANČÁLEK, Martin MAREK a Jiří DAMBORSKÝ. Increased occurrence of Treponema spp. and double-species infections in patients with Alzheimer's disease. Science of the Total Environment. Amsterdam: Elsevier Science, 2022, roč. 844, October 2022, s. 1-7. ISSN 0048-9697. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.scitotenv.2022.157114.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00127629 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Nemergut, Michal (703 Slovensko, domácí) -- Báťková, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Vigašová, Dana (703 Slovensko, domácí) -- Bartoš, Milan (203 Česká republika) -- Smith, Andrea (703 Slovensko, domácí) -- Lišková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Sheardová, Kateřina (203 Česká republika, domácí) -- Kováčová, Ingrid (703 Slovensko) -- Šitina, Michal (203 Česká republika) -- Jančálek, Radim (203 Česká republika, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Alzheimer'sdisease; Treponemaspp; Microbialinfection; Pathogen; Serum; PCR
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 16. 3. 2023 21:13.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2243093/cs
    6. Mechanism-Based Strategy for Optimizing HaloTag Protein Labeling
      MARQUES, Sérgio Manuel, Michaela SLÁNSKÁ, Klaudia CHMELOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Martin MAREK, Spencer CLARK, Jiří DAMBORSKÝ, Eric T. KOOL, David BEDNÁŘ a Zbyněk PROKOP. Mechanism-Based Strategy for Optimizing HaloTag Protein Labeling. JACS AU. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2022, roč. 2, č. 6, s. 1324-1337. ISSN 2691-3704. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/jacsau.2c00002.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00126373 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Slánská, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Chmelová, Klaudia (703 Slovensko, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: HaloTag; enzyme kinetics; molecular modeling; reaction mechanism; ligand binding; nucleophilic substitution; protein engineering; access tunnel; numerical integration
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Novosadová Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 3. 4. 2023 09:45.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1883607/cs
    7. PredictSNP Onco 1.0 (software)
      ŠTOURAČ, Jan, Rayyan Tariq KHAN, Simeon BORKO, Petra POKORNÁ, Adam DOBIÁŠ, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Jaroslav ŠTĚRBA, Ondřej SLABÝ, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. PredictSNP Onco 1.0. 2022.
      URL
      Název anglicky: PredictSNP Onco 1.0
      RIV/00216224:14310/22:00127438 Software. čeština. Česká republika. obsah podléhá obchodnímu tajemství.
      Štourač, Jan (203 Česká republika, garant, domácí) -- Khan, Rayyan Tariq (586 Pákistán, domácí) -- Borko, Simeon (703 Slovensko, domácí) -- Pokorná, Petra (203 Česká republika) -- Dobiáš, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Rangel Pamplona Pizarro Pinto, José Gaspar (620 Portugalsko, domácí) -- Štěrba, Jaroslav (203 Česká republika, domácí) -- Slabý, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Web server; cancer; medicine; mutation; protein; prediction
      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 5. 4. 2023 11:45.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2239494/cs
    8. Tools for computational design and high-throughput screening of therapeutic enzymes
      VAŠINA, Michal, Jan VELECKÝ, Joan PLANAS IGLESIAS, Sérgio Manuel MARQUES, Jana ŠKAŘUPOVÁ, Jiří DAMBORSKÝ, David BEDNÁŘ, Stanislav MAZURENKO a Zbyněk PROKOP. Tools for computational design and high-throughput screening of therapeutic enzymes. ADVANCED DRUG DELIVERY REVIEWS. NETHERLANDS: ELSEVIER, 2022, roč. 183, April 2022, s. 1-16. ISSN 0169-409X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.addr.2022.114143.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00126167 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Vašina, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Velecký, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Planas Iglesias, Joan (724 Španělsko, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Škařupová, Jana (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Big data; Bioinformatics; Biopharmaceuticals; Biocatalysts; Enzyme characterization; Enzyme diversity; Machine learning; Microfluidics; Rational design
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Novosadová Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 3. 4. 2023 09:28.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1863379/cs

    2021

    1. Computational enzyme design for metabolic engineering
      DAMBORSKÝ, Jiří, David BEDNÁŘ, Zbyněk PROKOP, Martin MAREK, Stanislav MAZURENKO, Jan ŠTOURAČ, Sérgio Manuel MARQUES, Gabriela Filipa FONSECA PINTO, Joan PLANAS IGLESIAS, Miloš MUSIL, Jiří HON, Ondřej VÁVRA, Rayyan Tariq KHAN, Jiří FILIPOVIČ a Barbora KOZLÍKOVÁ. Computational enzyme design for metabolic engineering. In The 45th FEBS Congress. 2021. ISSN 2211-5463.
      URL
      angličtina.
      Změnila: Mgr. Marie Novosadová Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 26. 7. 2022 11:11.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1876012/cs
    2. Computational Enzyme Stabilization Can Affect Folding Energy Landscapes and Lead to Catalytically Enhanced Domain-Swapped Dimers
      MARKOVÁ, Klára, Antonín KUNKA, Klaudia CHMELOVÁ, Martin HAVLÁSEK, Petra BABKOVÁ, Sérgio Manuel MARQUES, Michal VAŠINA, Joan PLANAS IGLESIAS, Radka CHALOUPKOVÁ, David BEDNÁŘ, Zbyněk PROKOP, Jiří DAMBORSKÝ a Martin MAREK. Computational Enzyme Stabilization Can Affect Folding Energy Landscapes and Lead to Catalytically Enhanced Domain-Swapped Dimers. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2021, roč. 11, č. 21, s. 12864-12885. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acscatal.1c03343.
      URL
      RIV/00216224:14310/21:00124052 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Marková, Klára (203 Česká republika, domácí) -- Kunka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Chmelová, Klaudia (703 Slovensko, domácí) -- Havlásek, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Babková, Petra (203 Česká republika, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Vašina, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Planas Iglesias, Joan (724 Španělsko, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: protein folding; protein design; alpha/beta-hydrolase; haloalkane dehalogenase; domain swapping; energy landscape; oligonicrization; catalytic efficiency; substrate inhibition
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 23:13.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1831417/cs
    3. Designované a syntetizované geny kódující nově zkonstruované proteinové katalyzátory (luciferázy) s ověřenými vlastnostmi
      MAREK, Martin, Jiří DAMBORSKÝ, David BEDNÁŘ, Daniel PLUSKAL, Marika MAJEROVÁ a Joan PLANAS IGLESIAS. Designované a syntetizované geny kódující nově zkonstruované proteinové katalyzátory (luciferázy) s ověřenými vlastnostmi. 2021.
      Název anglicky: Designed and synthesized genes coding for new luciferase enzymes with confirmed properties
      RIV/00216224:14310/21:00120030 Technicky realizované výsledky (prototyp, funkční vzorek). čeština. Česká republika.
      Marek, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Pluskal, Daniel (203 Česká republika, domácí) -- Majerová, Marika (703 Slovensko, domácí) -- Planas Iglesias, Joan (724 Španělsko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Bioluminescence; luciferase; optical assay; enzyme; catalysis
      Změnil: Ing. RNDr. Martin Marek, Ph.D., MBA, učo 241182. Změněno: 7. 4. 2022 10:44.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1845522/cs
    4. Engineering protein dynamics for the understanding of divergent evolution of the Renilla luciferase
      TOUL, Martin, Andrea SMITH, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Martin MAREK, Lenka HERNYCHOVÁ, Veronika LIŠKOVÁ, Daniel PLUSKAL, Stephane EMOND, Mark DÖRR, Joan PLANAS IGLESIAS, Radka CHALOUPKOVÁ, David BEDNÁŘ, Zbyněk PROKOP, Uwe T. BORNSCHEUER, Florian HOLLFELDER a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering protein dynamics for the understanding of divergent evolution of the Renilla luciferase. In The 45th FEBS Congress. 2021. ISSN 2211-5463.
      URL
      angličtina.
      Změnila: Mgr. Marie Novosadová Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 26. 7. 2022 10:59.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1876006/cs
    5. Engineering the protein dynamics of an ancestral luciferase
      SCHENKMAYEROVÁ, Andrea, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Martin TOUL, Martin MAREK, Lenka HERNYCHOVÁ, Joan PLANAS IGLESIAS, Veronika LIŠKOVÁ, Daniel PLUSKAL, Michal VAŠINA, Stephane EMOND, Mark DÖRR, Radka CHALOUPKOVÁ, David BEDNÁŘ, Zbyněk PROKOP, Florian HOLLFELDER, Uwe T. BORNSCHEUER a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering the protein dynamics of an ancestral luciferase. Nature Communications. London: Nature Publishing Group, 2021, roč. 12, č. 1, s. 3616-3631. ISSN 2041-1723. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41467-021-23450-z.
      URL
      RIV/00216224:14310/21:00119329 Článek v odborném periodiku. angličtina. Německo.
      Schenkmayerová, Andrea (703 Slovensko, domácí) -- Rangel Pamplona Pizarro Pinto, José Gaspar (620 Portugalsko, domácí) -- Toul, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Hernychová, Lenka (203 Česká republika) -- Planas Iglesias, Joan (724 Španělsko, domácí) -- Lišková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Pluskal, Daniel (203 Česká republika, domácí) -- Vašina, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Enzymes; Hydrolases; Protein design; X-ray crystallography
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 23:35.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1802217/cs
    6. Multi-pathogen infections and Alzheimer's disease
      VIGAŠOVÁ, Dana, Michal NEMERGUT, Barbora LIŠKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Multi-pathogen infections and Alzheimer's disease. Microbial Cell Factories. London: BioMed Central Ltd, 2021, roč. 20, č. 1, s. 25-37. ISSN 1475-2859. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s12934-021-01520-7.
      URL
      RIV/00216224:14310/21:00119789 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Vigašová, Dana (703 Slovensko, garant, domácí) -- Nemergut, Michal (703 Slovensko, domácí) -- Lišková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Alzheimer’s disease; Antibacterial; Anti-biofilm; Antifungal; Antiviral; Bacteria; Infectious burden; Parasites; Pathogens; Viruses
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 23:38.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1739777/cs
    7. Species-selective targeting of pathogens revealed by the atypical structure and active site of Trypanosoma cruzi histone deacetylase DAC2
      MAREK, Martin, E. RAMOS-MORALES, G.F.A. PICCHI-CONSTANTE, T. BAYER, C. NORSTROM, D. HERP, P.A. SALES, E.P. GUERRA-SLOMPO, K. HAUSMANN, A. CHAKRABARTI, T.B. SHAIK, A. MERZ, E. TROESCH, K. SCHMIDTKUNZ, S. GOLDENBERG, R.J. PIERCE, MM MOURAO, M.M. JUNG, J. SCHULTZ, W. SIPPL, N.I.T. ZANCHIN a C. ROMIER. Species-selective targeting of pathogens revealed by the atypical structure and active site of Trypanosoma cruzi histone deacetylase DAC2. Cell Reports. CAMBRIDGE: Cell Press, 2021, roč. 37, č. 12, s. 1-17, "e1-e9", 26 s. ISSN 2211-1247. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.celrep.2021.110129.
      URL
      RIV/00216224:14310/21:00124414 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Marek, Martin (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: LYSINE ACETYLATION; HDAC INHIBITORS; IN-VITRO; PARASITES; POTENT; EPIGENETICS; EXPRESSION; MECHANISM; INSIGHTS; FEATURES
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Novosadová Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 16. 5. 2022 12:46.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1841382/cs
    8. The structure of the mouse ADAT2/ADAT3 complex reveals the molecular basis for mammalian tRNA wobble adenosine-to-inosine deamination
      RAMOS-MORALES, Elizabeth, Efil BAYAM, Jordi DEL-POZO-RODRIGUEZ, Thalia SALINAS-GIEGE, Martin MAREK, Ramos-Morales, E (Ramos- TILLY, Philippe WOLFF, Edouard TROESCH, Eric ENNIFAR, Laurence DROUARD, Juliette D. GODIN a Christophe ROMIER. The structure of the mouse ADAT2/ADAT3 complex reveals the molecular basis for mammalian tRNA wobble adenosine-to-inosine deamination. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2021, roč. 49, č. 11, s. 6529-6548. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkab436.
      URL
      RIV/00216224:14310/21:00124051 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Ramos-Morales, Elizabeth (250 Francie) -- Bayam, Efil (250 Francie) -- Del-Pozo-Rodriguez, Jordi (250 Francie) -- Salinas-Giege, Thalia (250 Francie) -- Marek, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Tilly, Ramos-Morales, E (Ramos- (250 Francie) -- Wolff, Philippe (250 Francie) -- Troesch, Edouard (250 Francie) -- Ennifar, Eric (250 Francie) -- Drouard, Laurence (250 Francie) -- Godin, Juliette D. (250 Francie) -- Romier, Christophe (250 Francie)
      Klíčová slova anglicky: CRYSTAL-STRUCTURE; INTELLECTUAL DISABILITY; ESCHERICHIA-COLI; TADA; ANTICODON; SPECIFICITY; POSITION; FEATURES; DATABASE; ENZYMES
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 4. 2. 2022 21:20.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1831398/cs

    2020

    1. Decoding the intricate network of molecular interactions of a hyperstable engineered biocatalyst
      MARKOVÁ, Klára, Klaudia CHMELOVÁ, Sérgio Manuel MARQUES, Philippe CARPENTIER, David BEDNÁŘ, Jiří DAMBORSKÝ a Martin MAREK. Decoding the intricate network of molecular interactions of a hyperstable engineered biocatalyst. Chemical Science. Cambridge: Royal Society of Chemistry, 2020, roč. 11, č. 41, s. 11162-11178. ISSN 2041-6520. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1039/d0sc03367g.
      URL
      RIV/00216224:14310/20:00117258 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Marková, Klára (203 Česká republika, domácí) -- Chmelová, Klaudia (703 Slovensko, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Carpentier, Philippe (250 Francie) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Small-angle scattering; Candida antarctica lipase B
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 22:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1705576/cs
    2. Structural and catalytic effects of surface loop-helix transplantation within haloalkane dehalogenase family
      MAREK, Martin, Radka CHALOUPKOVÁ, Tanyana PRUDNIKOVA, Yukari SATO, Pavlina REZACOVA, Yuji NAGATA, Ivana SMATANOVA KUTA a Jiří DAMBORSKÝ. Structural and catalytic effects of surface loop-helix transplantation within haloalkane dehalogenase family. Computational and Structural Biotechnology Journal. Amsterdam: Elsevier, 2020, roč. 18, December 2020, s. 1352-1362. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2020.05.019.
      URL
      RIV/00216224:14310/20:00114750 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Marek, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Prudnikova, Tanyana (112 Bělorusko) -- Sato, Yukari (392 Japonsko) -- Rezacova, Pavlina (203 Česká republika) -- Nagata, Yuji (392 Japonsko) -- Smatanova Kuta, Ivana (203 Česká republika) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Haloalkane dehalogenase (HLD); Biocatalysis; Loop-helix transplantation; X-ray crystallography; Enantioselectivity; Access tunnel; Enzyme engineering; Protein design
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 23:11.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1746098/cs
    3. Structures of hyperstable ancestral haloalkane dehalogenases show restricted conformational dynamics
      BABKOVÁ, Petra, Zuzana DUNAJOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Jiří DAMBORSKÝ, David BEDNÁŘ a Martin MAREK. Structures of hyperstable ancestral haloalkane dehalogenases show restricted conformational dynamics. Computational and Structural Biotechnology Journal. Amsterdam: Elsevier, 2020, roč. 18, č. 2020, s. 1497-1508. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2020.06.021.
      URL
      RIV/00216224:14310/20:00114742 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Babková, Petra (203 Česká republika, domácí) -- Dunajová, Zuzana (703 Slovensko, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Enzyme; Haloalkane dehalogenase; Ancestral sequence reconstruction; Thermostability; X-ray crystallography; Protein simulations; Conformational flexibility; Protein design
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 22:53.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1742376/cs

    2019

    1. Caver web: identification of tunnels and channels in proteins and analysis of ligand transport
      ŠTOURAČ, Jan, O. VAVRA, Piia Pauliina KOKKONEN, Jiří FILIPOVIČ, Gabriela Filipa FONSECA PINTO, Andrea SCHENKMAYEROVÁ, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Caver web: identification of tunnels and channels in proteins and analysis of ligand transport. In European Biotechnology Congress. 2019. ISSN 0168-1656. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2019.05.251.
      URL
      RIV/00216224:14310/19:00113698 Konferenční abstrakt. angličtina. Nizozemské království.
      Štourač, Jan (203 Česká republika, garant, domácí) -- Kokkonen, Piia Pauliina (246 Finsko, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Fonseca Pinto, Gabriela Filipa (620 Portugalsko) -- Schenkmayerová, Andrea (703 Slovensko) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Caver web
      Změnila: Mgr. Marie Novosadová Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 20. 4. 2020 19:44.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1647656/cs
    2. Functional switching based on altered enzyme flexibility via InDel mutagenesis of a reconstructed ancestor
      SCHENKMAYEROVA, A., G. PINTO, Martin MAREK, Martin TOUL, Lenka HERNYCHOVÁ, Veronika LIŠKOVÁ, S. EMOND, David BEDNÁŘ, Zbyněk PROKOP, Radka CHALOUPKOVÁ, F. HOLLFELDER a U.T. BORNSCHEUER. Functional switching based on altered enzyme flexibility via InDel mutagenesis of a reconstructed ancestor. In European Biotechnology Congress. 2019. ISSN 0168-1656. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2019.05.118.
      URL
      RIV/00216224:14310/19:00113697 Konferenční abstrakt. angličtina. Nizozemské království.
      Marek, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Toul, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Hernychová, Lenka (203 Česká republika) -- Lišková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: enzyme
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Novosadová Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 20. 4. 2020 19:25.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1647638/cs
    3. Light-Emitting Dehalogenases: Reconstruction of Multifunctional Biocatalysts
      CHALOUPKOVÁ, Radka, Veronika LIŠKOVÁ, Martin TOUL, Klára MARKOVÁ, Eva ŠEBESTOVÁ, Lenka HERNYCHOVÁ, Martin MAREK, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Daniel PLUSKAL, Jitka WATERMAN, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Light-Emitting Dehalogenases: Reconstruction of Multifunctional Biocatalysts. ACS Catalysis. Washington, D.C.: AMER CHEMICAL SOC, 2019, roč. 9, č. 6, s. 4810-4823. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acscatal.9b01031.
      Full Text
      RIV/00216224:14310/19:00107511 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Lišková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Toul, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Marková, Klára (203 Česká republika, domácí) -- Šebestová, Eva (203 Česká republika, domácí) -- Hernychová, Lenka (203 Česká republika) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Rangel Pamplona Pizarro Pinto, José Gaspar (620 Portugalsko, domácí) -- Pluskal, Daniel (203 Česká republika, domácí) -- Waterman, Jitka (203 Česká republika) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, garant, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: catalytic promiscuity; ancestral reconstruction; haloalkane dehalogenase; monooxygenase; luciferase; emergence of biological function
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 22:42.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1545949/cs
    4. One-Atom Substitution Enables Direct and Continuous Monitoring of Histone Deacylase Activity
      ZESSIN, M., Z. KUTIL, M. MELESHIN, Z. NOVAKOVA, E. GHAZY, D. KALBAS, Martin MAREK, C. ROMIER, W. SIPPL, C. BARINKA a M. SCHUTKOWSKI. One-Atom Substitution Enables Direct and Continuous Monitoring of Histone Deacylase Activity. Biochemistry. Washington: American Chemical Society, 2019, roč. 58, č. 48, s. 4777-4789. ISSN 0006-2960. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acs.biochem.9b00786.
      URL
      RIV/00216224:14310/19:00113392 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Marek, Martin (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: FLUORESCENCE QUENCHING PROBES; EPSILON-THIOACETYL-LYSINE; DEACETYLASE ASSAY; SIR2 FAMILY; POSTTRANSLATIONAL MODIFICATIONS; PEPTIDE ARRAYS; DECROTONYLASE ACTIVITY; SUBSTRATE-SPECIFICITY; THIOAMIDE SUBSTRATE; CATALYTIC-ACTIVITY
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: RNDr. Kateřina Nováková, Ph.D., učo 64015. Změněno: 30. 3. 2020 21:01.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1640657/cs

    2018

    1. A Novel Class of Schistosoma mansoni Histone Deacetylase 8 (HDAC8) Inhibitors Identified by Structure-Based Virtual Screening and In Vitro Testing
      SIMOBEN, Conrad V., Dina ROBAA, Alokta CHAKRABARTI, Karin SCHMIDTKUNZ, Martin MAREK, Julien LANCELOT, Srinivasaraghavan KANNAN, Jelena MELESINA, Tajith B. SHAIK, Raymond J. PIERCE, Christophe ROMIER, Manfred JUNG a Wolfgang SIPPL. A Novel Class of Schistosoma mansoni Histone Deacetylase 8 (HDAC8) Inhibitors Identified by Structure-Based Virtual Screening and In Vitro Testing. Molecules. BASEL: Mayer und Muller, 2018, roč. 23, č. 3, s. 1-14. ISSN 1420-3049. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/molecules23030566.
      URL
      RIV/00216224:14310/18:00106139 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Simoben, Conrad V. (276 Německo) -- Robaa, Dina (276 Německo) -- Chakrabarti, Alokta (276 Německo) -- Schmidtkunz, Karin (276 Německo) -- Marek, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Lancelot, Julien (250 Francie) -- Kannan, Srinivasaraghavan (702 Singapur) -- Melesina, Jelena (276 Německo) -- Shaik, Tajith B. (250 Francie) -- Pierce, Raymond J. (250 Francie) -- Romier, Christophe (250 Francie) -- Jung, Manfred (276 Německo) -- Sippl, Wolfgang (276 Německo)
      Klíčová slova anglicky: epigenetics; crystal structure; docking; histone deacetylase (HDAC) inhibitors; schistosomiasis; virtual screening
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 9. 2. 2019 20:14.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1495516/cs
    2. Characterization of Histone Deacetylase 8 (HDAC8) Selective Inhibition Reveals Specific Active Site Structural and Functional Determinants
      MAREK, Martin, Tajith B. SHAIK, Tino HEIMBURG, Alokta CHAKRABARTI, Julien LANCELOT, Elizabeth RAMOS-MORALES, Cyrielle DA VEIGA, Dmitrii KALININ, Jelena MELESINA, Dina ROBAA, Karin SCHMIDTKUNZ, Takayoshi SUZUKI, Ralph HOLL, Eric ENNIFAR, Raymond J. PIERCE, Manfred JUNG, Wolfgang SIPPL a Christophe ROMIER. Characterization of Histone Deacetylase 8 (HDAC8) Selective Inhibition Reveals Specific Active Site Structural and Functional Determinants. Journal of Medicinal Chemistry. Washington: American Chemical Society, 2018, roč. 61, č. 22, s. 10000-10016. ISSN 0022-2623. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acs.jmedchem.8b01087.
      URL
      RIV/00216224:14310/18:00106140 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Marek, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Shaik, Tajith B. (250 Francie) -- Heimburg, Tino (276 Německo) -- Chakrabarti, Alokta (276 Německo) -- Lancelot, Julien (250 Francie) -- Ramos-Morales, Elizabeth (250 Francie) -- Da Veiga, Cyrielle (250 Francie) -- Kalinin, Dmitrii (276 Německo) -- Melesina, Jelena (276 Německo) -- Robaa, Dina (276 Německo) -- Schmidtkunz, Karin (276 Německo) -- Suzuki, Takayoshi (392 Japonsko) -- Holl, Ralph (276 Německo) -- Ennifar, Eric (250 Francie) -- Pierce, Raymond J. (250 Francie) -- Jung, Manfred (276 Německo) -- Sippl, Wolfgang (276 Německo) -- Romier, Christophe (250 Francie)
      Klíčová slova anglicky: EFFICIENT GENERATION; SCHISTOSOMA-MANSONI; CANCER EPIGENETICS; CRYSTAL-STRUCTURE; MOLECULAR-BASIS; AM1-BCC MODEL; ACETYLATION; MECHANISM; TRANSCRIPTION; CORNELIA
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 9. 2. 2019 20:50.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1495536/cs
    3. Isoform-selective HDAC1/16/8 inhibitors with an imidazo-ketopiperazine cap containing stereochemical diversity
      LECOINTRE, Bertrand, Remy NAROZNY, Maria Teresa BORRELLO, Johanna SENGER, Alokta CHAKRABARTI, Manfred JUNG, Martin MAREK, Christophe ROMIER, Jelena MELESINA, Wolfgang SIPPL, Laurent BISCHOFF a A. GANESAN. Isoform-selective HDAC1/16/8 inhibitors with an imidazo-ketopiperazine cap containing stereochemical diversity. PHILOSOPHICAL TRANSACTIONS OF THE ROYAL SOCIETY B-BIOLOGICAL SCIENCES. LONDON: ROYAL SOC, 2018, roč. 373, č. 1748, s. 1-7. ISSN 0962-8436. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1098/rstb.2017.0364.
      URL
      RIV/00216224:14310/18:00106141 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Lecointre, Bertrand (250 Francie) -- Narozny, Remy (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Borrello, Maria Teresa (250 Francie) -- Senger, Johanna (276 Německo) -- Chakrabarti, Alokta (276 Německo) -- Jung, Manfred (276 Německo) -- Marek, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Romier, Christophe (250 Francie) -- Melesina, Jelena (276 Německo) -- Sippl, Wolfgang (276 Německo) -- Bischoff, Laurent (250 Francie) -- Ganesan, A. (826 Velká Británie a Severní Irsko)
      Klíčová slova anglicky: zinc metalloenzymes; epigenetics; histone deacetylases; enzyme inhibitors; peptidomimetics
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 9. 2. 2019 21:03.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1495537/cs
Zobrazeno: 1. 1. 2025 13:03