Výpis publikací

HANOUSEK, Tomáš, Terézia SLANINÁKOVÁ, Tomáš REBOK a Růžena JANOUTOVÁ. A dataset of hyperspectral Look-Up Tables for 3.5 million traits and structural combinations of Central European temperate broadleaf forests. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.bcnpf-47q73.

SLANINÁKOVÁ, Terézia, David PROCHÁZKA, Jakub ČILLÍK, Lucie NOVOTNÁ a Adrián ROŠINEC. AlphaFind. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.5281/zenodo.11085862.

SLANINÁKOVÁ, Terézia, David PROCHÁZKA, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. In Elixir All-Hands 2024. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.7490/f1000research.1119872.1.

GREŠOVÁ, Katarína, Pavlína ŠPRINGEROVÁ, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. In ECCB2024. 2024.

PROCHÁZKA, David, Terézia SLANINÁKOVÁ, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome. bioRxiv, 2024.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Katarína GREŠOVÁ, Jaroslav OĽHA, Vlastislav DOHNAL, Adrián ROŠINEC a Matej ANTOL. AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome – data and model. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.d35zf-1ja47.

PROCHÁZKA, David, Terézia SLANINÁKOVÁ, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind: discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2024, roč. 52, July 5, s. W182-W186, 5 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkae397.

BERANEK, Jan, Aleš KŘENEK a Vojtěch SPIWOK. Analysis of metadynamics simulations by metadynminer.py. Bioinformatics. OXFORD: Oxford University Press, 2024, roč. 40, č. 10, 4 s. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btae614.

ROŠINEC, Adrián, Tomáš PAVLÍK, Terézia SLANINÁKOVÁ, Aleš KŘENEK, Pavlína ŠPRINGEROVÁ, Matej ANTOL a Radka SVOBODOVÁ. Beyond Metadata: Leveraging Similarity Search in Molecular Dynamics Data. In 2nd BioExcel Conference on Advances in Biomolecular Simulations. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.5281/zenodo.14500696.

SLANINÁKOVÁ, Terézia, Katarína GREŠOVÁ, David PROCHÁZKA, Viktória SPIŠAKOVÁ, Adrián ROŠINEC, Jakub ČILLÍK, Pavlína ŠPRINGEROVÁ, Aleš KŘENEK, Vlastislav DOHNAL, Radka SVOBODOVÁ a Matej ANTOL. Fast, structure-based searching in a large-scale protein data repository. In ELIXIR CZ Annual Conference. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.13140/RG.2.2.31355.53281.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. GraSR: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.br8aq-db495.

HANOUSEK, Tomáš, Terézia SLANINÁKOVÁ, Tomáš REBOK a Růžena JANOUTOVÁ. High spatial and spectral resolution dataset of hyperspectral look-up tables for 3.5 million traits and structural combinations of Central European temperate broadleaf forests. DATA IN BRIEF. NETHERLANDS: ELSEVIER, 2024, roč. 57, December 2024, 13 s. ISSN 2352-3409. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.dib.2024.111105.

SLANINÁKOVÁ, Terézia a David PROCHÁZKA. Learned Metric Index. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.5281/zenodo.13860051.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. LMI-10: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.t45hr-bcw17.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. LMI-30: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.kgb8j-r5f84.

HECHT, Helge, Wudmir Yudy ROJAS VERASTEGUI, Zargham AHMAD, Aleš KŘENEK, Jana KLÁNOVÁ a Elliott James PRICE. Quantum Chemistry-Based Prediction of Electron Ionization Mass Spectra for Environmental Chemicals. Analytical chemistry. WASHINGTON: American Chemical Society, 2024, roč. 96, č. 33, s. 13652-13662. ISSN 0003-2700. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acs.analchem.4c02589.

GREŠOVÁ, Katarína, Tomáš RAČEK, Vlastimil MARTINEK, David ČECHÁK, Radka SVOBODOVÁ a Panagiotis ALEXIOU. RBP-Tar – a searchable database for experimental RBP binding sites. F1000Research. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.12688/f1000research.131014.2.

PROCHÁZKA, David, Terézia SLANINÁKOVÁ, Jozef ČERŇANSKÝ, Jaroslav OĽHA, Matej ANTOL a Vlastislav DOHNAL. Scaling Learned Metric Index to 100M Datasets. In Edgar Chávez, Benjamin Kimia, Jakub Lokoč, Marco Patella, Jan Sedmidubsky. 17th International Conference on Similarity Search and Applications (SISAP 2024). Cham: Springer, 2024, s. 266-273. ISBN 978-3-031-75822-5. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-75823-2_22.

SVOBODA, Tomáš, Adrián ROŠINEC, Tomáš RAČEK, Josef HANDL, Aleš KŘENEK a Radka SVOBODOVÁ. Scientific Dataset Management System for the Research Institute Based on Onedata. In EGI Conference 2024. 2024.

HANOUSEK, Tomáš, Terézia SLANINÁKOVÁ, Růžena JANOUTOVÁ, Marian ŠVIK, Tomáš REBOK a Lucie HOMOLOVÁ. Simulated trait and spectroscopy data to support retrieval of forest biophysical parameters from spaceborne imaging spectroscopy. In 3rd WORKSHOP ON INTERNATIONAL COOPERATION IN SPACEBORNE IMAGING SPECTROSCOPY. 2024.

PEŠÁN, Jan, Vojtěch JUŘÍK, Alexandra RUŽIČKOVÁ, Vojtěch SVOBODA, Oto JANOUŠEK, Andrea NĚMCOVÁ, Hana BOJANOVSKÁ, Jasmína ALDABAGHOVÁ, Filip KYSLÍK, Kateřina VODIČKOVÁ, Adéla SODOMOVÁ, Patrik BARTYS, Peter CHUDÝ a Jan ČERNOCKÝ. Speech production under stress for machine learning: multimodal dataset of 79 cases and 8 signals. SCIENTIFIC DATA. London: SPRINGER NATURE, 2024, roč. 11, č. 1221, s. 1-9. ISSN 2052-4463. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41597-024-03991-w.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. 3D-af-Surfer: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.tbws0-hj147.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. 3DZD: Protein structural embeddings of AlphaFold DB v4. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.t45hr-bcw17.

NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. 3DZD: Protein structural embeddings of ESM Atlas. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.cd6zk-k0v44.

MACÁK, Martin, Tomáš REBOK, Matúš ŠTOVČIK, Mouzhi GE, Bruno ROSSI a Barbora BÜHNOVÁ. CopAS: A Big Data Forensic Analytics System. Online. In Proceedings of the 8th International Conference on Internet of Things, Big Data and Security IoTBDS - Volume 1. Setubal, Portugal: SciTePress, 2023, s. 150-161. ISBN 978-989-758-643-9. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.5220/0011929000003482.

REBOK, Tomáš a Ondřej MACHALA. CoPAS: the Modular Data Analytics Tool. 2023.

SLANINÁKOVÁ, Terézia, Matej ANTOL, Jaroslav OĽHA, Vlastislav DOHNAL, Susana LADRA a Miguel A. MARTÍNEZ-PRIETO. Reproducible experiments with Learned Metric Index Framework. Information systems. Elsevier, 2023, roč. 118, č. 1, s. 102255-102270. ISSN 0306-4379. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.is.2023.102255.

SLANINÁKOVÁ, Terézia, David PROCHÁZKA, Matej ANTOL, Jaroslav OĽHA a Vlastislav DOHNAL. SISAP 2023 Indexing Challenge – Learned Metric Index. In Pedreira, O., Estivill-Castro, V. Similarity Search and Applications. SISAP 2023. Lecture Notes in Computer Science, vol 14289. Cham: Springer, 2023, s. 282-290. ISBN 978-3-031-46993-0. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-46994-7_24.

MESSINA, Nicola, Jan SEDMIDUBSKÝ, Falchi FABRIZIO a Tomáš REBOK. Text-to-Motion Retrieval: Towards Joint Understanding of Human Motion Data and Natural Language. Online. In 46th International Conference on Research and Development in Information Retrieval (SIGIR). New York, NY, USA: Association for Computing Machinery, 2023, s. 2420-2425. ISBN 978-1-4503-9408-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1145/3539618.3592069.

RUMAN, Ádám a Daniel KOUŘIL. Detection of Malicious Code in SSH programs. In Sborník příspěvků z 54. konference EurOpen.CZ. 2022, s. 115-124.

ČEGAN, Jakub, Tomáš KACVINSKÝ, Zdeněk VYDRA, Martin LEBEDA, Jakub Bartolomej KOŠUTH, Petr VELAN, Milan ČERMÁK, Andrej TOMČI, Ivo NUTÁR, Martin LAŠTOVIČKA, Natálie VELECKÁ, Pavla VIZVÁRY, Vojtěch HAMERSKÝ, Daniel KOUŘIL, Ondřej BUDAY, Martin KOTLÍK, Vladimír ROHEL, Jiří SÝKORA, Michal ZVÁNOVEC, Filip GRÉGR a Petr SLAVÍK. Virtualizované prostředí pro trénink CSIRT týmu. 2021.

REBOK, Tomáš, Michal BATKO, Milan ČERMÁK, Martin DRAŠAR, Daniel TOVARŇÁK, Pavel ZEZULA, Martin MACÁK, Matúš GUOTH, Matej BABEJ, Dávid BRILLA a Martin KAŽIMÍR. ANALYZA – Datový sklad. 2020.

REBOK, Tomáš, Michal BATKO, Milan ČERMÁK, Martin DRAŠAR, Jarešová MIROSLAVA, Barbora KOZLÍKOVÁ, Kristína ZÁKOPČANOVÁ, Pavel ZEZULA, Katarína FURMANOVÁ, Marko ŘEHÁČEK, Jozef BÁTRNA a Daniel PLAKINGER. ANALYZA – Vizualizační komponenta – Visilant. 2020.

REBOK, Tomáš, Michal BATKO, Milan ČERMÁK, Barbora KOZLÍKOVÁ, Vladimír MÍČ, Filip NÁLEPA, David NOVÁK, Daniel TOVARŇÁK, Pavel ZEZULA, Jakub PESCHEL, Kasanič DENIS, Denisa ŠRÁMKOVÁ, Erik HRICIŠÁK, Vladimír LAZÁRIK a Kristián GUTIČ. ANALYZA – Výpočetní a orchestrační subsystém. 2020.

BERAN, Michal, František HRDINA, Daniel KOUŘIL, Radek OŠLEJŠEK a Kristína ZÁKOPČANOVÁ. Exploratory Analysis of File System Metadata for Rapid Investigation of Security Incidents. Online. In 2020 IEEE Symposium on Visualization for Cyber Security (VizSec). Salt Lake City, US: IEEE, 2020, s. 11-20. ISBN 978-1-7281-8262-9. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/VizSec51108.2020.00008.

FRIÁK, Martin, Dušan LAGO, Nikola KOUTNÁ, David HOLEC, Tomáš REBOK a Mojmír ŠOB. Multi-phase ELAStic Aggregates (MELASA) software tool for modeling anisotropic elastic properties of lamellar composites. Computer Physics Communications. Amsterdam: Elsevier, 2020, roč. 247, FEB 2020, s. 1-9. ISSN 0010-4655. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.cpc.2019.106863.

VODÁK, Rostislav, Michal BÍL, Tomáš SVOBODA, Zuzana KŘIVÁNKOVÁ, Jan KUBEČEK, Tomáš REBOK a Petr HLINĚNÝ. A deterministic approach for rapid identification of the critical links in networks. PLOS ONE. United States: Public Library of Science, 2019, roč. 14, č. 7, s. 1-18. ISSN 1932-6203. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0219658.

REBOK, Tomáš. Big Data - overview, basic concepts and practical use in research. In Alliance4Life 5th project meeting. 2019.

ČELEDA, Pavel, Jakub ČEGAN, Martin DRAŠAR, Ivo NUTÁR, Jiří RÁJA, Tomáš REBOK, Andrej TOMČI a Daniel TOVARŇÁK. Nástroje pro ověřování bezpečnosti SW/HW a simulaci útoků na prvky kritické informační infrastruktury. 2019.

ČELEDA, Pavel, Jakub ČEGAN, Kamil ANDONIADIS, Michal BERAN, František HRDINA, Tomáš JIRSÍK, Daniel KOUŘIL, Michal MAZOUREK, Radek OŠLEJŠEK, Michal PROCHÁZKA, Daniel TOVARŇÁK, Petr VELAN, Martin VIZVÁRY, Vadim JANOVSKIJ a Kristína ZÁKOPČANOVÁ. Software pro detekci a analýzu napadení KII. 2019.

ČELEDA, Pavel, Jakub ČEGAN, Kamil ANDONIADIS, Milan ČERMÁK, Jan DUDA, Vlastimil HOLER, Ľuboš HYŽÁK, Boris JADUŠ, Jakub KADAŠI, David LEŠKA, Martin MACHÁČ, Ivo NUTÁR, Radek OŠLEJŠEK, Dominik PILÁR, Tomáš PLESNÍK, Michal PROCHÁZKA, Tomáš REBOK, Vít RUSŇÁK, Miloslav STANĚK, Pavel ŠEDA, Valdemar ŠVÁBENSKÝ, Daniel TOVARŇÁK, Petr VELAN, Martin VIZVÁRY, Jan VYKOPAL a Tatiana ZBONČÁKOVÁ. Software pro simulaci obecných i kritických informačních infrastruktur. 2019.

SEDLÁŘ, Milan, Bin JI, Tomáš KRÁTKÝ, Tomáš REBOK a Rostislav HUZLÍK. Numerical and experimental investigation of three-dimensional cavitating flow around the straight NACA2412 hydrofoil. Ocean Engineering. Elsevier Ltd., 2016, roč. 123, č. 123, s. 357-382. ISSN 0029-8018. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.oceaneng.2016.07.030.

TOMÁŠ, Martin, Tomáš REBOK a Christos EFSTATHIOU. Iterative Optimization of a Multi-compartmental Air Quality Modelling System. In Jan Kofroň and Tomáš Vojnar. Tenth Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science (MEMICS 2015). první. Brno: MEMICS 2015, 2015, s. 70-81. ISBN 978-80-214-5254-1.

ČEGAN, Jakub, Pavel ČELEDA, Tomáš JIRSÍK, Tomáš PLESNÍK, Michal PROCHÁZKA, Petr VELAN, Jan VYKOPAL, Martin VIZVÁRY, Radek OŠLEJŠEK, Zdenek EICHLER, Dalibor TOTH, Milan ČERMÁK, Jan SOUKAL, Tomáš REBOK, Václav RAČANSKÝ, Ivo NUTÁR a Dušan LAGO. KYPO - Kybernetický polygon. 2015.

PROCHÁZKA, Filip, Tomáš REBOK a Aleš FARDA. První návrh cílové infrastruktury pro provoz systému IRIS. 2015.

NGUYEN, Filip, Tomáš REBOK, Richard LUDVIGH a Václav TUNKA. Ruby Benchmark Suite using Docker. Online. In M. Ganzha, L. Maciaszek, M. Paprzycki. Annals of Computer Science and Information Systems, Volume 5. 2015. vyd. Poland: IEEE, 2015, s. 947-952. ISBN 978-83-60810-66-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.15439/2015F99.

ČEGAN, Jakub, Pavel ČELEDA, Tomáš JIRSÍK, Tomáš PLESNÍK, Michal PROCHÁZKA, Petr VELAN, Jan VYKOPAL, Martin VIZVÁRY, Milan ČERMÁK, Jan SOUKAL, Tomáš REBOK, Ivo NUTÁR a Dušan LAGO. Software pro konfiguraci a monitorování virtuálního prostředí KYPO. 2015.

KOUŘIL, Daniel, Marcel POUL a Michal PROCHÁZKA. Using PKI to Provide Credential Delegation in non Web-based Federations. In Proceedings of the International Conference on Information Science and Applications, Lecture Notes in Electrical Engineering. Pattaya, Thailand: Springer Berlin Heidelberg, 2015, s. 525-532. ISBN 978-3-662-46577-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-662-46578-3_62.

KOUŘIL, Daniel, Tomáš REBOK, Tomáš JIRSÍK, Jakub ČEGAN, Martin DRAŠAR, Martin VIZVÁRY a Jan VYKOPAL. Cloud-based Testbed for Simulation of Cyber Attacks. In Hanan Lutfiyya and Piotr Cholda. Proceedings of the Network Operations and Management Symposium (NOMS 2014). Krakow, Poland: IEEE Xplore Digital Library, 2014, s. 1-6. ISBN 978-1-4799-0913-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/NOMS.2014.6838298.

BÍL, Michal, Rostislav VODÁK, Jan KUBEČEK, Tomáš REBOK, Tomáš SVOBODA a Petr HLINĚNÝ. Vulnerability analysis methods for road networks. In European Geosciences Union General Assembly 2014 (EGU 2014). 2014.

SLOUP, Petr a Tomáš REBOK. Automatic reconstruction of Norway spruce tree models from LiDAR data. In ISPRS2013-SSG. 2013.

SLOUP, Petr, Tomáš REBOK a Jan HANUŠ. Automatic Tree Reconstruction from its Laser Scan [poster]. In Global Change and Resilience. 2013.

SLOUP, Petr, Tomáš REBOK a Jan HANUŠ. Fully-automated Occlusion-insensitive Norway Spruce Tree Reconstructions from 3D Point Cloud Data [poster]. In ISPRS2013-SSG. 2013.

SITERA, Jiří, Zdeněk ŠUSTR, Boris PARÁK a Daniel KOUŘIL. Monitoring Virtualized Infrastructure in the Context of Grid Job Execution. International Journal On Advances in Systems and Measurements. 2013, roč. 6, 3,4. ISSN 1942-261X.

PROCHÁZKA, Michal a Daniel KOUŘIL. RemSig - Bezpečné úložiště digitálních certifikátů. 2013.

REBOK, Tomáš, Petr SLOUP, Jan HANUŠ a Věroslav KAPLAN. Three-dimensional Tree Reconstructions from Terrestrial LiDAR Scans. In National Grid Infrastructure Yearbook 2011-12. 2013, s. 91-95. ISBN 978-80-904689-7-9.

KŘENEK, Aleš, Petr HOLUB, Vlastimil HOLER, Daniel KOUŘIL, Filip PROCHÁZKA, Zdeněk HEJNA, Miroslav GURIČAN a František MULLER. 3.5 Million Smartmeters in the Cloud. Online. In Simon Lin. Proceedings ISGC 2013. Trieste: PoS - Proceedings of Science, 2013, s. 180-189. ISSN 1824-8039.

PROCHÁZKA, Michal, Daniel KOUŘIL, Romain WARTEL, Christos KANELLOPOULOS a Christos TRIANTAFYLLIDIS. A Race for Security: Identifying Vulnerabilities on 50 000 Hosts Faster than Attackers. Taipei, Taiwan: Academia Sinica, 2011. ISGC 2011 & OGF 31.

HARTMAN, Sam, Jens JENSEN, Daniel KOUŘIL a Michal PROCHÁZKA. Easing Access to Grids Using Moonshot. Praha: TERENA Networking Conference, 2011.

RADOSLAV, Bodó a Daniel KOUŘIL. EGI Security challenge 5: Lehce na cvičišti . . . In Sborník příspěvků 39. konference EurOpen.CZ. 2011. ISBN 978-80-86583-22-8.

KOUŘIL, Daniel, Sam HARTMAN, Josh HOWLETT, Jens JENSEN a Michal PROCHÁZKA. Federated Access to Grids. Vilnius: EGI User Forum, 2011.

PROCHÁZKA, Michal a Daniel KOUŘIL. Jak sledovat zranitelnosti na 50 000 strojích. Data Security Management. Praha: Tate International, 2011, roč. 1/2011, s. 14-17. ISSN 1211-8737.

ŠPÁNEK, Roman, Daniel KOUŘIL, Martin KUBA a Michal PROCHÁZKA. Reputation Based Trust Management System Supporting Collaboration in a Medical Application. In Proceedings of e-Technologies and Networks for Development (ICeND 2011), Communications in Computer and Information Science, vol. 171. Heidelberg: Springer Berlin, 2011, s. 285-297. ISBN 978-3-642-22729-5.

KMUNÍČEK, Jan, Daniel KOUŘIL, Luděk MATYSKA, Zora STŘELCOVÁ, Petr KULHÁNEK, Jaroslav KOČA a Eric YEN. Catch-All Virtual Organizations - Solution for Heterogeneous and Disperse Grid Users Communities. In Lin, S. C.; Yen, E. Managed Grids and Cloud Systems in the Asia-Pacific Research Community. New York: Springer, 2010, s. 299-309. ISBN 978-1-4419-6468-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-1-4419-6469-4_22.

KOUŘIL, Daniel. Grid Security Developments. Hamburg: TERENA TF-CSIRT, 2010.

DRAŠAR, Martin, Martin JUŘEN, Daniel KOUŘIL, Pavel MINAŘÍK, Michal PROCHÁZKA a Jan VYKOPAL. Intelligent logging server. Warsaw: SECURE 2010, 2010.

ŠUSTR, Zdeněk, Jiří SITERA, František DVOŘÁK, Jiří FILIPOVIČ, Daniel KOUŘIL, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA, Miloš MULAČ, Jan POSPÍŠIL, Miroslav RUDA, Zdeněk SALVET a Michal VOCŮ. Something you may have wanted to know about L&B. Journal of Physics: Conference Series. 2010, roč. 219, č. 6, 10 s. ISSN 1742-6596.

HRBATÝ, Dušan, Jakub MAREČEK, Michal VÁVRA, Tomáš REBOK, Eva HLADKÁ, Jan DOLEČEK, Martin JANTOŠOVIČ, František KOBZÍK, Michal KOHUT, Vít RUSŇÁK, Martin SKALA, Daniel STIBOR a Jiří ŠKROBÁK. Testy softwarových VoIP klientů. Brno: Laboratoř pokročilých síťových technologií FI MU, 2010.

PROCHÁZKA, Michal, Daniel KOUŘIL a Luděk MATYSKA. User Centric Authentication for Web Applications. In Proceedings of the 2010 International Symposium on Collaborative Technologies and Systems. Chicago, USA: IEEE, 2010, s. 67-74. ISBN 978-1-4244-6620-7.

REBOK, Tomáš. DiProNN: Distributed Programmable Network Node. Brno: Faculty of Informatics, Masaryk University, 2009, 200 s. Ph.D. Thesis.

PÚDELKA, Ivan a Tomáš REBOK. Enhanced UDP Packet Reflector -- Erum. 2009.

KOUŘIL, Daniel a Michal PROCHÁZKA. Experiences with Massive PKI Deployment and Usage. In Security adn Protection of Information. 2009. vyd. Brno, 2009, s. 44-52. ISBN 978807231641.

KOUŘIL, Daniel a Michal PROCHÁZKA. Fault-tolerant Access Control in Distributed Environment the MetaCentrum Authorization Infrastructure. CESNET, 2009. Technical report.

PROCHÁZKA, Michal, Daniel KOUŘIL a Tomáš KUBINA. Framework for non-Web application integration - CAT. In TERENA EuroCAMP. 2009.

PROCHÁZKA, Michal, Daniel KOUŘIL a Tomáš KUBINA. Grid-enabled Desktop. In TAGPMA Federated Identity Workshop. 2009.

KOUŘIL, Daniel a Matej PRIŠŤÁK. Kerberos Authentication in Apache. In AFS & Kerberos Best Practices Workshop. 2009.

KOUŘIL, Daniel, Michal PROCHÁZKA, Tomáš KUBINA, Jeffrey ALTMAN a Asanka HERATH. Network Identity Manager Providers. In AFS & Kerberos Best Practices Workshop. 2009.

REBOK, Tomáš, Martin BENEŠ a Milan KABÁT. Robust Audio Tool (RAT) Supporting Separate Recording and Playback Audio Devices Selection. 2009.

ANTOŠ, David, Lukáš HEJTMÁNEK, Jiří CHUDOBA, Daniel KOUŘIL, Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. Správa dat v gridových systémech. In Proceedings of the Annual Database Conference DATAKON 2009. 1. vyd. Praha: Oeconomica, Praha, 2009, s. 251-265. ISBN 978-80-245-1568-7.

KOUŘIL, Daniel a Michal PROCHÁZKA. Úskalí PKI v praxi - část I. DSM. Praha: Tate International, s.r.o., 2009, XIII, č. 1. ISSN 1211-8737.

KOUŘIL, Daniel a Michal PROCHÁZKA. Úskalí PKI v praxi - část II. DSM. Praha: Tate International, s.r.o., 2009, XIII, č. 2, s. 40-44. ISSN 1211-8737.

PROCHÁZKA, Michal, Daniel KOUŘIL, Luděk MATYSKA, Tomáš KUBINA a Lukáš SPURNÝ. A Federated Framework for Secure Collaborative Systems. In EUNIS 2008 VISION IT, Visions for IT in Higher Education. Aarhus, Denmark: University of Aarhus, 2008, 9 s. ISBN 978-87-91234-56-9.

PROCHÁZKA, Michal a Daniel KOUŘIL. A federated framework for secure videoconference. Stockholm, Sweden: Terena EuroCamp, 2008.

KOUŘIL, Daniel. Easing access to Grids using identity federations. Dublin, Ireland: TERENA 7th NRENs and Grids Workshop, 2008.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. Integrovaná správa pověření pro e-learningové systémy. In SCO 2008. Brno: Masarykova univerzita, 2008, s. 117-122. ISBN 9788021046139.

ANTOŠ, David, Jiří SITERA a Daniel KOUŘIL. IPv6 in METACenter. 2008.

PROCHÁZKA, Michal a Daniel KOUŘIL. Survey of Authentication Mechanisms for Grids. In CESNET Conference 2008. Praha: CESNET, z.s.p.o., 2008, 10 s. ISBN 978-80-904173-0-4.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. A Robust and Efficient Mechanism to Distribute Certificate Revocation Information Using the Grid Monitoring Architecture. In 21st International Conference on Advanced Information Networking and Applications Workshops (AINAW'07),. Niagara Falls, Canada: IEEE Computer Society, 2007, s. 614-619. ISBN 0-7695-2847-3.

KMUNÍČEK, Jan a Daniel KOUŘIL. Central European Grid Infrastructure for Generic Applications. In 2nd Austrian Grid Symposium. Innsbruck, Austria: Ossterreichische Computer Gesellschaft, 2007, s. 131-142.

KOUŘIL, Daniel, Michal PROCHÁZKA a Luděk MATYSKA. Experience with PKI in a Large-scale Distributed Environment. In EUNIS 2007 Conference. Grenoble, France, 2007, 9 s.

KOUŘIL, Daniel, Martin KUBA, Martin OSOVSKÝ, Radim PEŠA a Michal PROCHÁZKA. Federace identit aneb spolčení totožností. Zpravodaj ÚVT MU. Brno: Masarykova univerzita, 2007, roč. 18, č. 2, s. 1-7, 8 s. ISSN 1212-0901.

PROCHÁZKA, Michal a Daniel KOUŘIL. Identity Management in the Grid Environment. Plzeň, 2007. The World of Digital Identity 2007.

ANTOŠ, David, Zdeněk SALVET, Jiří SITERA a Daniel KOUŘIL. IPv6 in METACenter. 2007.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA, Michal PROCHÁZKA a Tomáš ZÁVODNÝ. Kerberos and Grid systems. Stanford, California, USA, 2007. AFS & Kerberos Best Practices Workshop 2007.

KOUŘIL, Daniel, Ondřej KRAJÍČEK, Martin KUBA a Michal PROCHÁZKA. Message Level Security For Grid Services Using S/MIME. In Distributed and Parallel Systems (DAPSYS). Springer US, 2007, s. 123-131. ISBN 978-0-387-69857-1.

KOUŘIL, Daniel, Martin KUBA a Michal PROCHÁZKA. Nasazení federací ve velkém distribuovaném prostředí: systém pro správu interakcí léků. In DATAKON 2007 - Proceedings of the Annual Database Conference. 1. vyd. Brno: Masarykova Univerzita, 2007, s. 132-141. ISBN 978-80-7355-076-9.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. On Distribution Certificate Revocation Information in Grids. Brno, 2007. MEMICS 2007. ISBN 978-80-7355-077-6.

KOUŘIL, Daniel a Luděk ŠULÁK. Použití jednorázových hesel pro autentizaci v gridovém prostředí. In Širokopásmové sítě a jejich aplikace. Olomouc: Univerzita Palackého v Olomouci, 2007, s. 69-73. ISBN 978-80-244-1687-8.

KUBA, Martin, Daniel KOUŘIL a Michal PROCHÁZKA. Sealed Grid with Downloadable Services. In CoreGRID Symposium. Rennes, France: Springer, 2007, s. 83-91. ISBN 978-0-387-72497-3.

PROCHÁZKA, Michal, Luděk MATYSKA, Eva HLADKÁ, Daniel KOUŘIL a Petr HOLUB. Transparent Security for Collaborative Environments. In The 3rd International Conference on Collaborative Computing: Networking, Applications and Worksharing. White Plains, New York: ICST, 2007, 6 s. ISBN 1-4244-1317-6.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. Trusted Distribution and Utilization of Virtual Machines. Austin, TX, USA: IEEE Computer Society, 2007. Grid 2007.

PROCHÁZKA, Michal a Daniel KOUŘIL. Usage of TPM under Xen. DESY, Hamburg, Germany, 2007. Virtualization users workshop.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. Using CRL Push Delivery for Efficient Certificate Revocation Information Distribution in Grids. CESNET, 2007. Technical report.

KOUŘIL, Daniel, Michal PROCHÁZKA a Luděk MATYSKA. Zkušenosti s nasazením PKI v distribuovaném prostředí. In Bezpečnostní politika IS. Plzeň: Západočeská univerzita v Plzni, 2007, s. 33-39. ISBN 978-80-7043-554-0.

MATYÁŠ, Václav, Daniel KOUŘIL, Daniel CVRČEK a Václav LORENC. Autentizační hardwarový token nové generace. Editoři: Peter Vojtáš, Tomáš Skopal. In Datakon 2006. 1. vydání. Brno: Masarykova univerzita, 2006, s. 229-238. ISBN 80-210-4102-1.

KOUŘIL, Daniel. Bezpečnost v gridech: autentizace uživatelů. Lupa.cz. Internet Info, s.r.o., 2006, roč. 2006, 16. 11., s. 1;1, 1 s. ISSN 1213-0702.

KOUŘIL, Daniel a Jan KMUNÍČEK. Do Gridu snadno a rychle - prostředí VOCE. Zpravodaj ÚVT MU. Brno: Masarykova univerzita, 2006, roč. 16, č. 3, s. 6-9. ISSN 1212-0901.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. Improving Security in Grids Using the Smart Card Technology. In Proceedings of the IEEE/ACM International Conference on Grid Computing (Grid 2006). Barcelona, Spain: IEEE Computer Society, 2006, s. 303-304. ISBN 1-4244-0344-8.

KOUŘIL, Daniel, Luděk MATYSKA a Michal PROCHÁZKA. Kerberos and PKI Cooperation. Ann Arbor, Michigan, USA, 2006. AFS & Kerberos Best Practices Workshop 2006.

MATYSKA, Luděk a Daniel KOUŘIL. MyProxy and EGEE. Washington, USA, 2006. GridWorld 2006.

KMUNÍČEK, Jan, Daniel KOUŘIL a Luděk MATYSKA. VOCE - Central European Production Grid Service. Geneve, Switzerland: EGEE User Forum, 2006. Poster session.

CHUDOBA, Jiří, Lukáš FIALA, Jan KMUNÍČEK, Jiří KOSINA, Daniel KOUŘIL, Miloš LOKAJÍČEK, Luděk MATYSKA, Miroslav RUDA a Jan ŠVEC. VOCE---A Grid Environment for Central Europe. In Proceedings of the Cracow Grid Workshop 2005. Cracow: Academic Computer Center CYFRONET AGH, Cracow, Poland, 2006, s. 322-328. ISBN 83-915141-5-3.

KOUŘIL, Daniel a Luděk ŠULÁK. Zdokonalení autentizace použitím jednorázových hesel. In Sborník příspěvků z XXIX. konference EurOpen.CZ. Plzeń: EurOpen.CZ, 2006, s. 47-55. ISBN 80-86583-11-2.

KOUŘIL, Daniel a Michal PROCHÁZKA. Zkušenosti s nasazováním HW tokenů pro uživatele METACentra. In Sborník příspěvků z XXVIII. konference EurOpen.CZ. Plzeň: EurOpen.CZ, 2006, s. 35-47. ISBN 80-86583-10-4.

KOUŘIL, Daniel a Jim BASNEY. A Credential Renewal Service for Long-Running Jobs. In Proceedings of the 6th IEEE/ACM International Workshop on Grid Computing (GRID'05). Seattle, USA: IEEE Computer Society, 2005, s. 63-68. ISBN 0-7803-9493-3.

CORNWALL, Linda A., Jens JENSEN, David P. KELSEY, Ákos FROHNER, Daniel KOUŘIL, Franck BONNASSIEUX, Sophie NICOUD, Károly LORENTEY, Joni HAHKALA, Mika SILANDER, Roberto CECCHINI, Vincenzo CIASCHINI, Luca DELL'AGNELLO, Fabio SPATARO, David O'CALLAGHAN, Olle MULMO, Gian Luca VOLPATO, David GROEP, Martijn STEENBAKKERS a Andrew MCNAB. Authentication and Authorization Mechanisms for Multi-Domain Grid Environments. Journal of Grid Computing. Springer Science+Business Media B.V., 2005, Volume 2, Number 4, s. 301 - 311. ISSN 1570-7873.

KOUŘIL, Daniel. Bezpečnost v distribuovaném prostředí. Zpravodaj ÚVT MU. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2005, roč. 15, č. 4, s. 2-6. ISSN 1212-0901.

KOUŘIL, Daniel a Luděk MATYSKA. Bezpečnostní infrastruktura METACentra. In Širokopásmové sítě a jejich aplikace. Olomouc: CESNET, z.s.p.o. a UP Olomouc, 2005, s. 117-125, 8 s. ISBN 80-244-1035-4.

KOUŘIL, Daniel. Grid 2005 - 6th IEEE/ACM International Workshop on Grid Computing. 2005.

KOUŘIL, Daniel. Správa soukromých klíčů pomocí hardwarových tokenů. Zpravodaj ÚVT MU. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2005, roč. 15, č. 5, s. 12-16. ISSN 1212-0901.

KOUŘIL, Daniel a Luděk MATYSKA. The VOCE (VO Central Europe) Environment. Budapest, 2005.

KOUŘIL, Daniel, Aleš KŘENEK, Luděk MATYSKA, Miloš MULAČ, Jan POSPÍŠIL, Miroslav RUDA, Zdeněk SALVET, Jiří SITERA, Jiří ŠKRABAL a Michal VOCŮ. Distributed Tracking, Storage, and Re-use of Job State Information on the Grid. 2004, 4 s.

ANDREETTO, P., Valentina BORGIA, A. DORIGO, A. GIANELLE, M. MORDACCHINI, M. SGARAVATTO, L. ZANGRANDO, S. ANDREOZZI, V. CIASCHINI, C. DI GIUSTO, F. GIACOMINI, V. MEDICI, E. RONCHIERI, V. VENTURI, G. AVELLINO, S. BECO, A. MARASCHINI, F. PACINI, A. GUARISE a G. PATANIA. Practical approaches to Grid workload and resource management in the EGEE project. 2004, 4 s.