PA052 Úvod do systémové biologie

Fakulta informatiky
jaro 2018
Rozsah
2/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
prof. RNDr. Luboš Brim, CSc. (přednášející)
doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Rozvrh
St 12:00–13:50 C416
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 24 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Studenti budou po absolvování tohoto kurzu seznámeni s problematikou komplexních systémů v biologii; porozumí základním principům systémové biologie; získají jasnou motivaci pro uplatnění informatických přístupů a myšlení v moderní biologii.
Výstupy z učení
Student bude po absolvování předmětu schopen:
- posoudit a diskutovat výhody a nevýhody metod z oblasti výpočetní systémové biologie;
- interpretovat paradigma systémové biologie;
- pojmenovat základní principy uplatňované v systémové biologii;
- obhájit své myšlenky a názory před ostatními studenty a vyučujícím.
Osnova
  • Historie a zaměření systémové biologie.
  • Úvod do biologických pojmů.
  • Základní pojmy a principy systémového paradigmatu.
  • Modelové organismy.
  • Získávání biologických dat - Databáze systémově biologických znalostí.
  • Průběh výzkumu v systémové biologii, role informatiky.
  • Pojem modelu v systémové biologii, databáze modelů.
  • Příklady systémově biologického výzkumu.
  • Syntetická biologie - Návrh a rekonstrukce biologických systémů.
  • Informace v biologii a o biologii.
Literatura
    doporučená literatura
  • ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info
Výukové metody
přednáška, samostatné studium
Metody hodnocení
Zkouška je písemná. V případě zadání průběžných testů během semestru, mají tyto podíl nejvýše 30% na závěrečném hodnocení. Pomocné materiály nejsou povoleny.
Navazující předměty
Informace učitele
http://sybila.fi.muni.cz/cz/predmety/PA052
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2010, podzim 2011, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024, jaro 2025.