C2138 Pokročilá bioinformatika

Přírodovědecká fakulta
podzim 2007 - akreditace
Rozsah
2/0. Ukončení: zk.
Vyučující
prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející), doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (zástupce)
Garance
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
C2130 Úvod do chemoinformatiky a bioinformatiky
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti bioinformatiky.
Osnova
  • 1-2) Základní bioinformatické pojmy, metody a nástroje. Uvedení do problematiky a opakování.
    3) Studium exprese genů pomocí bioinfomatiky. Predikce promotorů, nekódující úseky nukleových kyselin, transkripční faktory.
    4) Anotace genomů. Automatická anotace, její správnost, zdroje chyb.
    5) Fylogenetická analýza, fylogenetické stromy, principy.
    6) Posttranslační modifikace a jejich význam. Predikční algoritmy.
    7) Bioinformatický potenciál sacharidů, glykom.
    8) Protein data bank (PDB) – práce s databází, validace, struktur, zdroje chybných strukturních dat.
    9) Predikcni nastroje pro nukleove kyseliny. 2D, 3D struktura, repetice, význam.
    10) Design primeru a mutageneze. Rozdílné přístupy ve vyhledávání primerů pro odlišné účely, možnosti mutageneze in vitro a in silico.
    11) Alignment metabolickych drah, metabolom.
    12) Virtualni screening, specifika databází, vazebná místa proteinů.
Literatura
  • XIONG, Jin. Essential bioinformatics. 1st pub. Cambridge: Cambridge University Press, 2006, xi, 339. ISBN 0521600820. info
  • MOUNT, David W. Bioinformatics : sequence and genome analysis. 2nd ed. Cold Spring Harbor, N.Y.: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004, xii, 692. ISBN 0879697121. info
Výukové metody
přednášky s praktickými demonstracemi
Metody hodnocení
písemný test
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024, jaro 2025.