C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování I - cvičení

Přírodovědecká fakulta
podzim 2009
Rozsah
0/1/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
Vyučující
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Čt 13:00–13:50 C04/211
Předpoklady
NOW( C7790 Počítač.chemie a MM I )
Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Znalost operační systému UNIX výhodou.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 10 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/10, pouze zareg.: 0/10
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Ve cvičení se studenti seznámí s některými uživatelsky příjemnými programovými balíky pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.
Osnova
  • 1. Seznámení s programem Spartan - http://www.wavefun.com/ (stavba molekul, typy výpočtů, analýza výsledků)
  • 2. Seznámení s programem Gaussian - http://www.gaussian.com/ (příprava vstupních dat, analýza výsledků a jejich vizualizace - Molden, Molekel, VMD)
  • 3. Seznámení s programovým balíkem Amber - http://ambermd.org/ (příprava studovaného systému, ekvilibrace, dynamika, analýza výsledků a jejich vizualizace - VMD)
  • 4. Vypracování samostatného projektu
Literatura
  • JENSEN, Frank. Introduction to computational chemistry. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2007, xx, 599. ISBN 9780470011874. info
  • REMKO, Milan. Molekulové modelovanie :princípy a aplikácie. Bratislava: Slovak Academic Press, 2000, 239 s. ISBN 80-88908-62-0. info
  • LIPKOWITZ, K B a D B BOYD. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York: VCH Publishers, 1998. info
Výukové metody
praktické cvičení
Metody hodnocení
Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení. Účast je povinná (povolené jsou dvě dopředu omluvené absence).
Informace učitele
Cvičení probíhá ve dvouhodinových blocích, které navazují na teoretický výklad z přednášky C7790. Na konci cvičení studenti využijí získaných znalostí k řešení samostatného projektu.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2000, podzim 2001, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.