DSIB01 Introduction to Bioinformatics

Lékařská fakulta
podzim 2019
Rozsah
2/0/2. 4 kr. (plus 1 za k). Ukončení: k.
Vyučující
Panagiotis Alexiou, PhD (přednášející)
Mgr. Vojtěch Bystrý, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Václav Hejret (pomocník)
Garance
prof. RNDr. Ondřej Slabý, Ph.D.
Biologický ústav – Teoretická pracoviště – Lékařská fakulta
Kontaktní osoba: Olga Křížová
Dodavatelské pracoviště: Středoevropský technologický institut
Předpoklady
SOUHLAS
The course is offered to doctoral and master students of any study field. Knowledge of biology, basic statistics, and basic programming concepts is expected.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 15 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 4/15, pouze zareg.: 0/15, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/15
Mateřské obory/plány
předmět má 232 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Students will understand bioinformatics methods, explore available resources, and be introduced to programming for bioinformatics.
Výstupy z učení
Upon completion of the course, students will be able to: • understand and use methods in bioinformatics such as sequence alignment, phylogenetic analysis and pattern recognition • access bioinformatic resources, retrieve information, apply to biological problems • use and design simple analysis • scripts in bash, python, and R
Osnova
  • Sequence analysis introduction/common file formats Sequence Alignment / Sequence pattern recognition 1/3 Sequence Alignment / Sequence pattern recognition 2/3 Sequence Alignment / Sequence pattern recognition 3/3 NGS / galaxy Introduction to Data Analysis Principles of Data visualisation Clustering / PCA Basic Statistics Bayesian Inference/Bayesian classifier Current Developments in Machine Learning
Výukové metody
The course will combine theoretical lectures and practical exercises. For completion of the course, students will need to prepare and present a project.
Metody hodnocení
For successful completion of the course, students must complete and present a project.
Vyučovací jazyk
Angličtina
Informace učitele
Panagiotis Alexiou, mail: panagiotis.alexiou@ceitec.muni.cz Timetable for autumn 2019 semester (Mon 16.9. to Fri 20.12.) - Fri 10:00–12:00 and Fri 13:00 - 15.00, A35/1S102
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Poznámka k četnosti výuky: Timetable for autumn 2019 semester: Fri 10:00–12:00 and Fri 13:00 - 15.00, A35/1S102.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022.