PřF:CG020 Genomics - Course Information
CG020 Genomics
Faculty of ScienceAutumn 2010 - only for the accreditation
- Extent and Intensity
- 2/0. 2 credit(s) (plus 2 credits for an exam). Type of Completion: zk (examination).
- Teacher(s)
- doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (lecturer)
Mgr. Jakub Horák, Dr. rer. nat. (lecturer) - Guaranteed by
- doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D.
Department of Biochemistry – Chemistry Section – Faculty of Science - Course Enrolment Limitations
- The course is offered to students of any study field.
- Syllabus (in Czech)
- Základy bioinformatiky
- Teorie základních bioinformatických nástrojů: globální vs. lokální přiřazení ( Dot-plot, BLASTa jeho modifikace, FASTA), konstrukce genových map včetně (detekce ORFs, restrikčních míst, …). Základy práce s genomovými databázemi.
- Identifikace genů
- Postupy a rozdíly v základních myšlenkových dogmatech reverzní a přímé genetiky. Identifikace genové funkce: in silico (struktura genů a jejich vyhledávání pomocí software pro detekci exonů a míst sestřihu, genomová kolinearita a genová homologie), experimentální identifikace genů (technologie metylačního filtrování, EST knihovny), cíleným umlčováním genů a přístupy získané funkce (T-DNA mutageneze, ektopická nadměrná exprese)
- Přístupy reverzní genetiky
- Metody identifikace a analýzy sekvenčně specifických mutantů (příprava sbírky mutantů, vyhledávání sekvenčně specifických mutantů pomocí PCR, vyhledávání sekvenčně specifických mutantů v elektronických databázích), analýza fenotypu a potvrzení příčinné souvislosti mezi fenotypem a inzerční mutací (kongregační analýza, identifikace nezávislé alely, využití nestabilních inzerčních mutagenů a izolace revertantech linií). Umlčování genů pomocí RNAi (mechanismus účinku RNAi, příprava konstruktů pro umlčování genů pomocí RNAi)
- Přístupy genetiky přímé
- Využití knihoven inzerčních mutantů v postupech přímé genetiky; vyhledávání v knihovnách inzerčních mutantů podle (vnějšího fenotypu, metabolického profilu, exprese genů zájmu); identifikace mutovaného lokusu (plasmid rescue, inverzní PCR). Využití knihoven bodových mutantů v přímé genetice: Fragmentační analýza a poziční klonování
- Přístupy funkční genomiky
- Analýza genové exprese (metody kvalitativní i analýzy genové exprese, transkripční vs. translační fúze, metody regulace transgenů). Metody identifikace funkce genů pomocí přístupů získané funkce (T-DNA aktivační mutageneze, ektopická exprese a systémy regulovatelné genové exprese). Fenotypové profilování (DNA a proteinové čipy, metabolické profilování, metody mikrodisekce). Metody využívané ve funkční genomice rostlin (A. thaliana jako modelový organizmus funkční genomiky rostlin, příprava transgenních rostlin, Southern blot a DNA molekulární hybridizace, izolace genomové DNA, PCR). Nové trendy (chemická genetika).
- Strukturní genomika
- Základní strukturní rysy organizace genomů jednotlivých organizmů včetně člověka (viry, eubakterie, kvasinky, vyšší a nižší rostliny, obratlovci). Analýza protein-proteinových interakcí: Význam interakcí NA a proteinů v živých systémech: TF, telomeráza, nukleozómy. Kódující a nekódující DNA: Strukturní geny, RNA geny (rRNA, pre-miRNA a shRNA), transpozony.
- Moderní postupy funkční genomiky
- Next-gen sequencing a jeho využití v genomice (analýza genové exprese, identifikace SNPs, metagenomika). Tkáňově specifická analýza genová exprese (buněčně specifické GFP linie a buněčné sortování, mikrodisekce).
- Úloha lokalizace genových produktů v buňce
- GFP fůze, imunolokalizace, moderní metody detekce (FLIM, FRAP, fotoaktivovatelné proteiny, FCS).
- Praktické aplikace funkční genomiky
- Šlechtění rostlin, individualizovaná medicína, pokročilé biotechnologie (produkce protilátek v rostlinách (imunomodulace), produkce terapeuticky využitelných látek, doplňky stravy). Význam a bezpečnost GMO.
- Teaching methods (in Czech)
- výuka je založena na ppt prezentacích a jejich výkladu.
- Assessment methods (in Czech)
- zkouška ústní
- Language of instruction
- Czech
- Further Comments
- The course is taught: every week.
- Listed among pre-requisites of other courses
- C7301 Genomics - practice
NOW(C7201) || NOW(CG020)
- C7301 Genomics - practice
- Enrolment Statistics (Autumn 2010 - only for the accreditation, recent)
- Permalink: https://is.muni.cz/course/sci/autumn2010-onlyfortheaccreditation/CG020