C7800 Počítačová chemie a molekulové modelování I - cvičení

Přírodovědecká fakulta
podzim 2014
Rozsah
0/1/0. 1 kr. Ukončení: z.
Vyučující
prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (přednášející)
RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Jakub Štěpán, Ph.D. (cvičící)
Garance
RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 17:00–17:50 C04/118
Předpoklady
NOW( C7790 Počítač.chemie a MM I )
Předpokládají se základní znalosti obecné a fyzikální chemie. Znalost základů kvantové chemie je výhodou. Znalost operační systému UNIX výhodou.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 30 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/30, pouze zareg.: 0/30, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/30
Mateřské obory/plány
předmět má 10 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Ve cvičení se studenti seznámí s některými uživatelsky příjemnými programovými balíky pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.
Osnova
  • 1. Seznámení s programem Spartan - http://www.wavefun.com/ (stavba molekul, typy výpočtů, analýza výsledků)
  • 2. Seznámení s programem Gaussian - http://www.gaussian.com/ (příprava vstupních dat, analýza výsledků a jejich vizualizace - Molden, Molekel, VMD)
  • 3. Seznámení s programovým balíkem Amber - http://ambermd.org/ (příprava studovaného systému, ekvilibrace, dynamika, analýza výsledků a jejich vizualizace - VMD)
  • 4. Vypracování samostatného projektu
Literatura
  • JENSEN, Frank. Introduction to computational chemistry. 2nd ed. Chichester: John Wiley & Sons, 2007, xx, 599. ISBN 9780470011874. info
  • REMKO, Milan. Molekulové modelovanie :princípy a aplikácie. Bratislava: Slovak Academic Press, 2000, 239 s. ISBN 80-88908-62-0. info
  • LIPKOWITZ, K B a D B BOYD. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York: VCH Publishers, 1998. info
Výukové metody
praktické cvičení
Metody hodnocení
Zápočet je udělen za dokončení projektu a jeho obhájení. Účast je povinná (povolené jsou dvě dopředu omluvené absence).
Informace učitele
Cvičení probíhá ve dvouhodinových blocích, které navazují na teoretický výklad z přednášky C7790. Na konci cvičení studenti využijí získaných znalostí k řešení samostatného projektu.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2000, podzim 2001, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.